Điều tra thu mẫu mối được tiến hành tại tất cả các hạng mục trong 33 di tích lịch sử văn hóa trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa theo phương pháp thu thập vật mẫu mối trong công trình kiến trúc của Nguyễn Đức Khảm (1971). Các địa điểm nghiên cứu đều được đánh dấu tọa độ trên bản đồ.
Thu mẫu mối tại các vị trí quan sát thấy có dấu hiệu hoạt động của mối trong công trình điều tra (ở đường mui, tại tổ mối, nơi kiếm ăn hay mối bay phân đàn...). Thu tất cả các cá thể mối có mặt và đầy đủ các đẳng cấp: mối lính, mối thợ, trong đó ưu tiên mối lính là đẳng cấp được sử dụng chính trong công tác định loại. Sau đó mẫu được cố định trong các lọ nhựa nhỏ chứa cồn 75%, có nắp đậy kín, etyket ghi địa chỉ và đặc điểm nơi thu mẫu vật.
Tại mỗi di tích, chúng tôi tiến hành thu mẫu ở 2 khu vực: khu vực kiến trúc bên trong di tích và khu vực môi trường bao xung quanh. Khu vực kiến trúc bên trong, chúng tôi thu mẫu ở các cấu kiện gỗ (cửa, cột, xà, kèo,....), các đường mui trên tường, lỗ vũ hóa dưới nền,... Khu vực môi trường xung quanh là phần không gian khuôn viên bao quanh khu vực kiến trúc nói trên. Trong khu vực này có hệ thực vật tương đối đa dạng, có thể gồm cây cổ thụ, cây ăn quả, cây cảnh nhỏ, khóm cây bụi hoặc có thể là rừng thứ sinh, rừng trồng đối với các di tích có quy mô lớn. Với khu vực này, chúng tôi thu mẫu tại các tổ nổi, lỗ vũ hóa, đường kiếm ăn lộ thiên, dưới lớp cành, lá mục hoặc đường mui trên các thân cây sống.
Các đặc điểm đặc trưng về sinh cảnh cũng như điều kiện môi trường tại địa điểm thu mẫu đều được quan sát ghi lại trong nhật ký thu mẫu sử dụng trong quá trình điều tra.
Hiện trạng gây hại của mối trong các công trình di tích cũng được ghi nhận, đánh dấu vị trí.