Thiết kế mồ
3.1.2. Phân tích trật tự sắp xếp, độ dài các gen mã hóa protein và tRNA
Loài H. taichui thuộc lớp Sán lá (Trematoda), ngành Sán dẹt (Platyhelminthes), vì thế trật tự sắp xếp các gen trong hệ gen ty thể của loài này mang các đặc điểm chung cơ bản của lớp Sán lá (Le et al., 2000; 2001).
Sau khi thu nhận được trình tự nucleotide chuỗi gen đích nghiên cứu trong hệ gen ty thể của chủng sán lá ruột nhỏ HTAQT có kích thước 2876 bp, phân tích trật tự sắp xếp và chú giải từng gen được tiến hành bằng cách lựa chọn những gen (đó là
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
các gen nad3, cox1, 16S, 12S) nằm trong vùng gen này (Hình 3.4), của các chủng sán lá ruột nhỏ thuộc các loài khác nhau đã có dữ liệu trên Ngân hàng gen (GenBank). Trình tự nucleotide chuỗi gen đích của chủng HTAQT cùng với trình tự các gen nói trên của các chủng sán lá ruột nhỏ, sau khi xác định, được đưa vào chương trình GENDOC2.7 để xác định các vị trí tương đồng về nucleotide, bộ mã khởi đầu, bộ mã kết thúc của một gen. Tiến hành làm so sánh nhiều lần với các loài thuộc lớp trematode sử dụng vùng gen đích để xác định vị trí sắp xếp của gen mã hóa protein và trật tự của tRNA vận chuyển.
Kết quả sau đối chiếu và so sánh chúng tôi thu được trật tự sắp xếp, kích thước và trình tự nucleotide các gen trong vùng gen đích 2,9 kb của hệ gen ty thể chủng sán lá ruột nhỏ HTAQT (Hình 3.4), bao gồm:
- Các gen mã hóa protein (protein-coding gene): 48 nucleotide cuối của gen mã hóa cho NADH dehydrogenase subunits 3 (nad3), toàn bộ 1542 nucleotide của gen Cytochrome oxidase subunit 1 (cox1);
- Các gen RNA ribosome (rRNA ribosome): toàn bộ 980 nucleotide của RNA ribosome rrnL (16S rRNA), cuối chuỗi gen là 46 nucleotide của gen rrnS (12S rRNA);
- Các gen RNA vận chuyển : Bốn gen RNA vận chuyển (tRNA) là tRNA-Ser (60 nucleotide) vận chuyển Serin và tRNA-Trp (64 nucleotide) vận chuyển Tryptophan nằm ở giữa hai gen mã hóa protein nad3 và cox1; tiếp đến là tRNA-Thr (64 nucleotide) vận chuyển Threonin nằm ở giữa hai gen cox1 và rrrL; cuối cùng là tRNA-Cys (62 nucleotide) vận chuyển Cystein nằm ở giữa hai gen rrrL, rrrS. Bốn RNA vận chuyển nói trên theo chức năng vận chuyển các amino acid tương ứng là: Serin, Tryptophan, Threonin và Cystein (Bảng 3.1), còn được kí hiệu theo danh pháp là trnS1; trnW; trnT và trnC (Le et al., 2002) (Hình 3.4).
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ atp6 nad2 A V W cox1 T rrnL C rrnS cox2 Y N I FM nad1 P K Q D nad3
cox3 cob nad4
EH R H R nad5 G L1 L2 S1 S2 LNR nad4L nad6 HTA1F HTA4R JB3F HTA6F nad3 S1W cox1 T rrnL C HTA2R JB4.5R rrnS ~2,9kb
Hình 3.4. Vị trí vùng gen nghiên cứu, điểm bám của các mồi và trật tự sắp xếp các gen trên chuỗi gen có độ dài 2,9 kb.
Bảng 3.1: Trật tự sắp xếp các gen trong hệ gen H. taichui chủng HTAQT
Gen Chiều dài bp Bộ mã khởi đầu Bộ mã kết thúc
nad3 40 bp cuối gen TAG
tRNA-Ser 60
tRNA-Trp 64
cox1 1542 ATG TAG
tRNA-Thr 64
16S rRNA 980
tRNA-Cys 62
12S rRNA 46 bp đầu gen