Xây dựng phương án tách dòng gen sos1 – gen có khả năng chịu mặn ở cây cải xoăn biể

ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI Viện công nghệ sinh học cơng nghệ thực phẩm BÁO CÁO THÍ NGHIỆM TIN SINH HỌC Đề tài: Xây dựng phương án tách dịng gen SOS1 – gen có khả chịu mặn cải xoăn biển Giảng viên hướng dẫn: GS Nguyễn Văn Cách Nội dung thảo luận I Gen SOS (Salt overly sensitive 1) II Quy trình phương pháp Gen SOS Lý lựa chọn đề tài - Biến đổi khí hậu vấn đề tồn giới Sự nóng lên tồn cầu dẫn tới mực nước biển tăng - Với đường bờ biển dài Việt Nam khơng tránh khỏi hệ việc biến đổi khí hậu Và kéo theo việc nước biển dâng tượng xâm nhập mặn trở thành mối lo ảnh hưởng lớn tới an ninh lương thực nước ta nhiều nước khác - Vì vậy, đề tài em muốn tìm kiếm đoạn mồi thích hợp cho việc tách dòng khuếch đại gen chịu mặn SOS nhằm mục địch nghiên cứu tăng khả chịu mặn cho giống rau màu Gen SOS  - SOS 1: Salt overly sensitive – gen chịu mặn - SOS gen đóng vai trị quan trọng mã hóa protein SOS có vai trị chủ yếu vận chuyển tế bào cụ thể vận chuyển - Đối tượng tách dòng gen SOS lựa chọn giống cải xoăn biển (Crambe maritima) Giống không mọc vùng ngập mặn mà mọc vùng ven biển Tuy vậy, qua tiến hóa khơng ngừng thích nghi tốt có khả chịu mặn tốt Nếu đem so sánh khả chịu mặn với họ cải vượt trội hồn tồn Còn so sánh với rau màu khác thuộc top chịu mặn tốt Cây cải xoăn biển (Crambe maritima) - Truy cập: NCBI/taxonomy/Crambe maritima - Ta phát sinh hay dịng dõi Crambe maritima https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=71339 Quy trình phương pháp Tìm kiếm thơng tin NCBI Bước 1: Tìm kiếm sở liệu NCBI Đường dẫn: https://www.ncbi.nlm.nih gov/ Tìm kiếm thơng tin NCBI Tiếp theo bước 1, Truy cập: NCBI/nucleotide/SOS 1/ plants Tìm kiếm thơng tin NCBI Sau ta lựa chọn báo để tiến hành chạy Clustal Omega Để tìm báo phù hợp ta click vào phần taxonomy hình để xem dòng dõi đề cập báo Ưu tiên thuộc họ cải (Brassicaceae) Chọn Taxonomy Sử lý tìm vùng bảo thủ clustal omega Bước 2: Tìm vùng bảo thủ Tìm báo có liên quan báo Copy đoạn gen ngôn ngữ FASTA vào chương trình Clustal omega Đường dẫn: https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/cl ustalo/ Tìm vùng bảo thủ Clustal omega Chọn DNA Dán đoạn gen ngơn ngữ FASTA Tìm vùng bảo thủ Clustal omega Bắt đầu có thấy xuất vùng bảo thủ Sau ấn “submit” ta thu kết Ở chưa xuất vùng bảo thủ Thiết kế đoạn mồi BLAST - primer Bước 3: Thiết kế đoạn mồi Vì mẫu EU487184.1 mẫu chi với đối tượng cần tách gen nên chọn mạch làm mạch khuôn để thiết kế mồi Sau thử nhiều đoạn khác em định lựa chọn: Lựa chọn vùng để thiết kế đoạn mồi xuôi từ nu thứ đến nu thứ 21 21 nu Thiết kế đoạn mồi BLAST - primer Sau thử nhiều đoạn khác em định lựa chọn: Lựa chọn vùng để thiết kế đoạn mồi xuôi từ nu thứ 3373 đến nu thứ 3403 30 nu ... khơng ngừng thích nghi tốt có khả chịu mặn tốt Nếu đem so sánh khả chịu mặn với họ cải vượt trội hồn tồn Cịn so sánh với rau màu khác thuộc top chịu mặn tốt Cây cải xoăn biển (Crambe maritima) -... thích hợp cho việc tách dòng khuếch đại gen chịu mặn SOS nhằm mục địch nghiên cứu tăng khả chịu mặn cho giống rau màu Gen SOS  - SOS 1: Salt overly sensitive – gen chịu mặn - SOS gen đóng vai trị... protein SOS có vai trị chủ yếu vận chuyển tế bào cụ thể vận chuyển - Đối tượng tách dòng gen SOS lựa chọn giống cải xoăn biển (Crambe maritima) Giống không mọc vùng ngập mặn mà mọc vùng ven biển Tuy