NGHIÊN CỨU TÍNH ĐỐI KHÁNG CỦA ASPERGILLUS FLAVUS KHÔNG SINH ĐỘC TỐ ĐỂ PHÒNG CHỐNG AFLATOXIN TRÊN NGÔ VÀ LẠC

Header Page of 148 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LÊ THIÊN MINH NGHIÊN CỨU TÍNH ĐỐI KHÁNG CỦA ASPERGILLUS FLAVUS KHÔNG SINH ĐỘC TỐ ĐỂ PHÒNG CHỐNG AFLATOXIN TRÊN NGÔ VÀ LẠC Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 62420201 LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Hà Nội – 2014 Footer Page of 148 Header Page of 148 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LÊ THIÊN MINH NGHIÊN CỨU TÍNH ĐỐI KHÁNG CỦA ASPERGILLUS FLAVUS KHÔNG SINH ĐỘC TỐ ĐỂ PHÒNG CHỐNG AFLATOXIN TRÊN NGÔ VÀ LẠC Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 62420201 LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: GS TS NGUYỄN THÙY CHÂU PGS TS NGUYỄN THN XUÂN SÂM Hà Nội - 2014 Footer Page of 148 Header Page of 148 i LỜI CẢM ƠN Tôi xin chân thành cảm ơn Bộ Giáo dục Đào tạo, Trường Đại học Bách khoa Hà Nội, Viện Cơ điện Nông nghiệp Công nghệ sau thu hoạch giúp đỡ tạo điều kiện cho trình học tập hoàn thành luận án Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến GS.TS Nguyễn Thuỳ Châu - Nguyên trưởng Bộ môn Nghiên cứu Công nghệ Sinh học sau thu hoạch, Viện Cơ điện Nông nghiệp Công nghệ sau thu hoạch PGS.TS Nguyễn Thị Xuân Sâm – Trưởng môn Vi sinh - Hóa sinh - Sinh học phân tử, Viện Công nghệ Sinh học & CNTP, trường Đại học Bách Khoa Hà Nội người thầy tận tình hướng dẫn, tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ chia sẻ khó khăn suốt thời gian thực luận án Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn đến PGS.TS Đinh Duy Kháng - Trưởng phòng Vi sinh vật học phân tử, tạo điều kiện thuận lợi ủng hộ trình thực luận án Tôi xin chân thành cảm ơn cán phụ trách đào tạo, Viện đào tạo sau đại học - Trường Đại học Bách khoa Hà Nội tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ hoàn thành thủ tục cần thiết trình làm nghiên cứu sinh Trong thời gian qua, nhận giúp đỡ nhiệt tình anh chị bạn đồng nghiệp Bộ môn Nghiên cứu Công nghệ Sinh học sau thu hoạch - Viện Cơ điện Nông nghiệp Công nghệ sau thu hoạch, Phòng Vi sinh vật phân tử - Viện Công nghệ sinh học Bộ môn Vi sinh, Hóa sinh, Sinh học phân tử - Trường Đại học Bách khoa Hà Nội Nhân dịp xin chân thành cảm ơn giúp đỡ quý báu Tôi biết ơn người thân gia đình quan tâm tạo điều kiện tốt cho học tập nghiên cứu Tôi vô cảm ơn động viên, khích lệ bạn bè Viện dành cho Hà Nội, ngày 23 tháng năm 2014 Lê Thiên Minh Footer Page of 148 Header Page of 148 ii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu riêng Các số liệu kết nêu luận án trung thực chưa công bố công trình khác Hà nội, ngày 23 tháng năm 2014 Tác giả Lê Thiên Minh Footer Page of 148 Header Page of 148 iii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT ADN ARN EDTA SDS-PAGE TCA v/p v/v vvm w/v X WHO Tm FDA TE PCR SDS TLC EtBr dNTP A flavus A parasiticus NOR AVN HAVN OAVN AVNN AVF VHA VAL VERB VERA DMST DHDMST ST DHST OMST DHOMST AFB1 AFB2 AFG1 AFG2 Footer Page of 148 Axit deoxyribonucleic Axit ribonucleic Axit etylen diamin tetra axetic Điện di gel polyacrylamit có chứa sodium dodecyl sulfate Axit trichloroaxetic vòng / phút Thể tích/thể tích thể tích/thể tích/phút Trọng lượng /thể tích Axit amin Tổ chức Y tế giới Nhiệt độ tan chảy Cục quản lý Thực phNm Dược phNm Hoa kỳ Tris EDTA Polymerase chain reaction Sodium dodecyl sulfate Thin layer chromatography (sắc ký lớp mỏng) Ethydium bromit Deoxiribonucleotit triphosphat Aspergillus flavus Aspergillus parasiticus Norsolorinic acid Averantin 5’ hydroxyaverantin Oxoaverantin Averufanin Averufin Versiconal hemiacetal acetate Versiconal Versicolorin B Versicolorin A Demethylsterigmatocystin Dihydro demethylsterigmatocystin Sterigmatocystin Dihydro sterigmatocystin O-methylsterigmatocystin Dihydro-O-methylsterigmatocystin Aflatoxin B1 Aflatoxin B2 Aflatoxin G1 Aflatoxin G2 Header Page of 148 iv Danh môc c¸c b¶ng STT Tên bảng Trang Bảng 1.1 Một số tính chất lý, hóa aflatoxin Bảng 1.2 Giới hạn aflatoxin cho phép nông sản thực ph m 12 Bảng 1.3 Giới hạn aflatoxin thức ăn tinh hỗn hợp cho Bê Bò 12 Bảng 1.4 Giới hạn aflatoxin thức ăn chăn nuôi 13 Bảng 1.5 Đặc điểm hình thái A flavus 14 Bảng 2.1 Bố trí thí nghiệm thử độc tính cấp mẫu A flavus DA2 40 Bảng 3.1 Kết phân lập chủng A flavus từ ngô, lạc số tỉnh Việt 44 Nam Bảng 3.2 Khả tạo aflatoxin chủng A flavus phân lập từ ngô 45 lạc Bảng 3.3a Đặc điểm hình thái chủng A flavus phân lập từ mẫu ngô lạc 47 10 Bảng 3.3b Đặc điểm hình thái chủng A flavus phân lập từ mẫu ngô lạc 48 11 Bảng 3.4a Đặc điểm cấu trúc vi học chủng A flavus phân lập từ 49 mẫu ngô lạc 12 Bảng 3.4b Đặc điểm cấu trúc vi học chủng A flavus phân lập từ 50 mẫu ngô lạc 13 Bảng 3.5 Khả sinh aflatoxin B1 chủng A flavus phân lập 52 14 Bảng 3.6 Hiệu giảm aflatoxin B1 chủng A flavus AF14 nuôi cấy 54 môi trường ngô chủng A flavus không sinh aflatoxin 15 Bảng 3.7 Mật độ tế bào A flavus DA2 A flavus AF14 nuôi hỗn hợp theo 55 tỉ lệ 1:1 16 Bảng 3.8 Trình tự cặp mồi 58 17 Bảng 3.9 Tổng hợp kết PCR với mồi sử dụng 60 18 Bảng 3.10 Ảnh hưởng A flavus DA2 đến trọng lượng thể chuột 63 19 Bảng 3.11 Mật độ bào tử chủng A flavus DA2 tạo môi 66 trường khác Footer Page of 148 Header Page of 148 20 v Bảng 3.12 Khả tạo bào tử chủng A flavus DA2 nhiệt độ nuôi cấy 67 khác 21 Bảng 3.13 Ảnh hưởng độ m môi trường đến khả tạo bào tử 68 chủng A flavus DA2 22 Bảng 3.14 Thời điểm thu bào tử chủng A flavus DA2 69 23 Bảng 3.15 Ảnh hưởng tỷ lệ tiếp giống tới mật độ bào tử A flavus DA2 70 24 Bảng 3.16 Ảnh hưởng độ dày khối ủ tới mật độ bào tử chủng A flavus 71 DA2 25 Bảng 3.17 Mật độ bào tử A flavus DA2 chất mang thời gian 72 bảo quản khác 26 Bảng 3.18 Khả cạnh chế ph m A.flavus DA2 tỷ lệ khác 76 sắc ký TLC 27 Bảng 3.19 Khả cạnh tranh chủng A.flavus DA2 bón vào đất 77 tỷ lệ khác 28 Bảng 3.20 Ảnh hưởng thuốc bảo vệ thực vật hóa học đến phát triển 80 sinh khối A.flavus DA2 29 Bảng 3.21 Mức độ nhiễm nấm mốc A.flavus đất trồng ngô, lạc số 82 tỉnh Việt Nam 30 Bảng 3.22 Khả cạnh tranh chủng A.flavus DA2 không sinh aflatoxin 84 đất trồng ngô sử dụng chế ph m AF 31 Bảng 3.23 Hiệu giảm nấm mốc aflatoxin chủng A.flavus DA2 86 ngô bắp giai đoạn trước thu hoạch 32 Bảng 3.24 Hiệu phòng chống nấm mốc aflatoxin chế ph m AF 89 ngô sau thời gian bảo quản tháng 33 Bảng 3.25 Khả cạnh tranh chủng A.flavus DA2 không sinh aflatoxin 91 đất trồng lạc bón chế ph m AF 34 Bảng 3.26 Hiệu giảm nấm mốc aflatoxin chủng A.flavus DA2 92 lạc củ giai đoạn trước thu hoạch 35 Bảng 3.27 Hiệu giảm nấm mốc aflatoxin chủng A.flavus DA2 lạc sau thời gian bảo quản tháng Footer Page of 148 93 Header Page of 148 vi Danh môc c¸c h×nh STT Tên hình Trang Hình 1.1 Công thức cấu tạo số dạng aflatoxin Hình 1.2 Aflatoxin tương tác đồng hóa trị với vật chất di truyền Hình 1.3 Khu n lạc A.flavus 15 Hình 1.4 Hệ sợi A.flavus quan sát kính hiển vi 15 Hình 1.5 Cơ chế sinh tổng hợp aflatoxin 17 Hình 1.6 Hàm lượng aflatoxin hạt giảm tỷ lệ AF36 tăng 29 Hình 3.1 Sắc ký đồ phân tích aflatoxin tạo chủng A flavus AF14 52 Hình 3.2 Sắc ký đồ thể khả sinh aflatoxin B1 chủng A flavus 53 DA2 Hình 3.3 Kiểm tra hàm lượng aflatoxin B1 hỗn hợp chủng A.flavus 54 nuôi cấy chất ngô sắc ký mỏng (TLC) 10 Hình 3.4 Chủng A flavus DA2 cạnh tranh lấn át chủng A flavus AF14 56 đĩa thạch 11 Hình 3.5 Chất lượng ADN tổng số gen agarose 1,5% 59 12 Hình 3.6 Sản ph m multiplex PCR chủng A.flavus DA2 A flavus 59 AF14 13 Hình 3.7 Khả sinh aflatoxin chủng A.flavus DA2 sau 5, 10 15 61 hệ 14 Hình 3.8 Sự tồn gen aflR, ver, omt nor chủng A.flavus 61 DA2 sau 5, 10 15 hệ 15 Hình 3.9 Đường cong sinh trưởng chủng A.flavus DA2 65 16 Hình 3.10 Khả cạnh tranh A.flavus DA2 tỷ lệ khác 75 17 Hình 3.11 Khả đối kháng chế ph m A.flavus DA2 thời điểm 78 cấy khác 18 Hình 3.12 Khả đối kháng chủng A.flavus DA2 có mặt thuốc bảo vệ thực vật Footer Page of 148 81 Header Page of 148 vii 19 Hình 3.13 Nấm mốc nhiễm đất trồng ngô 83 20 Hình 3.14 Khu n lạc chủng A.flavus phát quang phân lập từ đất trồng ngô 85 bón chế ph m AF xã Tam Hồng, Yên Lạc, Vĩnh Phúc (8/20076/2008) 21 Hình 3.15 Khả kiểm soát aflatoxin ngô trước thu hoạch chế 87 ph m AF 22 Hình 3.16 Bắp ngô ruộng sử dụng hai lần chế ph m AF 88 23 Hình 3.17 Bắp ngô ruộng không sử dụng chế ph m AF 88 24 Hình 3.18 Ngô sử dụng không sử dụng chế ph m AF sau thời gian bảo 90 quản tháng 25 Hình 3.19 Chủng A flavus phát quang không phát quang phân lập 92 đất trồng lạc 26 Hình 3.20 Lạc sử dụng không sử dụng chế ph m AF sau thời gian bảo quản tháng Footer Page of 148 94 Header Page 10 of 148 CL C Trang L I M N………………………………………………………………………………….……i L I CAM OAN.……………………………………………………………………….…………ii DANH M C CÁC KÝ HI U VÀ CH VI T T T ……………………………… ………… iii DANH M C CÁC B NG.……………………………………………………………………… iv DANH M C CÁC HÌNH NH, TH …………………………………………………… … vi M U……………………………………………………………………………………….… CH NG I T NG QUAN TÀI LI U 1.1 T NG QUAN V AFLATOXIN 1.1.1 C u t o 1.1.2 Tính ch t hóa lý 1.1.3 c tính c a aflatoxin 1.1.4 Th c tr ng nhi m aflatoxin ngô, l c 1.1.5 Gi i h n aflatoxin cho phép nông s n th c ph m 11 1.2 ASPERGILLUS FLAVUS 13 1.2.1 c m hình thái 13 1.2.2 Các y u t 1.2.3 nh h ng n s sinh tr ng c a A flavus 15 u ki n sinh aflatoxin 16 1.3 PHÒNG CH NG S NHI M AFLATOXIN 19 1.3.1 Bi n pháp canh tác nông nghi p 19 1.3.2 Bi n pháp sau thu ho ch 20 1.3.3 Bi n pháp sinh h c 21 1.4 PHÒNG CH NG AFLATOXIN B NG CH NG A.FLAVUS KHÔNG SINH AFLATOXIN 22 1.4.1 C ch ki m soát n m m c aflatoxin b ng ch ng A.flavus không sinh aflatoxin 22 1.4.2 Tuy n ch n ch ng A flavus không sinh aflatoxin làm tác nhân i kháng 24 1.5 NGHIÊN C U NG D NG CH PH M N M A FLAVUS KHÔNG SINH CT TRONG PHÒNG CH NG AFLATOXIN 26 Footer Page 10 of 148 Header Page 119 of 148 PH L C Ph l c Ph l c 2: Footer Page 119 of 148 ng chu n aflatoxin B1 u trúc b ng có cu ng th bình th bình c a ch ng A flavus DA2 110 Header Page 120 of 148 Ph l c 3: Khu n l c ch ng A flavus AF14 Ph l c 4: Ch ng A flavus AF14 phát quang môi tr Footer Page 120 of 148 111 ng th ch Header Page 121 of 148 Ph l c 5: óng túi cho kh trùng môi tr ng cám tr u chu n b nhân nuôi A.flavus DA2 Ph l c 6: Nuôi c y b m t A.flavus DA2 Footer Page 121 of 148 112 Header Page 122 of 148 Ph l c th ng lên men b m t s n xu t ch ph m AF Ph l c Sinh kh i n m A flavus DA2 trình nuôi b m t Footer Page 122 of 148 113 Header Page 123 of 148 Ph l c Ch ph m AF s n xu t t ch ng A flavus DA2 Ph l c 10 Cán b Vi n C Phúc h Footer Page 123 of 148 n nông nghi p cán b phòng nông nghi p huy n Yên L c, V nh ng d n s d ng ch ph m ki m tra mô hình s d ng ch ph m AF cho l c 114 Header Page 124 of 148 Ph l c 11 Ru ng l c s d ng ch ph m AF Ph l c 12 Ru ng l c không s d ng ch ph m AF Footer Page 124 of 148 115 Header Page 125 of 148 Ph l c 13 c l c s d ng ch ph m (A) không s d ng ch ph m (B) AF Ph l c 14 Mô hình b o qu n l c s d ng ch ph m AF Footer Page 125 of 148 116 Header Page 126 of 148 Ph l c 14 Mô hình s d ng ch ph m AF cho ngô Ph l c 15 Mô hình b o qu n ngô s d ng ch ph m AF Footer Page 126 of 148 117 Header Page 127 of 148 Ph l c 15 Thi t k c p m i c hi u aflR, nor, omt ver b ng ph n m m PC/GENE ===18-MAR-2007====================PCRPLAN=====================PC/GENE=== ********************* * PRIMER EVALUATION * ********************* PCR product: 1034 bp Sequence selected is AFLRGENE Total number of bases is: 1692 Amplified region is the complete sequence Plus strand primer is user-defined Minus strand primer is user-defined Tm parameters Tm = delta H/(delta S + R * ln(C/4)) - 273.15 + 16.6 log[Na+] Optimal Tm: Acceptable Tm range: Salt concentration: Primer DNA concentration: 73 58-88 50 mM 250 pM Primer composition parameters Optimal primer length: Acceptable primer lengths: Maximum single base repetition: Number of bases for 3' GC clamp: Acceptable range for %GC: 20 15-25 40-60 % Primer binding parameters Maximum Maximum Maximum Maximum number of bases for primer self-complementarity: allowable stem size in stem-loop formation: percent of bases complementary to other template regions: number of bases complementary between + and - primers: - Plus strand primer evaluation ============================= Plus strand primer is (5' > 3') TATCTCCCCCCGGGCATCTCCCGG Origin of primer is FILE AFLR1 Tm: DeltaG: Length: %GC: 72 -62 24 71 Restriction enzyme site(s): AhyI AvaI BssKI CauII HpaII ScrFI SecI SfaNI SmaI PRIMER DOES NOT MEET ALL USER-DEFINED CRITERIA: Footer Page 127 of 148 118 4 70 % Header Page 128 of 148 - a single base repeat containing more than bases is present %GC is not within the acceptable range primer binds to itself primer forms a stem-loop PRIMER BINDS TO THE TARGET STRAND AT SITE(S) PRIMER BINDS TO THE COMPLEMENTARY STRAND AT SITE(S) Plus strand primer - template binding: [Note: Locations are given relative to the original template sequence.] PLUS-PRIMER AFLRGENE TATCTCCCCCCGGGCATCTCCCGG |||||||||||||||||||||||| ATAGAGGGGGGCCCGTAGAGGGCC LOCATION: 193 to 216 Minus strand primer evaluation ============================== Minus strand primer is (5' > 3') CCGTCAGACAGCCACTGGACACGG Origin of primer is FILE AFLR2 Tm: DeltaG: Length: %GC: 67 -53 24 67 Restriction enzyme site(s): AlwNI BsrI PRIMER DOES NOT MEET ALL USER-DEFINED CRITERIA: - %GC is not within the acceptable range PRIMER BINDS TO THE TARGET STRAND AT SITE(S) PRIMER BINDS TO THE COMPLEMENTARY STRAND AT SITE(S) Minus strand primer - template' binding: [Note: Locations are given relative to the original template sequence.] MINUS-PRIMER CCGTCAGACAGCCACTGGACACGG |||||||||||||||||||||||| AFLRGENE GGCAGTCTGTCGGTGACCTGTGCC LOCATION: 1203 to 1226 ===18-MAR-2007====================PCRPLAN=====================PC/GENE=== ********************* * PRIMER EVALUATION * ********************* PCR product: 399 bp Sequence selected is NOR_1 Total number of bases is: 1503 Amplified region is the complete sequence Plus strand primer is user-defined Minus strand primer is user-defined Footer Page 128 of 148 119 Header Page 129 of 148 Tm parameters Tm = delta H/(delta S + R * ln(C/4)) - 273.15 + 16.6 log[Na+] Optimal Tm: Acceptable Tm range: Salt concentration: Primer DNA concentration: 72 57-87 50 mM 250 pM Primer composition parameters Optimal primer length: Acceptable primer lengths: Maximum single base repetition: Number of bases for 3' GC clamp: Acceptable range for %GC: 20 15-25 40-60 % Primer binding parameters Maximum Maximum Maximum Maximum number of bases for primer self-complementarity: allowable stem size in stem-loop formation: percent of bases complementary to other template regions: number of bases complementary between + and - primers: 4 70 % Plus strand primer evaluation ============================= Plus strand primer is (5' > 3') ACCGCTACGCCGGCACTCTCGGCAC Origin of primer is FILE NOR1 Tm: DeltaG: Length: %GC: 73 -62 25 72 Restriction enzyme site(s): AciI Cfr10I Eco56I HpaII MwoI NaeI PRIMER DOES NOT MEET ALL USER-DEFINED CRITERIA: - GC clamp has less than bases - %GC is not within the acceptable range - primer binds to itself - primer binds to the other primer PRIMER BINDS TO THE TARGET STRAND AT SITE(S) PRIMER BINDS TO THE COMPLEMENTARY STRAND AT SITE(S) Plus strand primer - template binding: [Note: Locations are given relative to the original template sequence.] PLUS-PRIMER NOR_1 ACCGCTACGCCGGCACTCTCGGCAC ||||||||||||||||||||||||| TGGCGATGCGGCCGTGAGAGCCGTG LOCATION: 501 to Minus strand primer evaluation Footer Page 129 of 148 120 525 Header Page 130 of 148 ============================== Minus strand primer is (5' > 3') GTTGGCCGCCAGCTTCGACACTCCG Origin of primer is FILE NOR2 Tm: DeltaG: Length: %GC: 72 -60 25 68 Restriction enzyme site(s): AciI AluI CfrI Fnu4HI HaeIII TaqI PRIMER DOES NOT MEET ALL USER-DEFINED CRITERIA: - %GC is not within the acceptable range - primer binds to the other primer PRIMER BINDS TO THE TARGET STRAND AT SITE(S) PRIMER BINDS TO THE COMPLEMENTARY STRAND AT SITE(S) Minus strand primer - template' binding: [Note: Locations are given relative to the original template sequence.] MINUS-PRIMER GTTGGCCGCCAGCTTCGACACTCCG ||||||||||||||||||||||||| NOR_1 CAACCGGCGGTCGAAGCTGTGAGGC LOCATION: 875 to 899 ===18-MAR-2007====================PCRPLAN=====================PC/GENE=== ********************* * PRIMER EVALUATION * ********************* PCR product: 795 bp Sequence selected is OMT_1 Total number of bases is: 2969 Amplified region is the complete sequence Plus strand primer is user-defined Minus strand primer is user-defined Tm parameters Tm = delta H/(delta S + R * ln(C/4)) - 273.15 + 16.6 log[Na+] Optimal Tm: Acceptable Tm range: Salt concentration: Primer DNA concentration: 69 54-84 50 mM 250 pM Primer composition parameters Optimal primer length: Acceptable primer lengths: Maximum single base repetition: Number of bases for 3' GC clamp: Acceptable range for %GC: 20 15-25 40-60 % Primer binding parameters Footer Page 130 of 148 121 Header Page 131 of 148 Maximum Maximum Maximum Maximum number of bases for primer self-complementarity: allowable stem size in stem-loop formation: percent of bases complementary to other template regions: number of bases complementary between + and - primers: 4 70 % Plus strand primer evaluation ============================= Plus strand primer is (5' > 3') GTGGACGGACCTAGTCCGACATCAC Origin of primer is FILE OMT1 Tm: DeltaG: Length: %GC: 68 -52 28 60 Restriction enzyme site(s): AsuI AvaII MaeI Tth111I PRIMER DOES NOT MEET ALL USER-DEFINED CRITERIA: - GC clamp has less than bases - primer binds to itself - primer forms a stem-loop - primer binds to the other primer - primer pair Tm values are not within degrees C PRIMER BINDS TO THE TARGET STRAND AT SITE(S) PRIMER BINDS TO THE COMPLEMENTARY STRAND AT SITE(S) Plus strand primer - template binding: [Note: Locations are given relative to the original template sequence.] PLUS-PRIMER OMT_1 GTGGACGGACCTAGTCCGACATCACTCG |||||||||||||||||||||||||||| CACCTGCCTGGATCAGGCTGTAGTGAGC LOCATION: 964 to 991 Minus strand primer evaluation ============================== Minus strand primer is (5' > 3') GTCGGCGCCACGCACTGGGTTGGGG Origin of primer is FILE OMT2 Tm: DeltaG: Length: %GC: 73 -65 23 76 Restriction enzyme site(s): AcyI BbeI BsiYI BsrI Eco78I HaeII HgiCI HhaI Hin6I KasI NarI [others] PRIMER DOES NOT MEET ALL USER-DEFINED CRITERIA: - a single base repeat containing more than bases is present Footer Page 131 of 148 122 Header Page 132 of 148 - %GC is not within the acceptable range - primer binds to itself - primer binds to the other primer PRIMER BINDS TO THE TARGET STRAND AT SITE(S) PRIMER BINDS TO THE COMPLEMENTARY STRAND AT SITE(S) Minus strand primer - template' binding: [Note: Locations are given relative to the original template sequence.] MINUS-PRIMER GTCGGCGCCACGCACTGGGTTGG ||||||||||||||||||||||| OMT_1 CAGCCGCGGTGCGTGACCCAACC LOCATION: 1734 to 1758 ===18-MAR-2007====================PCRPLAN=====================PC/GENE=== ********************* * PRIMER EVALUATION * ********************* PCR product: 537 bp Sequence selected is VER_1 Total number of bases is: 5498 Amplified region is the complete sequence Plus strand primer is user-defined Minus strand primer is user-defined Tm parameters Tm = delta H/(delta S + R * ln(C/4)) - 273.15 + 16.6 log[Na+] Optimal Tm: Acceptable Tm range: Salt concentration: Primer DNA concentration: 71 56-86 50 mM 250 pM Primer composition parameters Optimal primer length: Acceptable primer lengths: Maximum single base repetition: Number of bases for 3' GC clamp: 20 15-25 Acceptable range for %GC: 40-60 % Primer binding parameters Maximum Maximum Maximum Maximum number of bases for primer self-complementarity: allowable stem size in stem-loop formation: percent of bases complementary to other template regions: number of bases complementary between + and - primers: - Plus strand primer evaluation ============================= Plus strand primer is (5' > 3') CCGTGAGGCCGCGGAGAAAGTGGT Origin of primer is FILE VER1B Footer Page 132 of 148 123 4 70 % Header Page 133 of 148 Tm: DeltaG: Length: %GC: 70 -59 24 67 Restriction enzyme site(s): AciI DsaI Fnu4HI FnuDII HaeIII NspBII SacII SecI PRIMER DOES NOT MEET ALL USER-DEFINED CRITERIA: - GC clamp has less than bases - %GC is not within the acceptable range - primer binds to itself - primer binds to the other primer PRIMER BINDS TO THE TARGET STRAND AT SITE(S) PRIMER BINDS TO THE COMPLEMENTARY STRAND AT SITE(S) Plus strand primer - template binding: [Note: Locations are given relative to the original template sequence.] PLUS-PRIMER VER_1 CCGTGAGGCCGCGGAGAAAGTGGT |||||||||||||||||||||||| GGCACTCCGGCGCCTCTTTCACCA LOCATION: 511 to 534 Minus strand primer evaluation ============================== Minus strand primer is (5' > 3') GGGGATATACTCCCGCGACACAGCC Origin of primer is FILE VER2 Tm: DeltaG: Length: %GC: 67 -57 25 64 Restriction enzyme site(s): AciI FnuDII PRIMER DOES NOT MEET ALL USER-DEFINED CRITERIA: - a single base repeat containing more than bases is present - %GC is not within the acceptable range - primer binds to the other primer PRIMER BINDS TO THE TARGET STRAND AT SITE(S) PRIMER BINDS TO THE COMPLEMENTARY STRAND AT SITE(S) Minus strand primer - template' binding: [Note: Locations are given relative to the original template sequence.] MINUS-PRIMER GGGGATATACTCCCGCGACACAGCC ||||||||||||||||||||||||| VER_1 CCCCTATATGAGGGCGCTGTGTCGG LOCATION: 1023 to 1047 ===18-MAR-2007====================PCRPLAN=====================PC/GENE=== Footer Page 133 of 148 124 ... DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LÊ THIÊN MINH NGHIÊN CỨU TÍNH ĐỐI KHÁNG CỦA ASPERGILLUS FLAVUS KHÔNG SINH ĐỘC TỐ ĐỂ PHÒNG CHỐNG AFLATOXIN TRÊN NGÔ VÀ LẠC Chuyên ngành: Công nghệ sinh. .. ch ng A flavus sinh aflatoxin Nghiên c u quy trình nuôi c y t o ch ph m bào t t ch ng Aspergillus flavus không sinh aflatoxin Nghiên c u ng d ng ch ph m Aspergillus flavus không sinh aflatoxin. .. ây: c ích nghiên c u Ki m soát s nhi m aflatoxin ngô, l c b ng ch ph m Aspergillus flavus không sinh aflatoxin i dung nghiên c u Phân l p, n ch n ch ng Aspergillus flavus không sinh aflatoxin