- Môi trường không khắ của thành phố nhìn chung là trong lành, nhiều chỉ tiêu thấp hơn tiêu chuẩn cho phép. Tuy nhiên khu vực ô nhiễm chỉ là cục bộ, có tắnh thời gian trong xây dựng các khu ựô thị, khu công nghiệp và một số làng nghề trên ựịa bàn, có tác ựộng xấu ựối với sức khoẻ con người, ảnh hưởng xấu ựến các hệ sinh thái và gây biến ựổi khắ hậu. Tốc ựộ công nghiệp hoá mạnh và việc ựô thị hoá nhanh càng làm tăng thêm các nguồn gây ô nhiễm môi trường không khắ.
Môi trường không khắ ở thành phố Vĩnh Yên cũng ựang bị ô nhiễm ngày càng tăng theo thời gian. Các hoạt ựộng sản xuất công nghiệp luôn là một trong những nguồn thải gây ô nhiễm môi trường không khắ rất lớn, ựặc biệt ựối với việc phát thải các khắ như SO2, NO2, CO2.
Ngoài ra, ở khu vực nông thôn các nguồn gây ô nhiễm môi trường không khắ chủ yếu do hoạt ựộng giao thông, xây dựng, chăn nuôi, khắ thải ựộc hại của các làng nghề và một số cơ sở sản xuất tiểu thủ công nghiệp nhỏ lẻ nằm trong khu dân cư ... cũng phần nào ảnh hưởng trực tiếp ựến sản xuất vài sống của nhân dân.
- Môi trường nước mặt của thành phố Vĩnh Yên tập trung chủ yếu ở hồ đầm Vạc và lưu vực các sông cũng ựã bị ô nhiễm.
- Môi trường ựất hiện nay ựang bị tác ựộng mạnh và có chiều hướng suy giảm, nguyên nhân chủ yếu từ các hoạt ựộng sản xuất nông nghiệp, sử dụng không hợp lý thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) và hoạt ựộng công nghiệp dịch vụ. Kết quả phân tắch cho thấy 100% số mẫu ựều xuất hiện nồng ựộ dư lượng thuốc bảo vệ thực vật gốc clo hữu cơ. Với tắnh chất có khả năng tồn lưu, tắch luỹ rất lâu trong ựất, ựặc biệt là trong ựất nông nghiệp thâm canh lúa, rau, hoa
màu. Vì vậy, về lâu dài sẽ tác ựộng gián tiếp ựến sức khoẻ của con người không chỉ qua sản phẩm nông nghiệp mà còn có thể tiếp tục thẩm thấu qua nguồn nước mặt, nước ngầm gây ô nhiễm ảnh hưởng ựến chất lượng cuộc sống của cộng ựồng. Mặt khác, hàm lượng thuốc bảo vệ thực vật tồn lưu trong ựất, nước cũng có tác ựộng rất lớn ựến môi trường sinh thái trong ựất, làm cho chất hữu cơ không ựược phân huỷ, ựất sẽ nghèo dinh dưỡng và dẫn ựến suy thoái...; dư lượng thuốc bảo vệ thực vật tồn lưu trong ựất tại khu vực trồng lúa thành phố Vĩnh Yên là 1,84.10-3, một số kim loại nặng như Cd, Pb dao ựộng trong khoảng 0,3- 0,54mg/kg.