xây dựng các hệ thống tế bào escherichia coli mang các vector tái tổ hợp gene

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƯỜNG XÂY DỰNG CÁC HỆ THỐNG TẾ BÀO Escherichia coli MANG CÁC VECTOR TÁI TỔ HỢP GENE Mã số: T2010-04 Chủ nhiệm đề tài: ThS Trương Kim Phượng TP HCM, Tháng 9/ 2012 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TĨM TẮT ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƯỜNG XÂY DỰNG CÁC HỆ THỐNG TẾ BÀO Escherichia coli MANG CÁC VECTOR TÁI TỔ HỢP GENE Mã số: T2010-04 Chủ nhiệm đề tài: ThS Trương Kim Phượng TP HCM, Tháng 9/ 2012   Thành viên đề tài 1/ThS Lê Thị Trúc Linh                                                 MỤC LỤC Trang DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT v DANH MỤC HÌNH ẢNH vii DANH MỤC BẢNG BIỂU xi THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU xii INFORMATION ON RESEARCH RESULTS xiv ĐẶT VẤN ĐỀ PHẦN I.TỔNG QUAN TÀI LIỆU I Lipase I.1.1 Định nghĩa I.1.2 Đặc điểm cấu trúc I.1.3 Nguồn thu nhận I.1.4 Lipase có nguồn gốc từ vi khuẩn I Lipase vi khuẩn Bacillus subtilis I.2.1 Vi khuẩn Bacillus subtilis I.2.2 Đặc điểm enzym lipase Bacillus subtilis I.2.3 Enzym lipase A Bacillus subtilis [10, 25, 27, 40] I.2.4 Ứng dụng lipase A Bacillus subtilis I.2.5 Thông tin gene lipase A Bacillus subtilis I Công nghệ DNA tái tổ hợp I.3.1 Định nghĩa I.3.2 Nguyên tắc kỹ thuật tạo dòng I.3.3 Vật liệu tạo dòng: I.3.3.1 Vector I.3.3.2 Hệ thống tế bào chủ 12 I.3.3.3 Các enzyme cắt giới hạn 13 -i- I.3.3.4 Các ligase 14 I.3.3.5 Các bước phương pháp tạo dòng 14 I.3.4 Kỹ thuật PCR 16 I Ứng dụng công nghệ DNA tái tổ hợp tạo dịng gene lipase có nguồn gốc từ chủng Bacillus sp 19 PHẦN II VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 21 II 1.Khảo sát in silico 21 II.1 1.Các chương trình, phần mềm sở liệu 21 II.1 Phương pháp 21 II Phân lập thu nhận chủng Bacillus subtilis có enzyme lipase phương pháp vi sinh truyền thống 22 II.2 Vật liệu 22 II.2 Dụng cụ - Thiết bị 22 II.2 Hóa chất 22 II.2 Môi trường 22 II.2 Dụng cụ thiết bị: 22 II.2 Phương pháp nghiên cứu 22 II.2.6.1 Phương pháp phân lập: 22 II.2.6.2 Phương pháp nhuộm Gram (Christian Gram): 23 II.2.6.3 Phương pháp thử nghiệm sinh hóa thử khả sinh lipase: 23 II Khảo sát thực nghiệm xây dựng quy trình PCR khuếch đại gen estA xây dựng hệ thống tế bào chủ E.coli mang vector tái tổ hợp gene mục tiêu estA 26 II.3.1.Chủng vi khuẩn môi trường nuôi cấy 26 II.3.2 Vật liệu để tạo dịng 26 II.3.3 Hóa chất 26 II.3.4 Thiết bị 27 II.3.5 Phương pháp nghiên cứu 28 II.3.5.1.Tách chiết DNA gen vi khuẩn B subtilis 28 -ii- II.3.5.2 Kiểm tra độ tinh xác định nồng độ DNA sau tách chiết 29 II.3.5.3 Thực phản ứng PCR khuếch đại gen estA 29 II.3.5.4 Điện di 31 II.3.5.5 Giải trình tự 31 II.3.5.6 Tinh sản phẩm PCR 31 II.3.5.7 Tách chiết plasmid pBluescript II KS(+) từ tế bào chủ 32 II.3.5.8 Cắt plasmid pBluecript II KS enzyme cắt giới hạn 33 II.3.5.9 Nối gene mục tiêu vào plasmid 33 II.3.5.10 Biến nạp plasmid vào tế bào chủ 33 PHẦN III.KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 36 III 1.Khảo sát in silico 36 III.1.1 Thu nhận trình tự gene estA 36 III.1.2 Sắp xếp trình tự gene estA chương trình ClustalX 2.0.11 37 III.1.3 Phân tích trình tự thu AnnHyb 4.945 38 III.1.4 Thu thập thông tin plasmid 39 III.1.5 Thiết kế mồi cho phương pháp PCR hỗ trợ việc định danh –phát chủng Bacillus subtilis có mang gen estA (cặp mồi 1:BAC-DECF BAC-DECR) 40 III.1.6 Thiết kế mồi khuếch đại vùng gen estA 41 III.1.7 Thiết kế mồi cho PCR khuẩn lạc 43 III Kết phân lập thu nhận chủng Bacillus subtilis có enzyme lipase 44 III.2.1 Kết phân lập phương pháp vi sinh truyền thống 45 III.2.2 Kết thử nghiệm sinh hóa 46 III Kết khảo sát thực nghiệm xây dựng quy trình PCR khuếch đại gen estA xây dựng hệ thống tế bào chủ E.coli mang vector tái tổ hợp gene mục tiêu estA 50 III.3.1 Kết tách chiết DNA 50 III.2.3 Xác định chủng Bacillus subtilis dự tuyển có gen lipase 51 III.2.4 Kết thực phản ứng PCR BAC-CLOF BAC –CLOR 52 -iii- III.3.1 Kết giải trình tự 53 III.3.2 Phản ứng cắt plasmid pBluescript II KS (+)với SmaI 54 III.3.3.Kết tạo dòng tế bào E.coli DH5 chứa plasmid pBluescript II KS(+)tái tổ hợp mang gene estA 55 PHẦN IV KẾT LUẬN –KIẾN NGHỊ 62 IV.1Kết luận: 62 IV.2Kiến nghị: 63 Tài liệu tham khảo 64 Phụ lục 68 -iv- DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Asp Aspartate ATP Adenosine triphosphate B subtilis Bacillus subtilis bp Base pair cds coding sequence dATP Deoxyadenosine triphosphate dCTP Deoxycytosine triphosphate dGTP Deoxyguanosine triphosphate DNA Deoxyribonucleic acid dNTP Deoxyribonucleotid triphosphate dTTP Deoxythymidine triphosphate E coli Escherichia coli EDTA Ethylene dediamine tetra acetate estA ester A EtBr Ethidium Bromime Gly Glycine His Histidine IDT Intergated DNA Technologies IPTG Isopropyl thiogalactoside Kb Kilo basepair kDa Kilo Dalton, đơn vị đo trọng lượng protein lipA lipase A Mbp Mega basepair MCS Multiple Cloning Site NA Nutrient Agar NAD Nicotinamide adenine dinucleotide -v- NCBI National Center for Biotechnology Information NH4Oac Amonium acetate o Degree Celsius, đơn vị đo nhiệt độ PCR Polymerase Chain Reaction RE Restriction enzyme SDS Sodium docecyl sulfate Ser Serine Ta Temperature annealing TE Tris HCl – EDTA Ter Terminal Tm Temperature melting TSA Trypticase Soy Agar X-gal 5-bromo-4-cloro-3-indolyl-β-D-galactopyranoside C -vi- Hình PL.12 Kết Blastx của BAC-CLOR Hình PL.13 Kết Blastx sản phẩm khuếch đại dự kiến -81- KẾT QUẢ GIẢI TRÌNH TỰ VECTOR TÁI TỔ HỢP “pB-lipaseR(1)” “pB-lipaseF(2)” Hình PL.14a Kết giải trình tự sản phẩm “pB-lipase R(1)” -82- Hình PL.14b Kết giải trình tự sản phẩm “pB-lipaseR (1)” (tiếp theo) -83- Hình PL.15a Kết giải trình tự sản phẩm “pB-lipaseF (2)” -84- Hình PL.15b Kết giải trình tự sản phẩm “pB-lipaseF (2)” (tiếp theo) -85- Mẫu Thuyết minh đề tài Khoa học Công nghệ cấp Trường BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP HCM THUYẾT MINH ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƯỜNG Tên Đề tài Mã số XÂY DỰNG CÁC HỆ THỐNG TẾ BÀO Escherichia coli MANG CÁC VECTOR TÁI TỔ HỢP TÁI TỔ HỢP GENE Lĩnh vực nghiên cứu Tự Xã hội Giáo nhiên Nhân văn dục Kỹ Nông Y thuật Lâm - Ngư Dược Thời gian thực Từ tháng 11 năm 2010 Mơi trường Loại hình nghiên cứu Cơ Ứng dụng Triển khai  .12 tháng đến tháng …11 năm 2011 Cơ quan chủ trì Tên quan: Trường Đại học Mở TP.Hồ Chí Minh Địa chỉ: 97 Võ Văn Tần, Quận 3, Thành phố Hồ Chí Minh Điện thoại: (08).39300086 Fax: E-mail: Chủ nhiệm đề tài Họ tên : Trương Kim Phượng Học vị, chức danh KH: Thạc sĩ Chức vụ:Giảng viên hữu Địa CQ: Trường Đại học Mở TP.Hồ Chí Minh, 97 Võ Văn Tần, Quận 3, TP.Hồ Chí Minh Địa NR: 403A Chung cư 62 Bà Hom, Phường 13, Quận 6, Trường Đại học Mở TP.Hồ Chí Minh Điện thoại CQ: (08).39300086 Điện thoại NR: Điện thoại DĐ: 0903.093390 Fax: E-mail: ltkphuong58@gmail.com Những người tham gia thực đề tài Họ tên Lê Thị Trúc Linh Đơn vị công tác lĩnh vực chuyên môn Khoa Công nghệ Sinh học – Thạc sĩ chuyên ngành Công nghệ di truyền Nội dung nghiên cứu cụ thể giao Thư ký -Thành viên tham gia nghiên cứu đề tài Mẫu Thuyết minh đề tài Khoa học Công nghệ cấp Trường Chữ ký Trang / 10 Đơn vị phối hợp Tên đơn vị nước Nội dung phối hợp nghiên cứu Họ tên người đại diện đơn vị Công ty Việt Á Hồ Thị Thanh Thủy Thiết kế vector tái tổ hợp, giải trình tự dịng tái tổ hợp nhằm kiểm tra kết tạo dòng 10 Tình hình nghiên cứu ngồi nước: 10.1 Tổng quan tình hình nghiên cứu thuộc lĩnh vực đề tài: Tình hình ngồi nước: a Vào đầu năm 1960, nghiên cứu kỹ thuật tạo dòng chưa đời có nghiên cứu gene cách gián tiếp ngẫu nhiên nghiên cứu khả bacteriophade tiếp nhận gene vi khuẩn vào gen chúng Từ năm 1972 đến năm 1975, nhà khoa học với nhiều nỗ lực nghiên cứu vector bacteriophage lambda tiến dần đến nghiên cứu công nghệ DNA tái tổ hợp [4, 7] Trong kỹ thuật di truyền, ADN tái tổ hợp thường tạo thành từ việc gắn đoạn ADN có nguồn gốc khác vào vector Những vector tái tổ hợp gen biểu thành protein tái tổ hợp tế bào sinh vật Công nghệ tạo protein tái tổ hợp vi khuẩn hướng nghiên cứu sinh học quan trọng thập niên gần Nhiều cơng trình nghiên cứu tạo protein tái tổ hợp dùng dược phẩm dạng hormone peptide: insulin, hormon tăng trưởng, vắc –xin Hệ thống tế bào chủ chủ yếu sử dụng chủ yếu Escherichia coli Hệ thống tế bào vi khuẩn E coli mang vector tái tổ hợp gene nghiên cứu nhiều thông tin chế tiết protein E coli công bố [2, 3, 4,5, 6] b Những enzym ngoại sinh sản xuất đuờng công nghệ sinh học dạng chế phẩm có hoạt lực enzyme cao, chịu nhiệt, thích ứng với pH rộng bền bảo quản điều kiện sản xuất Một số lồi vi khuẩn Bacilllus có khả tạo enzym có lợi lipase….[3] Đây loại enzym thuộc nhóm thủy giải liên kết ester triglyceride, hình thành acid béo glycerol Gần có nhiều cơng trình nghiên cứu giới lipase từ Bacillus subtilis ứng dụng enzym nhiều ngành công nghệ thực phẩm hóa học, dược phẩm, sản xuất thực phẩm, cơng nghiệp giấy mỹ phẩm …[2,6, 7] Tuy nhiên, so với thông tin tế bào E coli, chế tiết protein nhóm vi khuẩn Bacillus cịn thông tin biểu protein tiết enzym lipase chủng B subtilis hoang dại thấp hạn chế Tuy cấu trúc đặc điểm vách, màng tế bào E coli Bacillus có điểm đặc trưng riêng, nhiều luận chứng khoa học cho thấy chế mức phân tử hai nhóm vi khuẩn có tương quan có điểm giống Do đó, với mục đích thu nhận lượng lớn lipase có hoạt tính cách hiệu sử dụng công nghệ DNA tái tổ hợp nhiều hệ thống tế bào khác hệ thống E coli để tạo dòng tái tổ hợp vector mang gene mã hóa cho protein enzym lipase [2,6, 7] Mẫu Thuyết minh đề tài Khoa học Cơng nghệ cấp Trường Trang / 10 Tình hình nghiên cứu nước: Ở Việt Nam, có nhiều đề tài tái tổ hợp gene[1], tạo protein tái tổ hợp có nguồn gốc vi sinh vật, động thực vật người Xu hướng phịng thí nghiệm SHPT quy mơ nghiên cứu phát triển: tạo dòng sản phẩm protein phục vụ y dược, chăm sóc sức khỏe người, …, tiến tới sở hữu công nghệ tái tổ hợp protein cách tồn diện Có thể kể đến PTN CNSH Phân tử & Môi trường thuộc Đại học Khoa học Tự Nhiên TP Hồ Chí Minh, Phịng thí nghiệm CNSH Y Dược, ĐH Y Dược TP Hồ Chí Minh đơn vị tiên phong lĩnh vực Khoa Công nghệ Sinh học Trường Đại học Mở TP Hồ Chí Minh chưa có nguồn tế bào E.coli mang vector tái tổ hợp gene Trong nghiên cứu này, chúng tơi bước đầu xây dựng quy trình tái tạo dòng E coli mang gene tái tổ hợp, bước đầu tạo hệ thống tế bào chủ mang gene mã hóa enzyme chức năng; chúng tơi đặt nhiệm vụ cụ thể sau đây: Tạo dòng gene mã hóa enzyme lipase có nguồn gốc từ Bacilllus subtilis Kiểm tra biểu protein tái tổ hợp lipase 10.2 Danh mục cơng trình liên quan (Họ tên tác giả; Nhan đề báo, ấn phẩm; Các yếu tố xuất bản) a) Của chủ nhiệm người tham gia thực đề tài: b) Của người khác: Nguyễn Thị Phương Hiếu, Liên Thúy Linh, Trân Linh Thước Tạo dòng biểu HG-CSF (Human granulocyte colony stimulating factor) dung hợp với Ferrtin chuỗi nặng người E coli Tạp chí phát triển KH&CN Tập 12, tập 12, Số 09 Farliahati Mohd Rusli, Mohd Shamzi Mohamed, Rosfarizan Mohamad, Ni Nyoman Tri Puspaningsih, Arbakariya B Ariff.Kinetics of Xylanase Fermentation by Recombinant Escherichia coli DH5α in Shake Flask Culture American Journal of Biochemistry and Biotechnology (3) (2009) 109-117 Jisheng Ma, Zuoming Zhang, Baijing Wang, Xiangju Kong, Yuguo Wang, Shugui Cao, Yan Feng Overexpression and characterization of a lipase from Bacillus subtilis Protein Expression and PuriWcation 45 (2006) 22–29 Kary B Mullis Recombinant DNA technology and molecular cloning Scientific American (1990) 262:36 Kinga Wieczorek, Jacek Osek Development Of A PCR Internal Amplification Control For The Detection Of Shiga Toxin–Producing Escherichia coli Bull Vet Inst Pulawy 48, 397-401, 2004 Manoj Singh, Kumar Saurav, Neha Srivastava, Krishnan Kannabiran Lipase Production by Bacillus subtilis OCR-4 in Solid State Fermentation Using Ground Nut Oil Cakes as Substrate Current Research Journal of Biological Sciences 2(4): 241-245, 2010 Montarop Yamabhai, Suphap Emrat, Sirima Sukasem, Puntarika Pesatcha, Nanthnit Jaruseranee, Bancha Buranabanyat Secretion of recombinant Bacillus hydrolytic enzymes using Escherichia coli expression systems Journal of Biotechnology 133 (2008) 50–57 Mẫu Thuyết minh đề tài Khoa học Công nghệ cấp Trường Trang / 10 11 Tính cấp thiết đề tài - - Cơng nghệ DNA tái tổ hợp hình thành từ đầu thập niên 70 mang đến lợi ích việc tạo vật liệu an toàn ứng dụng nhiều lĩnh vực nghiên cứu trình sinh học mức phân tử công nghệ sinh học, y học phân tử Theo chương trình đào năm 2009, Khoa Cơng nghệ Sinh học năm học 2011 -2012 cần triển khai giảng dạy môn học thực hành kỹ thuật sinh học phân tử cho sinh viên thuộc chương trình đào tạo Đại học quy, đồng thời hướng đến việc mở đào tạo lớp giảng dạy theo Chương trình đặc biệt thuộc Bậc Đại học Cao học ngành Cơng nghệ Sinh học; môn thực hành cần phải nâng cao chất lượng – phù hợp xu hướng phát triển Công nghệ Sinh học giới Việt Nam Hơn nữa, theo chủ trương Nhà trường Khoa Công nghệ Sinh học phải điều chỉnh –cắt giảm chi phí giảng dạy mơn thực hành đạt chất lượng giảng dạy cao, việc tạo nguồn vật liệu sinh học: “Hệ thống tế bào E coli mang vector tái tổ hợp gene” phịng Thí nghiệm Sinh học phân tử quan trọng thiết thực:  Nguồn vật liệu sinh học DNA tái tổ hợp nguồn vật liệu thí nghiệm quan trọng phục vụ giảng dạy môn thực hành chuyên ngành Vi sinh vật Các nguồn vật liệu vừa đảm bảo tính an tồn cho người dạy học , vừa mục đích đảm bảo chất lượng – chi phí hợp lý (nguồn vật liệu chỗ) để truyền thụ kiến thức kỹ thuật sinh học phân tử cho sinh viên thuộc chương trình đào tạo Khoa Cơng nghệ Sinh học  Việc sản xuất protein tái tổ hợp enzym lipase có lợi ngành sản xuất thực phẩm, hóa dầu quan trọng Chính vậy, cần tạo hệ thống tế bào E coli biểu dòng protein tái tổ hợp nhằm khỏa sát cảm ứng biểu – tách chiết thu nhận khảo sát hoạt tính enzym lipase với mục tiêu tạo lượng lớn enzym lipase đạt hiệu kinh tế với chi phí thích hợp, đáp ứng nhu cầu thực tế Việt Nam 12 Mục tiêu đề tài - Xây dựng hệ thống tế bào E.coli mang vector tái tổ hợp gene chọn lọc: o Tạo nguồn vật liệu di truyền an toàn phục vụ giảng dạy thực tập môn học thuộc Chuyên ngành Công nghệ Vi sinh vật: Sinh học phân tử, Sinh học phân tử lĩnh vực chăm sóc sức khỏe, Công nghệ tái tổ hợp protein, Kỹ thuật phân tích vi sinh vật o Bước đầu tạo hệ thống E.coli mang vector tái tổ hợp gene mã hóa cho protein có giá trị ứng dụng cao công nghiệp Mẫu Thuyết minh đề tài Khoa học Công nghệ cấp Trường Trang / 10 13 Cách tiếp cận, Phương pháp nghiên cứu, Phạm vi nghiên cứu  Đối tượng nghiên cứu: gene chọn lọc mã hóa protein lipase có nguồn gốc từ Bacillus subtilis  Nguyên vật liệu: plasmid (pET, pUC 119, p3T); tế bào chủ E.coli DH5, BL21 (Promega); enzym cắt giới hạn E.coRI, BamHI, XcmI, PfL MI, HincII, HindIII, Xbal ; enzym T4 DNA Ligase; X-gal, kháng sinh làm nhân tố chọn lọc: kanamycin, ampicillin,chloramphenicol; môi trường Luria –Bertani - Phương pháp nghiên cứu: Kĩ thuật in silico:  Trình tự gene quan tâm lấy từ ngân hàng gene  Thông tin plasmid lấy từ ngân hàng gene  Thông tin hệ thống tế bào chủ E coli  Thông tin Primer (khuếch đại gene mã hóa cho protein - enzym lipase ) thiết kế phần mềm chuyên dụng Các tiêu thành phần GC, nhiệt độ lai, khả tạo hairpin loop, primer-dimer, vvv … primer, khảo sát máy tính * Kĩ thuật sinh học phân tử  Tách chiết DNA plasmid từ tế bào chủ tinh chế plasmid kit  Khuếch đại đoạn gen mục tiêu PCR  Tinh chế đoạn gen đích kit  Thiết lập vector tạo dòng biểu gene mục tiêu: cắt vector enzym cắt giới hạn, nối gen đích vào vector; Sàng lọc chủng E coli có mang vector tái tổ hợp gene mục tiêu  Phân tích vector tái tổ hợp: tách chiết plasmid, cắt enzym cắt giới hạn PCR với mồi đặc hiệu cho gene mục tiêu giải trình tự  Thử cảm ứng biểu xác định hoạt tính protein – enzym số chủng E coli có mang vector tái tổ hợp gene * Xử lý số liệu viết báo cáo:  Phạm vi nghiên cứu: Đề tài thực phòng thí nghiệm Sinh học phân tử -Khoa Cơng nghệ Sinh học, trường Đại học Mở Tp.HCM Đề tài nghiên cứu giải vấn đề sau:  Tạo dòng tái tổ hợp vector mang gene mã hóa enzyme lipase có nguồn gốc từ Bacilllus subtilis vào tế bào E coli  Thử kiểm tra hoạt tính protein tái tổ hợp lipase Mẫu Thuyết minh đề tài Khoa học Công nghệ cấp Trường Trang / 10 14 Nội dung nghiên cứu tiến độ thực Số Các nội dung, công việc TT thực chủ yếu Khảo sát in silico: - Khuếch đại gene mục tiêu mã hóa cho protein –enzym Chuẩn bị mẫu nghiên cứu: sản phẩm PCR khuếch đại vùng gene mã hóa cho protein -enzym lipase Thiết lập vector biểu tạo dòng biểu gene mục tiêu Thử cảm ứng biểu protein – enzym số chủng E.coli có mang vector tái tổ hợp gene Sản phẩm phải đạt - Các mồi cho gene mục tiêu mã hóa proteinenzym giải trình tự thoả mãn vị trí nhận biết enzym cắt giới hạn sản phẩm PCR khuếch đại vùng gene mã hóa cho enzym lipase Bacillus subtilis Cắt nối gene mã hóa protein enzym lipase vào vector Sàng lọc chủng E.coli có mang vector tái tổ hợp gene mục tiêu Phân tích vector tái tổ hợp enzym cắt giới hạn PCR với mồi đặc hiệu cho gene mục tiêu giải trình tự Thời gian (bắt đầu-kết thúc) Người thực Tháng 11/20101/2011 (Có thể thực ThS Trương Kim sớm) Phượng ThS Lê Thị Trúc Linh Tháng 02/201105/2011 ThS Trương Kim Phượng Tháng 6/2011Tháng 9/2011 ThS Trương Kim Phượng CN Hồ Thị Thanh Thủy (Sinh viên làm khóa luận tốt nghiệp) Thu nhận chủng E.coli có vector tái tổ hợp gene mục tiêu: Tách chiết thu Tháng 10/2011 nhận protein Điện di SDSPAGE gel polyarcrylamide ThS Trương Kim Phượng (Sinh viên làm khóa luận tốt nghiệp) Mẫu Thuyết minh đề tài Khoa học Công nghệ cấp Trường Trang / 10 Xử lý số liệu viết báo cáo Tháng 12/2011 ThS Trương Kim Phượng 15 sản phẩm địa ứng dụng Loại sản phẩm  Thiết bị máy móc Mẫu Vật liệu Dây chuyền công nghệ  Giống trồng Giống gia súc Qui trình cơng nghệ Phương pháp Tiêu chuẩn Qui phạm Sơ đồ Báo cáo phân tích Tài liệu dự báo Đề án Luận chứng kinh tế Chương trình máy tính Bản kiến nghị Sản phẩm khác : Tài liệu phục vụ giảng dạy Kỹ thuật di truyền cho chương trình Đại học chương trình đặc biệt bậc đại học Cao học Tên sản phẩm, số lượng yêu cầu khoa học sản phẩm Số TT Tên sản phẩm Số lượng Yêu cầu khoa học Hệ thống tế bào E.coli có mang vector tái tổ hợp gene mục tiêu Tạo thể biến nạp có mang gene mục tiêu Vật liệu sinh học phục vụ giảng dạy môn thực hành chuyên ngành Vi sinh vật Chuyên đề, tài liệu giảng dạy mơn thực hành: Kỹ thuật phân tích vi sinh vật; Kỹ thuật di truyền (chương trình đào tạo 2009) Bảng báo cáo, phân tích kết thu Nguồn vật liệu sinh học Các bước cụ thể quy trình tạo dịng gene mục tiêu Các bước cụ thể việc cảm ứng biểu – thu nhận protein tái tổ hợp (điện di SDS –PAGE) Giáo trình mơn thực hành chun ngành Vi sinh vật Giáo trình mơn thực hành: Kỹ thuật phân tích vi sinh vật; Kỹ thuật di truyền (chương trình đào tạo 2009) Có phân tích rõ ràng, đáng tin cậy Số học viên cao học nghiên cứu sinh đào tạo - Thực tập tốt nghiệp cuối khóa Khóa luận tốt nghiệp cử nhân CNSH Số báo cơng bố: - báo Tạp chí Khoa học Trường Đại học Mở TP.HCM; Địa ứng dụng (tên địa phương, đơn vị ứng dụng) Phịng thí nghiệm Sinh học phân tử Khoa Cơng nghệ Sinh học, Trường đại học Mở TP Hồ Chí Minh Mẫu Thuyết minh đề tài Khoa học Công nghệ cấp Trường Trang / 10 Stt Chi tiết khoản chi Vật tư, thiết bị, hóa chất thí nghiệm, ngun vật liệu (khơng bao gồm tài sản cố định) Đơn vị tính 1.1 Hóa chất tách chiết DNA plasmid – DNA gen a.Dạng hóa chất - NH4Cl - EDTA - K2CO3 - Potassium acetate (CH3CO2K) - Glacial Acetic Acid - Sodium dodecyl sulfate (SDS) - Na2HPO4 - NaH2PO4.2H20 - NaCl - NaOH - Proteinase K (10 mg/ml) - Phenol - Chloroform - Ethanol -Tris-HCl kit b Dạng kit 1.2 Oligonucleotide - primer unit 1.3 Enzym cắt giới unit hạn unit 1.4 Ligase 1.5 Phản ứng PCR: - Taq polymerase - dNTP mix unit 1.6 Hóa chất điện gram di: -Agarose -EtBR 1.7 Kit tinh kit DNA Số lượng Đơn giá Thành tiền (x1000VND) 3,400 1000 4,000 450 2,700 200 1,400 300 1,500 400 50 2,000 20 100 2,000 1100 2,200 Mẫu Thuyết minh đề tài Khoa học Công nghệ cấp Trường Trang / 10 1.8 RNase 1.9 Hóa chất tạo dịng: - CaCl2 - Ampicillin - Kanamycin - Chloramphenicol - X-gal -Môi trường Luria – Bertani unit 150 900 2,500 gram gram gram gram gram 500 3 10 gram 1000 1.10 Hóa chất tinh unit điện di protein - Gel polyacrylamide - SDS 150 900 unit 100 600 1.12 Thang chuẩn unit Protein 100 1,000 2,000 1,000 2,000 1,000 1,000 1.11.Thang chuẩn DNA 1.13.Hệ thống Unit Plasmid Tế bào chủ E coli Unit DH5 Tế bào chủ E coli BL21 unit Cơng tác phí, chi phí điều tra: (yêu cầu lập phải ghi đầy đủ số ngày, số người, số lần, địa điểm… ) Th khốn chun mơn:(u cầu lập phải ghi đầy đủ sở để tính số tiền hợp đồng) 700 Kiểm tra, thiết kế, tối ưu primer 700 Thu thập chủng Bacillus subtilis 1,000 Thử cảm ứng biểu hiện, tinh protein tái tổ hợp – 1,100 Mẫu Thuyết minh đề tài Khoa học Công nghệ cấp Trường Trang / 10 enzym ngoại sinh Văn phòng phẩm, Quyển báo mua tài liệu, dịch tài cáo liệu, in ấn hồn chỉnh cơng trình: Chi phí hội nghị, hội thảo chi khác Phụ cấp trách nhiệm cho chủ nhiệm đề tài Chi phí nghiệm thu 100 700 100/ thángx12 tháng 1,200 2,500 37,000 TỔNG CỘNG Tổng cộng: Ba mươi bảy triệu đồng Ngày tháng năm Lãnh đạo đơn vị (Ký, Họ tên) Ngày tháng năm Chủ nhiệm đề tài (Ký, Họ tên) Ngày tháng năm Cơ quan chủ trì duyệt HIỆU TRƯỞNG (Ký tên, đóng dấu) Mẫu Thuyết minh đề tài Khoa học Công nghệ cấp Trường Trang 10 / 10 ... hành nghiên cứu đề tài: ? ?Xây dựng hệ thống tế bào Escherichia coli mang vetor tái tổ hợp gene? ?? Mục tiêu nghiên cứu: Xây dựng hệ thống tế bào E .coli mang vector tái tổ hợp gene chọn lọc (lipase:... HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TĨM TẮT ĐỀ TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƯỜNG XÂY DỰNG CÁC HỆ THỐNG TẾ BÀO Escherichia coli MANG CÁC VECTOR TÁI TỔ HỢP GENE Mã số: T2010-04 Chủ nhiệm đề tài: ThS Trương Kim... sinh truyền thống 45 III.2.2 Kết thử nghiệm sinh hóa 46 III Kết khảo sát thực nghiệm xây dựng quy trình PCR khuếch đại gen estA xây dựng hệ thống tế bào chủ E .coli mang vector tái tổ hợp gene mục