NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU GIỐNG VỪNG (Sesamum spp.) Ở PHÍA NAM VIỆT NAM SỬ DỤNG ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEATS)

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH KHOA NƠNG HỌC ************** NGUYỄN THỊ THÙY DƯƠNG NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU GIỐNG VỪNG (Sesamum spp.) Ở PHÍA NAM VIỆT NAM SỬ DỤNG ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NƠNG NGHIỆP Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 03/2012 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH KHOA NƠNG HỌC ************** NGUYỄN THỊ THÙY DƯƠNG NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU GIỐNG VỪNG (Sesamum spp.) Ở PHÍA NAM VIỆT NAM SỬ DỤNG ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI `VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) Chuyên ngành: Kỹ thuật trồng trọt Mã số : 60.62.01 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP Hướng dẫn Khoa học: TS BÙI MINH TRÍ Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 03/2012 NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU GIỐNG VỪNG (Sesamum spp.) Ở PHÍA NAM VIỆT NAM SỬ DỤNG ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) NGUYỄN THỊ THÙY DƯƠNG Hội đồng chấm luận văn: Chủ tịch: GS.TS MAI VĂN QUYỀN Viện CN Sau thu hoạch Thư ký: TS PHẠM THỊ MINH TÂM Trường Đại học Nông Lâm TPHCM Phản biện 1: PGS TRỊNH XUÂN VŨ Trung tâm CNSH TP.HCM Phản biện 2: TS VÕ THÁI DÂN Trường Đại học Nông Lâm TPHCM Ủy viên: TS BÙI MINH TRÍ Trường Đại học Nơng Lâm TPHCM ĐẠI HỌC NƠNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH HIỆU TRƯỞNG i LÝ LỊCH CÁ NHÂN Tôi tên Nguyễn Thị Thùy Dương, sinh ngày 16 tháng 12 năm 1983 quận Bình Thủy, thành phố Cần Thơ; ông Nguyễn Văn Nở bà Nguyễn Thị Thảnh Tốt nghiệp Tú tài Trường Trung học phổ thông chuyên Lý Tự Trọng, quận Bình Thủy, thành phố Cần Thơ Tốt nghiệp Đại học ngành Cơng Nghệ Sinh Học, hệ quy Đại học Nơng Lâm TP Hồ Chí Minh, năm 2005 Sau làm việc Viện Nghiên cứu Cơng nghệ sinh học Môi trường, Trường Đại học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh Tháng năm 2007 theo học Cao học ngành Nông học Đại học Nông Lâm, Thủ Đức, thành phố Hồ Chí Minh Tình trạng gia đình: Năm kết hơn: 2007 - Chồng: Hà Mạnh Hùng - Con: Hà Nam, sinh năm 2009 Địa liên lạc: Viện Nghiên cứu Công nghệ sinh học Môi trường, Đại học Nơng Lâm TP Hồ Chí Minh Điện thoại cá nhân: 0935 54 3377 Điện thoại quan: 08-37220294 Email: duongby@gmail.com ii LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan cơng trình nghiên cứu độc lập tơi Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực chưa cơng bố cơng trình khác Người cam đoan Nguyễn Thị Thùy Dương iii LỜI CẢM TẠ Tôi xin chân thành cảm ơn: - Ban Giám Hiệu trường Đại học Nơng Lâm Tp Hồ Chí Minh; - Các Thầy Cô Khoa Nông học Thầy Cô trực tiếp giảng dạy suốt năm cao học vừa qua, cám ơn Thầy Cô hỗ trợ tạo điều kiện tốt cho suốt trình học tập thực đề tài Tôi xin trân trọng gửi lời biết ơn đến: - TS Bùi Minh Trí tận tình hướng dẫn, bảo truyền đạt kinh nghiệm quý báu tạo điều kiện tốt cho việc thực hồn tất đề tài tốt nghiệp - Cơ Nguyễn Thị Xuyến, trường Cao đẳng Nông nghiệp Nam Bộ, tỉnh Tiền Giang tận tình hướng dẫn, giúp đỡ tơi suốt thời gian trồng thu thập mẫu vừng ngồi đồng - TS Phạm Đức Tồn hết lòng dẫn, giúp đỡ tơi suốt q trình thực đề tài - Em Huỳnh Quốc Thái hỗ trợ tơi nhiều việc thực thí nghiệm trồng vừng ngồi đồng ruộng - Chương trình hợp tác nghiên cứu Việt Nam - Thụy Điển (SIDA/SAREC) hỗ trợ tài thực đề tài - Gia đình, bạn, đồng nghiệp động viên, chia sẻ góp ý cho tơi suốt q trình học tập nghiên cứu TP HCM, tháng 03 năm 2012 Nguyễn Thị Thùy Dương iv TÓM TẮT Đề tài nghiên cứu “Nghiên cứu đa dạng di truyền số mẫu giống vừng (Sesamum spp.) phía nam Việt Nam sử dụng đặc điểm hình thái thị phân tử SSR (simple sequence repeats)” tiến hành khu thực nghiệm trường Cao đẳng Nông nghiệp Nam Bộ, tỉnh Tiền Giang phòng thí nghiệm Cơng nghệ sinh học thực vật – Viện nghiên cứu công nghệ sinh học môi trường – Trường Đại học Nông Lâm Tp.HCM, thời gian thực từ tháng năm 2008 đến tháng 10 năm 2009 Nghiên cứu thực đề tài bao gồm: - Bố trí thí nghiệm ngồi đồng cho 13 mẫu giống vừng thu thập từ tỉnh phía nam Việt Nam Thí nghiệm bố trí theo kiểu khối hoàn toàn ngẫu nhiên (RCBD) nhân tố với 13 nghiệm thức (tương đương 13 mẫu giống vừng), lần lặp lại tương ứng với khối Theo dõi ghi nhận số liệu 14 đặc điểm hình thái, sử dụng phần mềm Statgraphics XV phân tích số liệu xây dựng phân nhóm di truyền dựa đặc điểm hình thái - Phân tích đa dạng di truyền 13 mẫu giống vừng thí nghiệm với 10 cặp mồi SSR Sử dụng phần mềm Popgen 1.32 để phân tích số đa dạng di truyền phần mềm Alerquin 3.1 phân tích biến động di truyền mẫu giống vừng 13 mẫu giống với Xây dựng phân nhóm di truyền theo phương pháp UPGMA phần mềm NTSYSpc 2.1 kết hợp phân tích độ tin cậy phân nhóm thơng qua hệ số Bootstrap (sử dụng phần mềm Freetree kết hợp Treeview 3.2) Kết thu sau: Có khác biệt rõ rệt đặc điểm hình thái 13 mẫu giống vừng (p0,05)) Kết xây dựng phân nhóm di truyền dựa vào đặc điểm hình thái cho ta nhóm lớn: Nhóm I bao gồm mẫu giống vừng 26CT 107CABO; Nhóm II bao gồm mẫu giống vừng lại v Sử dụng 10 cặp mồi phát thị SSR, kết thu 63 băng, băng đa hình (tỉ lệ băng đa hình chiếm 100%) Kết phân tích cho thấy số đa hình (PIC) mồi dao động khoảng từ 0,1 đến 0,9, trung bình 0,6 Trong đó, mồi Sesame-09 cho PIC cao (0,9), mồi GBssr-sa-33 cho PIC thấp (0,1) Chỉ số Nm (gene flow) dao động khoảng từ 0,02 đến 0,296, trung bình khoảng 0,14 Chỉ số dị hợp tử HE (Expected heterozygosity) nằm khoảng 0,1 đến 0,9, trung bình khoảng 0,6; HO (observed heterozygosity) trung bình 0,4, dao động khoảng 0,03 (mồi GBssr-sa-33)-0,80 (mồi GBssr-sa-08) Còn số dị hợp tử trung bình (Ave-HE) mồi 13 mẫu giống vừng thấp, dao động từ 0,02-0,45, trung bình khoảng 0,21 Trắc nghiệm AMOVA thể phần trăm biến động di truyền 13 mẫu giống vừng thí nghiệm cao (64,1%), biến động di truyền mẫu giống vừng thí nghiệm thấp (35,9%) Cây phân nhóm di truyền dựa vào thị SSR chia 13 mẫu giống vừng làm nhóm: nhóm I gồm mẫu giống 54CABO; nhóm II gồm mẫu giống 107 CABO; nhóm III bao gồm 11 mẫu giống lại vi SUMMARY The thesis “Combination of morphological and SSR (Simple Sequence Repeats) markers in genetic diversity analysis of seasame accessions (Sesamum indicum L.) in the South of Vietnam” was carried out at the reseach station of Southern Agricultural College in Tien Giang and in plant biotechnology laboratory, Reseach Insitute of Biotechnology and Enviroment, University of Agriculture and Forestry in Ho Chi Minh City Experiments were carried out from March 2008 to October 2009 Thirteen sesame accessions used in this study were collected from various regions in southern Vietnam and Cambodia The field layout was based on Randomized Complete Block Design with three replications Fourteen agronomic traits were recorded, then the data were calculated using Microsoft excel and Statgraphics XV while phylogenetic relationship between accessions were estimated using group average cluster analysis Ten SSR markers were used to estimate genetic diversity of the 13 accessions Genetics variation and genetic structure were computed with the POPGEN software version 1.32 Analysis of molecular variance (AMOVA) was generated using Alerquin software version 3.1 UPGMA dendrogram was built by using NTSYSpc 2.1 software, bootstrap analysis was done using Freetree and Treeview 3.2 softwares The ontained results indicated that among 13 sesame accessions, there were significant differences between the accessions for almost characters (p ≤ 0.05) (accept the harvest day (p>0.05) Cluster analysis for phylogenetic relationship between accessions showed that sesame accessions grouped into two main clusters: the first group consisted 26CT and 107CABO, while the second group included all of the remaining accessions SSR analysis with ten primers gave 63 amplicons Rate of polymorphics was 100% The polymorphism information contents (PIC) of markers varied from 0.10 to 0.90 with an average of 0.60 The marker “Sesame-09” revealed a highest PIC of 0.90, while the marker “GBssr-sa-33” had the lowest PIC of 0.10 Gene flow (Nm) was found of 0.14 on average and ranged from 0.02 to 0.29 Expected heterozygosity (HE) ranged from 0.10 to 0.90 with a mean of 0.60 Average of vii observed heterozygosity (HO) was 0.4 and ranged between 0.03 (GBssr-sa-33) and 0.80 (GBssr-sa-08) Average heterozygosity (Ave-HE) of each locus was low among 13 sesame accessions with an average of 0.21 and ranged from 0.02 to 0.45 The results from analysis of molecular variance (AMOVA) of 13 sesame accessions displayed a high percentage of genetic variation among populations (64.1%) and percentage of genetic variation within population was as low as 35.9% Dendrogram based on UPGMA analysis grouped the 13 sesame accessions into three main groups Group I and group II had only one accession (54CABO and 107CABO accession, respectively) Cluster III was the biggest group and included 11 accessions viii ====================================================================================== ============== Allele \ Locus Primer123 Primer33- Primer184 Primer182 Primer173 Primer08- Primer05- Primer108 ====================================================================================== ============== Allele A **** **** **** **** **** -1.0000 **** **** Allele B **** **** **** **** **** **** **** **** Allele C **** **** **** **** **** **** **** **** Allele D **** **** **** **** **** **** **** **** Allele E **** **** **** **** **** **** **** **** Allele F **** **** **** **** **** -1.0000 **** **** Allele G **** **** **** **** **** **** **** **** Allele H **** **** **** **** **** **** **** **** Allele I **** **** **** **** **** **** **** **** Allele J **** **** **** **** **** **** **** **** Allele K **** **** **** **** **** **** **** **** Allele L **** **** **** **** **** **** **** **** Allele M **** **** **** **** **** **** **** **** Total **** **** **** **** **** -1.0000 **** **** ====================================================================================== ============== ======================================== Allele \ Locus Primer09- Primer72======================================== Allele A -1.0000 **** Allele B **** **** Allele C -1.0000 **** Allele D **** **** Allele E **** **** Allele F **** **** Allele G **** **** Allele H **** **** Allele I **** **** Allele J **** **** Allele K **** **** Allele L **** **** Allele M **** **** Total -1.0000 **** ======================================== *********************************************************************************** ** ** ** Multi-populations Descriptive Statistics ** ** ** *********************************************************************************** Overall Allele Frequency : ====================================================================================== ============== Allele \ Locus Primer123 Primer33- Primer184 Primer182 Primer173 Primer08- Primer05- Primer108 ====================================================================================== ============== 120 Allele A 0.4615 0.9846 0.1154 0.3846 0.1462 0.0385 0.0769 Allele B 0.0769 0.0154 0.6846 0.0769 0.0385 0.1885 0.8846 0.1154 Allele C 0.4615 0.0846 0.1154 0.0385 0.2308 0.0385 0.0385 Allele D 0.1154 0.0385 0.0385 0.0385 Allele E 0.6923 0.4231 0.0500 0.0385 Allele F 0.1154 0.0385 0.1577 0.0769 Allele G 0.0385 0.1500 0.1154 Allele H 0.0385 0.2692 Allele I 0.0385 Allele J 0.0769 Allele K 0.0385 Allele L 0.0385 Allele M 0.0769 ====================================================================================== ============== ======================================== Allele \ Locus Primer09- Primer72======================================== Allele A 0.1154 0.2692 Allele B 0.1846 Allele C 0.0385 0.0385 Allele D 0.0731 0.0769 Allele E 0.1308 0.1538 Allele F 0.0385 0.1615 Allele G 0.1038 0.0769 Allele H 0.1115 0.0385 Allele I 0.1385 Allele J 0.1077 Allele K 0.0654 Allele L 0.0769 Allele M ======================================== Overall Summary Statistics: *********************************************************************************** ** ** ** Summary of Genic Variation Statistics for All Loci ** ** [See Nei (1987) Molecular Evolutionary Genetics (p 176-187)] ** ** ** *********************************************************************************** ================================================== Locus Sample Size na* ne* I* ================================================== Primer123 260 3.0000 2.3151 0.9110 Primer33260 2.0000 1.0312 0.0795 Primer184 260 4.0000 1.9901 0.9667 Primer182 260 4.0000 1.9538 0.9502 Primer173 260 7.0000 2.9912 1.3580 Primer08260 8.0000 6.1365 1.9102 Primer05260 4.0000 1.2707 0.4844 Primer108 260 12.0000 7.6818 2.2674 Primer09260 11.0000 9.7182 2.3262 Primer72260 8.0000 5.8437 1.8929 Mean 260 6.3000 4.0932 1.3147 St Dev 3.4335 3.0272 0.7640 ================================================== * na = Observed number of alleles * ne = Effective number of alleles [Kimura and Crow (1964)] * I = Shannon's Information index [Lewontin (1972)] 121 *********************************************************************************** ** ** ** Summary of Heterozygosity Statistics for All Loci ** ** ** *********************************************************************************** ================================================================================ Locus Sample Size Obs_Hom Obs_Het Exp_Hom* Exp_Het* Nei** Ave_Het ================================================================================ Primer123 260 0.8462 0.1538 0.4298 0.5702 0.5680 0.0769 Primer33260 0.9692 0.0308 0.9696 0.0304 0.0303 0.0269 Primer184 260 0.5231 0.4769 0.5006 0.4994 0.4975 0.2446 Primer182 260 0.9231 0.0769 0.5099 0.4901 0.4882 0.0385 Primer173 260 0.7692 0.2308 0.3317 0.6683 0.6657 0.1154 Primer08260 0.2000 0.8000 0.1597 0.8403 0.8370 0.4519 Primer05260 0.8462 0.1538 0.7862 0.2138 0.2130 0.0769 Primer108 260 0.3846 0.6154 0.1268 0.8732 0.8698 0.3077 Primer09260 0.2385 0.7615 0.0994 0.9006 0.8971 0.4538 Primer72260 0.3231 0.6769 0.1679 0.8321 0.8289 0.3446 Mean 260 0.6023 0.3977 0.4082 0.5918 0.5896 0.2137 St Dev 0.3000 0.3000 0.2939 0.2939 0.2927 0.1680 ================================================================================ * Expected homozygosty and heterozygosity were computed using Levene (1949) ** Nei's (1973) expected heterozygosity The number of polymorphic loci is : 10 The percentage of polymorphic loci is : 100.00 % Wright's (1978) fixation index (Fis) as a measure of heterozygote deficiency or excess ====================================================================================== ============== Allele \ Locus Primer123 Primer33- Primer184 Primer182 Primer173 Primer08- Primer05- Primer108 ====================================================================================== ============== Allele A 0.6905 -0.0156 **** 0.6232 1.0000 -0.0479 -0.0400 1.0000 Allele B 1.0000 -0.0156 -0.1044 1.0000 -0.0400 0.2707 0.6232 0.6232 Allele C 0.6905 **** 0.9007 0.6232 -0.0400 -0.2133 -0.0400 -0.0400 Allele D **** **** -0.1304 **** -0.0400 0.1680 -0.0400 **** Allele E **** **** **** 1.0000 0.8424 -0.0526 **** -0.0400 Allele F **** **** -0.1304 **** -0.0400 -0.1293 **** -0.0833 Allele G **** **** **** **** -0.0400 0.4268 **** 0.6232 Allele H **** **** **** **** **** -0.0400 **** 0.4135 Allele I **** **** **** **** **** **** **** -0.0400 Allele J **** **** **** **** **** **** **** -0.0833 Allele K **** **** **** **** **** **** **** -0.0400 Allele L **** **** **** **** **** **** **** -0.0400 Allele M **** **** **** **** **** **** **** -0.0833 Total 0.7292 -0.0156 0.0414 0.8424 0.6533 0.0443 0.2778 0.2925 ====================================================================================== ============== ======================================== Allele \ Locus Primer09- Primer72======================================== Allele A 0.6232 0.8045 Allele B **** 0.2846 Allele C -0.0400 -0.0400 122 Allele D 0.9432 -0.0833 Allele E -0.0828 -0.1818 Allele F -0.0400 -0.0791 Allele G 0.7107 -0.0833 Allele H -0.0479 -0.0400 Allele I -0.1607 **** Allele J -0.1207 **** Allele K -0.0700 **** Allele L -0.0833 **** Allele M **** **** Total 0.1511 0.1833 ======================================== *********************************************************************************** ** ** ** Summary of F-Statistics and Gene Flow for All Loci ** ** [See Nei (1987) Molecular Evolutionary Genetics (p 159-164)] ** ** ** *********************************************************************************** ============================================================ Locus Sample Size Fis Fit Fst Nm* ============================================================ Primer123 260 -1.0000 0.7292 0.8646 0.0392 Primer33260 -0.1429 -0.0156 0.1113 0.2956 Primer184 260 -0.9497 0.0414 0.5083 0.2418 Primer182 260 -1.0000 0.8424 0.9212 0.0214 Primer173 260 -1.0000 0.6533 0.8267 0.0524 Primer08260 -0.7702 0.0443 0.4601 0.2934 Primer05260 -1.0000 0.2778 0.6389 0.1413 Primer108 260 -1.0000 0.2925 0.6463 0.1368 Primer09260 -0.6780 0.1511 0.4941 0.2560 Primer72260 -0.9643 0.1833 0.5842 0.1779 Mean 260 -0.8607 0.3254 0.6375 0.1422 ============================================================ * Nm = Gene flow estimated from Fst = 0.25(1 - Fst)/Fst *********************************************************************************** ** ** ** Nei's Original Measures of Genetic Identity and Genetic distance ** ** [See Nei (1972) Am Nat 106:283-292)] ** ** ** ********************************************************************************** ====================================================================================== ====================================================== pop ID 10 11 12 13 ====================================================================================== ====================================================== **** 0.6893 0.4050 0.4930 0.5185 0.7038 0.4039 0.7143 0.5013 0.4575 0.4581 0.6338 0.2964 0.3721 **** 0.4561 0.4843 0.5369 0.6418 0.4262 0.8573 0.6366 0.3771 0.5870 0.8082 0.3944 0.9040 0.7850 **** 0.2607 0.3559 0.2844 0.1769 0.4174 0.3777 0.2081 0.3588 0.4921 0.1964 0.7072 0.7250 1.3445 **** 0.3104 0.4857 0.4497 0.5062 0.4190 0.3104 0.3330 0.3712 0.2374 123 0.6569 0.6220 1.0332 1.1700 **** 0.4830 0.5008 0.5010 0.7404 0.5000 0.5364 0.5778 0.5717 0.3512 0.4435 1.2574 0.7221 0.7278 **** 0.5186 0.6531 0.6144 0.4503 0.6442 0.5343 0.4059 0.9066 0.8528 1.7324 0.7991 0.6916 0.6567 **** 0.4146 0.5412 0.6677 0.2985 0.3644 0.6489 0.3365 0.1539 0.8738 0.6809 0.6912 0.4260 0.8803 **** 0.6417 0.4070 0.6114 0.7211 0.3956 0.6906 0.4516 0.9736 0.8698 0.3005 0.4871 0.6140 0.4437 **** 0.4589 0.6657 0.6458 0.5649 10 0.7820 0.9753 1.5698 1.1700 0.6931 0.7978 0.4039 0.8988 0.7789 **** 0.3534 0.3595 0.5717 11 0.7807 0.5328 1.0250 1.0997 0.6228 0.4398 1.2091 0.4920 0.4070 1.0401 **** 0.6530 0.3373 12 0.4560 0.2130 0.7091 0.9911 0.5485 0.6269 1.0095 0.3270 0.4372 1.0229 0.4262 **** 0.3151 13 1.2161 0.9303 1.6278 1.4378 0.5592 0.9016 0.4325 0.9274 0.5710 0.5592 1.0867 1.1549 **** ====================================================================================== ====================================================== Nei's genetic identity (above diagonal) and genetic distance (below diagonal) *********************************************************************************** ** ** ** Dendrogram Based Nei's (1972) Genetic distance: Method = UPGMA ** ** Modified from NEIGHBOR procedure of PHYLIP Version 3.5 ** ** ** *********************************************************************************** + -pop1 + ! + -pop6 + -6 ! ! + -pop2 ! ! + -1 ! + + -pop8 + -9 ! ! ! + -pop12 ! ! ! ! + pop5 +-10 ! + ! ! + + pop9 ! ! ! ! ! + -pop11 + 11 ! ! ! + pop4 ! ! ! ! + pop7 -12 ! + ! + + pop10 ! ! ! + pop13 ! + pop3 * File Name: dgram1.plt Between And 12 11 11 10 Length -12.15955 1.95197 124 10 4 1 3 10 11 5 12 pop1 pop6 pop2 pop8 pop12 pop5 pop9 pop11 pop4 pop7 pop10 pop13 pop3 15.44305 5.91846 4.61455 17.56060 17.56060 8.67611 5.80192 7.69712 7.69712 13.49904 2.34863 10.71749 15.02750 15.02750 25.74498 43.53666 20.69598 4.59668 20.19598 20.19598 24.79265 57.64818 *********************************************************************************** ** ** ** Nei's Unbiased Measures of Genetic Identity and Genetic distance ** ** [See Nei (1978) Genetics 89:583-590] ** ** ** *********************************************************************************** ====================================================================================== ====================================================== pop ID 10 11 12 13 ====================================================================================== ====================================================== **** 0.6951 0.4076 0.4978 0.5214 0.7103 0.4055 0.7198 0.5048 0.4601 0.4617 0.6393 0.2978 0.3637 **** 0.4598 0.4898 0.5408 0.6487 0.4286 0.8653 0.6421 0.3798 0.5926 0.8164 0.3970 0.8975 0.7770 **** 0.2631 0.3578 0.2869 0.1775 0.4204 0.3802 0.2092 0.3615 0.4962 0.1972 0.6976 0.7138 1.3352 **** 0.3130 0.4916 0.4528 0.5115 0.4231 0.3130 0.3366 0.3754 0.2393 0.6512 0.6147 1.0279 1.1615 **** 0.4869 0.5022 0.5043 0.7447 0.5023 0.5401 0.5822 0.5738 0.3420 0.4328 1.2485 0.7101 0.7198 **** 0.5219 0.6597 0.6202 0.4540 0.6509 0.5401 0.4089 0.9025 0.8471 1.7287 0.7922 0.6887 0.6502 **** 0.4167 0.5435 0.6697 0.3000 0.3665 0.6503 0.3287 0.1446 0.8665 0.6704 0.6846 0.4159 0.8754 **** 0.6467 0.4097 0.6168 0.7280 0.3978 0.6837 0.4431 0.9671 0.8601 0.2948 0.4778 0.6098 0.4359 **** 0.4616 0.6711 0.6515 0.5677 10 0.7763 0.9680 1.5645 1.1615 0.6886 0.7897 0.4010 0.8923 0.7731 **** 0.3558 0.3622 0.5738 11 0.7727 0.5232 1.0174 1.0889 0.6160 0.4295 1.2038 0.4832 0.3989 1.0333 **** 0.6594 0.3393 12 0.4474 0.2028 0.7009 0.9797 0.5410 0.6159 1.0037 0.3175 0.4285 1.0155 0.4165 **** 0.3172 13 1.2112 0.9239 1.6233 1.4302 0.5555 0.8944 0.4304 0.9217 0.5661 0.5555 1.0807 1.1483 **** ====================================================================================== ====================================================== Nei's genetic identity (above diagonal) and genetic distance (below diagonal) 125 *********************************************************************************** ** ** ** Dendrogram Based Nei's (1978) Genetic distance: Method = UPGMA ** ** Modified from NEIGHBOR procedure of PHYLIP Version 3.5 ** ** ** *********************************************************************************** + -pop1 + ! + -pop6 + -6 ! ! + pop2 ! ! + -1 ! + + pop8 + -9 ! ! ! + pop12 ! ! ! ! + pop5 +-10 ! + ! ! + + pop9 ! ! ! ! ! + -pop11 + 11 ! ! ! + -pop4 ! ! ! ! + pop7 -12 ! + ! + + pop10 ! ! ! + pop13 ! + pop3 126 PHỤ LỤC Kết phân tích phần mềm Alerquin 3.1 //////////////////////////////////////////////////////////////////// RUN NUMBER (29/10/10 at 13:12:13) //////////////////////////////////////////////////////////////////// #[WARNING # 1] : sum of genotype frequencies not match specified sample size : adjusting sample size Project information: -NbSamples = 13 DataType = MICROSAT GenotypicData = GameticPhase = RecessiveData = ============================== Settings used for Calculations ============================== General settings: Deletion Weight = Transition Weight Weight = Tranversion Weight Weight = Epsilon Value = 1e-07 Significant digits for output = Use original haplotype definition Alllowed level of missing data = 0.05 Active Tasks: Molecular Diversity: -Molecular Distance :No of different alleles (FST) GammaA Value = Theta estimators : Haplotypic Frequency estimation: -Make estimations at the: no Estimation selected Initial Conditions Maximum No Of Iterations Bootstrap Replicates Initial Conditions for Bootstrap No recessive Data Do not Compact Haplotypes = = = = 50 1000 10 Linkage disequilibrium test: -No of permutations = 1000 No of Initial conditions = Print Histogram and table : No Hardy-Weinberg equilibrium test: 127 No of steps in Markov chain = 1000000 No of Dememorisation Steps = 100000 Required precision on Probability = Test association at the Locus level Analysis of Molecular Variance: No of Permutations = 1000 Population pairwise Fst values: Compute pairwise differences Compute relative population sizes No of permutations for significance = 100 No of permutations for Mantel test = 1000 Distance matrix: Use pre-defined distance matrix Exact test of population differentiation: No of steps in Markov chain = 100000 No of Dememorisation Steps = 10000 Required precision on Probability = Print Histogram and table : Yes Significance level = 0.05 Assignement of individual genotypes to populations -========================================================================= ====== == GENETIC STRUCTURE ANALYSIS ========================================================================= ====== Number of usable loci for distance computation : 10 Allowed level of missing data : 0.05 List of usable loci : 10 List of loci with too much missing data : NONE ================================================================= AMOVA ANALYSIS ================================================================= Genetic structure to test : No of Groups = 128 [[Structure]] StructureName = "All populations grouped together" NbGroups = Group={ "52CT" "65AG" "107CABO" "54CABO" "39TN" "3KG" "25CABO" "26CT" "12TN" "9GL" "134CABO" "6DT" "26HUE" } Distance method: No of different alleles (FST) -AMOVA design and results : -Reference: Weir, B.S and Cockerham, C.C 1984 Excoffier, L., Smouse, P., and Quattro, J 1992 Weir, B S., 1996 -Source of Sum of Variance Percentage variation d.f squares components of variation -Among populations 12 497.215 2.01529 Va 64.10 Within populations 247 278.800 1.12874 Vb 35.90 -Total 259 776.015 3.14404 -Fixation Index FST : 0.64099 -Population specific FST indices -Pop# Name FST -1 52CT 0.64065 65AG 0.63584 107CABO 0.64542 54CABO 0.62964 39TN 0.64262 3KG 0.63303 25CABO 0.63801 26CT 0.65475 12TN 0.64379 10 9GL 0.64638 11 134CABO 0.63705 129 12 6DT 0.63508 13 26HUE 0.65057 130 PHỤ LỤC Kết phân tích NTSYSpc 2.1 Output: NTSYSpc 2.10m, (C) 2000-2001, Applied Biostatistics Inc Date & time: 10/1/2010 11:33:41 AM -Input parameters Read input from file: D:\BX\Reseachs\Seasame\DE CUONG\So lieu xu ly NTSYS\Chay thu\S.NTS Format: width=9 decimals=2 Page width: 150 Field width: Decimal places: Page width: 150 Comments: SSR sesame (Sesamum indicum L.) SIMQUAL: input=D:\BX\Reseachs\Seasame\DE CUONG\So lieu xu ly NTSYS\NTSYS Input file-Duong.xls, coeff=SM by Cols Matrix type = 3, size = 13 by 13, missing value code = "none" (similarity) 52CT 65AG 107CABO 54CABO 39TN 3KG 25CABO 26CT 12TN 9GL 134CABO 6DT 26HUE 52CT | 1.00 65AG | 0.78 1.00 107CABO | 0.75 0.76 1.00 54CABO | 0.71 0.68 0.68 1.00 39TN | 0.78 0.74 0.71 0.67 1.00 3KG | 0.83 0.74 0.69 0.65 0.76 1.00 25CABO | 0.81 0.87 0.74 0.67 0.71 0.79 1.00 26CT | 0.76 0.75 0.72 0.75 0.83 0.79 0.77 1.00 12TN | 0.77 0.77 0.75 0.69 0.82 0.80 0.80 0.82 1.00 9GL | 0.78 0.71 0.71 0.67 0.80 0.73 0.74 0.86 0.76 1.00 134CABO | 0.76 0.75 0.71 0.64 0.72 0.80 0.78 0.72 0.79 0.75 1.00 6DT | 0.79 0.84 0.74 0.66 0.74 0.71 0.78 0.75 0.77 0.73 0.77 1.00 26HUE | 0.71 0.73 0.72 0.65 0.87 0.74 0.73 0.84 0.80 0.81 0.73 0.70 1.00 131 132 Kết phân tích PCA 133 Két phân tích bootstrap Freetree Treeview 134 ... Ho Chi Minh City Experiments were carried out from March 2008 to October 2009 Thirteen sesame accessions used in this study were collected from various regions in southern Vietnam and Cambodia... thuật SSR 29 3.3.1 Vật liệu 29 x 3.3.2 Hóa chất thi t bị phản ứng SSR 30 3.3.3 Thi t bị dụng cụ 31 3.3.4 Phương pháp nghiên cứu 32 3.3.4.1... percentage of genetic variation among populations (64.1%) and percentage of genetic variation within population was as low as 35.9% Dendrogram based on UPGMA analysis grouped the 13 sesame accessions