Ô nhiễm môi trường có ảnh hưởng rất lớn đến đa dạng sinh học. Hiện nay, môi trường bị suy thoái nghiêm trọng dẫn đến suy giảm số lượng cũng như chủng loại các loài sinh vật, trong sốđó có nguồn lợi thủy sản nhiều loài tôm, cá có giá trị kinh tế đã bị giảm sút và có nguy cơ tuyệt chủng, thay vào
đó là các loại cá tạp tăng lên.
Suy thoái đa dạng sinh học làm cho một số hệ sinh thái có thể bị hủy diệt hay làm cho nguồn gen bị suy giảm hoặc tạo ra các tổ hợp gen lặn gây khả
năng suy giảm sức chống chịu với điều kiện môi trường sống. Do vậy sẽ mất
đi sự phong phú của hệ sinh thái tự nhiên.
Môi trường sống và tài nguyên thiên nhiên đang bị ô nhiễm nặng, hệ
sinh thái biển bị tổn thương, sự đa dạng sinh học đang bị phá vỡ, nhiều vùng
đất thấp ven biển có thể bị mất đất do bị ngập nước nếu nước biển dâng lên. Sự biến đổi khó lường về khí hậu, thời tiết và về mùa có những tác động nghiêm trọng tới các hệ sinh thái. Những năm gần đây, ngành nuôi trồng thủy sản đang gặp nhiều khó khăn vì sự biến đổi khí hậu, thời tiết ngày càng khắc nghiệt hơn, chất lượng con giống bố mẹ tốt, sạch bệnh và an toàn sinh học ngày càng khan hiếm, nguồn nước biển lấy vào ao nuôi dễ tiềm ẩn mầm bệnh và phát sinh dịch bệnh, dẫn đến nguồn cung cho sản xuất và chế biến thủy sản luôn thiếu hụt.
Trong một báo cáo của Trung tâm về các giải pháp đại dương (Center for Ocean Solutions) xuất bản vào tháng 5 năm 2009 với tựa đề “Hệ sinh thái và Con người của Thái Bình dương: Các mối đe dọa và Cơ hội hành động”, với sự tham gia của hơn 30 nhà khoa học thuộc các lĩnh vực tự nhiên, vật lý và xã hội, từ nguồn thông tin, dữ liệu phân tích tổng hợp của 3400 bài báo, báo cáo khoa học của hơn 50 quốc gia và vùng lãnh thổ, báo cáo đã nêu chi tiết về các mối đe dọa chính đối với môi trường biển và đại dương, các ảnh hưởng của chúng và đưa ra lộ trình cùng với các biện pháp đối phó với những mối đe dọa này. Theo kết quả nghiên cứu tổng hợp từ báo cáo, trong các mối đe dọa chính mà môi trường biển đang phải đối mặt tại 50 quốc gia và vùng lãnh thổ này gặp phải, tại các nước giàu cũng như nước nghèo, tại các quốc gia, quần đảo, khu vực đông hay thưa dân cư đều có một điểm rất chung ớ mức rất phổ biến và đang ở mức độ báo động đó là:
(i) Ô nhiễm môi trường có nguồn gốc từ đất liền và từ biển, (ii) Phá hủy nơi cư trú tự nhiên,
(iii) Khai thác và đánh bắt cá quá mức,
Theo ước tính, cỏ biển đã mất 30 – 60% và rừng ngập mặn – chiếm 1/3 diện tích rừng thế giới – mất đến 70% và khoảng 11% các rạn san hô trên toàn cầu đã bị phá hủy hoàn toàn trước năm 1998. Trong vòng 20 năm qua, các nước Đông Nam Á đã mất đi 12% số rạn san hô, 48% số rạn san hô khác đang trong tình trạng suy thoái nghiêm trọng. Các rạn san hô thường là môi trường sống của khoảng 1/4 các loài cá, đồng thời còn là nơi cư trú của các loài sinh vật biển khác. Sự mất dần của các rạn san hô và sẽ khiến lượng cá bị suy giảm nghiêm trọng, thậm chí còn dẫn đến sự tuyệt chủng của một số sinh vật biển do chúng không còn nơi để cư trú và sinh sản. Điều này không chỉ ảnh hưởng nghiêm trọng đến môi trường mà còn gây phát sinh nhiều vấn đề kinh tế-xã hội do sự thiếu hụt thực phẩm cung cấp cho những cư dân sống ở các đảo và các vùng ven biển, kéo theo những cuộc di dân hàng loạt từ các vùng ven biển vào các vùng trung tâm [22].
Ô nhiễm nước mặt trở thành mối đe dọa nghiêm trọng đối với các hệ
sinh thái thủy sinh và những khu vực có hệ thống sông bị ô nhiễm chảy qua.
học cao nằm trong lưu vực của sông Sài Gòn - Đồng Nai đang chịu ảnh hưởng bởi tình trạng ô nhiễm nước sông. Ô nhiễm nước sông Nhuệ - sông
Đáy cũng làm cho các loại thủy cầm chết hàng loạt vào năm 2004 - 2005, gây thiệt hại lớn cho nông dân các tỉnh Hà Nam và Nam Định.
Dưới sức ép của các hoạt động phát triển kinh tế, ô nhiễm môi trường và
thiên tai, các hệ sinh thái, nơi cư trú của các loài sinh vật biển bị phá hủy, đặc biệt là đối các hệ sinh thái nhạy cảm như rừng ngập mặn, thảm cỏ biển và san hô... Theo đánh giá của Bộ Thủy sản, hoạt động sản xuất trong thời kỳ 1985 – 2000 đã chặt phá đi 15.000 ha rừng ngập mặn mỗi năm. Năm 2002, Viện Tài nguyên thế giới đưa ra cảnh báo cho rằng 80% rạn san hô biển của Việt Nam nằm trong tình trạng rủi ro cao [23].
Đa dạng sinh học và nguồn lợi thủy hải sản giảm rõ rệt do đánh bắt tận diệt và suy giảm môi trường sống. Theo đánh giá của Viện Hải dương học Bộ
Thủy sản, khoảng 85 loài hải sản đã được xếp vào các mức độ nguy cấp khác nhau. Trong đó, 70 loài có tên trong sách đỏ Việt Nam nhưng vẫn là đối tượng bị khai thác.
Mặt khác, tài nguyên nước mặt và nước ngầm của Việt Nam bị ô nhiễm khiến người dân ngày càng khó có thể tiếp cận với nước sạch sinh hoạt, đặc biệt là dân cư các vùng nông thôn. Số lượng các làng bị ung thư xuất hiện ngày càng tăng. Hiện Việt Nam đã phát hiện hơn 10 làng, xã bị ung thư. Ngoài bệnh ung thư, các bệnh nghề nghiệp khác do ô nhiễm môi trường sống gây ra cũng đang diễn biến phức tạp. Theo bộ Y tế, 80% số bệnh mà người dân Việt Nam mắc phải là do sử dụng các nguồn nước kém chất lượng [23].
Cùng với sự suy giảm, cạn kiệt nhiều nguồn lợi biển do khai thác, sử
dụng không hợp lý và thiếu tính bền vững, môi trường biển ở nhiều khu vực trên trái đất đang chịu nhiều thách thức và các mối đe dọa trầm trọng khi dân cư ven biển ngày càng tăng, các họat động kinh tế ven biển ngày càng phát triển, nhiều cửa sông ven biển bị ô nhiễm do nước thải từ các khu công nghiệp, khu đô thị thải ra cùng với nạn phá hủy rừng ngập mặn ngày càng tăng, và sự gia tăng về tần suất và mức độ ảnh hưởng của thiên tai bão lũ do biến đổi khí hậu.