Xác định cadidate gen kháng bệnh bạc lá trong các giống lúa bản địa của Việt Nam phục vụ công tác chọn tạo giống (LV thạc sĩ)

Xác định cadidate gen kháng bệnh bạc lá trong các giống lúa bản địa của Việt Nam phục vụ công tác chọn tạo giống (LV thạc sĩ)Xác định cadidate gen kháng bệnh bạc lá trong các giống lúa bản địa của Việt Nam phục vụ công tác chọn tạo giống (LV thạc sĩ)Xác định cadidate gen kháng bệnh bạc lá trong các giống lúa bản địa của Việt Nam phục vụ công tác chọn tạo giống (LV thạc sĩ)Xác định cadidate gen kháng bệnh bạc lá trong các giống lúa bản địa của Việt Nam phục vụ công tác chọn tạo giống (LV thạc sĩ)Xác định cadidate gen kháng bệnh bạc lá trong các giống lúa bản địa của Việt Nam phục vụ công tác chọn tạo giống (LV thạc sĩ)Xác định cadidate gen kháng bệnh bạc lá trong các giống lúa bản địa của Việt Nam phục vụ công tác chọn tạo giống (LV thạc sĩ)Xác định cadidate gen kháng bệnh bạc lá trong các giống lúa bản địa của Việt Nam phục vụ công tác chọn tạo giống (LV thạc sĩ)Xác định cadidate gen kháng bệnh bạc lá trong các giống lúa bản địa của Việt Nam phục vụ công tác chọn tạo giống (LV thạc sĩ)Xác định cadidate gen kháng bệnh bạc lá trong các giống lúa bản địa của Việt Nam phục vụ công tác chọn tạo giống (LV thạc sĩ)

VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT CẤN THỊ KHÁNH HUYỀN XÁC ĐỊNH GEN ỨNG VIÊN (CANDIDATE GENE) KHÁNG BỆNH BẠC LÁ TRONG CÁC GIỐNG LÚA BẢN ĐỊA CỦA VIỆT NAM ĐÃ ĐƢỢC GIẢI MÃ PHỤC VỤ CÔNG TÁC CHỌN TẠO GIỐNG LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Hà Nội – Năm 2015 i VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT CẤN THỊ KHÁNH HUYỀN XÁC ĐỊNH CANDIDATE GENE KHÁNG BỆNH BẠC LÁ TRONG CÁC GIỐNG LÚA BẢN ĐỊA CỦA VIỆT NAM ĐÃ ĐƢỢC GIẢI MÃ PHỤC VỤ CÔNG TÁC CHỌN TẠO GIỐNG Chuyên ngành: SINH HỌC THỰC NGHIỆM Mã số : 60420114 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: TS Khuất Hữu Trung Hà Nội – Năm 2015 ii LỜI CẢM ƠN Em xin chân thành cảm ơn anh chị, cô môn Kỹ thuật di truyền, Viện Di truyền Nông nghiệp tạo điều kiện học tập nghiên cứu môi trường học tập khoa học, thầy cô giáo Viện Sinh Thái Tài Nguyên Sinh Vật trực tiếp giảng dạy, giúp em có kiến thức vững vàng bước vào đời Đặc biệt em xin chân thành cảm ơn bảo tận tình thầy giáo TS Khuất Hữu Trung trực tiếp hướng dẫn, bảo cho em suốt trình em làm luận văn tốt nghiệp Đề tài luận văn tốt nghiệp em là: “Xác định cadidate gen kháng bệnh bạc giống lúa địa Việt Nam phục vụ công tác chọn tạo giống” Đây đề tài có khối lượng công việc tương đối lớn, thời gian thực cịn hạn chế nên khơng tránh khỏi thiếu sót Vì em mong đóng góp ý kiến thầy cô giáo bạn bè để đồ án tốt nghiệp em hoàn thiện Em xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 30 tháng 11 năm 2015 Sinh viên Cấn Thị Khánh Huyền iii LỜI CAM ĐOAN Luận văn thực hỗ trợ Phòng Kỹ Thuật Di Truyền, viện Di Truyền Nông Nghiệp Em xin cam đoan số liệu, kết nêu luận văn trung thực chưa công bố cơng trình khác Học viên Cấn Thị Khánh Huyền iv MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN ii LỜI CAM ĐOAN iii MỤC LỤC iv DANH MỤC CÁC BẢNG viii DANH MỤC HÌNH ix MỞ ĐẦU 1 Lí chọn đề tài Mục tiêu nghiên cứu 2.1 Mục tiêu tổng quát 2.2 Mục tiêu cụ thể 3 Cơ sở khoa học sở thực tiễn 3.1 Cơ sở khoa học 3.2 Cơ sở thực tiễn 4 Đối tƣợng phạm vi nghiên cứu 4.1 Đối tượng vật liệu nghiên cứu 4.1 Phạm vi nghiên cứu CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan nghiên cứu bệnh bạc lúa 1.1.1 Bệnh Bạc lúa (Xanthomonas oryzae pv.oryzae) 1.1.2 Tình hình nghiên cứu chọn tạo giống lúa kháng bạc giới 1.1.3 Tình hình nghiên cứu chọn tạo giống lúa kháng bạc Việt Nam 1.2 Tổng quan gen ứng viên (candidate gene) 10 1.2.1 Candidate gene gì? 10 v 1.2.2 Các bước xác định candidate gene 11 1.2.2.1 Chọn CG chức 11 1.2.2.2 Chọn CG vị trí 11 1.2.2.3 Sàng lọc CG 12 1.2.2.4 Xác nhận CG 12 1.2.3 Tổng quan phương pháp xác định candidate gene 13 1.2.3.1 Phương pháp truyền thống 13 1.2.3.2 Phương pháp NBS-LRR (Nucleotide Binding Site-Leucine Rich Repeat) 13 1.2.3.4 Ứng dụng candidate gene chọn tạo giống kháng bệnh bạc 15 1.3 Tổng quan thiết kế maker 16 1.3.1 Thiết kế mồi chung (degenerateprimer) 16 1.3.2 Thiết kế marker dựa BlastDigester 17 1.4 Tổng quan chọn tạo giống nhờ ứng dụng thị phân tử 23 1.4.1 Nghiên cứu ứng dụng thị phân tử chọn giống trồng 23 1.4.1.1 Ứng dụng MAS chương trình chọn giống[4] 23 1.4.1.2 Ứng dụng chọn giống nhờ thị phân tử lai trở lại (MABC)[4] 25 1.4.2 Ứng dụng chị thị phân tử chọn tạo giống lúa kháng bạc 27 CHƢƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 33 2.1 Vật liệu nghiên cứu 33 2.1.1 Vật liệu thực vật 33 2.1.2 Hoá chất 34 2.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 35 2.2.1 Phương pháp xác định candidate gene 35 2.2.2 Phương pháp thiết kế marker 35 vi 2.2.3 Phương pháp nghiên cứu để lai tạo nguồn vật liệu mang candidate gen 38 2.2.4 Phương pháp nghiên cứu để kiểm tra có mặt candidate gen kháng bạc 39 2.2.4.1 Tách chiết ADN tổng số 39 2.2.4.2 Kỹ thuật PCR 39 2.2.4.3 Phương pháp điện di gel agarose 40 2.2.4.4 Phương pháp điện di kiểm tra sản phẩm PCR gel polyacrylamide 40 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 42 3.1 Kết xác định gen ứng viên (candidate gene) kháng bạc 42 3.1.1 Kết phân tích thành phần nucleotide vùng CDS (Coding DNA Sequence) thành phần amino acid gen ứng viên (candidate gene) xa5 42 3.1.2 Kết tầm soát thiết kế mồi nhận dạng candidate gen xa5 kháng bạc 47 3.2 Thiết kế marker xác định gen ứng viên kháng bạc xa5 51 3.3 Kết lai tạo nguồn vật liệu mang candidate gene xa5 kháng bạc 56 3.3.1 Đặc điểm nông sinh học dòng bố mẹ 56 3.3.2 Kết lai tạo F1 vụ (Xuân 2014) 57 3.3.3 Kết lai tạo BC1F1 vụ (mùa 2014) 61 3.4 Kết kiểm tra có mặt candidate gene kháng bạc hệ lai (BC1F1) 63 3.4.1 Cặp lai An dân 11 x Chiêm nhỡ Bắc Ninh 63 3.4.2 Cặp lai DT39- Quế Lâm x OM6377 64 3.4.3 Cặp lai Q1-8-1 x Chấn thơm 64 vii 3.4.4 Cặp lai OM6976 x Chiêm nhỡ Bắc Ninh 65 3.4.5 Cặp lai Thủ đô x Chiêm nhỡ Bắc Ninh 66 CHƢƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 68 4.1 Kết luận 68 4.2 Đề nghị 68 TÀI LIỆU THAM KHẢO 70 viii DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng1.1: Các giống lúa mang gen kháng bạc chọn tạo nhờ hỗ trợ thị phân tử (MAS) thương mại hóa Châu Á Bảng 1.2: Mã suy biến thiết kế mồi chung 16 Bảng 2.1 Danh sách giống lúa địa giải mã genome 33 Bảng 2.2 Các cặp mồi sử dụng nghiên cứu 34 Bảng 2.3 Điều kiện phản ứng PCR 40 Bảng 3.1 Thống kê nucleotide vùng CDS (Coding DNA Sequence) gen/candidate gen xa5 42 Bảng 3.2 Thống kê tỉ lệ (%) amino acid gen/candidate gen xa5 45 Bảng 3.3 Bảng thống kê số lượng tỉ lệ nucleotide candidate gen xa5 giống lúa giải mã 47 Bảng 3.4 Đặc điểm nông sinh học dòng bố 56 Bảng 3.5 Đặc điểm nơng sinh học dịng mẹ 57 Bảng 3.6 Các tổ hợp lai tạo dòng F1 58 Bảng 3.7 Các tổ hơp lai tạo dòng BC1F1 61 Bảng 3.8 Kết kiểm tra candidate gen xa5 66 ix DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Các bước tạo marker CAPS với BlastDigester 19 Hình 2.1 Thiết kế mồi PCR khu vực lựa chọn 37 Hình 2.2 Kết phân tích PCR liệt kê Vector NTI Explorer 37 Hình 3.1 Ảnh dóng hàng, dóng cột so sánh trình tự đoạn gen kháng bạc xa5 số giống lúa địa (đoạn 35nu) 50 Hình 3.2 Sơ đồ thiết kế mồi xa5_add35 54 Hình 3.3 Kết kiểm tra PCR mồi xa5add35F/xa5add35R nhận biết gen xa5 giống lúa địa Việt Nam 55 Hình 3.4 Ruộng gieo mạ ruộng cấy nguồn vật liệu bố mẹ phục vụ lai tạo F1 59 Hình 3.5 Ghép cặp cho tổ hợp lai 60 Hình 3.6 Bao cách ly sau khử nhị 60 Hình 3.7 Hạt lai sau thụ phấn ngày 60 Hình 3.8 Cặp lai Q1-8-1x Chấn Thơm An Dân x CNBN2 hệ BC1F1 62 Hình 3.9 Hạt lai BC1F1(D8 x OM6876) sau thu hoạch 62 Hình 3.10 Kết điện di sản phẩm PCR lai BC1F1 tổ hợp lai An dân 11 x Chiêm nhỡ Bắc Ninh với cặp mồi xa5add35 63 Hình 3.11 Ảnh kết điện di sản phẩm PCR lai BC1F1 tổ hợp lai OM6377 x DT39- Quế Lâm với cặp mồi xa5add35 64 Hình 3.12 Ảnh kết điện di sản phẩm PCR lai BC1F1 tổ hợp lai Q1-8-1 x Chấn thơm với cặp mồi xa5add35 65 Hình 3.5 Ghép cặp cho tổ hợp lai Hình 3.6 Bao cách ly sau Hình 3.7 Hạt lai sau thụ phấn ngày khử nhị 60 3.3.3 Kết lai tạo BC1F1 vụ (mùa 2014) Hạt lai F1 trồng lai trở lại với giống gốc Các lai F1 sử dụng làm mẹ (cây nhận phấn) nhận gen vụ sử dụng làm bố để lai trở lại với lai F1 Mục đích để lấy lại di truyền giống nhận ban đầu Trong vụ mùa 2014, tổ hợp lai tiến hành thời gian từ 5/9 đến 24/9 thu kết cụ thể sau: Bảng 3.7 Các tổ hợp lai tạo lai BC1F1 Gen kháng mục tiêu F1 (Mẹ) Giống (Bố) Số hạt lai thu đƣợc R45 DT39 31 R53 An dân 11 20 D8 OM6976 10 B4 Q1-8-1 85 R51 Thủ đô 41 Xa5 61 Hình 3.8 Cặp lai Q1-8-1x Chấn Thơm An Dân x CNBN2 hệ BC1F1 Hình 3.9 Hạt lai BC1F1(D8 x OM6876) sau thu hoạch 62 3.4 Kết kiểm tra có mặt candidate gene kháng bạc hệ lai (BC1F1) Các lai cặp lai thu sau cấy 20 ngày, tách chiết DNA để kiểm tra candidate gen xa5 cặp mồi xa5add35 thiết kế có kích thước sản phẩm PCR 179bp Xác định cá thể lai mang candidate gen xa5 quần thể lai BC1F1, để chọn lai tiếp tục phục vụ cho lai tạo BC2F1 3.4.1 Cặp lai An dân 11 x Chiêm nhỡ Bắc Ninh Ở cặp lai An Dân 11 x Chiêm nhỡ Bắc Ninh (Ký hiệu R53) kiểm tra lai hệ BC1F1 Qua kết điện di sản phẩm PCR, cho thấy có cá thể mang gen giống với bố, tương đương với đối chứng dương (IRBB5) với kích thước băng DNA tương đương 179bp, mẫu: 1522, 1520, 1521 Các cá thể chọn để làm nguồn vật liệu phục vụ cho lai tạo BC2F1 Hình 3.10 Kết điện di sản phẩm PCR lai BC1F1 tổ hợp lai An dân 11 x Chiêm nhỡ Bắc Ninh với cặp mồi xa5add35 Ghi chú: M45: An Dân 11, U12: Chiêm nhỡ Bắc Ninh , số lại lai BC1F1 đ/c +: IRBB5, đ/c -: IR24 63 3.4.2 Cặp lai DT39- Quế Lâm x OM6377 Ở cặp lai OM6377 x DT39- Quế Lâm (Ký hiệu R45) kiểm tra 19 lai hệ BC1F1 Qua kết điện di sản phẩm PCR, cho thấy có cá thể xuất băng kích thước 179 bp tương tự băng kích thước bố đối chứng dương (IRBB5), mẫu: 1673, 1675, 1677, 1683, 1505 Nghĩa cá thể mang candidate gen xa5 chúng chọn để phục vụ cho lai tạo BC2F1 Hình 3.11 Ảnh kết điện di sản phẩm PCR lai BC1F1 tổ hợp lai OM6377 x DT39- Quế Lâm với cặp mồi xa5add35 Ghi chú: M26: DT39-Quế Lâm, U15: OM6377 , số lại lai BC1F1 đ/c +: IRBB5, đ/c -: IR24 3.4.3 Cặp lai Q1-8-1 x Chấn thơm Ở cặp lai Chấn thơm x Q1-8-1 (Ký hiệu B4) kiểm tra 49 lai hệ BC1F1 Qua kết điện di sản phẩm PCR, cho thấy có 21 cá thể mang gen giống với bố, tương đương với đối chứng dương (IRBB5) với kích thước băng DNA tương đương 179bp, mẫu: 303, 304, 305, 307, 308, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 385, 388, 391, 392, 394, 395, 397 Các cá thể chọn để tiếp tục tạo BC2F1 64 Hình 3.12 Ảnh kết điện di sản phẩm PCR lai BC1F1 tổ hợp lai Q1-8-1 x Chấn thơm với cặp mồi xa5add35 Ghi chú: M47: dòng Q1-8-1, U16: Chấn thơm , số lại lai BC1F1 đ/c +: IRBB5, đ/c -: IR24 3.4.4 Cặp lai OM6976 x Chiêm nhỡ Bắc Ninh Ở cặp lai Chiêm nhỡ Bắc Ninh x OM6976 (Ký hiệu D8) kiểm tra lai hệ BC1F1 Qua kết điện di sản phẩm PCR, cho thấy có cá thể xuất băng kích thước 179 bp tương tự băng kích thước dịng bố đối chứng dương (IRBB5), mẫu: 42, 43 Các cá thể chọn để tiếp tục tạo BC2F1 Hình 3.13 Ảnh kết điện di sản phẩm PCR lai BC1F1 tổ hợp lai OM6976 x Chiêm nhỡ Bắc Ninh với cặp mồi xa5add35 Ghi chú: OM6976, U12: Chiêm nhỡ Bắc Ninh , số lại lai BC1F1 65 đ/c +: IRBB5, đ/c -: IR24 3.4.5 Cặp lai Thủ đô x Chiêm nhỡ Bắc Ninh Ở cặp lai Thủ đô x Chiêm nhỡ Bắc Ninh (Ký hiệu R51) kiểm tra 23 lai hệ BC1F1 Qua kết điện di sản phẩm PCR, cho thấy có cá thể xuất băng kích thước 179 bp tương tự băng kích thước dịng bố đối chứng dương (IRBB5), mẫu: 1334, 1344, 1348, 1349 Các cá thể chọn để tiếp tục BC2F1 Hình 3.14 Ảnh kết điện di sản phẩm PCR lai BC1F1 tổ hợp lai Thủ đô x Chiêm nhỡ Bắc Ninh với cặp mồi xa5add35 Ghi chú: M8: Thủ đô1, U12: Chiêm nhỡ Bắc Ninh , số lại lai BC1F1 đ/c +: IRBB5, đ/c -: IR24 Dựa theo kết kiểm tra candidate gen xa5 lai BC1F1 05 tổ hợp lai sử dụng cặp mồi thiết kế xa5add35, cho thấy: Bảng 3.8 Kết kiểm tra candidate gen xa5 STT Ký hiệu Mẹ Bố Số lai BC1F1 mang gen kháng xa5 R53 An dân 11 CNBN2 R45 DT39 OM6377 B4 Q1-8-1 Chấn thơm 21 66 D8 OM6976 CNBN2 R51 Thủ đô CNBN2 67 CHƢƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 Kết luận Từ genome 36 giống lúa địa giải mã, trình tự gen kháng bạc công bố giới phần mềm Tin sinh học xác định 19/36 giống lúa giải mã có mang gen ứng viên xa5, giống: Tẻ Nương, Ble te lo, Chiêm nhỡ Bắc Ninh 2, Khấu mặc buộc, OM6377, Chấn thơm, Khâu giáng, Coi ba đất, Nếp bồ hóng Hải Dương, Ba cho K‟te, Blào sinh sái, Tép Thái Bình, Khấu điển lư, Nếp mèo nương, Tốc lùn, Hom râu, Khẩu Liến, Chiêm đá IS1.2 Đã thiết kế cặp mồi SSLP (Simple Sequence Length Polymorphism) Xa5add35F/Xa5add35R, sử dụng cặp mồi có trường hợp xảy ra: có xuất băng kích thước 179bp, nghĩa giống mang alen xa5 (alen kháng); có xuất băng kích thước 144bp, nghĩa giống không mang alen xa5 (alen không kháng); Sau hai vụ lai tạo giống thu lai BC1F1: 05 lai BC1F1 tổ hợp lai DT39 x OM6377, 03 lai BC1F1 tổ hợp lai An dân 11 x Chiêm Nhỡ Bắc Ninh 2, 02 lai BC1F1 tổ hợp lai OM6976 x Chiêm Nhỡ Bắc Ninh 2, 21 lai BC1F1 tổ hợp lai Q1-8-1 x Chấn thơm 04 lai BC1F1 tổ hợp lai Thủ đô x Chiêm Nhỡ Bắc Ninh mang candidate gen xa5 Các lai sử dụng làm nguồn vật liệu phục vụ cho lai tạo BC2F1 4.2 Đề nghị Tiếp tục nghiên cứu, ứng dụng phần mềm Tin sinh học, toán học ứng dụng, thống kê, khoa học máy tính, trí tuệ nhân tạo, hóa học hóa sinh để giải vấn đề sinh học theo định hướng mong muốn Tiếp tục nghiên cứu, xây dựng khai thác liệu genome lúa địa Việt Nam để phục vụ công tác chọn tạo giống lúa chất lượng cao, xuất 68 tốt kết hợp kháng bệnh gây hại bạc lá, đạo ôn… nhiều loại bệnh khác 69 TÀI LIỆU THAM KHẢO  Tài liệu tiếng Việt Bùi Trọng Thuỷ, Furuya N., Taura S., Yoshimura A., Lê Lƣơng Tề, Phan Hữu Tôn (2007) Một số nhận xét đa dạng nhóm nịi vi khuẩn X oryzae gây bệnh bạc lúa miền Bắc Việt Nam Tạp chí BVTV, số3(213), tr 19-26 Bùi Trọng Thủy, Phan Hữu Tôn (2004), Khả kháng bệnh bạc dòng lúa thị (Tester) chứa đa gen kháng với số chủng vi khuẩn Xanthomonas oyzae pv oyzae gây bệnh bạc lúa phổ biến Bắc Việt Nam Lã Vinh Hoa, Tống Văn Hải, Phan Hữu Tôn, Trần Minh Thu (2010) Khảo sát nguồn gen lúa mang gen kháng bệnh bạc thị phân tử TC Khoa học phát triển, tập 8, số 1, tr 9-10 Lê Huy Hàm Trần Đăng Khánh, trường Đại học Nông Nghiệp Hà Nội(2015) Ứng dụng thị phân tử chọn tạo giống lúa NXB Nông nghiệp Lê Lương Tề (1986), “Một số kết nghiên cứu bệnh bạc lúa”, Tuyển tập cơng trình nghiên cứu khoa kỹ thuật Việt Nam, Trường ĐH Nông nghiệp I Phan Hữu Tôn Bùi Trọng Thuỷ (2003) Nghiên cứu khả kháng chủng bạc Việt Nam tập đoàn thị chứa gen chống bệnh khác Tạp chí KHKT Nơng nghiệp, trường Đại học Nông Nghiệp Hà Nội, tập 1, số 4, tr 283-287 Vũ Hồng Quảng, Nguyễn Thị Phƣơng Thảo, Nguyễn Thị Thủy, Phạm Thị Thu Hằng, Nguyễn Văn Hoan (2011) Phát gen kháng bạc Xa7, Xa21 dòng bố thị phân tử TC Khoa học Phát triển, trường Đại học Nông Nghiệp Hà Nội( 2011): Tập 9, số 2, tr 204-210 70  Tài liệu tiếng Anh Bustamam, M., Tabien, R.E., Suwarno, A., Abalos, M.C., Kadir, T.S., Ona, I., Bernardo, M., Veracruz, C.M., Leung, H., (2002) Asian Rice Biotechnology Network: Improving Popular Cultivars Through MarkerAssisted Backcrossing by the NARES The International Rice Congress, 2002 September 16-20, Beijing, China Cao L.Y., Zhuang J.Y., Yuan S.J., Zhan X.D., Zheng K.L., Cheng S.H (2003) Hybrid rice resistant to bacterial leaf blight developed by markerassisted selection Rice Sci., vol 11(1/2): 68-70 10.Cao, L.Y., Zhuang, J.Y., Zhan, X.D., Zheng, K.L., Cheng, S.H., (2003) Hybrid rice resistant to bacterial blight developed by marker assisted selection Zhongguo Shuidao Kexue (Chinese Journal of Rice Science), 17(2), 184-186 11.Chen S., Lin X.H., Xu C.G., Zhang Q.F (2000) Improvement of bacterial blight resistance of „Minghui 63‟, an elite restorer line of hybrid rice, bymolecularmarker-assisted selection Crop Sci 40: 239-244 12.Chen S., Xu C.G., Lin X.H., Zhang Q (2001) Improving bacterial blight resistance of „6078‟, an elite restorer line of hybrid rice, by molecular markerassisted selection Plant Breed 120: 133-137 13.David O N., Pamela C.R., Adam J.B., (2006) Xanthomonas oryzaepathovars: model pathogens of a model crop Molecular Plant Pathalogy 7(5), 303-324 14.Gopalakrishnan, S., Sharma, R.K., Rajkumar, K.A., Joseph, M., Singh, V.P., Singh, A.K., Bhat, K.V., Singh, N.K., Mohapatra, T., (2008) Integrating marker assisted background analysis with foreground selection for identification of superior bacterial blight resistant recombinants in Basmati rice Plant Breeding, 127, 131-139 71 15.Jena K.K., J.U Jeung, T.H Noh, S Heu, J.P Suh, K.Y Kim, M.S Shin, M.Y Reveche, A Pamplona, C.M Vera Cruz, Y.G Kim, and D.S Brar (2007) Molecular breeding for bacterial blight resistance in japonica rice Proceedings of the 2nd International Conference on Bacterial Blight of Rice, Nanjing, China, October 1-3, 2007, pp 77- 142 16.Joseph, M., Gopalakrishnan, S., Sharma, R.K., Singh, A.K., Singh, V.P., Singh, N.K., resistance Mohapatra, and Basmati T., (2004) Combining quality characteristics bacterial by blight phenotypic and molecular marker assisted selection in rice Molecular Breeding, 13, 377387 17.Kim J.S., J.G Gwang, K.H Park, and C.K Shim (2009) Evaluation of bacterial blight resistance using SNP and STS marker-assisted selection in aromatic rice germplasm Plant Pathol J 25(4), pp 408- 416 18.Lee G-A, Koh H-J, Chung H-K, Dixit A, Chung J-W, Ma K-H, Lee S-Y, Lee J-R, Lee G-S, Gwag J-G, Kim T-S and Park Y-J (2009) Development of SNP-based CAPS and dCAPs markers in eight different genes involved in starch biosynthesis in rice Molecular Breeding; 24(1), 93-101 19.Luo, Y.C., Wang, S.H., Li, C.Q., Wang, D.Z., Wu, S., Du S.Y., (2003) Breeding of the photo-period-sensitivegenetic male sterile line „3418S‟ resistant to bacterial bright in Rice by molecular marker assisted selection rice Zuowu Xuebao (Acta Agronomica Sinica), 29(3), 402-407 20.Luo, Y.C., Wang, S.H., Li, C.Q., Wang, D.Z., Wu, S., Du, S.Y., (2005) Improvement of bacterial blight resistance by molecular marker- assistedselection in a wide compatibility restorer line of hybrid rice Zhongguo Shuidao Kexue (Chinese Journal of Rice Science), 19(1), 36-40 21.Mishra D., Konda K., Raj Y., Nguyen N.T., and Roumen E (2007) Pathotype diversity among Indian isolates of the bacterial leaf blight pathogen Xanthomonas oryzae pv oryzae Proceedings of the 2nd International 72 Conference on Bacterial Blight of Rice, Nanjing, China, October 1-3, 2007, pp 41-42 22.Nguyen Thi Pha, Nguyen Thi Lang, 2004 Marker assited selection in rice breeding for Bacteria leaf blight Omonrice, 12: 19-26 23.Pandey, M.K., Shobha Rani, N., Sundaram, R.M., Laha, G.S., Madhav, M.S., Srinivasa Rao, K., Injey Sudharshan., Yadla Hari., Varaprasad, G.S., Subba Rao, L.V., Kota Suneetha., Sivaranjani, A.K.P., Viraktamath, B.C., (2013) Improvement of two traditional Basmati rice varieties for bacterial blight resistance and plant stature through morphological and marker-assisted selection Molecular Breeding, 31, 239– 246 24.Sanchez CA, Brar DS, Huang N, Li Z, Khush GS., (2000) Sequence Tagged Site marker-assisted selection for three bacterial blight resistance genes in rice Crop Sci 40:792-797 25.Singh, S., Sidhu, J.S., Huang, N., Vikal, Y., Li, Z., Brar, D.S., Dhaliwal, H.S., Khush, G.S., (2001) Pyramiding three bacterial blight resistance genes (Xa5, Xa13 and Xa21) using marker-assisted selection into indica rice cultivar PR106 Theoritical and Applied Genetic, 102: 1011-1015 26.Sundaram, R.M., Vishnupriya, M.R., Biradar, S.K., Laha, G.S., Reddy, G.A., Shoba Rani, N., Sarma, N.P., Sonti, R.V (2008) Marker assisted introgression of bacterial blight resistance in Samba Mahsuri, an elite indica rice variety Euphytic, 160, 411-422 27.Toenniessen, G.H., O’Toole, J.C., DeVries J., (2003) Advances in plant biotechnology and its adoption in developing countries Curr Opin Plant Biol, 6, 191-198 28.Valérie Verdier, Casiana Vera Cruz, Jan E Leach (2011) Controlling rice bacterial blight in Africa: Needs and prospects J.Biotechnol 2011, doi:10.1016/j.jbiotec 2011.09.020 73 29.Yan-chang, WANG Shou-hai, LI Cheng-quan, WU Shuang, WANG Dezheng, DU Shi-yun (2004) Improvement of Resistance to Bacterial Blight by Marker-AssistedSelection in a Wide Compatibility Restorer Line of Hybrid Rice Rice Research Institute, Anhui Academy of Agricultural Sciences, Hefei 230031, China, 11 (5-6): 231-237  Các trang Web 30.http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/ 31.http://rice.plantbiology.msu.edu/cgibin/sequence_display.cgi?orf=LOC_Os05g01710.1 74 ... VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT CẤN THỊ KHÁNH HUYỀN XÁC ĐỊNH CANDIDATE GENE KHÁNG BỆNH BẠC LÁ TRONG CÁC GIỐNG LÚA BẢN ĐỊA CỦA VIỆT NAM ĐÃ ĐƢỢC GIẢI MÃ PHỤC VỤ CÔNG TÁC... (candidate gen) kháng bạc phục vụ công tác chọn tạo giống lúa kháng bệnh bạc 2.2 Mục tiêu cụ thể - Xác định 1-2 gen ứng viên (trình tự, vị trí, đồ vật lí) tính trạng kháng bệnh bạc có tập đoàn giống lúa. .. cứu bệnh bạc lúa 1.1.1 Bệnh Bạc lúa (Xanthomonas oryzae pv.oryzae) 1.1.2 Tình hình nghiên cứu chọn tạo giống lúa kháng bạc giới 1.1.3 Tình hình nghiên cứu chọn tạo giống lúa kháng bạc Việt