Sàng lọc và xác định vi khuẩn Acinetobacter baumannii kháng carbapenem ở các bệnh nhân điều trị tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2017 : Luận văn ThS. Sinh học: 84201

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - NGUYỄN THỊ TƢƠI SÀNG LỌC VÀ XÁC ĐỊNH VI KHUẨN Acinetobacter baumannii KHÁNG CARBAPENEM Ở CÁC BỆNH NHÂN ĐIỀU TRỊ TẠI BỆNH VIỆN BỆNH NHIỆT ĐỚI TRUNG ƢƠNG NĂM 2017 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội – 2018 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - NGUYỄN THỊ TƢƠI SÀNG LỌC VÀ XÁC ĐỊNH VI KHUẨN Acinetobacter baumannii KHÁNG CARBAPENEM Ở CÁC BỆNH NHÂN ĐIỀU TRỊ TẠI BỆNH VIỆN BỆNH NHIỆT ĐỚI TRUNG ƢƠNG NĂM 2017 Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 8420101.07 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS LÊ THỊ HỘI PGS.TS BÙI THỊ VIỆT HÀ Hà Nội - 2018 LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận văn này, em nhận nhiều giúp đỡ thầy giáo, đồng nghiệp, bạn bè gia đình Em xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới: TS Lê Thị Hội, Khoa Xét Nghiệm, Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới Trung Ương PGS TS Bùi Thị Việt Hà, Bộ môn Vi sinh vật học, Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên – Đại học Quốc Gia Hà Nội Hai cô trực tiếp hướng dẫn, bảo tận tình cho em suốt trình học tập cho em nhiều ý kiến q báu tồn q trình thực đề tài nghiên cứu để hoàn thành luận văn PGS TS Nguyễn Vũ Trung, Phó Giám đốc, Trưởng khoa Xét Nghiệm – Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương tạo điều kiện, giúp đỡ em trình học tập thực đề tài Em xin bày tỏ lòng biết ơn trân trọng tới: Ban Giám hiệu, Phịng Đào tạo Sau Đại học, Bộ mơn Vi sinh vật học Trường Đại học Khoa học Tự nhiên – Đại học Quốc Gia Hà Nội, tạo điều kiện cho em trình học tập thực luận văn Ban Giám đốc, Khoa Xét Nghiệm, Khoa Hồi sức tích cực phịng ban Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới Trung ương tạo điều kiện giúp đỡ em trình học tập thực đề tài Em xin gửi lời cảm ơn tới bạn bè, đồng nghiệp động viên, cổ vũ, giúp đỡ em nhiều trình học tập Em xin dành tất tình cảm yêu quý biết ơn tới người thân gia đình em, người hết lịng em sống học tập Hà Nội, ngày 20 tháng 12 năm 2018 Học viên Nguyễn Thị Tươi MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 Nhiễm khuẩn bệnh viện yếu tố nguy gây NKBV 1.1.1 Khái niệm nhiễm khuẩn bệnh viện 1.1.2 Các nguyên gây nhiễm khuẩn bệnh viện 1.1.3 Các yếu tố nguy gây nhiễm khuẩn bệnh viện .5 1.2 Đặc điểm vi sinh học vi khuẩn A baumannii 1.2.1 Đặc điểm chung .8 1.2.2 Tính chất sinh vật hóa học 1.3 Nguồn lây đƣờng lây 11 1.3.1 Nguồn lây 11 1.3.2 Đường lây 12 1.4 Cơ chế kháng kháng sinh vi khuẩn A baumannii 12 1.4.1 Dịch tễ học kháng kháng sinh A baumannii 12 1.4.2 Cơ chế kháng kháng sinh A baumannii 13 1.4.3 Đặc điểm chung gen kháng nhóm carbapenem 13 1.4.4 Tình hình nhiễm trùng Acinetobacter baumannii 15 1.5 Tình hình nghiên cứu vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem giới Việt Nam 16 1.5.1 Việt Nam 16 1.5.2 Trên giới 18 1.6 Phƣơng pháp xác định vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem 19 1.6.1 Phương pháp nuôi cấy, phân lập vi khuẩn .19 1.6.2 Các phương pháp xác định vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem 19 CHƢƠNG 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23 2.1 Đối tƣợng nghiên cứu .23 2.1.1 Tiêu chuẩn lựa chọn bệnh nhân, mẫu bệnh phẩm 23 2.1.2 Tiêu chuẩn loại trừ 23 2.2 Địa điểm thời gian nghiên cứu 23 2.2.1 Địa điểm nghiên cứu .23 2.2.2 Thời gian nghiên cứu 23 2.3 Vật liệu nghiên cứu 23 2.3.1 Trang thiết bị, dụng cụ 23 2.3.2 Hóa chất 23 2.3.3 Môi trường 24 2.4 Phƣơng pháp nghiên cứu .25 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu 25 2.4.2 Cỡ mẫu 25 2.4.3 Các kỹ thuật nghiên cứu 25 2.5 Các tiêu nghiên cứu 33 2.5.1 Các tiêu đánh giá cho mục tiêu nghiên cứu 33 2.5.2 Các tiêu đánh giá cho mục tiêu nghiên cứu 33 2.6 Phƣơng pháp xử lý số liệu .33 2.7 Đạo đức nghiên cứu 34 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 36 3.1 Tỷ lệ bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem khoa Hồi sức tích cực Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ƣơng sử dụng môi trƣờng chọn lọc CHROMagarTMmSuperCARBATM 36 3.1.1 Tỷ lệ bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem 36 3.1.2 Số lượng bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem thời điểm 40 3.1.3 Tỷ lệ bệnh nhân mang loại vi khuẩn khác kháng carbapenem thời điểm 41 3.1.4 Tỷ lệ bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem theo độ tuổi 43 3.1.5 Tỷ lệ bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem theo giới tính .44 3.1.6 Tỷ lệ bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem theo nơi chuyển bệnh .45 3.2 Tỷ lệ bệnh phẩm mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem 47 3.2.1 Tỷ lệ bệnh phẩm mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem phân lập thời điểm 47 3.2.2 Tỷ lệ bệnh phẩm mang loại vi khuẩn khác kháng carbapenem phân lập thời điểm 50 3.2.3 Sự phân bố loại vi khuẩn kháng carbapenem mẫu bệnh phẩm51 KẾT LUẬN 53 KIẾN NGHỊ .54 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Giải thích A baumannii Acinetobacter baumannii ACN Acetonitrile ATCC American Type Culture Collection (Chủng chuẩn Hoa Kỳ) BTS Bacterial Test Standard (Chất chuẩn cho định danh vi khuẩn) BV Bệnh viện CDC Centers for Disease Control (Trung tâm Kiểm soát Phòng ngừa bệnh tật) CLSI Clinical and Laboratory Standards Institute (Viện tiêu chuẩn lâm sàng xét nghiệm) ESBL Extended-spectrum beta-lactamase (enzyme beta-lactamase phổ rộng) EUCAST European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (Ủy ban Châu Âu thử nghiệm nhạy cảm kháng sinh) HSTC Hồi sức tích cực KKS Kháng kháng sinh KS Kháng sinh MDRO Multidrug-resistant organisms (Vi khuẩn đa kháng thuốc) NKBV Nhiễm khuẩn bệnh viện TFA Trifluoracetic acid VK Vi khuẩn WHO World Health Organization (Tổ chức Y tế giới) DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1: Tỷ lệ bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem 36 Bảng 3.2: Sự phân bố 58 bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem 39 Bảng 3.3: Tỷ lệ bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem theo độ tuổi .43 Bảng 3.4: Bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem theo nơi chuyển bệnh .45 Bảng 3.5: Sự phân bố 75 mẫu bệnh phẩm mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem có mẫu bệnh phẩm 49 DANH MỤC HÌNH Hình 2.1: Kiểu khuẩn lạc đặc trƣng loại vi khuẩn 26 Hình 2.2: Các bƣớc ni cấy, phân lập vi khuẩn từ bệnh phẩm 28 ngoáy trực tràng/phân 28 Hình 2.3: Hóa chất định danh MALDI-TOF .29 Hình 2.4: Hóa chất chuẩn - BTS 29 Hình 2.5: Hệ thống máy định danh MALDI-TOF .30 Hình 2.6: Sơ đồ định danh máy MALDI-TOF 31 Hình 3.1: Bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem 38 Hình 3.2: Số lƣợng bệnh nhân mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem thời điểm 40 Hình 3.3: Số lƣợng bệnh nhân mang loại vi khuẩn khác kháng 41 Hình 3.4: Sự phân bố vi khuẩn kháng carbapenem 185 bệnh nhân 42 Hình 3.5: Tỷ lệ bệnh nhân mang A baumannii kháng carbapenem theo giới tính 44 Hình 3.6: Tỷ lệ bệnh phẩm mang vi khuẩn A baumannii kháng carbapenem đƣợc phân lập thời điểm .47 Hình 3.7: Số lƣợng bệnh phẩm mang vi khuẩn khác kháng carbapenem .50 Hình 3.8: Sự phân bố loại vi khuẩn kháng carbapenem bệnh phẩm 51 MỞ ĐẦU Nhiễm khuẩn bệnh viện (NKBV) thách thức mối quan tâm hàng đầu Việt Nam tồn giới, nhiễm khuẩn mắc phải thời gian người bệnh nằm viện Nhiều nghiên cứu cho thấy, NKBV làm tăng tỉ lệ tử vong, kéo dài thời gian nằm viện, tăng việc sử dụng kháng sinh (KS), tăng đề kháng kháng sinh (KKS) chi phí điều trị [43, 50, 55] Trên giới, nhiều chủng vi khuẩn (VK) gây bệnh trở nên ngày kháng thuốc KS Các KS ―thế hệ một‖ gần không lựa chọn nhiều trường hợp Các KS hệ mới, đắt tiền, chí số KS thuộc nhóm ―lựa chọn cuối cùng‖ dần hiệu lực Hầu hết chủng VK gây bệnh kháng lại nhiều loại KS [112] Một số nghiên cứu 70% chủng VK gây bệnh bệnh viện kháng lại loại KS thường dùng điều trị Đặc biệt, số chủng VK E coli, K pneumoniae, P aeruginosa, A baumannii kháng lại hầu hết loại KS bao gồm KS mạnh cephalosporin carbapenem [41, 63, 67, 89] Vi khuẩn A baumannii coi nguyên gây bệnh quan trọng gây NKBV chủ yếu, đặc biệt khoa hồi sức tích cực (HSTC) [29, 43, 70] Theo Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) A baumannii kháng carbapenem nguyên xếp số nhóm VK đa kháng thuốc nguy hiểm gây tử vong cao [87] A baumannii kháng carbapenem phát lần vào đầu năm 1990 [70] Hơn nữa, A baumannii nguyên NKBV hàng đầu nay, đặc biệt khoa HSTC, bệnh nhân nặng, suy giảm miễn dịch, có nhiều thủ thuật xâm lấn thở máy, đặt catheter mạch máu, đặt thông tiểu, phẫu thuật, bỏng Theo nghiên cứu Đức, năm 2013 cho thấy 25% chủng vi khuẩn A baumannii phân lập từ mẫu bệnh phẩm bệnh nhân khoa HSTC không nhạy cảm với imipenem [116] Nhiễm khuẩn A baumannii chiếm 91% bệnh nhân nằm khoa HSTC, 99% có đặt catheter lịng mạch, 70% có thở máy 47% có phẫu thuật [100] Tại khu vực châu Á, tình trạng nhiễm khuẩn huyết A baumannii báo cáo số nước Ấn Độ, Thái Lan, 41 Dongeun Yong, Mark A Toleman, Christian G Giske, Hyun S Cho, Kristina Sundman, Kyungwon Lee, Timothy R Walsh (2009), "Characterization of a New Metallo-β-Lactamase Gene, blaNDM-1, and a Novel Erythromycin Esterase Gene Carried on a Unique Genetic Structure in Klebsiella pneumoniae Sequence Type 14 from India", Antimicrobial agents and chemotherapy, 53 (12), pp 5046-5054 42 EARS-Net (2014), Annual epidemiological report: Antimicrobial resistance and healthcare-associated infections 43 Eric J McGrath, Teena Chopra, Nahed Abdel-Haq, Katherine Preney (2015), "An Outbreak of Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii Infection in a Neonatal Intensive Care Unit: Investigation and Control", Infection Control & Hospital Epidemiology, 32 (1), pp 34-41 44 EUCAST (2012), "Breakpoint Tables for Interpretation of MICs ans Zone Diamters", The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing 45 Federico Perez, Andrea M Hujer, Kristine M Hujer, Brooke K Decker, Philip N Rather, Robert A Bonomo (2007), "Global Challenge of Multidrug-Resistant Acinetobacter baumannii", Antimicrobial agents and chemotherapy, 51 (10), pp 3471-3484 46 Francisco Higuera, Manuel Sigfrido Rangel-Frausto, Victor Daniel Rosenthal, Jose Martinez Soto (2007), "Attributable Cost and Length of Stay for Patients With Central Venous Catheter—Associated Bloodstream Infection in Mexico City Intensive Care Units A Prospective, Matched Analysis", Infection Control & Hospital Epidemiology, 28 (1), pp 31-35 47 Gerischer Ulrike (2008), Acinetobacter molecular biology 48 Harald Seifert, Hilmar Wisplinghoff (2008), "Molecular Epidemiology of Acinetobacter Species", pp 61-83 49 Hassan AhmedKhan, AftabAhmad, RiffatMehboob (2015), "Nosocomial infections and their control strategies", Asian pacific journal of tropical biomedicine, (7), pp 509-514 50 Hee Young Yang, Hee Joo Lee, Jin Tae Suh, and Kyeong Min Lee (2009), "Outbreaks of Imipenem Resistant Acinetobacter baumannii producing OXA-23 β-lactamase in a Tertiary Care Hospital in Korea", Yonsei medical journal, 50 (6), pp 764-770 51 Hellen Gelband, Molly Miller, Petrie, Suraj Pant, Sumanth Gandra, Jordan Levinson, Devra Barter, Andrea White and Ramanan Laxminarayan (2015), "The state of the world's antibiotics 2015", Wound Healing Southern Africa, (2), pp 30-34 52 Hilmar Wisplinghoff, Michael B Edmond, Michael A Pfaller, Ronald N Jones, Richard P Wenzel, Harald Seifert (2000), "Nosocomial Bloodstream Infections Caused by Acinetobacter Species in United States Hospitals: Clinical Features, Molecular Epidemiology, and Antimicrobial Susceptibility", Clinical infectious diseases, 31 (3), pp 690-697 53 Rohini J Manuel, Gee Yen Shin, N.Farrag, Richard Holliman (2003), "Endemic carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii in a London hospital", Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 52 (1), pp 141-142 54 Ines Zollner-Schwetz, Elisabeth Zechner, Elisabeth Ullrich, Josefa Luxner, Christian Pux, Gerald Pichler, Walter Schippinger, Robert Krause and Eva Leitner (2017), "Colonization of long term care facility patients with MDRGram-negatives during an Acinetobacter baumannii outbreak", Antimicrobial Resistance & Infection Control, (1), pp 49 55 J F Turton, S N Gabriel, C Valderrey, M E Kaufmann, T L Pitt (2007), "Use of sequence‐ based typing and multiplex PCR to identify clonal lineages of outbreak strains of Acinetobacter baumannii", Clinical microbiology and infection, 13 (8), pp 807-815 56 J.H.S You, T.C.P Chow, A.W.C Yeung, N Lee, M Ip (2010), "Acinetobacter baumannii bacteraemia in Hong Kong", Journal of Hospital Infection, 75 (1), pp 81 57 Juan J.Picazo, AdelaÁlvarez-Buylla, EstherCulebras (2012), "Identification of Acinetobacter species: Is Bruker biotyper MALDI-TOF mass spectrometry a good alternative to molecular techniques?", Infection, Genetics and Evolution, 12 (2), pp 345-349 58 Jean-Christophe Lucet, Despoina Koulenti, Jean-Ralph Zahar (2014), "Persistence of colonisation with MDRO following discharge from the ICU", Springer, 40 (Issue), pp 603-605 59 Jennifer A Gaddy, Andrew P Tomaras, Luis A Actis (2009), "The Acinetobacter baumannii 19606 OmpA protein plays a role in biofilm formation on abiotic surfaces and in the interaction of this pathogen with eukaryotic cells", Infection and immunity, 77 (8), pp 3150-3160 60 Johann D D Pitout, Nancy D Hanson, Deirdre L Church, Kevin B Laupland (2004), "Population-Based Laboratory Surveillance for Escherichia coli– Producing Extended-Spectrum β-Lactamases: Importance of Community Isolates with blaCTX-M Genes", Clinical infectious diseases, 38 (12), pp 17361741 61 José-Luis García-Garmendia, Carlos Ortiz-Leyba, José Garnacho-Montero, Francisco-Javier Jiménez-Jiménez, Carmen Pérez-Paredes, Ana E BarreroAlmodóvar, Miguel Gili Miner (2001), "Risk factors for Acinetobacter baumannii nosocomial bacteremia in critically ill patients: a cohort study", Clinical infectious diseases, 33 (7), pp 939-946 62 Julia S.GarnerR.N., M.N., William R.JarvisM.D., T.GraceEmoriR.N., M.S.Teresa C.HoranM.P.H., CIC, James M.Hughes M.D (1988), "CDC definitions for nosocomial infections, 1988", American journal of infection control, 16 (3), pp 128-140 63 K F Anderson, D R Lonsway, J K Rasheed, J Biddle, B Jensen, L K McDougal, R B Carey, A Thompson, S Stocker, B Limbago, J B Patel (2007), "Evaluation of methods to identify the Klebsiella pneumoniae carbapenemase in Enterobacteriaceae", Journal of clinical microbiology, 45 (8), pp 2723-2725 64 K Prashanth, T Vasanth, R Saranathan, Abhijith R Makki and Sudhakar Pagal (2012), "Antibiotic Resistance, Biofilms and Quorum Sensing in Acinetobacter Species", pp 180-212 65 Karah Nabil (2011), "Identification, molecular epidemiology, and antibiotic resistance characterization of Acinetobacter spp clinical isolates", University Hospital of North Norway 66 Kari A Brossard, Anthony A Campagnari (2012), "The Acinetobacter baumannii biofilm-associated protein plays a role in adherence to human epithelial cells", Infection and immunity, 80 (1), pp 228-233 67 Karthikeyan KKumarasamy, Mark AToleman, ProfTimothy RWalsh (2010), "Emergence of a new antibiotic resistance mechanism in India, Pakistan, and the UK: a molecular, biological, and epidemiological study", The Lancet infectious diseases, 10 (9), pp 597-602 68 L Silvia Munoz-Price, and Robert A Weinstein (2008), "Acinetobacter infection", New England Journal of Medicine, 358 (12), pp 1271-1281 69 Lemuel L Dent, Dana R Marshall, Siddharth Pratap, Robert B Hulette (2010), "Multidrug resistant Acinetobacter baumannii: a descriptive study in a city hospital", BMC infectious diseases, 10 (1), pp 196 70 Lenie Dijkshoorn, Alexandr Nemec, Harald Seifert (2007), "An increasing threat in hospitals: multidrug-resistant Acinetobacter baumannii", Nature reviews microbiology, (12), pp 939 71 M Batchelor, K Hopkins, E J Threlfall, F A Clifton-Hadley, A D Stallwood, R H Davies, E Liebana (2005), "blaCTX-M genes in clinical Salmonella isolates recovered from humans in England and Wales from 1992 to 2003", Antimicrobial agents and chemotherapy, 49 (4), pp 1319-1322 72 M Marí-Almirall, C Cosgaya, P.G Higgins, A Van Assche, M Telli, G Huys, B Lievens, H Seifert, L Dijkshoorn, I Roca, Jordi Vila (2017), "MALDITOF/MS identification of species from the Acinetobacter baumannii (Ab) group revisited: inclusion of the novel A seifertii and A dijkshoorniae species", Clinical microbiology and infection, 23 (3), pp 210 e1-210 e9 73 M.E Falagas, E A Karveli, I Kelesidis, T Kelesidis (2007), "Communityacquired Acinetobacter infections", European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 26 (12), pp 857-868 74 M.E.A.de Kraker, V.Jarlier, J.C.M.Monen, O.E.Heuer, N.van de Sande, H.Grundmann (2013), "The changing epidemiology of bacteraemias in Europe: trends from the European Antimicrobial Resistance Surveillance System", Clinical microbiology and infection, 19 (9), pp 860-868 75 Maida Sisirak, Mirsada Hukić (2012), "Acinetobacter baumannii as a cause of sepsis", Med Glas, (2), pp 311-316 76 Marie Kempf, Jean-Marc Rolain, Georges Diatta, Saïd Azza, Bissoum Samb, Oleg Mediannikov, Amy Gassama Sow, Seydina M Diene, Florence Fenollar, Didier Raoult (2012), "Carbapenem resistance and Acinetobacter baumannii in Senegal: the paradigm of a common phenomenon in natural reservoirs", PLoS One, (6), pp e39495 77 Maryam Pourhajibagher, Farhad B Hashemi, Babak Pourakbari, Masoud Aziemzadeh, and Abbas Bahador (2016), "Antimicrobial Resistance of Acinetobacter baumannii to Imipenem in Iran: A Systematic Review and MetaAnalysis", The open microbiology journal, 10 pp 32-42 78 Meryem Berrazeg, Seydina M Diene, Mourad Drissi, Marie Kempf, Hervé Richet, Luce Landraud, Jean-Marc Rolain (2013), "Biotyping of MultidrugResistant Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates from France and Algeria Using MALDI-TOF MS", PLoS One, (4), pp e61428 79 Michael J Richards, Jonathan R Edwards, David H Culver, Robert P Gaynes (1999), "Nosocomial Infections in Pediatric Intensive Care Units in the United States", Pediatrics, 103 (4), pp 39 80 Musa, Matea (2017), Mechanisms of antimicrobial resistance in bacteria 81 N C Gordon, J R Price, K Cole, R Everitt, M Morgan, J Finney, A M Kearns, B Pichon, B Young, D J Wilson, M J Llewelyn, J Paul, T E A Peto, D W Crook, A S Walker, T Golubchik (2014), "Prediction of Staphylococcus aureus antimicrobial resistance from whole sequencing", Journal of clinical microbiology, pp JCM 03117-13 genome 82 Naomi P O'Grady, Mary Alexander, Lillian A Burns, E Patchen Dellinger, Jeffrey Garland, Stephen O Heard, Pamela A Lipsett, Henry Masur, Leonard A Mermel (2011), "Guidelines for the Prevention of Intravascular Catheterrelated Infections", Clinical infectious diseases, 52 (9), pp 162-193 83 Neelja Singhal, Manish Kumar, Pawan K Kanaujia, and Jugsharan S Virdi (2015), "MALDI-TOF mass spectrometry: an emerging technology for microbial identification and diagnosis", Microbiology, pp 791 84 Nemec, Alexandr (2009), "Antimicrobial resistance and clonality in Acinetobacter baumannii" 85 World Health Organization (2011), Report on the Burden of Endemic Health Care-Associated Infection Worldwide 86 World Health Organization (2014), Antimicrobial Resistance: Global Report on Surveillance 87 World Health Organization (2017), "WHO publishes list of bacteria for which new antibiotics are urgently needed https://www.who.int/news-room/detail/2702-2017-who-publishes-list-of-bacteria-for-which-new-antibiotics-are-urgentlyneeded", News Release GENEVA, 88 Pak-Leung Ho, Vincent Chi-Chung Cheng, Chung-Ming Chu (2009), "Antibiotic resistance in community-acquired pneumonia caused by Streptococcus pneumoniae, methicillin-resistant Staphylococcus aureus, and Acinetobacter baumannii", Chest, 136 (4), pp 1119-1127 89 Patrice Nordmann, Laurent Dortet, Laurent Poirel (2012), "Carbapenem resistance in Enterobacteriaceae: here is the storm!", Trends in molecular medicine, 18 (5), pp 263-272 90 Pauline D Mugnier, Laurent Poirel, Thierry Naas, and Patrice Nordmann (2010), "Worldwide Dissemination of the blaOXA-23 Carbapenemase Gene of Acinetobacter baumannii", PMC Emerging Infectious Diseases, 16 (1), pp 3540 91 Pierre Edouard Fournier, Hervé Richet, Robert A Weinstein (2006), "The Epidemiology and Control of Acinetobacter baumannii in Health Care Facilities", Clinical infectious diseases, 42 (5), pp 692-699 92 Po-Ren Hsueh, Lu-Cheng Kuo, Tsung-Chain Chang, Tai-Fen Lee, Shih-Hua Teng, Yu-Chung Chuang, Lee-Jene Teng, Wang-Huei Sheng (2014), "Evaluation of the Bruker Biotyper Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry System for Identification of Blood Isolates of Acinetobacter Species", Journal of clinical microbiology, 52 (8), pp 3095-3100 93 Qiaojuan Hu, Zhidong Hu, Jing Li, Bin Tian, Hairu Xu, Jin Li (2011), "Detection of OXA‐ type carbapenemases and integrons among carbapenem‐ resistant Acinetobactor baumannii in a Teaching Hospital in China", Journal of basic microbiology, 51 (5), pp 467-472 94 R Monina Klevens, Jonathan R Edwards, Chesley L Richards, Jr (2007), "Estimating health care-associated infections and deaths in US hospitals, 2002", Public health reports, 122 (2), pp 160-166 95 Reem Aljindan, Huda Bukharie, Amer Alomar, Baha Abdalhamid (2015), "Prevalence of digestive tract colonization of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii in hospitals in Saudi Arabia", Journal of medical microbiology, 64 (4), pp 400-406 96 Robert A Weinstein, Robert Gaynes, Jonathan R Edwards (2005), "Overview of Nosocomial Infections Caused by Gram-Negative Bacilli", Clinical infectious diseases, 41 (6), pp 848-854 97 Sang-Oh Lee, Nam Joong Kim, Sang-Ho Choi, Tae Hyong Kim, Jin-Won Chung, Jun-Hee Woo, Jiso Ryu, Yang Soo Kim (2004), "Risk factors for acquisition of imipenem-resistant Acinetobacter baumannii: a case-control study", Antimicrobial agents and chemotherapy, 48 (1), pp 224-228 98 Sara Marti, Javier Sánchez-Céspedes, M Dolores Blasco, Marc Ruiz, Paula Espinal, Verónica Alba, Felipe Fernández-Cuenca, Alvaro Pascual, Jordi Vila (2008), "Characterization of the Carbapenem-Hydrolyzing Oxacillinase Oxa-58 in an Acinetobacter Genospecies Clinical Isolate", Antimicrobial agents and chemotherapy, 52 (8), pp 2955-2958 99 Sarah S.Tang, Anucha Apisarnthanarak, Li Yang Hsu (2014), "Mechanisms of β-lactam antimicrobial resistance and epidemiology of major community- and healthcare-associated multidrug-resistant bacteria", PubMed, 78 pp 3-13 100 Seifert H, Strate A, Pulverer G (1995), "Nosocomial bacteremia due to Acinetobacter baumannii Clinical features, epidemiology, and predictors of mortality", Medicine, 74 (6), pp 340-349 101 SergioGarcía-Fernández, MartaHernández-García, AránzazuValverde, PatriciaRuiz-Garbajosa, María IsabelMorosini, RafaelCantón (2017), "CHROMagar mSuperCARBA performance in carbapenem-resistant Enterobacteriaceae isolates characterized at molecular level and routine surveillance rectal swab specimens", Diagnostic microbiology and infectious disease, 87 (3), pp 207-209 102 Shu-Chen Kuo, Shan-Chwen Chang, Hui-Ying Wang, Jui-Fen Lai, Pei-Chen Chen, Yih-Ru Shiau, I-Wen Huang, Tsai-Ling Yang Lauderdale (2012), "Emergence of extensively drug-resistant Acinetobacter baumannii complex over 10 years: nationwide data from the Taiwan Surveillance of Antimicrobial Resistance (TSAR) program", BMC infectious diseases, 12 (1), pp 200 103 Suetens C, Savey A, Labeeuw J, Morales I (2002), "The ICU-HELICS programme: towards European surveillance of hospital-acquired infections in intensive care units.", Euro surveillance: bulletin Europeen sur les maladies transmissibles= European communicable disease bulletin, (9), pp 127-128 104 Owatha L Tatum, Callie Camp (2010), "A review of Acinetobacter baumannii as a highly successful pathogen in times of war", Laboratory Medicine, 41 (11), pp 649-657 105 Robert P Gaynes, Teresa C Horan, William J Martone, William R Jarvis and T Grace Emori (2015), "CDC definitions of nosocomial surgical site infections, 1992: a modification of CDC definitions of surgical wound infections", Infection Control & Hospital Epidemiology, 13 (10), pp 606-608 106 Towner KJ, E Bergogne-Bérézin (1996), "Acinetobacter spp as nosocomial pathogens: microbiological, clinical, and epidemiological features", Clinical microbiology reviews, (2), pp 148 107 Thamarai Schneiders, Jacqueline Findlay, Sebastian G.B Amyes (2008), "Efflux Pumps in Acinetobacter baumannii", pp 105-127 108 Tran Huy Hoang, Heiman Wertheim, Nguyen Binh Minh, Tran Nhu Duong, Dang Duc Anh, Tran Thi Lan Phuong, Trinh Hong Son, Hidemasa Izumiya, Makoto Ohnishi, Keigo Shibayama, Nguyen Tran Hien (2013), "Carbapenemresistant Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae strains containing New Delhi metallo-beta-lactamase isolated from two patients in Vietnam", Journal of clinical microbiology, 51 (1), pp 373-374 109 Tran Huy Hoang, S Ehsani, K Shibayama, M Matsui, S Suzuki, M B Nguyen, D N Tran, V P Tran, D L Tran, H T Nguyen, D A Dang, H S Trinh, T H Nguyen, H F L Wertheim (2015), "Common isolation of New Delhi metallo-beta-lactamase 1-producing Enterobacteriaceae in a large surgical hospital in Vietnam", European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 34 (6), pp 1247-1254 110 Vu Dinh Phu, Van Dinh Trang, Nguyen Vu Trung, Pham Van Ca, Nguyen Van Kinh, Heiman Wertheim (2014), "Antibiotic susceptibility and molecular epidemiology of Acinetobacter calcoaceticus–baumannii complex strains isolated from a referral hospital in northern Vietnam", Journal of global antimicrobial resistance, (4), pp 318-321 111 Vu Dinh Phu, Heiman F L Wertheim, Mattias Larsson, Behzad Nadjm, Lennart E Nilsson (2016), "Burden of Hospital Acquired Infections and Antimicrobial Use in Vietnamese Adult Intensive Care Units", PLoS One, 11 (1), pp e0147544 112 Walsh Christopher (2003), "Antibiotics: actions, origins, resistance", 113 Wang-Huei Sheng, Chun-Hsing Liao, Tsai-Ling Lauderdale, Wen-Chien Ko, Yao-Shen Chen, Jien-Wei Liu, Yeu-Jun Lau, Lih-Shinn Wang, Ke-Sun Liu, Tung-Yuan Tsai, San-Yi Lin, Meng-Shiuan Hsu, Le-Yin Hsu, Shan-Chwen Chang (2010), "A multicenter study of risk factors and outcome of hospitalized patients with infections due to carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii", International Journal of Infectious Diseases, 14 (9), pp e764-e769 114 WHO/CDS/CSR/EPH (2002), "Prevention of hospital-acquired infections: a practical guide http://www.who.int/emc ", 2nd edition 115 WHO/CDS/CSR/EPH (2002), "Prevention of hospital-acquired infections: a practical guide http://www.who.int/emc ", 2nd edition 116 X.Schleicher, P.G.Higgins, H.Wisplinghoff, B.Körber-Irrgang, M.Kresken, H.Seifert (2013), "Molecular epidemiology of Acinetobacter baumannii and Acinetobacter nosocomialis in Germany over a 5-year period (2005–2009)", Clinical microbiology and infection, 19 (8), pp 737-742 117 Xavier Corbella, Abelardo Montero, Miquel Pujol, M Angeles Domínguez, Josefina Ayats, M José Argerich, Frederic Garrigosa, Javier Ariza, Francesc Gudiol (2000), "Emergence and Rapid Spread of Carbapenem Resistance during a Large and Sustained Hospital Outbreak of Multiresistant Acinetobacter baumannii", Journal of clinical microbiology, 38 (11), pp 4086-4095 118 Y Siegman-Igra, S Bar-Yosef, A Gorea J Avram (1993), "Nosocomial Acinetobacter Meningitis Secondary to Invasive Procedures: Report of 25 Cases and Review", Clinical infectious diseases, 17 (5), pp 843-849 119 Yangsoon Lee, Jong Hwa Yum, Chang-Ki Kim, Dongeun Yong, Eun Hee Jeon, Seok Hoon Jeong, Jee Young Ahn and Kyungwon Lee (2010), "Role of OXA23 and AdeABC Efflux Pump for Acquiring Carbapenem Resistance in an Acinetobacter baumannii Strain Carrying the blaOXA-66 Gene", Annals of Clinical & Laboratory Science, 40 (1), pp 43-48 120 Yu-Chen Tseng, Jann-Tay Wang, Fe-Lin Lin Wu, Yee-Chun Chen, Wei-Chu Chie, Shan-Chwen Chang (2007), "Prognosis of adult patients with bacteremia caused by extensively resistant Acinetobacter baumannii", Diagnostic microbiology and infectious disease, 59 (2), pp 181-190 PHỤ LỤC Phiếu thu thập thông tin bệnh nhân cho nghiên cứu 24HN - Nghiên cứu Vi khuẩn đa kháng thuốc gây NKBV (MDRO) CRF THÔNG TIN BỆNH NHÂN PINF Mã số nghiên cứu Tên viết tắt đối tượng NC [ | ] – [ | | ] [ | | | | ] Họ tên (IN HOA)* [ ] Mã hồ sơ bệnh án* [ | | | | | | | | | | ] Giới tính  Nam  Nữ Tuổi [ | | ] năm sinh [ | | | ] Địa a Xã/phường [ ] b Quận/huyện [ ] c Tỉnh/thành [ ] Nghề nghiệp  Học sinh / sinh viên  Nhân viên hành / văn phịng  Kinh doanh / bán hàng  Cơng nhân / lao động phổ thông  Nông dân / ngư dân  Nội trợ  Hưu trí  Thất nghiệp  Không biết  Khác, ghi rõ: * + *: Không nhập vào sở liệu Người điền (kí tên/ghi tên viết tắt): _ Ngày điền (nn/tt/nn): [ | ]/[ | ]/[ | ] PHỤ LỤC PHIẾU THU MẪU BỆNH PHỂM TỪ ICU CỦA NGHIÊN CỨU NHIỄM KHUẨN BV Thông tin bệnh nhân Mã số nghiên cứu ND _ _ _ Họ tên bệnh nhân (viết tắt tên bệnh nhân chữ đầu) Tuổi DD / MM / YYYY Thông tin bệnh phẩm Ngày lấy mẫu DD / MM / YYYY Người lấy mẫu Top of Form Timing of sample (chọn loại bệnh phẩm) Mẫu lúc vào viện Mẫu lúc xuất viện Mẫu lấy hàng tuần (thứ với Nhiệt đới TW, thứ với BV Bạch Mai Lấy mẫu lần thứ Bottom of Form Loại bệnh phẩm (chọn bênh phẩm lấy đƣợc) Mủ vết thương Đờm/ Dịch hút khí phế quản Nước tiểu Phân/ Que ngoáy trực tràng PHẦN DÀNH CHO NGHIÊN CỨU VIÊN PHÒNG XÉT NGHIỆM Nhận mẫu mẫu xét nghiệm Ngày Giờ Người nhận mẫu PHỤ LỤC 3: HÌNH ẢNH Hình ảnh vi khuẩn A baumannii A B A: Hình thể vi khuẩn nhuộm Gram B: Khuẩn lạc A baumannii môi trường CHROMagarTMmSuperCARBATM Hình ảnh bệnh nhân nằm điều trị khoa HSTC