Nghiên cứu căn cứ nguyên gây nhiễm trùng hô hấp cấp tính ở trẻ em dưới 5 tuổi tại nha trang, năm 2009

Lịi cảm ơn ! Nhân dịp hồn thành luận án, cho phép tơi bày tỏ lịng biết ơn chân thành tới: Ban Giám đốc Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Phòng Đào tạo Sau đại học - Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Đảng ủy, Ban Giám hiệu, Phịng, Ban Bộ mơn - Trường Đại học Điều dưỡng Nam Định Đã tạo điều kiện thuận lợi cho tơi suốt q trình học tập nahiên cứu hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới: PGS.TS Đặng Đức Anh - Phó Viện trưởng Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương PGS.TS Phan Lê Thanh Hương - Chủ nhiệm Bộ môn Vi khuẩn Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương v ề tận tình bảo, hướng dẫn tơi suốt q trình học tập thực nghiên cứu luận án Tơicũng xin bày tỏ lịng biết ơn tới: Các Thầy, Cô Cán bộ, viên chức Khoa Vi khuẩn, Phịng thí nghiệm Vi rút Hơ hấp Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Đã giúp đỡ suốt thời gian học tập thực nghiên cứu đề tài luận án thành công Tôi xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 10 tháng 07 năm 2012 Vũ Văn Thành M ự c LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cảm ơn Mục lục Danh mục chữ viết tắt Danh mục bảng Danh mục biểu đồ Danh mục hình ĐẶT VẮN ĐỀ CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Đặc điểm giải phẫu, sinh lý, miễn dịch máy hô hấp hệ vi khuẩn bình thưịìig trẻ em 1.1.1 Đặc điểm giải phẫu 1.1.2 Đặc điểm sinh lý 1.1.3 Cơ chế miễn dịch bảo vệ đường hô hấp trẻ em 1.1.4 Hệ vi khuẩn bình thường trẻ em 1.2 Căn nguyên gây nhiễm trùng hô hấp cấp trẻ dưói tuổi tính nhạy cảm vói kháng sinh 1.2.1 Tình hình nghiên cứu NTHHC trẻ tuổi 1.2.2 Căn nguyên vi rút gây NTHHC trẻ tuổi 10 1.2.3 Căn nguyên vi khuẩn gây NTHHC trẻ tuổi 16 1.2.4 Tình hình kháng thuốc vi khuẩn gây NTHHC trẻ tuổi kỹ thuật xác định mức nhạy cảm với kháng sinh Chương ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN 2.1 Đối tượng nghiên cứu Ị Thời gian địa điểm nghiên cứu cứu 38 38 38 2.1.2 Đối tượng nghiên cứu 2.2 Vật liệu phương pháp nghiên cứu 2.2.1 Phương pháp nghiên cứu 2.2.2 Vật liệu nghiên cứu 2.2.3 Sinh phẩm vật liệu khác 2.3 Các kỹ thuật 2.3.1 Kỹ thuật lấy bệnh phẩm 2.3.2 Nuôi cấy, xác định nguyên vi khuẩn 2.3.3 Xác định s pneumoniae, H influenzae, M catarrhalis phương pháp PCR PCR định lượng 2.3.4 Phương pháp multiplex RT-PCR heminested PCR xác định nguyên vi rút 2.3.5 Phương pháp xác định nồng độ kháng sinh tối thiểu ức chế vi khuẩn 2.4 Phương pháp thu thập xử lý số liệu 2.5 Vấn đề đạo đức nghiên cứu Chương KẾT QUẢ NGHIÊN c ứ u 3.1 Kết xác định giới hạn số nguyên vi khuẩn gây NTHHC trẻ tuổi 3.2 Kết xác định nguyên gây NTHHC.Ở trẻ tuổi 3.2.1 Kết xác định nguyên vi khuẩn gây NTHHC trẻ tuổi 3.2.2 Kết xác định nguyên vi rút gây NTHHC hẻ tuổi 3.3 Kết xác định yếu tố liên quan đến nguyên gây NTHHC trẻ dưói tuổi 3.3.1 Kết xác định nguyên gây NTHHC theo tuổi 3.3.2 Kết xác định nguyên gây NTHHC theo giới 3.3.3 Kết xác định nguyên gây NTHHC theo mùa Chưong BÀN LUẬN 96 4.1 Giới hạn số vi khuẩn gây NTHHC trẻ dưói tuổi 96 4.2 Căn nguyên gây NTHHC trẻ tuổi 100 4.2.1 Căn nguyên vi khuẩn có khả gây NTHHC trẻ tuổi 4.2.2 Mức độ nhạy cảm với kháng sinh chùng vi khuẩn gây NTHHC trẻ tuổi 4.2.3 Căn nguyên vi rút gây NTHHC trẻ tuổi 4.3 Yếu tố liên quan đến nguyên gây NTHHC ỏ’ trẻ dưói tuổi 116 117 4.3.1 Căn nguyên gây NTHHC theo tuổi 117 4.3.2 Căn nguyên gây NTHHC trẻ tuổi theo giới 119 4.3.3 Căn nguyên gây NTHHC trẻ tuổi theo mùa 119 4.3.4 Sự đồng nhiễm nguyên gây NTHHC trẻ tuổi 121 KẾT LUẬN 123 KIẾN NGHỊ 125 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC NHỮNG CHỮ VIÉT TẮT ARI Acute Respữatory Infection (Nhiễm trùng hơ hấp cấp tính) BHI Brain Heart Infusion (Canh thang não tim) cDNA Complimentary deoxiribonucleotid acid CFU Colony Forming Unit (Đơn vị dạng khuẩn lạc) ELISA Enzyme Linked Immunosorbent Assay (Phản ứng miễn dịch tìm enzyme) H Haemagglutinin HA Hemagglutination Assay (Phản ứng ngưng kết hồng cầu) H influenzae Haemophilus influenzae IND Indole M catarrhalis Moraxella catarrhalis MIC Minimum Inhibitory Concentration (Nồng độ ức chế tối thiểu) N Neuraminidase NTHHC Nhiễm trùng hô hấp cấp ODC Ornithine Decarboxylase PBP Penicillin Binding Protein (Protein gắn penicillin) PCR Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi khuyếch đại gen) RSV Respiratory Syncytial Virus (Vi rút hợp bào hô hấp) RT-PCR Reveser Transcriptation - Polymerase Chain Reaction (Phiên mã ngược) s pneumoniae Streptococcus pneumoniae(Phế cầu) TSB Trypticase Soy Broth URE Urease V Nicotinamide Adenine Dinucleotide (Yếu tố V) X Hemin (Yếu tố X) WHO World Health Organization (Tổ chức Y tế Thế giới) DANH MỤC BẢNG Bảng Tên bảng Trang 1.1 Tỷ lệ bệnh nhi nhập viện tử vong NTHHC bệnh viện số địa phương Việt Nam 1.2 Các týp sinh học H influenzae 28 2.1 Mồi sử dụng cho PCR PCR định lượng 2.2 Mồi sử dụng multiplex RT-PCR heminested PCR 2.3 Lượng hỗn dịch sinh phẩm cần cho mẫu 48 54 55 2.4 2.5 2.6 Sử dụng sinh phẩm PCR Promega, San Luis Obispo, CA Dung môi sử dụng pha dung dịch kháng sinh Cách pha nồng độ kháng sinh 56 59 60 3.1 3.2 Kết xác định giới hạn pneumoniae Kết xác định giới hạn tì influenzae 65 66 3.3 3.4 3.5 Kết xác định giới hạn catarrhalis Kết xác định loài vi khuẩn trẻ khoẻ mạnh tuổi Tỷ lệ xác định s pneumoniae trẻ khoẻ mạnh theo giới 67 68 69 3.6 Tỷ lệ xác định 3.7 3.8 Tỷ lệ xác định M.catarrhalis trẻ khoẻ mạnh Sự phân bố tỷ lệ bệnh phẩm họng mũi trẻ tuổi tì influenzae trẻ khoẻ mạnh th NTHHC theo số loại vi khuẩn phân lập 3.9 Tỷ lệ nguyên vi khuẩn gây NTHHC 441 bệnh phẩm 3.10 họng mũi trẻ tuổi Tỷ lệ phân lập 3.11 Tỷ lệ đồng nhiễm hai loài vi khuẩn trẻ NTHHC theo tuổi 73 3.12 Tỷ lệ đồng nhiễm hai loài vi khuẩn trẻ NTHHC theo giới 74 3.13 Tỷ lệ đồng nhiễm hai loài vi khuẩn trẻ NTHHC theo mùa 74 3.14 Sự phân bố theo giới số trẻ phân lập s pneumoniae 75 3.15 Sự phân bố theo giới số trẻ phân lập tì influenzae 16 3.16 Sự phân bố theo giới số trẻ phân lập M catarrhalis 77 tì.influenzae týp b trẻ tuổi N Bảng 3.17 Tên bảng Trang Mức độ nhạy cảm với kháng sinh 89 chủng pneumoniae gây NTHHC trẻ tuổi spneumoniae gây NTHHC80 có đột biến 3.18 Tỷ lệ chủng 3.19 3.20 pbp kháng penicillin Tỷ lệ chủng s pneumoniae mang gen kháng macrolide Mức độ nhạy cảm với kháng sinh 37 chủng H influenzae 3.21 3.22 79 gây NTHHC trẻ tuổi Tỷ lệ chủng H influenzae mang gen kháng [3- lactam Sự phân bố tỷ lệ bệnh phẩm họng mũi trẻ tuổi NTHHC theo sổ loại vi rút phân lập 80 81 82 82 3.23 Tỷ lệ nguyên vi rút gây NTHHC 441 bệnh phẩm họng mũi trẻ tuổi 3.24 Tỷ lệ đồng nhiễm 3.25 mắc NTHHC Tỷ lệ đồng nhiễm H influenzae vi rút trẻ tuổi mắc 3.26 NTHHC Tỷ lệ đồng nhiễm M catarrhalis vi rút trẻ tuổi 3.27 mắc NTHHC Tỷ lệ đồng nhiễm s.pneumoniae vi rút gây86 NTHHC theo 3.28 Tỷ lệ đồng nhiễm s.pneumoniae vi rút gây87 NTHHC theo 3.29 Tỷ lệ đồng nhiễm s pneumoniae vi rút ừẻ tuổi 83 84 84 85 3.30 s.pneumoniae vi rút gây 87 NTHHC theo m 88 Tỷ lệ đồng nhiễm H influenzae vi rút gây NTHHC theo tuổi 3.31 Tỷ lệ đồng nhiễm H influenzae vi rút gây NTHHC theo giới 3.32 Tỷ lệ đồng nhiễm 3.33 Tỷ lệ đồng nhiễm M catarrhálìs vi rút gây NTHHC theo tuổi 90 3.34 Tỷ lệ đồng nhiễm M catarrhalis vi rút gây NTHHC theo giới 91 3.35 Tỷ lệ đồng nhiễm M catarrhaỉis vi rút gây NTHHC theo mùa 91 3.36 Tỷ lệ xác định nguyên vi rút gây NTHHC theo tuổi 93 3.37 Tỷ lệ xác định nguyên vi rút gây NTHHC theo giới 94 3.38 Tỷ lệ xác định nguyên vi rút gây NTHHC theo mùa 95 89 H influenzae vi rút gây NTHHC 89 theo m DANH MỤC BIỂU ĐÒ Biểu đồ 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 Tên biểu đồ Tỷ lệ xác định s pneumoniae ừẻ khoẻ mạnh theo tuổi Trang 68 69 Tỷ lệ xác định H influenzae trẻ khoẻ mạnh theo tuổi 70 theo tuổ Tỷ lệ xác định M.catarrhalis trẻ khoẻ mạnh So sánh tỷ lệ s.pneumoniae trẻ khoẻ mạnh và75trẻ mắc NTHHC theo tuổi So sánh tỷ lệ H influenzae trẻ khoẻ mạnh trẻ mắc NTHHC theo tuổi So sánh tỷ lệ M catarrhalis trẻ khoẻ mạnh trẻ mắc NTHHC theo tuổi So sánh tỷ lệ xác định nguyên vi khuẩn phương pháp nuôi cấy Realtime PCR Tỷ lệ xác định nguyên vi khuẩn gây NTHHC theo tuổi Tỷ lệ xác định nguyên vi khuẩn gây NTHHC theo giới Tỷ lệ xác định nguyên vi khuẩn gây NTHHC theo mùa 76 77 78 92 93 94 DANH MỤC HÌNH Tên hình Số hình 1.1 Hình ảnh giải phẫu máy hơ hấp T estx, V vàXV 1.2 1.3 Test vệ tinh Trang 26 27 17 Hà Thu Hiền (2 0 ), “X ác định v i khuẩn g â y v iê m p h ổ i trẻ e m m ức độ n h y m v i k h n g sin h chúng Bệnh v iện T hanh N h n H N ộ i”, Tạp chí Dược học, số 351, tr 30 —33 18 Phan Lê Thanh Hương (2004), “Căn nguyên vi khuẩn tính kháng kháng sinh nhiễm khuẩn hơ hấp cấp tính trẻ em 2002 —2003”, Tạp Y học Việt Nam, số xuân Giáp thân tháng năm 2004, tập 294, ữ 49 - 56 19 Phan Lê Thanh Hương (2004), ‘‘Haemophilus influenzae’’, Bài giảng H ill đồi tượng cao học, tr —7 IIII mil 20 Đỉnh Duy Kháng (2010), “Các virus cúm”, Virus Y học giảo dạy sau đại học, Nhà xuất Y học Hà Nội, tr 28- 48 21 Nguyễn Thế Khanh Phạm Tử Dương (2003), Xét nghiệm sử dụng lâm sàng, Nhà xuất Y học, Hà Nội, 578 - 593 22 Hoàng Thuỷ Long cộng (2000), “Nhiễm khuẩn hô hấp cấp tính trẻ em, nguyên chọn lựa phương pháp chân đốn phịng thi nghiẹm , Tuyen tập cơng trình nghiên cứu khoa học, Viện vệ sinh dịch tê Trung Ương, tr 170 174 23 Lê Thị Oanh (2007), “Virus hợp bào đường hô hấp”, đào tạo bác sinh sách s ĩ đa khoa, Nhà xuất Y học, Hà nọi, tr 299 301 24 Đoàn Mai Phương, Nguyễn Xuân Quang cộng (2004), “Tình hình kháng kháng sinh chủng vi khuẩn phân lập bệnh viện Bạch Mai năm 2003”, Báo cáo tống kếthoạt động, chương kháng kháng sinh vi khuân, tr 18 • , „ :’' r>V iẫn s in h lv bô máy hô hấp trẻ em , Nhi 25 Trần Quỵ (2003), “Đặc điểm giải phâu, sinh ly DỌ ■y khoa tập I,Nhà xuất Y học, Hà NỘI, 274 279 26 Vũ Văn Thành, Đặng Đức Anh (2005), “Tính nhạy cảm khang S1 chủng vi k h u ẩ n phân lập nhiễm khuẩn hơ hấp cấp tính trẻ em 2004”, Tạp chíYhọc dự phòng, tập XV, số (73) phụ bản, tr 47 cu^ 17 Vũ Văn Thành, Đặng Đức Anh (2010), “Căn nguyên vi khuẩn gây nhiễm Tùng hô hấp cấp tính bệnh nhi tuổi Nha Trang”, Tạp chí y học ohịng, tập XX, số (113), tr 94 - 98 28 Nguyễn Vũ Trung (2007), đào tạo bác s ĩ đa “Moracellacatarrhaỉis”, vật khoa, Nhà xuất Y học, Hà Nội - 2007, tr 161 - 164 29 Nguyễn Thanh Vân (2000), Báo cáo hoạt động khoa nhi bệnh tuyến huyện, Hội nghị tổng kết hoạt động năm 2000, Bộ Y tế - Chương trình nhiễm khuẩn hơ hấp cấp tính trẻ em, tr 12-17 30 Phạm Hùng Vân, Phạm Thái Bình (2005), “Nghiên cứu đề kháng kháng sinh tác nhân vi khuẩn gây nhiễm khuẩn hô hấp cấp”, Tạp Y học thực hành, số 513, tr 117 - 125 31 Phạm Hùng Vân (2006), Kỹ thuật xét nghiệm sinh lâm sàng, Nhà xuất Y học, Hà Nội, 52 - 81 32 Phạm Hùng Vân (2007), “Nghiên cứu đa trung tâm Việt Nam tình hình đề kháng kháng sinh s pneumoniae”,Tạp chí Y họ Minh, số l l t r -7 33 Phạm Hùng Vân (2009), PCR real - time PCR vấn đề áp dụng thường gặp, Nhà xuất Y học, chi nhánh Thành phô Hơ Chí Minh, tr.9 -1 34 Nguyễn Thị Vinh (2003), “Các kỹ thuật kháng sinh đồ”, lớp tập huấn dùng cho visinh lâm sàng, Hà Nội, tr —16 35 Nguyên Thị Vinh, Nguyễn Đức Hiền (2006), “Báo cáo hoạt động theo dõi đề kháng kháng sinh vi khuẩn gây bệnh thường gặp Việt Nam năm 2005”, Thông tin Dược lâm sàng, tập XVI, sô 6, tr 16 —22 * Tiếng Anh: 36 Ampofo K., Bender J., Sheng X et al (2008), “Seasonal invasive pneumococcal disease in children: role of preceding respiratory viral infection”, Pediatrics, 122, pp 229 -237 37 Antonio M., Hakeem I., Sankareh K et al (2009), “Evaluation of sequential multiplex PCR for direct detection of multiple serotypes of Streptococcus pneumoniae from nasopharyngeal secretions”, Med, Microbiol, 58, pp 296-302 38 Arifeen, S.E., S.K Saha, s Rahman, K.M Rahman, S.M Rahman, s Bari, A Naheed, I Mannan, M.H Seraji, N.u Ahmed, M.s Hassan, N Huda, A.U Siddik, I Quasem, M Islam, K Fatima, H Al Emran, W.A Brooks, A.H Baqui, R.F Breiman, D Sack and s.p Luby (2009), “Invasive pneumococcal disease among children in rural Bangladesh , Infect, Dis, 48(Suppl.2), pp 103-113 39 Baggett, H.C., L.F Peruski, S.J Olsen, s Thamthitiwat, J Rhodes, s Dejsirilert, w Wongjindanon, S.F Dowell, J.E Fischer, P Areerat, D Sornkij, P Jorakate, A Kaewpan, P Prapasiri, s Naorat, L Sangsuk, B Eampokalap, M R Moore, G Carvalho, B Beall, K Ungchusak and SLA Maloney (2009), “Incidence of pneumococcal bacteremia hospitalization in rural Thailand”, requiring Clin,I 48(Suppl.2), pp 40 Batuwanthudawe, R., K Karunarathne, M Dassanayake, s de Silva, M.K Lalitha, K Thomas, M steinhoff and N Abeysinghe (2009), “Surveillance of invasive pneumococcal disease in Colombo, Sn Lanka , Infect, 4D is, 8(Suppl.2), pp 136-140 41 Blondeau J.M., Suter M., Borsos s., (2000), “Determination of the antimicrobial susceptibilités of Canadian isolates o ỵ H influenzae, s.pneumomae and M.catarrhalis”, J,Antimicrob, Chemother, 43, pp 25 - 30 Bryce J., Boschi Pinto C., Shibuya K et al (2005), “WHO estimates of the auses of death in children”, Lancet, 365, pp 1147-1152 Bogaert D., De Groot R., Hermans P.W., (2004), “ neumoniae colonization: the key to pneumococcal disease”, Lancet, Infect,Dis, 4, p 144-154 Butler J.C., Hofmann J., Cetron M.S., Elliott J.A., FackJam R.R and Sreiman R.F., (2004), “The continued emergence of drug resistant Streptococcus pneumoniae in the United Stated: an update from the Centers lor Disease Control and Prevention’s Pneumonococcal Sentinel Surveillance System”, Journal o f Infectious Disease, 174, pp 986-93 ♦5 Carrol, E.D., M Guiver, S Nkhoma, L A Mankhambo, J Marsh, P Balmer, D.L Banda, G Jeffers, S.A White, E.M Molyneux, M.E Molyneux, R.L Smyth and C.A Hart (2007), “High pneumococcal DNA loads are associated with mortality in Malawian children with invasive pneumococcal disease”, Pediatr, Infect, Dis, J, 26, pp 416-422 46 Centers for Disease Control and Prevention (2008), “Invasive pneumococcal disease in children years after conjugate vaccine introductio eight states, 1998-2005”, MMWR Morb, Mortal, Wkly, Rep, 57, pp 144-148 47 Chen R., Chen Y., Black S., Hao CL., Ding Y.F., Zhang T., Zhao G.M., (2009), “Antibiotic resistance patterns and serotype distribution in Streptococcus pneumoniae from hospitalized pediatric patients with respiratory infections in Suzhou, China”, J Trop Pediatr, 12 (5), pp- 37-43 48 Chonmaitree T., Revai K., Grady J.J et al (2008), “Viral upper respiratory tract infection and otitis Clin, Infect, Dis, 46, pp 815- 823 media complication in young chtldren , Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI), (2010), 'erforman.eeStandards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Nineteenth nformational Supplement, M100-S19, Wayne, USA, 29 10 Da Cunha A.J., E Silva M.A., (2003), “Inappropriate antibiotic description to children with acute respiratory infection in Brazil”, Indian, a e d i a t r ,Jan; 40(1), pp - 12 >1 Dagan, R and K.P Klugman (2008), “Impact of conjugate pneumococcal vaccines on antibiotic resistance”, Lancet, Infect, Dis, 8, pp 785-795 52 Demers A.M., Morency P et al (2000), “Risk factors for mortality among children hospitalized because of acute respiratory infections in Bangui, Centre \frican Republic”, Pediatr, Inflect, Dis, J, May, 19 (5), pp 424 - 432 53 Dias C.A., Teixeira L.M., Carvalho Mda G et al (2007), “Sequential multiplex PCR for determining capsular serotypes of pneumococci recovered from Brazilian children”, J,Med, Microbiol, 56, pp 1185-1188 54 Echave P., Bille J et al (2003), “Percentage, bacterial etiology and antibiotic susceptibility of acute respiratory infection and pneumonia among children in rural Senegal”, J, Trop, Pediatr, Feb, 49 (1), pp 28 —32 55 Falade, A.G., I.A Lagunju, R.A Bakare, A.A Odekanmi and R.A Adegbola (2009), “Invasive pneumococcal disease in children aged