(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam

(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam(Luận văn thạc sĩ) Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida Paradoxosomatidae) và mối quan hệ di truyền của chúng ở Việt Nam

VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT −−−−−−−−−−−−***−−−−−−−−−−−− LUẬN VĂN THẠC SỸ Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida: Paradoxosomatidae) mối quan hệ di truyền chúng Việt Nam Chuyên ngành: Mã số: Động vật học 8420103 Học viên thực hiện: Nguyễn Mạnh Hà Người hướng dẫn: TS Nguyễn Đức Anh Hà Nội − 2018 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam kết toàn số liệu nội dung luận văn thực TS Nguyễn Đức Anh phụ trách Nội dung luận văn phần nghiên cứu đề tài Quỹ Phát triển Khoa học Công nghệ Việt Nam (NAFOSTED) tài trợ: “Nghiên cứu đa dạng loài quan hệ phát sinh giống động vật chân kép họ Paradoxosomatidae (Diplopoda, Polydesmida) Việt Nam” − 106−NN.05−2015.22 TS Nguyễn Đức Anh chủ trì Học viên Nguyễn Mạnh Hà mã số LỜI CẢM ƠN Trước tiên, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến TS Nguyễn Đức Anh, người tận tình giúp đỡ dẫn suốt thời gian học tập, nghiên cứu khoa học hồn thiện luận văn Tơi xin trân trọng cảm ơn thầy, cô giáo sở đạo tạo sau Đại học Viện Sinh thái Tài nguyên Sinh vật giảng dạy, hướng dẫn trình học tập Trong thời gian thu tập mẫu vật thực nghiên cứu nước, tạo điều kiện giúp đỡ quan hợp tác đồng nghiệp Viện Sinh thái Tài nguyên Sinh vật, Ban quản lý Khu bảo tồn Thiên nhiên Nhân dịp này, tơi xin bày tỏ lòng biết ơn đặc biệt với giúp đỡ quý báu Tôi xin trân trọng cảm ơn hỗ trợ kinh phí Quỹ Phát triển Khoa học Công nghệ Việt Nam (NAFOSTED) tài trợ: “Nghiên cứu đa dạng loài quan hệ phát sinh giống động vật chân kép họ Paradoxosomatidae (Diplopoda, Polydesmida) Việt Nam” − mã số 106−NN.05−2015.22 TS Nguyễn Đức Anh chủ trì Cuối cùng, tơi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới tồn thể gia đình, bạn bè, đồng nghiệp ủng hộ động viên suốt trình học tập, làm việc nghiên cứu Học viên Nguyễn Mạnh Hà MỤC LỤC MỞ ĐẦU 1 Lý chọn đề tài Mục tiêu đề tài Nội dung nghiên cứu CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu Việt Nam 1.2 Lịch sử nghiên cứu động vật chân kép Việt Nam 1.3 Giới thiệu giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 10 1.4 Các đặc điểm hình thái giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 14 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG, THỜI GIAN VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 16 2.1 Đối tượng thời gian nghiên cứu 16 2.2 Phương pháp nghiên cứu 16 2.2.1 Phương pháp kế thừa tài liệu, mẫu vật 16 2.2.2 Khảo sát điều tra thực địa: 16 2.2.3 Thu thập mẫu vật: 16 2.2.4 Phân tích phân loại học: 17 2.2.5 Phân tích quan hệ di truyền loài: 17 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 19 3.1 Đa dạng sinh học giống Desmoxytes Việt Nam 19 3.1.1 Thành phần phân bố giống Desmoxytes Việt Nam 19 3.1.2 Đặc điểm nhận dạng loài chân kép giống Desmoxytes Việt Nam 22 3.1.3 Khóa định loại lồi Desmoxytes Việt Nam 55 3.2 Quan hệ phát sinh loài giống Desmoxytes Việt Nam 57 3.2.1 Khoảng cách di truyền 57 3.2.2 Phân tích theo Maximum Likelihood 61 3.2.3 Phân tích theo Bayesian Inference 62 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 64 Kết luận 64 Kiến nghị: 64 TÀI LIỆU THAM KHẢO 65 DANH LỤC BẢNG Bảng 1.1: Danh sách loài chân kép giống Desmoxytes biết 11 Bảng 1.2: Số lượng loài chân kép thuộc giống Desmoxytes ghi nhận quốc gia 13 Bảng 3.3: Thành phần loài chân kép giống Desmoxytes ghi nhận Việt Nam 19 Bảng 3.4: Các loài chân kép họ Paradoxosomatidae giải trình tự gen 16S rRNA 57 Bảng 3.5 Khoảng cách di truyền K2P 20 loài chân kép thuộc họ Paradoxosomatidae Việt Nam 59 DANH LỤC HÌNH ẢNH Hình 1.1: Một số đặc điểm hình thái giống chân kép Desmoxytes Chamberlin, 1923 14 Hình 1.2: Chân giao phối giống chân kép Desmoxytes Chamberlin, 1923 15 Hình 3.3: Phân bố loài chân kép giống Desmoxytes Việt Nam 21 Hình 3.4: Lồi chân kép Desmoxytes aspera (Attems, 1937) núi Ngọc Linh 23 Hình 3.5: Chân giao phối loài chân kép Desmoxytes aspera (Attems, 1937) 23 Hình 3.6: Ảnh SEM chân giao phối loài chân kép Desmoxytes aspera (Attems, 1937) 24 Hình 3.7: Lồi chân kép Desmoxytes cattienensis Nguyen, Golovatch & Anichkin, 2005 VQG Cát Tiên 25 Hình 3.8: Chân giao phối lồi Desmoxytes cattienensis Nguyen, Golovatch & Anichkin, 2005 26 Hình 3.9: Ảnh SEM chân giao phối lồi Desmoxytes cattienensis Nguyen, Golovatch & Anichkin, 2005 26 Hình 3.10: Loài chân kép Desmoxytes cervaria (Attems, 1953) Sa Pa 28 Hình 3.11: Chân giao phối loài chân kép Desmoxytes cervaria (Attems, 1953) 29 Hình 3.12: Ảnh SEM chân giao phối loài chân kép Desmoxytes cervaria (Attems, 1953) 29 Hình 3.13: Lồi chân kép Desmoxytes enghoffi Nguyen, Golovatch & Anichkin, 2005 VQG Phong Nha – Kẻ Bảng 30 Hình 3.14: Chân giao phối loài chân kép Desmoxytes enghoffi Nguyen, Golovatch & Anichkin, 2005 31 Hình 3.15: Ảnh SEM chân giao phối lồi chân kép Desmoxytes enghoffi Nguyen, Golovatch & Anichkin, 2005 31 Hình 3.16: Loài chân kép Desmoxytes grandis Golovatch, VandenSpiegel & Semenyuk, 2016 Khu BTTN Kon Chư Răng 33 Hình 3.17: Chân giao phối loài chân kép Desmoxytes grandis Golovatch, VandenSpiegel & Semenyuk, 2016 34 Hình 3.18: Lồi Desmoxytes hostilis Golovatch & Enghoff, 1994 VQG Tam Đảo 35 Hình 3.19: Chân giao phối lồi Desmoxytes hostilis Golovatch & Enghoff, 1994 35 Hình 3.20: Lồi chân kép Desmoxytes pilosa (Attems, 1937) VQG Cát Tiên 37 Hình 3.21: Chân giao phối lồi chân kép Desmoxytes pilosa (Attems, 1937) 38 Hình 3.22: Ảnh SEM chân giao phối loài chân kép Desmoxytes pilosa (Attems, 1937) 38 Hình 3.23: Lồi chân kép Desmoxytes proxima Nguyen, Golovatch & Anichkin, 2005 VQG Hoàng Liên 40 Hình 3.24: Chân giao phối loài chân kép Desmoxytes proxima Nguyen, Golovatch & Anichkin, 2005 41 Hình 3.25: Lồi chân kép Desmoxytes specialis Nguyen, Golovatch & Anichkin, 2005 núi Ngọc Linh 42 Hình 3.26: Chân giao phối lồi chân kép Desmoxytes specialis Nguyen, Golovatch & Anichkin, 2005 43 Hình 3.27: Loài chân kép Desmoxytes spectabilis (Attems, 1937) VQG Bà Nà – Núi Chúa 44 Hình 3.28: Chân giao phối lồi chân kép Desmoxytes spectabilis (Attems, 1937) 45 Hình 3.29: Ảnh SEM chân giao phối lồi chân kép Desmoxytes spectabilis (Attems, 1937) 45 Hình 3.30: Lồi chân kép Desmoxytes sp.1 VQG Xuân Sơn 47 Hình 3.31: Chân giao phối loài chân kép Desmoxytes sp.1 VQG Xn Sơn 48 Hình 3.32: Lồi chân kép Desmoxytes sp.2 VQG Cúc Phương 50 Hình 3.33: Chân giao phối lồi chân kép Desmoxytes sp.2 VQG Cúc Phương 51 Hình 3.34: Ảnh SEM chân giao phối loài chân kép Desmoxytes sp.2 VQG Cúc Phương 51 Hình 3.35: Lồi chân kép Desmoxytes sp.3 Hà Giang 53 Hình 3.36: Chân giao phối lồi chân kép Desmoxytes sp.3 Hà Giang 54 Hình 3.37: Ảnh SEM chân giao phối loài chân kép Desmoxytes sp.2 VQG Cúc Phương 54 Hình 3.38: Cây phát sinh chủng loại loài Desmoxytes số loài chân kép khác theo phân tích ML 62 Hình 3.39: Cây phát sinh chủng loại loài Desmoxytes số lồi chân kép khác theo phân tích BI 63 MỞ ĐẦU Lý chọn đề tài Chân kép họ Paradoxosomatidae thuộc Polydesmida, lớp Chân kép (Diplopda) loài động vật phân hủy vụn hữu cơ, tham gia vào trình phân giải vật chất lượng hệ sinh thái Đã có nhiều nghiên cứu hệ thống phân loại họ Paradoxosomatidae Attems (1914, 1937), Broelemann (1916), Verhoeff (1941), Jeekel (1963, 1968), Hoffman (1980) [2], [5], [26], [68] Các cơng trình nghiên cứu động vật chân kép họ Paradoxosomatidae Việt Nam chủ yếu phát mô tả loài ([5], [2], [3], [4], [16], [30], [13]) Cho đến năm 2005, có 59 lồi thuộc 19 giống họ Paradoxosomatidae ghi nhận Việt Nam Các cơng trình nghiên cứu sau bổ sung số lồi mơ tả giống cho khoa học ([45], [19]; [39], [41], [42]) Hiện nay, họ Paradoxosomatidae có 72 lồi thuộc 22 giống, tộc ghi nhận Việt Nam Trong đó, có 10 giống gặp Việt Nam Việt Nam quốc gia có đa dạng sinh học cao giới với khoảng 12.000 loài thực vật bậc cao khoảng 3.000 loài động vật có xương sống mơ tả, có nhiều lồi đặc hữu Cấu trúc địa chất độc đáo, địa lý thuỷ văn đa dạng, khí hậu nhiệt đới gió mùa góp phần tạo nên đa dạng lồi động thực vật nói chung đa dạng động vật chân kép nói riêng Giống chân kép Desmoxytes phân bố rộng khu vực Đông Nam Á, từ phía Nam Trung Quốc đến phía Nam Thái Lan, từ miền Đông Miến Điện sang Việt Nam Cho đến nay, có khoảng 50 lồi chân kép thuộc giống mơ tả Trong đó, có nửa mô tả khoảng 10 năm trở lại ([20], [31], [32], [33], [48]) Ở Việt Nam, ghi nhận 10 loài chân kép thuộc giống Số lượng chưa thực phản ánh hết mức độ đa dạng giống chân kép Việt Nam Bên cạnh đó, chưa có nghiên cứu quan hệ phát sinh loài chân kép giống Desmoxytes Trong giới hạn đề tài nghiên cứu cho học viên Cao học, lựa chọn thực đề tài: “Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Cơ thể có màu nâu sang nâu tối Tấm ức thứ có phiến hình thang xẻ thùy đốt khớp háng đôi chân – Cơ thể có màu đỏ hồng Tấm ức thứ có mấu nhỏ nằm phiến mỏng hình vng, nhô cao đốt khớp háng đôi chân D enghoffi Đốt đùi chân có mấu lồi mặt bụng Đỉnh chân giao phối có dạng hình thùy tròn D namek – Đốt đùi chân đơi có mấu lồi mặt bụng Đỉnh chân giao phối nhọn Tấm lưng có 3+3 gai phía sau 10 – Tấm lưng có 1+1 gai nhỏ phía sau D cattienensis 10 Cơ thể có màu hồng đỏ Tấm lưng có nhiều lơng nhỏ, 4+4 gai nhỏ phía sau D pilosa – Cơ thể có màu tối nâu hạt dẻ Tấm lưng có nhiều hạt nhỏ có 3+3 gai phía sau D proxima 11 Tấm lưng có 1+1 gai phía sau Chân giao phối cong dạng lưỡi liềm; đốt đùi chân giao phối cong; solenomere dài D specialis – Tấm lưng có 2+2 gai/mấu lồi phía sau Chân giao phối cong dạng lưỡi liềm; solenophore ngắn, nhọn phía đỉnh 12 12 Tấm ức thứ có hai mấu lồi độc lập đốt khớp háng đôi chân thứ Râu thon dài D grandis – Tấm ức thứ có phiến hình thang xẻ thùy đốt khớp háng đôi chân thứ Râu ngắn cứng cáp D holstii 56 3.2 Quan hệ phát sinh loài giống Desmoxytes Việt Nam 3.2.1 Khoảng cách di truyền Chúng tách chiết thành công DNA giải trình tự đoạn gen ty thể 16S rRNA 20 loài chân kép thuộc họ Paradoxosomatidae Tuy nhiên, không thành công việc khuyếch đại đoạn gen COI Vì vậy, phân tích quan hệ di truyền đây, sử dụng đoạn gen ty thể 16S rRNA Hai loài chân kép giống Tylopus Jeekel, 1968 thuộc tộc Sulciferini lựa chọn nhóm ngồi; 18 lồi lại thuộc giống, Orthomorpha, Orthomorphoides, Antheromorpha Desmoxytes, thuộc tộc Orthomorphini Thông tin lồi trình bày bảng Bảng 3.4: Các lồi chân kép họ Paradoxosomatidae giải trình tự gen 16S rRNA Số Tên loài Mã số loài Nơi thu tt Yon Don, Đắk Lắk Antheromorpha festiva IEBR−Myr 519 Antheromorpha pumatensis IEBR−Myr IPE3 Pù Mát, Nghệ An Desmoxyes specialis IEBR−Myr 67 Ngọc Linh, Kon Tum Desmoxytes cervaria IEBR−Myr 32 Sapa, Lào Cai Desmoxytes enghoffi IEBR−Myr IPE5 Phong Nha – Kẻ Bàng, Quảng Bình Desmoxytes cf pilosa IEBR−Myr 639 Kon Ka Kinh, Gia Lai Desmoxytes pilosa IEBR−Myr 659 Kon Ka Kinh, Gia Lai Desmoxytes pilosa IEBR−Myr 65 Hòn Bà, Khánh Hòa Desmoxytes proxima IEBR−Myr 243 Sapa, Lào Cai 10 Desmoxytes sp.1 IEBR−Myr 164 Xuân Sơn, Phú Thọ 11 Desmoxytes sp.2 IEBR−Myr 219 Cúc Phương, Ninh Bình 57 12 Desmoxytes sp.3 IEBR−Myr 514 Đức Xuân, Hà Giang 13 Desmoxytes specialis IEBR−Myr 594 Thạch Nham, Gia Lai 14 Orthomorpha arboricola IEBR−Myr 455 Ngọc Linh, Kon Tum 15 Orthomorpha glandulosa IEBR−Myr 237 Phước Mỹ, Quảng Nam 16 Orthomorpha scabra IEBR−Myr 432 Bi Duop− Núi Bà, Lâm Đồng 17 Orthomorpha sp IEBR−Myr 435 Cát Tiên, Đồng Nai 18 Orthomorphoides setosus IEBR−Myr 523 Bi Duop− Núi Bà, Lâm Đồng 19 Tylopus hilaroides IEBR−Myr 198 Cúc Phương, Ninh Bình 20 Tylopus roseiparaterga IEBR−Myr Tam Đảo, Vĩnh Phúc 185A Tập hợp liệu đoạn gen 16S rRNA 20 loài chân kép sau thẳng hàng cắt bỏ phần khơng phù hợp 599 nucleotids bao gồm khoảng cách trống Vùng chứa thơng tin bảo thủ (Conservative region) có 197 nucleotids, vùng chứa thơng tin (parcimony−informative) có 243 nucleotids, vùng chứa thơng tin biến đổi (variable) có 309 nucleotids Tỷ lệ A:T:G:C 34.8 : 33.4 : 9.2 : 22.6; tổng G+C = 31.8 Khoảng cách di truyền 22 loài chân kép tính theo khoảng cách K2P (Kimura 2-parameter model) phần mềm MEGA ver.7.0 Theo đó, khoảng cách di truyền K2P loài Desmoxytes dao động từ 0,112−0,352 Khoảng cách K2P lồi có 0,04 Khoảng cách di truyền K2P giống chân kép khác (Desmoxytes, Antheromorpha, Orthomorpha, Orthomorphoides Tylopus) dao động từ 0,209 đến 0,377 58 Bảng 3.5 Khoảng cách di truyền K2P 20 loài chân kép thuộc họ Paradoxosomatidae Việt Nam Mã loài 659 659_Desmoxytes 639 65 594 67 219 164 243 32 514 IPE5 IPE3 519 432 237 435 455 523 198 185A 0.018 0.010 0.021 0.022 0.033 0.029 0.033 0.032 0.032 0.036 0.036 0.035 0.034 0.032 0.035 0.035 0.037 0.034 0.034 0.017 0.024 0.023 0.036 0.034 0.035 0.035 0.035 0.037 0.038 0.036 0.035 0.035 0.036 0.039 0.037 0.035 0.032 0.022 0.023 0.034 0.031 0.034 0.033 0.033 0.034 0.037 0.037 0.037 0.034 0.036 0.038 0.038 0.034 0.035 0.011 0.032 0.030 0.032 0.032 0.032 0.035 0.036 0.038 0.032 0.031 0.033 0.033 0.034 0.033 0.033 0.029 0.028 0.030 0.031 0.031 0.032 0.033 0.035 0.030 0.029 0.031 0.031 0.034 0.031 0.032 0.025 0.027 0.025 0.029 0.029 0.025 0.029 0.029 0.027 0.026 0.028 0.030 0.028 0.028 0.023 0.020 0.026 0.025 0.028 0.027 0.028 0.026 0.027 0.029 0.031 0.028 0.028 0.025 0.030 0.029 0.033 0.032 0.032 0.029 0.029 0.029 0.030 0.030 0.030 0.024 0.027 0.030 0.029 0.026 0.027 0.026 0.027 0.032 0.028 0.027 0.030 0.032 0.034 0.029 0.028 0.030 0.028 0.031 0.032 0.032 0.032 0.034 0.033 0.032 0.033 0.032 0.032 0.030 0.033 0.026 0.032 0.030 0.030 0.032 0.029 0.027 0.028 0.027 0.028 0.026 0.029 0.033 0.031 0.029 0.016 0.020 0.015 0.030 0.026 0.027 0.020 0.013 0.029 0.027 0.028 639_Desmoxytes 0.118 65_Desmoxytes 0.040 0.112 594_Desmoxytes 0.170 0.204 0.190 67_Desmoxyes 0.170 0.200 0.183 0.045 219_Desmoxytes 0.320 0.346 0.328 0.317 0.280 164_Desmoxytes 0.276 0.321 0.295 0.297 0.275 0.208 243_Desmoxytes 0.319 0.333 0.322 0.306 0.284 0.232 0.175 32_Desmoxytes 0.306 0.331 0.318 0.332 0.313 0.207 0.158 0.210 514_Desmoxytes 0.294 0.328 0.310 0.316 0.298 0.240 0.219 0.249 0.192 IPE5_Desmoxytes 0.351 0.352 0.333 0.342 0.310 0.252 0.209 0.258 0.227 0.265 IPE3_Antheromorpha 0.341 0.355 0.357 0.357 0.328 0.209 0.251 0.294 0.246 0.280 0.290 519_Antheromorpha 0.355 0.365 0.372 0.379 0.349 0.271 0.246 0.300 0.274 0.330 0.318 0.211 432_Orthomorpha 0.344 0.331 0.370 0.319 0.287 0.258 0.240 0.278 0.239 0.286 0.297 0.273 0.229 237_Orthomorpha 0.318 0.339 0.334 0.306 0.287 0.254 0.232 0.268 0.242 0.263 0.297 0.262 0.244 59 0.093 435_Orthomorpha 0.344 0.333 0.351 0.316 0.296 0.227 0.216 0.249 0.215 0.273 0.296 0.247 0.226 0.151 0.139 455_Orthomorpha 0.351 0.377 0.377 0.334 0.314 0.265 0.262 0.268 0.249 0.264 0.294 0.286 0.251 0.085 0.062 0.141 523_Orthomorphoides 0.358 0.340 0.366 0.319 0.322 0.279 0.273 0.258 0.276 0.282 0.288 0.259 0.304 0.263 0.260 0.215 0.252 198_Tylopus 0.325 0.342 0.337 0.318 0.298 0.252 0.254 0.273 0.260 0.292 0.259 0.234 0.281 0.221 0.231 0.207 0.234 0.236 185A_Tylopus 0.328 0.304 0.345 0.308 0.300 0.253 0.261 0.273 0.245 0.305 0.298 0.237 0.258 0.228 0.243 0.228 0.265 0.222 60 0.020 0.026 0.025 0.025 0.028 0.027 0.030 0.029 0.027 0.023 0.174 3.2.2 Phân tích theo Maximum Likelihood Quan hệ phát sinh loài Desmoxytes, chúng với số loài chân kép khác phân tích theo phương pháp Maximum Likelihood (ML) thể hình 38 Theo phương pháp ML, loài giống Desmoxytes, Antheromorpha Orthomorpha tạo thành nhóm độc lập, tương đương với giống xem đơn phát sinh Giống Desmoxytes có quan hệ gần với giống Antheromorpha với số bootstrap 59% Cả hai giống Desmoxytes Antheromorpha tạo thành nhóm có quan hệ gần gữi với giống Orthomorpha (chỉ số bootstraps 61% Trong giống Desmoxytes, thấy rõ hai nhóm tách rõ ràng với giá trị bootstraps 63% Nhóm bao gồm loài D specialis D cf pilosa D pilosa Giá trị bootstrap mẫu vật nhóm cao, dao động từ 94−100% Nhóm thứ hai bao gồm loài Desmoxytes sp.2, D enghoffi, Desmoxytes sp.1, D proxima, D cervaria, Desmoxytes sp.3 Tuy nhiên, giá trị bootstrap loài thấp, dao động từ 44−66%, ngoại từ quan hệ loài D proxima nhóm hai lồi D cervaria + Desmoxytes sp.3 Cây quan hệ phát sinh loài Desmoxytes khẳng định loài Desmoxytes sp.1, Desmoxytes sp.2 Desmoxytes sp.3 loài mới, nằm độc lập với lồi khác quan hệ phát sinh 61 Hình 3.38: Cây phát sinh chủng loại loài Desmoxytes số lồi chân kép khác theo phân tích ML 3.2.3 Phân tích theo Bayesian Inference Quan hệ phát sinh loài Desmoxytes, chúng với số lồi chân kép khác phân tích theo phương pháp Bayesian Inference (BI) thể hình 3.39 Theo phương pháp BI, loài giống Desmoxytes, Antheromorpha Orthomorpha tạo thành nhóm độc lập, tương đương với giống xem đơn phát sinh Giống Desmoxytes có quan hệ gần với giống Antheromorpha với giá trị BI 0.63 bpp Cả hai giống Desmoxytes Antheromorpha tạo thành nhóm có quan hệ gần gữi với giống Orthomorpha (giá trị BI 0.6 bpp) 62 Trong giống Desmoxytes, thấy rõ ba nhóm tách rõ ràng với giá trị bootstraps 0.62 bpp Nhóm lồi Desmoxytes sp.2 Nhóm thứ hai bao gồm loài D specialis D cf pilosa D pilosa Giá trị BI mẫu phân tích nhóm cao, bpp Nhóm thứ ba bao gồm loài D enghoffi, Desmoxytes sp.1, D proxima, D cervaria, Desmoxytes sp.3 Tuy nhiên, giá trị BI lồi trung bình, đạt 0.67 bpp; ngoại từ quan hệ lồi D proxima nhóm hai lồi D cervaria + Desmoxytes sp.3, có giá trị BI = 0.98 bpp Quan hệ phát sinh loài Desmoxytes chưa thực rõ ràng, có nhiều nhánh chưa xác định gốc phát sinh (hay tổ tiên chung) Cây quan hệ phát sinh loài Desmoxytes khẳng định loài Desmoxytes sp.1, Desmoxytes sp.2 Desmoxytes sp.3 loài mới, nằm độc lập với loài khác quan hệ phát sinh Hình 3.39: Cây phát sinh chủng loại loài Desmoxytes số lồi chân kép khác theo phân tích BI 63 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ  Kết luận Đã ghi nhận 13 loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 Việt Nam Trong đó, có lồi xác định lồi cho khoa học công bố thời gian tới Giống Desmoxytes phân bố rộng Việt Nam, từ khu vực núi cao (D specialis núi Ngọc Linh, D proxima núi Hoàng Liên) đến khu vực núi thấp phía Nam Việt Nam (D pilosa Cát Tiên) Giống Desmoxytes có quan hệ gần với giống Antheromorpha tộc Orthomorphini theo phân tích đoạn gen ty thể 16S rRNA Quan hệ phát sinh loài giống Desmoxytes Việt Nam chưa thật rõ ràng Cần có thêm dẫn liệu phân tử lồi khác để phân tích rõ ràng  Kiến nghị: Tiếp tục khảo sát thu thập mẫu loài chân kép giống Desmoxytes Việt Nam Tiến hành cơng bố lồi ghi nhận nghiên cứu (Khi có đủ sở khoa học) Phân tích thêm trình tự đoạn gen khác, thu thập thêm mẫu vật cho nghiên cứu phát sinh chủng loại 64 TÀI LIỆU THAM KHẢO [1] Altschul S.F et al (1997) Gapped BLAST and PSI−BLAST: a new generation of protein database search programs Nucleic Acids Research, 25, pp.3389– 3402 [2] Attems C (1937) Myriapoda Polydesmoidea I Fam Strongylosomidae Das Tierreich, 68, p.300 [3] Attems C (1938) Die von Dr C Dawydoff in französisch−IndoTrung Quốc gesammelten Myriopoden, Mémoires du Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris {N S.} [4] Attems C (1953) Myriopoden von IndoTrung Quốc Expedition von Dr C Dawydoff (1938−1939) Mémoires du Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris {N S., Sér A, Zool.}, 5(3), pp.133–230 [5] Brolemann H.W (1916) Essai de classification des Polydesmiens [Myriapodes] Annales de la Société Entomologique de France, 84: 523–608 [6] Chamberlin R.V (1923) Two Diplopod immigrants taken at Honolulu Proceedings of the Biological Society of Washington, 36: 165−168 [7] Demange J.−M (1961) Matériaux pour servir une revision des Harpagophoridae // Mém Mus natn Hist nat., Sér.A (Zool.) T.24 P.1–274 [8] Edgar R.C (2004) MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput Nucleic Acids Research, 32(5), pp.1792–1797 [9] Enghoff H., Golovatch S.I., Nguyen A.D (2004) A review of the millipede fauna of Việt Nam (Diplopoda) Arthropoda Selecta, 13(1−2): 29−43 [10] Enghoff H., Sutcharit C., Panha S (2007) The shocking pink dragon millipede, Desmoxytes purpurosea, a colourful new species from Thái Lan (Diplopoda: Polydesmida: Paradoxosomatidae) Zootaxa, 1563: 31–36 [11] Folmer O., Black M., Hoeh W., Lutz R & Vrijenhoek R (1994) DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates Molecular Marine Biology and Biotechnology, 3: 294–299 65 [12] Golovatch S.I & Enghoff H (1993) Review of the millipede genus Tylopus, with descriptions of new species from Thailand (Diplopoda, Polydesmida, Paradoxosomatidae) Steenstrupia, 19: 85–125 [13] Golovatch S.I & Enghoff H (1994) Review of the dragon millipede, genus Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Diplopoda, Polydesmida, Paradoxosomatidae) Steenstrupia, 20(2): 1–71 [14] Golovatch S.I & Korsós Z (1990) Contributions to the millipede fauna of Vietnam (Diplopoda) III Spirobolida Acta zool Hung., 36: 25–36 [15] Golovatch S.I (1983) Contributions to the millipede fauna of Vietnam (Diplopoda) Chordeumatida Acta zool Acad Sci Hung., 29: 123–127 [16] Golovatch S.I (1984) Contribution to the millipede fauna of Vietnam (Diplopoda) II Acta zool Hung., 30: 53–77 [17] Golovatch S.I (2015) On several new or poorly−known Oriental Paradoxosomatidae (Diplopoda: Polydesmida), XVII Arthropoda Selecta, 24(2): 127–168 [18] Golovatch S.I (2017) On several new or poorly−known Oriental Paradoxosomatidae (Diplopoda: Polydesmida), XXII Arthropoda Selecta, 26(2): 87–102 [19] Golovatch S.I., Geoffroy J.J., Mauriès J.P (2010) Two new species of the millipede genus Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Diplopoda: Polydesmida: Paradoxosomatidae) from caves in southern China Arthropoda Selecta, 19(2): 57–61 [20] Golovatch S.I., Li Y., Liu W., Geoffroy J.−J (2012) Three new cavernicolous species of dragon millipedes, genus Desmoxytes Chamberlin, 1923, from southern China, with notes on a formal congener from the Philippines (Diplopoda, Polydesmida, Paradoxosomatidae) ZooKeys, 185: 1–17 [21] Golovatch S.I., Vandenspiegel D., Semenyuk I.I (2016) On several new or poorly−known Oriental Paradoxosomatidae XXI Arthropoda Selecta, 25(4): 335–354 66 (Diplopoda: Polydesmida), [22] Hall T.A (1999) BioEdit: a user−friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT Nucleic Acids Symposium Series, 41: 95–98 [23] Hoffman R.L (1973) Descriptions and allocations of new or poorly known genera and species of Paradoxosomatidae from south−eastern Asia (Diplopoda: Polydesmida) Journal of Natural History, 7: 361–389 [24] Huelsenbeck J.P & Bollback J.P (2001) Empirical and hierarchical bayesian estimation of ancestral states Systematic Biology, 50, pp.351–366 Available at: http://www.jstor.org/stable/3070928 [25] Jeekel C.A.W (1953) Two new Strongylosomidae from Indochina Beaufortia, 2(29): 1–8 [26] Jeekel C.A.W (1963) Paradoxosomatidae from Borneo Tijdschr Ent Deel., 106: 205–283 [27] Jeekel C.A.W (1964) Two new species of Pratinus Attems, with taxonomic notes on the genus and a redescription of its type–species (Diplopoda, Polydesmida) Beaufortia, 11: 61–73 [28] Jeekel C.A.W (1968) On the classification and geographical distribution of the family Paradoxosomatidae (Diplopoda, Polydesmida), Bronder−Offset Rotterdam, private published [29] Jeekel C.A.W (1980) The generic allocation of some little–known Paradoxosomatidae from South−East Asia (Diplopoda, Polydesmida) Revue de Suisse Zoologie, 87: 651–670 [30] Korsós Z & Golovatch S.I (1989) Addenda to the millipede fauna of Vietnam (Diplopoda) Acta zool Hung., 35: 211–220 [31] Likhitrakarn N., Golovatch S.I., Panha S (2015) Two new species of dragon millipedes, genus Desmoxytes Chamnerlin, 1923, from Laos (Diplopoda: Polydesmida: Paradoxosomatidae), with redescriptions of all four species of Attems from Việt Nam Zootaxa, 3931(4): 483–504 [32] Liu W., Golovatch S.I., Tian M (2014) A review of the dragon millipede genus Desmoxytes Chamberlin, 1923 in Trung Quốc, with descriptions of four 67 new species (Diplopoda, Polydesmida, Paradoxosomatidae) ZooKeys, 48: 9– 26 [33] Liu W., Golovatch S.I., Tian M (2016) Six new species of dragon millipedes, genus Desmoxytes Chamberlin, 1923, mostly from caves in Trung Quốc (Diplopoda, Polydesmida, Paradoxosomatidae) ZooKeys, 577: 1–24 [34] Loksa I (1960) Einige neue Diplopoden− und Chilopodenaren aus chinesischen Hohlen Acta zoologica Academiae scientiarum hungaricae, 6(1−2): 135–148 [35] Mauriès J.−P & Enghoff H (1990) A new genus of cambaloid millipedes from Vietnam (Diplopoda: Spirostreptida: Cambalopsidae) Entomologica Scandinavia, 21: 91–96 [36] Mauriès J.−P (1977) Le genre Glyphiulus Gervais, 1847, et sa place dans la classification des cambalides, propos de la description d’une nouvelle espèce du Viêt−Nam (Diplopoda, Iulida, Cambalidea) Bull Mus natn Hist nat., Zool 3e sér., 431(301): 243–250 [37] Mesibov R and Churchill T (2003) Patterns in pitfall captures of millipedes (Diplopoda: Polydesmida: Paradoxosomatidae) at coastal heathland sites in Tasmania Australian Zoologist, 32(3): 431–438 [38] Nguyen A.D & Sierwald P (2013) A worldwide catalog of the family Paradoxosomatidae Daday, 1889 (Diplopoda: Polydesmida) CheckList, 9(6): 1132–1353 [39] Nguyen A.D (2010) The millipede genus Anoplodesmus Pocock, 1895 in Vietnam (Diplopoda: Polydesmida: Paradoxosomatidae) Zootaxa, 2649: 52– 60 [40] Nguyen A.D (2010) The millipede tribe Sundaninini in Vietnam (Diplopoda: Polydesmida: Paradoxosomatidae) Zootaxa, 2479: 59–68 [41] Nguyen A.D (2011) A review of the millipede tribe Tonkinosomatini (Diplopoda: Polydesmida: Paradoxosomatidae) from Vietnam Zootaxa, 3036: 58–68 68 [42] Nguyen A.D (2012) Tylopus millipedes in Vietnam (Diplopoda: Polydesmida: Paradoxosomatidae: Sulciferini), with descriptions of five new species The Raffles Bulletin of Zoology, 60(2): 289–311 [43] Nguyen A.D (2017) A second species of the genus Vietnamorpha Golovatch, 1984 (Polydesmida, Paradoxosomatidae) and notes on the generic relationship Journal of Natural History, 51(39–40): 2331–2343 [44] Nguyen A.D., Golovatch S.I (2016) The millipede genus Enghoffosom Golovatch, 1993 recorded in Vietnam for the first time, with descriptions of three new species (Diplopoda, Polydesmida, Paradoxosomatidae) Zootaxa, 4139 (2): 151–166 [45] Nguyen A.D., Golovatch, S.I & Anichkin A.E (2005) The dragon millipedes in Việt Nam (Polydesmida: Paradoxosomatidae, genus Desmoxytes Chamberlin, 1923) Arthropoda Selecta, 14(3): 251–257 [46] Nguyen A.D., Korsós Z., Jang K.−H., Hwang U.−W (2017) A revision and phylogenetic analysis of the millipede genus Oxidus Cook, 1911 (Polydesmida: Paradoxosomatidae) European Journal of Taxonomy, 233: 1–22 [47] Shear W.A (2000) A new genus and species of callipodidan milliped from Vietnam (Callipodida, Schizopetalidae) Myriapodologica, 6: 95–100 [48] Srisonchai R., Enghoff H., Likhitrakarn N., Panha S (2016) Four colorful new species of dragon millipedes, genus Desmoxytes Chamberlin, 1923, from northern Thai Lan (Diplopoda: Paradoxosomatidae) Zootaxa, 4170(1): 93−113 69 Polydesmida: PHỤ LỤC: MỘT SỐ HÌNH ẢNH NGHIÊN CỨU 70 ... Đa dạng thành phần loài chân kép thuộc giống Desmoxytes Chamberlin, 1923 (Polydesmida: Paradoxosomatidae) mối quan hệ di truyền chúng Việt Nam Mục tiêu đề tài Mục tiêu đề tài làm rõ mức độ đa. .. nhận dạng loài chân kép giống Desmoxytes Việt Nam 22 3.1.3 Khóa định loại lồi Desmoxytes Việt Nam 55 3.2 Quan hệ phát sinh loài giống Desmoxytes Việt Nam 57 3.2.1 Khoảng cách di truyền. .. thành phần loài phân bố giống Desmoxytes Việt Nam - Xác định mối quan hệ di truyền loài thuộc giống Desmoxytes Việt Nam dẫn liệu phân tử CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu Việt Nam a