ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH VÀ INTEGRON CỦA BỐN GIỐNG VI KHUẨN PHÂN LẬP TỪ ĐẤT VÀ NƯỚC

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH ************** DƯƠNG THỊ BÍCH HỢP ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH VÀ INTEGRON CỦA BỐN GIỐNG VI KHUẨN PHÂN LẬP TỪ ĐẤT VÀ NƯỚC LUẬN VĂN THẠC SỸ KHOA HỌC NƠNG NGHIỆP Thành Phố Hồ Chí Minh Tháng 1/2012 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH ***************** DƯƠNG THỊ BÍCH HỢP ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH VÀ INTEGRON CỦA BỐN GIỐNG VI KHUẨN PHÂN LẬP TỪ ĐẤT VÀ NƯỚC Chuyên ngành: Thú Y Mã số : 60.62.50 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP Hướng dẫn khoa học: TS VÕ THỊ TRÀ AN Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 01 năm 2012 i ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH VÀ INTEGRON CỦA BỐN GIỐNG VI KHUẨN PHÂN LẬP TỪ ĐẤT VÀ NƯỚC DƯƠNG THỊ BÍCH HỢP Hội đồng chấm luận văn: Chủ tịch: TS TRẦN XUÂN HẠNH Công ty Navetco Thư ký: TS NGUYỄN TẤT TỒN Đại Học Nơng Lâm Tp Hồ Chí Minh Phản biện 1: TS PHẠM HÙNG VÂN Đại Học Y Dược Tp Hồ Chí Minh Phản biện 2: TS HỒ THỊ KIM HOA Đại Học Nơng Lâm Tp Hồ Chí Minh Uỷ viên: TS VÕ THỊ TRÀ AN Đại Học Nông Lâm Tp Hồ Chí Minh TRƯỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH HIỆU TRƯỞNG ii LÝ LỊCH CÁ NHÂN Tôi tên Dương Thị Bích Hợp sinh ngày 17 tháng 08 năm 1982 ấp Cồn Cù xã Dân Thành huyện Duyên Hải, tỉnh Trà Vinh Tốt nghiệp PTTH Trường Trung học phổ thông Duyên Hải, tỉnh Trà Vinh năm 2001 Tốt nghiệp Đại học ngành Bác sĩ Thú y hệ quy Đại học Cần Thơ, tỉnh Cần Thơ Tháng 09 năm 2008 theo học Cao học ngành Thú Y trường Đại học Nông Lâm, Thủ Đức, thành phố Hồ Chí Minh Tình trạng gia đình: độc thân Địa liên lạc: ấp Cồn Cù, xã Dân Thành, huyện Duyên Hải, tỉnh Trà Vinh Điện thoại: 0987 967 187 Email: dtbhty@yahoo.com iii LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan cơng bố luận văn hồn tồn trung thực phần đề tài nghiên cứu APUA (the Alliance for Prudent Use of Antibiotic) TS Võ Thị Trà An làm chủ nhiệm Các số liệu, kết luận văn công bố với đồng ý chủ nhiệm đề tài Dương Thị Bích Hợp iv CẢM TẠ Chân thành cảm ơn Ban Giám hiệu trường Đại Học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh, Ban Chủ nhiệm Khoa Chăn ni – Thú y Phòng Đào tạo Sau Đại học tạo điều kiện thuận lợi cho suốt thời gian học tập nghiên cứu Con xin gửi lòng biết ơn vơ hạn đến Ba, Má Người cực khổ nuôi dạy khôn lớn tạo điều kiện cho hồn thành khóa học Kính tri ân Q Thầy Cơ tận tình hướng dẫn truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm quí báu cho tơi q trình học tập thời gian thực đề tài Xin chân thành bày tỏ lòng biết ơn đến Cơ Võ Thị Trà An cho tham gia nghiên cứu đề tài APUA (the Alliance for Prudent Use of Antibiotic), tận tình hướng dẫn, động viên, cung cấp tài liệu kinh phí cho tơi hồn thành đề tài Xin chân thành cảm ơn Thầy Lê Hữu Ngọc, anh Mẫn, anh Tùng, bạn Tuyền, Tài, em Ái Linh, Hải Linh, Thành, Thức, Tuấn Phòng thực hành Kiểm nghiệm Thú sản – Môi trường Sức khỏe Vật nuôi, Khoa Chăn nuôi – Thú y Cảm ơn Ban Lãnh đạo Viện Công nghệ Sinh học Công nghệ môi trường, trường Đại học Nông Lâm Tp HCM chú, anh, chị bạn lớp Cao học Thú y khóa 2008 nhiệt tình giúp đỡ tơi trình học tập nghiên cứu Xin cảm ơn tất người gia đình (anh - chị Tư, chị Phương, em thân yêu ) người bạn tốt (Phúc Khánh, Kim Thái, Thẩm, Khải, Dương, Bé Lan, Hoàng Phương, Kiệm, Hạnh, Phương- Châu, Tuyền, Hiếu ) hỗ trợ, giúp đỡ động viên tơi hồn thành đề tài Kính dâng hương hồn anh Dương Thanh Nhanh Xin cảm ơn anh, bên cạnh động viên tơi v TĨM TẮT Đề tài “Đề kháng kháng sinh integron bốn giống vi khuẩn phân lập từ đất nước” tiến hành trường Đại học Nông Lâm Thành Phố Hồ Chí Minh, thời gian từ 11/2009 đến 5/2011 Đề tài thực nhằm xác định kiểu hình đề kháng kháng sinh diện integron lớp integron lớp giống vi khuẩn (Acinetobacter, Aeromonas, Pseudomonas, Stenotrophomonas) phân lập từ đất nước Tổng số 145 gốc vi khuẩn bốn giống phân lập (64 gốc Acinetobacter, 21 gốc Aeromonas, 38 gốc Pseudomonas 22 gốc Stenotrophomonas) kiểm tra mức độ mẫn cảm với 14 loại kháng sinh phổ biến nhân y, thủy sản thú y phương pháp khuếch tán thạch Kết cho thấy tỉ lệ phát Acinetobacter môi trường nước 58,07 % đất 57,69 % Tỉ lệ phát Aeromonas môi trường nước 33,87 % Tỉ lệ phát Pseudomonas môi trường nước 45,16 % đất 19,23 % Tỉ lệ phát Stenotrophomonas đất 42,31 % Cả bốn giống vi khuẩn phân lập từ môi trường đề kháng cao với hai kháng sinh nalidixic acid, ampicillin Acinetobacter, Aeromonas, Pseudomonas đề kháng cao với nitrofurantoin (> 60,00 %) Ngồi ra, Pseudomonas đề kháng với trimethoprim/ sulfamethoxazole (73,68 %) amoxicillin/clavulanic acid (60,53 %) Riêng Stenotrophomonas đề kháng với kháng sinh streptomycin (72,73 %), amoxicillin/clavulanic acid (59,09 %), polymycin B (45,45 %) gentamicin (40,91 %) Integron lớp phát hai gốc Pseudomonas tổng số 133 gốc vi khuẩn kiểm tra Hai gốc vi khuẩn từ mẫu nước ao đa đề kháng với loại kháng sinh Gene cassette có kích thước khoảng 900 bp 1500 bp khuếch đại từ hai gốc vi khuẩn Không phát diện integron lớp vi ABSTRACT The thesis “Antibiotic resistance and the integrons of four bacteria genus from soil and water” was conducted at Nong Lam University, Ho Chi Minh City, from 11/2009 to 5/2011 The aim of the study is to detect antibiotic resistance phenotype of bacteria including Acinetobacter, Aeromonas, Pseudomonas, Stenotrophomonas which isolated from pond water, livestock sewage, river water, soil samples Antibiotic resistance and the present class and class integron also were determined A total 145 isolates were classified in to four bacteria genus (64 isolates Acinetobacter, 21 isolates Aeromonas, 38 isolates Pseudomonas and 22 isolates Stenotrophomonas) These isolates were tested susceptibility to antibiotics for with 14 common antibiotics in human, aquaculture and veterinary medicine The percentage of Acinetobacter was 58.07 % in water samples, 57.69 % in the soil samples The percentage of Aeromonas in the aquatic environment was 33.87 % The percentage of Pseudomonas in water samples was 45.16 % The occurrence rate of Stenotrophomonas in the soil environment was 42.31 % Bacterial isolates of four genus were highly resistant to nalidixic acid and ampicillin Acinetobacter, Aeromonas and Pseudomonas were highly resistant to nitrofurantoin (> 60.00 %) Pseudomonas isolates were resistant to trimethoprim/ sulfamethoxazole (73.68 %) and amoxicillin/clavulanic acid (60.53 %) Stenotrophomonas isolates were resistant to streptomycin (72.73 %), amoxicillin/ clavulanic acid (59.09 %), polymycin B (45.45 % ) and gentamicin (40.91 %) Among 133 isolates of four bacteria genus tested two isolates of Pseudomonas contained class integron These two isolates were from pond water samples and multi-resistant against and antibiotics Gene cassettes of these isolate were approximately 900 bp and 1500 bp in size No class integron was detected among the collection vii MỤC LỤC CHƯƠNG TRANG Trang tựa i Trang Chuẩn Y ii Lý Lịch Cá Nhân iii Lời Cam Đoan iv Cảm tạ v Tóm tắt .vi Mục lục viii Danh sách chữ viết tắt xi Danh sách hình xii Danh sách bảng xiii Danh sách sơ đồ biểu đồ .xiv 1.MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu 1.3 Yêu cầu 2.TỔNG QUAN 2.1 Vi khuẩn môi trường 2.1.1 Vai trò vi khuẩn môi trường 2.1.2 Phương thức lan truyền đề kháng kháng sinh vi khuẩn môi trường 2.1.3 Bốn giống vi khuẩn môi trường nghiên cứu 2.1.3.1 Vi khuẩn Acinetobacter 2.1.3.2 Vi khuẩn Aeromonas 2.1.3.3 Vi khuẩn Pseudomonas 2.1.3.4 Vi khuẩn Stenotrophomonas 2.2 Kháng sinh đề kháng kháng sinh 2.2.1 Kháng sinh viii 2.2.2 Đề kháng kháng sinh 2.2.2.1 Cơ chế đề kháng kháng sinh 10 2.2.2.2 Phân loại đề kháng kháng sinh 13 2.3 Các phương pháp xác định đề kháng .14 2.3.1 Phương pháp kháng sinh đồ .14 2.3.1.1 Định nghĩa .14 2.3.1.2 Phương pháp khuếch tán thạch 14 2.3.1.3 Phương pháp pha loãng kháng sinh môi trường lỏng 16 2.4 Integron gene cassette 16 2.4.1 Integron lớp 17 2.4.2 Integron lớp 18 2.4.3 Gene cassette 18 2.5 Những nghiên cứu có liên quan đến nội dung đề tài 19 2.5.1 Vi khuẩn Acinetobacter 19 2.5.2 Vi khuẩn Aeromonas 21 2.5.3 Vi khuẩn Pseudomonas 22 2.5.3 Vi khuẩn Stenotrophomonas 23 NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 25 3.1 Thời gian địa điểm 25 3.2 Đối tượng khảo sát số lượng mẫu 25 3.3 Nội dung phương pháp nghiên cứu 27 3.3.1 Nội dung 1: Phân lập giống vi khuẩn Acinetobacter, Aeromonas, Pseudomonas, Stenotrophomonas 27 3.3.1.1 Vật liệu thí nghiệm 27 3.3.1.2 Phương pháp tiến hành 28 3.3.2 Nội dung 2: Thực kháng sinh đồ giống vi khuẩn phân lập được32 3.3.2.1 Các loại kháng sinh sử dụng 32 3.3.2.2 Phương pháp tiến hành 32 ix Nước cất 100 ml Kết quả: Phản ứng MR: dương tính mơi trường có màu đỏ Ngược lại âm tính có màu vàng Phản ứng VP: dương tính mơi trường có màu đỏ Ngược lại âm tính mơi trường khơng đổi màu d Phản ứng citrate (Simmons Citrate Agar (Himedia, M099) Magnesium sulphate 0,20 g/l Ammonium dihydrogen phosphate 1,00 g/l Dipotassium phosphate 1,00 g/l Sodium chloride 5,00 g/l Bromo thymol blue 0,08 g/l Agar 15,00 g/l pH cuối (25 C) =6,8 ± 0,2 Cân 24,2 g môi trường khô pha với 1000 ml nước cất Đun cách thủy cho tan agar (hoặc đun microwave khoảng phút), cho vào ống nghiệm, ống ml đậy nút lại Hấp tiệt trùng 1210C/ 15 phút Hấp xong đặt ống nghiệm nằm nghiêng 150, cho môi trường đông lại Lưu ý: môi trường phải chuẩn bị trước sử dụng 24 Kết quả: dương tính mơi trường chuyển sang màu xanh dương Ngược lại âm tính môi trường giữ nguyên màu (xanh cây) e Phản ứng TSI (Triple Sugar Iron Agar (Oxoid, CM0003) Cân 64,6 g môi trường pha với 1000 ml nước cất Đun cách thủy cho tan hoàn toàn agar (hoặc đun microwave khoảng phút), sau cho vào ống nghiệm, ống ml đậy nút lại Hấp tiệt trùng 1210C/ 15 phút Hấp xong đặt ống nằm nghiêng 250C (bán nghiêng), cho môi trường đông lại Lưu ý: Môi trường phải chuẩn bị trước sử dụng 24 Kết quả: có trường hợp - Đỏ/ Đỏ: vi khuẩn không lên men loại đường mà sử dụng peptone 73 - Đỏ/Vàng: vi khuẩn lên men đường glucose, sử dụng peptone - Vàng/Vàng: vi khuẩn lên men glucose, lactose và/ sucrose Nếu có khí H2S xuất màu đen ống nghiệm Nếu có gas làm cho thạch nứt f Phản ứng Oxidase Phản ứng cần dung dịch 1% tetramethyl-p-phenylenediamine dihydrochloride Hoặc mua giấy tẩm sẵn tetramethyl-p-phenylenediamine dihydrochloride Nam Khoa để thử Kết quả: dương tính xuất màu xanh dương đậm Ngược lại không xuất màu xanh phản ứng âm tính kết phản ứng xuất màu xanh dương sau 10 giây xem âm tính Lưu ý: dung dịch nuôi cấy lâu cho kết khơng xác hoạt tính oxidase bị kìm hãm đường g Phản ứng nitrate Thành phần Beef Extract 3.0g Peptone 5.0g Potassium Nitrate 1.0g Cân 9,0 g 1000 ml nước cất Đun sơi để tan hồn toàn, cho vào ống nghiệm, ống ml đậy nút lại Hấp tiệt trùng 1210C/ 15 phút Thuốc thử Dung dịch Sulphanilic acid (dung dịch A) Hòa tan g sulphanilic acid 1l acid acetic 5N Dung dịch Alpha – naphthylamine (dung dịch B) Hòa tan g Alpha – naphthylamine 1l acid acetic 5N Kết quả: dương tính mơi trường chuyển sang màu hồng Ngược lại, âm tính mơi trường khơng chuyển màu h Phản ứng tan chảy gelatinase (Collins Lyne, 1989) Mơi trường NA có thêm % gelatine 74 Dùng que cấy thẳng lấy vi khuẩn cấy vng góc vào đĩa, ủ từ 18 – 24 nhiệt độ thích hợp cho vi khuẩn, sau cho dung dịch ammonium sulphate bão hòa vào Kết quả: dương tính xuất vòng sáng xung quanh khuẩn lạc vi khuẩn sản xuất gelatinase Ngược lại âm tính khơng xuất vòng sáng i Phản ứng MIU (Motile Indol Urease) Sử dụng test MIU Nam Khoa để kiểm tra Kết quả: dương tính mơi trường chuyển sang màu đỏ cánh sen Ngược lại phản ứng dương tính mơi trường khơng đổi màu j Phản ứng di động Thành phần: Tryptone 10 g NaCl 5g Agar No.1 (Oxoid, LP0011) 3g Cân 18 g hòa tan lít nước cất Đun cách thủy cho tan agar (hoặc đun microwave khoảng phút) Hấp tiệt trùng 1210C/ 15 phút Sau đổ vào đĩa hấp tiệt trùng autoclave Dùng que cấy thẳng lấy vi khuẩn cấy vng góc vào đĩa, ủ nhiệt độ thích hợp cho vi khuẩn quan sát di động theo mức độ thời gian từ 8, 12, 16, 24 Kết quả: dương tính vi khuẩn mọc lan xung quanh chỗ cấy Ngược lại, âm tính vi khuẩn khơng mọc lan xung quanh 75 PHỤ LỤC Danh mục kháng sinh viết tắt, liều lượng đường kính vòng vơ khuẩn (Cơng ty Nam Khoa) Đường kính vòng vơ khuẩn đo Stt Đĩa kháng sinh Kí hiệu Hàm lượng (µg) mm Kháng Trung gian Nhạy 14 – 16 ≥ 17 Ampicillin Am 10 ≤ 13 Amoxicillin/ Ac 20/10 ≤ 19 ≥ 20 clavulanic acid Ceftazidime Cz 30 ≤ 14 15 – 17 ≥ 18 Gentamicin Ge 10 ≤ 12 13 – 14 ≥ 15 Streptomycin Sm 10 ≤ 11 12 – 19 ≥ 20 Doxycycline Dx 30 ≤ 12 13 – 15 ≥ 16 Tetracycline Te 30 ≤ 14 15 – 18 ≥ 19 Chloramphenicol Cl 30 ≤ 12 13 – 17 ≥ 18 Ciprofloxacin Ci ≤ 15 16 – 20 ≥ 21 10 Nalidixic acid Ng 30 ≤ 31 32 – 37 ≥ 38 11 Norfloxacin Nr 10 ≤ 12 13 – 16 ≥ 17 Bt 1.25/23.75 ≤ 10 11 – 15 ≥ 16 13 Polymycin B Pb 300 unit ≤ 11 14 Nitrofurantoin Fr 300 unit ≤ 14 Trimethoprim/ 12 sulfamethoxazole 76 ≥ 12 15 – 16 ≥ 17 PHỤ LỤC (Một số hình ảnh kiểm tra API20E test) Acinetobacter Aeromonas Pseudomonas S maltophilia 77 Bảng 3.1: Thành phần mơi trường thử phản ứng sinh hóa API-20E® test Test Thành phần Phản ứng/ enzyme ONPG 2-nitrophenyl-βD-galactopiranoside β-galactosidase ADH L-Arginine Arginine Dihydrolase LDC L-lysine Lysine Decarboxylase ODC L-omithine Omithine Decarboxylase CIT Trisodium Citrate Sử dụng Citrate H2S Sodium Thiosulphate Sản sinh H2S URE Ure Urease TDA L-tryptophane Khử amin tryptophane IND L-tryptophane Sản sinh indole 10 VP Sodium pyruvate Sản sinh acetoin (Voges Proskauer) 11 GEL Gelatin Gelatinase 12 GLU D-glucose Lên men oxi hóa (Glucose) 13 MAN D-mannitol Lên men oxi hóa (Mannitol) 14 INO Inositol Lên men oxi hóa (Inositol) 15 SOR D-sorbitol Lên men oxi hóa (Sorbitol) 16 RHA L-rhamnose Lên men oxi hóa (rhamnose) 17 SAC D-sucrose Lên men oxi hóa saccharose 18 MEL D-melibiose Lên men oxi hóa (melibiose) 19 AMY Amigladin Lên men oxi hóa (amigladin) 20 ARA Arabinose Lên men oxi hóa (arabinose) 78 PHỤ LỤC a Pha hóa chất PCR Pha primer Nồng độ primer PCR µM tức 106 pmol 106 µl hay pmol µl PCR Như 25 µl PCR cần 25 pmol primer Do đó, ta pha dung dịch primer µl chứa 25 pmol Primer Nồng độ gốc (nmol) pmol pha dung dịch 10X (1 µl chứa 250 pmol) Int1 – F 88,8 88.800 88.800/250=355 Int1 – R 76,1 76.100 76.100/250=304 Int – RB201 108,6 108.600 108.600/250434 Int – RB202 98 98.000 98.000/250=392 Nghĩa ta thêm 355 µl nước khử ion để dung dịch primer 10X Đối với loại primer, ta lấy eppendorf (1,5 ml), ống cho vào 20 µl (ghi nhãn tên primer 10X) Bảo quản -200C Khi dùng lấy ống eppendorf cho thêm vào 180 µl nước cất Lúc ta có dung dịch 1µl chứa 25 pmol (pha lỗng 10 lần) Pha Taq Nồng độ gốc: UI/µl Thể tích gốc: 500UI/100 µl Nồng độ cần dùng: UI/ 25 µl phản ứng Chiết 10 lọ, lọ chứa µl Taq từ lọ gốc cần dùng ta lấy lọ chứa µl Taq thêm 18 µl nước lọ chứa 20 µl Dùng cho 10 phản ứng b Mix mẫu PCR Trang thiết bị dụng cụ: tủ cấy vô trùng, bồn ủ nhiệt, máy PCR, bồn điện di, tủ mát, máy chụp hình, tủ -200 C, micropipette (0,5 – 10 µl, 10 – 100 µl, 100 – 1000 µl), eppendorf 0,2 ml, eppendorf 1,5 ml, đầu típ trắng 0,2 – 10 µl, đầu típ vàng 0,2 ml đầu típ xanh ml 79 Chuẩn bị: DNA template (mẫu), eppendorf (0,2 ml 1,5 ml), đầu típ (trắng, vàng xanh), nước khử ion, tất hấp vô trùng autoclauve, đá (nước đá đá khô), bao tay, trang, micropipette Tiến hành: Tổng thể tích phản ứng 25 µl/ phản ứng Thành phần H2O µl 12 Buffer 5x MgCl2 25 mM 1,5 dNTP 25 mM 0,5 Taq UI/µL Primer F Primer R Mẫu Mix pha theo thứ tự từ đến 7, trộn sau lần thêm hóa chất vào Sau chạy PCR, sản phẩm PCR điện di với gel agarose 1,5 % (100 V 30 phút 120V phút), nhuộm ethidium bromide 20 phút, rữa với nước phút sau chiếu tia UV chụp hình c Hóa chất điện di TBE (0,5 X) Tris HCl 3,94 mg Acid boric 1,39 g Na2EDTA 93,03 mg Ph = 8,3 d hóa chất nhuộm gel TBE 0,5 X Ethidium bromide 10 mg/ml 80 PHỤ LỤC 5.1 Kiểu đề kháng kháng sinh gốc Acinetobacter phân lập Stt Kiểu đề kháng Số lượng Loại mẫu Ng Nước ao, nước chuồng AcNg Nước ao, nước sông AmNg Nước sông CzNg Cải xanh SmNg Nước sông CiNg Nước ao NgFr Nước ao, nước sông AmAcNg Cải xanh AmSmNg Nước sông 10 AmTeNg Nước chuồng 11 AmClNg Mồng tơi 12 AmNgFr Nước sông, đậu phộng, cải xanh, mồng tơi 13 AcNgBt Nước sông 14 AcNgFr Nước sông, cải xanh, mồng tơi 15 SmNgBt Nước chuồng 16 SmNgFr Nước sông 17 TeNgBt Nước ao 18 ClNgFr Nước sông 19 AmAcNgFr Nước ao, nước sông, cải xanh, đậu phộng 20 AmSmNgFr Nước sông 21 SmTeNgBt Nước ao 22 SmNgNrBt Nước ao 23 AmAcClNgFr Nước ao, mồng tơi, cải ngọt, xà lách 24 AmClNgBtFr Cải 25 SmTeCiNgBt Nước ao 26 AmAcClNgBtFr Xà lách, cải 81 5.2 Kiểu đề kháng kháng sinh gốc Aeromonas phân lập Stt Kiểu đề kháng Số lượng Loại mẫu Ng Nước ao AmNg Nước sông, nước ao TeNg Nước ao AmAcNg Nước ao AmNgBt Nước sông AmAcSmNg Nước ao AmTeNgBt Nước sông AmAcTeClNgBt Nước sông 5.3 Kiểu đề kháng kháng sinh gốc Pseudomonas phân lập Stt Kiểu đề kháng Số lượng Loại mẫu NgFr Nước sông AcNgFr Nước ao AmAcNgFr Nước ao AmAcNgFr Cải xanh AmAcNgFr Cải AmAcNgFr Mồng tơi AmAcNgFr Cải dúng AmCzNgFr Cải dúng AmGeNgFr Đậu phộng 10 AmNgBtFr Nước sông 11 AmClNgBtFr Nước ao 12 AmClNgBtFr Nước chuồng 13 AmAcNgBtFr Nước ao 14 AmAcNgBtFr Nước sông 15 AmAcSmNgFr Mồng tơi 16 AmAcTeNgBtFr Nước ao 17 AmAcSmNgBtFr Nước ao 18 AmSmClNgBtFr Nước ao 19 AmAcClNgBtFr Nước chuồng 20 AmAcClNgBtFr Nước sông 21 AmAcSmNgPbFr Mồng tơi 22 AmAcTeClNgBtFr Nước chuồng 23 AmAcGeSmClNgFr Mồng tơi 24 AmAcSmDxTeNgBtFr Nước ao 25 AmAcSmTeClNgBtFr Nước chuồng 82 5.4 Kiểu đề kháng kháng sinh gốc Stenotrophomonas phân lập Stt Kiểu đề kháng Số lượng Nguồn gốc mẫu AmFr Dền đỏ GeNgFr Xà lách SmNgFr Dền đỏ AmAcNgPb Mồng tơi AcNgPbFr Cải AcSmNgFr Cải GeSmNgFr Mồng tơi SmNgPbFr Bẹ dúng, xà lách AmAcGeNgFr Xà lách 10 AmAcSmNgFr Xà lách, cải xanh 11 AmGeSmNgFr Cải xanh 12 AcSmNgPbFr Cải xanh 13 AmAcCzGeSmNgFr Cải xanh 14 AmAcSmClNgBtFr Cải dúng 15 AmAcGeSmNgPbFr Cải 16 AmAcGeSmTeNgPbFr Xà lách 83 PHỤ LỤC (Xử lý thống kê) Chi-Square Test: khong, co Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts khong Nước ao co 44 Total 56 100 55.50 44.50 2.383 2.972 Nước chuồng 67 33 55.50 44.50 2.383 2.972 Total 111 89 100 200 Chi-Sq = 10.710, DF = 1, P-Value = 0.001 Chi-Square Test: có, khơng Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts có không Total nước chuồng 33 67 100 50.00 50.00 5.780 5.780 nước sông 67 33 100 50.00 50.00 5.780 5.780 Total 100 100 200 Chi-Sq = 23.120, DF = 1, P-Value = 0.000 Chi-Square Test: co Acine, khong Acine Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts co Acine khong Acine Total nước ao 56 44 100 61.50 38.50 0.492 0.786 nước sông 67 33 100 84 61.50 38.50 0.492 0.786 Total 123 77 200 Chi-Sq = 2.555, DF = 1, P-Value = 0.110 Chi-Square Test: co Aeromonas, khong Aeromonas Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts co Aeromonas khong Aeromonas Total NA 35 27.50 72.50 2.045 0.776 NC Total 65 100 20 80 100 27.50 72.50 2.045 0.776 55 145 200 Chi-Sq = 5.643, DF = 1, P-Value = 0.018 Chi-Square Test: có, khơng Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts có khơng Total NC 20 80 100 29.50 70.50 3.059 1.280 NS 39 61 100 29.50 70.50 3.059 1.280 Total 59 141 200 Chi-Sq = 8.679, DF = 1, P-Value = 0.003 Chi-Square Test: co, khong Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts co khong Total NA 35 65 100 37.00 63.00 0.108 0.063 NS 39 61 100 37.00 63.00 0.108 0.063 85 Total 74 126 200 Chi-Sq = 0.343, DF = 1, P-Value = 0.558 Chi-Square Test: co Pseudo, khong Pseudo Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts co Pseudo khong Pseudo Total NA 44 56 100 57.00 43.00 2.965 3.930 NC 70 30 100 57.00 43.00 2.965 3.930 Total 114 86 200 Chi-Sq = 13.790, DF = 1, P-Value = 0.000 Chi-Square Test: có, khơng Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts có khơng Total NC 70 30 100 51.50 48.50 6.646 7.057 NS 33 67 100 51.50 48.50 6.646 7.057 Total 103 97 200 Chi-Sq = 27.405, DF = 1, P-Value = 0.000 Chi-Square Test: co, khong Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts co khong Total NA 44 56 100 38.50 61.50 0.786 0.492 NS 33 67 100 38.50 61.50 0.786 0.492 Total 77 123 200 Chi-Sq = 2.555, DF = 1, P-Value = 0.110 86 Chi-Square Test: có, khơng Expected counts are printed below observed counts Chi-Square contributions are printed below expected counts có khơng Total Mùa nắng 50 50 100 36.00 64.00 5.444 3.063 Mùa mưa 22 78 100 36.00 64.00 5.444 3.063 Total 72 128 200 Chi-Sq = 17.014, DF = 1, P-Value = 0.000 87 ... enzyme thay PBP liên quan đến đề kháng với methicillin staphylococci, Streptococcus pneumonia MRSA (methicillin–resistance Staphylococcus aureus) MRSE (methicillin–resistance Staphylococcus epidermidis)... Organization IS Insertion sequence MIC Minimal Inhibitory Concentration MRSA Methicillin–resistance Staphylococcus aureus MRSE Methicillin–resistance Staphylococcus epidermidis MDR Multidrug resistance... trimethoprim qua gene nằm chromosome qua việc sản xuất mức dihydrofolate reductase (DHFR) đột biến gene folA mã hóa cấu trúc DHFR đột biến gây bất hoạt thymidylate synthetase Đề kháng với trimethoprim