Vắc xin đường uống thể hiện ưu điểm của nó ở nhiều khía cạnh khác nhau. Đầu tiên, nếu vắc xin đường uống được phát triển thành công, nó có thể ngăn chặn tác nhân gây bệnh ngay từ bước đầu xâm nhập. Đồng thời, vắc xin đường uống có khả năng kích hoạt được không chỉ riêng hệ thống miễn dịch tại vị trí xâm nhiễm mà còn cả hệ thống miễn dịch trong toàn cơ thể. Do đó vắc xin đường uống ngoài phòng ngừa việc xâm nhiễm của vi sinh vật theo con đường tiêu hóa, nó còn có thể ngăn chặn sự phát tán của vi sinh vật theo con đường máu. Tiếp theo, việc phát triển thành công vắc xin đường uống có thể sẽ là một hướng giải quyết triệt để đối với tình trạng kháng kháng sinh trong chăn nuôi hiện nay. Với tình hình thị trường tiêu dùng ngày càng tẩy chay các thực phẩm chăn nuôi có sử dụng kháng sinh, và dự thảo cấm sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi đang sắp được thực hiện, vắc xin đường uống ra đời có thể sẽ là một hướng giải quyết tốt vì ưu điểm của nó là có thể dễ dàng sử dụng và áp dụng trên quy mô lớn.