Đột biến kháng thuốc trên bệnh nhi HIVAIDS đang điều trị ARV phác đồ bậc 1 tại thành phố hồ chí minh

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRẦN TÔN ĐỘT BIẾN KHÁNG THUỐC TRÊN BỆNH NHI HIV/AIDS ĐANG ĐIỀU TRỊ ARV PHÁC ĐỒ BẬC TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Thành phố Hồ Chí Minh - Năm 2017 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRẦN TÔN ĐỘT BIẾN KHÁNG THUỐC TRÊN BỆNH NHI HIV/AIDS ĐANG ĐIỀU TRỊ ARV PHÁC ĐỒ BẬC TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Chuyên ngành: Vi sinh y học Mã số: 62720115 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS TS Trương Thị Xuân Liên PGS TS Cao Minh Nga Thành phố Hồ Chí Minh - Năm 2017 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu riêng Các số liệu, kết nêu luận án trung thực chưa công bố công trình khác Tác giả luận án Trần Tôn ii MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cam đoan i Mục lục ii Danh mục chữ viết tắt iv Chữ viết tắt số thuốc kháng retro vi rút v Danh mục bảng vi Danh mục biểu đồ, hình, sơ đồ viii MỞ ĐẦU Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan HIV 1.2 Các thuốc kháng retro vi rút chế kháng thuốc 15 1.3 Điều trị bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS 27 1.4 Tình hình HIV kháng thuốc ARV HIV 32 Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 41 Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 61 3.1 Đặc điểm mẫu nghiên cứu 62 3.2 Đột biến kháng thuốc ARV lúc bắt đầu điều trị 68 3.3 Đáp ứng virút học sau năm điều trị 76 3.4 Đột biến kháng thuốc sau năm điều trị ARV phác đồ bậc 82 3.5 Khảo sát số yếu tố liên quan đến xuất đột biến kháng thuốc ARV 93 Chương 4: BÀN LUẬN 99 4.1 Đột biến kháng thuốc ARV bệnh nhi thời điểm bắt đầu điều trị ARV phác đồ bậc 99 4.2 Đáp ứng vi rút học sau năm điều trị ARV phác đồ bậc 106 4.3 Đột biến kháng thuốc ARV sau năm điều trị 110 4.4 Một số yếu tố liên quan đến xuất đột biến kháng thuốc ARV 117 4.5 Hạn chế nghiên cứu 122 iii KẾT LUẬN 123 KIẾN NGHỊ 124 DANH MỤC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ LIÊN QUAN LUẬN ÁN 125 TÀI LIỆU THAM KHẢO 126 PHỤ LỤC 138 Phụ lục 1: Phiếu thu thập thông tin bệnh nhi thời điểm bắt đầu 139 Phụ lục 2: Phiếu thu thập thông tin bệnh nhi thời điểm kết thúc 141 Phụ lục 3: Phiếu thu thập vận chuyển mẫu 145 Phụ lục 4: Phiếu cung cấp thông tin chấp nhận tham gia nghiên cứu 146 Phụ lục 5: Quy trình xét nghiệm định lượng HIV-1 RNA 149 Phụ lục 6: Quy trình xét nghiệm định týp gen kháng thuốc ARV 159 Phụ lục 7: Tiêu chuẩn bắt đầu điều trị ARV phác đồ điều trị ARV theo quy định Bộ Y tế 168 Phụ lục 8: Giai đoạn lâm sàng hệ thống phân loại US-CDC 171 Phụ lục 9: Phân giai đoạn lâm sàng theo WHO danh sách đột biến cần theo dõi theo khuyến cáo WHO 173 Phụ lục 10: Cây phân loài chủng vi rút từ mẫu bệnh nhi tham gia nghiên cứu 179 Phụ lục 11: Bảng điểm đột biến ghi nhận sau 12 tháng điều trị ARV phác đồ bậc 181 Phụ lục 12: Danh sách bệnh nhi tham gia nghiên cứu 186 iv DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT AIDS Acquired Immune Deficiency Syndrome (Hội chứng suy giảm miễn dịch mắc phải) ART Antiretroviral Therapy (Điều trị kháng retro vi rút) ARV Antiretrovirus (Kháng retro vi rút) DNA Deoxyribonucleic acid gp Glycoprotein HIV Human Immunodeficiency Virus (Vi rút gây suy giảm miễn dịch người) KTC 95% Khoảng tin cậy 95% LT Lympho T LTRs Long Terminal Repeat Sequences NIH National Institute of Health (Viện Sức khỏe Quốc gia – Hoa Kỳ) NNRTI Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor (Thuốc ức chế men chép ngược non- nucleoside) NRL National Reference Laboratory (Phòng Xét nghiệm chuẩn thức Quốc gia – Úc) NRTI Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor nucleoside ức chế men chép ngược) (Thuốc OPC - PKNT Out Patient Clinic (Phòng khám ngoại trú) PCR Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase) PI Protease Inhibitor (Thuốc ức chế protease) PLTMC Phòng lây truyền nhiễm HIV từ mẹ sang RNA Ribonucleic acid RT Reverse Transcriptase (Men chép ngược) RT-PCR Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chép ngược chuỗi polymerase) TAM Thymidine Analogue Mutation (đột biến đồng phân Thymidine) WHO World Health Organization (Tổ chức Y tế Thế Giới) v CHỮ VIẾT TẮT MỘT SỐ THUỐC KHÁNG RETRO VI RÚT Tên thuốc viết tắt Nhóm NRTIs NNRTIs Tên thuốc đầy đủ 3TC Lamivudine ABC Abacavir AZT (ZDV) Zidovudine d4T Stavudine ddI Didanosine FTC Emtricitabine TDF Tenofovir EFV Efavirenz NVP Nevirapine DLV Delavirdin ETR Etravirine RPV Rilpivirine ATV Atazanavir IDV Indinavir NFV Nelfinavir LPV Lopinavir PIs RTV ( dạng booster “r”, Ritonavir ví dụ: LPV/r) SQV Saquinavir vi DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 Các thuốc ARV chế tác dụng 16 Bảng 1.2 Tóm tắt phác đồ bậc theo hướng dẫn Bộ Y tế 29 Bảng 1.3 Tỷ lệ có đột biến kháng thuốc bắt đầu điều trị ARV báo cáo WHO, 2007-2010 33 Bảng 1.4 Tỷ lệ đáp ứng vi rút học kháng thuốc sau 12 tháng điều trị ARV phác đồ bậc 36 Bảng 3.1 Đặc điểm chung nhóm bệnh nhi tham gia nghiên cứu 62 Bảng 3.2 Nguyên nhân lây nhiễm HIV 63 Bảng 3.3 Phác đồ ARV dùng cho trẻ chương trình phòng lây truyền HIV từ mẹ sang 64 Bảng 3.4 Nhiễm trùng hội thời điểm bắt đầu điều trị ARV 65 Bảng 3.5 Số lượng lympho T CD4 thời điểm bắt đầu điều trị ARV 66 Bảng 3.6 Phác đồ ARV lúc bắt đầu điều trị 67 Bảng 3.7 Tỷ lệ bệnh nhi có HIV mang đột biến kháng thuốc ARV thời điểm bắt đầu điều trị 69 Bảng 3.8 Các đột biến kháng thuốc ghi nhận bệnh nhi thời điểm bắt đầu điều trị ARV phác đồ bậc 69 Bảng 3.9.a – e Điểm đột biến mức độ kháng thuốc bệnh nhi 70 Bảng 3.10 Tỷ lệ bệnh nhi có HIV mang đột biến có khả kháng thấp thời điểm bắt đầu điều trị 75 Bảng 3.11 Tình trạng bệnh nhi sau năm điều trị ARV tính 136 bệnh nhi thu dung vào nghiên cứu 76 Bảng 3.12 Phác đồ ARV lúc 12 tháng sau điều trị 78 vii Bảng 3.13 Tình trạng tuân thủ điều trị 79 Bảng 3.14 Đặc điểm trường hợp có đột biến lúc bắt đầu điều trị đáp ứng vi rút học sau 12 tháng điều trị ARV 81 Bảng 3.15 Tỷ lệ có đột biến kháng thuốc sau 12 tháng điều trị ARV 83 Bảng 3.16 Đặc điểm lâm sàng, miễn dịch trường hợp có đột biến kháng thuốc sau 12 tháng điều trị ARV 84 Bảng 3.17 Các đột biến kháng thuốc ghi nhận bệnh nhi có thất bại vi rút học sau 12 tháng điều trị ARV phác đồ bậc 85 Bảng 3.18 Tỷ lệ bệnh nhi có HIV mang đột biến có khả gây kháng thấp sau 12 tháng điều trị ARV phác đồ bậc 93 Bảng 3.19 Kết phân tích hồi quy đơn biến số yếu tố liên quan đến xuất đột biến kháng thuốc thời điểm bắt đầu điều trị 93 Bảng 3.20 Kết phân tích hồi quy đơn biến số yếu tố liên quan đến xuất đột biến kháng thuốc sau năm điều trị ARV phác đồ bậc 95 Bảng 3.21 Kết phân tích hồi quy đa biến số yếu tố liên quan đến xuất đột biến kháng thuốc sau năm điều trị ARV phác đồ bậc 97 viii DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ, HÌNH, SƠ ĐỒ Biểu đồ: Trang Biểu đồ 1.1 Phân bố đột biến kháng thuốc ARV quần thể nhiễm HIV trước bắt đầu điều trị ARV, 2007–2010 35 Biểu đồ 3.1 Tình hình tham gia chương trình phòng lây truyền HIV từ mẹ sang mẹ trẻ 63 Biểu đồ 3.2 Giai đoạn lâm sàng (theo WHO) bệnh nhi thời điểm bắt đầu điều trị 65 Biểu đồ 3.3 Tải lượng HIV-1 bệnh nhi thời điểm bắt đầu điều trị ARV 67 Biểu đồ 3.4 So sánh giai đoạn lâm sàng lúc bắt đầu điều trị sau 12 tháng điều trị ARV phác đồ bậc 77 Biểu đồ 3.5 So sánh số lượng tế bào LT CD4 lúc bắt đầu điều trị sau 12 tháng điều trị ARV phác đồ bậc 78 Biểu đồ 3.6 So sánh tải lượng HIV-1 lúc bắt đầu điều trị sau 12 tháng điều trị ARV phác đồ bậc 80 Biểu đồ 3.7 Các đột biến kháng thuốc sau 12 tháng điều trị 85 Hình: Hình 1.1 Phân bố thứ týp (subtype) HIV-1 giới Hình 1.2 Cấu trúc HIV Hình 1.3 Bộ gen HIV cấu trúc virion Hình 1.4 Tế bào Lympho nhiễm HIV cho thấy có nhiều vi rút bề mặt tế bào, vi rút hình thành nẩy chồi từ màng tế bào 10 Hình 1.5 Sự nhận diện tế bào ký chủ HIV 10 Hình 1.6 Chu kỳ nhân lên HIV 12 183 Điểm đột biến mức độ kháng thuốc bệnh nhi DR-PED1-035 Thuốc RTIs 3TC ABC AZT D4T DDI FTC TDF M184V 60 15 -10 -10 10 60 -10 Điểm tổng cộng 60 15 -10 -10 10 60 -10 Mức độ kháng Kháng cao Kháng thấp Nhạy Có khả kháng thấp Kháng cao Nhạy Nhạy Thuốc RTIs EFV ETR NVP RPV K103N 60 60 H221Y 10 10 10 10 Điểm tổng cộng 70 10 70 10 Mức độ kháng Kháng cao Có khả kháng thấp Kháng cao Có khả kháng thấp Điểm đột biến mức độ kháng thuốc bệnh nhi DR-PED1-061 Thuốc RTIs 3TC ABC AZT D4T DDI FTC TDF M184V 60 15 -10 -10 10 60 -10 Điểm tổng cộng 60 15 -10 -10 10 60 -10 Nhạy Có khả kháng thấp Kháng cao Nhạy Mức độ kháng Kháng cao Kháng thấp Nhạy 184 Thuốc RTIs EFV ETR NVP RPV K103N 60 60 Điểm tổng cộng 60 60 Mức độ kháng Kháng cao Nhạy Kháng cao Nhạy Điểm đột biến mức độ kháng thuốc bệnh nhi DR-PED2-003 Thuốc RTIs 3TC ABC AZT D4T DDI FTC TDF D67N 15 15 5 K70R 0 30 15 0 M184V 60 15 -10 -10 10 60 -10 K219Q 10 10 5 Điểm tổng cộng 60 25 45 30 20 60 10 Kháng thấp Kháng trung bình Kháng trung bình Kháng cao Có khả kháng thấp Mức độ kháng Kháng cao Kháng thấp Thuốc RTIs EFV ETR NVP RPV G190A 40 10 60 10 Điểm tổng cộng 40 10 60 10 Mức độ kháng Kháng trung bình Có khả kháng thấp Kháng cao Có khả kháng thấp 185 Điểm đột biến mức độ kháng thuốc bệnh nhi DR-PED2-015 Thuốc RTIs 3TC ABC AZT D4T DDI FTC TDF V75S 0 10 10 0 M184V 60 15 -10 -10 10 60 -10 Điểm tổng cộng 60 15 -10 20 60 -10 Mức độ kháng Kháng cao Kháng thấp Nhạy Nhạy Kháng thấp Kháng cao Nhạy Thuốc RTIs Y181V EFV 30 ETR 60 NVP 60 RPV 60 Điểm tổng cộng 30 60 60 60 Mức độ kháng Kháng trung bình Kháng cao Kháng cao Kháng cao Điểm đột biến mức độ kháng thuốc bệnh nhi DR-PED2-021 Thuốc RTIs 3TC ABC AZT D4T DDI FTC TDF L74V 30 0 60 0 V75T 10 60 30 0 Y115F 45 0 0 15 M184V 60 15 -10 -10 10 60 -10 M184V+Y15F - - - - - - 10 M184V+L74V - 15 - - - - - Điểm tổng cộng 60 115 -10 50 100 60 15 Mức độ kháng Kháng cao Kháng cao Nhạy Kháng trung bình Kháng cao Kháng cao Kháng thấp Ghi chú: Điểm mức độ kháng thuốc phân tích theo ngân hàng liệu HIV kháng thuốc Đại học Stanford [66] ... HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRẦN TÔN ĐỘT BIẾN KHÁNG THUỐC TRÊN BỆNH NHI HIV/AIDS ĐANG ĐIỀU TRỊ ARV PHÁC ĐỒ BẬC TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Chuyên ngành: Vi sinh y học Mã số: 6272 011 5 LUẬN ÁN... đột biến kháng thuốc ARV 93 Chương 4: BÀN LUẬN 99 4 .1 Đột biến kháng thuốc ARV bệnh nhi thời điểm bắt đầu điều trị ARV phác đồ bậc 99 4.2 Đáp ứng vi rút học sau năm điều trị ARV phác đồ bậc 10 6... đến xuất đột biến kháng thuốc sau năm điều trị ARV phác đồ bậc 95 Bảng 3. 21 Kết phân tích hồi quy đa biến số yếu tố liên quan đến xuất đột biến kháng thuốc sau năm điều trị ARV phác đồ bậc 97 viii