Bài viết trình bày việc sử dụng phương pháp nuôi cấy và real-time PCR để phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh có trong mẫu đàm tin cậy lấy từ các bệnh nhân được lâm sàng chẩn đoán nhiễm trùng hô hấp dưới cấp tính không cần nhập viện.
Nghiên cứu: TÁC NHÂN VI SINH GÂY NHIỄM TRÙNG HÔ HẤP DƯỚI CỘNG ĐỒNG CẤP TÍNH KHƠNG NHẬP VIỆN – KẾT QUẢ BƯỚC ĐẦU TỪ NGHIÊN CỨU EACRI (VIỆT NAM) P.H.Vân1,7*, N.V.Thành2, T.V.Ngọc3, N.Đ.Duy4, L.T.T.Hương5, C.T.M.Thúy6, L.T.K.Thảo1, N.T.H.Thảo1, P.T.Hương8, P.Q.Camelia9, P.T.Sơn9 Phịng xét nghiệm Cơng ty Nam Khoa, 2Hội Lao Bệnh Phổi Việt Nam, Khoa Hô Hấp BV Chợ Rẫy, 4Khoa Hô Hấp BV Phạm Ngọc Thạch, 5Khoa Hô Hấp BV Nhân Dân Gia Định, 6Khoa Hô Hấp BV Đa Khoa Trung Ương Cần Thơ, 7Đại Học Phan Châu Trinh, Đại Học Y Khoa Phạm Ngọc Thạch, 9Đại Học Sydney, *Chịu trách nhiệm Tóm tắt: Đặt vấn đề: Hiện nước chưa có liệu phổ tác nhân vi sinh gây nhiễm trùng hơ hấp cộng đồng khơng phải nhập viện đối tượng khơng có định làm xét nghiệm vi sinh, liệu lại cần thiết để giúp bác sĩ cho định điều trị kháng sinh Mục tiêu nghiên cứu: Sử dụng phương pháp nuôi cấy real-time PCR để phát tác nhân vi sinh gây bệnh có mẫu đàm tin cậy lấy từ bệnh nhân lâm sàng chẩn đốn nhiễm trùng hơ hấp cấp tính khơng cần nhập viện Đối tượng phương pháp: Đây nghiên cứu tiến cứu mô tả cắt ngang thực đa trung tâm với tham gia trung tâm lâm sàng phòng thí nghiệm trung tâm Đối tượng nghiên cứu bệnh nhân từ 16 tuổi trở lên lâm sàng chẩn đốn nhiễm trùng hơ hấp cấp tính khơng cần thiết phải nhập viện có đủ tiêu chuẩn đưa vào đồng ý tham gia nghiên cứu Mẫu bệnh phẩm làm xét nghiệm mẫu đàm phương pháp xét nghiệm nuôi cấy real-time PCR để phát tác nhân vi sinh gây bệnh Ngoài mẫu quyệt mũi sau lấy để làm xét nghiệm real-time PCR phát tác nhân virus Kết bàn luận: Trong thời gian từ 1/2017 đến 2/2018 có 157 mẫu đàm lấy từ 157 bệnh nhân khảo sát Phối hợp hai kết ni cấy real-time PCR có đến 144 (91.7%) trường hợp phát tác nhân vi sinh gây bệnh phát đơn tác nhân 24 trường hợp (15.3%) với S pneumoniae chiếm đa số 11 (7.0%) H influenzae (5.7%) phát đa tác nhân 120 (76.4%) trường hợp với đa số có diện S pneumoniae hay H influenzae phối hợp với phối hợp với tác nhân khác Kết cho thấy có tỷ lệ đáng kể phát tác nhân virus thường phối hợp với tác nhân khác đơn tác nhân Kết nghiên cứu cho đánh giá hiệu phương pháp nuôi cấy phương pháp vi sinh phát tác nhân vi sinh gây bệnh Kết luận: Đây nghiên cứu áp dụng phương pháp nuôi cấy real-time PCR phát tác nhân vi sinh gây bệnh nhiễm trùng hơ hấp cấp tính cộng đồng Kết đóng góp cần thiết để nhà lâm sàng sử dụng định kháng sinh điều trị đồng thời chứng giúp xây dựng phát độ kháng sinh điều trị Hô hấp số 15/2018 41 Nghiên cứu Abstract: MICROBIAL PATHOGENS CAUSING ACUTE LOWER RESPIRATORY INFECTIONS IN OUT PATIENTS - THE PRELIMINARY RESULTS FROM EACRI STUDY (VIETNAM) Background: There are currently no data available on microbiological pathogens causing acute lower respiratory infections in out-patients because they are not indicated for microbiological testing, whereas such data are necessary to help the doctor to prescribe antibiotic treatment correctly Main aims: Use of culture methods and real-time PCR to detect microbial pathogens present in reliable sputum samples that was obtained from patients who were clinically diagnosed with acute lower respiratory tract infection out-patients Objectives and methods: This is a cross-sectional, multicenter, prespective study with the participation of four clinical centers and one central laboratory Patients aged 16 years and older who were clinically diagnosed with acute lower respiratory infection were not required to be admitted to the hospital and were eligible for inclusion as well as consent to participate in the study Specimens to be tested are the sputa and the test method is culture and real-time PCR for the detection of pathogenic micro-organisms In addition, post-nasal swab are also collected for real-time PCR detection of the virus Results and discussions: In the period from 1/2017 to 2/2018, 157 samples were obtained from 157 patients Combining both culture and real-time PCR results, microbial pathogens were detected from 144 (91.7%) cases, with 24 (15.3%) were mono-pathogens in which S pneumoniae was detected in 11 (7.0%) and H influenzae in (5.7%) case, multi-pathogen were detected in 120 (76.4%) cases, with the majority were S pneumoniae combined with H influenzae and/or combined with other pathogens, S.pnemoniae combined with other pathogens, and H influenzae combine with other pathogens The results also show that a significant percentage of viral pathogens were detected but were usually associated with other pathogens and rarely as single agents The results of the study also evaluated the effectiveness of culture methods and real-time PCR in the detection of microbial pathogens Conclusions: This is the first study to apply culture and real-time PCR in the detection of microbial pathogens that cause acute lower respiratory infections out-patients This result is a very necessary contribution for clinicians to use in the prescription of of antibiotic treatment and also supply the evidence for the guildline of antibiotic therapy Key words: Acute lower respiratory infection pathogens ĐẶT VẤN ĐỀ Nhiễm trùng hô hấp cộng đồng cấp tính bệnh lý thường gặp Tùy thuộc vào đánh giá lâm sàng mà bác sĩ điều trị ngoại trú hay phải cho nhập viện Đối với bệnh nhân điều trị ngoại trú khơng thiết phải làm xét nghiệm vi sinh phải sử dụng kháng sinh để điều trị bác sĩ thường cho liệu pháp 42 kháng sinh kinh nghiệm tác động tác nhân thường gặp báo cáo qua nghiên cứu hay qua tài liệu tham khảo Tại Việt Nam có nghiên cứu tác nhân vi sinh gây nhiễm trùng hô hấp cộng đồng điều trị ngoại trú Do đối tượng bệnh nhân việc cung cấp liệu tác nhân vi sinh gây bệnh Hô hấp số 15/2018 Nghiên cứu cần thiết Tuy nhiên chọn giải pháp xét nghiệm vi sinh để phản ảnh thật tác nhân vi sinh gây bệnh vấn đề cần xem xét Gần có báo cáo phổ vi sinh gây nhiễm trùng hô hấp cộng đồng phải nhập viện (1) mà kết real-time PCR cho thấy tác nhân S pneumoniae chiếm đa số, khác biệt với kết nuôi cấy phát tác nhân bệnh viện A baumannii, P aeruginosa, E coli Enterobacter spp Điều cho thấy xét nghiệm vi sinh thất bại phát tác nhân cộng đồng thường gặp bệnh nhân viêm phổi cộng đồng phải nhập viện, lý do đa số bệnh nhân sử dụng kháng sinh trước Còn bệnh nhân nhiễm trùng hơ hấp điều trị ngoại trú đa số bệnh nhân chưa dùng kháng sinh trước nên xét nghiệm vi sinh hữu dụng Tuy nhiên xét nghiệm real-time PCR cần thiết nhờ khả phát tác nhân vi sinh mà phương pháp nuôi cấy vi sinh phát vi khuẩn không điển hình, virus… MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU Mục tiêu nghiên cứu sử dụng phương pháp vi sinh kinh điển nuôi cấy kết hợp với phương pháp real-time để phát tác nhân vi sinh gây nhiễm trùng hô hấp (NTHHD) cộng đồng người lớn điều trị ngoại trú Các mục tiêu cụ thể bao gồm phân tích tác nhân vi sinh phát đánh giá độ nhạy phương pháp vi sinh phương pháp realtime PCR việc phát tác nhân cụ thể ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Bệnh nhân: Đây nghiên cứu đa trung tâm với trung tâm tham gia phịng xét nghiệm Cơng ty Nam Khoa nơi thực xét nghiệm trung tâm lại BV Phạm Ngọc Thạch (PNT), Phòng khám Đa khoa Ngọc Minh (ĐKNM), BV Đa Khoa Trung Ương Cần Thơ (TWCT), BV Hô hấp số 15/2018 Nhân Dân Gia Định (NDGĐ) chịu trách nhiệm chọn bệnh nhân đưa vào nghiên cứu lấy bệnh phẩm gửi xét nghiệm Đối tượng nghiên cứu bệnh nhân lâm sàng chẩn đốn nhiễm trùng hơ hấp cấp điều trị ngoại trú với tiêu chuẩn nhận vào (1) 16 tuổi trở lên (2) Được chẩn đốn NKHHD cấp tính điều trị ngoại trú (3) Khơng có nguy nhiễm khuẩn kháng thuốc (4) Có khả uống thuốc (5) Khơng có tiền sử dị ứng với thuốc nhóm beta-lactam (6) Đồng ý ký phiếu thỏa thuận tham gia nghiên cứu (consent form) (8) Đồng ý tái khám Loại trừ khỏi nghiên cứu bệnh nhân phải nhập viện, bệnh nhân lao, bệnh nhân bị hen, bệnh nhân viêm xoang, bệnh nhân không lấy đàm hay mẫu đàm không tin cậy Thời gian nghiên cứu từ 1/2017 đến cuối tháng 7/2018 Có trường hợp bệnh lý cho nhiễm trùng hơ hấp cấp, là: (i) Nhiễm trùng hô hấp cộng đồng với triệu chứng hơ hấp xảy cấp tính (trong vịng 21 ngày), ho kèm theo biểu triệu chứng hơ hấp (như khạc đàm, khó thở, khò khè, đau ngực) mà triệu chứng khơng giải thích cho bệnh khác (thí dụ viêm xoang, hen, lao) (ii) Viêm phế quản cấp, tình trạng bệnh cấp tính xảy bệnh nhân khơng có bệnh phổi mạn tính từ trước (iii) Viêm phổi tình trạng bệnh cấp tính, thường khoảng ngày, kèm theo triệu chứng khu vực (focal) phổi xuất tổn thương xác định hình ảnh X quang ngực có hình mờ phổi với tính chất gợi ý xuất khơng giải thích cho bệnh khác, CRP >20mg/L(2) (iv) Đợt cấp COPD cố xấu triệu chứng bệnh có, cần phải thay đổi điều trị so với trị liệu bản; Chẩn đốn COPD cần có ≥140 điểm lâm sàng ≥210 điểm theo thang điểm CT-COPDS (3); Được xem đợt cấp nhiễm khuẩn COPD nghiên cứu gồm lâm sàng: có triệu chứng xuất hiện: tăng khó thở, tăng lượng đàm tăng đàm mủ có triệu chứng kể tăng đàm mủ (4) CRP>15mg/L (5) (v) Đợt cấp dãn phế quản tình trạng xấu 43 Nghiên cứu triệu chứng bệnh nhân có triệu chứng gợi ý dãn phế quản (ho, đàm, ho máu); Chẩn đoán dãn phế quản dựa triệu chứng lâm sàng, X quang ngực (có hình ảnh gián tiếp gợi ý) tiền sử có chẩn đốn dãn phế quản CT ngực có độ phân giải cao; Được xem đợt cấp nhiễm khuẩn nghiên cứu gồm tiêu chuẩn: Lâm sàng khạc đàm đục, CRP >15mg/L Đánh giá để định không điều trị ngoại trú không thu nhận nghiên cứu bệnh nhân cần nhập viện điều trị có tình trạng tồn thân nặng (giảm tri giác, huyết áp 100lần/p, nhịp thở >30lần/p, SpO2 25 bạch cầu đa nhân trung tính/quang trường 0.05 Đối với P aeruginosa real-time PCR có tỷ lệ phát 4.5% so với nuôi cấy 0.6% khác biệt có ý nghĩa thấp với P