DỊCH tả HEO cổ điển

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ NGUYỄN PHỤC HƯNG NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC BỆNH DỊCH TẢ LỢN CỔ ĐIỂN (CLASSICAL SWINE FEVER) Ở LỢN TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM GIAI ĐOẠN 2014 2017 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP 2019 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯ NGUYỄN PHỤC HƢNG NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC BỆNH DỊCH TẢ LỢN CỔ ĐIỂN (CLASSICAL SWINE FEVER) Ở LỢN TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM GIAI ĐOẠN 2014 2017 Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 9 64 01 08 Người hướng dẫn khoa học: 1. GS.TS. Nguyễn Thị Lan 2. PGS.TS. Lê Văn Phan HÀ NỘI, 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các kết quả nghiên cứu được trình bày trong luận án là trung thực, khách quan và chưa từng dùng để bảo vệ lấy bất kỳ học vị nào. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận án đã được cám ơn, các thông tin trích dẫn trong luận án này đều được chỉ rõ nguồn gốc. Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận án Nguyễn Phục Hƣng LỜI CẢM ƠN Trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận án, tôi đã nhận được sự hướng dẫn, chỉ bảo tận tình của các thầy cô giáo, sự giúp đỡ, động viên của bạn bè, đồng nghiệp và gia đình. Cho phép tôi được bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới GS.TS. Nguyễn Thị Lan và PGS.TS. Lê Văn Phan đã tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài. Xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Bệnh lý thú y, Bệnh viện thú y, Khoa Thú y Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tận tình giúp đỡ, tạo điều kiện cho tôi trong quá trình học tập, thực hiện đề tài và hoàn thành luận án. Tôi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán bộ Phòng thí nghiệm trọng điểm công nghệ sinh học thú y và Phòng thí nghiệm bộ môn bệnh lý, khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình thực hiện đề tài. Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp đã tạo mọi điều kiện thuận lợi giúp đỡ tôi về mọi mặt, động viên tôi hoàn thành luận án.. Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận án Nguyễn Phục Hƣng MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục các từ viết tắt vi Danh mục bảng viii Danh mục hình ix Trích yếu luận án x Thesis abstract xii Phần 1. Mở đầu 1 1.1. Tính cấp thiết của đề tài 1 1.2. Mục tiêu của nghiên cứu 2 1.3. Phạm vi nghiên cứu 3 1.3.1. Địa điểm nghiên cứu 3 1.3.2. Thời gian nghiên cứu 3 1.4. Những đóng góp mới của đề tài 3 1.5. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài 3 1.5.1. Ý nghĩa khoa học 3 1.5.2. Ý nghĩa thực tiễn 3 Phần 2. Tổng quan tài liệu 5 2.1. Những nghiên cứu trong và ngoài nước về bệnh dịch tả lợn 5 2.1.1. Trên thế giới 5 2.1.2. Ở Việt Nam 8 2.2. Bệnh dịch tả lợn 9 2.2.1. Virus dịch tả lợn 9 2.2.2. Một số đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn 19 2.2.3. Triệu chứng và bệnh tích bệnh dịch tả lợn 22 2.2.4. Các phương pháp chẩn đoán bệnh dịch tả lợn 25 2.2.5. Phòng chống bệnh dịch tả lợn 26 2.2.6. Xu hướng sản xuất vaccine phòng bệnh Dịch tả lợn hiện nay 28 2.2.7. Đáp ứng miễn dịch bệnh Dịch tả lợn và hiện tượng dung nạp miễn dịch 32 Phần 3. Vật liệu và phƣơng pháp nghiên cứu 36 3.1. Nội dung nghiên cứu 36 3.1.1. Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn giai đoạn 2014 – 2017 tại miền Bắc Việt Nam 36 3.1.2. Hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch 36 3.1.3. Một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của các chủng virus phân lập được 36 3.2. Vật liệu nghiên cứu 36 3.2.1. Số liệu nghiên cứu 36 3.2.2. Động vật thí nghiệm 36 3.2.3. Thuốc thử và vật liệu thử 37 3.2.4. Thiết bị, dụng cụ 37 3.3. Phương pháp nghiên cứu 38 3.3.1. Phương pháp nghiên cứu dịch tễ học 38 3.3.2. Phương pháp tính toán 38 3.3.3. Phương pháp xét nghiệm 39 3.3.4. Phương pháp giải trình tự gen 45 3.3.5. Phương pháp xây dựng cây phả hệ 45 3.3.6. Phương pháp phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử 46 3.3.7. Phương pháp xử lý số liệu 46 Phần 4. Kết quả và thảo luận 47 4.1. Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn giai đoạn 20142017 tại miền Bắc Việt Nam 47 4.1.1. Xác định vùng nghiên cứu 47 4.1.2. Xác định ca mắc bệnh dịch tả lợn 48 4.1.3. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý 54 4.1.4. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo lứa tuổi, theo phương thức chăn nuôi và theo giống lợn nuôi 57 4.1.5. Hệ số năm dịch và hệ số tháng dịch của bệnh dịch tả lợn 60 4.1.6. Tỷ lệ hiện mắc và tốc độ mắc bệnh của bệnh dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi từ 20142017 ........................................................................................................... 63 4.2. Hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch 64 4.2.1. Kết quả đánh giá hiện tượng mang trùng ở lợn nái và khả năng dung nạp miễn dịch ở lợn con 65 4.2.2. Kết quả đánh giá khả năng dung nạp miễn dịch ở lợn con sinh ra từ lợn nái được tiêm vaccine dịch tả lợn đầu thai kỳ 68 4.3. Một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của những chủng virus dịch tả lợn phân lập được 74 4.3.1. Kết quả giám định virus dịch tả lợn bằng kỹ thuật RTPCR 74 4.3.2. Kết quả phân tích tính đa dạng di truyền của CSFV 75 4.3.3. Đặc điểm biến đổi của gen E2 giữa các chủng CSFV 80 4.3.4. Kết quả nghiên cứu phân tích phả hệ của CSFV tại Việt Nam 87 4.3.5. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus gây bệnh dịch tả lợn tại Việt Nam theo không gian và thời gian 91 Phần 5. Kết luận và đề nghị 95 5.1. Kết luận 95 5.1.1. Một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn giai đoạn 20142017 tại miền Bắc Việt Nam 95 5.1.2. Hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch 95 5.1.3. Dịch tễ học phân tử của virus dịch tả lợn 96 5.2. Đề nghị 96 Danh mục các công trình đã công bố có liên quan đến luận án 97 Tài liệu tham khảo 98 Phụ lục 2 116 DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Chữ viết đầy đủ 3’ NTR 3 nontranslated region 5’NTR 5 nontranslated region aa Amino acid BD Boder disease BDV Border Disease Virus BNNPTNT Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Bp Base pair BVDV Bovine Viral Diarrhea Virus cDNA Complementary deoxyribonucleic acid CI Confidence Interval CPE Cytophathogenic Effect cs Cộng sự CSF Classical Swine fever CSFV Classical Swine Fever Virus CSMBTBT Chỉ số mắc bệnh trung bình tháng Ctv Cộng tác viên DNA Deoxyribonucleic Acide dNTP Deoxyribonucleoside triphosphate EC European Community ELISA EnzymeLinked ImmunoSorbent Assay FAO Food and Agriculture Organization HSTD Hệ số tháng dịch HSND Hệ số năm dịch HT Huyết thanh IHC Immunohistochemistry MB Mắc bệnh MMLV Moloney murine leukemia virus mRNA Messenger Ribonucleic acid Chữ viết tắt Chữ viết đầy đủ NPLA Neutralization Peroxidase Linked Assay NS Nonstructural nt Nucleotide NXB Nhà xuất bản OIE Office International des Epizooties PCR Polymerase Chain Reaction RNA Ribonucleic Acide RT PCR Reverse transcriptionPolymerase Chain Reaction RTnPCR Reverse Transcription – nested Polymerase Chain Reaction SNNC Số năm nghiên cứu TC Tổ chức TCID Tissue Culture Infective Dose TCVN Tiêu chuẩn Việt Nam TĐMM Tốc độ mới mắc TLHM Tỷ lệ hiện mắc TLTV Tỷ lệ tử vong TT Thông tư USA United States of America USD United States dollar VNUA Vietnam National University of Agriculture WTO World Trade Organization DANH MỤC BẢNG STT Tên bảng Trang 2.1. Kiểm tra độc lực của virus CSF 15 4.1. Xác định ca bệnh mắc dịch tả lợn bằng phản ứng ELISA 49 4.2. Tần suất xuất hiện triệu chứng của lợn mắc dịch tả lợn 50 4.3. Tần suất xuất hiện bệnh tích của lợn mắc dịch tả lợn 51 4.4. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý cấp độ xã 54 4.5. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý cấp độ đàn 55 4.6. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý cấp độ cá thể 55 4.7. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý tỷ lệ tử vong 56 4.8. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo lứa tuổi 58 4.9. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo phương thức chăn nuôi 58 4.10. Tình hình bệnh dịch tả lợn theo giống lợn nuôi 59 4.11. Hệ số năm dịch của dịch tả lợn từ năm 2014 2017 60 4.12a. Hệ số tháng dịch của dịch tả lợn từ 2014 2017 61 4.12b. Hệ số tháng dịch của dịch tả lợn từ 2014 2017 62 4.13. Tỷ lệ hiện mắc bệnh dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi từ 2014 2017 63 4.14. Tốc độ mắc bệnh dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi từ 2014 2017 64 4.15. Kết quả xét nghiệm lưu hành virus ở lợn nái trước khi phối giống 66 4.16. Kết quả xét nghiệm kháng thể ở lợn con 35 ngày tuổi 67 4.17. Kết quả xét nghiệm kháng thể ở lợn con 56 ngày tuổi 68 4.18. Kết quả lấy mẫu để kiểm tra hiện tượng dung nạp miễn dịch 69 4.19a. Kết quả phòng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể ở lợn 35 ngày tuổi 70 4.19 b. Kết quả phòng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể ở lợn 35 ngày tuổi 71 4.20 a. Kết quả phòng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể ở lợn 56 ngày tuổi 72 4.20b. Kết quả phòng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể ở lợn 56 ngày tuổi 73 4.21. Tỷ lệ tương đồng nucleotide giữa các chủng Dịch tả lợn Việt Nam và các chủng tham chiếu 81 4.22. Tỷ lệ tính tương đồng Amino acid giữa các chủng Dịch tả lợn Việt nam và chủng tham chiếu 82 DANH MỤC HÌNH STT Tên hình Trang 2.1. Cấu trúc của virus dịch tả lợn 10 2.2. Cấu trúc bộ gen Pestivirus 11 4.1. Bản đồ miền Bắc Việt Nam 48 4.2. Triệu chứng lâm sàng của lợn mắc Dịch tả lợn 52 4.3. Bệnh tích đại thể của lợn mắc Dịch tả lợn 53 4.4. Bệnh tích đại thể của lợn mắc Dịch tả lợn 53 4.5. Kết quả giám định sự có mặt của virus CSF trong mẫu bệnh phẩm 74 4.6. Tương đồng trình tự gen giữa các chủng CSFV dựa vào genome 76 4.7. Tương đồng trình tự gen giữa các chủng CSFV dựa vào gen E2 77 4.8. Tương đồng trình tự gen giữa 15 chủng CSFV của Việt Nam dựa vào gen E2 78 4.9. Tỷ lệ % tương đồng về trình tự gen của chủng CSFV thu thập ở Việt Nam năm 1991 và 20132016 79 4.10. So sánh trình tự aa suy diễn do gen E2 mã hóa của các chủng CSFV của Việt Nam 83 4.11. Chỉ số kháng nguyên tại các vị trí của protein E2 giữa các chủng virus gây bệnh dịch tả lợn của Việt Nam 86 4.12. Cây phả hệ của các chủng virus gây bệnh dịch tả lợn của Việt Nam dựa vào trình tự bộ gen của virus 87 4.13. Cây phả hệ của virus gây bệnh dịch tả lợn dựa vào gen E2 89 4.14. Cây phả hệ dựa vào trình tự gen E2 của 384 chủng virus gây bệnh dịch tả lợn 90 4.15. Sự phát tán theo không gian và thời gian của virus dịch tả lợn 92 4.16. Sự phát tán theo không gian và thời gian của virus gây bệnh dịch tả lợn subgenotype 2.1 và 2.2 tại Việt Nam 93 TRÍCH YẾU LUẬN ÁN Tên tác giả: Nguyễn Phục Hưng Tên luận án: Nghiên cứu dịch tễ học bệnh dịch tả lợn cổ điển (Classical swine fever) ở lợn tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2014 2017 Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 9.64.01.18 Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu Bệnh dịch tả lợn nằm trong danh mục những bệnh truyền nhiễm cần phải công bố dịch ở Việt Nam và nằm trong danh mục bệnh thuộc bảng A theo Tổ chức Thú y thế giới. Bệnh gây thiệt hại đáng kể cho ngành chăn nuôi lợn ở nhiều tỉnh thành. Bệnh có tốc độ lây lan nhanh, xảy ra ở lợn mọi lứa tuổi và có thể gây chết đến 100% đối với lợn con. Do sự thay đổi về điều kiện tự nhiên và điều kiện xã hội, phương thức và tập quán chăn nuôi, bệnh dịch tả lợn có thể đã có những đặc điểm khác biệt về mặt dịch tễ học. Mặt khác, một hiện tượng có tên là “Dung nạp miễn dịch” ở bệnh dịch tả lợn khiến lợn con không đáp ứng với vaccine tiêm phòng và mẫn cảm cao với virus dịch tả lợn cường độc lưu hành dẫn đến bùng phát dịch. Mục tiêu của đề tài là: (1) Đánh giá được tình hình dịch bệnh ở miền Bắc Việt Nam, xác định được một số đặc điểm dịch tễ học (tỷ lệ mắc bệnh, tỷ lệ chết, năm dịch, hệ số mùa dịch, hệ số tháng dịch…) theo không gian và thời gian. (2) Xác định được sự mang trùng và hiện tượng dung nạp miễn dịch ở đàn lợn nuôi và (3) Xác định một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus dịch tả lợn ở miền Bắc Việt Nam Phƣơng pháp nghiên cứu Có ba nhóm phương pháp chính được dùng trong nghiên cứu này, bao gồm: (1) phương pháp nghiên cứu dịch tễ học; (2) Phương pháp ELISA xác định kháng nguyên và xác định kháng thể và (3) Phương pháp phân tích đặc điểm sinh học phân tử và đặc điểm dịch tễ học phân tử. Kết quả chính và kết luận (1) Bộ số liệu về đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn ở miền Bắc Việt Nam (được phân chia theo vùng địa lý gồm có 03 vùng lớn là Tây Bắc Bộ, Đông Bắc Bộ và Đồng Bằng Sông Hồng): Tỷ lệ mắc bệnh dịch tả lợn theo cấp xã tại các địa phương dao động từ 38,75 ± 2,85% đến 42,50 ± 4,41%. Tỷ lệ mắc bệnh dịch tả lợn theo cấp độ đàn dao động từ 29,72 ± 4,48% đến 58,33 ± 0,79%. Tỷ lệ mắc bệnh dịch tả lợn theo cá thể dao động từ 1,42 ± 0,18% đến 3,82 ± 1,36%. Lợn ở giai đoạn từ 1 – 3 tháng tuổi có tỷ lệ mắc bệnh cao nhất (5,96 ± 1,05%). Tỷ lệ mắc bệnh dịch tả lợn ở đàn lợn nuôi theo phương thức chăn nuôi nông hộ là cao nhất (5,92 ± 0,37%) trong khi yếu tố về giống lợn nuôi không ảnh hưởng đến tỷ lệ mắc dịch tả lợn. Tỷ lệ tử vong của bệnh dịch tả lợn trong quá trình điều tra dao động từ 92,13 ± 1,08% đến 94,01 ± 1,98%. Trong quá trình điều tra, hầu hết các tỉnh đều có hai năm dịch (hệ số năm dịch >1), chỉ có tỉnh Thái Bình là 3 năm và tại Sơn La, Nam Định là 1 năm có có HSND >1. Dịch tả lợn xảy ra tập trung vào thời điểm tháng 2 – 4 và 811 trong năm (hệ số tháng dịch >1). Tỷ lệ hiện mắc của dịch tả lợn là 2,26% đến 2,46% sau 3 năm điều tra trong khi tốc độ mắc bệnh dịch tả lợn là 0,0434 – 0,0474 contuần. Như vậy, đặc điểm dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn trong giai đoạn hiện tại đã có những thay đổi so với các nghiên cứu trong giai đoạn trước đây. (2) Kết quả xác định hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch: Khi kiểm tra hiện tượng mang virus ở lợn nái nuôi tại địa phương: Tỷ lệ lợn nái mang virus là 16,5% 17.0%. Tỷ lệ lợn con âm tính với kháng thể dịch tả lợn lúc 35 ngày tuổi là 87,69% 88,71%. Tỷ lệ lợn con âm tính ở 21 ngày sau tiêm phòng là 77,27% 79,82%. Khi thực hiện thí nghiệm với đàn nái âm tính virus dịch tả lợn (nhưng được tiêm phòng bằng vaccine nhược độc dịch tả lợn vào 25 ngày sau khi phối), đàn lợn con sinh ra có hiện tượng âm tính với kháng thể dịch tả lúc 35 ngày tuổi dao động từ 83,17% đến 86,54% vào hai năm 2016, 2017. Tỷ lệ lợn con âm tính với kháng thể dịch tả lợn vào 21 ngày sau tiêm phòng dao động từ 76,09% đến 80,43%. (3) Dịch tễ học phân tử của virus dịch tả lợn: Kết quả phân tích phả hệ của của các chủng virus dịch tả lợn dựa vào trình tự đoạn genE2 cho thấy các chủng thu được từ Nam Định và Hải Dương thuộc 2 phân nhóm 2.1 và 2.2. Chủng virus dịch tả lợn phân lập thuộc phân nhóm 2.1 rất gần với các chủng GDPY, GDHZ, HN, and HNLY11 lưu hành tại Trung Quốc trong giai đoạn 2008 – 2011. Trong khi chủng 2.2 có liên quan đến các chủng phân lập từ các nước Châu Âu (Đức, Áo, CH. Séc và Ý) và Châu Á (Đài Loan và Nepal). THESIS ABSTRACT PhD candidate: Nguyen Phuc Hung Thesis title: Epidemiological study of classical swine fever in northern Vietnam for the period 2014 2017. Major: Veterinary epidemiology Code: 9.64.01.18 Educational organization: Vietnam National University of Agriculture (VNUA) Research Objectives Classical swine fever (CSF) is in the list of infectious diseases that require to be reported in Vietnam and the A list of diseases by the World Organisation for Animal Health. Disease has caused considerable damage to the pig industry in many provinces. The disease is rapidly spreading, occurring in pigs of all ages and can kill up to 100% of piglets. Due to changes in natural conditions and social conditions, animal husbandry practices, CSF outbreaks may have epidemiological alterations. On the other hand, a phenomenon known as immunological tolerance in CSF causes piglets not to respond to vaccines and are highly susceptible to virulent CSFV, leading to outbreaks. The objectives are: (1) To assess the epidemic situation in Northern Vietnam, to identify some epidemiological characteristics (incidence, mortality, epidemic year index, monthly epidemic index, etc.) by space and time. (2) Identification of carriage and immunological tolerance in pig herds and (3) Identification of some molecular epidemiological characteristics of CSFV in Northern Vietnam Materials and Methods There are three main methods used in this study, including: (1) Epidemiological method; (2) ELISA for antigen and antibody determination and (3) Molecular biology and molecular epidemiological characterization determination. Main findings and conclusions 1) Data on epidemiological characteristics of CSF outbreak in Northern Viet Nam (divided by geographic region including three major regions: The Northwest, the Northeast and the Red River Delta): The incidence of CSF by commune level was from 38,75 ± 2,85% to 42,50 ± 4,41%; by the pig farm ranged from 29,72 ± 4,48% to 58,33 ± 0,79%; by individuals from 1,42 ± 0,18% to 3,82 ± 1,36%. Pigs from 1 to 3 months old had the highest incidence (5,96 ± 1,05%). The pigs which grew in backyard livestock were more susceptible to CSF, with the prevalence of 5,92 ± 0,37% while the breeding factor has no effect on the CSF incidence. The mortality rate of CSF during the survey ranged from 92,13 ± 1,08% to 94,01 ± 1,98%. Most provinces had epidemic index over one in two years whereas Thai Binh province was in 3 years and in Son La, Nam Dinh were in 1 year. CSF occurred from February to April and from August to November in the year. The prevalence of CSF was 2.26% to 2.46% after 3 years of investigation, while the rate of CSF was 0.0434 0.0474 pigs per week. Thus, the epidemiological characteristics of CSF in the current period have changed when compared with previous studies. 2) Results of identification of carrier and immune tolerance: testing the virus carriers in local sows showed: The rate of sows carrying the virus was 16.5% 17.0%. The percentage of piglets negative for CSF antibody test at 35 days of age was ranged of 87.69% 88.71%. The pigs at 21 days after vaccination were from 77.27% to 79.82% negative for CSF antibody test. When the sows were tested negative for CSF (but were vaccinated at 25 days after mating), the percentage of piglets negative for CSF antibody test at 35 days of age ranged from 83.17% to 86.54% in 2016 and 2017, respectively. The percentage of piglets negative for CSF antibody at 21 days after vaccination ranged from 76.09% to 80.43%. (3) Molecular epidemiology of CSFV: The results of phylogenetic analysis of CSFV in pigs based on E2 gene showed that the strains collected from Nam Dinh and Hai Duong belonged to 2 subgroups 2.1 and 2.2. The isolates of subtype 2.1 were closely related to the GDPY, GDHZ, HN, and HNLY11 strains circulating in China during 2008 to 2011 while strain 2.2 was associated with isolates from Europe (Germany, Austria, the Czech Republic, and Italy) and Asia (Taiwan and Nepal). PHẦN 1. MỞ ĐẦU 1.1. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI Chăn nuôi lợn nước ta trong những năm gần đây đã phát triển nhanh chóng. Theo thống kê của tổ chức lương thực thế giới (FAO) trong những năm vừa qua Việt Nam được ghi nhận là nước chăn nuôi phát triển mạnh và cung cấp nhiều thịt lợn (từ 116 – 121 triệu tấn thịt lợn từ năm 20162018) (FAO, 2018). Tuy nhiên do tập quán chăn nuôi theo hướng truyền thống vẫn còn rất phổ biến, không có tính chuyên nghiệp nên dẫn đến hiệu quả kinh tế thấp. Trong công cuộc đổi mới của toàn Đảng, toàn dân, ngành chăn nuôi nước ta đang từng bước phát triển vững chắc, đạt nhiều thành tựu to lớn đáng khích lệ và dần trở thành một trong những ngành chính của nông nghiệp Việt Nam. Đặc biệt, khi Việt Nam trở thành thành viên thứ 150 của Tổ chức Thương Mại Thế giới (WTO), nhà nước đã có những chính sách điều chỉnh phù hợp như kinh tế trang trại, vốn tín dụng, chính sách đất đai, chính sách đầu tư nước ngoài... Tất cả các chính sách đó đều có ảnh hưởng đến sự phát triển của ngành nông nghiệp trong đó có chăn nuôi. Bước đầu đã có sự hình thành các khu vực, các cụm chăn nuôi mang tính hàng hóa phù hợp với phát triển của từng loại gia súc, gia cầm và đặc biệt có thể cung cấp những sản phẩm có chất lượng cao. Nhưng do tập tục chăn nuôi nhỏ lẻ, manh mún mà ngành chăn nuôi ở nước ta còn mang tính tự cung tự cấp, chăn nuôi tập trung, chăn nuôi hàng hóa theo quy mô trang trại chưa nhiều. Chất lượng sản phẩm chăn nuôi chưa đủ sức hội nhập và cạnh tranh. Từ đó, dẫn đến những khó khăn nhất định cho ngành chăn nuôi, đặc biệt là vấn đề kiểm soát dịch bệnh. Thời gian vừa qua, do hội nhập kinh tế quốc tế, việc giao lưu buôn bán động vật, sản phẩm động vật giữa các nước trên thế giới ngày càng mở rộng, tình hình dịch bệnh động vật cũng phát triển mạnh, trong đó có bệnh dịch tả lợn cổ điển (Classical Swine Fever) xảy ra tràn lan ở nhiều khu vực. Ở Việt Nam trong những năm gần đây, dịch tả lợn cổ điển liên tiếp nổ ra gây thiệt hại đáng kể cho ngành chăn nuôi lợn. Bệnh xuất hiện trong cả nước và xảy ra tương đối nghiêm trọng ở nhiều tỉnh thành. Bệnh có tốc độ lây lan nhanh, xảy ra ở lợn mọi lứa tuổi, đặc biệt trên lợn con, tỷ lệ chết có thể lên tới 100%. Một trong những đặc điểm quan trọng là lợn nái tạo cảm nhiễm qua nhau thai, gây chết phôi, sảy thai... Những lợn con sống sót xuất hiện tình trạng dung nạp miễn dịch – không đáp ứng với vaccine tiêm phòng và mẫn cảm cao với virus dịch tả lợn cường độc lưu hành, dễ tạo ra sự bùng phát của dịch. Vì vậy, tổ chức dịch tễ thế giới xếp bệnh này thuộc bảng A, là bảng danh mục các bệnh nguy hiểm nhất. Bệnh dịch tả lợn do một loại Pestivirus, họ Flaviviridae gây ra, đó là bệnh truyền nhiễm gây tiêu chảy nặng, lây lan nhiều và không có thuốc đặc trị ở lợn mọi lứa tuổi với nhiều thể khác nhau, gây chết hoặc không. Lợn nhiễm bệnh duy trì mầm bệnh lâu dài gây thiệt hại trầm trọng về mặt kinh tế cho người chăn nuôi. Virus xâm nhập chủ yếu qua đường tiêu hóa, qua niêm mạc, qua vết thương ở da và một phần qua hệ thống hô hấp. Theo các nghiên cứu cho thấy bệnh dịch tả lợn lây truyền cả theo chiều ngang và chiều dọc. Ở nước ta, do tính chất nguy hiểm của bệnh, ngành Thú y đã có những biện pháp tích cực nhằm khống chế bệnh. Tuy nhiên bệnh vẫn luôn xảy ra và gây thiệt hại kinh tế nghiêm trọng. Các nhà khoa học trong lĩnh vực Thú y cũng bỏ nhiều công sức và cũng đã có nhiều công trình nghiên cứu công bố về căn bệnh và các đặc điểm dịch tễ học của bệnh, tuy nhiên do sự thay đổi về điều kiện thời tiết, khí hậu, thay đổi về điều kiện xã hội, phương thức và tập quán chăn nuôi thì các đặc điểm về dịch tễ học của một số bệnh cũng sẽ thay đổi, tìm ra được sự thay đổi đó sẽ là một phương hướng để đưa ra những biện pháp hiệu quả hơn trong công tác phòng chống bệnh. Cho đến hiện tại, chưa có một nghiên cứu hệ thống đầy đủ về dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn trên tổng đại diện đàn lợn nuôi tại miền Bắc Việt Nam. Vì vậy trước một diễn biến phức tạp của dịch bệnh, chúng tôi tiến hành nghiên cứu về dịch tễ học bệnh dịch tả lợn cổ điển ở lợn tại miền Bắc Việt Nam giai đoạn 20142017. Đây là việc cần thiết và cấp bách trong bối cảnh hiện nay nhằm đưa ra những khuyến cáo và những giải pháp cấp thiết hỗ trợ cho công tác phòng chống dịch bệnh, giúp người chăn nuôi giảm thiểu thiệt hại trong quá trình chăn nuôi lợn. 1.2. MỤC TIÊU CỦA NGHIÊN CỨU Cập nhật và phân tích một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh dịch tả lợn tại miền Bắc Việt Nam. Xác định hiện tượng mang trùng và dung nạp miễn dịch của bệnh dịch tả lợn đối với lợn nuôi tại khu vực nghiên cứu. Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học phân tử những chủng virus dịch tả lợn phân lập tại miền Bắc Việt Nam 1.3. PHẠM VI NGHIÊN CỨU 1.3.1. Địa điểm nghiên cứu Một số tỉnh phía Bắc Việt Nam gồm: Ba tỉnh Tây Bắc Bộ (Hòa Bình, Yên Bái, Sơn La), ba tỉnh Đông Bắc Bộ (Bắc Giang, Phú Thọ, Thái Nguyên) và bốn tỉnh Đồng Bằng Sông Hồng (Nam Định, Hà Nam, Thái Bình, Hải Dương). Phòng thí nghiệm trọng điểm công nghệ sinh học thú y và Phòng thí nghiệm của Bộ môn Bệnh lý học của Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam. 1.3.2. Thời gian nghiên cứu Từ tháng 01 năm 2014 đến tháng 12 năm 2017. 1.4. NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA ĐỀ TÀI Xác định được sự thay đổi và cập nhật thông tin khoa học về đặc điểm dịch tễ học của bệnh Dịch tả lợn trong tình hình hiện tại (20142017) ở miền Bắc Việt Nam: Theo vùng địa lý (Tây Bắc Bộ, Đông Bắc Bộ, Đồng Bằng Sông Hồng); theo lứa tuổi, phương thức chăn nuôi, giống lợn nuôi; hệ số tháng dịch, hệ số năm dịch; tỷ lệ hiện mắc, tốc độ mắc bệnh. Xác định được sự mang trùng và hiện tượng Dung nạp miễn dịch ở đàn lợn tại miền Bắc Việt Nam. Nghiên cứu được đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus Dịch tả lợn ở miền Bắc Việt Nam 1.5. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI 1.5.1. Ý nghĩa khoa học Đề tài cung cấp một số dữ liệu mới về đặc điểm dịch tễ của bệnh Dịch tả lợn và virus Dịch tả lợn trên địa bàn miền Bắc Việt Nam giai đoạn 20142017. Luận án là tài liệu tham khảo tốt, phục vụ cho những nghiên cứu khoa học về bệnh Dịch tả lợn và tài liệu phục vụ giảng dạy trong lĩnh vực thú y. 1.5.2. Ý nghĩa thực tiễn Kết quả nghiên cứu của đề tài đã xác định rõ sự thay đổi về một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh Dịch tả lợn lưu hành trên địa bàn miền Bắc Việt Nam: Tỷ lệ mắc bệnh theo vùng địa lý, theo lứa tuổi, phương thức chăn nuôi, giống lợn nuôi; hệ số tháng dịch, hệ số năm dịch; tỷ lệ hiện mắc, tốc độ mắc bệnh. Dựa vào những thông số dịch tễ học này, những nghiên cứu kế tiếp có thể ứng dụng để tính toán số lượng mẫu, so sánh tốc độ mắc bệnh góp phần đánh giá yếu tố nguy cơ của bệnh. Kết quả xác định về mang trùng tiềm ẩn và dung nạp miễn dịch là cơ sở để đưa ra những biện pháp phòng chống phù hợp như thay đổi lịch trình vaccine, đề xuất phương pháp kiểm soát bệnh thông qua xét nghiệm kháng thể dịch tả lợn. Việc nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus Dịch tả lợn đã chỉ ra được nguồn gốc sự lưu hành và sự phù hợp cho việc sử dụng vaccine phòng bệnh tại địa phương. PHẦN 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1. NHỮNG NGHIÊN CỨU TRONG VÀ NGOÀI NƢỚC VỀ BỆNH DỊCH TẢ LỢN Dịch tả lợn là một bệnh quan trọng nằm trong danh sách loại A của OIE. Những bệnh thuộc trong danh sách A được định nghĩa như những bệnh truyền nhiễm có khả năng lây lan rất nguy hiểm và nhanh chóng, bất chấp biên giới quốc gia, trở thành hậu quả nghiêm trọng đối với kinh tế xã hội và sức khỏe cộng đồng (OIE, 1998). 2.1.1. Trên thế giới Bệnh dịch tả lợn là bệnh lây lan rất nhanh, tỷ lệ chết cao (có thể từ 60 90%). Bệnh thường ghép với phó thương hàn, tụ huyết trùng. Lợn mắc bệnh thường có triệu chứng bại huyết, xuất huyết ở nhiều cơ quan, bộ phận, hoại tử, loét niêm mạc đường tiêu hoá. Bệnh tiến triển ở nhiều thể khác nhau: quá cấp, cấp tính, mạn tính và thể tiềm ẩn (Nguyễn Bá Hiên và cs., 2013). Cho đến nay nguồn gốc của bệnh dịch tả lợn chưa được xác minh chính xác, hiện vẫn còn hai quan điểm song song tồn tại: Năm 1810 bệnh dịch tả lợn được Hanson (1957) mô tả đầu tiên ở Tenessce. Đến năm 1833, bệnh dịch tả lợn được thông báo đầu tiên ở Ohio (Bắc Mỹ), sau đó bệnh lan ra cả nước Mỹ nhất là vùng Cornbert, vì đây là vùng chăn nuôi lợn nhiều nhất (Hanson, 1957). Theo Fuchs (1968), bệnh xuất hiện đầu tiên ở Anh vào năm 1862, sau đó lây lan sang các nước châu Âu khác là Đan Mạch, Thụy Điển vào năm 1887. Các nhà khoa học Mỹ cho rằng bệnh xuất phát từ châu Âu và lan sang khắp các nước trên thế giới, ở Nam Mỹ năm 1899, Nam Phi năm 1900. Hiện nay bệnh dịch tả lợn vẫn tồn tại ở nhiều nước trên thế giới, thiệt hại về kinh tế do dịch tả lợn gây ra vẫn rất lớn. Năm 1997, các nước: Đức, Hà Lan, Italia, Tây Ban Nha, Bỉ có hơn 10 triệu con lợn bị giết hủy (Rassow, 1997). Ở Hà Lan tính đến ngày 31 tháng 12 năm 1997 có 424 ổ dịch trong một năm. Cộng hòa liên bang Đức từ tháng 11 năm 1982 đến 9 năm 1984 có 1457 ổ dịch xảy ra ở 248 đàn lợn giống, 777 đàn lợn thịt và 412 đàn hỗn hợp, với 395000 lợn bị xử lý (Oleksiewicz et al., 2003). Theo OIE (1998), năm 1984 ở Mexico có 179 ổ dịch, Malaysia có 5 ổ dịch, Hàn Quốc có 45 ổ dịch. Năm 1997 dịch tả lợn xuất hiện ở Italia, Tây Ban Nha và Bỉ đều có nguồn gốc từ Hà Lan (Mesplede et al., 1999). Trong một thập kỷ từ năm 1999 đến năm 2009, người ta chỉ ghi nhận được một số ổ dịch xảy ra lẻ tẻ ở khu vực phía Đông của EU (Postel et al., 2013). Mặt khác, theo Postel et al. (2013); trong các năm 2011, năm 2012 đến năm 2015 vẫn phát hiện ra một số ổ dịch Dịch tả lợn tại một số nước như: Lithuania, Latvia… Theo OIE, từ năm 2014 tình hình dịch bệnh Dịch tả lợn vẫn xảy ra ở một số vùng Caribê (Cuba, Cộng hòa Dominic và Haiti) cũng như từ Bolivia, Columbia, Ecuador và Peru. Tuy nhiên, riêng lục địa châu Phi không phát hiện thấy ổ dịch nào (OIE, 2016). Báo cáo mới nhất của OIE (tính đến tháng 1 năm 2017) cho thấy: tại châu Mỹ không phát hiện thấy ổ dịch Dịch tả lợn, bao gồm: Canada, Chilê, Guiana thuộc Pháp, Mexico, Mỹ và một số tỉnh của Brazil (miền Trung và miền Nam) (OIE, 2017). Về địa dư bệnh lý, bệnh dịch tả lợn có tính chất phân bố toàn cầu. Theo Edwards (1998), bệnh xảy ra ở tất cả các nước có chăn nuôi lợn. Riêng các nước: Australia, Canada, Newzeland, Ireland, Thụy Sỹ và các nước thuộc bán đảo Scadinavia được coi là không có bệnh dịch tả lợn (Van, 1993). Biến đổi di truyền của chủng CSFV rất cao (Paton et al., 2000; Postel et al., 2012). Ba kiểu gen chính, bao gồm nhiều kiểu gen, đã được mô tả và phân bố toàn cầu của chúng khác nhau (Goller et al., 2016). Kiểu gen CSFV gây ra đợt bùng phát gần đây ở EU (Đức, Bulgaria, Latvia) thuộc kiểu gen 2.3 và chỉ có ngoại lệ kiểu gen 2. Tại Nga, mặc dù đã được tiêm vắc xin sống LK VNIIVVIM, đã được báo cáo về các trường hợp lợn rừng và lợn nuôi nhiễm bệnh, nhưng thông tin gen rất hạn chế. Một nghiên cứu gần đây nhấn mạnh rằng trong thập niên 90, các dòng phân lập gen 1 chủ yếu được phát hiện ở Liên bang Nga, trong khi các đợt bùng phát gần đây (2007 2014) đã được báo cáo về kiểu gen 2.1 và 2.3 (Titov et al., 2015; Vlasova et al., 2003). Gần đây kiểu gen 2.3 phân lập từ Nga có liên quan chặt chẽ với các phân lập Latvia (20122015) và các phân lập đã gây ra vụ bùng phát dịch tả CSF ở Trung Âu, như ở Pháp (2003) và Đức (2006). Báo cáo duy nhất về phân lập kiểu gen 1.1 gần đây rõ ràng là một chủng vắcxin (Titov et al., 2015). Trong số kiểu gen 2.1 của CSFV, virus phân lập từ nhóm phát sinh gen tại Nga cùng với các phân lập từ Trung Quốc và các nước châu Á khác, bao gồm một chuỗi gen từ Nga từ Primorie giống hệt với chuỗi trình tự từ tỉnh Hồ Nam, Trung Quốc. Ví dụ này nhấn mạnh rằng thông tin chuỗi trình tự chi tiết hơn sẽ có giá trị lớn để hỗ trợ điều tra dịch tễ học ở cấp độ khu vực và quốc gia, nhưng cũng để phát hiện các đường lây nhiễm có thể xảy ra trên khắp các khu vực vùng biên. Mặc dù tại Trung Quốc đã phát hiện các kiểu gen CSFV 1.1, 2.1, 2.2 và 2.3, một số nghiên cứu cho thấy CSFV kiểu gen 1.1 và 2.1 phổ biến nhất trong các đợt bùng phát gần đây (Gong et al., 2016; Sun et al., 2013). Bên cạnh đó, có bằng chứng cho thấy các nhóm phylogenetic cụ thể của kiểu gen 2.1 trở nên chiếm ưu thế trong thập kỷ qua (ví dụ, gen clade 2.1b) hoặc gần đây phát triển trở thành các biến thể CSFV chiếm ưu thế trong khu vực (Gong et al., 2016; Zhang et al., 2018). Theo các tài liệu hiện có, các phân lập thuộc các nhánh mới xuất hiện chủ yếu được tìm thấy ở phía Bắc và Đông Bắc Trung Quốc bao gồm các tỉnh giáp với Mông Cổ và Nga. Hơn nữa, có nhiều báo cáo về CSFV kiểu gen 2.1 từ Ấn Độ, Mông Cổ, Hàn Quốc, Thái Lan, Việt Nam và Indonesia, và kiểu gen này dường như chiếm ưu thế ở nhiều nước châu Á. Hơn nữa, các nhà khoa học đã xác định CSFV các kiểu gen 1.1 và 2.2 gần đây tại Ấn Độ và ở hầu hết các quốc gia Đông Nam Á. Điều thú vị là các phân tích về chuỗi trình tự kiểu gen 2.2 có sẵn cho thấy một nhóm phylogenetic phổ biến của các dòng phân lập từ Thái Lan và Việt Nam với các phân lập từ Nam Mỹ. Kiểu di truyền của CSFV thu thập từ Ecuador và Peru trong khoảng thời gian từ 2008 2013 đã tiết lộ sự xuất hiện của kiểu gen 1.1. Tại Cuba, các nhà khoa học tìm thấy kiểu gen 1.4 duy nhất, bao gồm các biến thể dường như sao chép ở mức độ thấp, chỉ hiển thị nhiễm virus ngắn và do đó hầu như không được phát hiện ngay cả bằng các kỹ thuật phân tử hiện đại (Coronado et al., 2017; Perez et al., 2012; Postel et al., 2013b). Đã có báo cáo về kiểu gen phân nhóm 1.3 tại miền Nam và Trung Mỹ trước đây hiện không còn xác định trong các nghiên cứu gần đây, điều này cũng có thể là do dữ liệu hạn chế có sẵn. Thông tin về các kiểu gen CSFV hiện tại chỉ được một số quốc gia công khai, cho tới nay vẫn còn số lượng thông tin hạn chế ở các quốc gia khác. Do đó, việc phổ biến và tiếp cận dữ liệu bệnh gặp nhiều khó khăn. Cơ sở dữ liệu chuỗi trình tự CSF (CSFDB) của Phòng Thí nghiệm Tham chiếu của EU và OIE về Dịch tả lợn cổ điển là một công cụ, được triển khai để khắc phục vấn đề này. Dữ liệu CSFDB đã được thiết lập gần hai thập kỷ trước để cung cấp một nền tảng trao đổi dữ liệu chuỗi trình tự chủng CSFV và dữ liệu này đã được cập nhật gần đây (Dreier et al., 2007; GreiserWilke et al., 2000; Postel, et al., 2016). Các sáng kiến như CSFDB phụ thuộc vào sự hỗ trợ của các phòng thí nghiệm quốc gia về CSF và vào sự chấp nhận chia sẻ thông tin về kiểu gen hoặc chuỗi trình tự. Việc cập nhật thường xuyên cơ sở dữ liệu cung cấp thông tin di truyền về các biến thể chủng CSFV sẽ hỗ trợ hữu ích trong dịch tễ học phân tử CSFV và giúp có cái nhìn toàn cầu hơn về căn bệnh xuyên biên giới này. 2.1.2. Ở Việt Nam Ở Việt Nam, CSF được phát hiện vào các năm 1923 1924 bởi Houdenner (Đào Trọng Đạt và cs., 1989) và đến nay CSF vẫn là một trong “4 bệnh đỏ” gây thiệt hại lớn cho ngành chăn nuôi lợn ở nước ta (Lê Minh Chí và cs., 1999). Năm 1960, CSF xảy ra ở các tỉnh Nghệ An, Phú Thọ do việc vận chuyển lợn bệnh từ tỉnh ngoài vào. Năm 1968 có tới 481 ổ dịch (Lê Độ, 1980). Năm 1973, CSF xảy ra ở 11 trại lợn xung quanh thành phố Hồ Chí Minh. Năm 1974 dịch xảy ra ở 17 tỉnh phía Bắc, làm thiệt hại trên 4 vạn lợn, 15 tỉnh Nam bộ có dịch, gây chết 145078 con lợn (Đào Trọng Đạt và Trần Thị Tố Liên, 1989); năm 1983 dịch xảy ra ở Hải Hưng. Trong những năm 1972 1973 dịch kéo dài ở Nghệ An, Hà Tĩnh do nhân dân mua lợn bệnh về trong dịp ăn tết cổ truyền làm lây lan dịch bệnh. Tại các tỉnh Trung bộ dịch xảy ra mạnh vào những năm 1976 1978; năm 1976 có 17 ổ dịch, 1977 có 36 ổ dịch, năm 1978 có 18 ổ dịch (Đào Trọng Đạt và Nguyễn Tiến Dũng, 1984). Từ những năm 1980, do việc tiêm phòng đã triển khai đồng bộ nên các ổ dịch lớn không xảy ra, nhưng bệnh vẫn tồn tại và diễn biến ngày càng phức tạp, có nhiều thay đổi về triệu chứng lâm sàng, bệnh tích cũng như về độ tuổi mẫn cảm. Nghiên cứu về bệnh lý lâm sàng, Đào Trọng Đạt và Trần Tố Liên (1989) cho rằng: triệu chứng, bệnh tích của CSF ở lợn các lứa tuổi khác nhau, có những biến đổi phức tạp, bệnh diễn ra ở thể mạn tính, không điển hình do các chủng virus bị giảm độc lực thường xảy ra đối với lợn nái chưa tiêm phòng, lợn con theo mẹ và gây chết nhiều nhất là lợn con. Theo Đào Trọng Đạt và Nguyễn Tiến Dũng (1984); Nguyễn Xuân Bình (1998) đều cho rằng: CSF xảy ra ở lợn mọi lứa tuổi nhưng nhiều nhất vẫn là ở lợn con theo mẹ và lợn con mới cai sữa. Nghiên cứu của Nguyễn Tiến Dũng và cs. (1997) về khả năng thải virus cường độc ở lợn được tiêm vaccine cho thấy: những lợn đã tiêm vaccine dịch tả lợn trước hoặc sau khi có khả năng miễn dịch chống lại sự xâm nhập của virus cường độc, phát bệnh hay không phát bệnh đều có hiện tượng thải virus cường độc sau khi bị nhiễm và gây bệnh qua tiếp xúc cho những lợn chưa có miễn dịch cùng nhốt chung. Đào Trọng Đạt và cs. (1988) nghiên cứu về miễn dịch thụ động và ảnh hưởng của nó đến phản ứng miễn dịch của lợn con chống CSFV đã đi đến khuyến cáo nên tiêm phòng cho lợn con ở 40 50 ngày tuổi và lợn nái tiêm phòng trước khi phối giống. Theo Thông tư 04 2011 TTBNNPTNT, 2011 có nêu: Bệnh dịch tả lợn ở nước ta xảy ra quanh năm, tuy nhiên do thời tiết thay đổi (thể hiện rõ ở miền Bắc) và do biến động của đàn lợn trong năm nên bệnh có lúc tăng lúc giảm. Ngoài ra, bệnh dịch tả lợn còn phụ thuộc rất nhiều vào tỷ lệ tiêm phòng, lợn lớn đã có miễn dịch bị giết mổ, lợn con thay đàn bổ sung vào chưa kịp tiêm phòng làm cho tỷ lệ lợn mẫn cảm trong đàn tăng lên. Việc tiêm phòng theo mùa vụ và tiêm phòng bổ sung thường xuyên góp phần ổn định và hạn chế dịch bệnh rất nhiều, nhưng trong thực tế sản xuất do nhiều lý do nên việc tiêm phòng chưa thực hiện đúng quy định, vì vậy dịch tả lợn vẫn xảy ra vào các tháng trong năm. 2.2. BỆNH DỊCH TẢ LỢN 2.2.1. Virus dịch tả lợn 2.2.1.1. Phân loại hình thái cấu trúc của virus CSFV thuộc chỉ Pestivirus, họ Flaviviridae. Virus này có chung tính kháng nguyên với virus bệnh tiêu chảy ở bò và bệnh biên giới ở cừu. So với virus gây bệnh biên giới, những dòng CSFV hình thành một nhóm kháng nguyên đồng dạng có quan hệ với nhau nhưng có một vài thay đổi tồn tại giữa những dòng phân lập. Những phản ứng chéo huyết thanh với virus BVD và BD có thể xảy ra và gây trở ngại trong chẩn đoán huyết thanh (Nguyễn Bá Hiên và cs., 2013; Phạm Sỹ Lăng và Nguyễn Bá Hiên, 2014). CSFV có dạng hình cầu cap xit đối xứng khối là đường kính 4050nm, đường kính của nucleocapside là 29 nm, virus có vỏ bao bọc ngoài, có những gai lồi 6 8 nm tập trung trên bề mặt của virus. Bộ gene của virus là ARN chuỗi đơn dương, có độ dài 12 KB mã hóa cho 4 protein cấu trúc và protein không cấu trúc (Moormann and Hulot, 1998). Virus có 2 glycoprotein E155 và E146 KD ở trên bề mặt và 1 nucleocapside protein 36 KD (Enzmann and Weiland, 1978). Hệ số sa lắng là 140s 180s. Hạt virus gây nhiễm gồm 3 thành phần chính (Hình 2.1). Spikes (trimers of E1E2 heterodimers) Envelope Nucleocapsid protein RNA (single stranded, positive polarity) Hình 2.1. Cấu trúc của virus dịch tả lợn Nguồn: Enzmann and Weiland (1978) Bộ gen (genome): Bộ gen là một sợi đơn ARN nằm ở giữa hạt virus, nên virus chủ yếu nhân lên trong bào tương của tế bào vật chủ. Theo Moening (1988), bộ gen vừa là yếu tố di truyền, vừa là yếu tố sinh sản của virus. Theo Moorrman and Hulot (1998) bộ gene CSFV là một chuỗi ARN sợi đơn dài khoảng 12 kilobases (KB), có trình tự sắp xếp giống nhau giữa gene của CSFV và virus gây tiêu chảy ở bò (Bovine Viral Diarrhea Virus BVDV) và virus gây bệnh Border ở cừu (Border Disease Virus) (Nguyễn Ngọc Hải, 2007). Bộ gen virus có chuỗi đơn RNA dài 12.3kb. Bộ gen đã được biết trình tự gen hoàn toàn, chứa một khung đọc mở nằm ở bên sườn của 5’ UTR và 3’ UTR mã hóa một polyprotein lớn với khoảng 390 amino acid. Polyprotein này được cắt bởi protease được mã hóa bởi virus và tế bào vật chủ để tạo nên protein trưởng thành của virus gồm 4 protein cấu trúc (C, Erns, E1 và E2) p7 và 7 protein không cấu trúc (Nprd, NS2, NS3, NS4A, NS4B và NS5B). Trình tự của sản phẩm gen dọc theo khung đọc mở là: Hình 2.2. Cấu trúc bộ gen Pestivirus Nguồn: Brett (2007) Một polyprotein lớn được dịch mã từ RNA của virus sẽ được xử lý thành những protein virus riêng biệt. Protein đầu tiên mã hóa là Nprd một protein không cấu trúc có nhiệm vụ phân cắt vị trí NprdC. Peptidase ký chủ phân cắt những vị trí C Erns, E1E2, E2p7 và p7NS2 với sự phân cắt không hoàn toàn ở vị trí E2p7. NS23 được phân cắt bởi autoprotease NS2. Sự phân cắt của polyprotein hình thành NS4A, NS4B, NS5A và NS5B được thủy phân bởi enzyme protease serine NS34A. Nprd là autoprotease không cấu trúc có hoạt tính thủy phân protein. Nprd không cần thiết đối với sự sao chép virus. Nprd cũng hoạt động như một chất đối kháng của sự hoạt hóa IRF3 và sự sản xuất ra IFN, ức chế sự phiên mã IRF3 ở những tế bào nhiễm CSFV. Những đột biến bỏ đi Nprd của CSFV đã được đề xuất như những dự tuyển vaccine virus sống (Nguyễn Ngọc Hải, 2007).  Protein cấu trúc C (mã hóa protein pl4): là protein của nucleocapsid. Đầu cuối C (C terminus) của protein C ở CSFV đã được xác định và được định vị ở phần kỵ nước của chuỗi peptide tín hiệu bên trong (internal signal peptide) khởi đầu sự di chuyển của Erns vào trong khoang mạng lưới nội chất. Erns (mã hóa protein gp4448), El (gp33), E2 (gp55): Là các protein vỏ. E2 và Erns có tính kháng nguyên mạnh nhất. Erns có tác dụng hỗ trợ thải virus qua một màng đặc biệt, được tiết ra từ tế bào nhiễm, đặc điểm nổi bật của Erns là hoạt tính ribonuclease với tính chuyên biệt đối với gốc uridine. Những kháng thể ức chế hoạt tính ribonuclease có khuynh hướng trung hòa tính nhiễm virus, sự đột biến ở Erns phá hủy hoạt tính ribonuclease gây nên gia tăng số lượng virus. Erns tái tổ hợp là một độc chất đối với tế bào bạch huyết trong ống nghiệm, có thể kết hợp với sự giảm bạch cầu ở nhiễm tự nhiên. Mặc dù độc tính tế bào là một đặc điểm nổi bật của những enzyme ribonuclease hòa tan khác nhưng người ta chưa rõ hoạt tính ribonuclease của Erns có liên quan đến độc tính của nó hay không. Vùng đầu cuối C (C terminal) của Erns có thể khởi động sự di chuyển của nó qua màng tế bào, có thể coi như là mục tiêu hoặc chứng năng trong tế bào. Tuy nhiên, Erns tái tổ hợp cũng có thể nối một cách vững chắc với bề mặt tế bào qua sự tương tác với glycosaminoglycan và ức chế sự lây nhiễm (Chen et al., 2008). E1 và E2 là những protein màng không thể thiếu. E2 của CSFV tái tổ hợp có thể kết hợp với các tế bào và ngăn chặn sự lây nhiễm của CSFV và BVD. Mặc dù vai trò quan trọng của những glycosaminoglycan ở virus là lắp ráp và tiếp nhận những những kháng thể đối với Erns hoặc E2 có thể trung hòa tính lây nhiễm của virus và cả hai kháng nguyên này có thể tạo ra tính sinh miễn dịch bảo vệ (Liao et al., 2016).  Protein p7 theo sau những cấu trúc, gồm một vùng đảm đương nhiệm vụ trung tâm đối với việc tách đầu cuối kỵ nước và cần cho sự sản sinh của virus lây nhiễm nhưng không đòi hỏi trong quá trình sao chép RNA. P7 của pestivirus được phân cắt một cách không hiệu quả từ E2 qua peptidase đặc biệt. E2 p7 không phân cắt không cần thiết đối với sự sao chép trong nuôi cấy tế bào và cả hai E2p7 và p7 giúp tế bào kết hợp với nhau. Tuy nhiên, chưa biết rõ p7 là một protein cấu trúc hay không cấu trúc mặc dù nó không được phát hiện trong virus tinh sạch. Pestivirus có p7 thì có thể hình thành những kênh ion tham gia trong sự lắp ráp và tiếp nhân của virus (Enzmann and Weiland, 1978).  Protein không cấu trúc Protein NS2 là một enzym thủy phân Protein chưa cysteine đã được nhận diện. Sự phân cắt NS23 thiết yếu đối với sự sao chép RNA của pestivirus và hiệu quả phân cắt NS23 được điều chỉnh bởi một chaperone tế bào và có thể xác định tính gây bệnh tế bào. Vùng NS23 tham gia lắp ráp virus. NS3 chứa một vùng protease serine ở đầu cuối N và một helicase RNA ở đầu cuối C. Protease serine NS3 đòi hỏi NS4A như là một yếu tố hỗ trợ. Protease serine NS34A phân cắt giữa leucine và những amino acid không phân cực nhỏ. Hoạt tính protease serine ảnh hưởng đến sự sao chép RNA virus đóng vai trò thiết yếu trong khả năng tồn tại của virus. NS4A hoạt động như một yếu tố hỗ trợ hoạt tính protease serine NS3. NS4A và NS4B không đóng vai trò thiết yếu trong sự sao chép RNA của virus. NS5A và NS5B hiện diện dưới dạng hai sản phẩm phân cắt hoàn toàn cũng không khác gì NS5A5B không phân cắt. Chức năng của NS5A chưa được biết rõ. NS5B mang đặc điểm enzyme polymerase RNA phụ thuộc RNA (RdRp RNA dependent RNA polymerase) (Lin et al., 2000). Vỏ protein (Nuleocapside): theo Van (1992), vỏ protein mang những thành phần bên ngoài có độ dày 29 nm, trên bề mặt có những gai lồi 6 8 nm là thành phần có tính chất bảo vệ virus. Theo Enzmann and Weiland (1978), lớp nucleocapside của virus bao gồm 2 glycoprotein có trọng lượng phân tử là 55 KD (Kilodanton) và 46 KD cùng với một lớp 36 KD (Trần Đình Từ, 1990). Các protein này được đặt tên là Protein E1 (GP55), Protein E2 (GP46) và protein C (G36). Bằng phương pháp đánh dấu các phân tử, các tác giả đã nhận thấy E1 và E2 là những Glycoprotein nằm trên bề mặt của virus, E2 tạo nên các gai của virus. Protein E1 chứa đựng các kháng nguyên chính của CSFV. Trong tế bào bị nhiễm, E1 luôn được liên kết với một lycopeptide khoảng 47 KD (Mesplede et al., 1999). Những nghiên cứu gần đây cho thấy lớp vỏ protein gồm 4 thành phần: GP55, GP48, GP44 và GP33 cùng một số các protein kết nối trong nhân và 36KD, 23KD và 14KD (Taylor, 1995). Bằng kỹ thuật miễn dịch phóng xạ kết tủa, Stark et al. (1990) đã nhận thấy GP48 và GP44 có chung một trục Protein thông thường. Cả 3 dạng này đều nằm ở dạng nhị trùng có cầu nối Disulfide trong virus ở tế bào bị nhiễm. Theo Thiel et al. (1991), những sự tương tác đồng hóa trị phức tạp như vậy giữa những Glycoprotein cấu trúc đến nay chưa được mô tả ở bất kỳ một ARN virus nào. Thứ tự các Glycoprotein trên bộ gene của CSFV được sắp xếp như sau: NH2 GP44GP48 GP33 GP55 COOH. Màng ngoài (Envelop): theo Moenning (1988) là một lớp lypoprotein. 2.2.1.2. Phân loại Năm 1939, Geiger đã kết luận rằng không có sự khác nhau cơ bản nào về tính kháng nguyên để sắp xếp các chủng CSFV vào nhiều type virus khác nhau (Nguyễn Như Thanh và cs., 2001). Nhưng từ những năm 1950, một số tác giả đã phát hiện được hiện tượng biến chủng của CSFV và cũng nhận thấy độc lực của virus biến chủng thường thấp hơn độc lực của virus ban đầu (Trần Đình Từ, 1990). Biến đổi di truyền của chủng CSFV rất cao (Paton et al., 2000; Postel et al., 2012). Ba kiểu gen chính, bao gồm nhiều kiểu gen, đã được mô tả và phân bố toàn cầu của chúng khác nhau (Bia et al., 2015). Có nhiều báo cáo về CSFV kiểu gen 2.1 từ Ấn Độ, Mông Cổ, Hàn Quốc, Thái Lan, Việt Nam và Indonesia, và kiểu gen này dường như chiếm ưu thế ở nhiều nước châu Á. Hơn nữa, các nhà khoa học đã xác định các kiểu gen 1.1 và 2.2 của CSFV gần đây tại Ấn Độ và ở hầu hết các quốc gia Đông Nam Á. Điều thú vị là các phân tích về chuỗi trình tự kiểu gen 2.2 có sẵn cho thấy một nhóm phylogenetic phổ biến của các dòng phân lập từ Thái Lan và Việt Nam với các phân lập từ Nam Mỹ. Theo Van (1998), Nguyễn Như Thanh cs. (2001), các chủng CSFV được phân chia làm 2 nhóm: Nhóm 1: gồm các chủng virus cường độc Alfort, chủng C, chủng Thiverval. Nhóm 2: gồm các chủng 331 và nhiều chủng khác phân lập được từ những lợn bị bệnh thể mạn tính. Như vậy, trong tự nhiên đã tồn tại những chủng virus có độc lực khác nhau. Những chủng có độc lực cao thường gây ra bệnh thể cấp tính và tỷ lệ chết cao, các chủng có độc lực trung bình thường gây bệnh ở thể á cấp tính hoặc mạn tính. Các chủng có độc lực thấp thường chỉ gây tỷ lệ chết cao ở bào thai và lợn sơ sinh. Hình 2.3. Phân bố subgenotype của virus gây bệnh dịch tả lợn trên thế giới Nguồn: Blome et al. (2017) Theo Dunn (2000), độc lực của virus thường không ổn định, việc tăng cường độc lực có thể được tiến hành sau một hoặc nhiều lần tiêm truyền qua lợn (Bảng 2.1). Bảng 2.1. Kiểm tra độc lực của virus CSF Thể bệnh Cấp tính, tỉ lệ chết cao Á cấp tính, mạn tính Mạn tính hoặc không biểu hiện, gây chết thai và lợn con mới sinh Nhiệt độ nuôi cấy 39 40oC 35 38oC 33 34oC Nuôi trong môi trường tế bào PK15 Trong cơ thể động vật Nhân lên nhanh, điểm huỳnh quang lớn, rõ. Nồng độ virus trong máu cao, thời gian tồn tại khá dài. Thường nhiễm vào tế bào biểu mô, tế bào lưới, đại thực bào trong hạch Amidan. Nhân lên chậm, huỳnh quang yếu ớt. Có thể xuất hiện trong máu hoặc không Thường giới hạn ở các tế bào biểu mô mạch quản. Nguồn: Dunn (2000) Ngày nay, người ta đã sử dụng các phương pháp làm giảm độc lực của virus và thu được một số chủng nhược độc có thể sử dụng làm vaccine như CSFV chủng C, chủng IFFA, chủng GPE(), chủng Thiverval. Trước đây người ta cho rằng kháng nguyên CSFV đồng nhất, nhưng áp dụng kĩ thuật kháng thể đơn dòng (MCAS) có thể phân biệt CSFV thành một số nhóm kháng nguyên (Edwards, 1998). Độc lực của các chủng gây bệnh thay đổi rất lớn. Các chủng độc lực cao gây bệnh thể cấp tính, tỉ lệ chết cao, trong khi đó các chủng có độc lực trung bình thường gây các nhiễm trùng á cấp tính và mạn tính. CSFV có quan hệ với virus gây tiêu chảy ở bò (Bovine viral diarrhea virus BVDV) về mặt cấu trúc kháng nguyên. Virus BVDV lây nhiễm cho trâu, bò, gia súc nhai lại nhỏ và lợn. Các lây nhiễm bẩm sinh với virus BDV (Border disease virus) gây nên bệnh Border ở cừu, dê và virus phân lập được từ hai loại này thường được gọi là virus Border (Terpstra, 1991; Enzmann, 1988). CSFV phản ứng chéo với virus BVDV trong phản ứng miễn dịch khuếch tán và phản ứng miễn dịch huỳnh quang, thậm chí CSFV và BVDV ở một mức độ nhất định có thể hấp thụ kháng thể trung hòa của các loài virus pha tạp. Các thí nghiệm giải độc chéo cho thấy rằng các chủng CSFV có dạng là một nhóm pha tạp. Trong khi đó các chủng virus BVD hình thành những nhóm đặc tính huyết thanh rõ ràng, khác hẳn với CSFV (Wens, 1990). 2.2.1.3. Đặc tính nuôi cấy, phân lập Khi tiêm truyền qua cơ thể lợn, các chủng CSFV vẫn giữ nguyên các đặc tính gây bệnh và miễn dịch (Moenning, 1988). Cũng theo Moenning (1988), sự thích nghi của virus đối với các loài động vật khác nhau thường thay đổi tính gây bệnh của virus đối với lợn. Trong các loài động vật thì chỉ có thỏ là được chú ý nhất, đặc biệt là để chế tạo ra những chủng virus vaccine nhược độc. Ngoài những tế bào có nguồn gốc từ lợn, CSFV có thể nhân lên trong những tế bào động vật khác. Dòng tế bào thận lợn PK 15 và SK 6 rất thích hợp cho việc nuôi cấy CSFV (Nguyễn Bá Hiên và Huỳnh Thị Mỹ Lệ, 2013). Các chủng CSFV cường độc thường không gây bệnh tích tế bào (CPE) khi chúng nhân lên trong môi trường tế bào nuôi. Đối với những chủng được mô tả là có gây bệnh lý tế bào là do trong thực tế chúng đã bị tạp nhiễm bởi một loại virus khác. Terpstra (1991) cũng cho rằng tác động gây CPE chỉ xuất hiện khi có Adenovirus. 2.2.1.4. Sự nhân lên của virus CSFV nhân lên có giới hạn trong nguyên sinh chất của tế bào và không gây bệnh tích tế bào. Thế hệ đầu tiên của virus được giải phóng ra khỏi tế bào khoảng 5 6 giờ sau khi gây nhiễm. Theo Saatkamp (1998), trong môi trường tế bào, virus lây lan qua tế bào bên cạnh và từ tế bào mẹ sang tế bào con qua cầu nối nguyên sinh chất, điều này dẫn đến không có khả năng phát hiện ra kháng nguyên virus trên bề mặt tế bào bị nhiễm. 2.2.1.5. Nguồn bệnh và phương thức lây lan của virus CSF là một bệnh truyền nhiễm lây lan mạnh do virus gây ra chỉ ở loài lợn (bao gồm lợn nhà và lợn rừng) (Trần Đình Từ, 1990; Nguyễn Bá Hiên và Huỳnh Thị Mỹ Lệ, 2012). Theo tác giả Đào Trọng Đạt và Trần Thị Tố Liên (1989), CSFV tồn tại bất cứ ở đâu có chăn nuôi lợn. Ở một vài vùng giống nguồn bệnh có ở chính ngay trong những lợn nái đã được tiêm phòng. Nhận xét này phù hợp với ý kiến của tác giả. Theo Nguyễn Như Thanh và cs. (2001); Moenning (1988): Lợn là loài vật chủ duy nhất mang mầm bệnh và lây lan. Sự tiếp xúc giữa lợn bị bệnh và lợn mẫn cảm là phương thức lây truyền chính của CSFV. Virus truyền từ đàn này sang đàn khác có thể qua nhiều đường khác nhau, trong đó sự du nhập của những con có bề ngoài khỏe mạnh nhưng đã nhiễm bệnh vào trong một đàn là phổ biến nhất. Bệnh có thể lan truyền từ các trại chăn nuôi, các phương tiện vận chuyển bị nhiễm virus,... virus có thể truyền đi rất xa theo thịt và các sản phẩm chế biến từ thịt hoặc truyền bởi người chăn nuôi, nhân viên thú y, các dụng cụ, trang thiết bị thú y; virus dường như ít có dấu hiệu lây lan từ đàn nọ sang đàn kia bằng con đường không khí (Moenning, 1988). Trong phòng thí nghiệm có thể tiêm truyền virus qua thỏ, chuột lang (Nguyễn Như Thanh và cs., 2001; Bùi Quang Anh, 2001). CSFV có thể sống vài tháng đến vài năm trong thịt đông lạnh. Qua con đường thương mại, virus có trong các sản phẩm của lợn có thể du nhập vào các nước hoặc các vùng đang an toàn dịch. Lợn mẫn cảm có thể nhiễm khi ăn phải thức ăn có chứa các thành phần phụ phẩm của quá trình giết mổ hoặc thức ăn thừa chất thải từ nhà bếp không qua xử lý (Trần Đình Từ, 1990). CSFV có thể lây lan ở lợn rừng và những đàn lợn rừng nhiễm bệnh là nguy cơ tiềm tang đối với lợn nuôi thông qua phương thức lây nhiễm qua thức ăn hoặc qua tiếp xúc trực tiếp. Đặc biệt là phương thức lây nhiễm qua tiếp xúc trực tiếp thường xảy ra ở những nơi chăn nuôi với hình thức thả rông hoặc bán thả rông (Nguyễn Lương Hiền và Ngô Thanh Long, 1999). 2.2.1.6. Sức đề kháng của CSFV Nói chung, thời gian sống sót của virus lâu hơn trong điều kiện lạnh, ẩm và giàu protein (Kramer et al., 2009). CSFV có sức đề kháng yếu và tùy thuộc vào trạng thái vật lý của chất chứa virus. Trong dịch nuôi cấy tế bào, virus bị vô hoạt ở 60oC trong 10