Hoạt động tội phạm mạng năm 2007 không còn những vụ ầm ĩ nhƣ các năm trƣớc mà giới tội phạm chuyển sang hoạt động ngầm với mục tiêu là kiếm tiền. Hơn 5.400 virus mới, 340 trang web bị hacker tấn công. Theo thống kê của trung tâm an ninh mạng Bách khoa (BKIS), số virus máy tính xuất hiện ở Việt Nam năm 2007 tăng nhanh theo từng tháng. Cụ thể, trong tháng 2 năm 2007, BKIS phát hiện 197 virus mới thì đến tháng 11 thì số virus mới đã tăng lên 1.589, tức là mỗi ngày khoảng 53 virus mới đƣợc phát hiện.
Cùng với việc các virus thâm nhập hệ thống máy tính thì việc các thông tin của các doanh nghiệp tham gia sàn giao dịch bị hacker cũng là vấn đề cản trở Thƣơng mại điện tử phát triển.
2.4.1.2. Hệ thống thanh toán điện tử
Theo báo cáo TMĐT năm 2005, 2006 hệ thống thanh toán điện tử yếu kém luôn đƣợc doanh nghiệp đánh giá là trở ngại lớn thứ hai đối với phát
triển Thƣơng mại điện tử ở Việt Nam. Các doanh nghiệp tỏ ra khá lúng túng khi muốn triển khai một quy trình ứng dụng Thƣơng mại điện tử trọn vẹn trong bối cảnh hệ thống thanh toán điện tử còn yếu. Đồng thời, ngƣời tiêu dùng cũng chƣa có nhận thức đúng đắn và đầy đủ về các dịch vụ thanh toán điện tử. Điều này ảnh hƣởng không nhỏ tới sự phát triển của Thƣơng mại điện tử Việt Nam trong thời gian qua.
Khoảng hai năm trở lại đây, hoạt động thanh toán trong Ngân hàng đã có những dấu hiệu khả quan với sự ra đời của nhiều phƣơng thức thanh toán mới. Những dịch vụ này đã phần nào giảm thiều việc sử dụng tiền mặt trong thanh toán của doanh nghiệp và ngƣời tiêu dùng. Theo đề án Thanh toán không dùng tiền mặt giai đoạn 2006 – 2010 và định hƣớng đến hết năm 2020, tỷ trọng tiền mặt so với tổng phƣơng tiện thanh toán có xu hƣớng giảm dần. Năm 1997 tỷ trọng này chiếm 32,2% nhƣng đến năm 2001 con số này giảm xuống còn 23,7%, năm 2004 là 20,3%, năm 2005 là 19% và đến đầu tháng 3 năm 2006 là 18,5%.