Xây dựng phương án tách dòng gen SOS1 – gen có khả năng chịu mặn ở cây cải xoăn biển

ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI Viện công nghệ sinh học cơng nghệ thực phẩm BÁO CÁO THÍ NGHIỆM TIN SINH HỌC Đề tài: Xây dựng phương án tách dịng gen SOS1 – gen có khả chịu mặn cải xoăn biển Giảng viên hướng dẫn: GS Nguyễn Văn Cách Nội dung thảo luận I Gen SOS (Salt overly sensitive 1) II Quy trình phương pháp Gen SOS Lý lựa chọn đề tài - Biến đổi khí hậu vấn đề tồn giới Sự nóng lên tồn cầu dẫn tới mực nước biển tăng Với đường bờ biển dài Việt Nam khơng tránh khỏi hệ việc biến đổi khí hậu Và kéo theo việc nước biển dâng tượng xâm nhập mặn trở thành mối lo ảnh hưởng lớn tới an ninh lương thực nước ta nhiều nước khác - Vì vậy, đề tài em muốn tìm kiếm đoạn mồi thích hợp cho việc tách dòng khuếch đại gen chịu mặn SOS nhằm mục địch nghiên cứu tăng khả chịu mặn cho giống rau màu Gen SOS   SOS 1: Salt overly sensitive – gen chịu mặn SOS gen đóng vai trị quan trọng mã hóa protein SOS có vai trị chủ yếu vận chuyển ngồi tế bào cụ thể vận chuyển - Đối tượng tách dòng gen SOS lựa chọn giống cải xoăn biển (Crambe maritima) Giống không mọc vùng ngập mặn mà mọc vùng ven biển Tuy vậy, qua tiến hóa khơng ngừng thích nghi tốt có khả chịu mặn tốt Nếu đem so sánh khả chịu mặn với họ cải vượt trội hồn tồn Cịn so sánh với rau màu khác thuộc top chịu mặn tốt Cây cải xoăn biển (Crambe maritima) - Truy cập: NCBI/taxonomy/Crambe maritima - Ta phát sinh hay dòng dõi Crambe maritima https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=71339 Quy trình phương pháp Tìm kiếm thơng tin NCBI Bước 1: Tìm kiếm sở liệu NCBI Đường dẫn: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Tìm kiếm thông tin NCBI Tiếp theo bước 1, Truy cập: NCBI/nucleotide/SOS 1/plants Tìm kiếm thơng tin NCBI Sau ta lựa chọn báo để tiến hành chạy Clustal Omega Để tìm báo phù hợp ta click vào phần taxonomy hình để xem dịng dõi đề cập báo Ưu tiên (Brassicaceae) thuộc họ cải Chọn Taxonomy Sử lý tìm vùng bảo thủ clustal omega Bước 2: Tìm vùng bảo thủ Tìm báo có liên quan báo Copy đoạn gen ngơn ngữ FASTA vào chương trình Clustal omega Đường dẫn: https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ Tìm vùng bảo thủ Clustal omega Dán đoạn gen ngôn ngữ FASTA Chọn DNA Tìm vùng bảo thủ Clustal omega Bắt đầu có thấy xuất vùng bảo thủ Sau ấn “submit” ta thu kết Ở chưa xuất vùng bảo thủ Thiết kế đoạn mồi BLAST - primer Bước 3: Thiết kế đoạn mồi Vì mẫu EU487184.1 mẫu chi với đối tượng cần tách gen nên chọn mạch làm mạch khuôn để thiết kế mồi Sau thử nhiều đoạn khác em định lựa chọn: Lựa chọn vùng để thiết kế đoạn mồi xuôi từ nu thứ đến nu thứ 21 21 nu Thiết kế đoạn mồi BLAST - primer Sau thử nhiều đoạn khác em định lựa chọn: Lựa chọn vùng để thiết kế đoạn mồi xuôi từ nu thứ 3373 đến nu thứ 3403 30 nu Thiết kế đoạn mồi BLAST – primer Sử dụng chương trình Primer-BLAST Đường dẫn: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/too Lựa chọn vùng để tạo mồi ls/primer-blast/ xuôi mồi ngược Lựa chọn độ dài sản phẩm PCR Lựa chọn nhiệt độ gắn mồi Thiết kế đoạn mồi BLAST – primer Thiết kế đoạn mồi BLAST – primer Chạy PCR ảo Sequence Manipulation Suite: PCR products Bước 4: Chạy PCR ảo Chọn khuôn ảo đoạn khuôn EU487184.1 Đường dẫn: https://www.bioinformati cs.org/sms2/pcr_products html Kết chạy PCR ảo Em sử dụng đoạn mồi thứ tìm phần trước Đối với đoạn mồi cịn lại chạy kết đoạn mồi có nhiều ưu điểm như: -Có độ dài lớn đoạn mồi lại giúp bắt cặp xác -Đoạn nhân lên có dung lượng lớn cặp mồi khác, có độ bao phủ tốt -Tỉ lệ GC ngưỡng ổn -Tỉ lệ tự bắt cặp tương đồng cá mồi Sử dụng công cụ BLAST NCBI để kiểm tra kết Bước 5: Sử dụng BLAST để kiểm tra đặc tính sản phẩm sau PCR ảo Dán đoạn sản phẩm sau PCR ảo Kết BLAST Kết nhận có độ tương đồng khoảng 100% - 70%  Trong kết có độ tương đồng từ thấp đến cao tất báo có xuất nhiều gen SOS Ngồi cịn số gen khác Tuy vậy, chức gen tương đồng với gen SOS vận chuyển Kết luận Kết luận - Sản phẩm sau PCR có khả cao biểu tính trạng ta thấy có nhiều báo có độ tương đồng từ 90% - 100% Kết thí nghiệm để tham khảo mang tính ảo nên để kết luận xác ta cần phải thực thực tế để thu mẫu khảo sát xem mẫu biểu tính trạng hay khơng Cảm ơn thầy bạn lắng nghe! ... khơng ngừng thích nghi tốt có khả chịu mặn tốt Nếu đem so sánh khả chịu mặn với họ cải vượt trội hồn tồn Cịn so sánh với rau màu khác thuộc top chịu mặn tốt Cây cải xoăn biển (Crambe maritima) -... thích hợp cho việc tách dòng khuếch đại gen chịu mặn SOS nhằm mục địch nghiên cứu tăng khả chịu mặn cho giống rau màu Gen SOS   SOS 1: Salt overly sensitive – gen chịu mặn SOS gen đóng vai trị... protein SOS có vai trị chủ yếu vận chuyển tế bào cụ thể vận chuyển - Đối tượng tách dòng gen SOS lựa chọn giống cải xoăn biển (Crambe maritima) Giống không mọc vùng ngập mặn mà mọc vùng ven biển Tuy