Cây cà chua thuộc họ rễ chùm, có khả năng ăn sâu trong ựất. Rễ phụ cấp 2 phân bố dày ựặc trong ựất, ựặc biệt ở thời kỳ sinh trưởng rễ cây phát triển mạnh. Tuỳ giống, ựất ựai và thời vụ, rễ cà chua có thể phát triển rộng 1,3m và ăn sâu 1,5m, nhưng ở ựộ sâu dưới 1,0m có số lượng rễ ắt. Với khối lượng rễ lớn như vậy nên cà chua có thể trồng ựược nhiều vùng sinh thái khác nhau và ựược xếp vào nhóm cây chịu hạn (Thompson, 1927).
đặc tắnh của cây cà chua là thân bò lan ra xung quanh hoặc mọc thành bụi, phân nhánh mạnh. Thân ựược phủ một lớp lông tơ và cấu tạo bởi nhiều ựốt, các ựốt thân có khả năng ra rễ bất ựịnh. Chiều cao cây, số ựốt và chiều dài ựốt khác nhau, nó phụ thuộc vào giống và ựiều kiện trồng trọt.
Lá cà chua thuộc lá kép lông chim lẻ, mỗi lá hoàn chỉnh gồm có 3-4 ựôi lá chét tuỳ theo giống, ngọn lá có một phiến lá riêng biệt gọi là lá ựỉnh. Lá có nhiều dạng khác nhau: dạng chân chim, dạng khoai tây,... kắch thước, màu sắc tuỳ thuộc vào giống và ựiều kiện trồng trọt.
Hoa cà chua thuộc loại hoa hoàn chỉnh, gồm: lá ựài, cánh hoa, nhị và nhụy. Cà chua thuộc cây tự thụ là chủ yếu, do ựó ựặc ựiểm cấu tạo của hoa cà chua là: Các bao phấn bao quanh vòi nhụy, thông thường vòi nhụy thấp hơn nhị. Hoa mọc thành từng chùm, có 3 loại chùm hoa: Chùm ựơn giản, chùm trung gian và chùm phức tạp. Số lượng hoa/chùm, số lượng chùm hoa/cây rất khác nhau, số chùm hoa dao ựộng khoảng 20 chùm hoặc nhiều hơn, ựiều ựó phụ thuộc chủ yếu vào ựặc tắnh của giống, ựiều kiện ngoại cảnh và kỹ thuật trồng trọt.
Căn cứ vào ựặc ựiểm ra hoa của cà chua có thể phân thành 3 loại: - Loại hình sinh trưởng hữu hạn;
- Loại hình sinh trưởng bán hữu hạn; - Loại hình sinh trưởng vô hạn.
Quả cà chua thuộc loại quả mọng, bao gồm: vỏ quả, thịt quả, vách ngăn, giá noãn. Quả cà chua ựược cấu tạo từ 2 ngăn hạt trở lên. Hình dạng
(quả dẹt, quả tròn và quả dài), khối lượng (to, trung bình, nhỏ) có thể dao ựộng rất lớn từ 3 gram ựến 200 gram và thậm trắ tới 500 gram. Màu sắc vỏ quả tuỳ thuộc vào giống. Loài cà chua trồng thường có màu ựỏ, ựỏ thẫm, vàng, vàng da cam. Ngoài ra màu sắc quả chắn còn phụ thuộc vào nhiệt ựộ, hàm lượng caroten và lycopen có trong quả. Chất lượng quả cà chua ựược thể hiện qua các chỉ tiêu: ựộ trắc quả, tỷ lệ thịt quả, tỷ lệ ựường, axắt và sắc tố quả (Tạ Thu Cúc và cs, 2000)