Với yêu cầu ngày càng cao về chuyên môn, Viện gửi cán bộ đào tạo ở trong nƣớc và nƣớc ngoài, trong đó có lực lƣợng cán bộ về tập huấn trạm sốt rét tại địa phƣơng, một số cán bộ có năng lực chuyên môn cũng nhƣ quản lý đƣợc điều động ra công tác tại Bộ Y tế, các Viện trung ƣơng hoặc làm chuyên gia cho tổ chức quốc tế. Hơn nữa, Viện tham gia nhiều dự án quốc tế với các tổ chức thế giới….Đây thực sự là trở ngại lớn cho việc quản lý cán bộ, đánh giá hiệu quả công việc của từng bộ phận và từng cán bộ trong Viện, lên kế hoạch phân bổ nhân lực và các nguồn lực. Để nâng cao chức năng truyền thông giáo dục sức khỏe trong phạm vi hoạt động, Viện đã ứng dụng công nghệ thông tin y tế nhƣ phần mềm quản lý sốt rét (MMS), phần mềm quản lý khám chữa bệnh, mạng thông tin nội bộ (LAN), hộp thƣ điện tử (email) và đặc biệt là trang thông tin điện tử (website) với gần 13 triệu lƣợt truy cập. Vì thời điểm phát triển ứng dụng của những phần mềm không đồng nhất, với mục tiêu trƣớc mắt là đáp ứng nhu cầu quản lý từng phần hành nên không có sự liên kết thông tin với nhau; dẫn đến tình trạng thông tin quản lý ở phần mềm nào chỉ hữu ích cho bộ phận cần quan tâm gây khó khăn cho việc quản lý vĩ mô và nắm bắt thông tin kịp thời cho cán bộ quản lý và từng nhân viên. Điều này đã gây khó khăn lớn cho tất cả các phòng ban khi không thể nắm bắt đƣợc thành quả hoạt động của Viện, từng phòng ban, của từng cán bộ nếu nhƣ không có những cuộc họp tổng kết
quá trình hoạt động của Viện đƣợc tổ chức 6 tháng/lần. Trực tiếp phòng Tài chính – kế toán khó khăn khi tổng hợp thông tin cán bộ, tính lƣơng thƣởng, dự toán ngân sách…Nhu cầu bức thiết cần hình thành thƣớc đo đánh giá hiệu quả của phƣơng diện quy trình hoạt động nội bộ. Bằng việc vận dụng BSC, Viện có thể đánh giá đƣợc hoạt động nội bộ và kết nối khoa phòng và lĩnh vực hoạt động trong Viện.