Phân lập và sàng lọc vi sinh vật có khả năng làm giảm khí methane gây hiệu ứng nhà kính đề tài nghiên cứu khoa học

ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN PHÂN LẬP VÀ SÀNG LỌC VI SINH VẬT CĨ KHẢ NĂNG LÀM GIẢM KHÍ METHANE – GÂY HIỆU ỨNG NHÀ KÍNH 07 Bình Dương, tháng 03 năm 2019 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN PHÂN LẬP VÀ SÀNG LỌC VI SINH VẬT CÓ KHẢ NĂNG LÀM GIẢM KHÍ METHANE – GÂY HIỆU ỨNG NHÀ KÍNH 07 Chủ nhiệm đề tài: Nguyễn Hồi Linh Khoa: Cơng Nghệ Sinh Học Các thành viên: Đinh Thị Mai Anh Nguyễn Thị Hồng Điệp Ngƣời hƣớng dẫn: ThS Nguyễn Văn Minh Bình Dương, tháng 03 năm 2019 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC Mục lục DANH MỤC SƠ ĐỒ iii DANH MỤC BẢNG iii DANH MỤC HÌNH………………………………………………………………… iv DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT v ĐẶT VẤN ĐỀ PHẦN 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU TỔNG QU N VỀ HIỆU ỨNG NHÀ K NH 1.1 Hiệu ứn nh k nh 1.2 Nguyên nhân gây hiệu ứn nh k nh 1.3 Hậu o hiệu ứn nh k nh SƠ LƢỢC VỀ KHÍ METHANE 2.1 Khí methane 2.2 N uồn ph t thải methane SỰ OXY H METH NE 11 SƠ LƢỢC VỀ VI KHUẨN OXI H METH NE 13 VAI TRÒ CỦA VI KHUẨN OXI H METH NE METH NOTROPHS (MOB) 15 TỔNG QUAN VỀ ENZYME METHANE MONOOXYGENASE 16 6.1 Enzyme methane monooxygenase (pMMO) 17 6.2 Enzyme methane monooxygenase dạng hòa tan (sMMO) 19 TỔNG QUAN VỀ GEN Mà HÓA CHO ENZYME METHANE MONOGENASE 21 7.1 Gen mã hóa cho enzyme pMMO 21 7.2 Gen mã hóa cho enzyme sMMO 22 TÌNH HÌNH NGHI N CỨU 23 8.1 T nh h nh n hi n ứu n o i nƣ 8.2 T nh h nh nghiên ứu tron nƣ : 26 23 i NGHIÊN CỨU KHOA HỌC PHẦN 2: ThS Nguyễn Văn Minh VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHI N CỨU 27 VẬT LIỆU 28 1.1 Đối tƣợng nghiên cứu 28 1.2 Công cụ tin sinh học 28 1.3 Các công cụ trực tuyến 28 1.4 Thiết ị ụn ụ m i trƣ n 28 PHƢƠNG PHÁP NGHI N CỨU 29 2.1 Bố tr th n hiệm 29 2.2 Quy trình thu nhận xử lí mẫu 30 PHẦN 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 38 KẾT QUẢ PH N LẬP VI SINH VẬT 39 1.3 Quan s t đại thể 39 1.4 Quan s t vi thể 42 KẾT QUẢ THỬ NGHIỆM KHẢ NĂNG OXY H METH NE CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN THỬ NGHIỆM 44 KHẢO SÁT IN SILICO 46 3.1 Khai tác liệu 46 3.2 Thông tin nghiên cứu vi khuẩn methanotrophs mang gen mã hóa enzyme phân giải khí methane Thế gi i 47 3.3 Thu thập trình tự 57 3.4 Khảo sát cặp mồi 60 PHẦN 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 66 KẾT LUẬN: 67 KIẾN NGHỊ 67 TÀI LIỆU TH M KHẢO 68 TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT 68 TÀI LIỆU TIẾNG NH 69 ii ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC DANH MỤC SƠ ĐỒ Sơ đồ 2.1 Phân lập sàng lọc vi sinh vật sử dụng khí methane 29 Sơ đồ 2.2 Khảo sát gen mã hóa methan monooxygenase vi khuẩn methanotrophs hiếu khí 35 DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 So sánh n n lên to n cầu số kh nh k nh so v i kh CO2 Bảng 1.2 N uồn ph t thải CH4 Bảng 1.3 Đặ điểm methanotroph (Hanson., 1996) 14 Bảng 2.1 Danh sách mẫu nghiên cứu 28 Bảng 3.1 Kết phân lập chủng vi sinh vật 39 Bảng 3.2 Kết quan s t đại thể vi sinh vật từ nƣ c sông, 39 nƣ c thải v nƣ c kênh 39 Bảng 3.3 Kết quan s t đại thể vi sinh vật từ cỏ 40 Bảng 3.4 Đặ điểm vi sinh vật từ mẫu nƣ Bảng 3.5 Đặ điểm vi thể vi sinh vật từ mẫu cỏ 43 Bảng 3.6 Đặ điểm vi thể vi sinh vật từ mẫu Biogas 44 Bảng 3.7 Các chủng vi khuẩn có khả năn sử dụng khí CH4 mạnh 44 Bảng 3.8 Sự diện pMMO sMMO chủng methanotrophs 48 s n nƣ c thải nƣ c kênh 42 Bảng 3.9 Kết khai thác liệu nghiên cứu gen mã hóa enzyme methane monooxygenase 50 Bảng 3.10 Kết thu thập trình tự gen pmoA 57 Bảng 3.11 Trình tự cặp mồi thiết kế 60 Bảng 3.12 Các thông số vật lý mồi 61 iii NGHIÊN CỨU KHOA HỌC ThS Nguyễn Văn Minh DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Chu trình metan toàn cầu Hình 1.2 Vị trí MOB chu trình chuyển hóa methane ruộng lúa 10 Hình 1.3 Con đƣ n đồng hóa hydrocarbon methanotrophs 12 Hình 1.4 Con đƣ n RuMP đồn h a HCHO MOB loại I 13 Hình 1.5 Con đƣ n S rin đồn h a HCHO MOB loại II 13 Hình 1.6 (a) Cấu trúc tồn cầu pMMO (PDB entry 3RGB) mô tả số a proton αβγ ( ) Chế độ xem từ xuống miền pMMO pmoB cupredoxin giốn nhƣ tế bào mô tả kênh thông qua protein Các trung tâm kim loại đƣợc hiển thị ƣ i dạng hình cầu m u đ n 17 Hình 1.7 (a) Cấu trúc tổ chức tiểu đơn vị proton pMMO αβγ uy mô tả tiểu đơn vị pmoA (trắng), pmoB (xám nhạt) v pmoC (x m đ n) C trun tâm kim loại đƣợc hiển thị ƣ i dạng hình cầu m u đ n v từ xuống vị trí đồng, dicopper kẽm (b) Tổ chức operon pMMO (c) Vị trí hạt nhân đồng miền cupredoxin pmoB (d) Vị tr đồng hạt nhân điểm cuối N pmoB (e) Vị trí liên kết kẽm pmoC 19 Hình 1.8 (a) thành phần sMMO (b) operon sMMO từ M capsulatus (Bath).20 Hình 1.9 Cấu trúc gen pMMO vi khuẩn làm giảm methane 21 (Murrell et al., 2000) 21 Hình 1.10 Cấu trúc gen sMMO vi khuẩn làm giảm methane 22 (Murrell et al., 2000) 22 Hình 2.1 Sơ đồ đơn iản máy sắc ký khí 32 Hình 2.2 Máy phân tích sắc ký khí Agilent Technologies 6890 Plus 34 Hình 3.1 kênh Khuẩn lạc số chủng phân lập từ mẫu nƣ c thải nƣ 40 Hình 3.2 Khuẩn lạc số chủng vi sinh vật từ mẫu cỏ 41 Hình 3.3 Kết nhuộm gram số chủng vi sinh vật phân lập từ mẫu cỏ 43 Hình 3.4 Kiểm tra độ đặc hiệu mồi xi BLAST 62 Hình 3.5 Kiểm tra độ đặc hiệu mồi n ƣợc BLAST 63 Hình 3.6 Vị trí mồi xi PmoA-F đƣợc gióng cột v i trình tự BioEdit 64 Hình 3.7 Vị trí mồi n ƣợc PmoA-R đƣợc gióng cột v i trình tự BioEdit 64 Hình 3.8 Kiểm tra khả năn s n nƣ c cặp mồi 65 iv NGHIÊN CỨU KHOA HỌC ThS Nguyễn Văn Minh DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT MOB M than -Oxi izin Ba t ria – vi khuẩn oxi h a m than IPPC Intergovernmental Panel on Climate Change Cs Cộn ppmV parts per million by volume ICM intracytoplasmic membranes pMMO particulate methane monooxygenases sMMO soluble methane monooxygenases RuMP ribulose monophosphate pathway Tg triệu EPS extracellular polymeric substances PCR Polymerase Chain Reaction NCBI National Center for Biotechnology Information IDT Integrated DNA Technologies BLAST Basic Local Alignment Search Tool Bp base-pair MMO Methane monooxygenase MDH Methanol dehydrogenase AMO Ammonia monooxygenase 16S rDNA gene coding for small subunit of ribosomal ribonucleic acid GC Gas Chromatography v BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO CỘNG HOÀ Xà HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƢỜNG ĐẠI HỌC MỞ Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI Thông tin chung: - T n đề t i: PHÂN LẬP VÀ SÀNG LỌC VI SINH VẬT CÓ KHẢ NĂNG LÀM GIẢM KHÍ METHANE – GÂY HIỆU ỨNG NHÀ KÍNH - Sinh vi n thự hiện: N uyễn Ho i Linh - L p: DH16SH02 Khoa: C n n hệ sinh họ Năm thứ: Số năm đ o tạo: - N ƣ i hƣ n ẫn: ThS N uyễn Văn Minh Mục tiêu đề tài: Phân lập v s n lọ vi sinh vật khả năn l m iảm kh m than – ây hiệu ứn nh k nh Khảo s t in silico nhằm xây ựn liệu n mã h a ho m than monooxy nas Tính sáng tạo: Phân lập đƣợ ây hiệu ứn nh sở ữ vi khuẩn methanotrophs hủn khả năn l m iảm kh CH4 k nh Khảo s t đƣợ en mã hóa cho methane monooxygenase Kết nghiên cứu: Phân lập đƣợ 35 hủn khả năn l m iảm kh CH4 Khảo s t đƣợc gen pmoA mồi khuế h đại đặc hiệu cho gen pmoA Đóng góp mặt kinh tế - xã hội, giáo dục đào tạo, an ninh, quốc phòng khả áp dụng đề tài: Đề t i phân lập sàng lọ đƣợc số chủng vi khuẩn có khả năn oxy hóa methane Ngồi ra, việc xây dựn đƣợc quy trình phát nhanh chủng vi khuẩn có khả năn oxy h a methane góp phần tiết kiệm đƣợc th i gian, công sức tạo sƣu tập đa ạng chủng có hoạt tính oxy hóa methane cao Đề tài tảng cho nghiên cứu sau nhằm sản xuất chế phẩm vi sinh có khả năn l m iảm phát thải khí CH4 nơng nghiệp, góp phần tạo nguồn sản phẩm nông nghiệp hữu man lại hiệu kinh tế cao Có vai trị quan trọng chiến lƣợc phát triển nông nghiệp bền vững gắn liền v i bảo vệ m i trƣ ng sống Công bố khoa học sinh viên từ kết nghiên cứu đề tài (ghi rõ tên tạp chí có) hoặ nhận xét đ nh i sở p ụn kết n hi n ứu (nếu có): Ngày tháng năm 2019 Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài N uyễn Ho i Linh Nhận xét ngƣời hƣớng dẫn đóng góp khoa học sinh viên thực đề tài (phần người hướng dẫn ghi): Ngày Xác nhận đơn vị tháng năm 2019 Ngƣời hƣớng dẫn (ký tên đóng dấu) N uyễn Văn Minh BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO CỘNG HOÀ Xà HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƢỜNG ĐẠI HỌC MỞ Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH THƠNG TIN VỀ SINH VIÊN CHỊU TRÁCH NHIỆM CHÍNH THỰC HIỆN ĐỀ TÀI I SƠ LƢỢC VỀ SINH VIÊN: Ảnh 4x6 Họ v t n: N uyễn Ho i Linh Sinh ngày: 06 tháng 11 năm 1998 Nơi sinh: Tây Ninh L p: DH16SH02 Khóa: 2016 Khoa: C n n hệ sinh họ Địa hỉ li n hệ: Trƣ n Đại họ Mở Tp Hồ Ch Minh Điện thoại: 0926359670 Email: 06111998nguyenhoailinh@gmail.com II QUÁ TRÌNH HỌC TẬP (k khai th nh t h sinh vi n từ năm thứ đến năm đan họ ): * Năm thứ 1: N nh họ : C n n hệ sinh họ Khoa: C n n hệ sinh họ Kết xếp loại họ tập: Trung bình - Khá Sơ lƣợ th nh t h: * Năm thứ 2: N nh họ : C n n hệ sinh họ Khoa: C n n hệ sinh họ Kết xếp loại họ tập: Trung bình - Khá Sơ lƣợ th nh t h: Năm thứ 3: N nh họ : C n n hệ sinh họ Kết xếp loại họ tập: Khá Sơ lƣợ th nh t h: Khoa: C n n hệ sinh họ ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC bacterium 30 pmoA Methylomonas AB538965.1 koyamae 31 pmoA Methylomonas sp KT156637.1 32 pmoA Methylocaldum sp AB275418.1 33 pmoA Methylovulum AB501285.1 miyakonense 34 pmoA Methylacidiphilum EF591085.1 fumariolicum 35 pmoA Methylacidiphilum FJ462791.1 kamchatkense 36 pmoA Methylomonas EU722433.2 methanica 37 pmoA Methylosinus DQ119048.1 sporium 38 pmoA Methylocystis BX649604.1 39 pmoA Uncultured alpha EF623812.1 proteobacterium 3.4 Khảo sát cặp mồi 3.4.1 Ki m tra cặp m i với thông s IDT Mồi đƣợc thiết kế để bắt cặp đặc hiệu vào vị trí bảo tồn vùng gen pmoA Trình tự mồi thông số đ nh i mồi đƣợc trình bày Bảng 3.11 Trình tự cặp mồi thiết kế Mồi Trình tự mồi (5’ – 3’) PmoA-F CAACTTCTGGGGYTGGAC PmoA-R AACGTCYTTACCGAARGT Trang 60 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC Bảng 3.12 Các thông số vật lý mồi Mồi L Tm %GC (1) (2) PmoA-F 18 54,6 58,3 0,67 -5,97 PmoA-R 18 50,9 44,4 -0,51 -6,3 Tron đ L l (3) -5,99 P(bp) 319 hiều dài (bp); % GC phần trăm GC ( ); Tm nhiệt độ nóng chảy mồi (0C); mức năn lƣợng liên kết tự (kcal.mole-1) hình thành cấu trúc (1) haiprin loop, (2) Self-dimer, (3) hetero- im r; P l k h thƣ c sản phẩm (bp) F-mồi xi, R-mồi n ƣợc Nhìn chung, thơng số vật l phù hợp v i tiêu chuẩn mồi Cụ thể, chiều dài mồi xuôi 18 bp mồi n ƣợc 18 bp nằm khoảng gi i hạn mồi 17 – 28 bp %GC mồi xu i v n ƣợc lần lƣợt l 58 v 44 ũn nằm khoảng từ 40 – 60%, Tm mồi xuôi mồi n ƣợc lần lƣợt 54,60C 50,90C nằm khoảng cho phép Tm 50 – 65°C ∆Tm= 3,70C cho thấy Tm hai mồi không chênh lệch l n Mứ năn lƣợng liên kết tự cho khả năn h nh th nh ấu trúc hairpin loop mồi xuôi 0,67 Kcal/mol, mồi n ƣợc là-0,51 Kcal/mol, mứ năn lƣợng liên kết tự cho khả năn h nh th nh ấu trúc self-dimer mồi xuôi -5,97 Kcal/mol, mồi n ƣợc -6,3 Kcal/mol, mứ năn lƣợng liên kết tự cho khả năn h nh th nh ấu trúc heterodimer mồi -5 99 K al/mol nằm khoảng chấp nhậ đƣợc so v i tiêu chí lý thuyết giá trị ∆G -9 Kcal/mol Dựa kết phân tích, thơng số vật l phù hợp v i yêu cầu lý thuyết đặt Do đ 3.4.2 ặp mồi đƣợc sử dụn để kiểm tra độ đặc hiệu Đánh giá đ đặc hi u c a m i Kết kiểm tra t nh đặc hiệu bằn hƣơng trình trực tuyến BLAST, cho thấy mồi bắt cặp đặc hiệu v i gen pmoA tham chiếu NCBI (Mã số truy cập MH400292.1 MH400291.1 MH400288.1 MH400287.1 MH400286.1 …) C tƣơn đồn độ ao đạt 100% giá trị E-value 36 (Ident= 94.44%, E-value=36) độ bao phủ 100 Nhƣ vậy, mặt lý thuyết cặp mồi pmoA-R, pmoA-F đặc hiệu cao v i trình tự gen pmoA Trang 61 NGHIÊN CỨU KHOA HỌC ThS Nguyễn Văn Minh Hình 3.4 Kiểm tra độ đặc hiệu mồi xuôi BLAST Trang 62 NGHIÊN CỨU KHOA HỌC ThS Nguyễn Văn Minh Hình 3.5 Kiểm tra độ đặc hiệu mồi ngƣợc BLAST 3.4.3 Ki m tra v trí kh cặp c a m i Kết gióng cột cho thấy mồi xi pmoA-F có khả năn cặp hồn tồn vị trí 1534- 1551 trình tự gióng cột, cịn mồi n ƣợc pmoA-R bắt vị trí 1849 - 1866 trình tự gióng cột, nên cặp mồi khuế h đại đƣợc vùng gen có chiều dài 319 bp Tuy nhiên, vị trí bắt cặp trình tự gióng cột mồi xi nhóm gen pmoA có khác biệt nucleotide, vị trí 1546 nhóm gen pmoA khác nucleotide C T, nên sử dụng nucleotide Y thay Tại vị trí bắt cặp trình tự gióng cột mồi n ƣợc nhóm gen pmoA có khác biệt ba nucleotide, vị trí 1851 khác nucleotide C T (sử dụng nucleotide Y thay thế) vị trí 1860 khác nucleotide G A (sử dụng nucleotide R thay thế) Trang 63 NGHIÊN CỨU KHOA HỌC Hình 3.6 ThS Nguyễn Văn Minh Vị trí mồi xi PmoA-F đƣợc gióng cột với trình tự BioEdit Hình 3.7 Vị trí mồi ngƣợc PmoA-R đƣợc gióng cột với trình tự BioEdit Trang 64 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC Hình 3.8 Kiểm tra khả bắt cặp mồi Kết Annhyb cho thấy cặp mồi có khả năn cặp trình tự đ h từ vị trí 318 đến 636 trình tự giống cột có số sai lệ h đ l vị trí nucleotide thay Điều chứng tỏ cặp mồi bắt cặp hoàn toàn vào gen mục tiêu pMMO Từ nhữn sở trên, kết luận rằng, cặp mồì PmoA-F PmoA-R bắt cặp đặc hiệu hoàn toàn lên vùng gen họn Do đ mồi PmoA-F PmoA-R đƣợc sử dụng cho nghiên cứu thực nghiệm gen mục tiêu pmoA Trang 65 NGHIÊN CỨU KHOA HỌC ThS Nguyễn Văn Minh PHẦN 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Trang 66 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC K T LUẬN: - Đã phân lập đƣợc 35 chủng có khả năn iảm khí methane gay hiệu ứng nhà k nh Tron có 10 chủng có khả năn ph t triển mạnh tr n m i trƣ ng có bổ sung CH4 - Bộ sƣu tập 39 trình tự n pmo đƣợc tìm kiếm thu thập sở liệu Genbank NCBI - Thiết kế khảo s t đƣợc cặp mồi pmoA-F pmoA-R khuế h đại đặc hiệu trình tự gen pMMO vi khuẩn man mồi pmoA-F’ pmo -R’ n mã h a pmo Đồng th i, thiết kế cặp thể bắt cặp hoàn toàn v i nhóm gen pMMO, v i chiều dài sản phẩm khuế h đại 319 bp KI N NGHỊ - Để đề t i đƣợc hoàn thiện kiến nghị đƣợc tiếp tục thực nội dung nghiên cứu nhƣ sau: - Tối ƣu h a m i trƣ ng nuôi cấy i p ia tăn hoạt tính oxi hóa methane đƣợ x - Khảo sát mồi cho chứng nội để áp dụng vào thực nghiệm nhằm x tính giả - định kiểu gen định âm ƣơn t nh iả Nghiên cứu thực nghiệm phát kiểu gen mồi khảo sát chủng vi sinh làm giảm khí methane - So sánh kết nghiên cứu kiểu gen nghiên cứu kiểu hình vi khuẩn làm giảm khí methane Trang 67 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC TÀI LIỆU THAM KHẢO Trịnh Văn nh Phạm Xuân Hậu (2011) Hiệu ứn nh k nh v nhữn iải ph p hạn hế hậu việ tăn hiệu ứn nh k nh Tr i Đất đối v i đ i sốn kinh tế Việt Nam” ạp chí ho h c Đại h c phạm 26 Hồ Hu nh Thùy Dƣơn (2008), Sinh h c phân tử, NXB Giáo Dục Phạm Quan H Vũ Thắn N uyễn Thị Kh nh (2015).”Đ nh i mứ độ ph t thải CH4 từ đất phù sa s n Hồn v đất x m m u trồn l a miền Bắ Việt Nam” Ho n nh L Đặn Thị Xuân Hoa Đinh Mạnh Cƣ n thải NH3, N2O, CH4 từ hoạt độn hăn nu i ia s (2017) Kiểm kê khí ia ầm: Áp dụn tr n địa bàn xã Thọ Vinh, huyện Kim Động, tỉnh Hƣn Y n” Tạp chí Khoa h c Đ Khoa h c đất ác ôi t ường tập 33 số tran 117-126 Đặn Nhƣ Tại Trần Quố Sơn (1999) N uyễn Văn Thắn Biến đổi kh hậu v t G N: ó h c hữu c , trang 84 N uyễn Trọn Hiệu Trần Thụ độn Việt Nam” Nhà uất N uyễn Thị Lan (2010) n kho h c k thu t Nguyễn Hữu Th nh N uy n Đức Hùng, Trần Thị, Lệ Hà, Nguyễn Thọ Hoàng, (2012) T nh h nh ph t thải khí Metan (CH4) hoạt độn anh t l a nƣ c khu vự đồng sơng Hồn ” Tạp chí Khoa h c Phát tri n, tập 10, số 1, trang 165 – 172 Nguyễn, Thị Hiếu Thu, Thuý Hằn Đinh, (2016) "Phân lập vi khuẩn oxy hoá methane nhằm nghiên cứu ứng dụn để tạo nguồn đạm vi sinh.", Tạp chí Cơng ngh sinh h c, tập 14, số 3, trang 581-588 Trần Linh Thƣ (2006) Phƣơn ph p phân t h vi snh vật tron nƣ phẩm v mỹ phẩm, Nhà uất n Giáo thự c i tN m Trang 68 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC 10 Mai Văn Trịnh , Trần Văn Thể, Bùi Thị Phƣơn Loan, (2013) Tiềm năn iảm thiểu ph t thải kh nh k nh n nh sản xuất l a nƣ Việt Nam” ạp chí nơng nghi p phát t i n nông thôn, trang 1859-4581 11 Phạm Hùn Vân (2009) PCR real-time PCR: Các vấn đề ản áp dụn thƣ ng gặp”, Nhà xuất b n Y h c H 12 Auman A J., Stolyar S., Costello A M., & Lidstrom M E., (2000) Molecular characterization of methanotrophic isolates from freshwater lake sediment Appl Environ Microbiol., 66(12), pp 5259-5266 13 Crutzen P.J and Seiler W., (1986), M than pro u tion y om sti animals wil ruminants oth r h r ivorous auna an humans” Tellus 388, pp 271-284 14 Bowman J.P., McCammon S.A., Skerratt J.H (1997) Methylosphaera hansonii gen nov., sp nov., a psychrophilic, group I methanotrophs from antartic marine-salinity m romi ti lak s” Microbiology 143, pp 1451-1459 15 Bowman J.P., Sly L.I., Nichols P.D., Hayward A.C., (1993) R vis taxonomy of the methanotrophs: description of Methylobacter gen nov., emendation of Methylococcus, validation of Methylosinus and Methylocystis species, and a proposal that the family Methylococcaceae includes only the group I m thanotrophs” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 43, pp 735-753 16 Crutzen P.J., Heidt L.E., Krasnec J.P, Pollock W.H., Seiler W., (1979), Biomass urnin as a sour o atmosph ri as s CO H2 N2O NO CH3Cl an COS” Nature, pp 253 – 256 17 Crutzen P.J and Seiler W., (1986) M than pro u tion y om sti animals wil ruminants oth r h r ivorous auna an humans” Tellus 388, pp 271-284 18 Costello A M., Lidstrom M E., (1999) Molecular characterization of functional and phylogenetic genes from natural populations of methanotrophs in lake sediments Appl Environ Microbiol., 65(11), pp 5066-5074 Trang 69 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC 19 Crevecoeur S., Vincent W F., Comte J., Matveev A., & Lovejoy C (2017) Diversity and potential activity of methanotrophs in high methane-emitting permafrost thaw ponds PloS one, 12(11), pp 0188223 20 D ysh S.N Dun i l P.F (2010) how to i nti y an i Fa ultativ an o li at m thanotrophs: r ntiat th m” Methods in Enzymology, pp 31-43 21 Dedysh S N., Belova S E., Bodelier P L., Smirnova K V., Khmelenina V N., Chidthaisong A., Dunfield, P F., (2007) Methylocystis heyeri sp nov., a novel type II m thanotrophi a t rium poss ssin ‘si natur ’ atty a i s o typ I m thanotrophs International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 57(3), pp 472479 22 Dedysh S.N., Liesack W., Khmelenina V.N., Trotsenko Y.A., Semrau J.D., Bares A.M., Panikov N.S., Tiedje J.M., (2000) M thylo lla palustris n.nov sp.nov., a new methane-oxidizing acidophilic bacterium from peat bogs, representing a novel subtype of serine-pathway m thanotrophs” Int J Syst Evol Microbiol 50, pp 955-969 23 Dedysh S N., Didriksen A., Danilova O V., Belova S E., Liebner S., Svenning M M (2015) Methylocapsa palsarum sp nov., a methanotroph isolated from a subArctic discontinuous permafrost ecosystem International journal of systematic and evolutionary microbiology, 65(10), pp 3618-3624 24 Dianou D., Espiritu B.M., Adachi.K, Senboku.T., (1997) properties of methane-oxi izin a t ria rom a su tropi al pa Isolation an som y i l ” Soil Sci Plant Nutr., 43, pp 735-740 25 Dianou D., Ueno C., Ogiso T., Kimura M., & Asakawa S., (2009) Diversity of cultivable methane-oxidizing bacteria in microsites of a rice paddy field: investigation by cultivation method and fluorescence in situ hybridization (FISH) Microbes and environments, pp 278 – 287 26 Dong J., Ding L., Wang X., Chi Z., Lei, J (2015) Vertical profiles of community abundance and diversity of anaerobic methanotrophic archaea (ANME) and bacteria in a simple waste landfill in North China Applied biochemistry and biotechnology, 175(5), pp 2729-2740 Trang 70 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC 27 Edward, Leadbetter R., Foster J.W., (1958) utilizin Stu i s on som m than – a t ria” Archiv fur Mikrobiologie 30, pp 91-118 28 Fliermans C.B., Phelps T.J., Ringelberg D., Mikell A.T., White D.C (1988), Min ralization o tri hloro thyl n y h t rotrophi nri hm nt ultur s” Mineralization of trichloroethylene by heterotrophic enrichment cultures Applied and Environmental Microbiology 54, pp 1709 – 1714 29 Geymonat E., Ferrando L., Tarlera S E., (2011) Methylogaea oryzae gen nov., sp nov., a mesophilic methanotroph isolated from a rice paddy field International journal of systematic and evolutionary microbiology, 61(11), pp 25682572 30 Hanson R.S., Hanson T.E., (1996) M thanotrophi a t ria” Microbiol Rev 60, pp 439-471 31 Holmes A.J., Owens N.J.P., Murrell J.C., (1995) D t tion o nov l marin methanotrophs using phylogenetic and functional gene probes after methane nri hm nt” Microbiology 141, pp 1947-1955 32 Holmes A J., Roslev P., McDonald I R., Iversen N., Henriksen K.A.J., Murrell J C., (1999) Characterization of methanotrophic bacterial populations in soils showing atmospheric methane uptake Appl Environ Microbiol., 65(8), pp.33123318 33 Hutchens E., Radajewski S., Dumont M G., McDonald I R., Murrell J C., (2004) Analysis of methanotrophic bacteria in Movile Cave by stable isotope probing Environmental Microbiology, 6(2), pp 111-120 34 Islam T., Larsen , Torsvik V., Panosyan H., Murrell J., Bodrossy L (2015) Novel methanotrophs of the family Methylococcaceae from different geographical regions and habitats Microorganisms, 3(3), pp 484-499 35 Khalil M.A.K., Rasmussen R.A (1985) m than : Caus s o in r asin atmosph ri pl tion o hy roxyl i als an th ris o missions” Atmos Environ 19, pp 397-407 36 Khalil M.A.K., Rasmussen R.A., (1987) tmosph ri m than : Tr n s ov r th last 10 000 y ars” Atmospheric Environment 21, pp 2445-2452 Trang 71 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC 37 López J C., Quijano G., Souza T S O., Estrada J M., Lebrero R., Muñoz R., (2013) Biot hnolo i s or r nhous o th art an as s (CH4 N2O an CO2) a at m nt: stat hall n s” Appl Microbiol Biotechnol 97, pp 2277–2303 38 Macfaddin J F., (2000) Bio h mi al t st or i nti i ation o m i al a t ria” Lippincott Williams and Wilkins, pp 150 – 376 39 Malashenko I.R., Romanovskaia V.A., Bogachenko V.N., Shved A.D., (1975), Th rmophili an th rmotol rant a t ria that assimilat m than ” Mikrobiologiia 44, pp 855-862 40 M ls R W Van m than r W r W (2005) Bio iltration or miti ation o mission rom animal hus an ry” Environ Sci Technol 39, pp 5460–5468 41 Pester M., Friedrich M W., Schink B., Brune A., (2004) pmoA-based analysis of methanotrophs in a littoral lake sediment reveals a diverse and stable community in a dynamic environment Appl Environ Microbiol., 70(5), pp 3138-3142 42 Om l h nko M.V Vasily va L.V Zavarzin G (1993) Psy hrophili methanotroph rom tun soil” Curr Microbiol 27, pp 255-259 43 Ogiso T., Ueno C., Dianou D., Van Huy T., Katayama A., Kimura M., Asakawa, S., (2012) Methylomonas koyamae sp nov., a type I methane-oxidizing bacterium from floodwater of a rice paddy field International journal of systematic and evolutionary microbiology, 62(8), pp 1832-1837 44 Op den Camp H., (2009) JM, Islam T, Stott MB, Harhangi HR, Hynes A, Schouten S, Jetten MSM, Birkeland NK, Pol A, Dunfield PF Environmental, genomic, and taxonomic perspectives on methanotrophic Verrucomicrobia Environ Microbiol Rep, 1,pp 293-306 45 Auman A J., Speake C C., Lidstrom M E., (2001) nifH sequences and nitrogen fixation in type I and type II methanotrophs Appl Environ Microbiol., 67(9), ; pp 4009-4016 46 Reuss J., Rachel R., Kämpfer P., Rabenstein A., Küver J., Dröge S., König H (2015) Isolation o m thanotrophi a t ria rom t rmit ut” Microbiological Research, volume 179, pp 29-37 Trang 72 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC 47 Smith K.S Cost llo M Li strom M.E (1997) M than and tri hloro thyl n oxi ation y an stuarin m thanotroph” Methylobacter sp Strain BB5.1 Appl Environ Microbiol 63, pp 4617 – 4620 48 St pni wska Z Goraj W Kuźniar Enri hm nt ultur an i nti i ation o Łopa ka N Małysza M (2017) n ophytic methanotrophs isolated from p atlan plants” Folia Microbiol, vol 62, pp 381–391 49 Whittenbury R., Philips K C., Wilkinson J F., (1970) and some properties of methane-utilizin Enri hm nt isolation a t ria” J Gen Microbiol 61, pp 205-218 50 Wise M.G., McArthur J.V., Shimkets LJ., (1999) M thanotroph iv rsity in landfill soil: isolation of novel types I and type II methanotrophs whose presence was suggested by culture-in p n nt 16S ri osomal DN analysis” Appl Environm Microbiol 65, pp 4887 – 4897 51 Hanson R.S., Hanson T.E., (1996) "Methanotrophic bacteria." Microbiol.Mol Biol Rev 60.2, pp 439-471 52 Ward N., Larsen, Ø., Sakwa J., Bruseth L., Khouri H., Durkin A S., Lewis M., (2004), Genomic insights into methanotrophy: the complete genome sequence of Methylococcus capsulatus (Bath), PLoS biology, 2(10), pp 303 53 Weisburg W G., Barns S M., Pelletier D A., Lane D J., (1991) 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study Journal of bacteriology, 173(2), pp 697-703 54 Xin J Y., Cui J R., Niu J Z., Hua S F., Xia C G., Li S B., Zhu L M (2004) Production of methanol from methane by methanotrophic bacteria Biocatalysis and Biotransformation, 22(3), pp 225-229 55 Woese C R (1987) Bacterial evolution Microbiological reviews, 51(2), pp 221 56 Wu X Y., Walker M J., Hornitzky M., Chin J (2006) Development of a group-specific PCR combined with ARDRA for the identification of Bacillus species of environmental significance Journal of microbiological methods, 64(1), pp 107-119 Trang 73 ThS Nguyễn Văn Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC 57 Cole S., Brosch R., Parkhill J., Garnier T., Churcher C., Harris D., & Tekaia F (1998) Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence Nature, 393(6685), pp 537 58 Semrau J.D., DiSpirito A.A., Gu W., & Yoon S., (2018) Metals and methanotrophy Appl Environ Microbiol., 84(6),pp 02289-17 59 Holmes A J., Costello A., Lidstrom M E., & Murrell J C., (1995) Evidence that participate methane monooxygenase and ammonia monooxygenase may be evolutionarily related FEMS microbiology letters, 132(3), pp 203-208 60 Semrau J D., Chistoserdov A., Lebron J., Costello A., Davagnino J., Kenna E., & Lidstrom M.E, (1995) Particulate methane monooxygenase genes in methanotrophs Journal of Bacteriology, 177(11), pp 3071-3079 61 Horz H P., Yimga M T., Liesack W., (2001) Detection of methanotroph diversity on roots of submerged rice plants by molecular retrieval ofpmoA, mmoX, mxaF, and 16S rRNA and ribosomal DNA, including pmoA-based terminal restriction fragment length polymorphism profiling Appl Environ Microbiol., 67(9), pp 41774185 62 Cui J., Xin J., Niu J., Xi C., & Li S., (2004) Biosynthesis of methanol from methane by methanotrophic bacteria in the presence of carbon dioxide Chinese Journal of Catalysis, 25(6), 471-474 63 Foster J W., Davis R H (1966) A methane-dependent coccus, with notes on classification and nomenclature of obligate, methane-utilizing bacteria Journal of bacteriology, 91(5), 1924-1931 64 Sundh I., Bastviken D., Tranvik L J (2005) Abundance, activity, and community structure of pelagic methane-oxidizing bacteria in temperate lakes Appl Environ Microbiol., 71(11), pp 6746-6752 Trang 74 ... Minh NGHIÊN CỨU KHOA HỌC BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VI? ?N PHÂN LẬP VÀ SÀNG LỌC VI SINH VẬT CĨ KHẢ NĂNG LÀM GIẢM... s Vi? ??t Nam n i ri n v n nh n n n hiệp n i hun V thự đề t i Phân lập sàng lọc vi sinh vật có khả năn h n t i định l m iảm khí methane – gây hiệu ứn nh k nh” Mục tiêu:  Phân lập sàng lọc vi sinh. .. VI? ??T NAM TRƢỜNG ĐẠI HỌC MỞ Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH THƠNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI Thông tin chung: - T n đề t i: PHÂN LẬP VÀ SÀNG LỌC VI SINH VẬT CÓ KHẢ NĂNG LÀM