Thiết kế mồ
2.3.9. Phƣơng pháp phân tích và xử lý số liệu
Trình tự DNA thu nhận được từ máy giải trình tự, được cung cấp ở hai dạng: chuỗi nucleotide thô ở dạng chữ (.txt) và chuỗi nucleotide thô ở dạng giản đồ chromatogram (.ab1). Chuỗi ở dạng .txt cho phép nhận biết chuỗi giải trình tự có đạt yêu cầu không, còn chuỗi nucleotide ở dạng .ab1 cho phép đưa vào các chương trình chuyên biệt (ví dụ: Chromas, BioEdit, SeqEd) để phân tích, biên tập với mục
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
đích xác định chính xác từng nucleotide để có chuỗi cuối cùng (chuỗi tinh hay chuỗi đã biên tập). Cuối cùng, chuỗi đã được biên tập (edition) được sử dụng ở dạng .txt, vì ở dạng này, tất cả các chương trình phân tích gen (ví dụ: MEGA, GeneDoc, MacVector) đều có thể nhận biết.
* Chương trình so sánh và phân tích chuỗi gen - GeneDoc:
GeneDoc là một chương trình nổi (interface application) được lập trình cho máy tính PC sử dụng hệ Window, dùng để mở file, đọc và phân tích file ở dạng .msf (multiple sequence file) (Nicholas KB và Nicholas HB, 1999), GeneDoc cho phép xác định trình tự amino acid của gen nhân và gen ty thể, đưa ra cấu hình của các chuỗi đã được so sánh để chuyển nạp vào MEGA cho phân tích phả hệ.
* Chương trình phân tích di truyền tiến hóa phân tử (MEGA):
MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) là một hệ chương trình nổi giao diện (interface application) được lập trình dễ sử dụng cho các nhà nghiên cứu di truyền học phân tử với mục đích so sánh đối chiếu các chuỗi gen đồng chức năng từ các chủng cùng loài, từ các chủng khác loài trong cùng giống/chi thuộc cùng một họ từ đó suy ra mối quan hệ nguồn gốc và phả hệ ở góc độ tiến hóa phân tử (Tamura et al., 20011).
* Chương trình tRNA scan-SE:
Chương trình tRNAscan-SE phát hiện trình tự gen và cấu trúc của các tRNA, với mức độ phát hiện gen tRNA phù hợp với mô hình rất cao và chính xác, với một tốc độ tìm kiếm khoảng 30 kb/giây (Lowe và Eddy, 1997). Tuy nhiên, với chuỗi gen tRNA khuyết hoặc thiếu, tRNAscan-SE không cho ra kết quả. Chương trình cho biết tổng độ dài của một gen tRNA và thể hiện ở cấu trúc bậc 2 của chuỗi gen tRNA, được sử dụng miễn phí và cung cấp tại trang web: http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE.
* Xử lý số liệu trong nghiên cứu
Trong nghiên cứu này, chúng tôi xử lý giản đồ chromatogram của chuỗi nucleotide thô bằng chương trình SeqEdv1.03, sau đó so sánh các chuỗi sử dụng chương trình AsemblyLIGN v1.9 và phân tích thành phần nucleotide và amino acid hoặc các đặc tính gen và polypeptide bằng hệ chương trình MacVector 8.2 (Accelrys
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
Inc.) trên máy tính Macintosh. Các trình tự nucleotide hay amino acid được sắp xếp và tính toán mức độ tương đồng bằng chương trình GeneDoc v2.7, phân tích và xây dựng phả hệ bằng chương trình MEGA5.2 (Tamura et al., 2011), trên máy tính PC. Các chuỗi gen nad3, cox1 và 16S được sử dụng để phân tích, so sánh về thành phần nucleotide và amino acid, cũng như phân tích mối quan hệ phả hệ giữa các chủng H. taichui của Việt Nam và thế giới. Mối quan hệ phả hệ nguồn gốc dựa trên trình tự nucleotide và amino acid của một phân đoạn gen giữa các chủng H. taichui, sử dụng trong nghiên cứu được xây dựng bằng phương pháp ”kết nối liền kề” (NJ, Neighbour- Joining), với hệ số kiểm định (bootstrap) là 1000 bootstrap (Tamura et al., 2011).
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
CHƢƠNG 3