Bài viết giới thiệu ba phần mềm để định danh cây dược liệu với ví dụ minh họa là định danh mẫu Thổ nhân sâm (Talinum paniculatum) bằng mã vạch vùng ITS. Kết quả nghiên cứu của bài báo cho thấy quy trình phối hợp ba phần mềm để định danh cây dược liệu bằng DNA cho kết quả chính xác nhất.
TNU Journal of Science and Technology 225(08): 98 - 104 ỨNG DỤNG MỘT SỐ PHẦN MỀM PHÂN TÍCH MÃ VẠCH DNA ĐỂ ĐỊNH DANH CÂY DƯỢC LIỆU Vũ Thị Như Trang Trường Đại học Y Dược - ĐH Thái Nguyên TÓM TẮT Định danh dược liệu mã vạch DNA ngày phổ biến tính xác cao Để định danh mã vạch DNA, nhà nghiên cứu thường sử dụng phần mềm máy tính giúp phân tích, so sánh trình tự DNA mẫu nghiên cứu với trình tự có sẵn Genbank Do liệu trình tự gen cơng bố tăng nhanh số lượng nên để tiến hành phân tích hiệu liệu này, phần mềm cần phải dễ sử dụng, có khả tính tốn nhanh, xác cung cấp nhiều phương pháp thống kê khác Trong nhóm phần mềm ba phần mềm BLAST NCBI, BioEdit v7.0.5.2, MEGA sử dụng phổ biến đáp ứng yêu cầu Bài báo giới thiệu ba phần mềm để định danh dược liệu với ví dụ minh họa định danh mẫu Thổ nhân sâm (Talinum paniculatum) mã vạch vùng ITS Kết nghiên cứu báo cho thấy quy trình phối hợp ba phần mềm để định danh dược liệu DNA cho kết xác Từ khóa: Phần mềm BLAST; BioEdit v7.0.5.2; MEGA 7; Cây dược liệu; mã vạch DNA; Thổ nhân sâm; vùng ITS Ngày nhận bài: 14/4/2020; Ngày hoàn thiện: 08/6/2020; Ngày đăng: 11/6/2020 APPLICATION OF SOME DNA BARCODE ANALYSIS SOFTWARE TO IDENTIFY MEDICINAL PLANTS Vu Thi Nhu Trang TNU - University of Medicine and Pharmacy ABSTRACT The identification of medicinal plants with DNA barcodes is increasingly popular due to its high accuracy To identify using DNA barcodes, researchers often use computer software to analyze and compare DNA barcodes of research samples with barcodes available on Genbank Because the published gene sequence data increases rapidly in number, in order to conduct an effective analysis of these data, the software needs to be easy to use, able to calculate quickly, accurately and provide many statistical methods In this group of software, three software programs, including BLAST software in NCBI, BioEdit v7.0.5.2, MEGA 7, are most commonly used due to meeting the above requirements The article introduces three software programs to identify medicinal plants with illustrative examples of identifying the Jewels of Opar (Talinum paniculatum) pattern by ITS region barcodes The research results of the paper show that the process of combining three software programs to identify medicinal plants by DNA gives the most accurate results Keywords: BLAST software; BioEdit; MEGA 7; medicinal plant; DNA barcodes; Jewels of Opar; ITS region Received: 14/4/2020; Revised: 08/6/2020; Published: 11/6/2020 Email: nhutrang.dhyktn@gmail.com 98 http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn Vũ Thị Như Trang Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ ĐHTN Mở đầu Thực vật dùng làm thuốc cần định danh xác cấp độ lồi để đảm bảo chất lượng sản phẩm bảo tồn nguồn dược liệu quý Hiện nay, phương pháp định danh dược liệu cho mức độ xác cao, đặc biệt lồi có quan hệ gần gũi, khắc phục hạn chế phương pháp hình thái so sánh, phương pháp phân loại học phân tử [1] Có nhiều cơng trình nghiên cứu giới sử dụng mã vạch DNA để định danh dược liệu Chen cs (2010) so sánh hiệu sử dụng mã vạch DNA (psbA-trnH, matK, rbcL, rpoC1, ycf5, ITS2 ITS) để nhận diện số loài dược liệu xuyên tâm liên (Andrographis paniculata), táo (Gendarussa vulgaris), Thổ nhân sâm (Talinum paniculatum) [2] Các loài chi nhân sâm định danh mã vạch ITS, MatK Zuo cs (2011) nghiên cứu [3], Ở Việt Nam, có số cơng trình nghiên cứu định danh mẫu dược liệu mã vạch DNA Một số loài thuộc chi nhân sâm Panax L định danh sử dụng mã vạch ITS, matK, psbA-trnH rbcL [4] Nguyễn Tiến Dũng cs (2018) sử dụng mã vạch vùng ITS psbA-trnH để định danh bảy hoa [5] Hay cơng trình Vũ Thị Như Trang cộng định danh Thổ nhân sâm mã vạch ITS, matK, rpoC1, rpoB [6] Khi sử dụng mã vạch DNA để định danh dược liệu nói riêng lồi khác nói chung, ta cần thực bước sau: Bước 1: So sánh trình tự mã vạch DNA mẫu cần định danh với trình tự tương ứng lưu giữ Ngân hàng liệu nhằm tìm kiếm chuỗi tương đồng mức độ phân ly cấu trúc chuỗi phân tích với chuỗi khác để xác định tên loài mẫu nghiên cứu; Bước 2: So sánh trình tự mã vạch DNA mẫu cần định danh với số trình tự http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn 225(08): 98 - 104 lồi, chi genBank nhằm tìm điểm sai khác trình tự; Bước 3: Xây dựng sơ đồ hình xác định mối quan hệ di truyền mẫu nghiên cứu với loài chi, họ Để hỗ trợ bước việc định danh lồi DNA, có nhiều phần mềm khác ClustalW2, BLAST, FASTA3x, DNASTART Lasergene, Geneious, PatternHunter, Bioedit, MEGA, Do liệu trình tự gen công bố tăng nhanh số lượng nên để tiến hành phân tích hiệu liệu này, phần mềm phải đảm bảo yêu cầu dễ sử dụng, có khả tính tốn nhanh, xác cung cấp nhiều phương pháp thống kê khác Thực tế cho thấy, hầu hết nghiên cứu định danh, nhà nghiên cứu thường dùng phần mềm cho bước, cụ thể như: phần mềm BLAST thường dùng bước 1, phần mềm Bioedit thường dùng bước 2, phần mềm MEGA thường dùng bước Tuy nhiên, phần mềm thường nêu tên nghiên cứu mà chưa trình bày, hướng dẫn khai thác chi tiết để thu kết mong muốn Điều gây khó khăn lớn cho nhà nghiên cứu muốn thực theo bước nghiên cứu cũ để kiểm chứng thực bước cho nghiên cứu Chính vậy, báo trình bày chi tiết cách khai thác phần mềm BLAST NCBI, BioEdit v7.0.5.2, MEGA nhằm thực đầy đủ bước quy trình định danh lồi DNA, đồng thời minh chứng hiệu thuật toán việc định danh loài DNA Bố cục báo gồm phần sau: Phần mở đầu, phần giới thiệu phần mềm, phần ví dụ minh họa khai thác phần mềm để định danh loài mẫu Thổ nhân sâm dựa vào vùng ITS, cuối phần kết luận Các phần mềm định danh loài DNA 2.1 Phần mềm BLAST 99 Vũ Thị Như Trang Tạp chí KHOA HỌC & CƠNG NGHỆ ĐHTN Phần mềm BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) phát triển Stephen Altschul, Warren Gish, David Lipman U.S National Center for Biotechnology Information (NCBI), Webb Miller Đại học Bang Pennsylvania, Gene Myers Đại học Arizona vào năm 1990 [7] Phần mềm BLAST tìm thấy web (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) cài đặt máy tính BLAST có chức tìm kiếm bắt cặp trình tự có điểm số cao chuỗi truy vấn chuỗi sở liệu cách sử dụng phương pháp dựa kinh nghiệm (heuristic) Tốc độ xác tương đối BLAST cải tiến kĩ thuật quan trọng chương trình BLAST điều cho thấy lí cơng cụ lại cơng cụ tìm kiếm phổ biến tin sinh học [8] BLAST trả kết so sánh trình tự nucleotide protein với sở liệu GenBank mức độ trùng khớp có ý nghĩa mặt thống kê Nhờ có phần mềm BLAST mà ta kết luận mối quan hệ chức tiến hóa trình tự xác định thành viên chi, họ [9] BLAST tập hợp chương trình gồm: Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn); Protein-protein BLAST (blastp); PositionSpecific Iterative BLAST (PSI-BLAST): Nucleotide-protein 6-frame translation (blastx); Nucleotide-nucleotide 6-frame translation (tblastx); Protein-nucleotide 6frame translation (tblastn); Large numbers of query sequences (MEGAblast) [8] Tùy vào kết mong muốn mà nhà nghiên cứu lựa chọn phiên phần mềm BLAST để sử dụng, biến thể sử dụng phổ biến Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn), biến thể sử dụng báo 2.2 Phần mềm BioEdit Phần mềm BioEdit phát triển Hall vào năm 1999 Phần mềm BioEdit thiết 100 225(08): 98 - 104 kế nhằm hỗ trợ nhà khoa học kỹ thuật viên thí nghiệm xử lý trình tự sinh học Phần mềm tích hợp nhiều tính nâng cao tùy chọn xuất, nhập liệu liên quan đến tác vụ thực hay bắt cặp trình tự Hầu hết tính BioEdit nhằm cải thiện hiệu suất người dùng tự động hóa tác vụ định bắt cặp ClustalW tìm kiếm Blast Bên cạnh đó, BioEdit cịn cấp quyền truy cập tới GenBanhk để tải gửi trình tự DNA BioEdit giúp giảm bớt thời gian cần thiết để chỉnh sửa hay bắt cặp trình tự, đồng thời cung cấp nhiều phương pháp bắt cặp thủ cơng [10] Để phân tích mã vạch DNA định danh lồi chức phân tích liệu trình tự DNA phần mềm BioEdit nhiều nhà nghiên cứu sử dụng nhất, chức giới thiệu báo 2.3 Phần mềm MEGA Phần mềm MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) cung cấp công cụ để khám phá phân tích chuỗi DNA protein từ góc độ tiến hóa Phần mềm MEGA xây dựng phiên 1.0 Sudhir Kumar, Koichiro Tamura Masatoshi Nei Đại học bang Pennsylvania năm 1990 [11] Phần mềm MEGA liên tục cập nhật nâng cấp từ MEGA đến MEGA X nhằm thực chức sau: xử lý chỉnh sửa liệu trình tự, xếp trình tự, phát sinh suy luận ước tính khoảng cách tiến hóa Phần mềm cho phép người dùng duyệt, chỉnh sửa, tóm tắt, xuất tạo thích cho kết nghiên cứu hay phân tích Realtime Trong phiên có phần mềm MEGA phần mềm MEGA nhiều nhà nghiên cứu lựa chọn sử dụng Phiên MEGA cho phép người dùng lựa chọn nhiều cách để xây dựng phát sinh, bao gồm UPGMA, Maximum Parsimony, Neighbor-Joining Maximum Likelihood Mỗi lựa chọn có ưu nhược điểm riêng phù hợp cho mục đích cụ thể người sử dụng [12] Chức http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn Vũ Thị Như Trang Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ ĐHTN sử dụng nhiều MEGA xây dựng sơ đồ hình xác định mối quan hệ di truyền mẫu nghiên cứu với loài chi, họ Đây chức giới thiệu báo 225(08): 98 - 104 (a) Hướng dẫn sử dụng phần mềm định danh loài mã vạch DNA Để khai thác phần mềm BLAST NCBI, BioEdit v7.0.5.2, MEGA nhằm phân tích mã vạch DNA để định danh dược liệu nói riêng lồi nói chung, chúng tơi giới thiệu chi tiết quy trình bước định danh mẫu Thổ nhân sâm mã vạch vùng ITS sau: 3.1 Vật liệu phương pháp nghiên cứu Phần mềm BLAST NCBI, phần mềm Bioedit v7.0.5.2, phần mềm MEGA [13] trình tự vùng ITS mẫu Thổ nhân sâm (ITS-TN1, ITS-TN2, ITS-BG, ITS-HT, ITSQN) [6] Sau giải trình tự vùng ITS mẫu Thổ nhân sâm, vùng ITS xử lí phần mềm BLAST NCBI, phần mềm Bioedit v7.0.5.2, phần mềm MEGA để định danh mẫu Thổ nhân sâm Trình tự nucleotide vùng ITS mẫu Thổ nhân sâm so sánh với trình tự có sẵn GenBank phần mềm BLAST NCBI theo bước sau: (b) Hình Chọn Nucleotide Blast (a) chọn tập tin (b) web NCBI Trình tự vùng ITS mẫu Thổ nhân sâm hiệu chỉnh so sánh với trình tự lồi, chi GenBank nhờ phần mềm Bioedit v7.0.5.2 theo bước sau: Bước 1: Vùng ITS trình tự lồi, chi có sẵn GenBank từ kết xử lí phần mềm Blast lấy dạng FASTA lưu notepad; Bước 2: Tải trình tự lên phần mềm Bioedit v7.0.5.2 Dùng lệnh File→New Alignment→File→ Import→Sequence alignment file→Chọn trình tự lưu notepad, thể hình Bước 1: Vùng ITS lấy trình tự dạng FASTA lưu notepad Bước 2: Vào địa đường link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, sau chọn BLAST thể hình Hình Chọn trình tự phần mềm Bioedit v7.0.5.2 Bước 3: Chọn tất trình tự dùng lệnh Accessory Application → ClustalW Multiple alignment→Run ClustalW → Chọn biểu Hình Chọn BLAST theo địa web Bước tiếp theo, ta chọn Nucleotide Blast→ chọn tập tin (chọn file trình tự vùng ITS lưu notepad )→ Blast thể hình http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn tượng (thay vị trí nucleotide giống dấu “ ”) thể hình Bước 4: Copy trình tự so sánh sang file word dùng lệnh File →Graphic View →Edit →Copy Page as a Bitmap →Paste vào file word thể hình 101 Vũ Thị Như Trang Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ ĐHTN (a) 225(08): 98 - 104 Hình Kết tải trình tự lên phần mềm MEGA + Dùng lệnh Alignment→ Align by ClustalW → OK; + Dùng lệnh Chọn biểu tượng Save để lưu file dạng “masx”; Các bước thể hình (b) Hình Cách chọn (a) so sánh trình tự (b) phần mềm Bioedit v7.0.5.2 Hình Cách lưu trình tự so sánh sang file word phần mềm Bioedit v7.0.5.2 Xây dựng phát sinh chủng loại phương pháp Neighbor-Joining nhờ phần mềm MEGA theo bước sau: Bước 1: Vùng ITS mẫu nghiên cứu trình tự lồi, chi có sẵn GenBank từ kết xử lí phần mềm Blast lấy dạng FASTA lưu file dạng có “fas” “fasta” + Kích chuột phải→New→ Text document→ Ghi tên file; + Copy trình tự dạng FASTA vào file theo mẫu “>Tên trình tự Hình Cách so sánh trình tự DNA + Dùng lệnh Phylogeny→ Construct/Test Maximum Likelihood Tree →Chọn file lưu dạng đuôi “masx” →Compute, thể hình Trình tự” ; + Sau copy xong trình tự đổi tên file từ đuôi “txt” sang “fas” Bước 2: Chạy phần mềm MEGA + Dùng lệnh Align→ Edit/BuildAlignment →Create a new alignment→OK →DNA; + Dùng lệnh Insert sequences from MEGA/FASTA/Text/Sequencer files → Chọn file có “fas” “fasta” → Open; + Dùng lệnh Edit →Select all; Kết bước thể hình 102 a Bảng thơng số M7: Analysis Preferences b Q trình xây dựng sơ đồ hình Hình Bước thiết lập xây dựng sơ đồ hình MEGA http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn Vũ Thị Như Trang Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ ĐHTN 3.2 Kết thảo luận Sau sử dụng phần mềm BLAST NCBI với ví dụ minh họa trình tự nucleotide vùng ITS mẫu Thổ nhân sâm thu kết tỷ lệ tương đồng mẫu nghiên cứu với mẫu có sẵn GenBank Dựa vào kết này, định danh lồi nghiên cứu (Tên loài, chi) Cụ thể là: phần mềm BLAST NCBI cho thấy vùng ITS phân lập từ mẫu nghiên cứu (ITS-TN1, ITS-TN2, ITS-BG, ITSHT, ITS-QN) có tỷ lệ tương đồng 99% với ba trình tự vùng ITS loài T paniculatum, mang mã số JF508608, L78094, EU410357 GenBank; kết khẳng định trình tự nucleotide phân lập vùng ITS thuộc loài T Paniculatum [6] Đồng thời, vùng ITS phân lập từ mẫu nghiên cứu có tỷ lệ tương đồng 91% với trình tự vùng ITS lồi T fruticosum chi Talinum, mang mã số KJ380908 GenBank; tương đồng 87% với trình tự vùng ITS lồi Portulaca oleracea mang mã số L78047 GenBank họ Rau sam (Portulacaceae) (Hình 9) Hình Kết xác định vùng ITS mẫu Thổ nhân sâm BLAST NCBI Trình tự nucleotide vùng ITS mẫu Thổ nhân sâm sau xử lí phần mềm Bioedit v7.0.5.2 thu kết tỷ lệ vị trí sai khác nucleotide mẫu nghiên cứu với trình tự lồi, chi GenBank Dựa vào kết này, suy luận nguyên nhân sai khác dạng đột biến gen (Hình 10) Từ kết hình 10 cho thấy, có vị trí nucleotide sai khác trình tự vùng ITS phân lập từ mẫu Thổ nhân sâm (ITSTN1, ITS-TN2, ITS-BG, ITS-HT, ITS-QN) với http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn 225(08): 98 - 104 trình tự lồi mang mã số EU410357, vị trí nucleotide thứ 139, 148, 219 455, chiếm 0,62%, vị trí sai khác đột biến thay cặp nucleotide Tương tự so sánh trình tự vùng ITS phân lập từ mẫu Thổ nhân sâm với loài T fruticosum mang mã số KJ380908 (cùng chi Talinum) cho thấy, mẫu ITS-BG, ITS-QN, ITS-TN2, ITS-TN1 có 37 vị trí sai khác nucleotide (chiếm 5,75%), mẫu ITS-HT có 38 vị trí sai khác nucleotide (chiếm 5,9%) Tất vị trí nucleotide sai khác đột biến thay [6] Hình 10 Kết đoạn so sánh trình tự nucleotide vùng ITS phân lập từ năm mẫu Thổ nhân sâm (BG, TN2, QN, TN1, HT) mẫu đối sánh EU410357 loài T paniculatum GenBank Kết xác định mối quan hệ di truyền trình tự vùng ITS phân lập từ mẫu nghiên cứu trình tự vùng ITS mang mã số EU410357, L78094, JF508608 loài T paniculatum, KJ380908 (T fruticosum) chi Talinum trình tự gen họ Rau sam L78047 (P oleracea), JF508556 (Portulaca intraterranea) thể hình 10 Kết sơ đồ hình cây, nhà nghiên cứu phải xác định số lượng nhánh phân chia, tính tốn khoảng cách di truyền chi họ, loài chi loài Hình 11 Sơ đồ hình thiết lập dựa trình tự nucleotide vùng ITS 103 Vũ Thị Như Trang Tạp chí KHOA HỌC & CƠNG NGHỆ ĐHTN Sơ đồ hình hình 11 cho thấy, đối tượng nghiên cứu phân bố nhánh lớn, nhánh I có trình tự vùng ITS nhánh II có trình tự vùng ITS, tất trình tự thuộc hai chi Talinum Portulaca thuộc họ Rau sam (Portulacaceae) có độ tương đồng 88,4 - 89,2%, khoảng cách di truyền hai chi Talinum Portulaca 4,4% Nhánh II lại chia thành nhánh phụ A B Nhánh A có trình tự vùng ITS mang mã số KJ380908 loài T fruticosum nhánh B có trình tự ITS lồi T paniculatum với độ tương đồng 94,1-100% khoảng cách di truyền hai loài T paniculatum T fruticosum khoảng 2,37% [6] Kết luận Định danh dược liệu mã vạch DNA ngày phổ biến tính xác cao Do liệu trình tự gen công bố tăng nhanh số lượng nên để tiến hành phân tích hiệu liệu này, phần mềm cần phải dễ sử dụng, có khả tính tốn nhanh, xác cung cấp nhiều phương pháp thống kê khác Bài báo giới thiệu chi tiết việc khai thác ba phần mềm BLAST NCBI, BioEdit v7.0.5.2, MEGA nhằm thực đầy đủ bước quy trình định danh dược liệu với ví dụ minh họa mẫu Thổ nhân sâm mã vạch ITS Đồng thời, kết báo giúp nhà nghiên cứu sử dụng ba phần mềm để dễ dàng kiểm chứng nghiên cứu khác thực bước cho nghiên cứu định danh loài dựa DNA TÀI LIỆU THAM KHẢO/ REFERENCES [1] H Ledford, “Botanical identities: DNA barcoding for plants comes a step closer,” Nature, vol 451, pp 451-616, 2008 [2] S Chen, H Yao, J Han, C Liu, J Song, L Shi, Y Zhu, X Ma, T Gao, X Pang, K Luo, Y Li, X Li, X Jia, Y Lin, and C Leon, “Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species,” PLoS One, vol 5, no 1, p e8613, 2010 104 225(08): 98 - 104 [3] Y Zuo, Z Chen, K Kondo, T Funamoto, J Wen, and S Zhou, “DNA barcoding of Panax species,” Planta Med, vol 77, no 2, pp 182-187, 2011 [4] T H Le, N L Nguyen, M M Bui, H H Ha, T T H Huynh, V H Nong, V H Ha, and T T H Le, “Application of DNA barcodes in identification of ginseng samples in the genus Panax L.,” Viet Nam Journal of Biotechnology, vol 15, no 1, pp 63-72, 2017 [5] T D Nguyen, Q N Nguyen, N L Tran, T T Nguyen, T P Ninh, T T N Doan, T T H Le, and N L Nguyen, “Morphological characteristics and DNA barcodes of oneleafed seven-flowered tree, Paris vietnamensis (Takht.) H.li, in Vietnam,” Vietnam Journal of Agricultural Sciences- VJAS, vol 16, no 4, pp 282-289, 2017 [6] T N T Vu, M T Ho, V S Le, T T Nguyen, and H M Chu, “Morphological characteristics of Talinum paniculatum, and nucleotide sequences of ITS region, rpoC1 and rpoB genes,” Viet Nam Journal of Biotechnology, vol 16, no 3, pp 451- 458, 2018 [7] S F Altschul, W Gish, W Miller, E W Myers, and D J Lipman, “Basic local alignment search tool,” J Mol Biol, vol 215, no 3, pp 403-410, 1990 [8] Wikipedia, “BLAST,” 2020 [Online] Available: https://vi.wikipedia.org/wiki/BLAST [Accessed May 30, 2020] [9] Biological Journal, “Compare sequences BLAST online”, 2020 [Online] Available: https://tapchisinhhoc.com/so-sanh-trinh-tublast-online.html/ [Accessed April 09, 2020] [10] T A Hall, “BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT,” Nucl Acids Symp Ser., vol 41, pp 95-98, 1999 [11] S Kumar, K Tamura, and M Nei, “MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers,” Comput Appl Biosci., vol 10, no 2, pp 189-191, 1994 [12] Biology of Vietnam, “Build phylogenetic tree easily with BLAST-MEGA”, 2020 [Online] Available: https://sinhhocvietnam.com/xay-dung-cayphat-sinh-loai-de-dang-voi-blast-MEGA/ [Accessed April 09, 2020] [13] S Kumar, G Stecher, and K Tasuma, “MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets,” Mol Biol Evol, vol 33, pp 1870 – 1874, 2016 http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn ... 98 - 104 (a) Hướng dẫn sử dụng phần mềm định danh loài mã vạch DNA Để khai thác phần mềm BLAST NCBI, BioEdit v7.0.5.2, MEGA nhằm phân tích mã vạch DNA để định danh dược liệu nói riêng lồi nói chung,... mã vạch vùng ITS psbA-trnH để định danh bảy hoa [5] Hay cơng trình Vũ Thị Như Trang cộng định danh Thổ nhân sâm mã vạch ITS, matK, rpoC1, rpoB [6] Khi sử dụng mã vạch DNA để định danh dược liệu. .. trình định danh loài DNA, đồng thời minh chứng hiệu thuật toán việc định danh loài DNA Bố cục báo gồm phần sau: Phần mở đầu, phần giới thiệu phần mềm, phần ví dụ minh họa khai thác phần mềm để định