Xây dựng phương án tách dòng gen GmDREB2 – gen có khả năng chịu hạn ở cây đậu tương

TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI Viện công nghệ sinh học công nghệ thực phẩm BÀI TIỂU LUẬN Học phần: Tin sinh Chủ đề Xây dựng phương án tách dịng gen GmDREB2 – Gen có khả chịu hạn đậu tương GVHD: PGS.TS Nguyễn Văn Cách Gen GmDREB2 • • • GmDREB2: Glycine max Dehydration Responsive Element Binding gene Thuộc phân họ gen DREB (Dehydration – Responsive Element Binding) đậu tương Gen GmDREB2 mã hóa nhân tố phiên mã DREB đậu tương có chức kích hoạt phiên mã nhóm gen có khả chịu hạn, chịu lạnh chịu mặn Bước 1: Tìm sở liệu • • Truy cập trang web NCBI/ Nucleotide/ Nhập từ khóa Link NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Truy cập NCBI/ nucleotide/ GmDREB2 Bước 2: Tìm vùng bảo thủ • • • Tìm báo liên quan (ít bài) Copy đoạn gen ngơn ngữ FASTA vào chương trình Clustal Omega Link: https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ Bài báo 1: • • • • Click to edit Master text styles Second level Third level Fourth level Fifth level Version: DQ208968.1 Locus: DQ208968 Organism: Glycine max PLN: 03-JAN-2007 Bài báo 2: • • • • Locus: NM_001250325 Version: NM_001250325.2 Organism: Glycine max PLN: 19-DEC-2018 Bài báo 3: • • • • Locus: DQ054363 Version: DQ54363.1 Organism: Glycine max PLN: 01- JUN - 2006 đoạn gen liên quan Chạy chương trình Kết • • Chọn mạch làm khuôn (bài báo số 2) Vùng bảo thủ từ nu 251 đến nu 408 Bước 3: Thiết kế mồi • • • Chọn khn vùng bảo thủ Sử sụng chương trình Primer – BLAST để thiết kế mồi Link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ Vùng bảo thủ Copy gen làm khuôn Chạy chương trình Kết Chọn đoạn mồi (kích thước sản phẩm, vùng bảo thủ …) Bước 4: Thực phản ứng PCR • • Chạy PCR chương trình Sequence Manilation Suite Link: https://www.bioinformatics.org/sms2/pcr_products.html Mạch khn Mồi Kết Bước 5:Dự đốn tính chất sản phẩm PCR • Sử dụng chương trình BLAST để dự đốn tính chất sản phẩm PCR • Link: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAG E_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome Sản phẩm PCR Kết chương trình BLAST Các cơng trình nghiên cứu khoa học có cấu trúc bậc giống với sản phẩm PCR Chọn nghiên cứu có giống 100% để so sánh Bài báo 1: • • • Bài báo 2: • • • Locus: NM_001250325 PLN: 19 – DEC – 2018 Organism: Glycine max Locus: XM_028379120 PLN 12 – MAR-2019 Organism: Glycine soja Bài báo 3: • • • Locus: KT031079 PLN: 24 – AUG – 2015 Organism: Glycine Bài báo 4: • • • Locus: LK936508 PLN: 11 – JUL- 2014 Organism: Glycine max Bài báo số 5: • • • Locus: HG965101 PLN: 25 – MAR – 2014 Organism: Glycine max Kết luận • Sản phẩm thu qua thực chương trình PCR có khả biểu tính trạng chịu hạn chịu mặn đậu tương • Kết thu mang tính tham khảo, để có kết luận xác ta cần tiến hành thực nghiêm Thank you for listening ...Chủ đề Xây dựng phương án tách dòng gen GmDREB2 – Gen có khả chịu hạn đậu tương GVHD: PGS.TS Nguyễn Văn Cách Gen GmDREB2 • • • GmDREB2: Glycine max Dehydration Responsive Element Binding gene Thuộc... phân họ gen DREB (Dehydration – Responsive Element Binding) đậu tương Gen GmDREB2 mã hóa nhân tố phiên mã DREB đậu tương có chức kích hoạt phiên mã nhóm gen có khả chịu hạn, chịu lạnh chịu mặn... HG965101 PLN: 25 – MAR – 2014 Organism: Glycine max Kết luận • Sản phẩm thu qua thực chương trình PCR có khả biểu tính trạng chịu hạn chịu mặn đậu tương • Kết thu mang tính tham khảo, để có kết luận