Theo Lê Văn Tạo (2006) [17] vi khuẩn E.coli bằng cách trực tiếp hay gián tiếp xâm nhập vào đường ruột của lợn. Trong ruột, khi có đủ điều kiện thuận lợi, vi khuẩn nhân lên với số lượng lớn, sản sinh yếu tố kháng khuẩn Colicin V. Yếu tố này tiêu diệt hoặc hạn chế sự phát triển của các vi khuẩn đường ruột khác, trở thành vi khuẩn có số lượng lớn trong ruột.
Khi số lượng lớn, chiếm ưu thế, vi khuẩn tràn lên ruột non, ở ruột non nhờ kháng nguyên bám dính, vi khuẩn bám dính được vào lớp tế bào biểu mô nhung mao ruột, nhờ yếu tố xâm nhập, vi khuẩn xâm nhập vào trong lớp tế bào biểu mô. Trong lớp tế bào biểu mô, vi khuẩn phát triển nhân lên lần thứ nhất và phá hủy lớp tế bào này gây ra viêm ruột.
Cũng tại đây vi khuẩn sản sinh độc tố đường ruột. Độc tố dường ruột tác động vào quá trình trao đổi muối - nước ở ruột làm cho nước và chất điện giải không thể hấp thu từ ruột vào cơ thể, ngược lại thẩm xuất từ cơ thể
vào ruột. Nước tập trung vào ruột tăng lên, cộng với khí do vi khuẩn E.coli lên men tạo ra cũng làm cho ruột căng lên, sức căng của ruột và quá trinh viêm ruột.
Kích thích vào hệ thần kinh thực vật tạo nên những cơn nhu động mạnh đẩy nước và phân ra ngoài, gây nên tiêu chảy.
Từ tế bào niêm mạc ruột, vi khuẩn E.coli vào hệ thống hạch ruột qua hệ bạch huyết và hệ tuần hoàn gây nhiễm trùng huyết. Trong máu, E.coli tiếp tục phát triển nhân lên lần thứ 2 sản sinh yếu tố dung huyết, phá vỡ hồng cầu gây thiếu máu, tăng tính thấm thành mạch, nước từ trong mao quản thẩm xuất ra tích tụ trong các mô bào gây phù.
Theo máu, vi khuẩn đến các cơ quan nội tạng, trong các cơ quan nội tạng vi khuẩn sản sinh độc tố thần kinh phá hủy tế bào thần kinh. Tùy sữa mẹ kém phẩm chất do lợn mẹ không được nuôi dương chăm sóc, khai thác hợp lý cũng gây cho lợn con mắc bệnh lợn con phân trắng.
Chuồng bẩn, lợn con luôn phải bú sữa lợn mẹ có bầu vú nhiễm E.coli. Lượng sữa mẹ ít, lợn con đói phải gặm mút lung tung, trong đó có nước, rơm, chất thải nhiễm E.coli lợn mẹ bị viêm.
Theo Sử An Ninh và cs (1993) [12], nguồn gốc sinh ra bệnh phân trắng lợn con có liên quan đến phản ứng thích nghi của cơ thể lợn với yếu tố stress, biểu hiện thong qua sự biến động hàm lượng một số thành phần máu như đường huyết, cholesterol, sắt, kali, natri,...
Chăm sóc và nuôi dưỡng lợn nái không đúng kĩ thuật như: Thức ăn, nước uống không hợp vệ sinh, khẩu phần thức ăn không đủ chất dinh dưỡng, thiếu yếu tố đa lượng, vì thiếu sắt, coban, vitamin B12,... Khiến cơ thể lợn suy yếu do thiếu máu, khả năng chống đỡ với các yếu tố môi trường kém nên dễ mắc bệnh.
Theo Trịnh Văn Thịnh (1995)[20], sắt là yếu tố vi lượng, sắt cần thiết cho sinh trưởng và khả năng chống đỡ bệnh tật. Ở động vật, ½ lượng sắt trong cơ thể nằm ở Hemoglobin và một số Enzym. Trong quá trình mang thai hoặc sữa đầu của lợn mẹ không đáp ứng được nhu cầu dinh dưỡng về sắt dễ sinh bầm huyết ở lợn con, cơ thể suy nhược, không hấp thu được dinh dưỡng, giảm sức đề kháng và dễ mắc bệnh.
Lợn con sơ sinh đến 21 ngày tuổi, pH dịch vị trung tính, không có acid, đặc trưng là acid HCl tự do nên không đủ khả năng tiêu hóa Protit. Nhược điểm này cũng là nguyên nhân phát sinh bệnh phân trắng lợn con. Lợn con 1 tháng tuổi trở lên hàm lượng acid HCl và men Pespsin dịch vị tăng lên tỷ lệ nhiễm bệnh giảm rõ dệt. Vì vậy nên cho lợn con tập ăn sớm.
+ Ảnh hưởng của môi trường khí hậu
Điều kiện ngoài cảnh là yếu tố quan trọng ảnh hưởng tới sức đề kháng của cơ thể gia súc. Khi có sự thay đổi các yếu tố như nhiệt độ, độ ẩm, mưa, nắng, điều kiện truồng nuôi, đều ảnh hưởng đến sức khỏa của lợn, đặc biệt lợn con theo mẹ, do cấu tạo và chức năng sinh lý chưa ổn định và hoàn thiện, khi gặp các yếu tố bất lợi đễ bị stress dẫn đến nhiều bệnh trong đó có bệnh lợn con phân trắng.
Trong các yếu tố khí hậu thì nhiệt độ và độ ẩm cao là 2 yếu tố ảnh hưởng nhiều nhất đến sức khỏe của lợn. Lạnh và ẩm gây rối loạn hệ thống diều hòa trao đổi nhiệt của cơ thể lợn dẫn đến dối loạn quá trình trao đổi chất, làm giảm sức đề kháng của cơ thể, vi khuẩn trong đường tiêu hoá có thời cơ tăng cường độc lực và gây bệnh.
Theo Đào Trọng Đạt và cs (1996) [3] cho thấy những tháng mưa nhiều kèm theo khí hậu lạnh tỷ lên phân trắng lợn con tăng rõ rệt, có khi lên tới 80 - 90% cá thể trong đàn bị bệnh.