Viêm mũi xoang được nghi ngờ do sự suy yếu thông khí và rối loạn dẫn lưu do bít tắc phức hợp lỗ thông xoang ở khe giữa của các xoang cạnh mũi. Sự thay đổi cấu trúc giải phẫu trong hốc mũi ở vị trí phức hợp lỗ thông xoang có thể dẫn đến sự tắc nghẽn xoang cấp tính hay mạn tính. Một trong những yếu tố về cấu trúc giải phẫu ảnh hưởng đến tình trạng mũi xoang là thay đổi hình dạng vách ngăn mũi. Khi vách ngăn không thẳng hay dị hình vách ngăn làm thay đổi về động học của luồng khí lưu thông có thể gây ra viêm mũi xoang với nhiều mức độ khác nhau.