Nghiên cứu mô phỏng bài toán tương tác protein và polymer bằng mô hình tối giản

I H C QU C GIA HÀ N I I H C KHOA H C T NHIÊN - n NGHIÊN C U MÔ PH A PROTEIN VÀ POLYMER B NG MƠ HÌNH T I GI N LU C Hà N i 2017 I H C QU C GIA HÀ N I I H C KHOA H C T NHIÊN - n NGHIÊN C U MÔ PH A PROTEIN VÀ POLYMER B NG MƠ HÌNH T I GI N Chun ngành: V t lí lí thuy t v t lí toán Mã s : 60 44 01 03 LU C NG D N KHOA H C: PGS.TS NGUY N TH TOÀN Hà N i 2017 MỤC LỤC Mở đầu………………………………………………………………………… 0.1 Lý chọn đề tài………………………………………………………… 0.2 Phương pháp nghiên cứu…………………………………………………… 0.3 Bố cục luận văn…………………………………………………………… CHƯƠNG Tổng quan vi rút vi rút HIV…………………………… 1.1 Tổng quan vi rút………………………………………………………… 1.1.1 Cấu trúc vi rút………………………………………………… 1.1.2 Chu kỳ sống vi rút…………………………………………………… 1.2 Retro vi rút vi rút HIV………………………………………………… 1.2.1 Vi rút HIV………………………………………………………………… 1.2.1.1 Hình dạng Cấu trúc vi rút……………………………………… 1.2.1.2 Vòng đời vi rút HIV……………………………………………… CHƯƠNG Phương trình Poisson-Boltzmann lý thuyết tĩnh điện Debye-Huckel………………………………………………………………… 2.1 Phương trình Poisson – Boltzmann………………………………………… 2.2 Phương trình Debye-Huckel……………………………………………… CHƯƠNG Phương pháp mô Monte-Carlo……………………… 3.1 Sơ lược phương pháp mô Monte Carlo………………………… 3.2 Điều kiện cân chi tiết………………………………………………… 3.3 Thuật tốn Metropolis……………………………………………………… CHƯƠNG Mơ tương tác polymer tích điện protein……… 4.1 Mơ hình…………………………………………………………………… 4.2 Kết mơ phỏng………………………………………………………… 4.3 So sánh với lý thuyết trường trung bình tự hợp…………………………… Kết luận……………………………………………………………………… Tài liệu tham khảo…………………………………………………………… Phụ Lục………………………………………………………………………… ii 2 3 5 8 12 12 14 18 18 19 20 23 23 26 30 32 34 37 ...I H C QU C GIA HÀ N I I H C KHOA H C T NHIÊN - n NGHIÊN C U MÔ PH A PROTEIN VÀ POLYMER B NG MƠ HÌNH T I GI N Chun ngành: V t lí lí thuy t v t lí tốn Mã s : 60 44 01 03... pháp mô Monte-Carlo……………………… 3.1 Sơ lược phương pháp mô Monte Carlo………………………… 3.2 Điều kiện cân chi tiết………………………………………………… 3.3 Thuật tốn Metropolis……………………………………………………… CHƯƠNG Mơ tương tác polymer. .. Metropolis……………………………………………………… CHƯƠNG Mơ tương tác polymer tích điện protein …… 4.1 Mơ hình ………………………………………………………………… 4.2 Kết mô phỏng ……………………………………………………… 4.3 So sánh với lý thuyết trường trung