Báo cáo toàn văn Kỷ yếu hội nghị khoa học lần IX Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM II-P-1.40 SO SÁNH NĂNG LƯỢNG LIÊN KẾT TĨNH ĐIỆN TRONG PROTEASE CỦA HIV-1 KHI LIÊN KẾT VỚI THUỐC LOPINAVIR Lý Minh Nhật, Nguyễn Hà Hùng Chương Khoa Vật lý – Vật lý kỹ thuật, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM Email: lyminhnhat911@gmail.com TÓM TẮT Tương tác tĩnh điện đóng vai trò quan trọng liên kết protease HIV-1 phối tử Hiểu biết vấn đề có nhiều ứng dụng việc tìm thuốc điều trị HIV/AIDS Trong nghiên cứu này, sử dụng phương pháp Poisson - Boltzmann để tìm lượng liên kết tĩnh điện Kết cho thấy thuốc liên kết chặt với thể đột biến 2Z54, 2O4S, 2RKF 2RKG yếu với 2QHC 2Q5K Bên cạnh đó, 2RFG 2RKF có phân bố tĩnh điện âm bề mặt thể đột biến lại dương Kết hỗ trợ cho tính toán động học phân tử để đánh giá xác liên kết thuốc thể đột biến protease HIV-1 Từ khóa: protease HIV-1, lopinavir, tương tác tĩnh điện, lượng liên kết GIỚI THIỆU Vai trò protease HIV-1 Giống nhiều virus khác, HIV tạo polyprotein, gồm nhiều protein nối với Để cắt chúng thành protein có kích thước phù hợp, HIV phải sử dụng enzyme có tên protease HIV-1 Các protease phải thời gian chuẩn xác cắt Nếu cắt sớm polyprotein không dùng virus non, cắt trễ chúng bị vỡ, không kịp dùng để virus trưởng thành Vì có chức quan trọng nhạy cảm này, protease thường đối tượng nhắm đến bào chế thuốc Đây lý công trình nhắm vào protease Protease HIV-1 enzyme nhỏ gồm hai phần dài 99 amino acid giống nhau, gọi homodimer Hai phần tạo thành đường ống, phía đậy hai nắp (flat) linh hoạt Khi hoạt động, hai nắp mở enzyme ôm lấy chuỗi peptide cần cắt, đóng lại Có loại đột biến protease đột biến đôi V82F/I84V làm giảm hiệu thuốc tới 2000 lần [1] Khó khăn chúng tạo nhanh nhiều nên đột biến mà nhanh chóng xuất Hình Ba vùng quan trọng protease vùng mắt (nơi “nhìn” thấy phối tử [1]), vùng nắp (nơi cho phối tử vào) vùng mũi (nơi hai chuỗi tiếp xúc với nhau) [18] Nguồn: Wikipedia ISBN: 978-604-82-1375-6 288 Báo cáo toàn văn Kỷ yếu hội nghị khoa học lần IX Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM Liên kết tĩnh điện protease Ở mức độ nguyên tử, có loại tương tác: tương tác tĩnh điện Tuy nhiên, hóa học, tương tác biểu thành nhiều kiểu liên kết khác liên kết cộng hóa trị, liên kết ion, liên kết Van der Waals Chỉ tương tác không biểu thành liên kết gọi liên kết tĩnh điện Cùng với entropy, liên kết tĩnh điện có vai trò định liên kết protein, hiệu ứng kỵ nước tương tác Van der Waals điều khiển trình Entropy tĩnh điện nguyên nhân chúng đến với nhau, lực Van der Waals hiệu ứng kỵ nước cách mà chúng liên kết lại [2] Tuy nhiên, ổn định chúng lực tĩnh điệnđóng góp đáng kể [3] Các đột biến tĩnh điện nhằm giữ ổn định protein cuộn lại áp lực bên (chẳng hạn thuốc) Một số tác giả đặt giả thuyết đột biến tĩnh điện không giúp protein dễ ổn định hơn, mà tạo nhiều không gian để tiến hóa[3] Vì vậy, nghiên cứu liên kết tĩnh điện protease cần thiết để hiểu thêm chế đột biến Năng lượng liên kết protease Chức protease cấu trúc định Cấu trúc tạo thành liên kết thành phần protein Sau đột biến, để biết protease có giữđược chức cũ hay không cần phải xem lượng liên kết thành phần thay đổi Công trình tính lượng liên kết hai chuỗi protein phối tử protease đột biến, sau tiến hành so sánh chúng Tổng quan tài liệu Nhóm tác giả Omar Haq, Michael Andrec, Alexandre V Morozov, Ronald M Levy (2012) [3], mô hình hạt thô (coarse grained) phương pháp thống kê, quan sát thấy đột biến nhỏ (accessory mutation) gốc mang điện làm tăng độ ổn định protein, chìa khóa để giảm ổn định thuốc ức chế Thêm vào đó, mô hình thống kê cho thấy mạng lưới đột biến tĩnh điện liên quan (network of correlated electrostatic mutations) có cấu trúc nhỏ tiến hóa để giảm tối đa tương tác gây cản trở Tingjun Hou, William A McLaughlin Wei Wang (2007) [4] sử dụng động học phân tử, có kết ủng hộ kết mà tác giả đề trước đó: đột biến xuất gốc amion acid giả định không quan trọng cho chức protease làm giảm khả liên kết với thuốc với chất, kháng thuốc xảy Họ gợi ý phân tử thuốc có tác dụng tốt phân tử cần liên kết với gốc quan trọng Asp25, Gly27, Ala28, Asp29 Gly49 đột biến gốc quay lại gây hại tới chức enzyme protease Vì kháng thuốc xảy Những loại thuốc cải thiện tương tác chúng với Asp29 tăng cường Da W Zhang, John Z H Zhang (2005) [5] sử dụng phương pháp MFCC (sử dụng lượng tử) cho hệ protease – lopinavir cho thấy liên kết chủ đạo liên kết hydro mạnh nhóm hydroxyl trung tâm thuốc oxy gốc Asp25 chuỗi A Tiếp theo liên kết hydro lopinavir gốc Asp29 Ngoài ra, Asp30, Gly27, Gly48 Ile50 liên kết quan trọng liên kết với thuốc Về mặt vật lý, Digby (2009) [6] nói lượng liên kết với protein lớn dễ bị kháng Trước đó, tác giả Kemper Talley, Carmen Ng, Michael Shoppell, Petras Kundrotas Emil Alexov (2008) [7] rõ thêm độ lớn số học lượng liên kết nhạy cảm với thay đổi thông số trường lực, trình cực tiểu hóa, số điện môi nội bán kính đầu dò Tuy nhiên lúc ISBN: 978-604-82-1375-6 289 Báo cáo toàn văn Kỷ yếu hội nghị khoa học lần IX Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM 𝜀1 𝜀2 Hình Protease phối tử hai môi trường: 𝜺𝟏 : Môi trường chân không gần giống bên protease 𝜺𝟐 : Môi trường nước gần giống môi trường hoạt động thật PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Năng lượng liên kết Do toán mà công trình xét không trao đổi nhiệt với bên ngoài, không thay đổi áp suất không xuất thể tích nên khác lượng lượng tự Để ngắn gọn ta gọi lượng sử dụng ký hiệu lượng tự (𝐺) để thống với báo khác → 2: protease phối tử liên kết với chân không lực tĩnh điện Vậy nên lượng liên kết tĩnh điện chân không hiệu hai trạng thái này: 𝐺𝑏𝑖𝑛𝑑 (ε1 ) = 𝐺𝑒𝑙𝑒𝑐 = 𝐺2 − 𝐺1 = 𝐺𝑐𝑜𝑚𝑝𝑙𝑒𝑥 (ε1 ) − 𝐺𝑝𝑟𝑜𝑡𝑒𝑎𝑠𝑒 (ε1 ) − 𝐺𝑑𝑟𝑢𝑔 (ε1 ) → 4: tương tự trường hợp → môi trường nước Tuy nhiên lực liên kết không đơn tĩnh điện mà có đóng góp môi trường: 𝐺𝑏𝑖𝑛𝑑 (ε2 ) = 𝐺𝑒𝑙𝑒𝑐 + 𝐺𝑠𝑜𝑙𝑣 = 𝐺4 − 𝐺3 = 𝐺𝑐𝑜𝑚𝑝𝑙𝑒𝑥 (ε2 ) − 𝐺𝑝𝑟𝑜𝑡𝑒𝑎𝑠𝑒 (ε2 ) − 𝐺𝑑𝑟𝑢𝑔 (ε2 ) Vì vậy, phần lượng môi trường đóng góp là: 𝐺𝑠𝑜𝑙𝑣 = 𝐺𝑏𝑖𝑛𝑑 (ε2 ) − 𝐺𝑏𝑖𝑛𝑑 (ε1 ) = Δ𝐺𝑐𝑜𝑚𝑝𝑙𝑒𝑥 − Δ𝐺𝑝𝑟𝑜𝑡𝑒𝑎𝑠𝑒 − Δ𝐺𝑑𝑟𝑢𝑔 Δ𝐺𝑝𝑟𝑜𝑡𝑒𝑎𝑠𝑒 biến thiên lượng protease chuyển từ môi trường 𝜀1 sang môi trường 𝜀2 , công protease nhận thay đổi mang lại.Tương tự cho Δ𝐺𝑐𝑜𝑚𝑝𝑙𝑒𝑥 Δ𝐺𝑑𝑟𝑢𝑔 Nếu 𝐺𝑏𝑖𝑛𝑑 > 0, nghĩa 𝐺𝑐𝑜𝑚𝑝𝑙𝑒𝑥 > 𝐺𝑝𝑟𝑜𝑡𝑒𝑎𝑠𝑒 + 𝐺𝑑𝑟𝑢𝑔 , protease thuốc có xu hướng tách liên kết với hệ có xu hướng tìm trạng thái có lượng nhỏ Ngược lại, chúng thích kết hợp lại 𝐺𝑏𝑖𝑛𝑑 < Trong môi trường hai thể đột biến khác nhau, thể có lượng liên kết nhỏ liên kết chặt Hoặc, thể hai môi trường khác nhau, môi trường làm lượng liên kết tăng lên làm giảm liên kết thành phần Nếu muốn khóa chặt hoạt động protease, loại thuốc sử dụng cần phải liên kết mạnh với nó, nghĩa phải có 𝐺𝑏𝑖𝑛𝑑 nhỏ tốt Ngược lại, có lượng liên kết với protein lớn dễ bị kháng [6] Giá trị tuyệt đối thành phần tĩnh điện liên kết lượng tự nhạy cảm với thay đổi thông số trường lực, trình cực tiểu hóa, số điện môi nội (internal dielectric constant) khoảng cách quan sát (bán kính đầu dò), lúc vậy[2] ISBN: 978-604-82-1375-6 290 Báo cáo toàn văn Kỷ yếu hội nghị khoa học lần IX Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM Mô Từ cấu trúc thực nghiệm số dạng đột biến protease kèm với phối tử AB1 (tức thuốc lopinavir) file PDB (ghi toạ độ nguyên tử), làm cách xóa hết nguyên tử không liên quan cácvị trí B nguyên tử protein có hai vị trí Tiếp theo, chương trình PDB2PQR[8] [9] sử dụng để thêm vào điện tích kích thước nguyên tử trường lực AMBER ff99, tạo file PQR Sau tách thành protease phối tử dùng chương trình APBS 1.3 [10]để tính lượng chuỗi A, chuỗi B, phối tử, protease phối tử protease có phối tử nhiệt độ 298.5 K APBS tính lượng phương trình Poisson – Boltzmann phi tuyến, tìm nghiệm số phương pháp đa lưới Để mô điện protease hình ảnh, chương trình PyMOL 1.3 với plugin APBS Tool sử dụng KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Các vị trí đột biến Phân tử thuốc lopinavir (LPV)được chọn bị kháng nhiều (dữ liệu cập nhật ngày 2/3/2014 [11]) Vì nên chọn file PDB chứa protease đột biến thuốc lopinavir (Bảng 1) Bảng Màu đỏ vị trí đột biến có chứng lâm sàng rõ rệt việc làm nhiễu liệu pháp PI thành công Bôi đậm đột biến có tiềm trở thành phản định PI liên quan (ở LPV) Gạch chân đột biến kháng PI có hiệu lâm sàng thường gặp [11] ID Đột biến với 1MUI (dạng tự nhiên) 1RV7[12] L10I, D25N, M36V, S37N, M46L, I62V, L63P, A71V,V82A,I84V, L90M 2O4S [13] Q7K 2Q5K [14] Q7K, K14R, S37N, R41K, L63P 2QHC [15] I47A 2RKF [16] L10F, I13V, G16A, K20M, V32I, K43T, M46V, I47V, I54M, I64V, A71V, V82A 2RKG [16] L10F, I13V, G16A, K20M, V32I, E35EE, K43T, M46V, I47V, I54M, I64V, A71V, V82A 2Z54 [17] I47A, I54V Protease HIV-1 enzyme họ aspartic (Asp, D), nghĩa sử dụng gốc để cắt peptide Vùng hoạt động có chuỗi Asp – Thr – Gly (aspartic acid – threonine – glycine, D – T – G)[18], vùng mắt protease HIV Năng lượng liên kết protein phối tử Bảng Năng lượng liên kết protein phối tử môi trường lượng liên kết môi trường cung cấp Đơn vị: 𝐤𝐉/𝐦𝐨𝐥 1MUI 𝑮𝒃𝒊𝒏𝒅 (𝜺 = 𝟐) -42.68296365 𝑮𝒃𝒊𝒏𝒅 (𝜺 = 𝟕𝟖) 322.6769331 𝑮𝒔𝒐𝒍𝒗 365.3598968 1RV7 -22.23621079 98.78722542 121.0234362 2O4S -40.80467935 291.0272633 331.8319427 2Q5K 0.57060189 343.7909543 343.2203524 2QHC 35.01887858 366.0377854 331.0189068 2RKF -35.88064752 290.0440179 325.9246654 2RKG -34.23117386 281.0449705 315.2761444 2Z54 -71.09990143 292.1907374 363.2906388 ID ISBN: 978-604-82-1375-6 291 Báo cáo toàn văn Kỷ yếu hội nghị khoa học lần IX Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM Năng lượng liên kết protein phối tử 400 350 300 250 200 150 100 50 -50 2QHC 2Q5K 1MUI 2Z54 2O4S 2RKF 2RKG 1RV7 -100 ε=2 ε=78 Hình Đồ thị biểu diễn số liệu bảng 4, xếp từ cao xuống thấp Đơn vị: 𝐤𝐉/𝐦𝐨𝐥 Nhìn vào bảng số liệu, ta thấy đa số thể đột biến môi trường cung cấp thêm lượng lượng 350 kJ/mol, riêng 1RV7 có 121 kJ/mol, nhỏ tới gần ba lần Kết cho thấy không quán lượng môi trường đóng góp 1RV7 so với protein lại Vì 1RV7 cấu hình có đột biến D25N, D25 amino acid tĩnh điện có vai trò quan trọng việc liên kết với phối tử nên nguyên nhân dẫn đến khác biệt lớn Tuy nhiên cần tính toán chi tiết để khẳng định điều Trong tất thể đột biến, 2QHC thể có lượng liên kết protein phối tử cao nhất, vị trí thấp 2RKG85 kJ/mol 2RKG, 2Z54, 2O4S 2RKF thể có lượng liên kết thấp 1MUI protein thuốc, nghĩa liên kết chặt với thuốc Điều có nghĩa chúng dễ bị thuốc bám vào hơn, 2QHC 2Q5K lại kháng thuốc tốt Nói ngược lại, thuốc có tác dụng tốt với 2Z54, 2O4S, 2RKF, 2RKG có tác dụng với 2QHC 2Q5K Hình ảnh mô ISBN: 978-604-82-1375-6 292 Báo cáo toàn văn Kỷ yếu hội nghị khoa học lần IX Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM Hình Phân bố điện 1MUI Cột trái phân bố trước liên kết với thuốc, cột phải sau liên kết Hàng mặt trước, hàng mặt sau Mặt trước quy ước mặt tích điện dương nhiều Đơn vị: 𝐤𝐓/𝐞 Hình Công thức hóa học lopinavir: C37 H48 N4 O5 Ta thấy sau protease liên kết với thuốc, điện bị thay đổi, không nhiều Điều có ISBN: 978-604-82-1375-6 293 Báo cáo toàn văn Kỷ yếu hội nghị khoa học lần IX Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM nghĩa thuốc có phân bố điện tích không mạnh để có thay đổi rõ ràng.Kết luận hợp lý thuốc có chứa nhóm carboxyl amine tích điện, có tổng điện tích Hình Điện mặt trước thể đột biến sau có thuốc Đơn vị: 𝐤𝐓/𝐞 Tuy nhiên, so sánh thể đột biến với ta có nhiều thứ đáng ý Rõ ràng đổi điện từ dương sang âm hai thể 2RKF 2RKG Hai thể hoàn toàn giống ngoại trừ 2RKG có đột biến E35EE so với 2RKF Hai thể có đột biến làm điện tích so với 1MUI K20M K43T Có lẽ lý chúng âm nhiều đến Với 2O4S 2Q5K, ta thấy có nhiều màu xanh phần nắp phần mũi protease Đây hai có đột biến Q7K làm điện tích dương Tuy nhiên gốc amino acid số lại nằm phần mũi, phần nắp Với 2QHC 2Z54, ta thấy nhiều khác biệt mặt điện cho lắm, có lẽ chúng đột biến làm thay đổi gốc tích điện có sẵn Đối với 1RV7, có điều đáng ý điện âm vùng hoạt động Ở đây, màu đỏ nhạt, nghĩa gần không điện tích Điều phù hợp với việc thể đột biến có đột biến quan trọng D25 làm aspartic acid vùng hoạt động HƯỚNG PHÁT TRIỂN VÀ NHỮNG VẤN ĐỀ CHƯA GIẢI QUYẾT Hướng phát triển Dùng phương pháp để tính vấn đề khác Có thể tìm lượng liên kết cho thể đột biến khác, thuốc khác (tipinavir, indinavir, ritonavir, v.v), cách chống HIV khác (ức chế hòa màng, ức chế chép ngược, ức chế tích hợp DNA) virus khác (virus cúm, virus viêm gan B, v.v.) Dùng phương pháp khác để tính vấn đề PBE nhiều phương pháp mô để tính lượng Ngoài có phương pháp động lực học phân tử (giải phương trình chuyển động cổ điển), Monte Carlo (lấy mẫu ngẫu nhiên), mô từ nguyên lý ban đầu (ab initio, dùng lượng tử), v.v Sử dụng nhiều phương pháp giúp ta kiểm tra chéo kết tận dụng mạnh Thêm đầu vào, thêm đầu Ngoài lực tĩnh điện, hệ phụ thuộc vào nhiều yếu tố khác độ pH, độ pKa, môi trường, nhiệt độ Cũng không việc liên kết quan trọng, nhiều đầu cần khảo sát thay đổi cấu trúc protease (đóng mở nắp, v.v.), trạng thái trước sau protease cắt chuỗi peptide, v.v Tìm mối liên hệ kết tính thử nghiệm lâm sàng Như nói trên, thuốc có tác dụng tốt với 2Z54, 2O4S, 2RKF, 2RKG có tác dụng với 2QHC 2Q5K Tuy nhiên, xem lại bảng thể đột biến (Bảng 1), ta thấy điều ngược lại: 2Q5K, 2QHC, 2O4S thể có vị trí bị đột biến kháng thuốc, 1RV7, 2RKF, 2RKG 2Z54 lại có nhiều vị trí Vấn đề nên xem vấn đề chưa giải Tuy nhiên, để có kết luận hoàn chỉnh cần tiến hành nghiên cứu quy mô rộng hơn, không gói gọn mô (in silico) mà cần đến thực nghiệm phòng thí nghiệm (in vitro) động vật bệnh nhân (in vivo) Hoặc kết tính toán chưa hoàn toàn xác ISBN: 978-604-82-1375-6 294 Báo cáo toàn văn Kỷ yếu hội nghị khoa học lần IX Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM Tìm mối liên hệ phân bố điện chức protease Các đột biến làm thay đổi điện protease Một số không thay đổi nhiều 2QHC, 2Z54, số thay đổi 2O4S, 2Q5K, số thay đổi đáng kể 1RV7, 2RKF, 2RKG Những thay đổi điện ảnh hưởng với chức protease? Chúng xuất để chống lại có mặt thuốc, chúng chống lại nào? Sự tiến hóa protease Như nói phần Giới thiệu, số tác giả cho đột biến tĩnh điện làm cho protease có không gian để tiến hóa[3] Ta xác nhận điều không? Những vấn đề chưa giải Chưa đưa độ tin cậy phương pháp thuật toán Công trình chưa thể độ xác phương pháp thuật toán sử dụng Liệu có phương pháp cho kết tốt hơn? 1RV7 có lượng liên kết với phối tử thấp Với việc gốc Asp nhiều điện tích âm, liên kết 1RV7 với phối tử phải suy giảm đáng kể Điều thể mô hình ảnh: vùng hoạt động không âm mà lại dương (lưu ý vùng hình thành từ hai chuỗi, chuỗi vùng hai) Tuy nhiên theo kết tính toán lượng liên kết lại cho thấy thể đột biến liên kết chặt với phối tử có lượng thấp Điều môi trường cung cấp lượng cho nhiều so với thể đột biến khác Nhưng sao? Nếu 1RV7 thật liên kết với phối tử loại thể đột biến kháng thuốc tốt Nếu thểđáng quan tâm Chưa so sánh với thực nghiệm Mô xem chân trụ thứ ba khoa học, cầu nối lý thuyết thực nghiệm Việc chưa đưa liệu thực nghiệm thiếu sót lớn COMPARE THE ELECTROSTATIC ENERGY BETWEEN MUTANTS OF HIV-1 PROTEASE Ly Minh Nhat, Nguyen Ha Hung Chuong University of Science, VNU-HCM ABSTRACT Electrostatic interaction plays an important role in the binding of HIV-1 protease and ligand Understanding the role of this interaction may assist designing better drugs targeting on HIV/AIDS disease In this work, we have applied the Poisson – Boltzmann method to calculate the binding electrostatic energy in HIV-1 protease The results implie that the inhibitor binds stronger to 2Z54, 2O4S, 2RKF and 2RKG mutants and weaker to 2QHC and 2Q5K The potential maps of 2RKG and 2RKF are more negative than the others These results can be used along with molecular dynamics calculation to give more precise evaluations on the binding between drug and different HIV-1 protease mutants Keyword: HIV-1protease, lopinavir, electrostatic interaction, binding energy TÀI LIỆU THAM KHẢO [1] PERRYMAN AL, LIN JH, MCCAMMON JA HIV-1 protease molecular dynamics of a wild-type and of the V82F/I84V mutant: Possible contributions to drug resistance and a potential new target site for drugs PubMed, 2004 [2] KEMPER TALLEY, CARMEN NG, MICHAEL SHOPPELL, PETRAS KUNDROTAS, EMIL ALEXOV On the electrostatic component of protein-protein binding free energy PMC Biophysics, 2008 [3] OMAR HAQ, MICHAEL ANDREC, ALEXANDRE V MOROZOV, RONALD M LEVY Correlated Electrostatic Mutations Provide a Reservoir of Stability in HIV Protease PLOS Computational Biology, 2012 [4] TINGJUN HOU, WILLIAM A MCLAUGHLIN, AND WEI WANG Evaluating the potency of HIV-1 ISBN: 978-604-82-1375-6 295 Báo cáo toàn văn Kỷ yếu hội nghị khoa học lần IX Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQG-HCM protease drugs to combat resistance Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2007 [5] DIGBY, T The effects of drug resistant point mutations on HV-1 protease ligand binding [S.l.] 2009 [6] DOLINSKY TJ, CZODROWSKI P, LI H, NIELSEN JE, JENSEN JH, KLEBE G, BAKER NA PDB2PQR: Expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations Nucleic Acids Res, 2007 [7] DOLINSKY TJ, NIELSEN JE, MCCAMMON JA, BAKER NA PDB2PQR: an automated pipeline for the setup, execution, and analysis of Poisson-Boltzmann electrostatics calculations Nucleic Acids Res, 2004 [8] BAKER NA, SEPT D, JOSEPH S, HOLST MJ, MCCAMMON JA Electrostatics of nanosystems: application to microtubules and the ribosome Proc Natl Acad Sci., 2001 [9] UNIVERSITY, S PI Resistance Notes HIV Drug Resistance Database Disponivel em: Acesso em: jul 2014 [10] LOGSDON, B.C., VICKREY, J.F., MARTIN, P., PROTEASA, G., KOEPKE, J.I., TERLECKY, S.R., WAWRZAK, Z., WINTERS, M.A., MERIGAN, T.C., KOVARI, L.C Crystal structures of a multidrugresistant human immunodeficiency virus type protease reveal an expanded active-site cavity J Virol, 2004 [11] MUZAMMIL S1, ARMSTRONG AA, KANG LW, JAKALIAN A, BONNEAU PR, SCHMELMER V, AMZEL LM, FREIRE E Unique thermodynamic response of tipranavir to human immunodeficiency virus type protease drug resistance mutations J Virol, 2007 [12] G S KIRAN KUMAR REDDY, AKBAR ALI, MADHAVI N L NALAM, SAIMA GHAFOOR ANJUM, HONG CAO, ROBIN S NATHANS, CELIA A SCHIFFER, TARIQ M RANA Design and Synthesis of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Oxazolidinones as P2/P2′ Ligands in Pseudosymmetric Dipeptide Isosteres J Med Chem , 2013 [13] KLÁRA GRANTZ ŠAšKOVÁ, MILAN KOžÍšEK, MARTIN LEPšÍK, JIřÍ BRYNDA, PAVLÍNA ŘEZÁčOVÁ, JANA VÁCLAVÍKOVÁ, RON M KAGAN, LADISLAV MACHALA, JAN KONVALINKA Enzymatic and structural analysis of the I47A mutation contributing to the reduced susceptibility to HIV protease inhibitor lopinavir Protein Science, 2008 [14] KOZÍSEK M, SASKOVÁ KG, REZÁCOVÁ P, BRYNDA J, VAN MAARSEVEEN NM, DE JONG D, BOUCHER CA, KAGAN RM, NIJHUIS M, KONVALINKA J Ninety-nine is not enough: molecular characterization of inhibitor-resistant human immunodeficiency virus type protease mutants with insertions in the flap region J Virol , 2008 [15] KLARA S., BRYNDA J., KOZISEK M., LEPSIK M., MACHAL L., KONVALINKA J The Influence of I47A Mutation on Reduced Susceptibility to the Protease Inhibitor Lopinavir Protein Sci., Sắp xuất [16] IRENE T WEBER, JOHNSON AGNISWAMY HIV-1 Protease: Structural Perspectives on Drug Resistance Viruses, 2009 ISBN: 978-604-82-1375-6 296