Theo (Nguyễn Hồng Yến, 2012), có thể nhìn nhận một cách thẳng thắn rằng bộ phận kiểm tra kiểm soát nội bộ tại hầu hết các ngân hàng hoạt động còn mang nặng tính hình thức. Vị thế của kiểm toán nội bộ chưa được khẳng định; tính độc lập, khách quan trong hoạt động chưa đảm bảo; phương pháp làm việc chưa theo thông lệ quốc tế mà mang tính mang mún, kiểm tra tìm kiếm các sai phạm mà chưa có cái nhìn tổng thể để phân tích nguyên nhân của sai phạm. Thông thường hoạt động kiểm tra kiểm soát nội bộ chỉ được thực hiện tại các đơn vị đã phát sinh rủi ro tín dụng, trong khi ở những nơi chưa phát sinh thì lại chủ quan chưa có sự quan tâm kiểm tra đúng mức nên hiệu quả mang lại không cao. Cụ thể, khi việc kiểm tra chỉ dựa trên các kết quả, số liệu trên báo cáo về tình hình tài chính tại Chi nhánh để đánh giá mà không trực tiếp xem xét các hồ sơ tín dụng thì chưa đủ thông tin để kết luận về tính an toàn và hiệu quả của hoạt động cho vay. Bên cạnh đó, khi kiểm tra người cán bộ cũng cần phải có cái tâm, mong muốn đóng góp cải thiện hoạt động cho đơn vị mình tốt hơn chứ không phải tìm cách bắt bẻ, chê bai,… dẫn đến hành động chống đối của đơn vị. Do đó, hiện nay vấn đề nâng cao chất lượng công tác kiểm tra kiểm soát nội bộ tại ngân hàng là hết sức cần thiết, và hiện tại NHNN cũng đã ban hành “Thông tư 44/2011/TT-NHNN quy định về hệ thống kiểm soát nội bộ
hoàn thiện hệ thống kiểm soát nội bộ và củng cố hoạt động kiểm toán nội bộ trong hoạt động ngân hàng.