Ngân hàng Nhà nước là một định chế tài chính hỗn hợp vừa mang tính chất là cơ quan quản lý nhà nước, vừa mang tính chất doanh nghiệp nên sự quản lý của ngân hàng Nhà nước với hoạt động của Ngân hàng thương mại là hết sức quan trọng. Sự quản lý đó được thực hiện như sau:
- Ngân hàng Nhà nước cần thực hiện việc thanh tra thường xuyên hoạt động của Ngân hàng thương mại thông qua việc thực hiện các cuộc kiểm tra, trong việc chấp hành luật lệ về tiền tệ và hoạt động ngân hàng, tăng cường hiệu quả thanh tra kiểm soát hoạt động tín dụng tại các Ngân hàng thương mại nhằm hạn chế, phòng ngừa rủi ro tín dụng. Hoàn thiện mô hình tổ chức bộ
máy thanh tra ngân hàng theo ngành dọc từ trung ương đến địa phương và có sự độc lập tương đối về điều hành và hoạt động nghiệp vụ trong tổ chức bộ máy của Ngân hàng Nhà nước; ứng dụng những nguyên tắc cơ bản về giám sát hiệu quả hoạt động Ngân hàng của Ủy ban Basel, tuân thủ những quy tắc thận trọng trong công tác thanh tra.
- Phối hợp với các đơn vị liên quan thường xuyên tổ chức các khóa đào tạo và bồi dưỡng kiến thức cập nhật để nâng cao năng lực đánh giá, đo lường, phân tích, kiểm soát rủi ro tín dụng cho các cán bộ tín dụng.
- Xây dựng hệ thống và các biện pháp kiểm soát luồng vốn quốc tế và nợ nước ngoài, trong đó tập trung vào cơ chế giám sát cho vay và vay bằng ngoại tệ của các Ngân hàng thương mại để tránh rủi ro về tỷ giá, ngoại hối thời hạn, qua đó có những cảnh báo sớm cho các Ngân hàng thương mại xử lý kịp thời.