Nghiên cứu begomovirus trên ớt và cà chua ở khu vực miền trung và miền nam việt nam

LỜI CẢM ƠN Trong suốt trình làm thực tập ngồi nỗ lực thân tơi nhận nhiều giúp đỡ tận tình từ cá nhân tổ chức Trước tiên, xin bày tỏ biết ơn sâu sắc tới TS Hà Viết Cường – Giám độc trung tâm nghiên cứu Bệnh nhiệt đới – trường Đại học Nơng nghiệp Hà Nội, Phó khoa Nông học trực tiếp hướng dẫn, dẫn dắt, tận tình bảo tạo điều kiện để tơi hồn thành báo cáo Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến cán bộ, công nhân viên thuộc Trung tâm Bệnh nhiệt đới - Trường Đại học Nộng nghiệp Hà Nội nhiệt tình giúp đỡ tạo điều kiện cho làm việc suốt trình thực tập Trung tâm Đồng thời xin bày tỏ biết ơn chân thành tới Thầy giáo, Cô giáo môn Công nghệ sinh học thực vật thầy cô khoa Công nghệ sinh học, trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội nhiệt tình dạy dỗ, bảo suốt thời gian học tập trường Cuối tơi xin cảm ơn tới gia đình, người thân anh chị em bạn bè giúp đỡ, động viên tơi suốt q trình học tập hồn thành báo cáo tốt nghiệp Tơi xin chân thành cảm ơn! DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT Ký hiệu Từ viết tắt A tumefaciens AS ATP Bb CP CTAB ddNTP DNA dNTP dsDNA E.coli EDTA ICTV IR Kb LB ORF PCR RCA RE Rep RNA Rnase SDS SsDNA TAE Taq Vir β- ME Agrobacterium tumefaciens Acetosyringone Adenosine triphosphate Base pair Capsid protein Cetryl Ammonium Bromide Dideoxynucleoside triphosphate Deoxyribonucleic acid Deoxynucleoside triphosphate Double strand DNA Escherichia coli Ethylene diamine tetra acetic acid International Committee on Taxonomy of Viruses Itergenic region Kilo base Luria and Bertani Open reading frame Polymerase Chain Reaction Rolling circle amplification Restriction enzyme Replication protein Ribonucleic acid Ribonuclease Sodium Dodecyl Sulphate Singe strand DNA Tris – acetate – EDTA Thermus aquatic Virulence region Beta- Mercaptoethanol TĨM TẮT Trong nghiên cứu chúng tơi tiến hành nhân dòng giải trình tự tồn bộ gen mộtbipartite begomovirus, cho chưa phát Việt Nam gây hại ớt Nguyễn Đức Anh phân lập năm 2013 Kết toàn bộ gen mẫu begomovirus nhân dòng thành cơng vào tế bào E.coli chủng XL1-Blue Chúng tơi giải trình tự thu toàn bộ gen mẫu virus với kích thước khoảng 2.7 kb Chúng tơi tiến hành nghiên cứu begomovirus ớt cà chua miền Trung miền Nam Việt Nam, begomovirus gây bệnh xoăn vàng ớt hai vùng Nhân dòng thành cơng giải gen DNA-A virus này, thơng qua phân tích trình tự, đặc trưng phân tử phả hệ cho thấy loài thuộc chi Begomovirus gây hại ớt đặt tên Chilli leaf curl virus (CLCV) I ĐẶT VẤN ĐỀ Giới thiệu Họ Geminiviridae họ virus thực vật lớn nhất, có khoảng 200 lồi(Fauquet Stanley, 2005).Trong begomovirus chi lớn quan trọng họ Geminiviridae số lượng loài bệnh chúng gây với trồng.Begomovirus(được đặt tên từ Bean golden mosaic virus) có hình thái phân tử dạng hình cầu kép (hình chùy) gen DNA sợi vòng đơn, kích thước khoảng 2,7 kb (Fauquet Stanley, 2005), lan truyền đồng ruộng bọ phấn (Bemisia tabaci) theo kiểu bền vững tuần hồn Begomovirus có gen đơn (gồm phân tử DNA-A) có gen kép (gồm hai phân tử DNA-A DNA-B) Ở số loại cần phân tử DNA-A gây triệu chứng điển hình, số loại cấy khác cần có phân tử DNA-A DNA-B gây triệu chứng bệnh Gần đây, loại phân tử DNA vòng đơn nữa, có kích thước khoảng nửa gen begomovirus thường phát thấy có liên quan với nhiều bệnh begomovirus gây gọi DNA-β Các phân tử DNA-β phụ thuộc vào begomovirus để nhân lên xem phần tử vệ tinh begomovirus Vai trò phân tử DNA-β hình thành triệu chứng bệnh khơng thống nhất, số begomovirus tạo triệu chứng bệnh với có mặt phân tử DNA-β lồi khác lại khơng cần Do việc phòng trừ bệnh xoăn vàng trở nên khó khăn Nhiều bệnh nghiêm trọng trồng xác định begomovirus gây bệnh xoăn vàng cà chua – bệnh xem nguy hiểm cà chua khắp giới(Moriones cộng sự, 2007) Hiện nay, có tới 50 begomovirusphân lập từ cà chua (có từ tomato đầu tên virus) công bố giới (Fauquet cộng sự, 2008) Trên cà chua, begomovirus tạo triệu chứng giống nhau, điển hình là: (cong lại hình thìa); mép (đặc biệt non) biến vàng; nhỏ hẹp; nhiễm sớm còi cọc với tỷ lệ đậu thấp Danh tính virus xác định dựa vào phân tích phân tử (Moriones Navas-Castillo, 2000) Việt Nam chứng minh trung tâm đa dạng quan trọng begomovirus(Ha, 2007) Mặc dù số lượng loài begomovirus xác định thực vật Việt Nam gồm 19 lồi phân lập từ nhiều lồi cây, có nhiều dại(Green cộng sự, 2001),(Ha, 2007).Theo điều tra nay, bệnh begomovirus gây hại diện rộng không gây bệnh cà chua, chúng gây bệnh nhiều loài khác ớt, họ đậu đỗ, đu đủ, bầu bí Chính chúng tơi tiến hành đề tài: “ Nghiên cứu begomovirus ớt cà chua khu vực Miền Trung Miền Nam Việt Nam” Mục tiêu yêu cầu đề tài - Mục tiêu Giải trình tự mẫu virus phân lập Phân tích đặc trưng phân tử mẫu virus ớt cà chua miền Trung miền - Nam Việt Nam Yêu cầu Nhân dòng, giải trình tự phân tích đặc trưng phân tử mẫu virus Nguyễn Đức - Anh phân lập ớt Đà Nẵng năm 2013 Đánh giá tính gây bệnh thơng qua lây nhiễm nhân tạo nhờ vi khuẩn A tumefaciens - (Agroinoculation) Chuẩn đoán begomovirus ớt cà chuavới mẫu thu khu vực miền Trung 2.1 2.2 miền Nam Việt Nam sử dụng cặp mồi chung phát begomovirus BegoA-For1 - BegoA-Rev1 Chọn lọc mẫu dương với BegoA để kiểm tra với mồi đặc hiệu xác định mồi ToLVHnV (F1/R2); TB101 (F1/ R2); VB65 (F1/R1); TY (F4/R4);To (F4/R4); To100(F1/R1); - TYKa-A (F1/R1), VNP93A (F1/R1), VNP93B (F1/R1) Nhân dòng giải trình tự mẫu virus ớt cà chua chọn, bước đầu định danh virus II TỔNG QUAN TÀI LIỆU II.1 Những nghiên cứu nước II.1.1 Tầm quan trọng ớt cà chua Ớt loại thuộc chi Capsicum họ Cà (Solanaceae) Ớt có nguồn gốc từ châu Mỹ, ngày trồng khắp nơi giới sử dụng làm gia vị, rau, thuốc Hiện nay, Ấn Độ nước sản xuất ớt lớn giới với khoảng triệu năm, nơi riêng Chợ Guntur (lớn châu Á) có triệu bao ớt Cà chua (S.lycopersicum) có nguồn gốc từ Nam Mỹ, người Tây Ban Nha lan truyền tới Pilippine, Đơng Nam Á tồn Châu Á, cuối Châu Âu Cà chua loài trái vườn phổ biến Hoa Kỳ Khoảng 150 triệu cà chua sản xuất Thế giới năm 2009 Trung Quốc nước sản xuất cà chua lớn nhất, chiếm khoảng phần tư sản lượng toàn cầu, Hoa Kỳ Ấn Độ Các khu vực chế biến California chiếm 90% lượng sản xuất Mỹ 35% lượng sản xuất giới (Hartz cộng sự, 1997) II.1.2 Những nghiên cứu bệnh virus hại họ cà Lịch sử bệnh xoăn vàng cà chua Bệnh xoăn cà chua ghi nhận giới từ cuối năm 40 Israel Các vụ dịch bệnh xuất rải rác vào năm 60, trở thành nghiêm trọng vào đầu năm 70 thiệt hại suất đạt 100 % Vào cuối năm 70, tất vùng trồng cà chua Trung Đông bị nhiễm bệnh Bệnh báo cáo vùng Đông Nam Á (Thái Lan Đài Loan) châu Phi Châu Âu vào năm 80 Bệnh lần công bố Châu Mỹ vào năm 1993 Hiện nay, bệnh xoăn vàng trở thành bệnh virus quan trọng cà chua khắp giới(Picó cộng sự, 1996; Ghanim cộng sự, 2001; Moriones cộng sự, 2007) 2.2 Tình hình nghiên cứu bệnh xoăn vàng 2.3 Đặc điểm Begomovirus gây bệnh xoăn vàng 2.3.1 Phân loại chi Begomovirus Việc phân loại virus gây bệnh chẩn đoán theo Uỷ ban Quốc tế Phân loại Virus (International Committee on Taxonomy of Viruses – ICTV) dựa vào đặc điểm cấu tạo, hình thái virus mối quan hệ huyết đặc tính khác đặc điểm lan truyền, lây nhiễm, phạm vi kí chủ đặc biệt đặc điểm DNA Tên gọi virus hại thực vật quy định dùng tiếng Anh bao gồm tên kí chủ chính, triệu chứng bệnh kí chủ cuối từ virus Ví dụ: virus gây bệnh khảm thuốc - Tobacco mosaic virus - viết tắt TMV Nghiên cứu hệ thống phát sinh chia begomovirus làm hai nhóm nhóm Tân giới (New world) bao gồm Châu Mỹ nhóm Cựu giới (Old world) khu vực bán cầu đông bao gồm châu Âu, châu Phi, châu Á(Rybicki, 1994; Padidam cộng sự, 1999) Các begomovirus hai nhóm tân giới cựu giới phân biệt đặc điểm gen Tất begomovirus cụm Tân giới có gen kép, begomovirus cụm Cựu giới có gen đơn kép, thêm vào tất begomovirus cụm Cựu giới có thêm gen AV2 DNA-A, gen khơng tồn virus cụm Tân giới (Rybicki, 1994) Begomovirus cụm Tân giới có chuỗi PWRsmaGT đầu N vỏ protein (CP) mã hóa gen AV1, chuỗi khơng có mặt begomovirus cụm Cựu giới (Harrison cộng sự, 2002) Rybicki (1994) dự đoán bọ phấn di chuyển từ Châu Á sang châu Mỹ mang tổ tiên virus cụm Tân giới mà quan sát thấy ngày Các virus sau tiến hóa theo hướng khác với virus cụm Cựu giới Gần dựa phân tích hệ thống phát sinh phát CoYVV Việt Nam khơng có ORF AV2 có chuỗi PWRsmaGT đầu N protein vỏ (CP), virus giống với cụm Tân giới cụm Cựu giới Sự có mặt CoYVV Việt Nam đưa giả thuyết virus giống với cụm Tân giới có mặt Cựu giới trước bị phân chia kỷ Gondwana (Ha cộng sự, 2008) Hiện nay, việc phân loại begomovirus chủ yếu dựa so sánh trình tự chuỗi phân tử DNA-A Theo Fauquet et al.,2008, việc phân loại loài chi begomovirus tuân thủ số tiêu chuẩn sau: (i) (ii) (iii) Thành phần genome có hay khơng có DNA-B Tổ chức gen có hay khơng có gen AV2 Protein Rep khơng có khả tái trans thành phần gen ghi nhận loài Tuy nhiên cần lưu ý thay đổi nhỏ vị trí liên kết với Rep ngăn (iv) cản tương tác chức tái tổ hợp virus Đặc điểm protein vỏ Mức độ tương đồng trình tự aminoacid VNP93-A-cg ACCGGATGGCCGCGATTTTTTTTTAACGTGGTCCCCGCACGCATGCCCGTCCAAT CACAGCCATTCCTCAAAGCTTATTTATGCAGTGGTCCCCCTATATAACTTAGTCTC CAAGTACCCACATCAAAACATGTGGGATCCTTTACTAAACGAGTTTCCTGAAACC GTGCATGGTTTTAGGTGTATGTTAGCTATTAAGTATTTGCAACAAGTAGAAAATAC ATACTCTCCCGATACATTAGGCTACGACCTAATACGTGATCTCATCTTGGTGATTC GTGCTAGGGATTATGGCGAAGCGTCCCGCAGATATAGTCATTTCCACACCCGCCT CGAAGGTTCGTCGCCGTCTGAACTTCGACAGCCCATATCTCAGCCGTGTTGCTGC CCCCACTGTCCTCGTCACAAACAAAAAGAGGTCATGGGCCAATCGGCCCATGTA CAGAAAGCCCAGGATATACAGGATGTACAAAAGCCCTGATGTTCCTCGGGGGTG TGAAGGCCCATGTAAGGTCCAGTCCTATGAACAACGGCATGATGTAGCCCATGTA GGTAAGGTA ATATGTGTCTCTGATGTCACTCGAGGTAATGGGCTGACACATCGTGTTGGTAAGA GGTTCTGTATCAAGTCTGTCTATGTACTGGGCAAAATCTGGATGGATGAGAATATT 59 AAGACGAAGAACCATACCAATACTGTCATGTTCTTTTTAGTTCGTGATAGGAGAC CATTTGGCACGCCACAGGATTTTGGTCAAGTGTTCAACATGTATGATAATGAGCC CAGTACTGCCACTGTGAAGAACGACAACAGAGATCGATTCCAAGTTCTTCGTCG TTTTCAGGCAACTGTGACAGGTGGTCAATATGCAAGCAAGGAACAAGCCATAGT TAGGAAATTTATGAAGGTCAACAATCATGTGACCTACAACCATCAAGAAGCTGCG AAGTATGACAATCACACGGAGAATGCTCTTTTATTGTATATGGCATGTACTCATGC TAGTAATCCAGTGTATGCGACCTTGAAGATCAGAATCTATTTCTATGATTCAGTTC AAAATTAATAAATATTAAATTTTATTATATCCGAAAGATGAGCATCAATTGTGCCCT CAAGTACATTGTACAATACATGTCGAATTGCCCGAATTACATTGTTGATACTAATC ACTCCTAAATGGTCTAAATACTTTATACATTGGTATTTAAATACTCGTAAGAAACG CGAGGTCTGAGGACGTAAACGAGTCCAGATTTGGCAGATTAGGTAGCATTGGTG TAGTCCCAACACTCTCCTCAGGTTGTAGTTGAACTGGATCTGTACTGTGATGATG TCGTGGTTCATCATGAATGGTCTCTCGCGGTGGTGGGTTATTTTGAAATATAGGGG ATTGTTGACCATCCAGATATATACGCCATTCTCTGCCTGAGCTGCAGTGATGCGTT CCCCTGTGCGTGAATCCATGGTTGTGGCAACCTAGAGCGACGAAATACGAACAA CCACAAGGGAGATCAACTCTTCTCCTTCTATTGGTCTTCTTGGCGATTCGGTGTTG CACCTTGATAGGTACCTGAGTAGAGTGGGCCTTGGAGGGTGATGAAGATTGCATT CTTCACAGCCCAATTTTTAAGTGCGGTGTTCTTTTCTTCCTGCAAGAACTCTTTAT AACTGGAATGTGG TCCTGGATTGCAGAGGAAGATAGTGGGAATTCCCCCTTTAATTTGAACTGGTCGC CCGTACTTGGTGTTGCTTTGCCAGTCTCTTTGGGCCCCCATAAACTCTTTAAAGTG CTTTAAGTAATGCGGATCGACGTCATCAATGACGTTATACCAAGCAGCATTACTGT ACACTTTTGGACTTAAGTCTAAATGACCACATAAGTAGTTATGTGGTCCCAATGAT CTGGCCCACATTGTCTTCCCCGTACGACTACCGCCCTCTACCACTATGCTTATCGG TCTTATTGGCCGCGCAGCGGCAGCACTCACATTCGCAGAAACCCACTCTTCAAGT TCTTCTGGAACTTGATCGAAAGAAGAAGACAAAAAAGGACAAACAAAAACCTC TAAAGGAGGTGTAAAAATCCTATCTAAATTACTACTTAAATTATGAAACTGTAAAA CAAAATCTTTGGGAGCCTTCTCCTTTAATATATTGAGGGCCGCTGCTTTGGACCCT GAATTGATTGCCTCGGCATATGCGTCGTTGGCAGATCGGCAACCTCCTCTAGCTG ATCTTC CATCGATCTGGAAAACTCCATGATCAAGCACGTCTCCGTCTTTTTCCATGTATGCT TTAACATCTGAAGAGCTCTTAGCTCCCTGAATGTTCGGATGGAAATGTGCTGACC 60 TGCTTGGAGAGTTGAGATCGAAGAATCGGTTGTTTTGGCACTTGAATTTGCCTTC GAACTGGATGAGGACATGCAGGTGAGGAGACCCATCTTCGTGTAGCTCCCTGCA AATACGTATGAATAATTTATTAGTCGGGGTTGATAAGCCTGAGATTTGGGAAAGTG CCTCTTCTTTAGTAAGGGAGCAGTGTGGATAAGTGAGGAAATAATTCTTGGCATT TATTAAAAATTTTCTGGGCGGAGGCATATTGACTGGTCAATCAGGTCCTCTCAAA CTTGGCTATGCAATCGGGGAATGGGTCCTTACTTATAGTTGAGGACCTAAATGGC ATTATTGTAATTTCTTAAAGAAATTCAAATTCCAAAAGCGGCCATCCGTATAATATT >VNP93-B-cg ACCGGATGGCCGCGATTTTTTTTTAACGTGGTCCCCGCACGCGTTTGTGACATTTT CCTCATTTTGAACAATCGCATCCATTGAATCTGAACACGTGTTACGATCTTAAGGC AGGAATGTTTCCATGTCTGTTTCTATATATTTGTCCTATGTATTTCCTCACTCATTTG TAACTAAAAATGAGAGTTCCAATCCGGAGGATTTCAGGCTTCAATTCTGACCGTC GTCCTTTCAATGGCTCAATCCACCGTTGGAACTACCCATATTCCAGCTATTTTGGG AGGAGGATTGGCAACCGTGTATACGGCATGCCATTCGGAAACCAACAAGGTCAA CGACGTGAGTGTAAGCAAACTCAACGTCTTACCAAGACTGTTGAGCAAGTTGCA TCTAGGAGGAAGTGTATGAAGACGGTTGAGGAAATTCATGATGGTACTGACTACT TGCTGTGCAGTAACACGTCTAAGGTGTCGTACATTAGCTACCCGCCTCTATCCGG CACTGAATATGGTAGCAGAGCGGAATCCTATATCAAAGTCTTGGGAGTCACTGTA TCTGGGTCTGCGGTGCTGAAGCAGACAGGCATGCGTGAAGCAGATGGGTCTCAA GGAATTCATGGGATATTTACCACAGTAATCGTTCGTGACAAGAGACCATGTCAGT TCTCTGCCGTGGATCCTATTATCCCACTTGCGGAGCTGTTTGGACAAGAGAAGAG AGCATGCTCCTCATTACGTGTTAGAGAGTCTTATAAGAATCGATTTAGTGTTGTCT ACCAGAAGAAACATGTAGTAAATAGTGCTCTGTCAACACATGTATTTAGGTATAAT TTCAACGTTAAATTCTCTAGGTTTCCTTTCTGGGTATCTTTCAAAGACACCTGTAA CGCAGATCCTACGGGGCGATATTCCAATGTCTCTAAGAACGCATTGATTGTGTATT ACGTGTGGCTATGTGATTCAAATGTAACAGCCGAAGTGCACGTACAATATGATTT GAACTACATTGGATAAATAAAATTATATTTTTTTTACATTTGAGGATACATTACTCC CCTCCATACATAGTTCAACAGTTTTTTTAATAATATTAATTACATCTTCATTCACTTT GTTGCTACCTGCAATAACCTCTGACGCCGAAGGGCCTGGATCTAGAGTTGCATCT TGTAGCTGATGCAAATGTCTATATGGGTGCTCTTCCATTTCATTGTTCCCCACGGT GCTGGCCGAAGCCCAAGTAAGCCCTTGTGGAATGGCATTTGTAGTGTATCTGGAA 61 GACTGTGACCTCATTTGTGTTAGGGCTTGCACTGGTTTTCGTGATACAGTTGATTG AGGCACATGCCAGAAATCGATGTGATTCATGTTATACGCCTTCGATAGTATTTCAA TCTTAGGGGACTTAAATGTTATTTCCGAGGACTGTTTTGCAGAGGACATTTTTAAC TTTCCTTGCATCCTGCAGAAGTGAACACCATTGATCACGTTAGTGTCGTCCACCC GGTACAGCACCCTCCATGGGTTTGGGTCTTTGGGGGAGAAGTATGAGGATGAGT AGTAGTGTATATTGCAGTTGCACCCTATGGGTATTGTGAACTCAGCCTGCTTGGA GTCCCCTTCGAGCAACCTTGTGTCGTGCATCTCTATGACCACATGGCCAGTTGCA TTTCCAGGAACTTGGTTCCTGTATTGGAGGATTACGTGGTCAATCCTGAGACACT TTCCTAAAAGCATCGATAATTTTTGGTCGACAGTTGATGGAAACAACAGAGTTAC CTCTGTCTTTTCATTTGACAGCTGAAACTCAGTCCTAGCCGACGTCGTATAGGCA ATATTGTTATTGCTGGATTCCATTATTGAGTAAGCCATTAAAATAATAGTAATTCAT CTTTTATAGACTTTTCAGAGTCTGTCAGGATAGTGGAATGTGACTATTTGGGTCGT TGCCTTTAAATTCCACTATCTCAAAGCACCAGTGAGCGAAGTCCACGTATGTACT TGTACTGACAAGAGATAAGGTATATACTTGGATGTGGTTCAGCCACGTCGCATAG TCGAAAATGGAAGACATCTGTCTTCCACTAAATATTTTTGATATGTTTCGAAGTGT ATTAATTTAATTAACAAGTAAATTAAACGTTAGAAATAAATATATGTACTTCAGTAC CACAAGTTAGGCGCTAATCTGGACAAGATATTTGGCTCACCGAAAGAATTATTGG TTAAGCCTTATGAGTTGTCGTGTAATCGACAACCTAAACTAATATTTAACTGATCC AACAATCTAATTATGAGAAAACACACACACTTGAACATACTAATCTTGAGAAAAT CAGGCCGCGCAGCGGCTATGTCCCCAAATTATTAAGTAATCCAGAAGTGCGAACC CCAATTTATTATATTCAAATCGAAAAGGACTTATATGTAATCTGTATCAGTTGAAGG TATTTAGTAGCTGTAGCTAATATTATTAAAGTTAACAACATTAATGCAATATAATTAT TGCATATTTGAAGAAAATAGGGTGAATTAAAGTTTTAGAGAGAGAAAGTCTAGA GAGAAGGCAGAGCGATTGACCAGTCAATTAGGTCCTCTCAAACTTGGCTATGCA ATCGGGGAATGGGTCCTTACTTATAGTTGAGGACCTAAATGGCATTATTGTAATTT CTTAAAGAAATTCAAATTCCAAAAGCGGCCATCCGTATAATATT >VNP698-A-cg ACCGGATGGCCGCGATTTTTTTTCAAGTGGTCCCCGCACGCATGCCTGTCCAATC CTGGCCACTCCTCAAAGCTTAATTATTTATGTGGTCCCCTATATAACTTAGTCTCCA AGTACCCACATCAAAACATGTGGGATCCTTTACTAAACGAGTTTCCTGAAACCGT ACATGGTTTTAGGTGTATGTTAGCTATTAAGTATTTGCAAGTAGTAGAAAATACAT ACTCTCCCGATACACTAGGCTACGATCTAATACGTGATCTTATCCTGGTGATTCGT 62 GCTAGGGATTATGGCGAAGCGTCCCGCAGATATAGTCATTTCCACTCCCGCCTCG AAGGTTCGTCGCCGTCTGAACTTCGACAGCCCATATCTCAGCCGTGCTGCTGCCC CCACTGTCCTCGTCACAAACAAAAAGAGGTCGTGGGCCAATCGGCCCATGTACA GAAAGCCCAGGATATACAGGATGTACAAAAGCCCTGATGTTCCGCGGGGCTGTG AAGGCCCATGTAAGGTCCAGTCCTATGAACAACGTCATGACGTAGCCCATGTAGG TAAGGTAA TTTGTGTTTCAGATGTCACCCGAGGTAATGGGCTCACACATCGTGTTGGTAAGAG GTTCTGTATCAAGTCCGTGTATGTGTTGGGCAAAATCTGGATGGATGAGAATATCA AGACAAAGAACCATACTAATACGGTCATGTTCTTCTTAGTTCGTGATAGGAGACC ATTTGGCACGCCACAGGATTTTGGGCAGGTGTTCAACATGTATGATAATGAGCCT AGTACTGCCACTGTGAAGAACGACAATAGAGATCGATTCCAAGTCCTTCGTCGTT TTCAGGCAACTGTGACAGGTGGTCAATATGCAAGCAAGGAGCAAGCCATAGTTA GGAAATTCATGAAGGTGAACAACCATGTGACCTACAACCATCAAGAAGCTGCGA AGTATGACAACCACACGGAGAATGCCCTTTTATTGTATATGGCATGTACGCATGCC AGTAATCCAGTGTATGCGACCTTGAAGATCAGAATCTATTTCTATGATTCGGTTCA AAATTAATAAATATTGAATTTTATTATATCCGAAAGATGAGCATCTATTGTGCCCTC AAGTACATTGTACAATACATGTCTAATTGCTCTAATAACATTGTTGATGCTAATAAC TCCTAAACGGTCTAAATACTTTATACATTGGTATCTAAATACTCTTAAGAAACGCA AGGTCTGAGGACGTAAACGAGTCCAGATTTGGCAGATTAGATGTCCCAACGCTT TCCTCAGGTTGTAGTTGAACCGGATCTGCACTGTGATTATGTCGTGGTTCATCATG AATGGTCTCTCGCGGTGGTGGGTTATGTTGAAATAGAGGGGATTGTTGACCGTCC AGATATACACGCCATTCTCTGCCTGAGCTGCAGTGATGCGTTCCCCTGTGCGTGA ATCCATGGTTGTGGCAACCTAGAGCGACGAAGTACGAACAACCACAAGGGAGAT CAATTCTTCTCCTTCTATTGGTCTTCTTGGCGATTCGGTGTTGCACCTTGATTGGT ACCTGAGTAGAGTGGGCCTTGGAGGGTGACGAAGATTGCATTCTTTAAAGCCCA ATGTTTTAGTGCGGTGTTCTTTTCCTCTTCCAAGAACTCTTTATAGCTGGAATGTG GTCCTGGATTGCAGAGGAAGATAGTTGGAATCCCGCCTTTAATTTGGACCGGTTT CCCGTACTTGGTGTTGCTTTGCCAGTCTCTTTGGGCCCCCATGAACTCTTTAAAG TGCTTTAGATAATGCGGATCGACGTCATCAATGACGTTATACCAAGCAGCATTATT GAACACTTTAGGACTTAAGTCTAAATGCCCACATAAGTAGTTATGTGGGCCCAAC GACCTGGCCCACATTGTCTTC 63 CCTGTACGACTATCGCCCTCTAACACAATGCTTATCGGTCTTAATGGCCGCGCAGC GGCACTAACAACGTTTCCGGCAACCCATTCATCAAGTTCCTCGGGAACTTGGTCA AAAGAAGAAGACGAAAAAGGACAAACAAAAACCTCTAAAGGAGGTGCAAAAA TCCTATCTAAATTACTATGTAAATTATGAAACTGTAAAACAAAATCTTTGGGGGCC TTCTCCTTTAATATATTGAGGGCCTCTGCTTTGGACCCTGAATTGATTGCCTCGGC ATATGCGTCGTTGGCAGATCGGCAACCTCCTCTAGCTGATCTGCCATCGATCTGG AAAACTCCATGATCAAGCACGTCTCCGTCTTTCTCCATGTATGCTTTAACATCTGA AGAGCTCTTAGCTCCCTGAATGTTTGGATGGAAATGTGCTGACCTGGTTGGGGAT CTGAGGTCGAAGAACCTTTGATTTTTGCATTGGAATTTACCTTGGAATTGGATGA GGACATGCAAGTGAGGAGTCCCATCTTCGTGCAATTCCCTGCAAATCCTGATAAA CAGTTTATT TGTTGGTGTTTCTATGGCTTGAATTTGGGAAAGGGCCTCTTCTTTTGTGAGAGAG CAGTGTGGGTATGTGAGGAAATAGTTTTTAGCATTTATTCTGAATTTGTTTGGAGG AGCCATTGACCGGTCAATCGGTGTCTCTCAACTTGGGCTATGTAATTGGTGTCTG GGGTCTTATTTATATGGAGACCCTAAATGGCATTATTGTAATTTCTTAAAGAAATTC AAATTCCAAAAGCGGCCATCCGTATAATATT >VNP842 ACCGGATGGCCGCGATTTTTTTTACATGGTCCCCACCACTAACAAATGTTCTCCA CTTAGAACGCTCCCTCAAAGCCTATTTAATTCAAATCCATTATATATACTTGGTCCC CAAGTACTCACTTTAAAATATGTGGGATCCTTTACTGAATGAGTTTCCCGAAACC GTACACGGTTTTAGGTGTATGTTAGCGATTAAATATTTGCAATTAGTAGAAAATAC ATACTCTCCTGATACATTAGGGTACGATTTGCTTCGTGATTTAATTTCAGTTATTCG TGCTAAGGACTATGTCGAAGCGTCCCGCAGATATAGTCATTTCCACTCCCGCATCC AAGGTGCGTCGCCGGCTGAATTTCGACAGCCCGTATGCCAGCCGTGCTGCTGCC CCCACTGTCCTCGTCACAAACAAAAGGAGGTCATGGGTGAATCGGCCCATGTAC CGAAAGCCCAGGATGTACAGAATGTACAAAAGCCCTGATGTTCCTCGAGGATGT GAAGGCCCATGTAAGGTTCAGTCCTATGAACAGCGTCATGATGTAGCGCACGTAG GTAAAGT CATTTGTGTGTCTGATGTTACTCGTGGTAACGGGTTGACTCATCGAGTGGGAAAG AGGTTTTGTGTTAAGTCTGTTTATGTTTTGGGCAAGATATGGATGGATGAGAACAT 64 TAAGACCAAGAATCACACTAATACTGTGATGTTTTTTTTAGTGCGTGATAGGAGA CCATTTGGGACTCCACAGGATTTTGGTCAGGTGTTTAACATGTATGATAACGAGC CAAGTACAGCCACGGTGAAGAACGACAACAGAGATCGCTTTCAAGTTCTACGGC GTTTTCAGGCTACTGTTACTGGTGGTCAGTATGCAAGTAAGGAGCAAGCAATAGT TAGGAAGTTTATGAAGGTGAACAACCATGTGACGTATAATCATCAAGAAGCTGCG AAGTATGACAATCACACAGAGAATGCTCTTTTGTTGTATATGGCATGTACTCATGC TAGTAATCCTGTGTATGCTACTTTGAAAATCAGAATCTATTTCTATGATTCTGTTCA GAATTAATAAAGATTGAATTTTATTATATTTGAATGTGTTACATATTCTGTTTTTTCC AATA CATCCCATAATACATGATCACATGCTCTAATTACATTGTTAATACTAATTACACCCA AATTATCTAAATATTTCATACATTGAACCCTAAATACTCTTAAGAAACGCCAAGTC TGAGGACGTAAACGAGTCCAGATCTGGAAGATTAGAAAACATTGGTGTATTCCC AACGCTTTCCTCAGGTTGTAATTGAATTGGACTTGTATTGTGATGATGTCGTTGTT CATCAGAAATGGTCTCTCGTCGTGGCTGATTATCTTGAAATATAGGGGATTTTTGA CCGTCCAGATATATACGCCACTCTCTGCTTGAGTTGCAGTGATAGCTTCCCCTGTG CGAGAATCCATGATTGTGACAGCCTAGTGCAATGAAGTATGAACAACCACAAGG GAGATCAACTCTCCGTCTCCTCGTTGCTTTCTTGGCGTTGCGGTGTTGCACTTTG ATAGGAACCTGAGTAGAGTGCGCCTTGGAGGGTGACGAAGATCGCATTTTTTATT GCCCAGTTTTTAAGTGCGCTGTTTTTATCTTCGTCCAAGAATTCTTTATAGCTTGA ATTGG GGCCGGGATTGCAGAGGAAGATAGTGGGAATTCCCCCTTTAATTTGAACGGGTTT TCCGTACTTTGTGTTGCTTTGCCAGTCCCTTTGGGCCCCCATGAATTCTTTAAAAT GCTTTAGGTAGTGCGGATCAACGTCATCAATGACGTTGTACCAGGCATCATTATTG TATACCTTCGGACTCAAATCAAGATGACCACACAAATAATTATGTGGTCCTAATGA CCTAGCCCACATCGTCTTTCCCGTCCGACTATCGCCTTCGATAACTATACTTATCG GTCTTAAAGGCCGCGCAGCGGCACTGACAACGTTCTCTGCAGCCCACTCTTCGA GTTCCTCTGGAACTCGATCAAACGAAGAAGAAGAAAAAGGCGAAACATAAACC TCCATTGGAGGAGTAAAAATCCTATCTAAATTATTATTTAAATTATGAAACTGTAA AACATAATCTTTAGGTGCCTTTTCCCTTAGTATATTGAGGGCCGAAGCTTTGGACC CTGAATTGATTGCCTCGGCATATGCGTCGTTGGCAGATTGGCAACCTCCTCTAGC CGATCTT 65 CCATCGATCTGGAAAAGTCCATGATCAAGCACGTCTCCGTCTTTGTCCATATAGG ACTTGACATCTGTTGAGCTTTTAGCTGCCTGAATGTTCGGATGGAAATGTGCTGA CCTGCTTGGGGATATGAGATCGAAGAATCTTTGGTTTTTACATTGGAATTTCCCTT CGAATTGGATGAGAACATGCAGGTGAGGAGTTCCATCTTCGTGGAATTCTCTGCA GATGCGGATAAATAGTTTATTTACTGGGGTTTCTAGGTTTTTAAGTTGGGAAAGTG CTTCTTCTTTAGTGAGAGAGCAGTGTGGATATGTGAGGAAATAATTTTTGGCATTT ATTCTGAATTTATTAGGAGGAGCCATTGACTGGTCAATCGGTGTCTCATAAACTTG GCTATGCAATTGGTGTCTGGTGTCTTATTTATATGTGGACACCAAATGGCATTATCG TAATTCCCAAAAGAAATTCAAAATTCAAATTGGTAAAGCGGCCATCCGTATAATAT T 66 ... tượng Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Triệu chứng Xoăn vàng Xoăn vàng Xoăn vàng Xoăn vàng Xoăn vàng Khảm vàng Xoăn chết hoại, đốm Vàng,... Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Cà chua Đốm xanh, chết hoại Xoăn vàng Xoăn vàng Xanh đốm, chết hoại Xoăn vàng Xoăn vàng Bảng 3.4: Các begomovirus gây bệnh xoăn vàng cà chua thu miền Nam. .. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 3.1.Địa điểm, thời gian, đối tượng vật liệu nghiên cứu 3.1.1 Đối tượng nghiên cứu Bảng 3.1: Các begomovirus gây bệnh xoăn vàng ớt thu miền Trung Việt Nam Ký hiệu