Năm 1995, Việt Nam gia nhập các nước ASEAN và ngành thuỷ sản Việt Nam trở thành thành viên của tổ chức nghề cá Đông Nam Á SEAFDEC, cùng với việc mở rộng thị trường xuất khẩu đã tạo điều kiện cho ngành công nghiệp chế biến thuỷ sản có chiều hướng phát triển tốt. Chất lượng sản phẩm thuỷ sản không ngừng được nâng cao do các cơ sở chế biến ngày càng hiện
đại, công nghiệp tiên tiến, quản lý theo tiêu chuẩn quốc tế.
Chương trình chế biến và xuất khẩu thủy sản đến năm 2005 đã được Thủ
tướng Chính phủ phê duyệt và bắt đầu thực hiện từ năm 1998 là một chương trình tạo bước ngoặt trong thế kỷ XXI cho ngành chế biến thủy sản nước ta. Có thể nói, chế biến xuất khẩu thủy sản là động lực cho tăng trưởng và chuyển đổi cơ cấu trong khai thác và nuôi trồng thủy sản.
Đến năm 2008, đã có 544 doanh nghiệp chế biến thủy sản quy mô công nghiệp, trong đó 410 cơ sở sản xuất, kinh doanh thủy sản đạt tiêu chuẩn ngành về điều kiện an toàn vệ sinh thực phẩm, 414 doanh nghiệp đã áp dụng các quy phạm GMP, SSOP, HACCP, ISO 14001..., đạt tiêu chuẩn sản xuất sạch hơn,
được phép xuất khẩu sang các thị trường lớn như Mỹ, EU, Nhật Bản, Hàn Quốc, Liên bang Nga,... Từ 18 doanh nghiệp năm 1999, đến nay đã có 269 doanh nghiệp chế biến được cấp phép xuất khẩu vào thị trường EU [15].
Tính đến năm 2012 trên toàn quốc đã có 570 cơ sở chế biến thuỷ sản với quy mô công nghiệp và hàng nghìn cơ sở chế biến gia công nhỏ lẻ, thủ công hộ gia đình với công suất chế biến khoảng 2,5 triệu tấn sản phẩm /năm [16].
Bên cạnh các doanh nghiệp nhà nước, các doanh nghiệp chế biến xuất khẩu thuỷ sản của tư nhân phát triển mạnh trong thời gian qua, nhiều doanh nghiệp thuộc thành phần kinh tế tư nhân đã có giá trị kim ngạch xuất khẩu thuỷ sản hàng đầu, một số doanh nghiệp chế biến xuất khẩu đã có kim ngạch xuất khẩu trên dưới 100 triệu USD mỗi năm. Sản phẩm thủy sản của Việt Nam đã có mặt và đứng vững trên 140 quốc gia và vùng lãnh thổ, trong đó có những thị trường quan trọng như EU, Nhật Bản, Hoa Kỳ, Hàn Quốc và Nga.
Theo Cục Quản lý chất lượng nông- lâm sản và thủy sản (Nafiqad), tính
đến thời điểm này, cả nước có 300 doanh nghiệp được phép xuất khẩu thủy sản sang EU, hơn 440 doanh nghiệp sang Hàn Quốc, hơn 440 doanh nghiệp sang Trung Quốc, 30 doanh nghiệp sang Liên bang Nga, 60 doanh nghiệp sang Brazil và gần 450 doanh nghiệp sang Nhật Bản. Tính đến cuối năm 2009, giá trị kim ngạch xuất khẩu hàng thủy sản đạt 4,2 tỷ USD [17].
Chiến lược biển đến năm 2020 đã đặt ra mục tiêu Việt Nam trở thành quốc gia mạnh về biển, làm giàu từ biển trên cơ sở phát huy mọi tiềm năng từ
biển, phát triển toàn diện các ngành nghề biển với cơ cấu phong phú, hiện đại, tạo ra tốc độ phát triển nhanh, bền vững, hiệu quả cao với tầm nhìn dài hạn. Ngành chế biến thủy sản cũng sẽ phát huy đầy đủ vị trí, vai trò của mình, tạo
động lực thúc đẩy các ngành khác cùng phát triển.