khảo sát giá trị của xét nghiệm tìm và định danh vi khuẩn ở mẫu máu của bệnh nhân được chẩn đoán theo dõi nhiễm khuẩn huyết bằng kỹ thuật realtime pcr đa mồi (multiplex real time pcr mrt pcr)

BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƯỜNG KHẢO SÁT GIÁ TRỊ CỦA XÉT NGHIỆM TÌM VÀ ĐỊNH DANH VI KHUẨN Ở MẪU MÁU CỦA BỆNH NHÂN ĐƯỢC CHẨN ĐOÁN THEO DÕI NHIỄM KHUẨN HUYẾT BẰNG KỸ THUẬT REALTIME PCR ĐA MỒI (MULTIPLEX REAL TIME PCR: MRT-PCR) Mã số: Chủ nhiệm đề tài: PGS TS BS Lê Xuân Trường Tp Hồ Chí Minh, Tháng 5/ Năm 2018 BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƯỜNG KHẢO SÁT GIÁ TRỊ CỦA XÉT NGHIỆM TÌM VÀ ĐỊNH DANH VI KHUẨN Ở MẪU MÁU CỦA BỆNH NHÂN ĐƯỢC CHẨN ĐOÁN THEO DÕI NHIỄM KHUẨN HUYẾT BẰNG KỸ THUẬT REALTIME PCR ĐA MỒI (MULTIPLEX REAL TIME PCR: MRT-PCR) Mã số: Chủ nhiệm đề tài (ký, họ tên) Tp Hồ Chí Minh, Tháng 5/ Năm 2018 DANH SÁCH THÀNH VIÊN THAM GIA NGHIÊN CỨU Họ tên, học hàm học vị Chức danh q trình thực Đơn vị cơng tác nhiệm vụ PGS TS Lê Xuân Trường Chủ nhiệm đề tài Đại học Y Dược TP HCM ThS Nguyễn Thị Hằng Thành viên Bệnh viện Pháp –Việt MỤC LỤC CHƯƠNG 1: ĐẶT VẤN ĐỀ VÀ TỔNG QUAN Y VĂN 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Tổng quan 1.2.1 Nhiễm khuẩn huyết 1.2.2 Tổng quan PCR 1.2.3 Các nghiên cứu liên quan 10 Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 15 2.1 Đối tượng nghiên cứu 15 2.2 Phương pháp nghiên cứu 15 2.2.1 Thiết kế nghiên cứu 15 2.2.2 Phương pháp chọn mẫu: 15 2.2.3 Cỡ mẫu nghiên cứu 15 2.2.4 Cách tiến hành 16 2.2.5 Xử lý kết 21 2.3 Đạo đức nghiên cứu 21 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ BÀN LUẬN 22 3.1 Kết 22 3.1.1 Đặc tính mẫu 22 3.1.2 Tác nhân gây NKH 24 3.1.3 Tỷ lệ dương tính tương hợp kết cấy máu MRT-PCR 25 3.2 Bàn luận 27 3.2.1 Đặc tính mẫu 27 3.2.2 Tác nhân gây NKH 27 3.2.3 So sánh kết cấy máu kỹ thuật PCR 28 CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN KIẾN NGHỊ 31 TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH MỤC BẢNG – HÌNH Bảng Đặc tính mẫu theo tần số tỷ lệ % 22 Bảng Tần số tỉ lệ bệnh nhân phân bố theo bệnh (n=91) 23 Bảng Tần số tỉ lệ biểu đáp ứng viêm hệ thống nhóm cấy máu 23 Bảng Tần suất tỷ lệ % loại vi khuẩn định danh cấy máu PCR 24 Bảng Kết cấy máu PCR/ống máu 25 Bảng Kết cấy máu PCR/chai cấy 25 Bảng Thời gian trả kết 26 Bảng So sánh tỷ lệ dương tính cấy máu PCR 26 Bảng So sánh tỉ lệ dương tính cấy máu PCR với nghiên cứu khác 29 Hình Mối liên quan SIRS, NKH nhiễm khuẩn Hình Sơ đồ thực PCR.Thực với loại mẫu nghiệm: 19 THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƯỜNG Thông tin chung - Tên đề tài: Khảo sát giá trị xét nghiệm tìm định danh vi khuẩn mẫu máu bệnh nhân chẩn đoán theo dõi nhiễm khuẩn huyết kỹ thuật Realtime PCR đa mồi (Multiplex Real Time PCR: MRT-PCR - Mã số: - Chủ nhiệm đề tài: PGS TS BS Lê Xuân Trường Điện thoại: 01269872057 Email: lxtruong1957@gmail.com - Đơn vị quản lý chun mơn: mơn Hóa Sinh, Khoa Y, Đại học Y Dược TP.HCM - Thời gian thực hiện: từ tháng 9/2015 đến tháng 01/2018 Mục tiêu Khảo sát giá trị xét nghiệm định danh vi khuẩn máu kỹ thuật Multiplex real-time Polymerase chain reaction (MRT-PCR) bệnh nhân nghi ngờ nhiễm khuẩn huyết cách so sánh với kỹ thuật cấy máu Nội dung Nhiễm khuẩn huyết bệnh nhiễm khuẩn cấp tính, gây vi khuẩn lưu hành máu gây triệu chứng lâm sàng đa dạng, có tỷ lệ tử vong cao Với triệu chứng lâm sàng không đặc hiệu nhiễm khuẩn huyết, cần thiết phải điều trị nhanh chóng thích hợp, xét nghiệm, đặc biệt xét nghiệm vi sinh quan trọng Vai trò quan trọng then chốt việc chẩn đoán xác định tác nhân gây bệnh Cho đến bây giờ, "tiêu chuẩn vàng" chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết cấy máu Tuy nhiên, thời gian dài chờ đợi kết bất lợi phương pháp Cơng nghệ PCR giúp chẩn đốn nhiễm khuẩn huyết hiệu quả, xác kịp thời chưa sử dụng rộng rãi Hiện nay, giới có nhiều cơng trình nghiên cứu vai trò kỹ thuật xét nghiệm PCR chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết Đa số nghiên cứu cho thấy tỷ lệ phát vi khuẩn kỹ thuật PCR cao so với cấy máu Chúng thực nghiên cứu với mong muốn đánh giá ưu hạn chế vấn đề trên, hy vọng ứng dụng rộng rãi kỹ thuật sinh học phân tử xét nghiêm định danh vi khuẩn bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết để có tỷ lệ phát vi khuẩn cao kết sớm Kết đạt (khoa học, đào tạo, kinh tế-xã hội, ứng dụng, ): - Về đào tạo: 01 Thạc sĩ chuyên ngành Hóa Sinh - Cơng bố tạp chí nước: Tạp chí Y học TP.HCM, xuất năm 2017 Hiệu kinh tế - xã hội đề tài mang lại Nghiên cứu cho thấy MRT-PCR phương tiện kỹ thuật tốt, giúp phát vi sinh vật gây nhiễm khuẩn huyết sớm với tỷ lệ phát tương đương cấy máu, giúp chẩn đốn sớm nhiễm khuẩn huyết, giúp bác sĩ điều trị tiên lượng theo dõi điều trị cho bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết tốt hơn, nhằm hạn chế biến chứng nguy tử vong cho đối tượng CHƯƠNG 1: ĐẶT VẤN ĐỀ VÀ TỔNG QUAN Y VĂN 1.1 ĐẶT VẤN ĐỀ Nhiễm khuẩn huyết (NKH) bệnh nhiễm khuẩn cấp tính, gây vi khuẩn lưu hành máu gây triệu chứng lâm sàng đa dạng, gây suy đa tạng, gây sốc nhiễm khuẩn với tỉ lệ tử vong cao, sốc nhiễm khuẩn biểu nặng NKH, gây tử vong 200.000 người năm giới [13] NKH vi khuẩn xâm nhập trực tiếp vào máu từ ổ nhiễm khuẩn mô quan như: da, mô mềm, cơ, xương khớp, hơ hấp, tiêu hóa, tiết niệu… Khoảng phần ba đến nửa số trường hợp khơng tìm thấy nguồn xâm nhập tác nhân gây bệnh [29] Nhiễm khuẩn NKH nguyên nhân gây tử vong hàng đầu đơn vị điều trị tích cực (Intensive Care Unit – ICU) tim mạch, chiếm 40% đến 60% nguyên nhân tử vong [40] Với triệu chứng lâm sàng không đặc hiệu nhiễm khuẩn huyết, cần thiết phải điều trị nhanh chóng thích hợp, xét nghiệm, đặc biệt xét nghiệm vi sinh quan trọng Vai trò quan trọng then chốt việc chẩn đoán xác định tác nhân gây bệnh Cho đến bây giờ, "tiêu chuẩn vàng" chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết cấy máu Tuy nhiên, thời gian dài chờ đợi kết bất lợi phương pháp Công nghệ PCR phát deoxyribonucleic acid (DNA) vi khuẩn máu nhanh chóng [13][14][21][32] Việc phát nucleic acid vi sinh vật giúp cho chẩn đoán hiệu quả, xác kịp thời NKH Mặt khác, mặt lý thuyết, kỹ thuật PCR cho độ nhạy độ đặc hiệu cao [23] Chẩn đoán PCR xác nhận vắng mặt hay diện tác nhân gây bệnh, với việc xác định xác tác nhân cung cấp thông tin cho bác sĩ lâm sàng sau vài [14][21][23][32] Điều giúp hạn chế việc sử dụng kháng sinh phổ rộng phát triển sinh vật đa kháng thuốc Độ nhạy phương pháp PCR cao nhiều so với độ nhạy phương pháp nuôi cấy, nữa, việc dùng trước kháng sinh không ảnh hưởng đến kết thử nghiệm [20] Hiện nay, giới có nhiều cơng trình nghiên cứu vai trị kỹ thuật xét nghiệm PCR chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết Đa số nghiên cứu cho thấy tỷ lệ phát vi khuẩn kỹ thuật PCR cao [17][26][27][42] Chúng thực nghiên cứu với mong muốn đánh giá ưu hạn chế vấn đề trên, hy vọng ứng dụng rộng rãi kỹ thuật sinh học phân tử xét nghiêm định danh vi khuẩn bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết để có tỷ lệ phát vi khuẩn cao kết sớm Mục tiêu nghiên cứu Khảo sát giá trị xét nghiệm định danh vi khuẩn máu kỹ thuật Multiplex real-time polymerase chain reaction (MRT-PCR) bệnh nhân nghi ngờ nhiễm khuẩn huyết cách so sánh với kỹ thuật cấy máu 1.2 TỔNG QUAN 1.2.1 Nhiễm khuẩn huyết NKH nguyên nhân gây tử vong hàng đầu đơn vị hồi sức cấp cứu tim mạch NKH chẩn đoán từ 11% đến 25% tất bệnh nhân điều trị Khoa Hồi sức tích cực Mức độ nghiêm trọng bệnh thể nguy tử vong cao: tử vong NKH 30%, NKH nặng 50%, NKH có sốc nhiễm khuẩn tới 80% [19] Tổng số trường hợp NKH toàn giới khơng rõ có số liệu từ nước phát triển [19] Tại Hoa Kỳ, 2% bệnh nhân nhập viện có nhiễm khuẩn huyết nặng, 10% bệnh nhân nhập viện vào ICU bệnh nhân bị nhiễm khuẩn huyết nặng Có 750.000 trường hợp báo cáo Hoa Kỳ năm [10] Nhiễm khuẩn huyết nặng xảy kết nhiễm khuẩn cộng đồng nhiễm khuẩn bệnh viện Viêm phổi, nhiễm khuẩn từ ổ bụng, nhiễm khuẩn đường tiết niệu nguyên nhân phổ biến NKH [25] Tại Việt Nam, thống kê Bộ Y Tế năm 1990, cho thấy tần suất mắc NKH 15/100.000 dân [2] Các yếu tố nguy bao gồm tuổi già hay trẻ nhỏ, suy giảm miễn dịch hay địa có bệnh trước ung thư, đái tháo đường, chấn thương nặng bị bỏng [35] 1.2.1.1 Định nghĩa Năm 1991, hội nghị đồng thuận Hiệp Hội Lồng ngực Hoa Kỳ - American College of Chest Physicians (ACCP) Hội Y học Săn sóc tích cực - Society of Critical 23 Bảng Tần số tỉ lệ bệnh nhân phân bố theo bệnh (n=91) Bệnh địa Tần số Tỉ lệ % Có bệnh 62 68,1 Đái tháo đường 33 36,3 Bệnh ác tính 26 28,6 Phì đại tiền liệt tuyến 10 11,0 Tắc nghẽn phổi mãn tính 5,5 Xơ gan 5,5 Sỏi mật 5,5 Sỏi niệu quản, hẹp niệu quản 3,3 Lao 2,2 Bảng Tần số tỉ lệ biểu đáp ứng viêm hệ thống nhóm cấy máu Đáp ứng viêm hệ thống Cấy máu + Cấy máu – (n=44) (n=47) Chung p (n=91) Nhiệt độ > 38°C < 36°C 29 (65,9%) 34 (72,3%) 63 (69,2%) 0,5066 Mạch >90 lần/phút 31 (70,5%) 38 (80,9%) 69 (75,8%) 0,2470 Thở > 20 lần/phút 27 (61,4%) 29 (61,7%) 56 (61,5%) 0,9748 34 (77,3%) 26 (55,3%) 60 (65,9%) 0,0233 PaCO2 < 32 mmHg Bạch cầu >12.000/mm3