Xây dựng phương án tách dòng gen luciferase trên protoceratium reticulatum

Báo cáo Tin sinh học Đề tài: Xây dựng phương án tách dòng gen Luciferase Protoceratium reticulatum Lựa chọn gen Luciferase(gen phát quang) loài sinh vật tảo, trùng roi, vsv phù du, đom đóm, sứa, cá mập lồng đèn… Tìm kiếm ngân hàng gen để tìm kiếm gen Luciferase lồi vsv khác 2 Kết tìm kiếm thu Lựa chọn đoạn gen loài vsv khác có chế mã hóa gen Luciferase Kết thu sử dụng phần mềm Clustal Omega để tìm đoạn bảo thủ đoạn tương đồng gen chọn Lựa chọn đoạn gen để thiết kế mồi Chọn mồi xuôi từ 675 đến 726 Chọn mồi ngược từ 3522 đến 3573 Sử dụng phần mềm Primer Blast để thiết kế đoạn mồi Chọn đoạn gen Protoceratium reticulatum để thiết kế đoạn mồi Kết thiết kế đoạn mồi Phần mềm xếp cặp mồi theo thứ tự giảm dần độ tối ưu (độ tối ưu máy so sánh khơng có nghĩa thực tế tối ưu nhất) Kết thu 10 cặp mồi Lựa chọn cặp mồi thứ để thực PCR cặp mồi thỏa mãn gần hết yêu cầu sau Yêu cầu lựa chọn cặp mồi: - Độ dài từ 18-24bp Nhiệt độ bắt mồi hai mồi không chênh lệch 5°C Tỉ lệ GC: 40-60%, tối ưu 50-55% nucleotide cuối đầu 3’ cần có G C Những nucleotide đầu 3’ phải bắt cặp xác với đoạn gen cần khuếch đại Hạn chế khả tự liên kết mồi liên kết mồi với nhau: hạn chế đoạn lặp đoạn từ nucleotide trùng trở lên - Tránh vùng có cấu trúc bậc Đặc hiệu gene cần khuếch đại, không đặc hiệu vùng khác genome sinh vật khác 9 Sử dụng phần mềm PCR Test để thực PCR đoạn gen Protoceratium reticulatum với đoạn mồi thứ Bên cạnh nên chạy PCR với cặp mồi khác để so sánh khác biệt 10 Kết PCR 11 Sử dụng phần mềm Blast để so sánh tương đồng kết vừa PCR loài vsv khác có liệu NCBI 12 Kết so sánh Kết cho thấy tương đồng kết vừa PCR với gen loài vsv khác có liệu NBCI Kích vào đường link kết so sánh để đọc báo liên quan đến gen Luciferase Sau ta tiến hành cấy gen tách lên vật chủ kỹ thuật môn kỹ thuật gen, ni quan sát vật chủ để xem tính trạng gen có biểu bên ngồi khơng Nếu tính trạng có biểu có nghĩa gen tách thành công ... đến gen Luciferase Sau ta tiến hành cấy gen tách lên vật chủ kỹ thuật môn kỹ thuật gen, nuôi quan sát vật chủ để xem tính trạng gen có biểu bên ngồi khơng Nếu tính trạng có biểu có nghĩa gen tách. ..Lựa chọn gen Luciferase (gen phát quang) loài sinh vật tảo, trùng roi, vsv phù du, đom đóm, sứa, cá mập lồng đèn… Tìm kiếm ngân hàng gen để tìm kiếm gen Luciferase lồi vsv khác... hiệu vùng khác genome sinh vật khác 9 Sử dụng phần mềm PCR Test để thực PCR đoạn gen Protoceratium reticulatum với đoạn mồi thứ Bên cạnh nên chạy PCR với cặp mồi khác để so sánh khác biệt 10