Xác định phân bố genotype HCV từ bệnh nhân đến khám điều trị Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2010-2011 Nguyễn Thị Như Hà Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Luận văn ThS ngành: Sinh học thực nghiệm; Mã số: 60 42 30 Người hướng dẫn: PGS.TS Nguyễn Vũ Trung Năm bảo vệ: 2012 Abstract: Xác định phân bổ genotype HCV kỹ thuật giải trình tự gen bệnh nhân đến khám điều trị bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2010-2011: xác định kiểu gen HCV bệnh nhân đến khám điều trị Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương kỹ thuật giải trình tự gen; đánh giá mối liên quan kiểu gen HCV với số đặc điểm dịch tễ học cận lâm sàng Keywords: Sinh học thực nghiệm; Viên gan virút C; Phân bổ gen Content MỞ ĐẦU Bệnh viêm gan vi rút C vấn đề y tế tồn cầu Theo ước tính Tổ chức Y tế Thế giới, tỉ lệ nhiễm HCV giới khoảng 3,1%, tương đương 170 triệu người, với số nhiễm 3-4 triệu người năm [10] [24] [57] Tổng chi phí y tế dành cho chẩn đốn điều trị phòng viêm gan vi rút C dự đốn tăng từ 30 tỷ USD vào năm 2009 lên đến 85 tỷ USD vào năm 2024 Nếu không điều trị, viêm gan vi rút C diễn biến thành biến chứng xơ gan, ung thư gan dẫn đến tử vong [31] [57] Tỉ lệ nhiễm HCV dẫn đến xơ gan 15-20% sau 20 năm Tỷ lệ ung thư gan bệnh nhân nhiễm HCV chiếm khoảng 1,4-3,3% năm, đó, tử vong 2,6-4% [57] Ở Việt Nam 510% dân số nhiễm HCV [12] Viêm gan vi rút C bệnh nguy hiểm triệu chứng lâm sàng thường khơng rõ ràng, 90% trường hợp khơng có triệu chứng, hậu bệnh để lại thường nặng nề Có 50%-80% viêm gan vi rút C chuyển thành mạn tính, 20%-25% bệnh nhân mạn tính diễn tiến qua xơ gan ung thư gan [4] [30] Do đó, xác định xác tác nhân HCV mục tiêu quan tâm hàng đầu bác sĩ Vi rút viêm gan C phân thành kiểu gen ký hiệu số từ đến phân kiểu gen phụ ký hiệu chữ a,b,c,…[52] Ngoài xét nghiệm tìm kháng thể kháng HCV, xác định số lượng vi rút máu để chẩn đốn tình trạng nhiễm HCV, xác định kiểu gen trước điều trị tiên đốn khả đáp ứng, xác định thời gian điều trị dự đoán hiệu điều trị kháng vi rút [21] [28] Tại Việt nam, nghiên cứu kiểu gen HCV tiến hành từ năm 1994 [40], nhiên, từ đến nay, có số nghiên cứu thực khuôn khổ hợp tác nghiên cứu với nước thực nước ngồi Ngồi ra, số lượng nghiên cứu hạn chế Thêm vào đó, nhiều nghiên cứu phân loại kiểu gen dựa vào trình tự đoạn 5’ khơng mã hóa gen HCV Nhưng nay, việc phân loại theo hình thức khơng xác vi rút thuộc kiểu gen HCV có trình tự đoạn giống với chủng thuộc kiểu gen nên có phân loại nhầm lẫn hai kiểu gen Do vậy, tác giả khuyến cáo sử dụng trình tự đoạn core, E1 NS5B cho phân loại kiểu gen HCV Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương sở hàng đầu chẩn đốn, điều trị bệnh truyền nhiễm nói chung, đặc biệt bệnh viêm gan có viêm gan vi rút C nói riêng Vì vậy, nhu cầu chẩn đốn bệnh sớm xác cấp thiết Từ năm 2010, tiến hành triển khai kỹ thuật xác định kiểu gen HCV kỹ thuật giải trình tự gen vùng core HCV giúp chẩn đoán điều trị bệnh Qua năm triển khai thu kết định Vì chúng tơi tiến hành đề tài “Xác định phân bố genotype HCV kỹ thuật giải trình tự gen bệnh nhân đến khám điều trị Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2010-2011” với mục tiêu sau: Xác định kiểu gen HCV bệnh nhân đến khám điều trị Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương kỹ thuật giải trình tự gen Đánh giá mối liên quan kiểu gen HCV với số đặc điểm dịch tễ học cận lâm sàng References [1] 1, Trần Hữu Bích, Nguyễn Thúy Quỳnh, Nguyễn Ngọc Bích et al., Điều tra dịch tễ tình hình nhiễm vi rút viêm gan B C Hà Nội Bắc Giang, Y Học TP Hồ Chí Minh 14 (phụ Số 4) (2010), pp 71-82 [2] 2, Phạm Thị Ngọc Bích, and Phạm Thị Diễm Thảo, Định lượng nộng độ virus khảo sát tỷ lệ loại genotype HCV quy trình kỹ thuật Real-time RT-PCR bệnh nhân xét nghiệm bệnh viện Đại học Y dược công ty Việt Á, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch, 2010 [3] 3, and Nguyễn Trọng Chính, Nhiễm Vi rút viêm gan C bệnh nhân mắc bệnh gan genotype viruts viêm gan C, Tạp chí Y Dược học quân (2004), pp 93-97 [4] 4, Hồ Tấn Đạt, Phạm Thị Thu Thủy, Nguyễn Thanh Tòng et al., Kiểu gen siêu vi viêm gan C Việt Nam, Y Học TP Hồ Chí Minh 10 (2006), pp 28 -34 [5] 5, and Nguyễn Thanh Hảo, Xác định genotype vi rút viêm gan C Việt Nam, Tạp chí Y Học Dự phòng X, số (45) (2000), pp 39-43 [6] 6, and L.T.H Lê Thanh Hoà, Định typ (genotyping) virus viêm gan C (HCV) sử dụng thị 5’UTR bệnh nhân viêm gan virus Hà Nội, Y học Việt Nam (2007), pp 29-36 [7] 7, and Khổng Minh Huệ, Nghiên cứu tạo sinh phẩm phát HIV, HBV HCV kỹ thuật PCR, Luận văn thạc sĩ khoa học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội 2009 [8] 8, and Liên, Tìm hiểu thứ type di truyền vi rút viêm gan C thành phố Hồ Chí Minh, Y học Thực Hành (2006), pp 72-75 [9] 9, and Nguyễn Nghiêm Luật; Đoàn Văn Thuyết, Phát kiểu gen (genotypes) kiểu gen phụ (subtypes) vi rút viêm gan C lây nhiễm khu vực Hà nội kỹ thuật giải trình tự gen trực tiếp, Y Học Việt Nam (2011), pp 170-175 [10] 10, and N.N.L Cao Minh Nga, Tình trạng nhiễm HCV, HIV, HBV Lao đối tượng nghiện ma tuý, Y học TP Hồ Chí Minh Tập số (2005), pp 73-78 [11] 11, and Trịnh Thị Ngọc, Lưu hành genotype viêm gan C bệnh nhân có tiền sử tiêm chích ma túy giá trị tiên lượng điều trị, Tạp chí Vệ sinh phòng dịch VI, Số 1(26) (1996), pp 47-51 [12] 12, and Võ Minh Quang, Các yếu tố dịch tễ, lâm sàng cận lâm sàng bệnh nhân viêm gan siêu vi C điều trị bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP.HCM - Năm 2006-2007, Y Học TP Hồ Chí Minh 13 (2009), pp 268-273 [13] 13, and Nguyễn Thị Tuyết Vân, Tình hình nhiễm vi rút viêm gan C người nghiện chích ma túy trại giam Đăk Trung, Gia Trung trung tâm giáo dục xã hội Tây Nguyên, Y Học TP Hồ Chí Minh 12(Phụ số 1) (2008) [14] A Hawkins, F.Davidson, and P Simmonds, Comparison of Plasma Virus Loads among Individuals Infected with Hepatitis C Virus (HCV) Genotypes 1, 2, and by Quantiplex HCV RNA Assay Versions and 2, Roche Monitor Assay, and an In-House Limiting Dilution Method, J Clin Microbiol 35 (1997), pp 187-192 [15] Alan Flanciscus, HCV Diagnostic Tools: Genotype, Subtype and Quasispecies, Hepatitis C support project (2011) Available at www.hcvadvocate.org [16] Considering-HCV-treatment., Know your genotype and viral load, HCV Advocate (2003) [17] D T Chao, K Abe, and M H Nguyen, Systematic review: epidemiology of hepatitis C genotype and its management, Aliment Pharmacol Ther 34 (2011), pp 286-96 Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=21623850 [18] Deok Ja Oh, Prevalence of Hepatitis C virus infections and Distribution of Hepatitis C virus genotypes among Korean Blood Donors, Annals of Laboratory Medicine 32 (2012), pp 210-215 [19] Di Martino V, Rufat, Boyer, Renard et al., The influence of human immunodeficiency virus coinfection on chronic hepatitis C in injection drug users: a long-term retrospective cohort study, Hepatology 34 (2001), pp 1193-9 Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=11732009 [20] Dodd R.Y, Notari E.P.t., and S.L., Current prevalence and incidence of infectious disease markers and estimated window-period risk in the American Red Cross blood donor population, Transfusion 42(8) (2002), pp 975-979 [21] Doi H, Hepatittis C virus (HCV) subtype prevalence in Chiang Mai, Thailand, and identification of novel subtypes of HCV major type 6, J Clin Microbiol 34 (1996), pp 569-574 [22] Fuat Kurbanov, Hepatitis C virus molecular epidemiology in Uzbekistan, Journal of Medical Virology 69 (2003), pp 367-375 [23] GC, New hepatitis C guidlines for the Asia-Pacific region: APASL consensus statements on the diagnosis, management and treatment of hepatitis C virus infection, J Gastroenterol Hepatol 22 (2007), pp 607-610 [24] Global burden of hepatitis C working group, Global burden of disease (GBD) for hepatitis C, j Clin Pharmacol 44 (1) ( 2004), pp 20-29 [25] Gordon S C., and R.S., The pathology of hepatitis C as a function of mode of transmission blood transfusion VS intravenous drug user, Hepatology 18 No6 (1993), pp 13381343 [26] Jean-Francois Cantaloube, Laperche, Gallian, Bouchardeau et al., Analysis of the 5' noncoding region versus the NS5b region in genotyping hepatitis C virus isolates from blood donors in France, J Clin Microbiol 44 (2006), pp 2051-6 Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=16757597 [27] Johannes Bircher, Clinical Hepatology, second ed, oxford university press, 1999 [28] Legrand-Abravanel F, Influence of the HCV subtype on the virological response to pegylated interferon and ribaverin therapy, J Med virol 81(12) (2009), pp 2029-2035 [29] Lesens O, Deschênes M, Steben M, Bélanger G et al., Hepatitis C virus is related to progressive liver disease in human immunodeficiency virus-positive hemophiliacs and should be treated as an opportunistic infection, J Infect Dis 179(5) (1999), pp 1254-1258 [30] Lothar Thomas, Clinical Laboratory Diagnostics, Use and Assessment of Clinical Laboratory Results, TH-Books (1999), pp 1273-1278 [31] Milliman, Consequenceces of hepatitis C virus (HCV): costs of a baby boomer epidemic of liver disease (2009) [32] Ming-Lung Yu, and Wan-Long Chuang, Treatment of chronic hepatitis C in Asia: When East meets West Journal of Gastroenterology and Hepatology 24 (2009), pp 336-345 [33] Miriam J Alter, Epidemiology of viral hepatitis and HIV co-infection, J Hepatol 44 (2006), pp S6-9 Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=16352363 [34] -, Epidemiology of hepatitis C virus infection, World J Gastroenterol 13 (17) (2007), pp 2436-2441 [35] Nakano T, LuL, LiuP, and Pybus OG, Viral gene sequences reveal the variable history of hepatitis C virus infection among countries, Journal of Infectious Diseases 190 (2004), pp 1098– 1108 [36] Nizar N Zein, Clinical Significance of Hepatitis C Virus Genotypes, Clinical Microbiology Reviews 13 No2 (2000), pp 223-235 [37] Norah A Terrault, and Sanjiv Chopra, Screening for and diagnostic approach to hepatitis C virus infection, Nguồn: www.uptodate.com (2011) [38] P.Simmonds, Evolutionary analysis of variants of hepatitis C virus found in South-East Asia: comparison with classifications based upon sequence similarity Journal of General Virology 77 (1996), pp 3013-3024 [39] Pham DA, High prevalence of Hepatitis C virus genotype in Vietnam, Asian Pac J Allergy Immunol 27 (2009), pp 153-160 [40] Pham Song, Markers of hepatitis C and B virus infections among blood donors in Ho Chi Minh city and Hanoi, Vietnam, Clinical and diagnostic laboratory immunology 1(4) (1994), pp 413-418 [41] Ragni M V, and Belle S H, Impact of human immunodeficiency virus infection on progression to end-stage liver disease in individuals with hemophilia and hepatitis C virus infection, J Infect Dis 183 (2001), pp 1112-5 Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=11237838 [42] Raymond D, Hepatitis C virus (HCV) and HIV/HCV coinfection: A critical review of research and treatment, Treatment Action Group 16 (2004), pp 266-288 [43] Roche Diagnostic GmbH, COBAS AmpliPrep/COBAS TagMan COBAS HCV Test for in vitro dianostic use, Roche Diagnostic GmbH, 2009, pp 18 [44] Sanjiv Chopra, Characteristics of the hepatitis C virus, Nguồn: www.uptodate.com (2009) [45] Schreiber G.B, Michael.B Busch, Steven H Kleinman, and Korelitz James J, The risk of transfusion-transmitted viral infections The Retrovirus Epidemiology Donor Study, The New England Journal of Medicine 334(26) (1996), pp 1685-1690 [46] Silini E, Bottelli R, Asti M, Bruno S et al., Hepatitis C virus genotypes and risk of hepatocellular carcinoma in cirrhosis: a case-control study, Gastroenterology 111 (1996), pp 199–205 [47] Simmonds P, Alberti, Alter, Bonino et al., A proposed system for the nomenclature of hepatitis C viral genotypes, Hepatology 19 (1994), pp 1321-4 Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=8175159 [48] Simmonds P, Bukh, Combet, Deleage et al., Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes, Hepatology 42 (2005), pp 962-73 Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=16149085 [49] Stephane Chevaliez, Hepatitis C virus (HCV) genotype subtype identification in new HCV drug development and future clinical practice, PLoS One (2009), pp e8209 Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=19997618 [50] Sueli M Nakatani, Santos, Riediger, Krieger et al., Development of hepatitis C virus genotyping by real-time PCR based on the NS5B region, PLoS One (2010), pp e10150 Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=20405017 [51] Svetlozar Natov, Daignosis of hepatitis C virus infection in patients on dialysis, Nguồn: www.uptodate.com (2011) [52] T.Chung, Chronic Hepatitis C, Gut and Liver 5(2) (2011), pp 117-132 [53] Takada N, S Takase, A Takada, and Date, Differences in the hepatitis C virus genotypes in different countries, J Hepatol 17 (1993), pp 277-283 [54] Tomoaki Tanimoto, Nguyen Hung Cuong, Azumi Ishizaki, Phan Thi Thu Chung et al., Multiple Routes of Hepatitis C Virus Transmission Among Injection Drug Users in Hai Phong, Northern Vietnam Journal of Medical Virology 82 (2010), pp 1355-1363 [55] Toshiyuki Shinji, and Norio Koide, Three type hepatitis C virus subgroups among blood donors in the Yangon area of Myanmar are identified as subtypes 6m and 6n, and a novel subtype by sequence analysis of the Core region, Acta Med Okayama 60(6) (2006), pp 345349 [56] Vincent Soriano, Amanda Mocroft, Juergen Rockstroh, Bruno Ledergerber et al., Spontaneous Viral Clearance, Viral Load, and Genotype Distribution of Hepatitis C Virus (HCV) in HIV-Infected Patients with Anti-HCV Antibodies in Europe, The Journal of Infectious Diseases 198 (2008), pp 1337-44 [57] WHO, Hepatitis C, 2011 ... đến khám điều trị Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2010-2011 với mục tiêu sau: Xác định kiểu gen HCV bệnh nhân đến khám điều trị Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương kỹ thuật giải trình tự... core HCV giúp chẩn đoán điều trị bệnh Qua năm triển khai thu kết định Vì chúng tơi tiến hành đề tài Xác định phân bố genotype HCV kỹ thuật giải trình tự gen bệnh nhân đến khám điều trị Bệnh viện. .. trước điều trị tiên đoán khả đáp ứng, xác định thời gian điều trị dự đoán hiệu điều trị kháng vi rút [21] [28] Tại Việt nam, nghiên cứu kiểu gen HCV tiến hành từ năm 1994 [40], nhiên, từ đến nay,