PHÂN TÍCH TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA 11 GIỐNG MÈ (Sesamum indicum L.) THU THẬP TẠI MỘT SỐ TỈNH KHU VỰC BẮC VÀ TRUNG BỘ SỬ DỤNG ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ CHỈ THỊ SSR

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH PHẠM HỮU HỒNG PHÂN TÍCH TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA 11 GIỐNG MÈ (Sesamum indicum L.) THU THẬP TẠI MỘT SỐ TỈNH KHU VỰC BẮC VÀ TRUNG BỘ SỬ DỤNG ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ CHỈ THỊ SSR LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 03/2012 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH ********************** PHẠM HỮU HỒNG PHÂN TÍCH TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA 11 GIỐNG MÈ (Sesamum indicum L.) THU THẬP TẠI MỘT SỐ TỈNH KHU VỰC BẮC VÀ TRUNG BỘ SỬ DỤNG ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ CHỈ THỊ SSR Chuyên ngành: Kỹ thuật trồng trọt Mã số : 60 62 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NƠNG NGHIỆP Hướng dẫn khoa học: TS BÙI MINH TRÍ Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 03/2012 PHÂN TÍCH TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA 11 GIỐNG MÈ (Sesamum indicum L.) THU THẬP TẠI MỘT SỐ TỈNH KHU VỰC BẮC VÀ TRUNG BỘ SỬ DỤNG ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ CHỈ THỊ SSR PHẠM HỮU HOÀNG Hội đồng chấm luận văn: Chủ tịch: TS Võ Thái Dân Trường Đại Học Nông Lâm TP.HCM Phản biện 1: GS.TS Nguyễn Thị Lang Viện lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long Phản biện 2: TS Nguyễn Hữu Hổ Viện Sinh Học Nhiệt đới Thư ký: TS Phạm Đức Toàn Trường Đại Học Nông Lâm TP.HCM Ủy viên: TS Bùi Minh Trí Trường Đại Học Nơng Lâm TP.HCM ĐẠI HỌC NƠNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH HIỆU TRƯỞNG i1 LÝ LỊCH CÁ NHÂN Tơi tên Phạm Hữu Hồng, sinh ngày 05 tháng 08 năm 1982, xã Phước Hòa, Phú Giáo, tỉnh Bình Dương Con ơng Phạm Văn Thơi bà Lê Thị Thu Tốt nghiệp Tú tài Trường Trung học Phổ thơng Tân Bình, huyện Tân Un, tỉnh Bình Dương Tốt nghiệp Đại học ngành Nơng học, hệ chức Đại học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh Sau làm việc Cơng ty Cổ phần Cao su Phước Hòa, huyện Phú Giáo, tỉnh Bình Dương Tháng năm 2008 theo học Cao học ngành Trồng trọt Đại học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh Tình trạng gia đình: Năm kết hơn: 2008 Vợ: Cao Minh Thủy Nguyên Địa liên lạc: Ấp 1A xã Phước Hòa, huyện Phú Giáo, tỉnh Bình Dương Điện thoại cá nhân: 0985661981 Email: huuhoang58@gmail.com ii LỜI CAM ĐOAN Tơi cam đoan cơng trình nghiên cứu độc lập Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực chưa công bố công trình khác Người cam đoan Phạm Hữu Hồng iii LỜI CẢM TẠ Tôi xin chân thành cảm ơn: Ban Giám hiệu trường Đại học Nơng Lâm Tp Hồ Chí Minh Các Thầy Cô Khoa Nông học Thầy Cô trực tiếp giảng dạy suốt năm Cao học vừa qua, cám ơn Thầy Cô hỗ trợ tạo điều kiện tốt cho suốt trình học tập thực đề tài Tôi xin trân trọng gửi lời cảm ơn đến: TS Bùi Minh Trí tận tình hướng dẫn, bảo truyền đạt kinh nghiệm quý báu tạo điều kiện tốt cho việc thực hoàn tất đề tài tốt nghiệp ThS Võ Thị Thúy Huệ hết lòng bảo giúp đỡ tơi suốt q trình thực đề tài tốt nghiệp Các anh chị Trung tâm Phân tích Hóa sinh tạo điều kiện giúp đỡ thời gian thực đề tài Chương trình hợp tác nghiên cứu Việt Nam – Thụy Điển (SIDA/SAREC) hỗ trợ tài thực đề tài Gia đình, bạn lớp Cao học 2008 chia sẻ, góp ý động viên tơi suốt q trình học tập nghiên cứu TP HCM, tháng 03 năm 2012 Phạm Hữu Hồng iv TĨM TẮT Đề tài ” “Phân tích tính đa dạng di truyền 11 giống mè (Sesamum indicum L.) thu thập số tỉnh khu vực Bắc Trung sử dụng đặc điểm hình thái thị SSR” tiến hành khu thực nghiệm trường Cao đẳng Nông nghiệp Nam bộ, tỉnh Tiền Giang phòng thí nghiệm Cơng nghệ Sinh học Thực vật - Viện Nghiên cứu Công nghệ Sinh học Môi trường – Trường Đại học Nông Lâm Tp.HCM, từ tháng 03/2010 đến tháng 10/2010 Bố trí thí nghiệm ngồi đồng cho 11 mẫu giống mè thu thập từ tỉnh khu vực Bắc Trung Thí nghiệm bố trí theo kiểu khối đầy đủ ngẫu nhiên yếu tố với 11 nghiệm thức, lần lặp lại Theo dõi ghi nhận số liệu đặc điểm hình thái, sử dụng phần mềm Microsoft excel, Statgraphics 7.0 phân tích số liệu phần mềm Ntsyspc 2.1 xây dựng phân nhóm di truyền dựa đặc điểm hình thái Phân tích đa dạng di truyền 11 giống mè thí nghiệm với 10 cặp mồi SSR Sử dụng phần mềm Popgene 1.32 để phân tích số đa dạng di truyền Xây dựng phân nhóm di truyền theo phương pháp UPGMA phần mềm Ntsyspc 2.1 kết hợp phân tích độ tin cậy phân nhóm thơng qua hệ số Bootstrap Kết cho thấy: Có khác biệt rõ rệt đặc điểm hình thái 11 mẫu giống mè (p0,05) Kết xây dựng phân nhóm di truyền dựa vào đặc điểm hình thái phân 11 mẫu giống mè thí nghiệm làm nhóm lớn: Nhóm bao gồm giống mè 112TH 121NB Nhóm bao gồm giống mè lại Sử dụng 10 cặp mồi phát marker SSR, kết thu 54 băng, băng đa hình Kết phân tích cho thấy số đa hình (PIC) mồi dao động khoảng từ 0,16 đến 0,85, trung bình 0,57 Trong đó, mồi Sesame-09 cho PIC cao v (0,85), mồi GBssr-sa-33 cho PIC thấp (0,16) Chỉ số Nm dao động khoảng từ 0,0 – 0,46, trung bình 0,13 Chỉ số dị hợp tử HE nằm khoảng 0,17 – 0,86, trung bình 0,59 Trắc nghiệm AMOVA phân tích biến động di truyền cho thấy phần trăm biến động di truyền 11 giống mè thí nghiệm cao (65,77%), biến động di truyền mẫu giống mè thấp (34,23%) Cây phân nhóm di truyền dựa vào thị SSR chia 11 giống mè làm nhóm: Nhóm gồm giống 66NL, 162ND, 112TH, 121NB, 119HD, 143TB Nhóm bao gồm giống lại vi SUMMARY The study "Analysis of genetic diversity of eleven sesame accessions (Sesamum indicum L.) collected from Northern and Central Viet Nam using morphological and SSR markers" was carried out at the reseach station of Southern Agricultural College in Tien Giang and at Plant Biotechnology Department, Reseach Insitute of Biotechnology and Environment, Nong Lam University in Ho Chi Minh City Experiments were carried out from March 2010 to October 2010 Eleven sesame accessions used in this study were collected from various regions in Northern and Central Viet Nam The trial layout was based on Randomized Completely Block Design with three replications The data were calculated using Microsoft Excel, Statgraphics 7.0 and Ntsyspc 2.1 sofware while phylogenetic relationship between accessions were estimated using group average cluster analysis Ten SSR markers were used to estimated genetic diversity of the 11 sesame accessions Genetics variation and genetic structure were computed with the Popgen sofware version 1.32 UPGMA dendrogram was built by using Ntsyspc 2.1 sofware Results indicated that: The ontained results indicated that among eleven sesame accessions, there were significant differences between the accessions for almost characters (p< 0.05), except the harvest date (p > 0.05) Cluster analysis for phylogenetic relationship between accessions showed that sesame accessions grouped into two main clusters: the first group consisted 112TH and 121NB, while the second group included all of the remaining accessions SSR analysis with ten primers gave 54 amplicons, rate of polymorphics was 100% The polymorphism informaton contents (PIC) of markers varied from 0.16 to 0.85 with an average of 0.57 The marker Sesame-09 revealed a highest PIC of 0.85, vii while the marker GBssr-sa-33 had the lowest PIC of 0.16 Gene flow (Nm) was found of 0.13 on average and ranged from 0.0 – 0.46 Expected heterozygosity (HE) ranged from 0.17 to 0.86 with a mean of 0.59 The results from analysis of molecular variance (AMOVA) of 11 sesame accessions displayed a high percentage of genetic variation among populations (65.77%) and percentage of genetic variation within population was as low as 34.23% Dendrogram based on UPGMA analysis group 11 sesame accessions into two main groups Group included accessions (66NL, 162ND, 112TH, 121NB, 119HD, 143TB) Group included all of the remaining accessions viii Summary Statistics for NGAYRAHOADAUTIEN Sample size Average Median Mode Geometric mean Variance Standard deviation Standard error Minimum Maximum Range Lower quartile Upper quartile Interquartile range Skewness Standardized skewness Kurtosis Standardized kurtosis Coeff of variation Sum 33 28.6202 29 26 28.5494 4.08013 2.01993 0.351625 23.6667 32.2 8.53333 27.2 30.2 -0.418408 -0.981254 -0.260365 -0.305305 7.05772 944.467 Multifactor ANOVA – NGAYRAHOADAUTIEN Analysis of Variance for NRHDT.NGAYRAHOADAUTIEN - Type III Sums of Squares Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level MAIN EFFECTS A:NRHDT.LLL 6.11421 3.057104 2.851 0814 B:NRHDT.GIONGME 103.00579 10 10.300579 9.607 0000 RESIDUAL 21.444310 20 1.0722155 TOTAL (CORRECTED) 130.56431 32 missing values have been excluded All F-ratios are based on the residual mean square error Table of Least Squares Means for NRHDT.NGAYRAHOADAUTIEN -95% Confidence Level Count Average Stnd Error for mean -GRAND MEAN 33 28.620202 1802537 28.244108 28.996296 A:NRHDT.LLL 11 28.169697 3122085 27.518284 28.821110 11 28.490909 3122085 27.839496 29.142322 11 29.200000 3122085 28.548587 29.851413 B:NRHDT.GIONGME 8HN 29.666667 5978337 28.419305 30.914028 66NL 31.000000 5978337 29.752639 32.247361 77DC 30.666667 5978337 29.419305 31.914028 112TH 26.733333 5978337 25.485972 27.980695 121NB 27.866667 5978337 26.619305 29.114028 143TB 30.000000 5978337 28.752639 31.247361 162ND 29.133333 5978337 27.885972 30.380695 191HD 28.666667 5978337 27.419305 29.914028 29VINH 29.533333 5978337 28.285972 30.780695 26HUE 26.000000 5978337 24.752639 27.247361 9GL 25.555556 5978337 24.308194 26.802917 Multiple range analysis for NRHDT.NGAYRAHOADAUTIEN by NRHDT.GIONGME Method: 99 Percent Duncan Level Count LS Mean Homogeneous Groups 9GL 25.555556 X 26HUE 26.000000 X 112TH 26.733333 XX 121NB 27.866667 XX 191HD 28.666667 XX 162ND 29.133333 XXX 29VINH 29.533333 XXXX 8HN 29.666667 XXX 143TB 30.000000 XXX 77DC 30.666667 XX 66NL 31.000000 X - Summary Statistics for NGAYRATRAIDAUTIEN Sample size Average Median Mode Geometric mean Variance Standard deviation Standard error Minimum Maximum Range Lower quartile Upper quartile Interquartile range Skewness Standardized skewness Kurtosis Standardized kurtosis Coeff of variation Sum 33 31.8242 32 30 31.7846 2.57752 1.60547 0.279476 28.6 34.8 6.2 30.5 33.2 2.7 -0.26068 -0.611348 -0.849151 -0.995717 5.04479 1050.2 Multifactor ANOVA – NGAYRATRAIDAUTIEN Analysis of Variance for NRTDT.NGAYRATRAIDAUTIEN - Type III Sums of Squares -Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level -MAIN EFFECTS A:NRTDT.LLL 3.384242 1.6921212 2.262 1302 B:NRTDT.GIONGME 64.133939 10 6.4133939 8.573 0000 RESIDUAL 14.962424 20 7481212 -TOTAL (CORRECTED) 82.480606 32 -0 missing values have been excluded All F-ratios are based on the residual mean square error Table of Least Squares Means for NRTDT.NGAYRATRAIDAUTIEN -95% Confidence Level Count Average Stnd Error for mean -GRAND MEAN 33 31.824242 1505667 31.510090 32.138395 A:NRTDT.LLL 11 31.654545 2607892 31.110417 32.198674 11 31.545455 2607892 31.001326 32.089583 11 32.272727 2607892 31.728599 32.816856 B:NRTDT.GIONGME 8HN 32.800000 4993733 31.758073 33.841927 66NL 33.066667 4993733 32.024740 34.108593 77DC 33.733333 4993733 32.691407 34.775260 112TH 30.000000 4993733 28.958073 31.041927 121NB 31.000000 4993733 29.958073 32.041927 143TB 33.133333 4993733 32.091407 34.175260 162ND 32.266667 4993733 31.224740 33.308593 191HD 32.000000 4993733 30.958073 33.041927 29VINH 32.533333 4993733 31.491407 33.575260 26HUE 30.166667 4993733 29.124740 31.208593 9GL 29.366667 4993733 28.324740 30.408593 Multiple range analysis for NRTDT.NGAYRATRAIDAUTIEN by NRTDT.GIONGME -Method: 99 Percent Duncan Level Count LS Mean Homogeneous Groups -9GL 29.366667 X 112TH 30.000000 XX 26HUE 30.166667 XX 121NB 31.000000 XX 191HD 32.000000 XX 162ND 32.266667 XXX 29VINH 32.533333 XXX 8HN 32.800000 XX 66NL 33.066667 XX 143TB 33.133333 XX 77DC 33.733333 X - Summary Statistics for SOTRAITRENVONGLA Sample size Average Median Mode Geometric mean Variance Standard deviation Standard error Minimum Maximum Range Lower quartile Upper quartile Interquartile range Skewness Standardized skewness 33 3.36061 2.4 3.02712 2.69809 0.2987 0.285937 6.5 4.5 4.3 2.3 0.905549 2.1237 Kurtosis Standardized kurtosis Coeff of variation Sum -0.63857 -0.74879 8.8777 110.9 Multifactor ANOVA – SOTRAITRENVONGLA Analysis of Variance for STTVL.SOTRAITRENVONGLA - Type III Sums of Squares -Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level -MAIN EFFECTS A:STTVL.LLL 062424 0312121 430 6562 B:STTVL.GIONGME 84.825455 10 8.4825455 16.927 0000 RESIDUAL 1.4509091 20 0725455 -TOTAL (CORRECTED) 86.338788 32 -0 missing values have been excluded All F-ratios are based on the residual mean square error Table of Least Squares Means for STTVL.SOTRAITRENVONGLA -95% Confidence Level Count Average Stnd Error for mean -GRAND MEAN 33 3.3606061 0468865 3.2627788 3.4584333 A:STTVL.LLL 11 3.3000000 0812099 3.1305582 3.4694418 11 3.3818182 0812099 3.2123764 3.5512600 11 3.4000000 0812099 3.2305582 3.5694418 B:STTVL.GIONGME 8HN 2.3333333 1555050 2.0088770 2.6577897 66NL 4.1666667 1555050 3.8422103 4.4911230 77DC 6.2333333 1555050 5.9088770 6.5577897 112TH 6.3666667 1555050 6.0422103 6.6911230 121NB 3.2333333 1555050 2.9088770 3.5577897 143TB 4.3000000 1555050 3.9755436 4.6244564 162ND 2.0000000 1555050 1.6755436 2.3244564 191HD 2.0666667 1555050 1.7422103 2.3911230 29VINH 2.1000000 1555050 1.7755436 2.4244564 26HUE 2.1333333 1555050 1.8088770 2.4577897 9GL 2.0333333 1555050 1.7088770 2.3577897 Multiple range analysis for STTVL.SOTRAITRENVONGLA by STTVL.GIONGME -Method: 99 Percent Duncan Level Count LS Mean Homogeneous Groups -162ND 2.0000000 X 9GL 2.0333333 X 191HD 2.0666667 X 29VINH 2.1000000 X 26HUE 2.1333333 X 8HN 2.3333333 X 121NB 3.2333333 X 66NL 4.1666667 X 143TB 4.3000000 X 77DC 6.2333333 X 112TH 6.3666667 X Summary Statistics for nangsuat Variable: NS.nangsuat -Sample size 33 Average 37.3778 Median 37.25 Mode 37.25 Geometric mean 35.7711 Variance 114.154 Standard deviation 5.0748 Standard error 1.8599 Minimum 17.058 Maximum 57.276 Range 40.218 Lower quartile 31.316 Upper quartile 44.884 Interquartile range 13.568 Skewness 0.032185 Standardized skewness 0.0754805 Kurtosis -0.505963 Standardized kurtosis -0.593295 Coeff of variation 13.5847 Sum 1233.47 Multifactor ANOVA – nangsuat Analysis of Variance for ns.nangsuat - Type III Sums of Squares -Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level -MAIN EFFECTS A:ns.lll 775.0669 387.53346 11.141 0006 B:ns.giongme 2182.1522 10 218.21522 6.273 0003 RESIDUAL 695.71993 20 34.785996 -TOTAL (CORRECTED) 3652.9390 32 -0 missing values have been excluded All F-ratios are based on the residual mean square error Table of Least Squares Means for ns.nangsuat -95% Confidence Level Count Average Stnd Error for mean -GRAND MEAN 33 37.377758 1.0267040 35.235572 39.519943 A:ns.lll 11 42.628909 1.7783035 38.918535 46.339283 11 38.566545 1.7783035 34.856171 42.276920 11 30.937818 1.7783035 27.227444 34.648192 B:ns.giongme 8HN 29.439333 3.4051919 22.334508 36.544159 66NL 51.554000 3.4051919 44.449174 58.658826 77DC 44.630667 3.4051919 37.525841 51.735492 112TH 29.054667 3.4051919 21.949841 36.159492 121NB 22.760000 3.4051919 15.655174 29.864826 143TB 40.496000 3.4051919 33.391174 47.600826 162ND 38.502000 3.4051919 31.397174 45.606826 191HD 35.252000 3.4051919 28.147174 42.356826 29VINH 33.582667 3.4051919 26.477841 40.687492 26HUE 47.185333 3.4051919 40.080508 54.290159 9GL 38.698667 3.4051919 31.593841 45.803492 -Multiple range analysis for ns.nangsuat by ns.giongme -Method: 99 Percent Duncan Level Count LS Mean Homogeneous Groups -121NB 22.760000 X 112TH 29.054667 XX 8HN 29.439333 XXX 29VINH 33.582667 XXXX 191HD 35.252000 XXX 162ND 38.502000 XXXX 9GL 38.698667 XXXX 143TB 40.496000 XXX 77DC 44.630667 XXX 26HUE 47.185333 XX 66NL 51.554000 X Summary Statistics for ngaythuhoach Variable: NTH.ngaythuhoach -Sample size 33 Average 76.4242 Median 77 Mode 78 Geometric mean 76.4008 Variance 3.62689 Standard deviation 1.90444 Standard error 0.331521 Minimum 71 Maximum 78 Range Lower quartile 75 Upper quartile 78 Interquartile range Skewness -1.23406 Standardized skewness -2.89412 Kurtosis 1.09456 Standardized kurtosis 1.28348 Coeff of variation 2.49193 Sum 2522 Multifactor ANOVA – ngaythuhoach Analysis of Variance for nth.ngaythuhoach - Type III Sums of Squares -Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level -MAIN EFFECTS A:nth.lll 2.969697 1.4848485 426 6589 B:nth.giongme 43.393939 10 4.3393939 1.245 3230 RESIDUAL 69.696970 20 3.4848485 -TOTAL (CORRECTED) 116.06061 32 -0 missing values have been excluded All F-ratios are based on the residual mean square error Table of Least Squares Means for nth.ngaythuhoach -95% Confidence Level Count Average Stnd Error for mean -GRAND MEAN 33 76.424242 3249638 75.746216 77.102269 A:nth.lll 11 76.000000 5628538 74.825623 77.174377 11 76.636364 5628538 75.461987 77.810740 11 76.636364 5628538 75.461987 77.810740 B:nth.giongme 8HN 77.333333 1.0777830 75.084573 79.582094 66NL 78.000000 1.0777830 75.751240 80.248760 77DC 75.666667 1.0777830 73.417906 77.915427 112TH 76.333333 1.0777830 74.084573 78.582094 121NB 77.666667 1.0777830 75.417906 79.915427 143TB 75.000000 1.0777830 72.751240 77.248760 162ND 77.666667 1.0777830 75.417906 79.915427 191HD 74.666667 1.0777830 72.417906 76.915427 29VINH 76.333333 1.0777830 74.084573 78.582094 26HUE 77.000000 1.0777830 74.751240 79.248760 9GL 75.000000 1.0777830 72.751240 77.248760 -Multiple range analysis for nth.ngaythuhoach by nth.giongme -Method: 99 Percent Duncan Level Count LS Mean Homogeneous Groups -191HD 74.666667 X 143TB 75.000000 XX 9GL 75.000000 XX 77DC 75.666667 XX 112TH 76.333333 XX 29VINH 76.333333 XX 26HUE 77.000000 XX 8HN 77.333333 XX 121NB 77.666667 XX 162ND 77.666667 XX 66NL 78.000000 X Summary Statistics for sohattrentrai Variable: SHTT.sohattrentrai -Sample size 33 Average 107.271 Median 111.28 Mode 111.28 Geometric mean 103.367 Variance 802.006 Standard deviation 6.8652 Standard error 4.92983 Minimum 51.02 Maximum 162.7 Range 111.68 Lower quartile 86.78 Upper quartile 129.36 Interquartile range 42.58 Skewness -0.0774911 Standardized skewness -0.181733 Kurtosis Standardized kurtosis Coeff of variation Sum -0.858687 -1.0069 6.4003 3539.93 Multifactor ANOVA – sohattrentrai Analysis of Variance for shtt.sohattrentrai - Type III Sums of Squares -Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level -MAIN EFFECTS A:shtt.lll 834.587 417.2936 759 4813 B:shtt.giongme 13829.681 10 1382.9681 2.515 0380 RESIDUAL 10999.934 20 549.99672 -TOTAL (CORRECTED) 25664.202 32 -0 missing values have been excluded All F-ratios are based on the residual mean square error Table of Least Squares Means for shtt.sohattrentrai -95% Confidence Level Count Average Stnd Error for mean -GRAND MEAN 33 107.27051 4.082471 98.75256 115.78845 A:shtt.lll 11 100.46364 7.071047 85.71012 115.21715 11 108.88909 7.071047 94.13557 123.64261 11 112.45879 7.071047 97.70527 127.21230 B:shtt.giongme 8HN 121.71333 13.540024 93.46250 149.96417 66NL 142.84000 13.540024 114.58917 171.09083 77DC 130.98000 13.540024 102.72917 159.23083 112TH 89.72667 13.540024 61.47583 117.97750 121NB 78.82667 13.540024 50.57583 107.07750 143TB 118.64000 13.540024 90.38917 146.89083 162ND 101.40222 13.540024 73.15139 129.65306 191HD 84.05333 13.540024 55.80250 112.30417 29VINH 98.33333 13.540024 70.08250 126.58417 26HUE 125.08667 13.540024 96.83583 153.33750 9GL 88.37333 13.540024 60.12250 116.62417 Multiple range analysis for shtt.sohattrentrai by shtt.giongme -Method: 99 Percent Duncan Level Count LS Mean Homogeneous Groups -121NB 78.82667 X 191HD 84.05333 XX 9GL 88.37333 XXX 112TH 89.72667 XXX 29VINH 98.33333 XXXX 162ND 101.40222 XXXX 143TB 118.64000 XXXXX 8HN 121.71333 XXXX 26HUE 125.08667 XXX 77DC 130.98000 XX 66NL 142.84000 X Summary Statistics for sokhiatrentrai Variable: SKTT.sokhiatrentrai -Sample size 33 Average 3.24242 Median Mode Geometric mean 3.15083 Variance 0.544394 Standard deviation 0.737831 Standard error 0.12844 Minimum Maximum Range Lower quartile Upper quartile Interquartile range Skewness -0.529025 Standardized skewness -1.24067 Kurtosis -0.975353 Standardized kurtosis -1.1437 Coeff of variation 12.4355 Sum 107 Multifactor ANOVA – sokhiatrentrai Analysis of Variance for sktt.sokhiatrentrai - Type III Sums of Squares -Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level -MAIN EFFECTS A:sktt.lll 031515 0157576 1.512 2447 B:sktt.giongme 17.180606 10 1.7180606 4.814 0000 RESIDUAL 2084848 20 0104242 -TOTAL (CORRECTED) 17.420606 32 -0 missing values have been excluded All F-ratios are based on the residual mean square error Table of Least Squares Means for sktt.sokhiatrentrai -95% Confidence Level Count Average Stnd Error for mean -GRAND MEAN 33 3.2424242 0177732 3.2053410 3.2795074 A:sktt.lll 11 3.2727273 0307841 3.2084973 3.3369572 11 3.2000000 0307841 3.1357700 3.2642300 11 3.2545455 0307841 3.1903155 3.3187754 B:sktt.giongme 8HN 3.9333333 0589470 3.8103423 4.0563244 66NL 3.8666667 0589470 3.7436756 3.9896577 77DC 2.0000000 0589470 1.8770090 2.1229910 112TH 2.0000000 0589470 1.8770090 2.1229910 121NB 3.0000000 0589470 2.8770090 3.1229910 143TB 3.9333333 0589470 3.8103423 4.0563244 162ND 4.0000000 0589470 3.8770090 4.1229910 191HD 2.9333333 0589470 2.8103423 3.0563244 29VINH 3.0000000 0589470 2.8770090 3.1229910 26HUE 3.9333333 0589470 3.8103423 4.0563244 9GL 3.0666667 0589470 2.9436756 3.1896577 -Multiple range analysis for sktt.sokhiatrentrai by sktt.giongme -Method: 99 Percent Duncan Level Count LS Mean Homogeneous Groups -77DC 2.0000000 X 112TH 2.0000000 X 191HD 2.9333333 X 121NB 3.0000000 X 29VINH 3.0000000 X 9GL 3.0666667 X 66NL 3.8666667 X 8HN 3.9333333 X 143TB 3.9333333 X 26HUE 3.9333333 X 162ND 4.0000000 X Summary Statistics for sotraitrencay Variable: STTC.sotraitrencay -Sample size 33 Average 174.594 Median 174.2 Mode 219.2 Geometric mean 169.466 Variance 1621.1 Standard deviation 28.8628 Standard error 7.00886 Minimum 72 Maximum 266.4 Range 194.4 Lower quartile 142.2 Upper quartile 206 Interquartile range 63.8 Skewness -0.298286 Standardized skewness -0.699543 Kurtosis 0.383386 Standardized kurtosis 0.44956 Coeff of variation 13.0608 Sum 5761.6 Multifactor ANOVA – sotraitrencay Analysis of Variance for sttc.sotraitrencay - Type III Sums of Squares -Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level -MAIN EFFECTS A:sttc.lll 704.650 352.3248 414 6666 B:sttc.giongme 34146.652 10 3414.6652 4.012 0040 RESIDUAL 17023.777 20 851.18885 -TOTAL (CORRECTED) 51875.079 32 -0 missing values have been excluded All F-ratios are based on the residual mean square error Table of Least Squares Means for sttc.sotraitrencay -95% Confidence Level Count Average Stnd Error for mean -GRAND MEAN 33 174.59394 5.078740 163.99731 185.19057 A:sttc.lll 11 179.81818 8.796636 161.46428 198.17209 11 175.38182 8.796636 157.02791 193.73572 11 168.58182 8.796636 150.22791 186.93572 B:sttc.giongme 8HN 142.26667 16.844275 107.12162 177.41172 66NL 182.46667 16.844275 147.32162 217.61172 77DC 185.13333 16.844275 149.98828 220.27838 112TH 140.53333 16.844275 105.38828 175.67838 121NB 97.60000 16.844275 62.45495 132.74505 143TB 186.73333 16.844275 151.58828 221.87838 162ND 205.33333 16.844275 170.18828 240.47838 191HD 185.33333 16.844275 150.18828 220.47838 29VINH 190.73333 16.844275 155.58828 225.87838 26HUE 195.73333 16.844275 160.58828 230.87838 9GL 208.66667 16.844275 173.52162 243.81172 -Multiple range analysis for sttc.sotraitrencay by sttc.giongme -Method: 99 Percent Duncan Level Count LS Mean Homogeneous Groups -121NB 101.80000 X 112TH 142.21333 XX 8HN 140.00000 XX 66NL 178.40667 XX 77DC 191.00000 XX 191HD 173.63333 XX 143TB 166.83333 XXX 29VINH 139.63333 XX 26HUE 170.83333 XX 162ND 183.83333 XX 9GL 266.46667 X Summary Statistics for trongluong100hat Variable: TL100H.trongluong100hat -Sample size 33 Average 0.268182 Median 0.27 Mode 0.27 Geometric mean 0.26596 Variance 1.15909E-3 Standard deviation 0.0340454 Standard error 5.92655E-3 Minimum 0.19 Maximum 0.33 Range 0.14 Lower quartile 0.26 Upper quartile 0.28 Interquartile range 0.02 Skewness -0.416009 Standardized skewness -0.975627 Kurtosis 0.791499 Standardized kurtosis 0.928115 Coeff of variation 12.6949 Sum 8.85 Multifactor ANOVA – trongluong100hat Analysis of Variance for tl100h.trongluong100hat - Type III Sums of Squares -Source of variation Sum of Squares d.f Mean square F-ratio Sig level -MAIN EFFECTS A:tl100h.lll 0011455 0005727 4.797 0199 B:tl100h.giongme 0335576 10 0033558 28.107 0000 RESIDUAL 0023879 20 1.19394E-004 -TOTAL (CORRECTED) 0370909 32 -0 missing values have been excluded All F-ratios are based on the residual mean square error Table of Least Squares Means for tl100h.trongluong100hat -95% Confidence Level Count Average Stnd Error for mean -GRAND MEAN 33 2681818 0019021 2642131 2721505 A:tl100h.lll 11 2627273 0032945 2558533 2696012 11 2654545 0032945 2585806 2723285 11 2763636 0032945 2694897 2832376 B:tl100h.giongme 8HN 2633333 0063086 2501707 2764960 66NL 2766667 0063086 2635040 2898293 77DC 3266667 0063086 3135040 3398293 112TH 3066667 0063086 2935040 3198293 121NB 2766667 0063086 2635040 2898293 143TB 2733333 0063086 2601707 2864960 162ND 2566667 0063086 2435040 2698293 191HD 2533333 0063086 2401707 2664960 29VINH 1933333 0063086 1801707 2064960 26HUE 2666667 0063086 2535040 2798293 9GL 2566667 0063086 2435040 2698293 -Multiple range analysis for tl100h.trongluong100hat by tl100h.giongme -Method: 99 Percent Duncan Level Count LS Mean Homogeneous Groups -29VINH 1933333 X 191HD 2533333 X 162ND 2566667 XX 9GL 2566667 XX 8HN 2633333 XXX 26HUE 2666667 XXX 143TB 2733333 XX 66NL 2766667 X 121NB 2766667 X 112TH 3066667 X 77DC 3266667 X Kết phân tích phần mềm Alerquin 3.1 Project information: -NbSamples = 11 DataType = MICROSAT GenotypicData = GameticPhase = RecessiveData = ============================== Settings used for Calculations ============================== General settings: Deletion Weight = Transition Weight Weight = Tranversion Weight Weight = Epsilon Value = 1e-07 Significant digits for output = Use original haplotype definition Alllowed level of missing data = 0.05 Active Tasks: Molecular Diversity: -Molecular Distance :No of different alleles (FST) GammaA Value = Theta estimators : Haplotypic Frequency estimation: -Make estimations at the: no Estimation selected Initial Conditions = 50 Maximum No Of Iterations = 1000 Bootstrap Replicates = Initial Conditions for Bootstrap = 10 No recessive Data Do not Compact Haplotypes Linkage disequilibrium test: -No of permutations = 10000 No of Initial conditions = Print Histogram and table : No Hardy-Weinberg equilibrium test: No of steps in Markov chain = 1000000 No of Dememorisation Steps = 10000 Required precision on Probability = Test association at the Locus level Analysis of Molecular Variance: No of Permutations = 1000 Population pairwise Fst values: Compute pairwise differences Compute relative population sizes No of permutations for significance = 100 No of permutations for Mantel test = 1000 Distance matrix: Compute distance matrix Molecular distance : No of different alleles (FST) Gamma a value = Exact test of population differentiation: No of steps in Markov chain = 100000 No of Dememorisation Steps = 10000 Required precision on Probability = Print Histogram and table : Yes Significance level = 0.05 Assignement of individual genotypes to populations =============================================================================== == GENETIC STRUCTURE ANALYSIS =============================================================================== Number of usable loci for distance computation : 10 Allowed level of missing data : 0.05 List of usable loci : 10 List of loci with too much missing data : ================================================================= AMOVA ANALYSIS ================================================================= Genetic structure to test : No of Groups = [[Structure]] StructureName = "All populations grouped together" NbGroups = Group={ "8HN" "66NL" "77DC" "112TH" "121NB" "143TB" "162ND" "191HD" "29VINH" "26HUE" "9GL" } - Distance method: No of different alleles (FST) -AMOVA design and results : -Reference: Weir, B.S and Cockerham, C.C 1984 Excoffier, L., Smouse, P., and Quattro, J 1992 Weir, B S., 1996 -Source of Sum of Variance Percentage variation d.f squares components of variation -Among populations 10 430.927 2.09998 Va 65.77 Within populations 209 228.450 1.09306 Vb 34.23 -Total 219 659.377 3.19305 -Fixation Index FST : 0.65767 -Population specific FST indices -Pop# Name FST -1 8HN 0.66655 66NL 0.65204 77DC 0.66148 112TH 0.64594 121NB 0.65872 143TB 0.64928 162ND 0.65419 191HD 0.67067 29VINH 0.65987 10 26HUE 0.66243 11 9GL 0.65324 ... lạc: Ấp 1A xã Phước Hòa, huyện Phú Giáo, tỉnh Bình Dương Điện thoại cá nhân: 0985661981 Email: huuhoang58@gmail.com ii LỜI CAM ĐOAN Tơi cam đoan cơng trình nghiên cứu độc lập Các số liệu, kết... mà bảo tồn nguồn gen nhằm ngăn chặn mát gen, phức hợp gen genotype, ngăn chặn tuyệt chủng chủng hoang dại (landraces) mà vốn gen chúng bị suy giảm nghiêm trọng tới mức số gen số phức hợp gen bị