Nhằm hoàn thiện cơ sở pháp lý cho việc quản lý tổng hợp LVS, trong thời gian qua nhiều văn bản quy phạm pháp luật có liên quan ựược ban hành ựã góp phần luật hoá công tác quản lý môi trường và bảo vệ nguồn nước các LVS. Trong ựó có thể kể ra các văn bản quy phạm pháp luật quan trọng như: Luật Bảo vệ môi trường (2005), Luật Tài nguyên nước (2012), Luật đất ựai
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦ 22 (2003), hệ thống Tiêu chuẩn Việt Nam - Các tiêu chuẩn chất lượng nước sông, hồ (ban hành năm 1995, sửa ựổi năm 2001 và 2005), và hàng loạt các văn bản dưới luật khác [2].
Việc quản lý LVS ựã ựược quy ựịnh tại Luật Tài nguyên nước, ban hành năm 1998. Tuy nhiên, Luật cũng chưa quy ựịnh cụ thể về quản lý LVS, chưa quy ựịnh nguyên tắc, nội dung quản lý tổng hợp LVSẦ Vì vậy, việc triển khai thực hiện công tác quản lý tổng hợp LVS trên thực tế còn nhiều khó khăn, vướng mắc. Dự thảo Luật sửa ựổi Luật Tài nguyên Nước (TNN) năm 1998 ựang ựược xây dựng, nhằm bảo vệ TNN hiệu quả; sử dụng nước hợp lý, tiết kiệm; phòng, chống, khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra tốt hơn; tăng cường hiệu lực quản lý Nhà nước về TNN trong tình hình mới.
Quản lý LVS không chỉ quản lý về mặt số lượng mà còn quản lý về mặt chất lượng nước. Tình trạng ô nhiễm nguồn nước ựang gia tăng ở nước ta ựòi hỏi phải có sự phối hợp giữa các ựịa phương vùng thượng lưu với các ựịa phương vùng hạ lưu. Thực tế, việc xây dựng các ựề án quản lý môi trường LVS Cầu, sông Nhuệ - đáy và sông đồng Nai cho thấy, không thể tách rời quản lý TNN với bảo vệ môi trường có liên quan ựến TNN. để khắc phục những nhược ựiểm về thể chế trong việc quản lý LVS, ngày 01/12/2008 Chắnh phủ ựã ban hành Nghị ựịnh số 120/2008/Nđ-CP về Quản lý lưu vực sông.
Tuy ựã có hàng loạt các văn bản pháp luật ựã ựược ban hành, song hiệu quả quản lý tại các LVS chưa cao do hệ thống chắnh sách, văn bản pháp quy liên quan ựến bảo vệ chất lượng nước ở lưu vực sông còn thiếu và chưa ựồng bộ.