Các cơ sở kinh doanh ăn uống ở khu vực Chùa Thầy không phải là các cơ sở phục vụ du lịch theo tính chất chuyên nghiệp. Có 6 nhà hàng tư nhân phục vụ ăn uống thường xuyên, nằm ở phía đông đường 81 (bên bờ hồ Long Trì) những ngày hội chính có thêm 18 - 20 quán ăn, quán giải khát phân bố rải rác lề bên trái đường 81 trong khu du lịch và trên núi. Các nhà hàng, quán ăn được mở ra để phục vụ cho cả hai đối tượng là khách du lịch (cả khách quốc tế và khách nội địa) và cả dân địa phương. Vì vậy chưa đáp ứng được tiêu chuẩn cho khách du lịch, vấn đề an toàn thực phẩm chưa được bảo đảm, việc tổ chức ăn uống còn lộn xộn và giá cả còn chưa hợp lý. Để khắc phục tình trạng trên và phục vụ tốt nhu cầu của du khách, Ban quản lý di tích Chùa Thầy đã phối hợp với chính quyền địa phương tổ chức triển khai ký cam kết đến các hộ dân kinh doanh trong khu vực chùa không căng lều bạt, bán hàng lộn xộn, không chèo kéo khách, đồng thời
phối hợp với các ngành chức năng của huyện Quốc Oai tiến hành kiểm tra công tác vệ sinh môi trường, vệ sinh an toàn thực phẩm và các văn phẩm đảm bảo trật tự, an toàn, văn minh…Hiện nay, toàn xã Sài Sơn có 200 hộ dân phát triển dịch vụ quanh khu vực Chùa Thầy. Để đẩy mạnh phát triển du lịch, Sài Sơn đã tạo điều kiện cho các hộ dân sống quanh khu di tích đầu tư nâng cấp khu dịch vụ phục vụ du khách; nhân cấy các ngành nghề mới về địa phương để tận dụng số lao động nhàn rỗi, đặc biệt là các nghề phục vụ du lịch như: Sản xuất bánh kẹo, hàng mây, giang đan, đồ lưu niệm. Đồng thời, xã thường xuyên phối hợp với các ngành chức năng tổ chức các buổi tập huấn về vệ sinh an toàn thực phẩm cho các chủ cửa hàng kinh doanh ăn uống để đảm bảo an toàn cho khách vãn cảnh Chùa Thầy.
Bãi để xe: Tình trạng chung của các bãi để xe là nền đất, không có mái che và bóng mát. Những ngày thường, xe cộ của khách được để phía đông bắc Long trì (ngoài cổng Chùa Cả) trước UBND xã.
Những ngày chính hội, do lượng khách rất đông (chiếm tới 50- 60% tổng lượng khách trong năm nên các khoảng trống như sân kho, sân UBND xã, bờ đê, sân bóng…ở các đầu đường vào khu Chùa Thầy được sử dụng làm bãi để xe, trong đó lớn nhất là bãi đầu làng Sài Khê, cạnh phía nam núi Hoa Phát (còn gọi là hoa sơn). Và lợi dụng trong những ngày này, các bãi giữ xe cũng đua nhau giành khách và hét giá ngất ngưởng dù cách đó không xa, một bảng thông báo giá giữ xe do UBND tỉnh Hà Tây ban hành, quy định 1.000đ cho xe đạp và 2.000đ cho xe gắn máy. Điều này gây ra rất nhiều phẫn nộ cho du khách, ảnh hưởng đến hình ảnh Chùa Thầy trong con mắt của khách du lịch. Chính vì vậy, để khắc phục tình trạng trên, ban quản lý di tích Chùa Thầy cần phải có biện pháp kiên quyết hơn nữa trong việc quản lý, xử lý đối với các hộ kinh doanh có hành vi bắt chẹt khách và cố tình tăng giá xe cao hơn mức quy định.