Virus gây bệnh Ca-rê (CDV) là một trong những tác nhân gây bệnh nghiêm trọng trên nhiều loài thú ăn thịt, bao gồm cả chó nuôi. Trong nghiên cứu này, gen H của CDV được phát hiện trên 5 con chó nuôi bị bệnh tiêu chảy thuộc giống chó Việt Nam và hai trong số các chủng CDV phát hiện được phân lập thành công. Toàn bộ bộ gen của một chủng phân lập, CDV/dog/HCM/33/140816, đã được phân tích. Kết quả phân tích cây phát sinh dòng cho thấy các chủng CDV Việt Nam đều thuộc genotyp Asia-1. Hơn nữa, kết quả phân tích cho thấy mức tương đồng protein H của các chủng phân lập và của các chủng CDV từ Trung Quốc là khá cao (98,4% đến 99,3%).
KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXV SỐ - 2018 PHÂN LẬP VÀ XÁC ĐỊNH ĐẶC TÍNH DI TRUYỀN CỦA VIRUS GÂY BỆNH CA-RÊ TRÊN CHÓ NUÔI TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Nguyễn Văn Dũng, Vũ Kim Chiến, Phan Xuân Thảo Chi cục Chăn nuôi Thú y Tp Hồ Chí Minh TĨM TẮT Virus gây bệnh Ca-rê (CDV) tác nhân gây bệnh nghiêm trọng nhiều loài thú ăn thịt, bao gồm chó ni Trong nghiên cứu này, gen H CDV phát chó ni bị bệnh tiêu chảy thuộc giống chó Việt Nam hai số chủng CDV phát phân lập thành cơng Tồn bộ gen chủng phân lập, CDV/dog/HCM/33/140816, phân tích Kết phân tích phát sinh dòng cho thấy chủng CDV Việt Nam thuộc genotyp Asia-1 Hơn nữa, kết phân tích cho thấy mức tương đồng protein H chủng phân lập chủng CDV từ Trung Quốc cao (98,4% đến 99,3%) Kết nghiên cứu cho thấy genotyp Asia-1 genotyp lưu hành chó ni Thành phố Hồ Chí Minh truyền lây CDV qua biên giới Việt Nam Trung Quốc xảy Từ khóa: chó, virus Ca-rê, phân lập, phân tích di truyền, Thành phố Hồ Chí Minh Isolation and genetic analysis of Canine distemper virus (CDV) in domestic dogs in Ho Chi Minh City, Viet Nam Nguyen Van Dung, Vu Kim Chien, Phan Xuan Thao SUMMARY CDV is one of the most serious pathogens found in many carnivorous animal species, including domestic dogs In this study, H gene of CDV were detected in five domestic dogs, Viet Namese breed, suffering with diarrhea There were two, out of the identified CDVs from the positive dogs with H genes successfully isolated The complete genome of one isolated virus, CDV/dog/HCM/33/140816, was determined The result of phylogenetic analysis showed that all the Viet Namese CDVs belonged to the Asia-1 genotype In addition, the result of analyzing the isolated CDVs indicated the H proteins of Viet Namese CDV strains were highly similar in comparison with those of the Chinese CDVs (98.4% to 99.3% identity) These results indicated that the Asia-1 genotype of CDV was the predominant genotype circulating among the domestic dog population in Ho Chi Minh City It is indicated that transboundary transmission of CDVs may be occurred between Viet Nam and China Keywords: dogs, Canine distemper virus, isolation, genetic analysis, Ho Chi Minh City I ĐẶT VẤN ĐỀ Virus Ca-rê (CDV- Canine Distemper Virus) tác nhân truyền nhiễm gây bệnh Ca-rê (hay cịn gọi bệnh sài sốt chó non), CDV gây bệnh nhiều lồi động vật ăn thịt (Apple ctv., 1994; Appel ctv., 1995; Harder ctv., 1996; Beineke ctv., 2009) Trong thời gian gần đây, CDV báo cáo gây nên ổ dịch nghiêm trọng loài linh trưởng (khỉ) Trung Quốc Nhật Bản (Sakai ctv., 2008; Qiu ctv., 2011) CDV RNA virus, chuỗi đơn âm, thuộc họ Paramyxoviridae, chi Morbillivirus Bộ gen CDV mã hóa protein cấu trúc (gồm: N, M, F, H, P L) protein không cấu trúc (gồm: C V) Gen H (mã hóa protein H) gen biến đổi dùng để xác định mối liên hệ di truyền chủng (Gámiz ctv., 2011) Hiện nay, có 14 genotyp khác phát gồm: 19 KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXV SỐ - 2018 Asia-1, Asia-2, Asia-3, Asia-4, Europe, Europe wildlife, Arctic like, Rockborn like, America-1, America-2, Africa, South America-1, South America-2, South America-3 Mặc dù có báo cáo phân lập chủng virus Ca-rê thuộc genotyp America -1 Hà Nội (Lan ctv., 2009), nhiên, thông tin CDV hạn chế Việt Nam, đặc biệt Thành phố Hồ Chí Minh Trong nghiên cứu này, CDV phát hiện, phân lập từ chó tiêu chảy phân tích đặc tính di truyền II NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Nội dung nghiên cứu - Xác định genotyp CDV gây bệnh chó ni dựa vào việc phân tích tồn gen H - Ni cấy phân lập phân tích trình tự nucleotid gen chủng CDV phân lập 2.2 Nguyên liệu Mẫu dịch ngoáy (swab) trực tràng: tổng cộng 43 mẫu swab trực tràng thu thập từ chó bệnh tiêu chảy Thành phố Hồ Chí Minh Tuổi chó từ tháng tuổi đến năm tuổi Mẫu swab hòa tan 2ml dung dịch đệm PBS lọc qua màng lọc 0,22µm (Millipore, Ireland), bảo quản -80oC đến thí nghiệm 2.3 Phương pháp nghiên cứu - Phân lập virus môi trường tế bào: Virus phân lập mơi trường tế bào A72 có gắn thụ thể cSLAM (canine signaling lymphocyte activation molecule) - A72/cSLAM (Nakano ctv., 2009) Tế bào nuôi cấy môi trường DMEM (Dulbecco’s minimum essential medium, Life Technologies, USA) chứa 10% FBS (Sigma-Aldrich, USA), 100 đơn vị/ml penicillin 100 µg/ml streptomycin (Life Technologies, USA) Tế bào A72/cSLAM lớp đĩa nuôi cấy giếng thêm vào dung dịch mẫu swab (sau lọc qua màng lọc) ủ 37°C với 5% CO2 Tế bào gây nhiễm theo dõi, kiểm tra bệnh tích tế 20 bào (CPE- cytopathic effect) hàng ngày Nếu khơng phát bệnh tích tế bào, tiếp tục cấy truyền lần Virus phân lập tinh lần tế bào CRFK (Crandell-Rees feline kidney) có gắn thụ thể cSLAM - CRFK/ cSLAM (Nakano ctv., 2009) - Ly trích RNA virus RT-PCR khuếch đại gen H RNA virus ly trích từ tế bào nhiễm CDV sử dụng RNeasy Mini Kit (Qiagen, Germany) từ mẫu swab sử dụng Viral RNA Mini Kit (Qiagen) Để phát toàn gen H, phản ứng RT-PCR thực dựa kít One step RT-PCR (Qiagen) với cặp mồi HF: 5’-AAC TTA GGG CTC AGG TAG TC3’ HR :5’-AGA TGG ACC TCA GGG TAT AG-3’(Demeter ctv., 2007) Chu kỳ nhiệt cho phản ứng RT- PCR gồm giai đoạn RT: 50oC 30 phút, 95oC 15 phút, phản ứng PCR với 40 chu kỳ (94oC 30 giây, 55oC 30 giây, 72oC phút) giai đoạn kéo dài 72oC 10 phút, sau giữ 4oC Sản phẩm khuếch đại có kích thước 2023bp xác định dựa vào kỹ thuật điện di thạch agarose 0,8% - Giải trình tự toàn chiều dài gen H toàn hệ gen CDV Để phân tích trình tự nucleotid tồn chiều dài gen H, sản phẩm khuếch đại từ phản ứng RTPCR tinh kít QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen) giải trình tự máy tự động ABI PRISM 310 Genetic Analyzer auto sequencer (Applied Biosystems, USA) theo phương pháp mô tả trước Kamaeo ctv (2012) Để phân tích trình tự tồn hệ gen CDV, chọn chủng đại điện phân lập sử dụng cho phân tích (CDV/dog/HCM/33/140816) Phản ứng PCR thực qua việc sử dụng kít TaKaRa RNA LA PCRTM Kit (AMV) Ver 1.1 (Takara, Nhật Bản) để khuếch đại toàn hệ gen CDV với cặp mồi : 53F, 5’-CTT AGG GTC AAT GAT CCT ACC-3’ 4977R, 5’-TGG AGG GGA TCT TGT AGG GT-3’ (4,925 bp); 4398F, KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXV SỐ - 2018 5’-GTT ATC ATC AGC GAT GA TCAG -3’ 9076R, 5’-AGA TGG ACC TCA GGG TAT AG3’ (4,679 bp); 6947F, 5’-AAC TTA GGG CTC AGG TAG TC-3’ 12457R, 5’- GGT TCC TTA ATG CTC TCG C-3’ (5,511 bp); 11832F, 5’-GCA CCC ATA GGT GGT CTT AAT-3’ 15523R, 5’- GTC TCA AGT TGA AAG AGC CAA TTC-3’ (3,692 bp) Sản phẩm PCR giải trình tự việc sử dụng cặp mồi đặc hiệu thiết kế theo chiến lược lồng ghép (overlapping strategy) Vùng không phiên mã đầu 5’ 3’ giải trình tự việc sử dụng 5’ RACE System for Rapid Amplification of cDNA Ends, Version 2.0 (Invitrogen, USA) (hình 1) Hình Sơ đồ vị trí cặp mồi sử dụng PCR khuếch đại tồn hệ gen CDV Trình tự nucleotid lắp ráp phân tích dựa vào phần mềm GENETYX® ver (Software Development Co., Nhật Bản) - Phân tích liệu: Xây dựng phát sinh dịng sử dụng phương pháp Neighbor-Joining với phần mềm MEGA 6.0 (Tamura ctv., 2013) Giá trị Bootstrap tính tốn với 1.000 lặp lại Trình tự amino acid suy diễn từ trình tự nucleotid dựa vào phần mềm MEGA III KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Phát xác định genotype CDV chó ni Tổng cộng có chủng CDV khuếch đại tồn chiều dài gen H (1.824bp) Tất chó phát nhiễm CDV lứa tuổi năm tuổi (bảng 1) Bảng Thơng tin dịch tễ liên quan chó nuôi nhiễm CDV phát RT-PCR (gen H ) Chủng virus phát Giống chó CDV/dog/HCM/01/141013 Việt Nam Tuổi (tháng) Giới tính Triệu chứng bệnh Thủ Đức Đực Tiêu chảy, ho, tiết dịch mũi Quận/huyện CDV/dog/HCM/24/140112 Việt Nam Quận Cái Tiêu chảy CDV/dog/HCM/29/140127 Việt Nam Quận 10 Đực Tiêu chảy CDV/dog/HCM/33/140816 Việt Nam Bình Chánh Cái Tiêu chảy CDV/dog/HCM/38/140827 Việt Nam Bình Tân Cái Tiêu chảy, ho Các chủng phát đặt tên CDV/dog/HCM/01/131018, CDV/dog/ HCM/24/140112, CDV/dog/HCM/29/140127, CDV/dog/HCM/33/140816 CDV/dog/ HCM/38/140827 Qua phân tích phát sinh dịng cho thấy tất chủng phát chó ni Thành phố Hồ Chí Minh thuộc genotyp Asia-1 (hình 2) Mặc dù, bệnh Ca-rê nhận biết từ thập niên 1950 vacxin phòng chống CDV nghiên cứu sản xuất để 21 KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXV SỐ - 2018 CDV/dog/HCM/24/140112 (LC159584) CDV/dog/HCM/33/140816(LC159587) CDV/dog/HCM/38/140827 (LC159586) CDV/dog/HCM/01/141013 (LC159583) 99 56 CDV/dog/HCM/29/140127(LC159585) HLJ1-06 (AFX00028.1) 56 Hebei(AGI16936.1) 47 SY (AHY03300.1) 41 PS (AFG24210.1) Hamamatsu (BAA19585) Haku06 29 Lounguantai-1 (AKM12414.1) 48 68 LN (10)1 (AJP31610.1) 94 CDV-DR-JL (AIK01743.1) 53 CDV-ZC (AIN44017.1) 99 SD(14)7 (AJP31603.1) 97 98 SD(14)11 (AKP49170.1) BJ-01 (AIM39328.1) 97 CYN07-dV (BAM15593.1) 95 CYN07-hV (BAM15601.1) MKY-KM08 (ADN86312.1) 52 KDK1 (BAA84209) 28 Tanu96(BAA33740) 100 W812B/RD/080131 (AB605890) 16 48 W729B/RD/070416 (AB605891) Haku00 28 Ueno (BAA19584) 67 Yanaka(BAA195586) 64 Yamaguchi/WT/100311 (AB619774) 49 Yamaguchi/RD/091204 100 21 91 Yamaguchi/RD/091216 (AB619775) 23 21 European wildlife 39 Asia-4 99 Rockborn 28 86 99 37 Europe 42 America-2 32 97 Asia-2 100 Africa 99 Arctic 99 Snyder Hill (AFC40217.1) Convac (CAA844626) 99 Onderstepoort (AAK54669.1) 99 Vn86 (BAH29619.1) 85 100 Vn99(BAH29618.1) PDV/DK88-1a (AAQ05850) 56 0.02 Hình Xây dựng phát sinh dịng dựa vào trình tự nucleotid gen H CDV phát phòng chống bệnh, nhiên, CDV mối đe dọa với nhiều loài động vật thuộc ăn thịt Nhiều ổ dịch Ca-rê xảy động vật nuôi động vật hoang dã nhiều quốc gia ( An ctv., 2008; Liang ctv., 2008; Chulakasian ctv., 2010; Zhao ctv., 2010; Qiu ctv., 2011; Nagao ctv., 2012; Guo ctv., 2013; Yi ctv., 2013; Espinal ctv., 2014; Li ctv., 2014; Cheng ctv., 2015) Việc xác định genotyp CDV dựa vào protein H phân bố vùng địa lý virus (Mochizuki ctv., 1999; Martella ctv., 2006) Tại Việt Nam, có genotyp America-1 phát chó ni (Lan ctv., 2009) Trong nghiên cứu này, tất chủng CDV phát (5 chủng) xác định thuộc genotyp Asia-1, điều cho thấy 22 genotyp genotyp lưu hành chó ni Thành phố Hồ Chí Minh Genotyp Asia1 lần đầu báo cáo chó ni Nhật Bản vào năm 1991 (Mochizuki ctv., 1999) Sau đó, genotyp lan rộng sang nhiều nước châu Á bao gồm Đài Loan năm 2003, Hàn Quốc năm 2001, Thái Lan năm 2013, Trung Quốc từ 2004- 2015 Gần đây, số ổ dịch Ca-rê genotyp Asia-1 gây chết cọp khỉ Nhật Bản, Trung Quốc (Sakai ctv., 2008; Nagao ctv., 2012) Do đó, CDV cịn mối nguy lớn chó nuôi động vật mẫn cảm khác Việt Nam 3.2 So sánh trình tự nucleotid gen H phát với chủng khác Trình tự nucleotid gen H (1,824 nt, KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXV SỐ - 2018 607aa) giải trình tự đăng ký DNA database of Japan (DDBJ) (Accession numbers: LC159583, LC159584, LC159585, LC159586 and LC159587) Tất chủng Việt Nam sở hữu Glycin (G) vịt trí 530 (530G) Tyrosine (Y) vị trí 549 (549Y) gen H Đây vị trí nằm vùng kết hợp với thụ thể tế bào (SLAM) Khi có thay đổi vị trí acid amin 530 gen H dẫn đến thay đổi loài vật chủ nhiễm Kết nghiên cứu cho thấy chủng CDV phát chưa có đột biến vị trí Các CDV sở hữu 549Y gen H xác định thường nhiễm chó ni 549H thường phát nhiễm lồi động vật hoang dã (Techangamsuwan ctv., 2015) Kết nghiên cứu cho thấy, chủng CDV phát chó có nguồn gốc khơng phải từ động vật hoang dã lây sang chó ni (chưa phát lây nhiễm CDV từ động vật hoang dã sang chó ni) Tổng cộng có vị trí glycosyl hóa gen H bảo tồn tương tự chủng thuộc genotyp Asia-1 Mức độ tương đồng acid amin gen H chủng phát 99%-100%, chủng virus phát so với chủng CDV thuộc genotyp Asia-1 khác 96,5%-99,5%; với Asia-2 92,9% - 93,6%; với Asia-3 86,2% - 86,7%; với Asia-4 93,7% A - 94,8%; với America-1 89,6% - 91,4%; với America-2 93,9% - 96,2%; với Europe 93,4% - 95,7%; với European wildlife 94,1% - 95,4%; với Artic 92,3% - 94,1%; Rockbornlike 94,6% - 95,9%; với South America 93,2% - 94,9%; với Africa 93,9% - 94,7% Hiện tại, chủng CDV sử dụng vacxin phòng bệnh Ca-rê Việt Nam thuộc genotyp America-1 (Onderstepoort Lederle), chủng lưu hành thuộc genotyp Asia-1 có mức độ tương đồng không cao (89,6% - 91,4%) Điều dẫn đến khả bảo khơng thật hoàn hảo vacxin Tuy nhiên, cần có nghiên cứu thí nghiệm in vivo để xác định hiệu vacxin sử dụng chủng thuộc genotyp America-1 Chủng phân lập chủng tiềm việc nghiên cứu phát triển vacxin phòng bệnh CDVgenotyp Asia-1 lưu hành Việt Nam 3.3 Phân lập giải trình tự gen virus phân lập Tổng cộng có chủng CDV (CDV/ dog/HCM/33/140816 CDV/dog/ HCM/38/140827) phân lập thành công từ chủng phát toàn gen H với bệnh tích điển hình tế bào nhiễm tạo thể hợp bào (hình 3) B B Hình Bệnh tích tế bào (CPE) CDV tạo tế bào A72/cSLAM (A) với nhiều thể hợp bào (mũi tên) tế bào đối chứng âm (B) Để xác định toàn bộ gen CDV, chủng CDV/dog/HCM/33/140816 lựa chọn để phân tích sau thực lần tinh virus Kết phân tích cho thấy gen CDV 23 KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXV SỐ - 2018 chủng CDV/dog/HCM/33/140816 có chiều dài 15.690 nucleotid, chứa gen cấu trúc gồm : 3′-N-P-M-F-H-L-5′ Vị trí khung đọc mở (ORF) gen N, P, M, F, H L vị trí nucleotid 108 đến 1,679, 1,081 đến 3,324, 3,432 đến 4,439, 4,935 đến 4,623, 7,079 đến 8,902 9,030 đến 15,584 So sánh mức độ tương đồng toàn gen chủng CDV/ 87 97 Kết phân tích phát sinh dịng cho thấy chủng CDV/dog/HCM/33/140816 có quan hệ gần gũi với chủng CDV từ Trung Quốc Hebei, SY, PS HLJ1-06 (hình 4) SD(14)7 (KP765763.1) SD(14)11 (KP738610.1) 47 CDV-ZC (KJ994343.1) 97 LN(10)1 (KP765764.1) 70 CDV-DR-JL(KJ848781.1) 99 Lounguantai-1 (KP677502.1) PS (JN896331.1) HLJ1-06 (JX681125.1) 98 100 CDV/dog/HCM/33/140816 100 99 Hebei (KC427278.1) 86 SY (KJ466106.1) MKY-KM08(HM852904.1) BJ-01 (KF856711.1) 100 100 CYN07-hV (AB687721.2) 100 CYN07-dV (AB687720.2) 5804 (AY386315.1) 01-2689 (AY649446.1) A75/15 (AF164967) 100 100 164071 (EU716337.1) 100 171391-513 ((KJ123771.1) CDV2784/2013 (F914669.1) 007Lm (AB474397) 50Con (AB476402.1) 100 55L (AB475099.1) 100 100 009L/H(AB490672) 100 011C(AB476401.1) 100 M25CR (AB475097.1) Onderstepoort (AF378705) Snyder Hill (JN896987.1) 100 53 CDV-L (KM926612.1) 100 CDV3 (EU726268.1) 100 Shuskiy (HM063009.1) 100 Phoca/Caspian/2007(HM046486) 70 100 dog/HCM/33/140816 chủng khác Genbank từ 92,4% đến 98,7%, tương đồng cao với chủng Hebei phát Trung Quốc (bảng 2) 100 Asia-1 Europe America-2 Arctic Asia-2 America-1 0.005 Hình Xây dựng phát sinh dịng dựa vào trình tự nucleotid toàn bộ gen CDV virus phân lập (CDV/dog/HCM33/140816) Kết cho thấy có truyền lây qua biên giới Trung Quốc Việt Nam Do dó, ngồi cơng tác kiểm sốt bệnh nguy hiểm khác chó bệnh dại, bệnh Ca-rê cần lưu ý kiểm soát qua biên giới bệnh bắt buột phải kiểm dịch động vật theo qui định 24 IV KẾT LUẬN - Các chủng CDV (5 chủng) phát phân tích tồn gen H, cho thấy thuộc genotyp Asia-1, genotyp Asia-1 genotyp lưu hành chó ni Thành phố Hồ Chí Minh JX681125.1 JN896331.1 AB687721.2 KP765763.1 KJ466106.1 KP677502.1 KP738610.1 KF856711.1 HM852904.1 KP765764.1 AB687720.2 KJ994343.1 KJ848781.1 PS CYN07-hV SD(14)7 SY Lounguantai-1 SD(14)11 BJ-01 MKY-KM08 LN(10)1 CYN07-dV CDV-ZC CDV-DR-JL AB476401.1 AB475099.1 AB475097.1 AB490672 011C 55L M25CR 009L/H 5804 KM926612.1 EU726268.1 HM063009.1 HM046486 CDV-L CDV3 Shuskiy Phoca/Caspian/2007 25 KJ123771.1 171391-513 * NCR: non-coding region EU716337.1 164071 AF164967 AY649446.1 A75/15 01-2689 America-2 AF378705 JN896987.1 Snyder_Hill KF914669.1 Onderstepoort America-1 CDV2784/2013 Arctic AY386315.1 AB490680.1 Europe AB476402.1 50Con 007Lm Asia-2 KC427278.1 Hebei Accession No HLJ1-06 Asia-1 Chủng/genotype Mỹ Mỹ Mỹ Thụy Điển Kazakstan Kazakstan Trung Quốc Trung Quốc Mỹ Mỹ Ý Đức Nhật Bản Nhật Bản Nhật Bản Nhật Bản Nhật Bản Nhật Bản Trung Quốc Trung Quốc Nhật Bản Trung Quốc Trung Quốc Trung Quốc Trung Quốc Trung Quốc Trung Quốc Trung Quốc Nhật Bản Trung Quốc Trung Quốc Trung Quốc Quốc gia Chó/2004 Chó/2004 Raccoon/2004 Ferret/1999 Hải cẩu/2007 Mink/2007 Mink fitchew/1992 Chó/2012 Chó/2001 Chó/2013 Chó/2003 Chó/2010 Chó/2009 Chó/2009 Chó/2009 Chó/2009 Chó/2009 Raccoon dog/2014 Raccoon dog/2013 Khỉ/2008 Fox/2010 Raccoon dog/2008 Khỉ/2006 Raccoon dog/2014 Gấu trúc/2015 Raccoon dog Fox/2014 Khỉ/2008 Chó/2010 Fox/2006 Mink/2008 Lồi/Năm 94.4 99.1 98.1 99.1 98.1 98.1 97.2 97.2 98.1 99.1 94.4 97.2 98.6 97.3 97.7 98.5 97.8 97.7 97.3 97.2 98.0 97.3 96.8 98.0 94.4 94.4 95.2 94.4 95.7 94.4 95.2 96.3 96.3 95.3 96.3 96.3 93.5 89.7 93.5 94.4 94.4 94.4 94.4 94.4 95.9 92.4 92.4 92.4 92.4 92.5 92.4 93.8 95.2 94.1 94.1 94.2 94.1 94.2 94.4 97.2 94.3 98.1 98.2 5’-NCR* 98.7 Bộ gen 95.0 94.9 95.0 94.9 95.7 95.7 95.7 95.7 97.1 98.0 97.9 97.8 93.4 93.5 93.4 93.4 93.7 94.0 95.8 96.1 96.1 96.3 96.6 93.7 93.8 93.7 93.8 93.8 93.6 95.3 96.3 94.9 97.1 95.1 96.1 98.4 98.1 97.7 98.2 97.8 97.6 98.1 98.1 98.8 98.3 97.7 99.1 99.1 98.4 97.3 97.3 97.3 97.4 94.1 94.2 93.8 94.1 94.6 94.2 95.4 96.1 96.1 96.0 96.1 96.1 96.1 96.1 98.6 98.4 98.3 98.9 98.2 98.3 99.0 98.4 98.6 99.0 98.3 99.1 99.1 98.9 M Mức độ tương đồng (%) P 95.7 98.6 97.6 98.0 98.5 97.6 98.0 98.3 97.8 99.0 98.3 98.0 99.4 98.9 99.1 N 93.6 93.8 93.6 94.2 90.9 91.0 90.9 90.9 90.7 90.8 92.2 93.9 92.1 92.2 92.2 92.2 92.2 92.6 97.2 94.8 96.6 97.3 96.3 96.6 97.0 97.4 97.8 96.8 96.6 98.2 98.3 98.5 F 94.4 94.7 93.4 95.2 91.1 91.1 91.2 91.2 91.1 91.4 92.8 95.0 92.4 92.5 92.4 92.5 92.5 92.5 97.9 97.0 97.2 97.7 97.1 97.1 97.1 97.4 98.7 97.2 97.2 98.7 98.8 98.9 H 95.6 96.3 95.8 96.3 93.5 93.5 93.4 93.5 93.5 93.5 94.6 95.5 95.0 94.9 95.0 94.9 95.0 95.0 98.2 97.1 97.5 98.2 97.4 97.4 98.0 98.1 98.7 98.1 97.5 98.6 97.6 98.7 L Bảng So sánh mức độ tương đồng nucleotid chủng CDV/dog/HCM/140816 với chủng CDV khác 93.4 93.4 92.5 93.4 86.8 86.8 86.8 86.8 86.8 88.7 86.8 88.7 90.6 90.6 90.6 90.6 93.4 90.6 94.3 95.3 94.3 96.2 92.5 94.3 94.3 94.3 99.1 94.3 94.3 92.5 99.1 99.1 3’-NCR* KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXV SỐ - 2018 KHOA HỌC KỸ THUẬT THÚ Y TẬP XXV SỐ - 2018 - Hai chủng CDV chó ni Thành phố Hồ Chí Minh phân lập thành cơng, chủng giải trình tự tồn bộ gen Các chủng chủng tiềm cho nghiên cứu sản xuất vacxin - Phân tích đặc tính di truyền chủng phát (dựa gen H) chủng phân lập (toàn bộ gen) cho thấy có tương đồng cao với chủng phân lập từ Trung Quốc, có truyền lây virus qua lại chó Việt Nam Trung Quốc TÀI LIỆU THAM KHẢO Appel, M J., Yates, R A., Foley, G L., Bernstein, J J., Santinelli, S., Spelman, L H., Miller, L D., Arp, L H., Anderson, M., Barr, M., Susan, K P and Brian, S A 1994 Canine distemper epizootic in lions, tigers, and leopards in North America J Vet Diagn Invest 6: 277-288 Demeter, Z., Lakatos, B., Palade, A E., Kozma, T., Forgách, P and Rusvai, M 2007 Genetic diversity of Hungarian canine distemper virus strains Vet Microbiol 122: 258-269 Gámiz, C., Martella, V., Ulloa, R., Fajardo, R., Hernandéz, I Q and Martínez, S 2011 Identification of a new genotype of canine distemper virus circulating in America Vet Res Commun 35: 381-390 Kameo, Y., Nagao, Y., Nishio, Y., Shimoda, 26 H., Nakano, H., Suzuki, K., Une, Y., Sato, H., Shimojia, M and Maeda, K 2012 Epizootic canine distemper virus infection among wild mammals Vet Microbiol 154: 222-229 Lan, N T., Yamaguchi, R., Kien, T T., Hirai, T., Hidaka, Y and Nam, N H 2009 First isolation and characterization of canine distemper virus in Viet Nam with the immunohistochemical examination of the dog J Vet Med Sci 71: 155-162 Mochizuki, M., Hashimoto, M., Hagiwara, S., Yoshida, Y and Ishiguro, S S 1999 Genotypes of canine distemper virus determined by analysis of the hemagglutinin genes of recent isolates from dogs in Japan J Clin Microbiol 37: 2936-2942 Nakano, H., Kameo, Y., Andoh, K., Ohno, Y., Mochizuki, M and Maeda, K 2009 Establishment of canine and feline cells expressing canine signaling lymphocyte activation molecule for canine distemper virus study Vet Microbiol 133: 179-183 Qiu, W., Zheng, Y., Zhang, S., Fan, Q., Liu, H., Zhang, F., Wang, W., Liao, G and Hu, R 2011 Canine distemper outbreak in Rhesus Monkeys, China Emerg Infect Dis 17: 1541-1543 Ngày nhận 15-1-2018 Ngày phản biện 20-2-2018 Ngày đăng 1-6-2018 ... phân lập từ chó tiêu chảy phân tích đặc tính di truyền II NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Nội dung nghiên cứu - Xác định genotyp CDV gây bệnh chó ni dựa vào việc phân tích tồn... 2018 - Hai chủng CDV chó ni Thành phố Hồ Chí Minh phân lập thành cơng, chủng giải trình tự tồn bộ gen Các chủng chủng tiềm cho nghiên cứu sản xuất vacxin - Phân tích đặc tính di truyền chủng phát... Quốc Quốc gia Chó/ 2004 Chó/ 2004 Raccoon/2004 Ferret/1999 Hải cẩu/2007 Mink/2007 Mink fitchew/1992 Chó/ 2012 Chó/ 2001 Chó/ 2013 Chó/ 2003 Chó/ 2010 Chó/ 2009 Chó/ 2009 Chó/ 2009 Chó/ 2009 Chó/ 2009 Raccoon