Khảo sát mức độ methyl hóa tại đảo cpg thuộc vùng promoter các GEN ABC và p16IN4α trên nhóm bệnh nhân có nguy cơ ung thư cổ tử cung

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Đề tài: KHẢO SÁT MỨC ĐỘ METHYL HÓA TẠI ĐẢO CpG THUỘC VÙNG PROMOTER CÁC GEN APC VÀ p16INK4a TRÊN NHÓM BỆNH NHÂN CÓ NGUY CƠ UNG THƯ CỔ TỬ CUNG KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SHPT GVHD: PGS.TS LÊ HUYỀN ÁI THÚY ThS TRƯƠNG KIM PHƯỢNG SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào MSSV: 1153010160 Khóa: 2011 – 2015 Tp Hồ Chí Minh, tháng năm 2015 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Đề tài: KHẢO SÁT MỨC ĐỘ METHYL HÓA TẠI ĐẢO CpG THUỘC VÙNG PROMOTER CÁC GEN APC VÀ p16INK4a TRÊN NHÓM BỆNH NHÂN CÓ NGUY CƠ UNG THƯ CỔ TỬ CUNG KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SHPT GVHD: PGS.TS LÊ HUYỀN ÁI THÚY ThS TRƯƠNG KIM PHƯỢNG GVHD ký xác nhận SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào MSSV: 1153010160 Khóa: 2011 – 2015 Tp Hồ Chí Minh, tháng năm 2015 Khóa Luận Tốt Nghiệp LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành đề tài này, em xin gửi lời cảm ơn đến quý thầy, cô khoa Công Nghệ Sinh Học, trường Đại Học Mở thành phố Hồ Chí Minh giảng dạy truyền đạt kiến thức để giúp em làm sở cho chuyên đề khóa luận tốt nghiệp Em xin gửi lòng biết ơn chân thành sâu sắc đến Cô Lê Huyền Ái Thúy Cô Trương Kim Phượng tận tình hướng dẫn, truyền đạt kiến thức kinh nghiệm quý báu, tạo điều kiện thuận lợi để em hoàn thành tốt đề tài Bên cạnh đó, xin cảm ơn bạn tôi, bạn sinh viên phòng thí nghiệm sinh học phân tử quan tâm giúp đỡ suốt trình thực đề tài Cuối xin cảm ơn Ba, Mẹ, cảm ơn gia đình bên con, tạo điều kiện tốt để hoàn thành việc học Em xin gửi lời chúc sức khỏe đến tất người thầy, người cô đáng kính khoa Công nghệ sinh học, Trường Đại Học Mở Tp Hồ Chí Minh, xin chúc thầy cô ngày gặt hái nhiều thành công công việc Tôi xin chúc bạn hoàn thành tốt chuyên đề khóa luận tốt nghiệp thành công sống Xin chân thành cảm ơn Sinh viên thực Nguyễn Thị Anh Đào Tháng 5/2015 SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang i Khóa Luận Tốt Nghiệp MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG vii DANH MỤC HÌNH viii PHẦN I TỔNG QUAN I.1 Tổng quan ung thƣ I.1.1 Khái niệm ung thƣ I.1.2 Các yếu tố nguy I.1.3 Phân loại ung thƣ I.1.4 Ung thƣ cổ tử cung I.1.5 Tình hình ung thƣ cổ tử cung giới I.1.6 Tình hình ung thƣ cổ tử cung Việt Nam I.1.7 Yếu tố nguy dẫn đến ung thƣ cổ tử cung I.2 Epigenetics 10 I.2.1 Methyl hóa DNA 10 I.3 Tổng quan gen APC 12 I.3.1 Vị trí, cấu trúc chức gen APC 12 I.3.2 Các công trình nghiên cứu khoa học tính chất methyl hóa gen APC 14 I.4 Tổng quan gen p16INK4a 15 I.4.1 Vị trí, cấu trúc chức gen p16INK4a 15 I.4.2 Tình hình nghiên cứu gen p16INK4a 16 I.5 Các phƣơng pháp phân tích methyl hóa DNA 17 I.5.1 Phƣơng pháp MSP 17 SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang ii Khóa Luận Tốt Nghiệp I.5.2 Phƣơng pháp Nested MSP 19 PHẦN II VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 II.1 Vật liệu 20 II.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 20 II.2.1 Khai thác liệu 20 II.2.2 Khảo sát in silico 20 II.2.3 Khảo sát thực nghiệm 21 PHẦN III KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 28 III.1 KHAI THÁC DỮ LIỆU VÀ KHẢO SÁT IN SILICO GEN APC 28 III.1.1 Kết khai thác liệu 28 III.1.2 Kết khảo sát in silico gen APC 34 III.1.2.1 Thu thập trình tự gen 34 III.1.2.2 Thu thập mồi cho phản ứng MSP 35 III.1.3 Đánh giá thông số vật lý mồi 36 III.2 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU GEN p16INK4a 42 III.2.1 Kết khai thác liệu 42 III.2.2 Kết khảo sát in silico gen p16INK4a 47 III.2.2.1 Thu thập trình tự gen 47 III.2.2.2 Thu thập mồi cho phản ứng MSP 48 III.2.2.3 Đánh giá thông số vật lý mồi 49 III.3 NỘI DUNG NGHIÊN CỨU THỰC NGHIỆM 54 III.3.1 Thực phản ứng MSP gen APC p16INK4a 54 III.3.2 Giải trình tự mẫu đại diện: 60 SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang iii Khóa Luận Tốt Nghiệp PHẦN IV KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 62 IV.1 KẾT LUẬN 62 IV.2 ĐỀ NGHỊ 63 TÀI LIỆU THAM KHẢO 64 PHỤ LỤC 79 SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang iv Khóa Luận Tốt Nghiệp DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT AC Adenoma carcinoma APC Adenomatous polyposis Coli CDK Cyclin Dependent Kinase CIN Cervical intraepithelial neoplasia CIS carcinoma in situ CK1γ casein kinase 1-γ DNA Deoxyribonucleic acid DNMT DNA methyltransferases FAP Familial adenomatous polyposis GSK3b Glycogen synthase Kinase 3b HPV Human Papilloma virus HSIL High-grade Squamous Intraepithelial Lesions LSIL Low-grade Squamous Intraepithelial Lesions MF Methylated forward primer MR Methylated revesre primer MSP Methylation-Specific PCR NCBI National Center for Biotechnology Information p16INK4a Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor 4a p53 tumor suppressor protein PCR Polymerase Chain Reaction Rb retinoblastoma SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang v Khóa Luận Tốt Nghiệp SAM S-denosylmethionine SCC Squamous cell carcinoma SIL squamous intraepithelial lesion Tm Temperature melt UF Unmethylated forward primer UR Unmethylated revesre primer UTCTC Ung thƣ cổ tử cung WHO World Health Organization SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang vi Khóa Luận Tốt Nghiệp DANH MỤC BẢNG Bảng II Thành phần phản ứng PCR 25 Bảng III 1.Tần số methyl hóa gen APC loại ung thƣ 28 Bảng III Tần suất methyl hóa gen APC giai đoạn khác UTCTC phƣơng pháp xác định 33 Bảng III Bộ mồi cho phản ứng MSP gen APC 36 Bảng III Kết khảo sát mồi MSP gen APC 37 Bảng III Tần xuất methyl hóa gen p16INK4a loại ung thƣ 43 Bảng III 6.Tần suất methyl hóa gen p16INK4a giai đoạn khác UTCTC phƣơng pháp xác định 46 Bảng III Bộ mồi cho phản ứng MSP gen p16INK4a 48 Bảng III Kết khảo sát mồi MSP gen p16INK4a 50 Bảng III Kết khảo sát methyl hóa đảo CpG vùng promoter gen APC 56 Bảng III 10 Kết khảo sát methyl hóa đảo CpG vùng promoter gen p16INK4a 58 Bảng III 11 Tính chất methyl hóa gen p16INK4a mẫu bệnh phẩm nhiễm/không nhiễm HPV 59 SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang vii Khóa Luận Tốt Nghiệp DANH MỤC HÌNH Hình I Diễn tiến trình sinh ung Hình I Các giai đoạn phát triển UTCTC Hình I Tỷ lệ mắc bệnh ung thƣ cổ tử cung nữ giới giới Hình I Tỷ lệ mắc bệnh ung thƣ cổ tử cung nữ giới Việt Nam Hình I Cơ chế hoạt động oncoprotein E6 E7 Hình I Các chế epigenetic 10 Hình I Các đƣờng methyl hóa DNA 11 Hình I Vị trí gen APC (GeneCard) 12 Hình I Sự methyl hóa tế ình thƣờng tế ung thƣ 12 Hình I 10 Con đƣờng tín hiệu Wnt 13 Hình I 11 Vị trí gen p16INK4a(GeneCard) 15 Hình I 12 Vai trò protein p16INK4a chu kỳ tế bào 16 Hình I 13 Cơ chế chuyển đổi nucleotide từ cytosine thành uracil nhờ vào xử lý với sodium bisulfite 18 Hình I 14 Minh họa phƣơng pháp MSP 18 Hình I 15 Minh họa phƣơng pháp Nested MSP 19 Hình II Chu kỳ nhiệt biến đổi bisufite 24 Hình II Chu kỳ nhiệt cho phản ứng PCR 26 Hình III Đồ thị mô tả tỉ lệ methyl hóa có trọng số vùng promoter gen APC loại ung thƣ 30 Hình III Đồ thị mô tả loại mẫu đƣợc sử dụng để khảo sát mức độ methyl hóa trên vùng promoter gen APC 31 Hình III Đồ thị mô tả phƣơng pháp sinh học phân tử đƣợc sử dụng để khảo sát mức độ methyl hóa vùng promoter gen APC 32 Hình III Định vị gen APC NST số (NCBI) 35 Hình III Định vị đảo CpG vùng promoter gen APC (Methprimer) 35 SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang viii Khoá Luận Tốt Nghiệp Carcinoma of Cervix Uteri: Its Relationship to Clinical Outcome, Molecular Cancer 2, pp 24 69 Nilsson T K., Löf-Öhlin Z M., Sun X-F (2013), DNA methylation of the p14ARF, RASSF1A and APC1A genes as an independent prognostic factor in colorectal cancer patients, International Journal Of Oncology 42, pp 127-133 70 Nishisho I., Nakamura Y., Miyoshi Y., Miki Y., Ando, H., Horii A., Koyama K., Utsunomiya J., Baba S., and Hedge P (1991), Mutations of chromosome 5q21 genes in FAP and colorectal cancer patients, Science 253, pp 665– 669 71 Nomoto S., Kinoshita T., Kato K., Otani S., Kasuya H., Takeda S., Kanazumi N., Sugimoto H., Nakao A (2007), Hypermethylation of multiple genes as clonal markers in multicentric hepatocellular carcinoma, British Journal of Cancer 97, pp 1260 – 1265 72 Nosho K., Shima K., Irahara N., Kure S., Baba Y., Kirkner G J., Chen L., Gokhale S., Hazra A., Spiegelman D., Giovannucci E L., Jaenisch R., Fuchs C S., Ogino, S (2009) DNMT3B expression might contribute to CpG island methylator phenotype in colorectal cancer, Clinical Cancer Research, 15(11), pp 3663-3671 73 Ortega S., Malumbres M., Barbacid M (2002), Cyclin D-dependent kinases, INK4 inhibitors and cancer, Biochim Biophys Acta, 1602(1), pp 73–87 74 Palmisano W.A., Divine K K., Saccomanno G., Gilliland F D., Baylin S B., Herman J G., Belinsky S A (2000), Predicting lung cancer by detecting aberrant promoter methylation in sputum, Cancer Research 60, pp 5954– 5958 75 Paredes M R., Esteller M (2011), Cancer epigenetics reaches mainstream oncology, Nature Medicine, 17(3), pp.330-339 SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 73 Khoá Luận Tốt Nghiệp 76 Richiardi L., Fiano V., Grasso C., Zugna D., Delsedime L., Gillio-Tos A., Merletti F (2013), Methylation of APC and GSTP1 in Non-Neoplastic Tissue Adjacent to Prostate Tumour and Mortality from Prostate Cancer, Public Library of Science, 8(7), pp 1-7 77 Richiardi L., Fiano V., Vizzini L., De-Marco L., Delsedime L., Akre O.,Tos A G., Merletti F (2009), Promoter Methylation in APC, RUNX3, and GSTP1 and Mortality in Prostate Cancer Patients, Journal Of Clinical Oncology, 27(19), pp 3161-3168 78 Robert M F., Morin S., Beaulieu N., Gauthier F., Chute I.C., Barsalou A., MacLeod A R (2002), DNMT1 is required to maintain CpG methylation and aberrant gene silencing in human cancer cells, Nature Genetics, 33(1), pp 61-65 79 Samaei N M., Yazdani Y., Alizadeh-Navaei R., Azadeh H., Farazmandfar T (2014), Promoter methylation analysis of WNT/β-catenin pathway regulators and its association with expression of DNMT1 enzyme in colorectal cancer, Journal of Biomedical Science 21, pp 73-81 80 Serrano N (1997), The Tumor Suppressor Protein p16INK4a, Experimental Cell Research 237, pp 7–13 81 Shima K., Nosho K., Baba Y., Cantor M., Meyerhardt J A., Giovannucci E L., Fuchs L S., Ogino S (2011), Prognostic Significance of CDKN2A (p16) Promoter Methylation and Loss of Expression in 902 Colorectal Cancers: Cohort Study and Literature Review, International Journal of Cancer, 128(5), pp 1080–1094 82 Silva J M., Dominguez G., Garcia J M., Gonzalez R., Villanueva M J., Navarro F., Provencio M., Martin S S., Espan˜a S., Bonilla F (1999), Presence of Tumor DNA in Plasma of Breast Cancer Patients: Clinicopathological Correlations, Cancer Research 59, pp 3251–3256 SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 74 Khoá Luận Tốt Nghiệp 83 Steeg P S (2003), metastasis suppressors alter the signal transduction of cancer cells, Nature Reviews 3, pp 55-63 84 Szalmás A., Kónya J (2009), Epigenetic alterations in cervical carcinogenesis, Semin Cancer Biol 19, pp 144-152 85 Szarewski A, Cuzick J (1998), Smoking and cervical neoplasia: a review of the evidence, Journal of Epidemiological Biostatistics 3, pp 229–256 86 Toyooka S., Suzuki M., Maruyama R., Toyooka K O., Tsukuda K., Fukuyama Y., Iizasa T (2004), The relationship between aberrant methylation and survival in non-small-cell lung cancers, British Journal of Cancer 91, pp 771 – 774 87 Virmani A K., Muller C., Rathi A., Zoechbauer-Mueller S., Mathis M., Gazdar A (2001), Aberrant methylation during cervical carcinogenesis, Cancer Research,7(3), pp 584-589 88 Virmani A K., Rathi A., Sathyanarayana U G., Padar A., Huang C X (2001), Aberrant methylation of the Adenomatous Polyposis Coli (APC) Gene Promoter 1A in Breast and Lung Carcinomas, Clinical Cancer Research 7, pp 1998-2004 89 Wang Y., Zhang D., Zheng W., Luo J., Bai Y., Lu Z (2008), Multiple Gene Methylation of Nonsmall Cell Lung Cancers Evaluated With 3- Dimensional Microarray, Wiley InterScience 90 Wettergren Y., Odin E., Nilsson S., Carlsson G., Gustavsson B (2008), p16INK4a Gene Promoter Hypermethylation in Mucosa as a Prognostic Factor for Patients with Colorectal Cancer, Mol Med, 14(7-8), pp 412-421 91 Wisman G., B., A., Nijhuis E R., Hoque M O., Reesink-Peters N., Koning A J., Volders H H., Buikema H J., Boezen H M., Hollema H., Schuuring E., Sidransky D., van der Zee A J G (2006), Assessment of gene promoter SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 75 Khoá Luận Tốt Nghiệp hypermethylation for detection of cervical neoplasia, International Journal of Cancer 119, pp 1908–1914 92 Wong Y F., Chung T K., Cheung T H., Nobori T., Yu A L., Yu J., Batova A., Lai K W., Chang A M (1999), Methylation of p16INK4A in primary gynecologic malignancy, Cancer Letters, 136(2), pp 231-235 93 Wong Y F., Chung T K., Cheung T.H., Nobori T., Yu A L., Yu J.,Yim E-K., Park J-S (2005), The Role of HPV E6 and E7 Oncoproteins in HPVassociated Cervical Carcinogenesis, Cancer Research and Treatment, 37(6), pp 319-324 94 Xu B., Nie Y., Liu X., Feng S., Yang Z., Wang Z., Zheng Q., Luo X (2014), Quantitative analysis of APC promoter methylation in hepatocellular carcinoma and its prognostic implications, Oncology Letters 7, pp 16831688 95 Xu X-X., Yu J., Zhang H-Y., Sun M-H., Gu J., Du X., Shi D-R., Wang P., Yang Z-H., Zhu J-D (2014), Methylation profile of the promoter CpG islands of 31 genes that may contribute to colorectal carcinogenesis, World Journal of Gastroenterology, 10(23), pp 3441-3454 96 Yang H J., Liu V W., Wang Y., Chan K Y., Tsang P C., Khoo U S., Cheung A N., Ngan H Y (2004), Detection of hypermethylated genes in tumor and plasma of cervical cancer patients, Gynecol Oncol,93(2), pp 435-440 97 Yang H J., Liu V W., Wang Y., Tsang P C., Ngan H Y (2006), Differential DNA methylation profiles in gynecological cancers and correlation with clinico-pathological data, BioMed Central Cancer 6, pp 212 98 Yang N., Nijhuis E R., Volders H H., Eijsink J J H., Lendvai A (2010), Gene promoter methylation patterns throughout the process of cervical carcinogenesis, Cellular Oncology 32, pp 131–143 SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 76 Khoá Luận Tốt Nghiệp 99 Yaqinuddin A., Qureshi S A., Pervez S., Bashir M U., Nazir R., Abbas F (2013), Frequent DNA Hypermethylation at the RASSF1A and APC Gene Loci in Prostate Cancer Patients of Pakistani Origin, ISRN Urology, pp 1-4 100 Yi J., Wang Z-W., Cang H., Chen Y-Y., Zhao R., Yu B-M.,Tang M (2001), p16 gene methylation in colorectal cancers associated with Duke’s staging, World Journal of Gastroenterology, 7(5), pp 722-725 101 Yuan J R., Li Y Hu S J., Li P (2005), methylation and aberrant expression of the p16 gene in cervical carcinoma,Yi Chuan, 27(1), pp 39-43 102 Zhao P., Hu Y-C., Talbot J C (2003), Expressing patterns of p16 and CDK4 correlated to prognosis in colorectal carcinoma, World Journal of Gastroenterology, 9(10), pp 2202-2206 Tài liệu từ internet 103 http://benhvienk.com/pcut/mot-so-benh-ut-thuong-gap/1227-ung-thu-co-tu-cung 104 http://cgap.nci.nih.gov/Pathways/BioCarta/m_APCPathway 105 http://globocan.iarc.fr/Pages/fact_sheets_cancer.aspx 106 http://hpvinfo.vn/tieng-viet/hpv-la-gi-/tinh-hinh-nhiem-hpv/hpv-ganh-nang-toancau-c6871i9117.htm 107 http://hpvinfo.vn/tieng-viet/trang-chu/cac-yeu-to-nguy-co-cua-benh-ung-thu-cotu-cung-c6560i9255.htm 108 http://tudu.com.vn/vn/y-hoc-thuong-thuc/suc-khoe-phu-nu/benh-phu-khoa/ungthu-co-tu-cung-va-nhiem-human-papillomavirus/ 109 http://ungbuouvietnam.com/thong-tin/tim-hieu-ve-ung-thu/ung-thu-co-tucung/?gclid=CLL77cnZxsECFQUJvAod6wEA_w 110 http://www.cancer.net/cancer-types/cervical-cancer/diagnosis 111 http://www.cancer.org/cancer/cervicalcancer/detailedguide/cervical-cancer-whatis-cervical-cancer SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 77 Khoá Luận Tốt Nghiệp 112 http://www.cancer.org/cancer/cervicalcancer/detailedguide/cervical-cancer-riskfactors 113 http://www.cancerindex.org/Vietnam 114 http://www.nhs.uk/conditions/cancer-of-the-cervix/pages/introduction.aspx 115 http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs297/en/ 116 http://prosure.com.vn/about-cancer/types-of-cancer SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 78 Khoá Luận Tốt Nghiệp PHỤ LỤC Phụ lục 1: Kết Blast trình tự promoter gen APC NCBI SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 79 Khoá Luận Tốt Nghiệp SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 80 Khoá Luận Tốt Nghiệp Phụ lục 2: Kết Blast trình tự promoter gen p16INK4a NCBI SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 81 Khoá Luận Tốt Nghiệp Phụ lục Bảng loại mẫu sử dụng để khảo sát mức độ methyl hóa vùng promoter gen APC loại ung thƣ Mẫu Huyết Tƣơng Mẫu Mô Bàng Quang Cổ Tử Cung Đại Trực Tràng Gan 0 11 (8.3%) 11 (11.1 (30.6% %) ) SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Phổi Thực Quản Tuyến Tiền Liệt Vú 0 1 (8.3 %) 2 33 (91 7%) (5.6 %) (5.6% ) (5.6 %) (22.2 %) (11.1% ) 36 Trang 82 Khoá Luận Tốt Nghiệp Phụ lục Bảng phƣơng pháp sử dụng để khảo sát mức độ methyl hóa vùng promoter gen APC loại mẫu Bàng Quang Cổ Tử Cung Đại Trực Tràng Gan Phổi Thực Quản Tuyến Tiền Liệt Vú Methylight 0 0 MSP 2 Pyroseque ncing 1 0 0 (5.6%) QMSP 1 0 (13.9 %) (8.3% ) (11.1 %) 11 (30.6 %) (5.6 %) (5.6 %) (5.6 %) (22.2 %) (11.1 %) 36 (16.7 %) 23 (63.9 %) Phụ lục Bảng phƣơng pháp sử dụng để khảo sát mức độ methyl hóa vùng promoter gen p16INK4a loại ung thƣ MSP Đại Trực Tràng Q_MSP Cổ Tử Cung Dạ Dày Phổi Thực Quản Vòm Họng Vú 2 27(81,8%) 10 (21.2%) (6.1%) (30.3%) (9.1%) (6.1%) (18.2%) (9.1%) SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào 6(18,2%) 33 Trang 83 Khoá Luận Tốt Nghiệp Phụ lục Bảng loại mẫu sử dụng để khảo sát mức độ methyl hóa vùng promoter gen p16INK4a loại ung thƣ Phổi Thực Quản Vòm Họng Vú Đại Trực Tràng 1 0 5(15,2%) 0 0 3(9,1%) (21,2%) 2(6,1 %) 10(30, 3%) 3(9,1% ) 2(6,1% ) 6(18,2 %) Mẫu huyết Mẫu máu Mẫu mô Cổ Tử Cung Dạ Dày 25(75,8% ) 3(9,1% 33 ) Phụ lục Bảng tần số methyl hóa trung bình có trọng số gen APC, p16INK4a giai đoạn khác UTCTC mẫu lành Gen Bình thƣờng LSIL HSIL SCC AC APC 0% 46,43% 52,62% 21,64% 50,57% p16INK4a 2,1% 12,74% 30,76% 32,6% 25,25% SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 84 Khoá Luận Tốt Nghiệp Phụ lục Kết khảo sát mồi B P gen p16INK4a Mồi Trình tự mồi Chiều SP dài (bp) % GC Tm (0C) (1) (2) (3) 1,76 -1,47 5’ GTT TTT TTA BSP_F GAG GAT TTG AGG GAT AGG 29 GT 3’ 56,8 394 5’ TAC CTA ATT BSP_R CCA ATT CCC 37,9 -8,72 37 27 55,8 0,01 -5,36 CTA CAA ACT 3’ Phụ lục Kết BLAST trình tự DNA mẫu bệnh phẩm CP10 ngân hàng gen SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 85 Khoá Luận Tốt Nghiệp SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 86 Khoá Luận Tốt Nghiệp SVTH: Nguyễn Thị Anh Đào Trang 87 ... điểm có công trình nghiên cứu mức độ methyl hóa vùng promoter gen APC, p16INK4 ung thƣ cổ tử cung Do vậy, thực chuyên đề khóa luận tốt nghiệp Khảo sát mức độ methyl hóa đảo CpG thuộc vùng promoter. .. DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Đề tài: KHẢO SÁT MỨC ĐỘ METHYL HÓA TẠI ĐẢO CpG THUỘC VÙNG PROMOTER CÁC GEN APC VÀ p16INK4a TRÊN NHÓM BỆNH NHÂN CÓ NGUY. .. vùng promoter gen APC, p16INK4a nhóm bệnh nhân có nguy ung thƣ cổ tử cung Mục tiêu: Xác định tính chất methyl hóa DNA vùng promoter gen APC, p16INK4 liên quan đến bệnh ung thƣ cổ tử cung Việt Nam,