Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)

Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu đột biến gen CDH1 (E-cadherin) trên bệnh nhân ung thư dạ dày lan tỏa di truyền (Luận án tiến sĩ)

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƢỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGUYỄN THỊ THANH HƢƠNG NGHIªN CøU §éT BIÕN GEN CDH1 (E - cadherin) TR£N BƯNH NHÂN UNG THƯ Dạ DàY LAN TỏA DI TRUYềN LUN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HÀ NỘI – 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƢỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI *** NGUYỄN TH THANH HNG NGHIêN CứU ĐộT BIếN GEN CDH1 (E - cadherin) TRÊN BệNH NHÂN UNG THƯ Dạ DàY LAN TáA DI TRUN Chun ngành : Hóa sinh y học Mã số : 62720112 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Đặng Thị Ngọc Dung HÀ NỘI - 2020 LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập thực luận án nhận nhiều giúp đỡ, bảo tận tình quan, đơn vị, Thầy cơ, đồng nghiệp, bạn bè, bệnh nhân gia đình thân u Trước hết, tơi xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc đến PGS TS Đặng Thị Ngọc Dung, người thầy tận tình hướng dẫn, truyền đạt cho kiến thức, phương pháp nghiên cứu khoa học vô quý báu, người giúp đỡ, động viên tạo điều kiện tốt cho tơi suốt q trình thực luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành đến: - Ban Giám hiệu, phòng Quản lý Đào tạo Sau đại học – Trường Đại học Y Hà Nội, Ban Giám đốc BV Phụ sản TW tạo điều kiện, giúp đỡ để học tập hoàn thành luận án - GS TS Tạ Thành Văn, Hiệu trưởng, Trưởng mơn Hóa sinh – Trường Đại học Y Hà Nội tạo điều kiện cho tơi q trình học tập thực luận án - TS Nguyễn Thúy Hương, Bộ môn Giải phẫu bệnh – Trường Đại học Y Hà Nội giúp đỡ tạo điều kiện cho tơi hồn thành luận án - Tập thể cán nhân viên khoa Sinh hóa – BV Phụ sản TW chia sẻ, động viên tạo điều kiện cho tơi q trình công tác học tập - Tập thể cán nhân viên Trung tâm Kiểm chuẩn chất lượng – Xét nghiệm Y học, thầy mơn Hóa sinh trường Đại học Y Hà Nội giúp đỡ suốt trình làm nghiên cứu - Các em học viên bác sĩ nội trú Hóa sinh: Trần Đức Anh, Ngô Diệu Hoa, Đặng Thị Nga, Lê Thị Yến, Hàn Thị Thanh Thủy giúp đỡ, đồng hành với tơi q trình nghiên cứu - Tơi xin gửi lời cảm ơn đến bệnh nhân gia đình họ tin tưởng, giúp đỡ hợp tác với tơi q trình làm nghiên cứu để tơi hồn thành luận án - Xin cảm ơn bạn bè, đồng nghiệp giúp đỡ q trình học tập, cơng tác nghiên cứu - Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc, tình cảm u q đến bố mẹ tơi, bố mẹ chồng, anh chị em gia đình ln yêu thương, động viên chia với thời gian qua Cảm ơn chồng yêu quý, người hi sinh nhiều cho nghiệp tôi, chỗ dựa vững động lực vơ to lớn để tơi hồn thành nhiệm vụ Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Nguyễn Thị Thanh Hƣơng LỜI CAM ĐOAN Tôi Nguyễn Thị Thanh Hương, nghiên cứu sinh khóa 35, Trường Đại học Y Hà Nội, chuyên ngành Hóa sinh Y học, xin cam đoan: Đây luận án thân trực tiếp thực hướng dẫn PGS.TS Đặng Thị Ngọc Dung Cơng trình không trùng lặp với nghiên cứu khác công bố Việt Nam Các số liệu thơng tin nghiên cứu hồn tồn xác, trung thực khách quan, xác nhận chấp thuận sở nơi nghiên cứu Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm trước pháp luật cam kết Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Ngƣời viết cam đoan Nguyễn Thị Thanh Hƣơng DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt AJCC APC CDH1 EC EGFR EMT GAPPS GSK-3 GTT HMMD H.Pylori IGCLC MLPA NST Nu PCR SHPT SIFT SNP TNM UICC UTBM UTDD WHO Tên tiếng Anh American joint committee on cancer Adenomatous polyposis coli Cadherin-1 Extracellular Cadherin Epidermal growth factor receptor Tên tiếng Việt Ủy ban ung thư Hoa Kỳ Tiểu phần ngoại bào Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì Epithelial – mesenchymal transitions Chuyển đổi biểu mô-trung mô Ung thư tuyến dày hội chứng polyp đại tràng dày Glycogen synthase kinase 3 Giải trình tự Hóa mô miễn dịch Vi khuẩn Helicobacter Pylori International Gastric Cancer Linkage Hiệp hội liên kết ung thư dày giới Consortium Multiplex ligation-dependent probe amplification Nhiễm sắc thể Nucleotide Phản ứng chuỗi polymerase Polymerase Chain Reaction Sinh học phân tử Thuật tốn xếp khơng Sorting Intolerant from Tolerant dung nạp từ dung nạp sai Đa hình đơn nucleotide Single Nucleotide Polymorphisms Khối u nguyên phát - Hạch Tumor – Nodes – Metastasis bạch huyết - Di Hiệp hội kiểm soát ung thư Union for international cancer quốc tế control Ung thư biểu mô Ung thư dày Tổ chức y tế giới World Health Organization MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ Chƣơng 1: TỔNG QUAN 1.1 Ung thư dày lan tỏa di truyền 1.1.1 Lịch sử phát dịch tễ học 1.1.2 Các yếu tố nguy 1.1.3 Đặc điểm lâm sàng 12 1.1.4 Giải phẫu bệnh 13 1.1.5 Chẩn đoán ung thư dày lan tỏa di truyền 17 1.1.6 Chẩn đoán giai đoạn ung thư dày 18 1.1.7 Điều trị tiên lượng 20 1.2 Vai trò gen CDH1 ung thư dày lan tỏa di truyền 22 1.2.1 Cấu trúc chức gen CDH1 22 1.2.2 Cơ chế gây bệnh gen CDH1 ung thư dày lan tỏa di truyền 25 1.2.3 Đặc điểm di truyền ung thư dày lan tỏa di truyền 28 1.2.4 Tình hình nghiên cứu ung thư dày lan tỏa di truyền đột biến gen CDH1 giới Việt Nam 30 1.2.5 Quản lý bệnh ung thư dày lan tỏa di truyền đột biến gen CDH1 32 1.3 Các phương pháp phát đột biến gen CDH1 36 1.3.1 Khuếch đại gen kỹ thuật PCR 37 1.3.2 Kỹ thuật giải trình tự gen theo phương pháp Sanger 37 1.3.3 Dự đoán khả gây bệnh đột biến gen CDH1 phần mềm phân tích tin sinh học 38 Chƣơng 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 40 2.1 Đối tượng nghiên cứu 40 2.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu 41 2.3 Phương pháp nghiên cứu 41 2.3.1 Thiết kế nghiên cứu: 41 2.3.2 Cỡ mẫu nghiên cứu 41 2.3.3 Phương pháp thu thập mẫu 42 2.3.4 Các biến số nghiên cứu 43 2.3.5 Sơ đồ nghiên cứu 45 2.3.6 Phương tiện nghiên cứu 46 2.3.7 Quy trình kỹ thuật phân tích đột biến gen CDH1 48 2.3.8 Thử nghiệm Clo-Test chẩn đoán nhiễm H Pylori 51 2.3.9 Quy trình kỹ thuật nhuộm hóa mơ miễn dịch 52 2.4 Xử lý phân tích số liệu 53 2.5 Vấn đề đạo đức nghiên cứu 53 Chƣơng 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 55 3.1 Đặc điểm chung đối tượng nghiên cứu 55 3.1.1 Đặc điểm tuổi, giới, tiền sử bệnh yếu tố nguy 55 3.1.2 Đặc điểm lâm sàng 58 3.1.3 Đặc điểm tổn thương dày qua nội soi 60 3.1.4 Phân loại giai đoạn bệnh theo TNM 61 3.2 Kết phân tích gen CDH1 đối tượng nghiên cứu 61 3.2.1 Kết tách chiết DNA phản ứng PCR khuếch đại exon gen CDH1 61 3.2.2 Kết phát đột biến SNP gen CDH1 62 3.2.3 Đặc điểm lâm sàng cận lâm sàng đối tượng nghiên cứu mang đột biến SNP gen CDH1 72 3.3 Xác định đột biến gen CDH1 thành viên gia đình bệnh nhân mang đột biến gen CDH1 79 3.3.1 Phả hệ kết phát đột biến gen CDH1 thành viên gia đình 79 3.3.2 Đặc điểm phả hệ thành viên gia đình mang đột biến gen CDH1 87 Chƣơng 4: BÀN LUẬN 91 4.1 Đặc điểm chung nhóm nghiên cứu 91 4.2 Đột biến gen CDH1 bệnh nhân UTDD lan tỏa di truyền 101 4.3 Đột biến gen CDH1 thành viên gia đình bệnh nhân mang đột biến gen CDH1 120 KẾT LUẬN 134 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH NGHIÊN CỨU CĨ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Phân loại mô bệnh học ung thư biểu mô dày Tổ chức Y tế Thế giới năm 2010 so sánh với phân loại Lauren 15 Bảng 1.2 Phân loại TNM ung thư dày theo AJCC 8th 2017 19 Bảng 1.3 Phân loại giai đoạn bệnh UTDD theo TNM 20 Bảng 1.4 Ý nghĩa phương pháp đánh giá đột biến gen CDH1 37 Bảng 2.1 Thành phần phản ứng PCR 49 Bảng 2.2 Chu kỳ nhiệt phản ứng PCR 49 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng PCR cho giải trình tự 50 Bảng 2.4 Chu trình nhiệt phản ứng PCR cho giải trình tự 50 Bảng 2.5 Quy trình xử lý tiêu hóa mơ miễn dịch 52 Bảng 3.1 Phân loại đối tượng nghiên cứu theo tiêu chuẩn IGCLC 2015 55 Bảng 3.2 Phân bố tuổi giới bệnh nhân tham gia nghiên cứu 56 Bảng 3.3 Mối liên quan tuổi phát bệnh với giới tính 56 Bảng 3.4 Tiền sử cá nhân, gia đình số yếu tố nguy 57 Bảng 3.5 Lý vào viện đối tượng nghiên cứu 58 Bảng 3.6 Thời gian xuất triệu chứng đến vào viện 59 Bảng 3.7 Đặc điểm tổn thương dày qua nội soi 60 Bảng 3.8 Phân loại giai đoạn bệnh theo TNM 61 Bảng 3.9 Các SNP tìm thấy nghiên cứu 63 Bảng 3.10 Đột biến SNP gen CDH1 tìm bệnh nhân UTDD lan tỏa di truyền 64 Bảng 3.11 Dự đoán khả gây bệnh đột biến sai nghĩa 70 Bảng 3.12 Đặc điểm lâm sàng bệnh nhân mang đột biến gen CDH1 73 Bảng 3.13 Đặc điểm nội soi mô bệnh học bệnh nhân mang đột biến 74 Bảng 3.14 Phân bố SNP bệnh nhân tham gia nghiên cứu 77 PHỤ LỤC TRÌNH TỰ MỒI CỦA GEN CDH1 Kích thƣớc Kích thƣớc sản Tm Trình tự (5’ – 3’) o Exon phẩm PCR ( C) E1 171 287 58 F: CAGGTGAACCCTCAGCCAATC R: AATGCGTCCCTCGCAAGT E2 114 242 59 F:CACTCTTTACATGGTGGTGATG R:CAGAGAACTCCTATCTTGGGCA E3 223 358 57 F: GTCTTCCCACAAGTTCGCTC R: AGCGCACTAAAACAACAGCG E4I4E5 143 – 155 645 61 F: GACGCTGTCTGGCTAGGTTG R: GCAACAGGTCAAGAGGTGTC E6 144 476 55 F: AGAGTTTTTCAGGCCCGCATCT R:TTACACAACCTTTGGGCTTGGA E7 175 307 62 F: GCAGTATTGACCCAGTCCCAA R: CTTTGTCCACGGGATTGAGC I7E8 128 736 61 F: CCATCGCTTACACCATCCTC R: CAACTTCACAATCTTGCACC E9 182 302 57 F: AATCCTTTAGCCCCCTGAGA R: AGGGGACAAGGGTATGAACA E10 244 502 57 F: CCCTAGAATAGCCCCAGCTTT R:GCTGCAAGTCAGTTGAAAAATC E11 145 287 53 F: AGCGCTTAAGCCGTTTTCA R: AGGGAGGGGCAAGGAACT E12 224 687 53 F: GGAAACAACAGGCAGGCAATA R: CAATGGAAGGGGTGACATCTA E13 227 664 55 F: TACCGAACCCAGCGACATC R: GGCTGGCATAACTTGGGAGT E14 130 523 57 F: CCGACTTCAGGGATGTGAGTG R: GCTCAGGCAAGCTGAAAACAT E15 143 662 55 F: TCACACAACAAAGCCCCAGAT R: GCTCAGGCAAGCTGAAAACAT E16-1 840 57 F: TGGTTGGTGCTTGCATCTCTC R: GTAGCTGACTTCTCCCCTTCTT Exon NGUYÊN TẮC TRONG THIẾT KẾ MỒI Chiều dài mồi: mồi tối ưu cho phản ứng khuếch đại PCR cho phản ứng giải trình tự từ 18-24bp, đủ để gắn đặc hiệu gắn vào với khuôn nhiệt độ gắn mồi Nhiệt độ nóng chảy mồi (Tm): tối ưu khoảng 52-58oC, Tm > 65oC thường dễ xảy sản phẩm phụ thứ cấp  Tm nên tính tốn cẩn trọng, Tm hai mồi chênh 5oC phản ứng khuếch đại khó xảy Nhiệt độ gắn mồi (Ta) định tính đặc hiệu quan trọng phản ứng khuếch đại PCR Ta cao dẫn đến việc gắn không hiệu mồi DNA gốc dẫn tới hiệu suất sản phẩm PCR thấp Ta q thấp dẫn tới việc gắn khơng đặc hiệu gây việc bắt cặp nhầm với sản phẩm phụ khác Tỉ lệ G, C mồi: hàm lượng base G, C tổng số base mồi nên khoảng 40-60% Kẹp GC: diện base G, C base cuối đầu 3’ mồi vô quan trọng định khả liên kết liên kết G C thường mạnh Tuy nhiên để tránh việc gắn không đặc hiệu, lượng base G,C không nên lớn base cuối đầu 3’ Cấu trúc bậc 2: Sự diện cấu trúc thứ cấp mồi tạo tương tác phân tử mồi nội phân tử mồi dẫn đến khơng có suất sản phẩm Chúng ảnh hưởng xấu đến trình ủ mẫu mồi trình khuếch đại, làm giảm đáng kể “số lượng thực” sẵn có mồi cho phản ứng Cấu trúc kẹp tóc (Hairpins): cấu trúc thứ phát tạo tương tác liên kết base mồi Nên hạn chế cấu trúc kẹp tóc Điều kiện tối ưu ΔG kẹp tóc vị trí 3’ nên lớn -2 kcal/mol, ΔG kẹp tóc bên (ngoại trừ base đầu 3’) nên lớn -3 kcal/mol Liên kết tự thân mồi (Self-dimer): cấu trúc hình thành liên kết mồi đơn loại (ví dụ mồi xi tự liên kết với ống stock ban đầu) Khi mồi hình thành liên kết self-dimer giảm hiệu bắt cặp với DNA đích, chúng làm giảm suất sản phẩm Điều kiện tối ưu ΔG liên kết tự thân vị trí 3’ nên lớn -5 kcal/mol, ΔG liên kết tự thân bên mồi (trừ base đầu 3’) nên lớn -6 kcal/mol Liên kết chéo mồi (Cross-dimer): liên kết hình thành mồi xi mồi ngược Điều kiện tối ưu ΔG liên kết mồi vị trí 3’ nên lớn -5 kcal/mol, ΔG liên kết mồi bên mồi (trừ base đầu 3’) nên lớn -6 kcal/mol Lặp cặp: nên tránh đoạn di-nucleotid lặp lặp lại nhiều lần mồi gây bắt cặp nhầm VD: ATATATATAT Số lượng cặp dinucleotid chấp nhận mồi nên cặp Lặp nucleotid: hạn chế nucleotid lặp lại liền kề nhiều lần dễ dẫn tới bắt cặp nhầm VD: AGCGGGGGATGGGG số nucleotid lặp mồi Số lượng nu đơn lặp liên tục tối đa cho phép nên không Trình tự gen CDH1 lấy trực tiếp từ trình tự FASTA kho liệu NCBI thông qua phiên giới hạn phần mềm CLC Main Workbench 8.1.2 hãng QIAGEN [120] Trên phần mềm hiển thị rõ vùng exon, vùng mã hóa protein (coding DNA sequence), intron… Nhóm nghiên cứu tiến hành thiết kế cặp mồi bao trùm exon phần intron liền kề để đảm bảo yêu cầu chiều dài đoạn DNA đích: (1) Có thể kiểm tra đột biến ghép nối splicing cận kề có (2) Đảm bảo giải trình tự phương pháp Sanger hạn chế vùng tín hiệu nhiễu ban đầu ảnh hưởng tới đoạn exon rìa intron mong muốn (3) Thực GTT hệ thống 3730 giải đoạn 1000bp, đoạn đích mong muốn chiều dài 1000bp PHỤ LỤC DANH SÁCH CÁC THÀNH VIÊN THAM GIA NGHIÊN CỨU CỦA GIA ĐÌNH BỆNH NHÂN B4 STT 10 11 Ký hiệu III-1 III-2 III-3 III-4 III-5 III-6 III-7 IV-1 IV-6 IV-7 IV-11 Họ tên Phạm Thanh T Phạm Hồng P Phạm Thị K Phạm Văn Đ Phạm Văn X Phạm Văn T Hồ Thị H Phạm Văn Q Phạm Thị H Phạm Thị H Phạm Ngọc T Tuổi 64 62 55 65 61 59 57 37 31 34 17 Quan hệ với bệnh nhân Bác họ Bác họ Bác họ Bác ruột Bác ruột Bố đẻ Mẹ đẻ Anh họ Chị họ Chị ruột Em ruột DANH SÁCH CÁC THÀNH VIÊN THAM GIA NGHIÊN CỨU CỦA GIA ĐÌNH BỆNH NHÂN B151 STT 10 Ký hiệu II-1 III-1 III-2 III-4 III-6 III-7 IV-2 IV-3 IV-4 IV-5 Họ tên Ngô Thị X Nguyễn Bá T Nguyễn Bá S Nguyễn Thị Đ Nguyễn Viết T Nguyễn Thị H Nguyễn Bá C Nguyễn Thị Q Nguyễn Bá Q Mai Xuân A Tuổi 68 46 44 33 44 33 17 23 16 15 Quan hệ với bệnh nhân Mẹ đẻ Anh trai Anh trai Em gái Em họ Em họ Cháu trai Cháu gái Cháu trai Con trai DANH SÁCH CÁC THÀNH VIÊN THAM GIA NGHIÊN CỨU CỦA GIA ĐÌNH BỆNH NHÂN B532 STT 10 11 Ký hiệu II-2 II-6 III-1 III-2 III-4 III-8 IV-5 IV-6 IV-7 IV-8 IV-9 Họ tên Trần Văn Đ Trần Thị T Trần Thị L Trần Thị L Trần Thị H Bùi Văn H Nguyễn Văn B Nguyễn Văn D Nguyễn Thị H Nguyễn Văn T Nguyễn Thị Minh T Tuổi 71 54 48 43 37 27 16 15 13 15 12 Quan hệ với bệnh nhân Bố đẻ Cô ruột Chị gái Chị gái Chị gái Em họ Cháu trai Cháu trai Cháu gái Cháu trai Cháu gái DANH SÁCH CÁC THÀNH VIÊN THAM GIA NGHIÊN CỨU CỦA GIA ĐÌNH BỆNH NHÂN B732 STT Ký hiệu Họ tên Lê Thị C Phạm Thị Lê T Nguyễn Khánh L Nguyễn Hoàng Gia B Tuổi 74 37 13 10 Quan hệ với bệnh nhân Mẹ đẻ Chị gái Cháu gái Cháu trai PHỤ LỤC Hình ảnh số SNP gen CDH1 đƣợc tìm thấy nghiên cứu Hình ảnh giải trình tự SNP rs 61747632 – c.1020G>A (p.T340T) nằm Exon Hình ảnh giải trình tự SNP rs1801552 – c.2076T>C (p.A692A) nằm Exon 13, kiểu gen đồng hợp CC Hình ảnh giải trình tự SNP rs33964119 - c.2253C>T (p.N751N) nằm exon 14 Hình ảnh giải trình tự SNP rs552874184 – c.2165-15C>A nằm intron 13 Hình ảnh giải trình tự SNP rs3743674 – c.48+6C>T nằm intron Hình ảnh giải trình tự gen SNP rs35667437 - c.1711+47G>A nằm intron 11 Hình ảnh giải trình tự SNP rs1801026 – c.2649+54C>T nằm intron 16 (a) c.2164+17A (b) c.2164+17dupA Hình ảnh giải trình tự SNP rs34939176 – c.2164+17dupA nằm intron 13 Hình (a) hình ảnh giải trình tự bình thường Hình (b) hình ảnh giải trình tự SNP c.2164+17dupA (a) c.1008+131G (b) c.1008+131delGinsATC Mồi E7F (c) c.1008+131delGinsATC Mồi E7R Hình ảnh giải trình tự SNP c.1008+131delGinsATC nằm intron 7, SNP phát nghiên cứu Hình (a) hình ảnh GTT bình thường Hình (b) hình ảnh GTT SNP c.1008+131delGinsATC mồi xi (F) Hình (c) hình ảnh GTT SNP c.1008+131delGinsATC mồi ngược (R) (a) c.1712-54T (b) c.1712-54dupT 10 Hình ảnh giải trình tự SNP c.1712-54dupT nằm intron 11, SNP phát nghiên cứu Hình (a) hình ảnh GTT bình thường Hình (b) hình ảnh GTT SNP c.1712-54dupT 11 Hình ảnh giải trình tự SNP rs730881656 - c.2103C>T (V701V) mồi ngược (R) Phụ lục BỘ CÂU HỎI AUDIT-C STT Nội dung câu hỏi 1Tần suất uống rượu Nội dung câu trả lời -Chưa -≤ lần/tháng thời gian gần -2 – lần/tháng -2 – lần/tuần -≥ lần/tuần 2Số chén rượu uống -Không uống -1 – chén* ngày -3 – chén -5 – chén -7 – chén -≥ 10 chén 3Bao nhiêu lâu uống từ chén -Không -Vài tháng lần trở lên lần uống -Hàng tháng -Hàng tuần -Hàng ngày Điểm 0 4 *: chén rượu câu hỏi tương đương với đơn vị rượu tiêu chuẩn PHỤ LỤC Hình ảnh điện di exon gen CDH1 Hình ảnh điện di Exon (287bp) Hình ảnh điện di Exon (242bp) Hình ảnh điện di Exon (358bp) Hình ảnh điện di E4E5 (645bp) Hình ảnh điện di Exon (476bp) Hình ảnh điện di Exon (307bp) Hình ảnh điện di Exon (736bp) Hình ảnh điện di Exon (302bp) Hình ảnh điện di Exon 10 (502bp) Hình ảnh điện di Exon 11 (287bp) Hình ảnh điện di Exon 12 (687bp) Hình ảnh điện di Exon 13 (664bp) Hình ảnh điện di Exon 14 (523bp) Hình ảnh điện di Exon 15 (662bp) Hình ảnh điện di Exon 16 (840bp) PHỤ LỤC Bảng tổng hợp đột biến SNP gen CDH1 tìm thấy nghiên cứu Mã BN B04 B151 B532 B732 B144 B158 B169 B729 B738 B284 B725 Exon/ Intron Đột biến/SNP n Thể đột biến Chú thích Ý nghĩa Đồng hợp SNP Lành tính Dị hợp Mới Gây bệnh I1 c.48+6 C>T (rs3743674) E5 c.639 G>A (p.W213*) E13 c.2076 T>C (rs1801552) Dị hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Đồng hợp SNP Lành tính E13 c.1990A>C (p K664Q) Dị hợp Mới Chƣa rõ E13 c.2076 T>C (rs1801552) Dị hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Đồng hợp SNP Lành tính I7 c.1008+131 delGinsATC - - Chưa rõ E9 c.1298 A>G (D433G) Dị hợp Mới Chƣa rõ I11 c.1711+47G>A (rs35667437) Dị hợp SNP Lành tính E13 c.2076 T>C (rs1801552) Dị hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Đồng hợp SNP Lành tính I7 c.1008+131 delGinsATC - Mới Chưa rõ I12 c.1937-13T>C Dị hợp DV Gây bệnh E13 c.2076 T>C (rs1801552) Dị hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Đồng hợp SNP Lành tính I11 c.1711+47G>A (rs35667437) Dị hợp SNP Lành tính E13 c.2076 T>C (rs1801552) Dị hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Đồng hợp SNP Lành tính I7 c.1008+131 delGinsATC - Mới Chưa rõ E13 c.2076 T>C (rs1801552) Dị hợp SNP Lành tính E16 *54 C>T (rs1801026) Dị hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Dị hợp SNP Lành tính E13 c.2076 T>C (rs1801552) Đồng hợp SNP Lành tính E14 c.2253 C>T (rs33964119) Dị hợp SNP Lành tính E16 *54 C>T (rs1801026) Đồng hợp SNP Lành tính E8 c.1020 G>A (rs61747632) Dị hợp SNP Lành tính E13 c.2076 T>C (rs1801552) Đồng hợp SNP Lành tính I13 c.2164+17dupA (rs34939176) SNP Lành tính 1 1 1 B39 B295 B718 B730 B733 B734 B737 B285,B308 B717,B720 B726,B731 B277,B341 B519,B163 B735 B367,B486 B719,B728 B445 B668 B723 E14 c.2253 C>T (rs33964119) Dị hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Đồng hợp SNP Lành tính I7 c.1008+131 delGinsATC - Mới Chưa rõ E13 c.2076 T>C (rs1801552) Dị hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Dị hợp SNP Lành tính E13 c.2076 T>C (rs1801552) Đồng hợp SNP Lành tính E16 *54 C>T (rs1801026) Dị hợp SNP Lành tính E13 c.2076 T>C (rs1801552) Đồng hợp SNP Lành tính E14 c.2253 C>T (rs33964119) Dị hợp SNP Lành tính E16 *54 C>T (rs1801026) Dị hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Dị hợp SNP Lành tính I11 c.1712-54dupT - Mới Chưa rõ E13 c.2076 T>C (rs1801552) Đồng hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Đồng hợp SNP Lành tính I11 c.1711+47G>A (rs35667437) Dị hợp SNP Lành tính E13 c.2076 T>C (rs1801552) Đồng hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Đồng hợp SNP Lành tính E13 c.2076 T>C (rs1801552) Đồng hợp SNP Lành tính I13 c.2165-15C>A(rs552874184) Dị hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Đồng hợp SNP Lành tính E13 c.2076 T>C (rs1801552) Đồng hợp SNP Lành tính E16 *54 C>T (rs1801026) Đồng hợp SNP Lành tính Đồng hợp SNP Lành tính Đồng hợp SNP Lành tính Đồng hợp SNP Lành tính Dị hợp SNP Lành tính Dị hợp SNP Lành tính Dị hợp SNP Lành tính Đồng hợp SNP Lành tính Dị hợp SNP Lành tính Dị hợp SNP Lành tính Dị hợp SNP Lành tính Dị hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) E13 c.2076 T>C (rs1801552) I1 c.48+6 C>T (rs3743674) E13 c.2076 T>C (rs1801552) I1 c.48+6 C>T (rs3743674) E13 c.2076 T>C (rs1801552) I1 c.48+6 C>T (rs3743674) E14 c.2253 C>T (rs33964119) E13 c.2076 T>C (rs1801552) I11 c.1711+47G>A (rs35667437) I1 c.48+6 C>T (rs3743674) 1 1 1 1 - Mới Chưa rõ Đồng hợp SNP Lành tính c.2076 T>C (rs1801552) Đồng hợp SNP Lành tính I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Dị hợp SNP Lành tính B22 E13 c.2076 T>C (rs1801552) Dị hợp SNP Lành tính B722 I1 c.48+6 C>T (rs3743674) Đồng hợp SNP Lành tính Dị hợp SNP Lành tính I7 c.1008+131 delGinsATC I1 c.48+6 C>T (rs3743674) B38 B724 E13 B279 B193,B462 B551,B736 E13 Tổng c.2103 C>T (rs730881656 45 ... bệnh nhân ung thư dày lan tỏa di truyền Xác định đột biến gen CDH1 thành viên gia đình bệnh nhân ung thư dày lan tỏa di truyền mang đột biến gen CDH1 3 Chƣơng TỔNG QUAN 1.1 Ung thƣ dày lan tỏa. .. nghiên cứu ung thư dày lan tỏa di truyền đột biến gen CDH1 giới Việt Nam 30 1.2.5 Quản lý bệnh ung thư dày lan tỏa di truyền đột biến gen CDH1 32 1.3 Các phương pháp phát đột biến gen CDH1. .. ung thư dày thể lan tỏa cần nghiên cứu thêm 1.1.2.2 Biến đổi gen di truyền ung thư dày lan tỏa di truyền  Đột biến gen Ung thư dày có tính chất gia đình chiếm khoảng 10%, – 3% UTDD lan tỏa di