06 metagnomics VN Metagenomics là nghiên cứu về metagenomes, nhằm thu vật liệu di truyền trực tiếp từ các mẫu trong môi trường

Lĩnh vực rộng lớn này có thể được hiểu là di truyền học môi trường, di truyền học sinh thái hay di truyền học quần xã. Nếu như di truyền học và vi sinh vật học truyền thống giải trình tự bộ gen (genome sequencing) của vi sinh vật dựa trên mẫu là các mẫu dòng đã nuôi cấy, thì ngay từ những nghiên cứu đầu tiên, di truyền học môi trường đã nhân dòng các đoạn trình tự gen đặc hiệu (thường là gen 16S rRNA) để xây dựng dữ liệu về đa dạng sinh học của các mẫu môi trường.

• Thuật ngữ "metagenomics" sử dụng Jo Handelsman vào năm 1998 • Metagenome liên quan đến ý tưởng, sưu tập trinh tự gene từ mơi trường phân tích cách dựa vào tương đồng nghiên cứu gien đơn • Sự áp dụng kỹ thuật nghiên cứu cộng đồng vi sinh vật cách trực tiếp môi trường tự nhiên, cách thông qua yêu cầu ni cấy phân lập phòng thí nghiệm lồi riêng biệt Metagenome; environmental genome • Metagenomics • Meta • Genomics Random Shotgun Sequencing Library construction Random Sequencing Phase a sequence DNA (15,000 sequences/ Mb) a isolate DNA Closure Phase a assemble sequences b close gaps b fragment DNA c clone DNA Annotation And Publication VECTORACTGTTC C edit sequence Why Do METAGENOMICS? Understanding Cell Structure & Function Understanding Host Interactions John H has a family To support Understanding Expression (RNA/Protein) Understanding Metabolism Discover DNA Variation, Genotyping Forensics Genome Engineering Drug/Vaccine Development TIGR: The Institute for Genomic Research Understanding Protein-Protein Interactions Defining the Minimal Gene Set The J Craig Venter Institute • Các mục tiêu đặc biệt metagenomics • Khảo sát đa dạng phát sinh loài dùng 16S rRNA • Các kiểu đa dạng vi sinh vật dùng cho việc quản lý/giám sát tiên đốn điều kiện mơi trường thay đổi • Khảo sát genes/operons cho ứng viên enzyme mong muốn (như cellulases, chitinases, lipases, antibiotics, sản phẩm thiên nhiên khác) • Điều khai thác cho ứng dụng công nghiệp y dược • Khảo sát tiết, điều hòa, chế tải nạp tín hiệu (signal transduction) gắn liền với mẫu gene mục tiêu • Examining bacteriophage or plasmid sequences These potentially influence diversity and structure of microbial communities • Examining potential lateral gene transfer events Knowledge of genome plasticity may give us an idea of selective pressures for gene capture and evolution within a habitat • Examining metabolic pathways • directed approach towards designing culture media for the growth of previously-uncultured microbes • Examining genes that predominate in a given environment compared to others • • Finally, metagenomic data and metadata can be leveraged towards designing low- and highthroughput experiments focused on defining the roles of genes and microorganisms in the establishment of a dynamic microbial community Clustering analysis of pairwise microbiome comparison • BLASTP analyses of all protein sequences from one microbiome against all those from every other were used to estimate the genomic similarities existing in all possible microbiome comparisons Taxonomic assignment • Taxonomic assignment of proteincoding genes was performed according to the best-hit pairs in the BLASTP analysis against the inhouse extended NR database where the taxonomic information for all genes is available future perspectives • The metagenomic datasets presented here will be of great use for understanding the roles of gut microbiota in the etiology of human diseases and also for scientifically evaluating the efficacy of probiotics, prebiotics and other functional foods that are widely used for modulating the intestinal microbiota in an effort to improve our health ... kỹ thu t nghiên cứu cộng đồng vi sinh vật cách trực tiếp môi trường tự nhiên, cách thông qua yêu cầu nuôi cấy phân lập phòng thí nghiệm lồi riêng biệt Metagenome; environmental genome • Metagenomics. ..• Thu t ngữ "metagenomics" sử dụng Jo Handelsman vào năm 1998 • Metagenome liên quan đến ý tưởng, sưu tập trinh tự gene từ mơi trường phân tích cách dựa vào tương đồng nghiên cứu gien... C edit sequence Why Do METAGENOMICS? Understanding Cell Structure & Function Understanding Host Interactions John H has a family To support Understanding Expression (RNA/Protein) Understanding