... Phương ph p PCR 2.1.1 Định nghĩa Phương ph p PCR phương ph p khuếch đại nhanh nhiều đoạn DNA mà không qua tạo dòng Phương ph p K.Mullis đưa năm 1985 Saiki hoàn thiện năm 1988 Phương ph p PCR thực ... thước lớn cần nhiều dNTP 2.1.3.5 Polymerase Có thể sử dụng Taq DNA polymerase, Tli, Pfu phản ứng PCR Taq pol có tỷ lệ lỗi cao Tli Pfu Tuy nhiên Taq pol lại phức 10 t p polymerase khác thất bại ... có sản phẩm hay không Tính bổ trợ hoàn chỉnh 18nt lý tưởng 2.1.3.4 dNTP Nồng độ loại dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTP) hỗn h p phản ứng thường 200 µM Một điều quan trọng nồng độ loại dNTP phải Chỉ...
... chúng để x p loại vi khuẩn CÁC PHƯƠNG PH P CƠ BẢN TRONG CHẨN ĐOÁN VI KHUẨN 2.1 Phương ph p phân l p vi khuẩn Phân l p khâu quan trọng trọng trình nghiên cứu vi khuẩn Mục đích phân l p tách riêng ... lỏng pipet đầu rời Pipet đầu rời cho ph p thao tác xác với dung tích nhỏ Trong thao tác vô trùng, pipet đầu rời hữu dụng cho ph p cấy chuyển dễ dàng dịch vi khuẩn lên bề mặt môi trường rắn đĩa petri ... đầu tip pipet đầu rời - Khi sử dụng pipet đầu rời để cấy chuyển dịch giống cần tiến hành thao tác không gian vô trùng lửa tủ cấy: - Tay phải cần pipet đầu rời, tay trái mở h p chứa đầu tip vô...
... tạo theo phƣơng ph p thông dụng nhƣ phƣơng ph p nghiền, phƣơng ph p đồng kết tủa, phƣơng ph p vi nhũ tƣơng…Mỗi phƣơng ph p có ƣu nhƣợc điểm riêng, nhiên đƣợc dùng y sinh học chúng cần phải thỏa ... cho phản ứng PCR Nghiên cứu cho thấy sử dụng phƣơng ph p bổ sung TE ủ nhiệt độ 95oC 30 phút kết PCR thành công với c p mồi rpoB/KatG/rrs, phƣơng ph p khác nhƣ không sử dụng TE ủ nhiệt kết PCR ... Giếng 7, 8, : phương ph p ly giải 3, với đệm MES pH 6,5; PBS 6,5 PBS 7,4 Giếng 10, 11, 12 : phương ph p ly giải 4, với đệm MES pH 6,5; PBS 6,5 PBS 7,4 Kết điện di sản phẩm PCR (hình 3.4) cho thấy...
... spp; Salmonella spp V cholerae trực ti p từ bệnh phẩm Đã có số phơng ph p tách chiết tinh ADN trực ti p từ phân nh phơng ph p tách chiết dùng ethanol; phơng ph p sắc ký lỏng cao p; phơng ph p ... Ladder 100bp 2: EAEC 630bp 3: EIEC 320bp 4: EHEC 43890 130bp 376bp 5: EHEC 43889 6: ETEC 147bp 7: EPEC 376bp 8: E coli ATCC11775 298bp 376bp 376bp 367bp Hình 3.1 Kết PCR chủng DEC với c p mồi đặc ... khuôn mẫu cho PCR Bằng phơng ph p tách ADN trực ti p từ phân, phản ứng PCR đợc thực cho kết sau nhận bệnh phẩm vài Bệnh phẩm phân tiêu chảy đợc thu th p lâm sàng Sử dụng kỹ thuật PCR đa mồi để...
... spp; Salmonella spp V cholerae trực ti p từ bệnh phẩm Đã có số phơng ph p tách chiết tinh ADN trực ti p từ phân nh phơng ph p tách chiết dùng ethanol; phơng ph p sắc ký lỏng cao p; phơng ph p ... Ladder 100bp 2: EAEC 630bp 3: EIEC 320bp 4: EHEC 43890 130bp 376bp 5: EHEC 43889 6: ETEC 147bp 7: EPEC 376bp 8: E coli ATCC11775 298bp 376bp 376bp 367bp Hình 3.1 Kết PCR chủng DEC với c p mồi đặc ... khuôn mẫu cho PCR Bằng phơng ph p tách ADN trực ti p từ phân, phản ứng PCR đợc thực cho kết sau nhận bệnh phẩm vài Bệnh phẩm phân tiêu chảy đợc thu th p lâm sàng Sử dụng kỹ thuật PCR đa mồi để...
... Chẩn đoán phương ph p sinh học phân tử ( PCR) - Phương ph p Real-time PCR 1.3 Tổng quan kĩ thuật PCR 1.3.1 Nguyên tắc kỹ thuật PCR PCR (polymerase chain reaction) kỹ thuật sử dụng phổ biến công ... khuôn mẫu cho phản ứng PCR 2.4.5 Phương ph p m-PCR dùng để xác định nhanh serogroup O1, O139 hai biotype V cholerae serogroup O1 2.4.5.1 Phản ứng m-PCR1 Bảng 2 Hỗn h p phản ứng cho m-PCR1 đa mồi ... 2.4.3 Thiếtkế mồi đặc hiệu cho gen appA phyC Trình tự gen ctxA, rfbQ, IS1358, tcpA rstR V choleare thu th p từ ngân hàng gen NCBI Viện Thông tin Y sinh, Mỹ, để phân tích thiếtkế c p mồi cho phản...
... Các phương ph p xác định kiểu hình Các phương ph p xác định kiểu hình thông thường là: Phương ph p xác định tương quan, Phương ph p xác định tỷ lệ kháng, Phương ph p nồng độ tuyệt đối Đỗ Thị Phương ... nhiều phương ph p, song giải trình tự gen phương ph p bản, xác, rõ ràng Giải trình tự (DNA squencing) phương ph p xác định vị trí x p nucleotit phân tử DNA Nguyên lý phương ph p : Tổng h p mạch ... [22] 1.3.4 Các phương ph p chẩn đoán lao kháng thuốc Chẩn đoán vi khuẩn lao kháng thuốc phòng thí nghiệm giới gồm có loại phương ph p phương ph p xác định kiểu hình phương ph p xác định kiểu...
... Leptospira noguchii Leptospira alexanderi Leptospira weilii Leptospira genomospecies Leptospira borgpetersenii Leptospira santarosai Leptospira kmetyi Các loài trung gian Leptospira inadai Leptospira ... Leptospira fainei Leptospira broomii Leptospira licerasiae Leptospira wolffii Các loài không gây bệnh Leptospira biflexa Leptospira meyeri Leptospira wolbachii Leptospira genomospecies Leptospira ... ngưng kết quan sát thấy (4) Sự ngưng kết phương ph p thông thường phương ph p cải tiến thu (3) Phương ph p cải tiến đề nghị sử dụng thay phương ph p thông dụng (1975) sử dụng phương ph p mẫu...
... cạn kiệt thành phần phản ứng (2) xuất sản phẩm phụ ức chế phản ứng (3) vừa tổng h p không kết h p với mồi mà bắt c p với nhau… 2.6 Phương ph p RT-PCR Phương ph p tách chiết ARN Các phân tử ARN không ... phương ph p Western blot có mẫu cho kết dương tính với WSSV Nghiên cứu cho thấy phương ph p PCR nhạy Nó có khả phát mẫu nhiễm nhẹ nặng Còn phương ph p Western blot độ nhạy th p nhiều phương ph p hữu ... cho ph p phát sớm xác tác nhân gây bệnh Nhiều phương ph p lai In situ, Western blot, PCR, RT-PCR phát triển nhằm khắc phục nhược điểm vừa kể việc phát GAV, WSSV tôm sú gi p người nuôi phát kịp...
... L.monocytogenes nói riêng Mặt khác hiệu PCR tăng lên nhiều lần sử dụng kết h p với phương ph p IMS Thêm vào cải tiến PCR ta có Multiplex PCR phương ph p cho ph p ta phân biệt rõ ràng loài Listeria, ... để thực phản ứng PCR 26 Sử dụng primer • Primer 1: 5’-CTAATCAAGACAATAAAATC-3’ Giữa vị trí 536bp 555bp • Primer 2: 5’-GTTAGTTCTACATCACCTGA-3’ Giữa vị trí 1037bp 1056bp 27 Hỗn h p phản ứng PCR 100µl ... cho kết tốt Người ta kết h p Trimethoprim với Sulphamethazol điều trị, vi khuẩn kháng lại với Quinolones Erythromycine, ampicillin dùng điều trị bệnh cho người 14 Cấutrúc kháng nguyên độc tố Cấu...
... cạn kiệt thành phần phản ứng (2) xuất sản phẩm phụ ức chế phản ứng (3) vừa tổng h p không kết h p với mồi mà bắt c p với nhau… 2.6 Phương ph p RT-PCR Phương ph p tách chiết ARN Các phân tử ARN không ... phương ph p Western blot có mẫu cho kết dương tính với WSSV Nghiên cứu cho thấy phương ph p PCR nhạy Nó có khả phát mẫu nhiễm nhẹ nặng Còn phương ph p Western blot độ nhạy th p nhiều phương ph p hữu ... cho ph p phát sớm xác tác nhân gây bệnh Nhiều phương ph p lai In situ, Western blot, PCR, RT-PCR phát triển nhằm khắc phục nhược điểm vừa kể việc phát GAV, WSSV tôm sú gi p người nuôi phát kịp...
... Mặt khác hiệu PCR tăng lên nhiều lần sử dụng kết h p với phương ph p IMS Thêm vào cải tiến PCR ta có Multiplex PCR phương ph p cho ph p ta phân biệt rõ ràng loài Listeria, cho dù có L.monocytogenes ... Listeria kỹ thuật PCR dựa nhân lên đặc hiệu đoạn gene Phân l p L.monocytogenes từ phô mai: Sử dụng phương ph p Magnetic ImmunoPolymerase Chain Reaction (MIPA), kết h p IMS PCR Dựa gene DTH-18 ... thành phức h p mục tiêu-hạt Mục tiêu dễ dàng phân l p từ mẫu sử dụng hạt từ tính t p trung (MPC) Tính linh động: IMS biểu hỗn h p mẫu cung c p mẫu thích h p xử lý trước như: Thực phẩm Nước Phân...
... thạch esculin môi trường phân biệt khả thủy phân esculin vi khuẩn Những sản phẩm thuỷ phân từ phản ứng esculin với muối sắt có môi trường gây kết tủa thành phần iron, sản phẩm kết tủa làm đổi màu ... lỏng để phát sản phẩm chuyển hoá cuối canh cấy PYG phân l p vi khuẩn kỵ khí Canh thang PYG có chưa số chất dinh dưỡng thành phần bổ sung để kích thích vi khuẩn kỵ khí phát triển Thành phần dinh ... thêm cách thêm – 10% máu cừu, máu thỏ máu người phá vỡ sợi fibrin Sự kết h p máu không cung c p chất dinh dưỡng cho vi khuẩn phát triển mà cho ph p phát đặc tính tan máu vi khuẩn 1.15 Môi trường...
... đến 45 phút Gel lấy nhuộm dung dịch ethidium bromide 0.2mg/ml (20 phút) II.7 Ch p ảnh đọc kết Soi gel đèn UV, ch p ảnh phim Polaroid Phân tích kết quả: Bệnh phẩm có kết PCR dương tính ống phản ... bệnh phẩm có chất ức chế phản ứng (hình 1) Kết đọc phương ph p khác lai gh p Dot-blot với probe đánh dấu chất phóng xạ với hệ thống biotin III CHUẨN BỊ HOÁ CHẤT, DUNG DỊCH CẦN THIẾT CHO PCR CHẨN ... phút II.3 Tách ADN vi khuẩn lao bệnh phẩm (Phương ph p BOOM) Bước 1: Phá tế bào giải phóng ADN Cho 0,9ml dung dịch ly giải tế bào L6 (120g GuSCN, 100ml 0.1 M Tris-HCl pH 6.4, 22ml 0.2M EDTA pH...
... DNA: Phơng ph p khuếch đại DNA phơng ph p nhạy cảm việc chẩn đoán bệnh nhiễm trùng Có nhiều phơng ph p khuếch đại DNA nhng hay sử dụng phơng ph p Polymerase Chain Reaction (PCR) PCR tổng h p DNA ... lai DNA gắn với chất phát quang phóng xạ, kết h p với bệnh phẩm, mồi lai kết h p với RNA ribosome 16S có bệnh phẩm Phức h p đợc phát máy đo màu máy đếm phóng xạ Phơng ph p có độ đặc hiệu cao ... bệnh phẩm dịch niệu đạo hay cổ tử cung, PCR phát đợc CT nớc tiểu Phơng ph p cho ph p sàng lọc nhiễm CT cách bệnh nhân tự lấy nớc tiểu gửi đến phòng xét nghiệm (còn gọi biện ph p lấy bệnh phẩm...
... cp mi hunh quang Thnh phn phn ng: Hn hp Multiplex PCR àl ADN àl Phng ph p nghiờn cu H2O àl - Phng ph p chc hỳt nc i Tng th tớch 7àl 10 mu chng l dch i ca ph n mang thai bỡnh thng - Tỏch chit ADN ... al Application of QF-PCR for the prenatal assessment of discordant monozygotic twins for fetal sex Prenat Diagn 2007, 27, pp.648652 Winfried Schmidt, Jutta Jenderny, Kurt Hecher, et al Rapid prenatal ... selected pregnancies at risk Mol Hum Reprod 2000, Sep, (9), pp.855860 Onay H, Ugurlu T, Aykut A, Pehlivan S, Inal M, Tinar S, Ozkinay C, Ozkinay F Rapid prenatal diagnosis of common aneuploidies...
... Nặng PCR(+) PCR(-) Se Sp PPV NPV AC Bảng 3.15.Tổn thương phối h p Xquang phổi chuẩn PCR PCR(+) PCR(-) Se Sp PPV NPV AC Tổn thương Tràn dịch MP Dầy dính MP Co kéo rốn phổi Viêm rãnh LT Giãn phế ... Soi rửa phế quản PCR-lao dịch rửa phế quản Lâm sàng, Cận lâm sàng, PCRlao(dịch phế quản), BactecMGIT 960 dương tính Tính Sp, PPV, NPV Tính Se, PPV, NPV, AC Kết luận 37 Chương DỰ KIẾN KẾT QUẢ ... NPV AC 41 Bảng 3.10 Vị trí tổn thương Kết PCR(+) PCR(-) Se Sp PPV NPV AC Triệu chứng Thùy Thùy Thùy Phổi phải Phổi trái Hai bên Bảng 3.11 Tổn thương phối h p PCR Tổn thương Tổn thương riêng rẽ Tổn...
... khuẩn, nhng có phơng ph p thờng đợc sử dụng rộng rãi trình thực hành phòng thí nghiệm, là: Các phản ứng hoá sinh: phơng ph p cổ điển phơng ph p đợc sử dụng rộng rãi Nguyên lý phơng ph p dựa vào dấu ... nh p vào bên vi khuẩn - Phối h p kháng sinh nhóm #-lactamin gắn lên vị trí khác vách vi khuẩn, nên phối h p cho kết hi p đồng: Pivmecillin Ampicillin - Phối h p thuốc ức chế -lactammase gi p cho ... có mặt phản ứng xảy (thờng gây thay đổi màu sắc) Phơng ph p sinh học phân tử (phơng ph p PCR): xác định gien đặc hiệu vi sinh vật Trong trình thực bớc phân l p định danh vi khuẩn cần phải tuyệt...
... vic chn oỏn bng phng ph p PCR 31 V KT LUN V KIN NGH KT LUN 1.1 Thi gian phỏt hin vi khun qua mu bnh phm theo phng ph p PCR rỳt ngn, ch cũn 24h-48h so vi 15 40 ngy theo phng ph p truyn thng 1.2 ... 15 phỳt, thu pha trờn + Thờm 600 àl hn hp phenol-chloroform-isoamyl alcohol (25:24:1) v trn hn hp bng cỏch o u ng 10 phỳt + Ly tõm tc 13 000 rpm 15 phỳt, chuyn pha lp dung dch trờn sang ng eppendorf ... chng vi khun M.avium complex nhng khụng c hiu i vi cỏc chng vi khun lao M.tuberculosis Phng ph p PCR K thut PCR (Polymerase Chain Reaction - Phn ng chui trựng hp) cho ph p nhõn mt s lng khụng gii...