Áp dụng kỹ thuật khối phổ phân tử (maldi tof) và sinh hóa để định danh phân chủng cryptococcus neoformans trênbệnh nhân viêm màng não

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - VŨ THỊ THU VÂN ÁP DỤNG KỸ THUẬT KHỐI PHỔ PHÂN TỬ (MALDI-TOF) VÀ SINH HÓA ĐỂ ĐỊNH DANH PHÂN CHỦNG CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS TRÊN BỆNH NHÂN VIÊM MÀNG NÃO LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT Y HỌC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – 2018 i BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - VŨ THỊ THU VÂN ÁP DỤNG KỸ THUẬT KHỐI PHỔ PHÂN TỬ (MALDI-TOF) VÀ SINH HÓA ĐỂ ĐỊNH DANH PHÂN CHỦNG CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS TRÊN BỆNH NHÂN VIÊM MÀNG NÃO Ngành: KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC Mã số: 8720601 LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT Y HỌC Người hướng dẫn khoa học:PGS TS TRẦN PHỦ MẠNH SIÊU THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – 2018 ii LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi Các tài liệu trích dẫn, số liệu luận văn hoàn toàn trung thực tuân thủ theo yêu cầu luận văn nghiên cứu Luận văn chưa công bố cơng trình khác Tác giả luận văn VŨ THỊ THU VÂN iii MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa i Lời cam đoan .ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt v Danh mục bảng vii Danh mục hình, sơ đồ viii Danh mục phụ lục ix ĐẶT VẤN ĐỀ CÂU HỎI NGHIÊN CỨU MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .20 2.1 Địa điểm thời gian nghiên cứu .20 2.2 Đối tượng nghiên cứu 20 2.3 Phương pháp nghiên cứu 20 2.4 Phương pháp phân tích xử lý số liệu 25 2.5 Vấn đề y đức 26 2.6 Ứng dụng nghiên cứu 26 2.7 Nội dung nghiên cứu .27 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU .33 3.1 Đặc tính chung mẫu nghiên cứu 33 3.2 Mục tiêu 1: Xác định tỷ lệ phân chủng vi nấm Cryptococcus neoformans kỹ thuật sinh hóa 37 iv 3.3 Mục tiêu 2: So sánh tỷ lệ định danh phân chủng vi nấm Cryptococcus neoformans kỹ thuật khối phổ phân tử kỹ thuật sinh hóa .38 3.4 Mục tiêu 3: Mối liên quan kết xét nghiệm cận lâm sàng, tình trạng miễn dịch bệnh nhân phân chủng Cryptococcus neoformans 40 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 45 4.1 Đặc tính chung mẫu nghiên cứu 45 4.2 Mục tiêu 1: Xác định tỷ lệ phân chủng vi nấm Cryptococcus neoformans kỹ thuật sinh hóa thường qui 48 4.3 Mục tiêu 2: So sánh tỷ lệ định danh phân chủng vi nấm Cryptococcus neoformans kỹ thuật khối phổ phân tử kỹ thuật sinh hóa 50 4.5 Mục tiêu 3: Mối liên quan kết xét nghiệm cận lâm sàng, tình trạng miễn dịch bệnh nhân phân chủng Cryptococccus neoformans 53 KẾT LUẬN 56 KIẾN NGHỊ .57 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC v DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT TIẾNG VIỆT ATSH : An toàn sinh học BC : Bạch cầu BV : Bệnh viện BV BNĐ : Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới DNT : Dịch não tủy PXN : Phòng xét nghiệm SGMD : Suy giảm miễm dịch TB : Tế bào Tp : Thành phố VMN : Viêm màng não VNMN : Viêm não màng não TIẾNG ANH α-Cyano-4-hydroxycinnamic acid: HCCA matrix (Chất HCCA dùng đo mẫu có trọng lượng protein chuỗi peptide từ 0,7-20 kDa) : Acquired Immunodeficiency Syndrome (Hội AIDS chứng suy giảm miễn dịch mắc phải) ARV : Antiretroviral (Thuốc điều trị HIV) CD4 : Cluster of differentation (Là glycoprotein nằm bề mặt tế bào miễn dịch) C neoformans : Cryptococcus neoformans C gattii : Cryptococcus neoformans variety gattii CDBT : Creatinine Dextrose Bromothymol Blue Thymine (Môi trường CDBT) vi CGB : Canavanine Glycine Bromothymol Blue (Môi trường CGB) CrAg LFA : Cryptococcus Antigen Lateral Flow Assay (Kỹ thuật phát kháng nguyên nấm Cryptococcus) Cryptococcus sp : Cryptococcus spieces (Các loài vi nấm Cryptococcus) HIV : Human Immunodeficiency Virus (Virus gây suy giảm miễn dịch người) MALDI- TOF MS : Matrix assisted laser desorption ionization- time of flight mass spectrometry (Phương pháp khối phổ phân tử hấp thụ ion tùy thuộc vào thời gian bay phân tử) LPCB : Lacto Phenol Cotton Blue PCR :Polymerase Chain Reaction (Phản ứng khuếch đại chuỗi trùng hợp) SDA :Sabouraud Dextrose Agar (Môi trường Sabouraud) Serotype : Loại huyết Var gattii : Cryptococcus neoformans variety gattii Var grubii : Cryptococcus neoformans variety grubii vii DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 2.1: Giá trị p tham khảo kỹ thuật 21 Bảng 3.1: Đặc điểm dân số học mẫu nghiên cứu 33 Bảng 3.2:Đặc điểm xét nghiệm cận lâm sàng đối tượng nghiên cứu 34 Bảng 3.3: Tình trạng HIV liên quan đến nhiễm C neoformans 36 Bảng 3.4: Mối liên quan giới tính khả nhiễm HIV bệnh nhân VMN C neoformans .36 Bảng 3.5: Kết định danh phân chủng C neoformans kỹ thuật sinh hóa 37 Bảng 3.6: So sánh kết định danh hai kỹ thuật Maldi-tof MS với Sinh hóa 38 Bảng 3.7: So sánh khả phòng xét nghiệm thực hai kỹ thuật 39 Bảng 3.8: Các đặc điểm sinh hóa, huyết học tình trạng bệnh nhân 40 Bảng 3.9: Mối liên quan phân chủng C neoformans tình trạng bệnh nhân 42 Bảng 3.10: Sự thay đổi đặc điểm soi DNT theo phân chủng C neoformans 42 Bảng 3.11: Sự thay đổi đặc điểm sinh hóa huyết học theo phân chủng C neoformans 43 Bảng 4.1: Ưu nhược điểm thực xét nghiệm định danh phân chủng C neoformans hai phương pháp 48 viii DANH MỤC CÁC HÌNH, SƠ ĐỒ Trang Hình 2.1: Hình ảnh vi thể C neoformans soi với mực tàu x40 29 Sơ đồ 2.1: Các bước tiến hành nghiên cứu 27 Sơ đồ 2.2: Quy trình định danh vi nấm khối phổ phân tử .31 ix DANH MỤC CÁC PHỤ LỤC Phụ lục 1: Kỹ thuật soi dịch não tủy với mực tàu Phụ lục 2: Kỹ thuật nuôi cấy xác định vi nấm C neoformans Phụ lục 3: Kỹ thuật bảo quản chủng vi nấm C neoformans dung dịch BHI-glycerol lỏng Phụ lục 4: Quy trình định danh phân chủng C neoformans phương pháp sinh hóa mơi trường CGB CDBT Phụ lục 5: Quy trình định danh phân chủng C neoformans kỹ thuật khối phổ phân tử Phụ lục 6: Phiếu thu thập thông tin bệnh nhân Phụ lục 7: Hình ảnh nghiên cứu Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược Tp.HCM Tuân thủ Luật Sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn ... thuật khối phổ phân tử (MALDI- TOF) sinh hóa để định danh phân chủng Cryptococcus neoformans bệnh nhân viêm màng não? ?? nhằm làm sáng tỏ nội dung vừa nêu CÂU HỎI NGHIÊN CỨU Khả phân lập phân chủng. .. vi nấm Cryptococcus neoformans kỹ thuật sinh hóa 37 iv 3.3 Mục tiêu 2: So sánh tỷ lệ định danh phân chủng vi nấm Cryptococcus neoformans kỹ thuật khối phổ phân tử kỹ thuật sinh hóa ... GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - VŨ THỊ THU VÂN ÁP DỤNG KỸ THUẬT KHỐI PHỔ PHÂN TỬ (MALDI- TOF) VÀ SINH HÓA ĐỂ ĐỊNH DANH PHÂN CHỦNG CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS