Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen ở một gia đình người bệnh cơ tim phì đại

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC  NGUYỄN PHƯƠNG THẢO ỨNG DỤNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ TỒN BỘ HỆ GEN Ở MỘT GIA ĐÌNH NGƯỜI BỆNH CƠ TIM PHÌ ĐẠI KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƯỢC HỌC Hà Nội – 2021 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC  Nguyễn Phương Thảo ỨNG DỤNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ TỒN BỘ HỆ GEN Ở MỘT GIA ĐÌNH NGƯỜI BỆNH CƠ TIM PHÌ ĐẠI KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƯỢC HỌC Khóa : QH2016.Y Người hướng dẫn : TS Phạm Thị Hồng Nhung Hà Nội – 2021 LỜI CẢM ƠN Để hồn thành khóa luận, nhận nhiều giúp đỡ quý báu vật chất lẫn tinh thần, kinh nghiệm kiến thức chuyên môn thầy cơ, bạn bè gia đình Lời đầu tiên, tơi xin bày tỏ kính trọng lịng biết ơn sâu sắc tới TS Phạm Thị Hồng Nhung – Giảng viên Trường Đại học Y Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội, người tận tình bảo hướng dẫn tơi suốt q trình nghiên cứu đề tài hồn thành khóa luận Tơi xin cảm ơn ThS Đỗ Thị Lệ Hằng bạn Dương Thị Phương Thảo hỗ trợ giúp đỡ trình thực nghiệm Các cơ, bạn khơng trang bị cho tơi kiến thức, mà cịn truyền cho tơi niềm đam mê, lịng nhiệt huyết, kiên trì ln sẵn sàng giúp đỡ tơi gặp khó khăn Tôi xin chân thành cảm ơn thầy cô giáo Bộ môn Y Dược học sở hết lòng quan tâm, giúp đỡ tạo điều kiện tốt cho tơi thực nghiên cứu hồn thành khóa luận tốt nghiệp Tơi xin cảm ơn bác sỹ Viện Tim Mạch Quốc gia, Bệnh viện Bạch Mai tham gia đánh giá lâm sàng cho nghiên cứu Tôi xin gửi lời cảm ơn tới Ban chủ nhiệm khoa, toàn thể thầy cô giáo Trường Đại học Y Dược - Đại học Quốc gia Hà Nội cho kiến thức quý báu trình học tập nhà trường Chúng trân trọng cảm ơn tài trợ kinh phí Đại học Quốc gia Hà Nội cho đề tài mã số QG.18.60 PGS.TS Đinh Đoàn Long chủ trì để thực nghiên cứu Cuối cùng, tơi xin bày tỏ lòng biết ơn yêu thương đến gia đình bạn bè ln bên cổ vũ, động viên tạo điều kiện giúp đỡ thời gian học tập thực đề tài khóa luận Xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày … tháng 06 năm 2021 Tác giả Nguyễn Phương Thảo VIẾT TẮT DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ ACTN3 Gen mã alpha-acitinin-3 ADN Axit deoxyribonucleic (Deoxyribonucleic acid) ARN Axit ribonucleic (Ribonucleic acid) BCTPĐ Bệnh tim phì đại (Hypertrophic cardiomyopathy) bp Cặp bazơ (base pair) CMR Cộng hưởng từ tim mạch (Cardiovascular Magnetic Resonance) CRP Protein phản ứng C (C reactive protein) cs Cộng CSDL Cơ sở liệu (Database) CYP1A2 Gen mã cytochrom P450 1A2 ddNTP Dideoxyribonucleotit 5’ triphosphat dNTP Deoxyribonucleotit 5’ triphosphat ĐTĐ Điện tâm đồ (Electrocardiogram) ESC Hội Tim Mạch châu Âu (European Society of Cardiology) GDF5 Yếu tố tăng trưởng/biệt hóa (Growth/differentiation factor 5) IFNL3 Gen mã interferon lambda LVEF Phân suất tống máu thất trái (Left Ventricular Ejection Fraction) MTHFR Gen mã methylenetetrahydrofolate reductase MYBPC3 Gen mã protein C liên kết myosin (Protein C binding myosin) MYH7 Gen mã β-myosin chuỗi nặng (β-myosin heavy chain) NST Nhiễm sắc thể (Chromosome) PCR Phản ứng chuỗi trùng hợp (Polymerase Chain Reaction) SNP Đa hình đơn nucleotit (Single Nucleotit Polymorphism) WGS Giải trình tự tồn hệ gen (Whole Genome Sequencing) DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 Một số gen liên quan đến BCTPĐ hình BCTPĐ Bảng 3.1 Dữ liệu cận lâm sàng đối tượng 24 Bảng 3.2 Gen liên quan đến BCTPĐ phân tích nghiên cứu 26 Bảng 3.3 Đa hình liên quan đến số vấn đề sức khỏe khác đối tượng 28 DANH MỤC CÁC HÌNH Tran g Hình 1.1 Phân bố BCTPĐ giới Hình 1.2 Cấu trúc tơ tim Hình 1.3 Các dạng kiểu hình phì đại tim Hình 2.1 Sơ đồ thiết kế nghiên cứu 21 Hình 3.1 Kết giải trình tự Sanger vùng gen MYBPC3 bệnh nhân bố bệnh nhân 27 MỤC LỤC Trang ĐẶT VẤN ĐỀ .1 CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Bệnh tim phì đại 1.1.1 Lịch sử định nghĩa 1.1.2 Dịch tễ học 1.1.3 Di truyền học .4 1.1.4 Sinh lý bệnh biểu bệnh 1.1.5 Chẩn đoán điều trị 10 1.2 Hệ gen người y học xác 12 1.2.1 Sơ lược hệ gen người 12 1.2.2 Biến thể hệ gen người 13 1.2.3 Sự biểu hệ gen người 14 1.2.4 Y học xác 15 1.3 Cơng nghệ giải trình tự ADN 16 1.3.1 Lịch sử hình thành phát triển 16 1.3.2 Cơng nghệ giải trình tự qua hệ 16 1.3.3 Giải trình tự tồn hệ gen 19 1.3.4 Ưu điểm hạn chế 20 CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 21 2.1 Đối tượng nghiên cứu 21 2.2 Phương pháp nghiên cứu 21 2.2.1 Đánh giá lâm sàng thu mẫu 21 2.2.2 Tách chiết ADN tổng số 22 2.2.3 Giải trình tự gen 22 2.2.4 Phân tích liệu 23 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 24 3.1 Dữ liệu lâm sàng cận lâm sàng 24 3.1.1 Thông tin chung khám lâm sàng 24 3.1.2 Dữ liệu cận lâm sàng 24 3.2 Dữ liệu hệ gen 25 3.2.1 Dữ liệu hệ gen liên quan đến BCTPĐ 25 3.3.2 Dữ liệu hệ gen liên quan đến vấn đề sức khỏe khác 28 CHƯƠNG BÀN LUẬN 31 4.1 Dữ liệu lâm sàng cận lâm sàng 31 4.1.1 Thông tin chung 31 4.1.2 Khám lâm sàng 31 4.1.3 Dữ liệu cận lâm sàng 32 4.2 Dữ liệu hệ gen 36 4.2.1 Biến thể liên quan đến BCTPĐ 36 4.2.2 Biến thể liên quan đến vấn đề sức khỏe khác 39 4.3 Sử dụng thông tin di truyền 43 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 45 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ Bệnh tim phì đại bệnh lý di truyền thường gặp nguy hiểm nhất, đặc trưng dày lên bất thường thành tim Theo hướng dẫn ESC chẩn đoán điều trị BCTPĐ năm 2014, dấu hiệu bệnh siêu âm tim chụp cộng hưởng từ độ dày thành tâm thất trái ≥ 15 mm, bệnh nhân khơng có ngun nhân thứ phát hẹp động mạch chủ, tăng huyết áp Trên giới, tỷ lệ mắc BCTPĐ ước tính 500 có khoảng 20 triệu người mắc [49] Tuy nhiên, khoảng 10% chẩn đoán nửa số điều trị triệu chứng lâm sàng BCTPĐ đa dạng, từ khơng triệu chứng, khó thở, tức ngực suy tim đột tử Phần lớn bệnh nhân bị BCTPĐ khơng có biểu phát có biến chứng nặng Do việc phát sớm bệnh, đặc biệt với người thân bệnh nhân bị BCTPĐ có ý nghĩa quan trọng Bệnh nguyên nhân gây tử vong hàng đầu người 35 tuổi Điều trị bệnh tim phì đại chủ yếu điều trị làm giảm triệu chứng, hạn chế tiến triển dày thành tim thuốc thay đổi lối sống, có biểu tắc nghẽn hẹp đường thất trái cần điều trị phương pháp đốt cồn vách liên thất phẫu thuật cắt vách liên thất [6] BCTPĐ bệnh di truyền đơn gen theo kiểu gen trội nằm nhiễm sắc thể thường, đột biến thường đủ để gây bệnh người mang gen gây bệnh có 50% nguy truyền đột biến cho Bệnh có liên quan đến đột biến gen mã hóa tổng hợp protein tơ (sarcomere) sợi tim đĩa Z với độ thâm nhập biểu gen đa dạng [46] 50% trường hợp BCTPĐ có biến thể gây bệnh có khả gây bệnh gen MYH7 mã hóa chuỗi nặng beta-myosin gen MYBPC3 mã hóa cho protein C liên kết với myosin, gen khác chiếm 5% cho gen [9] Tuy nhiên, chưa xác định toàn gen đột biến liên quan đến BCTPĐ WGS cho phép xác định tất biến thể hệ gen bệnh nhân Vì vậy, kỹ thuật áp dụng ngày rộng rãi nghiên cứu y sinh vài năm gần đây, đặc biệt chẩn đoán bệnh tim mạch bẩm sinh [23] BCTPĐ bệnh lý di truyền tương đối phức tạp, thể đa dạng biểu kiểu tác động phức tạp gen giải trình tự tồn hệ gen với lợi cho phép trích xuất thơng tin từ gen giúp có nhìn đầy đủ hệ gen bệnh nhân Không gen liên quan đến bệnh tim phì đại, gen liên quan đến bệnh lý khác số vấn đề sức khỏe dinh dưỡng, chuyển hóa, luyện tập thể thao đáp ứng thuốc phân tích, từ xây dựng hồ sơ hệ gen cá nhân đối tượng, hỗ trợ điều trị chăm sóc sức khỏe theo hướng cá thể hóa Do đó, đề tài “Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự tồn hệ gen gia đình người bệnh tim phì đại” thực với hai mục tiêu sau đây: Xác định biến thể di truyền liên quan đến bệnh tim phì đại bốn thành viên gia đình người bệnh tim phì đại Thơng qua giải trình tự toàn hệ gen, xác định biến thể liên quan đến số vấn đề sức khỏe khác bao gồm bệnh lý tim mạch, ung thư, bệnh đơn gen thể lặn, bệnh chuyển hóa, dinh dưỡng - chuyển hóa, tập luyện thể dục thể thao đáp ứng thuốc 10 Braunwald E., Lambrew C T., Rockoff S D., et al (1964), “Idiopathic Hypertrophic Subaortic Stenosis I A Description of the Disease Based Upon an Analysis of 64 Patients”, Circulation, 30, pp SUPPL 4:3-119 11 Brito D., Richard P., Isnard R., et al (2003), “Familial hypertrophic cardiomyopathy: the same mutation, different prognosis Comparison of two families with a long follow-up”, Rev Port Cardiol, 22(12), pp 1445-1461 12 Brull D J., Serrano N., Zito F., et al (2003), “Human CRP gene polymorphism influences CRP levels: implications for the prediction and pathogenesis of coronary heart disease”, Arterioscler Thromb Vasc Biol, 23(11), pp 2063-2069 13 Chapman K., Takahashi A., Meulenbelt I., et al (2008), “A metaanalysis of European and Asian cohorts reveals a global role of a functional SNP in the 5' UTR of GDF5 with osteoarthritis susceptibility”, Hum Mol Genet, 17(10), pp 1497-1504 14 Chatzinikolaou A., Fatouros I G., Gourgoulis V., et al (2010), “Time course of changes in performance and inflammatory responses after acute plyometric exercise”, J Strength Cond Res, 24(5), pp 1389-1398 15 Cornelis M C., El-Sohemy A., Kabagambe E K., et al (2006), “Coffee, CYP1A2 genotype, and risk of myocardial infarction”, JAMA, 295(10), pp 1135-1141 16 Darani M S M, Abedi B., Fatolahi H (2018), “The effect of active and passive recovery on creatine kinase and C-reactive protein after an exercise session in football players”, International Archives of Health Sciences, 5, pp - 17 Dhandapany P S., Sadayappan S., Xue Y., et al (2009), “A common MYBPC3 (cardiac myosin binding protein C) variant associated with cardiomyopathies in South Asia”, Nat Genet, 41(2), pp 187-191 18 Disease National Research Council (Us) Committee on a Framework for Developing a New Taxonomy Of (2011), “Toward Precision Medicine”, Building a Knowledge Network for Biomedical Research and a New Taxonomy of Disease, Washington (DC) 19 Djordjevic N., Ghotbi R., Jankovic S., et al (2010), “Induction of CYP1A2 by heavy coffee consumption is associated with the CYP1A2 -163C>A polymorphism”, Eur J Clin Pharmacol, 66(7), pp 697-703 20 Elliott P M., Gimeno Blanes J R., Mahon N G., et al (2001), “Relation between severity of left-ventricular hypertrophy and prognosis in patients with hypertrophic cardiomyopathy”, Lancet, 357(9254), pp 420-424 21 Elliott P M., Kaski J C., Prasad K., et al (1996), “Chest pain during daily life in patients with hypertrophic cardiomyopathy: an ambulatory electrocardiographic study”, Eur Heart J, 17(7), pp 1056-1064 22 Ezkurdia I., Juan D., Rodriguez J M., et al (2014), “Multiple evidence strands suggest that there may be as few as 19,000 human proteincoding genes”, Hum Mol Genet, 23(22), pp 5866-5878 23 Faita F., Vecoli C., Foffa I., et al (2012), “Next generation sequencing in cardiovascular diseases”, World J Cardiol, 4(10), pp 288295 24 Francis-West P H., Abdelfattah A., Chen P., et al (1999), “Mechanisms of GDF-5 action during skeletal development”, Development, 126(6), pp 1305-1315 25 Frosst P., Blom H J., Milos R., et al (1995), “A candidate genetic risk factor for vascular disease: a common mutation in methylenetetrahydrofolate reductase”, Nat Genet, 10(1), pp 111-113 26 Genomes Project Consortium, Abecasis G R., Auton A., et al (2012), “An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes”, Nature, 491(7422), pp 56-65 27 Genomes Project Consortium, Auton A., Brooks L D., et al (2015), “A global reference for human genetic variation”, Nature, 526(7571), pp 6874 28 Geske J B., Ong K C., Siontis K C., et al (2017), “Women with hypertrophic cardiomyopathy have worse survival”, Eur Heart J, 38(46), pp 3434-3440 29 Harty P S., Cottet M L., Malloy J K., et al (2019), “Nutritional and Supplementation Strategies to Prevent and Attenuate Exercise-Induced Muscle Damage: a Brief Review”, Sports Med Open, 5(1), pp 30 Helms A S., Davis F M., Coleman D., et al (2014), “Sarcomere mutation-specific expression patterns in human hypertrophic cardiomyopathy”, Circ Cardiovasc Genet, 7(4), pp 434-443 31 Hiraoka M (2004), “Folate intake, serum folate, serum total homocysteine levels and methylenetetrahydrofolate reductase C677T polymorphism in young Japanese women”, J Nutr Sci Vitaminol (Tokyo), 50(4), pp 238-245 32 Houard X., Goldring M B., Berenbaum F (2013), “Homeostatic mechanisms in articular cartilage and role of inflammation in osteoarthritis”, Curr Rheumatol Rep, 15(11), pp 375 33 Huang X., Yue Y., Wang Y., et al (2018), “Assessment of left ventricular systolic and diastolic abnormalities in patients with hypertrophic cardiomyopathy using real-time three-dimensional echocardiography and two-dimensional speckle tracking imaging”, Cardiovasc Ultrasound, 16(1), pp 23 34 International Hapmap Consortium, Frazer K A., Ballinger D G., et al (2007), “A second generation human haplotype map of over 3.1 million SNPs”, Nature, 449(7164), pp 851-861 35 International Human Genome Sequencing Consortium (2004), “Finishing the euchromatic sequence of the human genome”, Nature, 431(7011), pp 931-945 36 Langmead B.,Salzberg S L (2012), “Fast gapped-read alignment with Bowtie 2”, Nat Methods, 9(4), pp 357-359 37 Lappalainen T., Scott A J., Brandt M., et al (2019), “Genomic Analysis in the Age of Human Genome Sequencing”, Cell, 177(1), pp 70-84 38 Lawlor D A., Harbord R M., Timpson N J., et al (2008), “The association of C-reactive protein and CRP genotype with coronary heart disease: findings from five studies with 4,610 cases amongst 18,637 participants”, PLoS One, 3(8), pp e3011 39 Lee C C., You N C., Song Y., et al (2009), “Relation of genetic variation in the gene coding for C-reactive protein with its plasma protein concentrations: findings from the Women's Health Initiative Observational Cohort”, Clin Chem, 55(2), pp 351-360 40 Li H.,Durbin R (2009), “Fast and accurate short read alignment with BurrowsWheeler transform”, Bioinformatics, 25(14), pp 1754-1760 41 Liao X W., Ling Y., Li X H., et al (2011), “Association of genetic variation in IL28B with hepatitis C treatment-induced viral clearance in the Chinese Han population”, Antivir Ther, 16(2), pp 141-147 42 Lopes L R., Rahman M S., Elliott P M (2013), “A systematic review and meta-analysis of genotype-phenotype associations in patients with hypertrophic cardiomyopathy caused by sarcomeric protein mutations”, Heart, 99(24), pp 1800-1811 43 Luther P K (2009), “The vertebrate muscle Z-disc: sarcomere anchor for structure and signalling”, J Muscle Res Cell Motil, 30(5-6), pp 171-185 44 Makavos G., Kappaairis C., Tselegkidi M E., et al (2019), “Hypertrophic cardiomyopathy: an updated review on diagnosis, prognosis, and treatment”, Heart Fail Rev, 24(4), pp 439-459 45 Margulies M., Egholm M., Altman W E., et al (2005), “Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors”, Nature, 437(7057), pp 376-380 46 Marian A J.,Braunwald E (2017), “Hypertrophic Cardiomyopathy: Genetics, Pathogenesis, Clinical Manifestations, Diagnosis, and Therapy”, Circ Res, 121(7), pp 749-770 47 Maron B J., Gardin J M., Flack J M., et al (1995), “Prevalence of hypertrophic cardiomyopathy in a general population of young adults Echocardiographic analysis of 4111 subjects in the CARDIA Study Coronary Artery Risk Development in (Young) Adults”, Circulation, 92(4), pp 785-789 48 Maron B J., Gottdiener J S., Epstein S E (1981), “Patterns and significance of distribution of left ventricular hypertrophy in hypertrophic cardiomyopathy A wide angle, two dimensional echocardiographic study of 125 patients”, Am J Cardiol, 48(3), pp 418-428 49 Maron B J., Rowin E J., Maron M S (2018), “Global Burden of Hypertrophic Cardiomyopathy”, JACC Heart Fail, 6(5), pp 376-378 50 Maron B J., Seidman C E., Ackerman M J., et al (2009), “How should hypertrophic cardiomyopathy be classified?: What's in a name? Dilemmas in nomenclature characterizing hypertrophic cardiomyopathy and left ventricular hypertrophy”, Circ Cardiovasc Genet, 2(1), pp 81-85; discussion 86 51 Maron B J., Spirito P., Shen W K., et al (2007), “Implantable cardioverter-defibrillators and prevention of sudden cardiac death in hypertrophic cardiomyopathy”, JAMA, 298(4), pp 405-412 52 Maron M S., Olivotto I., Betocchi S., et al (2003), “Effect of left ventricular outflow tract obstruction on clinical outcome in hypertrophic cardiomyopathy”, N Engl J Med, 348(4), pp 295-303 53 Maron M S., Olivotto I., Zenovich A G., et al (2006), “Hypertrophic cardiomyopathy is predominantly a disease of left ventricular outflow tract obstruction”, Circulation, 114(21), pp 22322239 54 Maron M S., Zenovich A G., Casey S A., et al (2005), “Significance and relation between magnitude of left ventricular hypertrophy and heart failure symptoms in hypertrophic cardiomyopathy”, Am J Cardiol, 95(11), pp 1329-1333 55 Maxam A M.,Gilbert W (1977), “A new method for sequencing DNA”, Proc Natl Acad Sci U S A, 74(2), pp 560-564 56 Mckenna A., Hanna M., Banks E., et al (2010), “The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data”, Genome Res, 20(9), pp 1297-1303 57 Mcleod C J., Ackerman M J., Nishimura R A., et al (2009), “Outcome of patients with hypertrophic cardiomyopathy and a normal electrocardiogram”, J Am Coll Cardiol, 54(3), pp 229-233 58 Melacini P., Basso C., Angelini A., et al (2010), “Clinicopathological profiles of progressive heart failure in hypertrophic cardiomyopathy”, Eur Heart J, 31(17), pp 2111-2123 59 Mikami E., Fuku N., Murakami H., et al (2014), “ACTN3 R577X genotype is associated with sprinting in elite Japanese athletes”, Int J Sports Med, 35(2), pp 172-177 60 Miyamoto Y., Mabuchi A., Shi D., et al (2007), “A functional polymorphism in the 5' UTR of GDF5 is associated with susceptibility to osteoarthritis”, Nat Genet, 39(4), pp 529-533 61 Morner S., Richard P., Kazzam E., et al (2003), “Identification of the genotypes causing hypertrophic cardiomyopathy in northern Sweden”, J Mol Cell Cardiol, 35(7), pp 841-849 62 Muir A J., Gong L., Johnson S G., et al (2014), “Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guidelines for IFNL3 (IL28B) genotype and PEG interferon-alpha-based regimens”, Clin Pharmacol Ther, 95(2), pp 141-146 63 Nagueh S F., Bierig S M., Budoff M J., et al (2011), “American Society of Echocardiography clinical recommendations for multimodality cardiovascular imaging of patients with hypertrophic cardiomyopathy: Endorsed by the American Society of Nuclear Cardiology, Society for Cardiovascular Magnetic Resonance, and Society of Cardiovascular Computed Tomography”, J Am Soc Echocardiogr, 24(5), pp 473-498 64 Nagueh S F., Smiseth O A., Appleton C P., et al (2016), “Recommendations for the Evaluation of Left Ventricular Diastolic Function by Echocardiography: An Update from the American Society of Echocardiography and the European Association of Cardiovascular Imaging”, Eur Heart J Cardiovasc Imaging, 17(12), pp 1321-1360 65 Ni J., Zhang L., Zhou T., et al (2017), “Association between the MTHFR C677T polymorphism, blood folate and vitamin B12 deficiency, and elevated serum total homocysteine in healthy individuals in Yunnan Province, China”, J Chin Med Assoc, 80(3), pp 147-153 66 Niemi A K.,Majamaa K (2005), “Mitochondrial DNA and ACTN3 genotypes in Finnish elite endurance and sprint athletes”, Eur J Hum Genet, 13(8), pp 965-969 67 Nienaber C A., Hiller S., Spielmann R P., et al (1990), “Syncope in hypertrophic cardiomyopathy: multivariate analysis of prognostic determinants”, J Am Coll Cardiol, 15(5), pp 948-955 68 Pasternac A., Noble J., Streulens Y., et al (1982), “Pathophysiology of chest pain in patients with cardiomyopathies and normal coronary arteries”, Circulation, 65(4), pp 778-789 69 Reant P., Donal E., Schnell F., et al (2015), “Clinical and imaging description of the Maron subtypes of hypertrophic cardiomyopathy”, Int J Cardiovasc Imaging, 31(1), pp 47-55 70 Roth S M., Walsh S., Liu D., et al (2008), “The ACTN3 R577X nonsense allele is under-represented in elite-level strength athletes”, Eur J Hum Genet, 16(3), pp 391-394 71 Sachse C., Brockmoller J., Bauer S., et al (1999), “Functional significance of a C >A polymorphism in intron of the cytochrome P450 CYP1A2 gene tested with caffeine”, Br J Clin Pharmacol, 47(4), pp 445-449 72 Sadee W., Hartmann K., Seweryn M., et al (2014), “Missing heritability of common diseases and treatments outside the protein-coding exome”, Hum Genet, 133(10), pp 1199-1215 73 Saitou N (2020), Evolution of the Human Genome I, Springer, Japan 74 Sakai-Bizmark R., Webber E J., Marr E H., et al (2019), “Patient characteristics and incidence of childhood hospitalisation due to hypertrophic cardiomyopathy in the United States of America 2001-2014”, Cardiol Young, 29(3), pp 344-354 75 Sanger F., Nicklen S., Coulson A R (1977), “DNA sequencing with chain-terminating inhibitors”, Proc Natl Acad Sci U S A, 74(12), pp 5463-5467 76 Semsarian C., Ingles J., Maron M S., et al (2015), “New perspectives on the prevalence of hypertrophic cardiomyopathy”, J Am Coll Cardiol, 65(12), pp 1249-1254 77 Sheikh N., Papadakis M., Panoulas V F., et al (2016), “Comparison of hypertrophic cardiomyopathy in Afro-Caribbean versus white patients in the UK”, Heart, 102(22), pp 1797-1804 78 Sherrid M V., Balaram S., Kim B., et al (2016), “The Mitral Valve in Obstructive Hypertrophic Cardiomyopathy: A Test in Context”, J Am Coll Cardiol, 67(15), pp 1846-1858 79 Slatko B E., Gardner A F., Ausubel F M (2018), “Overview of Next-Generation Sequencing Technologies”, Curr Protoc Mol Biol, 122(1), pp e59 80 Southam L., Rodriguez-Lopez J., Wilkins J M., et al (2007), “An SNP in the 5'-UTR of GDF5 is associated with osteoarthritis susceptibility in Europeans and with in vivo differences in allelic expression in articular cartilage”, Hum Mol Genet, 16(18), pp 2226-2232 81 Spirito P., Bellone P., Harris K M., et al (2000), “Magnitude of left ventricular hypertrophy and risk of sudden death in hypertrophic cardiomyopathy”, N Engl J Med, 342(24), pp 1778-1785 82 Stenson P D., Ball E V., Mort M., et al (2003), “Human Gene Mutation Database (HGMD): 2003 update”, Hum Mutat, 21(6), pp 577581 83 Suay-Corredera C., Pricolo M R, Herrero-Galán E., et al (2020), “Protein haploinsufficiency drivers identify MYBPC3 mutations that cause hypertrophic cardiomyopathy”, medRxiv, pp 2020.2005.2004.20087726 84 Teare D (1958), “Asymmetrical hypertrophy of the heart in young adults”, Br Heart J, 20(1), pp 1-8 85 Teekakirikul P., Kelly M A., Rehm H L., et al (2013), “Inherited cardiomyopathies: molecular genetics and clinical genetic testing in the postgenomic era”, J Mol Diagn, 15(2), pp 158-170 86 Thanapirom K., Suksawatamnuay S., Sukeepaisarnjaroen W., et al (2015), “Association between CXCL10 and DPP4 Gene Polymorphisms and a Complementary Role for Unfavorable IL28B Genotype in Prediction of Treatment Response in Thai Patients with Chronic Hepatitis C Virus Infection”, PLoS One, 10(9), pp e0137365 87 Tharabenjasin P., Pabalan N., Jarjanazi H (2019), “Association of the ACTN3 R577X (rs1815739) polymorphism with elite power sports: A meta-analysis”, PLoS One, 14(5), pp e0217390 88 Toepfer C N., Wakimoto H., Garfinkel A C., et al (2019), “Hypertrophic cardiomyopathy mutations in MYBPC3 dysregulate myosin”, Sci Transl Med, 11(476) 89 Tran Vu M T., Nguyen T V., Huynh N V., et al (2019), “Presence of Hypertrophic Cardiomyopathy Related Gene Mutations and Clinical Manifestations in Vietnamese Patients With Hypertrophic Cardiomyopathy”, Circ J, 83(9), pp 1908-1916 90 Tsang B L., Devine O J., Cordero A M., et al (2015), “Assessing the association between the methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) 677C>T polymorphism and blood folate concentrations: a systematic review and metaanalysis of trials and observational studies”, Am J Clin Nutr, 101(6), pp 12861294 91 Van Driel B., Nijenkamp L., Huurman R., et al (2019), “Sex differences in hypertrophic cardiomyopathy: new insights”, Curr Opin Cardiol, 34(3), pp 254-259 92 Veselka J., Anavekar N S., Charron P (2017), “Hypertrophic obstructive cardiomyopathy”, Lancet, 389(10075), pp 1253-1267 93 Wang K., Li M., Hakonarson H (2010), “ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data”, Nucleic Acids Res, 38(16), pp e164 94 Warren W C., Hillier L W., Marshall Graves J A., et al (2008), “Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution”, Nature, 453(7192), pp 175-183 95 Watson J D.,Crick F H (1953), “Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid”, Nature, 171(4356), pp 737-738 96 Webb J G., Sasson Z., Rakowski H., et al (1990), “Apical hypertrophic cardiomyopathy: clinical follow-up and diagnostic correlates”, J Am Coll Cardiol, 15(1), pp 83-90 97 Wigle E D., Rakowski H., Kimball B P., et al (1995), “Hypertrophic cardiomyopathy Clinical spectrum and treatment”, Circulation, 92(7), pp 1680-1692 98 Yang N., Macarthur D G., Gulbin J P., et al (2003), “ACTN3 genotype is associated with human elite athletic performance”, Am J Hum Genet, 73(3), pp 627-631 99 Yucesoy B., Charles L E., Baker B., et al (2015), “Occupational and genetic risk factors for osteoarthritis: a review”, Work, 50(2), pp 261273 100 Zeng Z.,Bromberg Y (2019), “Predicting Functional Effects of Synonymous Variants: A Systematic Review and Perspectives”, Front Genet, 10, pp 914 TRANG WEB 101 https://www.shutterstock.com (accessed 05/05 2021) 102.https://www.accessdata.fda.gov/scripts/cder/daf/index.cfm?event=overview.proces s&varApplNo=103949 (accessed 5/5 2021) PHỤ LỤC Quy trình tách chiết ADN tổng số từ mẫu máu kit thương mại QIAamp DNA Blood Mini Kit (QIAGEN, Đức) theo khuyến cáo hãng: - Cho 20 µL proteinase K vào ống 1,5 ml vô trùng - Lắc ống máu, thêm 200 µL mẫu vào ống bước Thêm 200 µL buffer AL, trộn sau ly tâm nhanh để đảm bảo mẫu khơng dính lên thành ống o - Ủ 56 C 10 phút - Thêm 200 µL ethanol 100% vào ống mẫu Chèn cột thu (HiBind ADN Mini Column) vào ống thu (Collection Tube) - Chuyển tất dung dịch ống 1,5 mL sang cột thu Ly tâm 8000 vòng/phút phút, bỏ dịch lọc Chuyển cột thu vào ống thu Thêm 500 µL buffer AW1, ly tâm 8000 vịng/phút phút, bỏ dịch lọc chuyển cột thu vào ống thu Thêm 500 µL buffer AW2, ly tâm 1400 vòng/phút phút, bỏ dịch lọc ống thu Chuyển cột thu vào ống thu 1,5 mL Thêm 200 µl buffer AE, ly tâm 8000 vịng/phút phút - o Bỏ cột thu bảo quản ADN ống thu -30 C ...ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC  Nguyễn Phương Thảo ỨNG DỤNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ TỒN BỘ HỆ GEN Ở MỘT GIA ĐÌNH NGƯỜI BỆNH CƠ TIM PHÌ ĐẠI KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI... trở đi, kỹ thuật giải trình tự gọi chung giải trình tự hệ Ưu điểm bật hệ thơng lượng giải trình tự cao, lần chạy máy giải trình tự đồng thời hàng triệu đoạn ADN thay đoạn ADN giải trình tự hệ. .. người bệnh tim phì đại? ?? thực với hai mục tiêu sau đây: Xác định biến thể di truyền liên quan đến bệnh tim phì đại bốn thành viên gia đình người bệnh tim phì đại Thơng qua giải trình tự tồn hệ gen,