Trong nghiên cứu này tiến hành nhân dòng và giải trình tự toàn bộ bộ gen của mộtbipartite begomovirus, được cho là chưa từng được phát hiện ở Việt Nam gây hại trên cây ớt đã được Nguyễn Đức Anh phân lập năm 2013. Kết quả là toàn bộ bộ gen của mẫu begomovirus đã được nhân dòng thành công vào tế bào E.coli chủng XL1-Blue.
LỜI CẢM ƠN Trong suốt q trình làm thực tập ngồi nỗ lực của bản thân tơi đã nhận được rất nhiều sự giúp đỡ tận tình từ các cá nhân và tổ chức Trước tiên, tơi xin bày tỏ sự biết ơn sâu sắc tới TS. Hà Viết Cường – Giám độc trung tâm nghiên cứu Bệnh cây nhiệt đới – trường Đại học Nơng nghiệp Hà Nội, Phó khoa Nơng học đã trực tiếp hướng dẫn, dẫn dắt, tận tình chỉ bảo và tạo mọi điều kiện để tơi hồn thành báo cáo này Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành nhất đến cán bộ, cơng nhân viên thuộc Trung tâm Bệnh cây nhiệt đới Trường Đại học Nộng nghiệp Hà Nội đã nhiệt tình giúp đỡ và tạo điều kiện cho tơi làm việc trong suốt q trình thực tập tại Trung tâm Đồng thời tơi cũng xin bày tỏ sự biết ơn chân thành tới các Thầy giáo, Cơ giáo trong bộ mơn Cơng nghệ sinh học thực vật cũng như các thầy cơ trong khoa Cơng nghệ sinh học, trường Đại học Nơng nghiệp Hà Nội đã nhiệt tình dạy dỗ, chỉ bảo tơi trong suốt thời gian tơi học tập ở trường Cuối cùng tơi xin cảm ơn tới gia đình, người thân các anh chị em và bạn bè đã giúp đỡ, động viên tơi trong suốt q trình học tập cũng như hồn thành báo cáo tốt nghiệp này Tơi xin chân thành cảm ơn! DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT Ký hiệu A. tumefaciens AS ATP Bb CP CTAB ddNTP DNA dNTP dsDNA E.coli EDTA ICTV IR Kb LB ORF PCR RCA RE Rep RNA Rnase SDS SsDNA TAE Taq Vir β ME Từ viết tắt Agrobacterium tumefaciens Acetosyringone Adenosine triphosphate Base pair Capsid protein Cetryl Ammonium Bromide Dideoxynucleoside triphosphate Deoxyribonucleic acid Deoxynucleoside triphosphate Double strand DNA Escherichia coli Ethylene diamine tetra acetic acid International Committee on Taxonomy of Viruses Itergenic region Kilo base Luria and Bertani Open reading frame Polymerase Chain Reaction Rolling circle amplification Restriction enzyme Replication protein Ribonucleic acid Ribonuclease Sodium Dodecyl Sulphate Singe strand DNA Tris – acetate – EDTA Thermus aquatic Virulence region Beta Mercaptoethanol TĨM TẮT Trong nghiên cứu này chúng tơi tiến hành nhân dòng và giải trình tự toàn bộ bộ gen của mộtbipartite begomovirus, được cho là chưa từng được phát hiện Việt Nam gây hại trên cây ớt đã được Nguyễn Đức Anh phân lập năm 2013. Kết quả là toàn bộ bộ gen của mẫu begomovirus đã được nhân dòng thành cơng vào tế bào E.coli chủng XL1Blue. Chúng tơi cũng đã giải trình tự và thu được tồn bộ bộ gen của mẫu virus với kích thước khoảng 2.7 kb Chúng tơi tiến hành nghiên cứu về begomovirus trên ớt và cà chua miền Trung và miền Nam Việt Nam, begomovirus mới gây bệnh xoăn vàng lá trên ớt ở hai vùng này. Nhân dòng thành cơng và giải được bộ gen DNAA của virus này, thơng qua phân tích trình tự, đặc trưng phân tử và phả hệ cho thấy đây là 1 lồi mới thuộc chi Begomovirus gây hại trên ớt và được chúng tơi đặt tên là Chilli leaf curl virus (CLCV) I ĐẶT VẤN ĐỀ Giới thiệu Họ Geminiviridae là họ virus thực vật lớn nhất, có khoảng 200 lồi(Fauquet và Stanley, 2005).Trong đó begomovirus là chi lớn nhất và quan trọng nhất trong họ Geminiviridae cả về số lượng lồi và bệnh do chúng gây ra với cây trồng Begomovirus(được đặt tên từ Bean golden mosaic virus) có hình thái phân tử dạng hình cầu kép (hình chùy) và bộ gen DNA sợi vòng đơn, kích thước khoảng 2,7 kb ( Fauquet và Stanley, 2005), lan truyền trên đồng ruộng bằng bọ phấn (Bemisia tabaci) theo kiểu bền vững tuần hồn Begomovirus có thể có bộ gen đơn (gồm một phân tử DNAA) hoặc có bộ gen kép (gồm hai phân tử DNAA và DNAB). Ở một số loại cây chỉ cần phân tử DNAA đã gây triệu chứng điển hình, còn ở một số loại cấy khác thì cần có cả phân tử DNAA và DNAB mới gây ra triệu chứng bệnh. Gần đây, một loại phân tử DNA vòng đơn nữa, có kích thước khoảng 1 nửa gen begomovirus thường phát thấy có liên quan với nhiều bệnh do begomovirus gây ra và được gọi là các DNAβ. Các phân tử DNAβ này phụ thuộc vào begomovirus để nhân lên và do đó được xem là các phần tử vệ tinh của begomovirus. Vai trò phân tử DNAβ hình thành triệu chứng bệnh không thống nhất, số begomovirus chỉ có thể tạo ra triệu chứng bệnh với sự có mặt của phân tử DNAβ trong khi các lồi khác lại khơng cần. Do đó việc phòng trừ bệnh xoăn vàng lá càng trở nên khó khăn Nhiều bệnh nghiêm trọng trên cây trồng được xác định là do begomovirus gây ra như bệnh xoăn vàng cà chua – bệnh xem là nguy hiểm nhất trên cà chua khắp thế giới(Moriones và cộng sự, 2007). Hiện nay, có tới 50 begomovirusphân lập từ cà chua (có từ tomato ở đầu tên virus) đã được cơng bố trên thế giới ( Fauquet và cộng sự, 2008). Trên cây cà chua, các begomovirus tạo triệu chứng giống nhau, điển hình là: cuốn lá (cong lại hình thìa); mép lá (đặc biệt ở lá non) biến vàng; lá nhỏ hẹp; cây nhiễm sớm còi cọc với tỷ lệ đậu rất thấp. Danh tính virus có thể được xác định dựa vào các phân tích phân tử (Moriones và NavasCastillo, 2000) Việt Nam được chứng minh là trung tâm đa dạng quan trọng của begomovirus(Ha, 2007). Mặc dù vậy số lượng lồi begomovirus xác định trên thực vật của Việt Nam vẫn còn ít chỉ gồm 19 lồi được phân lập từ nhiều lồi cây, trong đó có nhiều cây dại(Green và cộng sự, 2001),(Ha, 2007).Theo điều tra hiện nay, bệnh do begomovirus gây hại trên diện rộng và khơng chỉ gây bệnh trên cà chua, chúng còn gây bệnh trên nhiều lồi cây khác như ớt, họ đậu đỗ, đu đủ, bầu bí Chính vì vậy chúng tơi tiến hành đề tài: “ Nghiên cứu begomovirus trên ớt và cà chua ở khu vực Miền Trung và Miền Nam Việt Nam” Mục tiêu và u cầu của đề tài 2.1 Mục tiêu Giải trình tự mẫu virus mới được phân lập Phân tích đặc trưng phân tử của các mẫu virus trên ớt và cà chua miền Trung và miền Nam Việt Nam 2.2 u cầu Nhân dòng, giải trình tự phân tích đặc trưng phân tử mẫu virus Nguyễn Đức Anh phân lập trên ớt ở Đà Nẵng năm 2013 Đánh giá tính gây bệnh thơng qua lây nhiễm nhân tạo nhờ vi khuẩn A. tumefaciens (Agroinoculation) Chuẩn đốn begomovirus trên ớt và cà chuavới các mẫu thu được tại khu vực miền Trung và miền Nam Việt Nam sử dụng cặp mồi chung phát hiện begomovirus là BegoA For1 và BegoARev1 Chọn lọc các mẫu dương với BegoA để kiểm tra với các mồi đặc hiệu đã được xác định mồi ToLVHnV (F1/R2); TB101 (F1/ R2); VB65 (F1/R1); TY (F4/R4);To (F4/R4); To100(F1/R1); TYKaA (F1/R1), VNP93A (F1/R1), VNP93B (F1/R1) Nhân dòng và giải trình tự các mẫu virus trên ớt và cà chua đã được chọn, bước đầu định danh các virus II TỔNG QUAN TÀI LIỆU Những nghiên cứu nước ngồi II.1 II.1.1 Tầm quan trọng của ớt và cà chua Ớt là một loại quả của các cây thuộc chi Capsicum của họ Cà (Solanaceae). Ớt có nguồn gốc từ châu Mỹ, ngày nay nó được trồng khắp nơi trên thế giới và được sử dụng làm gia vị, rau, và thuốc. Hiện nay, Ấn Độ là nước sản xuất ớt lớn nhất thế giới với khoảng 1 triệu tấn mỗi năm, nơi chỉ riêng Chợ Guntur (lớn nhất châu Á) có 1 triệu bao ớt Cà chua (S.lycopersicum) có nguồn gốc từ Nam Mỹ, nó được người Tây Ban Nha lan truyền tới Pilippine, Đơng Nam Á và tồn bộ Châu Á, cuối cùng là Châu Âu. Cà chua là lồi trái cây vườn phổ biến nhất ở Hoa Kỳ. Khoảng 150 triệu tấn cà chua đã được sản xuất ra trên Thế giới trong năm 2009. Trung Quốc là nước sản xuất cà chua lớn nhất, chiếm khoảng một phần tư sản lượng toàn cầu, tiếp theo là Hoa Kỳ và Ấn Độ. Các khu vực chế biến tại California chiếm 90% lượng sản xuất Mỹ và 35% lượng sản xuất thế giới (Hartz và cộng sự, 1997) II.1.2 Những nghiên cứu về bệnh virus hại cây họ cà Lịch sử bệnh xoăn vàng lá cà chua Bệnh xoăn lá cà chua được ghi nhận đầu tiên trên thế giới từ cuối những năm 40 tại Israel. Các vụ dịch bệnh đã xuất hiện rải rác vào những năm 60, trở thành nghiêm trọng vào đầu những năm 70 khi thiệt hại năng suất có thể đạt 100 %. Vào cuối những năm 70, tất cả các vùng trồng cà chua tại Trung Đơng đã bị nhiễm bệnh Bệnh đã được báo cáo tại vùng Đơng Nam Á (Thái Lan và Đài Loan) châu Phi và Châu Âu vào những năm 80. Bệnh lần đầu tiên được cơng bố tại Châu Mỹ vào năm 1993. Hiện nay, bệnh xoăn vàng trở thành bệnh virus quan trọng cà chua khắp thế giới(Picó và cộng sự, 1996; Ghanim và cộng sự, 2001; Moriones và cộng sự, 2007) 2.2. Tình hình nghiên cứu bệnh xoăn vàng lá 2.3. Đặc điểm của Begomovirus gây bệnh xoăn vàng lá 2.3.1. Phân loai chi ̣ Begomovirus Việc phân loại virus gây bệnh được chẩn đốn theo Uỷ ban Quốc tế về Phân loại Virus (International Committee on Taxonomy of Viruses – ICTV) dựa vào đặc điểm cấu tạo, hình thái của virus cũng như mối quan hệ huyết thanh và các đặc tính khác như đặc điểm lan truyền, lây nhiễm, phạm vi kí chủ đặc biệt là các đặc điểm của DNA. Tên gọi của virus hại thực vật quy định dùng tiếng Anh bao gồm tên của cây kí chủ chính, triệu chứng bệnh trên cây kí chủ đó và cuối cùng là từ virus. Ví dụ: virus gây bệnh khảm thuốc lá Tobacco mosaic virus viết tắt là TMV Nghiên cứu hệ thống phát sinh có thể chia begomovirus ra làm hai nhóm chính là nhóm Tân giới (New world) bao gồm Châu Mỹ và nhóm Cựu thế giới (Old world) là khu vực bán cầu đơng bao gồm châu Âu, châu Phi, châu Á(Rybicki, 1994; Padidam và cộng sự, 1999) Các begomovirus của hai nhóm tân thế giới và cựu thế giới được phân biệt nhau bởi đặc điểm bộ gen. Tất cả các begomovirus cụm Tân thế giới đều có bộ gen kép, trong khi đó begomovirus cụm Cựu thế giới có cả bộ gen đơn và kép, thêm vào đó tất cả các begomovirus của cụm Cựu thế giới có thêm một gen AV2 trên DNAA, gen này khơng tồn tại các virus của cụm Tân thế giới (Rybicki, 1994). Begomovirus cụm Tân thế giới có chuỗi PWRsmaGT ở đầu N trong vỏ protein (CP) mã hóa bởi gen AV1, chuỗi này khơng có mặt ở begomovirus của cụm Cựu thế giới (Harrison và cộng sự, 2002) Rybicki (1994) dự đốn rằng bọ phấn di chuyển từ Châu Á sang châu Mỹ có thể đã mang tổ tiên virus của cụm Tân thế giới mà chúng ta quan sát thấy ngày nay. Các virus này sau đó tiến hóa theo một hướng khác với các virus ở cụm Cựu thế giới Gân đây d ̀ ựa trên phân tích hệ thống phát sinh phat hiên ra r ́ ̣ ằng CoYVV ở Viêt Nam khơng ̣ có ORF AV2 và có chuỗi PWRsmaGT đầu N trong protein vỏ (CP), virus này giống với cụm Tân thế giới hơn là cụm Cựu thế giới. Sự có mặt của CoYVV ở Việt Nam đã đưa ra giả thuyết rằng virus giống với cụm Tân thế giới có thể đã có mặt ở Cựu thế giới trước khi bị phân chia ở kỷ Gondwana (Ha và cộng sự, 2008) Hiện nay, việc phân loại begomovirus chủ yếu dựa trên so sánh trình tự của chuỗi phân tử DNAA. Theo Fauquet et al.,2008, việc phân loại lồi trong chi begomovirus tn thủ một số tiêu chuẩn sau: (i) Thành phần của genome có hay khơng có DNAB (ii) Tổ chức bộ gen có hay khơng có gen AV2 (iii) Protein Rep khơng có khả năng tái bản trans trong thành phần bộ gen thì có thể ghi nhận lồi mới. Tuy nhiên cần lưu ý rằng chỉ một thay đổi nhỏ ở vị trí liên kết với Rep có thể ngăn cản sự tương tác chức năng và sự tái tổ hợp của virus (iv) Đặc điểm của protein vỏ. Mức độ tương đồng của trình tự aminoacid VNP93Acg ACCGGATGGCCGCGATTTTTTTTTAACGTGGTCCCCGCACGCATGCCCGTCCAATC ACAGCCATTCCTCAAAGCTTATTTATGCAGTGGTCCCCCTATATAACTTAGTCTCCA AGTACCCACATCAAAACATGTGGGATCCTTTACTAAACGAGTTTCCTGAAACCGTG CATGGTTTTAGGTGTATGTTAGCTATTAAGTATTTGCAACAAGTAGAAAATACATA CTCTCCCGATACATTAGGCTACGACCTAATACGTGATCTCATCTTGGTGATTCGTGC TAGGGATTATGGCGAAGCGTCCCGCAGATATAGTCATTTCCACACCCGCCTCGAAG GTTCGTCGCCGTCTGAACTTCGACAGCCCATATCTCAGCCGTGTTGCTGCCCCCACT GTCCTCGTCACAAACAAAAAGAGGTCATGGGCCAATCGGCCCATGTACAGAAAGC CCAGGATATACAGGATGTACAAAAGCCCTGATGTTCCTCGGGGGTGTGAAGGCCC ATGTAAGGTCCAGTCCTATGAACAACGGCATGATGTAGCCCATGTAGGTAAGGTA ATATGTGTCTCTGATGTCACTCGAGGTAATGGGCTGACACATCGTGTTGGTAAGAG GTTCTGTATCAAGTCTGTCTATGTACTGGGCAAAATCTGGATGGATGAGAATATTA AGACGAAGAACCATACCAATACTGTCATGTTCTTTTTAGTTCGTGATAGGAGACCA TTTGGCACGCCACAGGATTTTGGTCAAGTGTTCAACATGTATGATAATGAGCCCAG 88 TACTGCCACTGTGAAGAACGACAACAGAGATCGATTCCAAGTTCTTCGTCGTTTTC AGGCAACTGTGACAGGTGGTCAATATGCAAGCAAGGAACAAGCCATAGTTAGGAA ATTTATGAAGGTCAACAATCATGTGACCTACAACCATCAAGAAGCTGCGAAGTAT GACAATCACACGGAGAATGCTCTTTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCTAGTAA TCCAGTGTATGCGACCTTGAAGATCAGAATCTATTTCTATGATTCAGTTCAAAATT AATAAATATTAAATTTTATTATATCCGAAAGATGAGCATCAATTGTGCCCTCAAGT ACATTGTACAATACATGTCGAATTGCCCGAATTACATTGTTGATACTAATCACTCCT AAATGGTCTAAATACTTTATACATTGGTATTTAAATACTCGTAAGAAACGCGAGGT CTGAGGACGTAAACGAGTCCAGATTTGGCAGATTAGGTAGCATTGGTGTAGTCCCA ACACTCTCCTCAGGTTGTAGTTGAACTGGATCTGTACTGTGATGATGTCGTGGTTCA TCATGAATGGTCTCTCGCGGTGGTGGGTTATTTTGAAATATAGGGGATTGTTGACC ATCCAGATATATACGCCATTCTCTGCCTGAGCTGCAGTGATGCGTTCCCCTGTGCGT GAATCCATGGTTGTGGCAACCTAGAGCGACGAAATACGAACAACCACAAGGGAGA TCAACTCTTCTCCTTCTATTGGTCTTCTTGGCGATTCGGTGTTGCACCTTGATAGGT ACCTGAGTAGAGTGGGCCTTGGAGGGTGATGAAGATTGCATTCTTCACAGCCCAAT TTTTAAGTGCGGTGTTCTTTTCTTCCTGCAAGAACTCTTTATAACTGGAATGTGG TCCTGGATTGCAGAGGAAGATAGTGGGAATTCCCCCTTTAATTTGAACTGGTCGCC CGTACTTGGTGTTGCTTTGCCAGTCTCTTTGGGCCCCCATAAACTCTTTAAAGTGCT TTAAGTAATGCGGATCGACGTCATCAATGACGTTATACCAAGCAGCATTACTGTAC ACTTTTGGACTTAAGTCTAAATGACCACATAAGTAGTTATGTGGTCCCAATGATCT GGCCCACATTGTCTTCCCCGTACGACTACCGCCCTCTACCACTATGCTTATCGGTCT TATTGGCCGCGCAGCGGCAGCACTCACATTCGCAGAAACCCACTCTTCAAGTTCTT CTGGAACTTGATCGAAAGAAGAAGACAAAAAAGGACAAACAAAAACCTCTAAAG GAGGTGTAAAAATCCTATCTAAATTACTACTTAAATTATGAAACTGTAAAACAAAA TCTTTGGGAGCCTTCTCCTTTAATATATTGAGGGCCGCTGCTTTGGACCCTGAATTG ATTGCCTCGGCATATGCGTCGTTGGCAGATCGGCAACCTCCTCTAGCTGATCTTC CATCGATCTGGAAAACTCCATGATCAAGCACGTCTCCGTCTTTTTCCATGTATGCTT TAACATCTGAAGAGCTCTTAGCTCCCTGAATGTTCGGATGGAAATGTGCTGACCTG 89 CTTGGAGAGTTGAGATCGAAGAATCGGTTGTTTTGGCACTTGAATTTGCCTTCGAA CTGGATGAGGACATGCAGGTGAGGAGACCCATCTTCGTGTAGCTCCCTGCAAATAC GTATGAATAATTTATTAGTCGGGGTTGATAAGCCTGAGATTTGGGAAAGTGCCTCT TCTTTAGTAAGGGAGCAGTGTGGATAAGTGAGGAAATAATTCTTGGCATTTATTAA AAATTTTCTGGGCGGAGGCATATTGACTGGTCAATCAGGTCCTCTCAAACTTGGCT ATGCAATCGGGGAATGGGTCCTTACTTATAGTTGAGGACCTAAATGGCATTATTGT AATTTCTTAAAGAAATTCAAATTCCAAAAGCGGCCATCCGTATAATATT >VNP93Bcg ACCGGATGGCCGCGATTTTTTTTTAACGTGGTCCCCGCACGCGTTTGTGACATTTTC CTCATTTTGAACAATCGCATCCATTGAATCTGAACACGTGTTACGATCTTAAGGCA GGAATGTTTCCATGTCTGTTTCTATATATTTGTCCTATGTATTTCCTCACTCATTTGT AACTAAAAATGAGAGTTCCAATCCGGAGGATTTCAGGCTTCAATTCTGACCGTCGT CCTTTCAATGGCTCAATCCACCGTTGGAACTACCCATATTCCAGCTATTTTGGGAG GAGGATTGGCAACCGTGTATACGGCATGCCATTCGGAAACCAACAAGGTCAACGA CGTGAGTGTAAGCAAACTCAACGTCTTACCAAGACTGTTGAGCAAGTTGCATCTAG GAGGAAGTGTATGAAGACGGTTGAGGAAATTCATGATGGTACTGACTACTTGCTGT GCAGTAACACGTCTAAGGTGTCGTACATTAGCTACCCGCCTCTATCCGGCACTGAA TATGGTAGCAGAGCGGAATCCTATATCAAAGTCTTGGGAGTCACTGTATCTGGGTC TGCGGTGCTGAAGCAGACAGGCATGCGTGAAGCAGATGGGTCTCAAGGAATTCAT GGGATATTTACCACAGTAATCGTTCGTGACAAGAGACCATGTCAGTTCTCTGCCGT GGATCCTATTATCCCACTTGCGGAGCTGTTTGGACAAGAGAAGAGAGCATGCTCCT CATTACGTGTTAGAGAGTCTTATAAGAATCGATTTAGTGTTGTCTACCAGAAGAAA CATGTAGTAAATAGTGCTCTGTCAACACATGTATTTAGGTATAATTTCAACGTTAA ATTCTCTAGGTTTCCTTTCTGGGTATCTTTCAAAGACACCTGTAACGCAGATCCTAC GGGGCGATATTCCAATGTCTCTAAGAACGCATTGATTGTGTATTACGTGTGGCTAT GTGATTCAAATGTAACAGCCGAAGTGCACGTACAATATGATTTGAACTACATTGGA TAAATAAAATTATATTTTTTTTACATTTGAGGATACATTACTCCCCTCCATACATAG 90 TTCAACAGTTTTTTTAATAATATTAATTACATCTTCATTCACTTTGTTGCTACCTGCA ATAACCTCTGACGCCGAAGGGCCTGGATCTAGAGTTGCATCTTGTAGCTGATGCAA ATGTCTATATGGGTGCTCTTCCATTTCATTGTTCCCCACGGTGCTGGCCGAAGCCCA AGTAAGCCCTTGTGGAATGGCATTTGTAGTGTATCTGGAAGACTGTGACCTCATTT GTGTTAGGGCTTGCACTGGTTTTCGTGATACAGTTGATTGAGGCACATGCCAGAAA TCGATGTGATTCATGTTATACGCCTTCGATAGTATTTCAATCTTAGGGGACTTAAAT GTTATTTCCGAGGACTGTTTTGCAGAGGACATTTTTAACTTTCCTTGCATCCTGCAG AAGTGAACACCATTGATCACGTTAGTGTCGTCCACCCGGTACAGCACCCTCCATGG GTTTGGGTCTTTGGGGGAGAAGTATGAGGATGAGTAGTAGTGTATATTGCAGTTGC ACCCTATGGGTATTGTGAACTCAGCCTGCTTGGAGTCCCCTTCGAGCAACCTTGTG TCGTGCATCTCTATGACCACATGGCCAGTTGCATTTCCAGGAACTTGGTTCCTGTAT TGGAGGATTACGTGGTCAATCCTGAGACACTTTCCTAAAAGCATCGATAATTTTTG GTCGACAGTTGATGGAAACAACAGAGTTACCTCTGTCTTTTCATTTGACAGCTGAA ACTCAGTCCTAGCCGACGTCGTATAGGCAATATTGTTATTGCTGGATTCCATTATTG AGTAAGCCATTAAAATAATAGTAATTCATCTTTTATAGACTTTTCAGAGTCTGTCA GGATAGTGGAATGTGACTATTTGGGTCGTTGCCTTTAAATTCCACTATCTCAAAGC ACCAGTGAGCGAAGTCCACGTATGTACTTGTACTGACAAGAGATAAGGTATATACT TGGATGTGGTTCAGCCACGTCGCATAGTCGAAAATGGAAGACATCTGTCTTCCACT AAATATTTTTGATATGTTTCGAAGTGTATTAATTTAATTAACAAGTAAATTAAACGT TAGAAATAAATATATGTACTTCAGTACCACAAGTTAGGCGCTAATCTGGACAAGAT ATTTGGCTCACCGAAAGAATTATTGGTTAAGCCTTATGAGTTGTCGTGTAATCGAC AACCTAAACTAATATTTAACTGATCCAACAATCTAATTATGAGAAAACACACACAC TTGAACATACTAATCTTGAGAAAATCAGGCCGCGCAGCGGCTATGTCCCCAAATTA TTAAGTAATCCAGAAGTGCGAACCCCAATTTATTATATTCAAATCGAAAAGGACTT ATATGTAATCTGTATCAGTTGAAGGTATTTAGTAGCTGTAGCTAATATTATTAAAG TTAACAACATTAATGCAATATAATTATTGCATATTTGAAGAAAATAGGGTGAATTA AAGTTTTAGAGAGAGAAAGTCTAGAGAGAAGGCAGAGCGATTGACCAGTCAATTA GGTCCTCTCAAACTTGGCTATGCAATCGGGGAATGGGTCCTTACTTATAGTTGAGG 91 ACCTAAATGGCATTATTGTAATTTCTTAAAGAAATTCAAATTCCAAAAGCGGCCAT CCGTATAATATT >VNP698Acg ACCGGATGGCCGCGATTTTTTTTCAAGTGGTCCCCGCACGCATGCCTGTCCAATCCT GGCCACTCCTCAAAGCTTAATTATTTATGTGGTCCCCTATATAACTTAGTCTCCAAG TACCCACATCAAAACATGTGGGATCCTTTACTAAACGAGTTTCCTGAAACCGTACA TGGTTTTAGGTGTATGTTAGCTATTAAGTATTTGCAAGTAGTAGAAAATACATACT CTCCCGATACACTAGGCTACGATCTAATACGTGATCTTATCCTGGTGATTCGTGCTA GGGATTATGGCGAAGCGTCCCGCAGATATAGTCATTTCCACTCCCGCCTCGAAGGT TCGTCGCCGTCTGAACTTCGACAGCCCATATCTCAGCCGTGCTGCTGCCCCCACTGT CCTCGTCACAAACAAAAAGAGGTCGTGGGCCAATCGGCCCATGTACAGAAAGCCC AGGATATACAGGATGTACAAAAGCCCTGATGTTCCGCGGGGCTGTGAAGGCCCAT GTAAGGTCCAGTCCTATGAACAACGTCATGACGTAGCCCATGTAGGTAAGGTAA TTTGTGTTTCAGATGTCACCCGAGGTAATGGGCTCACACATCGTGTTGGTAAGAGG TTCTGTATCAAGTCCGTGTATGTGTTGGGCAAAATCTGGATGGATGAGAATATCAA GACAAAGAACCATACTAATACGGTCATGTTCTTCTTAGTTCGTGATAGGAGACCAT TTGGCACGCCACAGGATTTTGGGCAGGTGTTCAACATGTATGATAATGAGCCTAGT ACTGCCACTGTGAAGAACGACAATAGAGATCGATTCCAAGTCCTTCGTCGTTTTCA GGCAACTGTGACAGGTGGTCAATATGCAAGCAAGGAGCAAGCCATAGTTAGGAAA TTCATGAAGGTGAACAACCATGTGACCTACAACCATCAAGAAGCTGCGAAGTATG ACAACCACACGGAGAATGCCCTTTTATTGTATATGGCATGTACGCATGCCAGTAAT CCAGTGTATGCGACCTTGAAGATCAGAATCTATTTCTATGATTCGGTTCAAAATTA ATAAATATTGAATTTTATTATATCCGAAAGATGAGCATCTATTGTGCCCTCAAGTA CATTGTACAATACATGTCTAATTGCTCTAATAACATTGTTGATGCTAATAACTCCTA AACGGTCTAAATACTTTATACATTGGTATCTAAATACTCTTAAGAAACGCAAGGTC TGAGGACGTAAACGAGTCCAGATTTGGCAGATTAGATGTCCCAACGCTTTCCTCAG GTTGTAGTTGAACCGGATCTGCACTGTGATTATGTCGTGGTTCATCATGAATGGTCT CTCGCGGTGGTGGGTTATGTTGAAATAGAGGGGATTGTTGACCGTCCAGATATACA 92 CGCCATTCTCTGCCTGAGCTGCAGTGATGCGTTCCCCTGTGCGTGAATCCATGGTTG TGGCAACCTAGAGCGACGAAGTACGAACAACCACAAGGGAGATCAATTCTTCTCC TTCTATTGGTCTTCTTGGCGATTCGGTGTTGCACCTTGATTGGTACCTGAGTAGAGT GGGCCTTGGAGGGTGACGAAGATTGCATTCTTTAAAGCCCAATGTTTTAGTGCGGT GTTCTTTTCCTCTTCCAAGAACTCTTTATAGCTGGAATGTGGTCCTGGATTGCAGAG GAAGATAGTTGGAATCCCGCCTTTAATTTGGACCGGTTTCCCGTACTTGGTGTTGCT TTGCCAGTCTCTTTGGGCCCCCATGAACTCTTTAAAGTGCTTTAGATAATGCGGATC GACGTCATCAATGACGTTATACCAAGCAGCATTATTGAACACTTTAGGACTTAAGT CTAAATGCCCACATAAGTAGTTATGTGGGCCCAACGACCTGGCCCACATTGTCTTC CCTGTACGACTATCGCCCTCTAACACAATGCTTATCGGTCTTAATGGCCGCGCAGC GGCACTAACAACGTTTCCGGCAACCCATTCATCAAGTTCCTCGGGAACTTGGTCAA AAGAAGAAGACGAAAAAGGACAAACAAAAACCTCTAAAGGAGGTGCAAAAATCC TATCTAAATTACTATGTAAATTATGAAACTGTAAAACAAAATCTTTGGGGGCCTTC TCCTTTAATATATTGAGGGCCTCTGCTTTGGACCCTGAATTGATTGCCTCGGCATAT GCGTCGTTGGCAGATCGGCAACCTCCTCTAGCTGATCTGCCATCGATCTGGAAAAC TCCATGATCAAGCACGTCTCCGTCTTTCTCCATGTATGCTTTAACATCTGAAGAGCT CTTAGCTCCCTGAATGTTTGGATGGAAATGTGCTGACCTGGTTGGGGATCTGAGGT CGAAGAACCTTTGATTTTTGCATTGGAATTTACCTTGGAATTGGATGAGGACATGC AAGTGAGGAGTCCCATCTTCGTGCAATTCCCTGCAAATCCTGATAAACAGTTTATT TGTTGGTGTTTCTATGGCTTGAATTTGGGAAAGGGCCTCTTCTTTTGTGAGAGAGCA GTGTGGGTATGTGAGGAAATAGTTTTTAGCATTTATTCTGAATTTGTTTGGAGGAG CCATTGACCGGTCAATCGGTGTCTCTCAACTTGGGCTATGTAATTGGTGTCTGGGG TCTTATTTATATGGAGACCCTAAATGGCATTATTGTAATTTCTTAAAGAAATTCAAA TTCCAAAAGCGGCCATCCGTATAATATT >VNP842 93 ACCGGATGGCCGCGATTTTTTTTACATGGTCCCCACCACTAACAAATGTTCTCCACT TAGAACGCTCCCTCAAAGCCTATTTAATTCAAATCCATTATATATACTTGGTCCCCA AGTACTCACTTTAAAATATGTGGGATCCTTTACTGAATGAGTTTCCCGAAACCGTA CACGGTTTTAGGTGTATGTTAGCGATTAAATATTTGCAATTAGTAGAAAATACATA CTCTCCTGATACATTAGGGTACGATTTGCTTCGTGATTTAATTTCAGTTATTCGTGC TAAGGACTATGTCGAAGCGTCCCGCAGATATAGTCATTTCCACTCCCGCATCCAAG GTGCGTCGCCGGCTGAATTTCGACAGCCCGTATGCCAGCCGTGCTGCTGCCCCCAC TGTCCTCGTCACAAACAAAAGGAGGTCATGGGTGAATCGGCCCATGTACCGAAAG CCCAGGATGTACAGAATGTACAAAAGCCCTGATGTTCCTCGAGGATGTGAAGGCC CATGTAAGGTTCAGTCCTATGAACAGCGTCATGATGTAGCGCACGTAGGTAAAGT CATTTGTGTGTCTGATGTTACTCGTGGTAACGGGTTGACTCATCGAGTGGGAAAGA GGTTTTGTGTTAAGTCTGTTTATGTTTTGGGCAAGATATGGATGGATGAGAACATT AAGACCAAGAATCACACTAATACTGTGATGTTTTTTTTAGTGCGTGATAGGAGACC ATTTGGGACTCCACAGGATTTTGGTCAGGTGTTTAACATGTATGATAACGAGCCAA GTACAGCCACGGTGAAGAACGACAACAGAGATCGCTTTCAAGTTCTACGGCGTTTT CAGGCTACTGTTACTGGTGGTCAGTATGCAAGTAAGGAGCAAGCAATAGTTAGGA AGTTTATGAAGGTGAACAACCATGTGACGTATAATCATCAAGAAGCTGCGAAGTA TGACAATCACACAGAGAATGCTCTTTTGTTGTATATGGCATGTACTCATGCTAGTA ATCCTGTGTATGCTACTTTGAAAATCAGAATCTATTTCTATGATTCTGTTCAGAATT AATAAAGATTGAATTTTATTATATTTGAATGTGTTACATATTCTGTTTTTTCCAATA CATCCCATAATACATGATCACATGCTCTAATTACATTGTTAATACTAATTACACCCA AATTATCTAAATATTTCATACATTGAACCCTAAATACTCTTAAGAAACGCCAAGTC TGAGGACGTAAACGAGTCCAGATCTGGAAGATTAGAAAACATTGGTGTATTCCCA ACGCTTTCCTCAGGTTGTAATTGAATTGGACTTGTATTGTGATGATGTCGTTGTTCA TCAGAAATGGTCTCTCGTCGTGGCTGATTATCTTGAAATATAGGGGATTTTTGACC GTCCAGATATATACGCCACTCTCTGCTTGAGTTGCAGTGATAGCTTCCCCTGTGCG AGAATCCATGATTGTGACAGCCTAGTGCAATGAAGTATGAACAACCACAAGGGAG ATCAACTCTCCGTCTCCTCGTTGCTTTCTTGGCGTTGCGGTGTTGCACTTTGATAGG 94 AACCTGAGTAGAGTGCGCCTTGGAGGGTGACGAAGATCGCATTTTTTATTGCCCAG TTTTTAAGTGCGCTGTTTTTATCTTCGTCCAAGAATTCTTTATAGCTTGAATTGG GGCCGGGATTGCAGAGGAAGATAGTGGGAATTCCCCCTTTAATTTGAACGGGTTTT CCGTACTTTGTGTTGCTTTGCCAGTCCCTTTGGGCCCCCATGAATTCTTTAAAATGC TTTAGGTAGTGCGGATCAACGTCATCAATGACGTTGTACCAGGCATCATTATTGTA TACCTTCGGACTCAAATCAAGATGACCACACAAATAATTATGTGGTCCTAATGACC TAGCCCACATCGTCTTTCCCGTCCGACTATCGCCTTCGATAACTATACTTATCGGTC TTAAAGGCCGCGCAGCGGCACTGACAACGTTCTCTGCAGCCCACTCTTCGAGTTCC TCTGGAACTCGATCAAACGAAGAAGAAGAAAAAGGCGAAACATAAACCTCCATTG GAGGAGTAAAAATCCTATCTAAATTATTATTTAAATTATGAAACTGTAAAACATAA TCTTTAGGTGCCTTTTCCCTTAGTATATTGAGGGCCGAAGCTTTGGACCCTGAATTG ATTGCCTCGGCATATGCGTCGTTGGCAGATTGGCAACCTCCTCTAGCCGATCTT CCATCGATCTGGAAAAGTCCATGATCAAGCACGTCTCCGTCTTTGTCCATATAGGA CTTGACATCTGTTGAGCTTTTAGCTGCCTGAATGTTCGGATGGAAATGTGCTGACCT GCTTGGGGATATGAGATCGAAGAATCTTTGGTTTTTACATTGGAATTTCCCTTCGA ATTGGATGAGAACATGCAGGTGAGGAGTTCCATCTTCGTGGAATTCTCTGCAGATG CGGATAAATAGTTTATTTACTGGGGTTTCTAGGTTTTTAAGTTGGGAAAGTGCTTCT TCTTTAGTGAGAGAGCAGTGTGGATATGTGAGGAAATAATTTTTGGCATTTATTCT GAATTTATTAGGAGGAGCCATTGACTGGTCAATCGGTGTCTCATAAACTTGGCTAT GCAATTGGTGTCTGGTGTCTTATTTATATGTGGACACCAAATGGCATTATCGTAATT CCCAAAAGAAATTCAAAATTCAAATTGGTAAAGCGGCCATCCGTATAATATT 95 ... đỗ, đu đủ, bầu bí Chính vì vậy chúng tơi tiến hành đề tài: “ Nghiên cứu begomovirus trên ớt và cà chua ở khu vực Miền Trung và Miền Nam Việt Nam Mục tiêu và u cầu của đề tài 2.1 Mục tiêu Giải trình tự mẫu virus mới được phân lập... Chúng tôi tiến hành nghiên cứu về begomovirus trên ớt và cà chua miền Trung và miền Nam Việt Nam, begomovirus mới gây bệnh xoăn vàng lá trên ớt ở hai vùng này. Nhân dòng thành cơng và giải được bộ gen DNAA của virus này, thơng qua phân tích trình tự, đặc... 3.1.Địa điểm, thời gian, đối tượng và vật liệu nghiên cứu 3.1.1. Đối tượng nghiên cứu Bảng 3.1: Các begomovirus gây bệnh xoăn vàng lá ớt được thu ở miền Trung Việt Nam Ký hiệu Địa điểm, khu vực thu mẫu Đối tượng