Tìm hiểu căn nguyên và tình hình đề kháng kháng sinh của các loài vi khuẩn gây viêm đường hô hấp trên tại bệnh viện 175 từ 05

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP HCM KHOA CƠNG NGHỆ SINH HỌC Đề tài: TÌM HIỂU CĂN NGUYÊN VÀ TÌNH HÌNH ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA CÁC LỒI VI KHUẨN GÂY VIÊM ĐƯỜNG HƠ HẤP TRÊN TẠI BỆNH VIỆN 175 TỪ 05/2013 ĐẾN 04/2014 BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP CHUYÊN NGÀNH: VI SINH-SINH HỌC PHÂN TỬ GVHD: TS.BS VŨ BẢO CHÂU SVTH: NGUYỄN PHẠM PHƯƠNG TRÀ MSSV: 1053010824 NIÊN KHÓA: 2010-2014 Tp HCM, tháng năm 2014 Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu Nhận xét giảng viên hướng dẫn SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà MSSV: 1053010824 Đề tài: “Tìm hiểu nguyên tình hình đề kháng kháng sinh loài vi khuẩn gây viêm đường hô hấp bệnh viện 175 từ 05/2013 đến 04/2014 ”   SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu LỜI CẢM ƠN Đầu tiên, em xin gửi lời cảm ơn chân thành tới thầy Vũ Bảo Châu, thầy định hướng tận tình giúp đỡ em hồn thành tốt báo cáo thực tập Em xin cảm ơn chị khoa vi sinh vật bệnh viện 175 tận tình giúp đỡ chia sẻ kinh nghiệm quý báo, nhiệt tình hướng dẫn suốt trình em thực tập bệnh viện 175 Em xin gửi lời cảm ơn chân thành tới quý thầy cô, anh chị Khoa Công Nghệ Sinh Học anh chị phịng thí nghiệm vi sinh trường Đại học Mở Thành Phố Hồ Chí Minh dạy truyền đạt kiến thức quý báo suốt trình học tập trường Cuối xin cảm ơn cha mẹ, người sinh thành nuôi lớn dạy dỗ để trưởng thành ngày hôm Cảm ơn tất bạn bè ln ủng hộ chia sẻ khó khăn để hoàn thành tốt báo cáo thực tập Chân thành cảm ơn!   SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU PHẦN I: TỔNG QUAN TÀI LIỆU SƠ LƯỢC VỀ NHIỄM KHUẨN HÔ HẤP 1.1 Nhiễm khuẩn hô hấp .5 1.2 Tình hình nhiễm khuẩn đường hơ hấp 1.3 Cơ chế miễn dịch bảo vệ đường hô hấp VIÊM ĐƯỜNG HÔ HẤP TRÊN 2.1 Định nghĩa .7 2.2 Một số bệnh liên quan đến đường hô hấp .8 2.3 Một số yếu tố nguy gây viêm đường hô hấp 2.4 Tác nhân gây viêm đường hô hấp 2.4.1 Streptococus spp 2.4.2 Staphylococcus spp 12 2.4.3 Pseudomonas aeruginosa .14 2.4.4 Moraxella cataharrlis .15 2.4.5 Klebsiella pneumoniae 16 2.4.6 Acinetobacter spp 16 KHÁNG SINH VÀ TÌNH HÌNH ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH 17 3.1 Kháng sinh 17 3.1.1 Định nghĩa 17 3.1.2 Đặc điểm 17 3.1.3 Phân loại 17 3.1.4 Xếp loại kháng sinh 18 3.1.5 Cơ chế tác động kháng sinh 18 3.2 Sự đề kháng kháng sinh vi khuẩn 20 3.2.1 Hiện tượng đề kháng kháng sinh 20 3.2.2 Nguồn gốc trình đề kháng 20   SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp 3.3   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu Tình hình đề kháng kháng sinh .21 ĐỐI TƯỢNG 24 1.1 Mẫu bệnh phẩm 24 1.2 Cách lấy mẫu bệnh phẩm 24 1.2.1 Mẫu đàm 24 1.2.2 Dịch nhầy họng 24 VẬT LIỆU 24 2.1 Hóa chất 24 2.2 Môi trường 25 2.3 Thiết bị dụng cụ .27 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 27 3.1 Phương pháp nghiên cứu 27 3.2 Kỹ thuật nghiên cứu, phân lập định danh 27 3.2.1 Khảo sát trực tiếp 27 3.2.2 Kỹ thuật nuôi cấy, định danh 28 PHẦN III: KẾT QỦA NGHIÊN CỨU 34 VÀ THẢO LUẬN 34 KẾT QUẢ 35 1.1 Tình hình nhiễm khuẩn hô hấp chung 35 1.2 Mối liên quan viêm đường hô hấp độ tuổi .36 1.3 Mối liên hệ VĐHHT giới tính 37 1.4 Mối liên hệ VĐHHT mùa 38 1.5 Cơ cấu vi khuẩn gây nhiễm khuẩn hô hấp 39 1.6 Tình hình đề kháng kháng sinh vi khuẩn phân lập 41 1.6.1 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh S.faecalis (n=48) 41 1.6.2 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh M.cataharrlis (n=24) 42 1.6.3 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh S.epidermidis (n=21) 43 1.6.4 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh K.pneumoniae (n=19) 45 THẢO LUẬN 46 PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 48   SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu KẾT LUẬN 49 ĐỀ NGHỊ 49   SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình 1.Hình thái Streptococcus spp Hình Các kiểu tiêu huyết BA 10 Hình Hình thái S.aureus vật kính x100 12 Hình Hình thái P.aeruginosa vật kính x100 14 Hình Hình thái M.cataharrlis vật kính x100 15 Hình Hình thái K.pneumoniae vật kính x100 16 Hình Đĩa mơi trường BA 25 Hình 2 Đĩa môi trường UriSelect 26 Hình Đĩa môi trường MHA .27   SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Đặc điểm khuẩn lạc môi trường Uri 28 Bảng Nồng độ, kí hiệu loại kháng sinh .32   Bảng 1 Sự tương quan chẩn đoán lâm sàng kết xét nghiệm 35 Bảng Tỷ lệ loài vi khuẩn gây viêm đường hô hấp 39 Bảng Tỷ lệ đề kháng kháng sinh S.feacalis 41 Bảng Tỷ lệ đề kháng kháng sinh M.cataharrlis 42 Bảng Tỷ lệ đề kháng kháng sinh K.pneumoniae 45     SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ Biểu đồ 1 Mối tương quan chẩn đoán lâm sàng kết 35 Biểu đồ Sự tương quan VĐHHT độ tuổi 36 Biểu đồ Mối liên quan giữaVĐHHT giới tính .37 Biểu đồ Tỷ lệ NKHH theo mùa 38 Biểu đồ Tỷ lệ VĐHHT theo mùa 38 Biểu đồ Tỷ lệ vi khuẩn phân lập 39 Biểu đồ Tỷ lệ đề kháng kháng sinh S.faecalis 41 Biểu đồ Tỷ lệ đề kháng kháng sinh M.cataharrlis .43 Biểu đồ Tỷ lệ đề kháng kháng sinh K.pneumoniae 45   SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT IgA: Immunoglobulin A NKHH: Nhiễm khuẩn hô hấp VĐHHT: Viêm đường hô hấp VK: vi khuẩn NST: nhiễm sắc thể S.epidermidis: Staphylococcus epidermidis S.agalactiae: Streptococcus agalactiae K.pneumoniae: Klebsiella pneumonia P.aeruginosa: Pseudomonas aeruginosa M.cataharrlis: Moraxella cataharrlis S.faecalis: Streptococcus feacalis   SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khó óa luận tốt nghiệp 1.4 GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu u M liên hệ Mối h VĐ ĐHHT vàà mùa Biểu đồ Tỷ lệ NKHH theeo mùa Mùaa mưa Mùa khhô Tổng số Kết K 46//56 99/1088 145/164 T lệ (%) Tỷ 82,1% 91,7% % P < 0,05 91.7% 922.0% 900.0% 88.0% 86.0% 844.0% 822.0% 800.0% 78.0% 76.0% 82.1% Mùa mưa m Mùaa khô   Biểu đồ 1 Tỷ lệ VĐHHT V thheo mùa Từ kếết bảngg biểu đồ đ ta nhận thấy: t Tỷ lệ VĐHHT V cóó khác biệt mùa m (P70% đốối với loại kháng g siinh: Genm mytacine (81,0%), Cefaleciin (95,2% %), Ciprofloxacin (71,4%),, Errythromycin (81,0%)), Cefotaxiim (90,5%)) Tuy nhiêên S.epidermidis vẫnn nhạy y cảảm tốt với Vancomyccin 44 SV VTH: Ngu uyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khó óa luận tốt nghiệp GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu u 1.6.4 Tỷ T lệ đề khháng khángg sinh K.pneumon K niae (n=19 9) Bảng Tỷ lệ đềề kháng kháng sinh củủa K.pneum moniae Kháng sinnh Số lượng đềề kháng Tỷ lệ (%) CAZ 11 84,6 CIP 30,8 IPM 15,4 CTX 38,5 FT 23,1 NA 15,4 AN 15,4 MEM 69,2 GM 23,1 90 0.0% 80 0.0% 70 0.0% 60 0.0% 50 0.0% 40 0.0% 30 0.0% 20 0.0% 10 0.0% 0.0% 84.6 6% % 69.2% 30.8% 38.5% 15.4% 23.1% 15.4% %15.4% 23.1% Biểu đồ Tỷ lệ đề đ kháng kh kháng sinh K.pneuumoniae Từ bảng biểểu đồ ta nhhận thấy: K.pneumon K niae khháng với hầu hết cácc looại kháng sinh s cao nhhất Cefa fazidin (84,,6%) thhấp làà Imipenem m, Nalidixii accid Amyykacine vớ ới tỷ lệ khánng 15,4% % 45 SV VTH: Ngu uyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu THẢO LUẬN Tỷ lệ loài vi khuẩn gây viêm đường hô hấp chủ yếu vi khuẩn thường trú gặp điều kiện thuận lợi trở thành tác nhân gây bệnh, tác nhân khác chiếm tỷ lệ nhỏ M.cataharrlis thường trú vùng hầu họng người khỏe mạnh không gây bệnh, nghiên cứu ngồi nước cho thấy có tới 75% số trẻ em có M.cataharrlis cư trú đường hơ hấp, tỷ lệ người lớn 13% Người ta chưa biết lại có khác biệt, giả thuyết khác IgA tiết theo lứa tuổi.[3] M.cataharrlis vừa tác nhân gây nhiễm trùng đồng thời thành phần hệ vi khuẩn cư trú đường hơ hấp Vì xét nghiệm tìm thấy M.cataharrlis chưa thể khẳng định chắn tác nhân gây bệnh Tỷ lệ mang M.cataharrlis người khỏe mạnh cao 58%, M.cataharrlis gây bệnh đạt tỷ lệ định Tại Hoa Kỳ, M.cataharrlis đc ghi nhận có tỷ lệ tiết men β-lactamase kháng Penicillin (và dĩ nhiên, Ampicillin Amoxicillin) cao (85 – 90%), vi khuẩn báo động có vấn đề kháng thuốc Tuy nhiên may mắn β-lactamase vi khuẩn tiết không phá hủy cephalosporin Tại Việt Nam, nghiên cứu gần 32 chủng M.cataharrlis phân lập từ đường hô hấp, có 6% kháng Ampicillin, 100% nhạy cảm với Cefaclor, có đến 59% kháng Sulfamethoxazol – Trimethoprim.[16] Theo nghiên cứu Nguyễn Thị Mỹ Linh cộng (2011), nhóm vi khuẩn S.coagulase negative kháng 88,3% với oxacillin kháng 100% cới penicillin, kháng >70% Cotrim, Erythromycin gentamycin cịn nhạy cảm hồn tồn với Vancomycin Theo nghiên cứu khác Phạm Văn Dũng(2012) có 90,6% tụ cầu kháng Oxacillin, nghiên cứu tơi tụ cầu kháng hồn tồn Oxacillin Kết nghiên cứu kết qủa nghiên cứu tơi cho thấy tụ cầu kháng hồn tồn kháng sinh Oxacillin nhạy với Vancomycin Như 46 SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu Vancomycin thuốc lựa chọn hàng đầu trường hợp nghi ngờ nhiễm tụ cầu kháng thuốc Theo nghiên cứu Nguyễn Thị Thu Hiền (2012), K.pneumoniae cịn nhạy cảm tốt với nhóm kháng sinh Carbapenem, so với nghiên cứu tơi K.pneumoniae đề kháng với hầu hết loại kháng sinh có đề kháng nhóm kháng sinh Carbapenem Cụ thể tỷ lệ đề kháng Imipenem (15,4%) Meropenem (69,2%) Điều chứng tỏ khả đề kháng K.pneumoniae ngày tăng cao gây nguy hiểm cho lâm sàng             47 SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 48 SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu KẾT LUẬN Qua khảo sát 164 mẫu bệnh phẩm bao gồm mẫu bệnh phẩm đàm dịch nhầy họng, nhận thấy: - Tỷ lệ dương tính cao chiếm 88%, có phù hợp chẩn đốn lâm sàng kết phân lập - Tỷ lệ bệnh nhân VĐHHT theo mùa mùa khơ chiếm tỷ lệ cao 91,7% - Các chủng phân lập bao gồm: S.feacalis (33,1%), M.cataharrlis (16,6%), S.epidermidis (14,5%), S.agalactiae (11,7%), K.pneumoniae (13,1%), Acinetobacter spp (7,6%), P aeruginosa (2,8%), S.aureus (0,7%) - S.feacalis kháng mạnh với Oxacilin (89,6%), Cefazidin (70,8%) nhạy với Amykacine (6,3%) - M.cataharrlis đề kháng cao với loại kháng sinh Cefazidine (70,8%), Nalidixi acid (66,7%) - S.epidermidis kháng hoàn toàn với Oxacilin, nhạy cảm với Vancomycin - K.pneumoniae kháng với hầu hết loại kháng sinh cao Cefazidin (84,6%) thấp Imipenem, Nalidixi acid với tỷ lệ kháng 15,4% ĐỀ NGHỊ - Cần tiến hành khảo sát mức độ đề kháng kháng sinh vi khuẩn gây nhiễm khuẩn hô hấp cách thường xuyên để thông báo kịp thời cho lâm sàng - Cần nghiên cứu khả sinh men ESBL K.pneumoniae để phục vụ cho lâm sàng 49 SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng việt Nguyễn Thanh Bảo(2003), Vi khuẩn học, ĐHYD Tp.HCM - Bộ môn vi sinh Phạm Văn Ca, Lê Đăng Hà (2003), “Tỷ lệ trẻ khỏa mạnh mang H.influenzae S.pneumoniae vị xuyên Vân Đồn”, tạp chí nghiên cứu y học, số 23 (3) Phạm Văn Ca cộng (2005), Tần suất bắt gặp Moraxella cataharrlis vi khuẩn gây bệnh mức độ kháng thuốc Việt Nam”, Tạp chí y học dự phịng, tập XV, số (73) Phạm Tiến Dũng, Nguyễn Sĩ Tuấn Hứa Mỹ Ngọc, “Khảo sát kháng kháng sinh dòng vi khuẩn gây bệnh bệnh viện đa khoa thống Đồng Nai từ 06/2011 đến 04/2012”, sở y tế Đồng Nai Nguyễn Thị Mỹ Linh, Phan Hữu Nguyệt Diễm Nguyễn Thị Phượng, “Tình hình đề kháng kháng sinh vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện trẻ em từ tháng đến tuổi BVNĐI từ 1/5/2009 đến 1/5/2010”, Y Học TP.Hồ Chí Minh, tập 15, phụ số 1, 2011 Dương Nhật Linh(2013), Giáo trình vi sinh gây bệnh, Trường đại học Mở TpHCM Dương Nhật Linh(2013), Giáo trình thực hành vi sinh gây bệnh, Trường đại học Mở TpHCm PGS.TS.Cao Minh Nga (2013), “Sự đề kháng kháng sinh vi khuẩn gây nhiễm khuẩn bệnh viện đường hơ hấp TP.HCM” Hồng Thị Thu Nguyệt(2008), Tìm hiểu nguyên khả đề kháng kháng sinh vi khuẩn gây viêm đường hô hấp bệnh viện 175, Luận văn cử nhân 10 Trần Quỵ (2003), “Đặc điểm giải phẫu, sinh lý máy hô hấp trẻ em”, Nhi khoa tập I, Nhà xuất Y học, Hà Nội SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu 11 Vũ Văn Thành, Đặng Đức Anh (2010),“Nghiên cứu ngun gây nhiễm trùng hơ hấp cấp tính trẻ em tuổi Nha Trang”, Tạp chí y học dự phịng, tập XX, số (113) 12 Phan Đình Thắm(2013), Đánh giá tình hình đề kháng kháng sinh tác nhân gây nhiễm khuẩn đường hô hấp bệnh viện Nguyễn Tri Phương khoảng thời gian từ tháng 4/2012 đến tháng 4/2013 13 Nguyễn Vũ Trung (2007), “Moraxella catarrhalis”, Vi sinh vật Y học, sách đào tạo bác sĩ đa khoa, Nhà xuất Y học Hà Nội-2007, tr.161-164 14 Phạm Hùng Vân, Phạm Thái Bình (2005), “Nghiên cứu đề kháng kháng sinh tác nhân vi khuản gây nhiễm khuẩn hô hấp cấp”, Tạp chí Y học thực hành, số 513, tr.117-125 15 Phạm Hùng Vân(2006),Kỹ thuật xét nghiệm vi sinh lâm sàng, Nhà Xuất Bản Y Học 16 Phạm Hùng Vân, tác nhân gây nhiễm khuẩn hô hấp cấp vi khuẩn học thực tế đề kháng kháng sinh 17 Nguyễn Thị Vinh, Nguyễn Đức Hiền (2006), “Báo cáo hoạt động theo dõi đề kháng kháng sinh vi khuẩn gây bệnh thường gặp Việt Nam năm 2005”, Thông tin dược lâm sàng, tập XVI, số 6, tr.16-22 Tài liệu nước 18 Batuwanthudawe, R.,K Karunarathne, M Dassanayake, S.de Silva, M.K Lalitha, K Thomas, M Steinhoff and N Abeysinghe (2009), “Surveillance of invasive pneumococcal disease in Colombo, Sri Lanka”, Infect, Dis, 48(Supp1.2), pp.136-140 19 Butler J.C., Hofmann J., Cetron M.S., Elliott J.A, Facklam R.R and Breiman R.F., (2004), “The continued emergence of drug resistant Streptococcus pneumoniae in the United Stated: an update from the Centers for Disease Control and Prevention’s Pneumonococcal Sentinel Surveillance System”, Journal of Infectious Disease, 174, pp.986-93 SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà Báo cáo khóa luận tốt nghiệp   GVHD: TS.BS Vũ Bảo Châu 20 HARRISON 2000 Priciples of Internal Medicine Pp Nguồn Internet 21 http://hcm.24h.com.vn/suc-khoe-doi-song/viem-duong-ho-hap-trenc62a347222.html   SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà ... phẫu[10], đường hô hấp chia làm hai phần đường hô hấp đường hô hấp dưới, lấy sụn nắp quản làm mốc: Vi? ?m đường hô hấp trên: - Vi? ?m mũi - Vi? ?m họng - Vi? ?m Amidan - Vi? ?m tai - Vi? ?m xoang Vi? ?m đường hô hấp. .. trùng VI? ?M ĐƯỜNG HÔ HẤP TRÊN 2.1 Định nghĩa[21] Bệnh vi? ?m đường hô hấp tất bệnh vi? ?m nhiễm tính từ cửa mũi trước đến quản Vi? ?m đường hô hấp bệnh mà tổ hợp bệnh bao gồm: cảm lạnh, vi? ?m mũi họng, vi? ?m... Nhận xét giảng vi? ?n hướng dẫn SVTH: Nguyễn Phạm Phương Trà MSSV: 1053 010824 Đề tài: ? ?Tìm hiểu nguyên tình hình đề kháng kháng sinh lồi vi khuẩn gây vi? ?m đường hơ hấp bệnh vi? ??n 175 từ 05/ 2013 đến