sử dụng phương pháp rapd nghiên cứu tính đồng dạng di truyền dòng măng cụt ở bến tre

Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT BỘ GIÁO DỤC VÀ ðÀO TẠO TRƯỜNG ðẠI HỌC CẦN THƠ KHOA KHOA HỌC LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP ðẠI HỌC CHUYÊN NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC ðề tài SỬ DỤNG PHƯƠNG PHÁP RAPD NGHIÊN CỨU TÍNH ðỒNG DẠNG DI TRUYỀN DÒNG MĂNG CỤT Ở BẾN TRE CÁN BỘ HƯỚNG DẪN Ts TRẦN NHÂN DŨNG Viện NC & PT Công nghệ Sinh học SINH VIÊN THỰC HIỆN TRỊNH MINH CHÂU MSSV: 3042672 Lớp: Công nghệ Sinh học K.30 Năm 2008 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT LỜI CẢM ƠN Xin chân thành cảm ơn: Thầy Trần Nhân Dũng quan tâm tạo ñiều kiện thuận lợi ñể em thực luận văn Qua ñó em học ñược nhiều kinh nghiệm thực tế trình làm nghiên cứu, giúp em cảm thấy tự tin công việc sau Cô Trần Ngọc Tuyền, anh Trần Văn Bé Năm, bạn Giáng ðan, anh Khang ñã hướng dẫn thao tác kĩ thuật, giúp ñỡ suốt trình thực ñề tài Cảm ơn Ban Giám hiệu Trường ðại học Cần Thơ, thầy cô môn Sinh Khoa Khoa Học, Viện Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học ñã cung cấp kiến thức quí báu trình em học tập rèn luyện trường Cô cố vấn học tập Nguyễn Thị Dơn, thầy Trần Thanh Mến bạn lớp K31 ñã giúp ñỡ suốt trình học tập làm luận văn Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN Trang MỤC LỤC DANH SÁCH BẢNG DANH SÁCH HÌNH TỪ VIẾT TẮT TÓM LƯỢC CHƯƠNG ðẶT VẤN ðỀ CHƯƠNG LƯỢC KHẢO TÀI LIỆU 2.1 Những thông tin măng cụt 2.1.1 Phân loại 2.1.2 ðặc ñiểm thực vật học 2.1.3 Vai trò ứng dụng măng cụt sống 11 2.1.4 Nguồn gốc trạng măng cụt Việt Nam 11 2.2 Kỹ thuật phân tử số nghiên cứu liên quan măng cụt 12 2.2.1 Kỹ thuật PCR 13 2.2.2 Dấu phân tử RAPD 15 CHƯƠNG PHƯƠNG TIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 17 3.1 Phương tiện nghiên cứu 17 3.1.1 Thời gian ñịa ñiểm nghiên cứu 17 3.1.2 Dụng cụ, thiết bị 17 3.1.3 Nguyên vật liệu 17 3.1.4 Hóa chất 17 3.2 Phương pháp nghiên cứu 18 3.2.1 Ly trích DNA 18 3.2.2 Phản ứng PCR 18 3.2.3 Phân tích kết 19 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 20 4.1 Trích DNA 20 4.2 Kết phản ứng PCR với mồi RAPD 21 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ ðỀ NGHỊ 26 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT 5.1 Kết luận 26 5.2 ðề nghị 26 TÀI LIỆU THAM KHẢO 27 PHỤ LỤC 30 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT DANH SÁCH BẢNG Bảng Các mồi RAPD sử dụng phân tích ña hình Trang 19 Bảng Kết ño nồng ñộ DNA (trích phụ lục) 21 Bảng Kết RAPD dòng măng cụt Bến Tre (trích phụ lục) 22 Bảng Các mồi RAPD ñược sử dụng phân tích tương quan di truyền 23 Bảng Kết phân tích tương quan di truyền dòng măng cụt Bến Tre (trích phụ lục) 25 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT DANH SÁCH HÌNH Hình Kết kiểm tra nhanh DNA sau trích Trang 21 Hình Kết PCR mồi A13 mẫu từ 10 23 Hình Kết PCR mồi OPS05 mẫu từ 13 24 Hình Kết PCR mồi OPN09 mẫu từ 14 24 Hình Giản ñồ phân nhóm dòng măng cụt Bến Tre 26 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT TỪ VIẾT TẮT bp Base pair DNA Deoxyribonucleotide ðBSCL ðồng sông Cửu Long ðNB ðông Nam Bộ PCR Polymerase Chain Reaction QTL Qantitative Trait Loci RAPD Random Amplified Polymorphic DNA RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism BiH2O Nước cất hai lần EB Extraction buffer EDTA Ethylenediamine-tetraacetic acid OD Optical density RNase Ribonuclease, enzime phân hủy RNA rpm Round per minute, vòng/ phút SDS Sodium dodecyl sulphate TE Tris-EDTA Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT TÓM LƯỢC Phân tích RAPD 28 dòng măng cụt tỉnh Bến Tre với mồi (A13, SO15, SN20, SN06, A02, OPS05, OPN09), kết khuếch ñại ñược 51 băng, ñó có 38 băng ña hình chiếm tỷ lệ 74,51% Mồi SN20 cho kết khuếch ñại tỷ lệ băng ña hình cao Từ kết phân tích RAPD sử dụng phần mềm Biodiversity professional phân tích tương quan di truyền vẽ giản ñồ phân nhóm dòng măng cụt tỉnh Bến Tre Qua phân tích di truyền cho thấy dòng măng cụt Bến Tre có tương quan di truyền cao với hệ số tương quan di truyền dao ñộng từ 63,77 ñến 100, hệ số tương quan di truyền trung bình 85,07 Từ khóa: RAPD, Dấu phân tử, ña hình, dòng măng cụt, ða dạng di truyền, Phả hệ, Phổ diện DNA Keywords: RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA), Marker, polymorphism Varieties of Phylogenetic, DNA Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học mangosteen, Genetic diversity, profile Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT CHƯƠNG ðẶT VẤN ðỀ Bến Tre tiếng với loại ñặc sản có giá trị kinh tế cao măng cụt, sầu riêng, xoài cát Hòa Lộc, cam xoàn, bưởi da xanh, …Theo thống kê năm 2007, tỉnh Bến Tre có gần 41.000 trồng ăn trái với sản lượng khoảng 380.000 năm Trong số nhiều giống trồng, Bến Tre chọn loại cây: sầu riêng, măng cụt, bưởi da xanh, cam xoàn ñể làm hướng phát triển chủ lực sau Tuy nhiên, trình trồng nông dân ñây ñã thường chọn giống từ nhiều nguồn khác dựa vào bố mẹ có suất cao sinh trưởng tốt giống ñã ñược tuyển chọn từ trung tâm sản xuất giống Chính ña dạng phong phú không ổn ñịnh nguồn gốc giống ăn trái ñã ñưa ñến vấn ñề liệu chúng có thực ñồng ñều di truyền với hay không dù tên gọi giống không phân biệt ñược mắt thường dựa ñặc tính hình thái ða dạng cấu trúc gen giống ñã ñang ñược nghiên cứu rộng rãi nhằm giúp phân biệt ñược loài hay khác loài có quan hệ xa gần mặt di truyền Trên sở phương pháp PCR, Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) ñược sử dụng hiệu ñể ñánh giá tương quan di truyền giống ðề tài “Sử dụng phương pháp RAPD nghiên cứu tính ñồng dạng di truyền dòng măng cụt Bến Tre” sử dụng kỹ thuật RAPD nhằm làm rõ ñược vấn ñề giúp ngăn chặn ñược thiệt hại mặt kinh tế giống thiếu chất lượng gây suất kém, chất lượng sản phẩm không ñồng ñều, khó khăn cho công tác sau thu hoạch,… ñồng thời giúp xác ñịnh ñược giống ñạt chất lượng làm cho công tác chọn sản xuất giống trồng ñạt chất lượng ñồng Mục tiêu ñề tài: Xác ñịnh tương quan di truyền dòng măng cụt Bến Tre dựa phổ diện RAPD Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT CHƯƠNG LƯỢC KHẢO TÀI LIỆU 2.1 Những thông tin măng cụt 2.1.1 Phân loại • Giới: Plantae • Ngành: Magnoliophyta • Lớp: Magnoliopsida • Bộ: Malpighiales • Họ: Clusiaceae • Chi: Garcinia • Loài: G mangostana Măng cụt tên khoa học Garcinia mangostana L., thuộc họ Bứa Guttiferae họ có tới 35 giống 400 loài phân bố vùng nhiệt ñới (Phạm Hoàng Hộ,1970) 2.1.2 ðặc ñiểm thực vật học Thân Rễ: Cây măng cụt có kích thước trung bình, dáng ñẹp, trưởng thành cao 10-25 m, với ñường kính thân 0,6-0,8 m Măng cụt ðồng Sông Cửu Long (ðBSCL) sau 30 năm trồng thường cao 6-8 m tán rộng 6-10 m Dáng thẳng ñứng vững chắc, tán hình chóp nón, cành từ thân ñâm với bán kính ñồng ñều Cây tăng trưởng chậm (nhất năm ñầu), thường mọc thẳng với tán Vỏ thân măng cụt có màu nâu sẫm, thường chứa tanin, mangostin amiliasin dùng làm dược liệu (trị tiêu chảy, kiết lị…) Mangostin lọai xanthin có khả chống lại nhiều loại nấm vi khuẩn Chất có nhiều thân, vỏ măng cụt, gỗ thân nặng bền, thường làm ñồ mộc trang trí Rễ phát triển chậm yếu, ñộ rộng 2/3 ñộ rộng tán cây, rễ măng cụt lại hệ thống lông hút nên khả hấp thụ nước hạn chế (Nguyễn Thị Thanh Mai, 2005) Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ ðỀ NGHỊ 5.1 Kết luận Phân tích RAPD 28 dòng măng cụt tỉnh Bến Tre với mồi, kết nhận ñược 38 băng ña hình tổng số 51 băng (chiếm tỷ lệ 74,51%) Mồi SN20 cho kết khuếch ñại tỷ lệ băng ña hình cao Kết phân tích di truyền cho thấy dòng măng cụt Bến Tre có tương quan di truyền cao với hệ số tương quan di truyền dao ñộng từ 58,46 ñến 100, hệ số tương quan di truyền trung bình 85,07 5.2 ðề nghị Thực khảo sát kiểu hình song song với nghiên cứu ñồng dạng di truyền ñể so sánh, ñối chiếu, nghiên cứu sâu măng cụt Mở rộng số lượng mồi RAPD ñể chọn ñược mồi thích hợp cho phân tích RAPD măng cụt 26 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT TÀI LIỆU THAM KHẢO Bai G, Ayele M, Tafera H, Nguyen HT.2000 ”Genetic diversity in tef (Eragrostis tef (Zucc) Trotter) and its relatives as revealed by Random Amplified Polymorphic DNAs”, Euphytica 112, 15-22 Carman JG.2001 ”The gene effect: Genome collision and apomixes” In: Savidan Y, Carman JG, Dresselhaus T (Eds) The Flowering of Apomixis: From Mechanisms to Genetic Engineering, CIMMYT, IRD, European Commission DG, Mexico, DF, pp 95-110 ðỗ Tất Lợi.1986 ”Những thuốc vị thuốc Việt Nam”, nxb Khoa học Kỹ thuật, Hà Nội (1986) 442 Fevzi BARDAKCI 2001 “Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers”, Turk J Biol 25 (2001) 185-196© T.BÜTAK Koltunow AM, Bicknell RA, Chaudhury AM.1995 ”Apomixis: Molecular strategies for the generation of genetically identical seeds without fertilization”, Plant Physiology 108, 1345-1352 K M Devaiah and Padma Venkatasubramanian 2008 “Development of SCAR marker for authentication of Pueraria tuberosa (Roxb ex Willd.) DC”, CURRENT SCIENCE, VOL 94, NO 10, 25 MAY 2008 Lê Trần ðức.1997 ”Cây thuốc Việt Nam”, nxb Nông nghiệp, Hà Nôi (1997) 718 Mullis, K 1986 ”Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: The polymerase chain reaction” Cold Spring Harb Symp Quantitave Biology 51 (Part 1): 263-273 Murphy RW, Sites JW, Buth DG, Haufler CH.1996 ”Proteins: Isozyme elecTrophoresis”, In: Hillis DM, Moritz C, Mable BK (Eds) Molecular Systematics, Sinauer Associates Inc Publ Sunderland, Massachusetts, pp 45-126 27 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT Nguyễn Thị Thanh Mai 2005 ”Kỹ thuật trồng & thâm canh măng cụt”, Hà Nội: Nông Nghiệp,39tr, 19cm.- 634.655/ M103 Ohmori T, Murata M, Motoyoshi F.1995 ”Identification of RAPD markers linked to the Tm-2 locus in tomato”, Theoretical and Applied Genetics 90, 307311 Paterson AH, Tanksley SD, Sorrells ME 1990 “DNA markers in plant imProvement”, Advances in Agronomy 8, 39-89 Phạm Hoàng Hộ.1970 ”Cây cỏ miền nam Việt Nam”, Bộ Giáo Dục, Trung tâm Học liệu, Sài Gòn (1970) 267 Prabowo LP.2002 ”Morphological variability studies on mangosteen (Garcinia mangostana L.) population at Trenggalek, Purworejo, Purwakarta and Leuwiliang”, BSc Thesis, Bogor Agricultural University, 28 pp Ramage CM, Sando L, Peace CP, Carol BJ, Drew RA.2004 ”Genetics diversity revealed in the apomictic fruit species Garcinia mangostana L.(mangosteen)”, Euphytica 136, 1-10 Rogers, S O., A J B Bendich.1988 ”Extraction of DNA from plant tissues”, Plant molecular Biology Manual Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, printed in Belgium A6:1-10 Sobir Roedhy Poerwanto.2007 ”Mangosteen Genetics and Improvement”, International Journal of Plant Breeding ©2007 Global Science Books , 13 July, 2007 Thomas SC.1997 “Geographic parthenogenesis in a tropical forest tree” American Journal of Botany 84, 1012-1015 Võ Quang Yến.2005 “http://www.khoahoc.net/baivo/voquangyen/290905- mangcut.htm“, 2/2009 Vũ Công Hậu.2000 ”Trồng ăn Việt Nam“, 3rd, Hà Nội: Nông Nghiệp, 489tr 28 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT Warude DNYANESHWAR, Chavan PREETI, Joshi KALPANA,* and Patwardhan BHUSHAN 2006 “Development and Application of RAPD-SCAR Marker for Identification of Phyllanthus emblica LINN”, Biol Pharm Bull 29(11) 2313—2316 (2006) Williams JGK, Kubelik AR, Livak KJ, Raflski JA, Tingey SV.1990 ”DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers”, Nucleic Acids Research 18, 6531-6535 Zakaria Ahmed 2006 “Optimization of PCR Conditions in vitro for Maximum Amplification of DNA from Xanthomonas campestris 13551”, Journal of Applied Sciences Research 2(3): 112-122, 2006© INSInet Publication WEBSITE: http://www.vivo.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/gels/virgel.html http://www.methodbook.net/dna/agarogel.html http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/doc/TechRAPD.shtml http://www.khoahoc.net/baivo/voquangyen/290905-mangcut.htm http://www.rauhoaquavietnam.vn/default.aspx?tabID=3&ID=46&LangID=1&Ne wsID=1441 http://www.dostbentre.gov.vn/index.php?option=com_content&task=view&id=518&Itemid=79 29 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT PHỤ LỤC Danh sách ñịa ñiểm thu mẫu Bến Tre STT Mẫu C1 C2 c3 c4 c5 Chủ vườn Nguyễn Thị Chi Huỳnh Trung Nguyễn Nguyễn Hữu Trí Nguyễn Hữu Tâm Mai ðình Quang c7 Trần ðịnh Thuỷ 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 c8 c10 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Lê Quốc ðạt Lê Quốc Thông Lê Xuân ða Nguyễn Hữu Dụng Nguyễn Duy Phúc Nguyễn Tuấn Dũng Nguyễn Hữu Thạnh Lê Thị Kim Sa ðường Văn Biết Nguyễn Văn Minh Lương Văn Khanh Phạm Thị Bãy Trương Văn ðời Nguyễn Văn Thuận Trịnh Văn Bé Tư Nguyễn ðức Hiền Nguyễn Thiện Phát Trịnh Văn Bé Tám Lê Chí Thanh Phạm Công Trương Nguyễn Văn Châu Nguyễn Văn Tám ðịa ấp Phú Khương Phú Khương ấp Tiên Hưng Tiên Hưng Tiên Hưng Phú Hoà- Quới ThạnhChâu Thành Quới Thạnh Phú Hoà- Quới Thạnh ấp An Thạnh, Long Thới Long Thới Long Thới Long Thới Long Thới An Thạnh, Long Thới Long Thới Long Thới An Thạnh Tân An Chợ cũ Chợ cũ Chợ cũ Chợ cũ Chợ cũ Chợ cũ Chợ cũ Chợ cũ chợ cũ Chợ cũ 30 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học ðiện thoại 618592 0753620393 3867172 0753603115 873218 898030 01697142292 873437 0753668360 0753668349 668161 0753668358 984308239 Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT Qui trình tinh DNA Rogers and Bendich (1988) - Cắt mịn mẫu non cho vào tube 2.2 ml - Cho bi sắt vào ngâm Nitơ lỏng 10 phút - Nghiền mẫu ba lần máy nghiền (27 lần/s 30 giây) - Cho ml EB vào - Cho tiếp 50 µ l SDS 10% - Ủ nước 650C 30 phút (ñảo nhẹ sau phút) - Li tâm 10 phút 13000 rpm - Lấy 800 µ l phần chuyển sang tube - Cho lượng tương ñương Isopropanol vào, lắc ñều - Ủ 120 phút -200C - Li tâm 10 phút, 13000 rpm Bỏ nước lấy phần trầm - Cho 400 µ l TE 0.1 vào, thêm µ l Rnase, ủ 20 phút nước 370C - Cho 400 µ l CTAB vào, ủ 15 phút nước 650C - Cho 800 µ l Chloroform/Isoamylalcohol (24:1), ñảo nhẹ - Li tâm phút 13000 rpm - Lấy 700 µ l phần (tránh cặn) chuyển sang tube - Cho 1.4 ml Ethanol 96% làm lạnh vào, lắc nhẹ ñể nhiệt ñộ phòng 15 phút - Li tâm 10 phút 13000 rpm Bỏ nước lấy phần cặn - Cho 700 µ l Ethanol 70% làm lạnh vào, lắc nhẹ, li tâm 10 phút 13000 rpm Bỏ nước lấy phần cặn - Lặp lại lần với Ethanol 70% làm lạnh Thấm miệng tube giấy - Sấy chân không 10 phút 450C - Cho 200 µ l TE 0.1 vào, ủ -200C 31 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT Kiểm tra nhanh DNA sau trích C1 C1’2 2’ C3 C3’C4 C4’C5 * C6 C6’C7 C7’ * * C1 C1’C8 C8’C10C10’ C10 C10’ Mẫu DNA từ c1 c10 Bảng 2: Kết ño nồng ñộ DNA sau trích Sample ID C1 C1’ C2 C2’ C3 C3’ C4 C4’ C5 C5’ C7 C7’ C8 C8’ C10 C10’ 1’ abs abs 260nm 280nm 260nm 0.2889 0.4668 0.1086 0.1546 0.0911 0.0758 0.0593 0.0774 0.2652 0.3671 0.4523 0.2097 0.0922 0.0873 0.1274 0.0964 0.1823 0.2216 280nm 0.1568 0.2456 0.0658 0.0890 0.0554 0.0482 0.0363 0.0466 0.1469 0.1966 0.2537 0.1203 0.0502 0.0468 0.0771 0.0535 0.0912 0.1108 280nm 1.8419 1.9007 1.6509 1.7374 1.6453 1.5734 1.6324 1.6604 1.8048 1.8674 1.7831 1.7439 1.8363 1.8657 1.6525 1.8005 2.0000 2.0000 260nm 0.5429 0.5261 0.6057 0.5756 0.6078 0.6356 0.6126 0.6023 0.5541 0.5355 0.5608 0.5734 0.5446 0.5360 0.6051 0.5554 0.5000 0.5000 32 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Nồng ñộ (ng/µl) 144.45 233.4 54.3 77.3 45.55 37.9 29.65 38.7 132.6 183.55 226.15 104.85 46.1 43.65 63.7 48.2 91.15 110.8 Luận văn tốt nghiệp ñại học 2’ 3’ 4’ 5’ 6’ 8’ 10 11 11’ 12 13 14 14’ 15 15’ 16 17 18 19 20 20’ Trường ðHCT 0.1268 0.1794 0.2565 0.1688 0.0318 0.0893 0.0328 0.0685 0.0408 0.0830 0.0709 0.2206 0.2310 0.0560 0.0469 0.2539 0.2337 0.3988 0.0459 0.1023 0.1550 0.1010 0.1210 0.0606 0.0724 0.0595 0.0515 0.2426 0.2319 0.0616 0.0844 0.1283 0.0844 0.0168 0.0483 0.0176 0.0343 0.0233 0.0532 0.0430 0.1053 0.1092 0.0386 0.0281 0.1188 0.1104 0.2035 0.0287 0.0553 0.0756 0.0536 0.0634 0.0356 0.0426 0.0329 0.0277 0.1255 0.1123 2.0579 2.1257 2.0000 2.0000 1.8900 1.8500 1.8600 2.0000 1.7500 1.5600 1.6500 2.0941 2.1145 1.4500 1.6700 2.1370 2.1165 1.9600 1.6000 1.8508 2.0506 1.8845 1.9079 1.7000 1.7000 1.8100 1.8600 1.9331 2.0655 33 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học 0.4859 0.4704 0.5000 0.5000 0.5291 0.5405 0.5376 0.5000 0.5714 0.6410 0.6061 0.4775 0.4729 0.6897 0.5988 0.4679 0.4725 0.5102 0.6250 0.5403 0.4877 0.5306 0.5241 0.5882 0.5882 0.5525 0.5376 0.5173 0.4841 63.4 89.7 128.25 84.4 15.9 44.65 16.4 34.25 20.4 41.5 35.45 110.3 115.5 28 23.45 126.95 116.85 199.4 22.95 51.15 77.5 50.5 60.5 30.3 36.2 29.75 25.75 121.3 115.95 Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT Hình gel kết PCR c1 c2 c3 c4 c5 c7 c8 c10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Mồi A13 mẫu c1 20 7 10 Mồi A13 mẫu 10 10 Mồi SO15 mẫu 10 c1 c2 c3 c4 c5 c7 c8 c10 11 12 13 14 15 Mồi SO15 c1 20 34 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học 16 17 18 19 20 Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT 10 Mồi SN20 mẫu 10 c1 c2 c3 c4 c5 c7 c8 c10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Mồi SN20 c1 20 c1 c2 c3 c4 c5 c7 c8 c10 Mồi SN06 mẫu c1 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Mồi SN06 mẫu 20 35 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT c1 c2 c3 c4 c5 c7 c8 c10 Mồi A02 mẫu c1 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Mồi A02 mẫu 20 10 11 12 13 Mồi OPS05 mẫu 13 16 17 18 19 20 c1 c2 c3 c4 c5 Mồi OPS05 mẫu 16 c10 36 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học c7 c8 c10 Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT 10 11 12 13 14 Mồi OPN09 mẫu 14 16 17 18 19 20 c1 c2 c3 c4 c5 c7 c8 c10 Mồi OPN09 mẫu 16 c10 C8 C2 C3 Mồi SNO6 mẫu C8, mồi OPN09 mẫu C2,C3 14 Mồi SO20 mẫu 15 15 15 PCR mẫu 14 với mồi OPS05, mẫu 15 mồi SO15+OPS05+OPN09 37 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Bảng Kết RAPD dòng măng cụt Bến Tre Chỉ thị RAPD Mồi băng 900 815 700 615 A13 600 515 450 275 200 950 825 700 650 SO15 500 450 350 300 200 SN20 1000 900 715 700 600 525 475 425 300 215 C1 C2 C3 C4 C5 C7 C8 C10 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 0 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học 38 SN06 A02 OPS05 OPN09 150 650 450 350 225 175 900 650 400 300 1000 750 625 550 475 400 350 300 200 800 500 275 225 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 39 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 Bảng Kết phân tích tương quan di truyền dòng măng cụt Bến Tre Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học 40 [...]... thu ñược ở bảng 4, sử dụng phần mềm BioDiversity Professional ta thu ñược kết quả tương quan di truyền dòng măng cụt ở Bến Tre (bảng 5) Ta thấy hệ số ñồng dạng di truyền tương ñối cao, hệ số ñồng dạng di truyền ở mẫu số 15 thấp nhất cũng dao ñộng trong khoảng 64,52 ñến 85, mẫu số 10 dao ñộng từ 66,67 ñến 98,88 Mẫu 11 và 13, c7 và c10 có hệ số ñồng dạng 100 Dòng măng cụt có hệ số tương quan di truyền. .. 58,46 ñến 100, và hệ số tương quan di truyền trung bình là 85,07 23 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT Bảng 5 Kết quả phân tích tương quan di truyền dòng măng cụt ở Bến Tre (xem tiếp phần phụ lục) Dựa trên các phân tích về tương quan di truyền sử dụng phần mềm BioDiversity Professional vẽ giản ñồ phân nhóm 28 dòng măng cụt ở Bến Tre (hình 5 ) Nhìn vào giản ñồ ta... 5.1 Kết luận Phân tích RAPD 28 dòng măng cụt ở tỉnh Bến Tre với 7 mồi, kết quả nhận ñược 38 băng ña hình trong tổng số 51 băng (chiếm tỷ lệ 74,51%) Mồi SN20 cho kết quả khuếch ñại và tỷ lệ băng ña hình cao nhất Kết quả phân tích di truyền cho thấy dòng măng cụt ở Bến Tre có tương quan di truyền cao với hệ số tương quan di truyền dao ñộng từ 58,46 ñến 100, và hệ số tương quan di truyền trung bình là 85,07... Khả năng về sự phát triển của cây măng cụt tổ tiên ñã không ñược truyền lại bằng lai ñơn dòng, có thể dẫn ñến sự khác biệt giữa các quần thể măng cụt riêng biệt tạo ra Sobir Roedhy Poerwanto (2007) ñã sử dụng phân tích RAPD (Prabo-wo 2002; Mansyah 2002) trên 21 cây măng cụt ñể nghiên cứu biến dị di truyền quần thể măng cụt trên ñảo Java Tổng cộng 40 mồi RAPD ñã ñược sử dụng và 39 mồi khuếch ñại thành... có mặt trong tất cả các mẫu nghiên cứu, còn băng ña hình xuất hiện ở mẫu này nhưng lại vắng mặt ở mẫu khác Số lượng băng ña hình và tỷ lệ của chúng ñược trình bày ở bảng 4 21 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT Bảng 4 Các mồi RAPD ñược sử dụng trong phân tích tương quan di truyền (Xây dựng dựa trên bảng kết quả RAPD dòng măng cụt ở Bến Tre) Số băng ña hình Tỷ lệ... thuật RAPD thì có thể khó giải thích (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/doc/TechRAPD.shtml) 16 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT CHƯƠNG 3 PHƯƠNG TIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 3.1 Phương tiện nghiên cứu 3.1.1 Thời gian và ñịa ñiểm nghiên cứu - Thời gian nghiên cứu: từ tháng 2/2009 ñến tháng 6/2009 - ðịa ñiểm nghiên cứu: Phòng Sinh học Phân tử- Viện Nghiên. .. hiện khảo sát kiểu hình song song với nghiên cứu ñồng dạng di truyền ñể có thể so sánh, ñối chiếu, nghiên cứu sâu hơn về cây măng cụt Mở rộng số lượng mồi RAPD ñể chọn ñược mồi thích hợp hơn cho phân tích RAPD ở cây măng cụt 26 Chuyên ngành Công Nghệ Sinh Học Luận văn tốt nghiệp ñại học Trường ðHCT TÀI LIỆU THAM KHẢO Bai G, Ayele M, Tafera H, Nguyen HT.2000 ”Genetic diversity in tef (Eragrostis tef (Zucc)... sạch 4.2 Kết quả phản ứng PCR với mồi RAPD Sau khi thực hiện PCR với 9 mồi RAPD ở bảng 1 , thu ñược 7 mồi cho kết quả thích hợp ñể phân tích ña hình Kết quả ñược trình bày ở bảng 3 Bảng 3 Kết quả RAPD dòng măng cụt ở Bến Tre ( Số 0: Phân ñoạn DNA không ñược nhân, Số 1: Phân ñoạn DNA ñược nhân) (xem tiếp phần phụ lục) Các băng nhân bản ñược sử dụng như là các chỉ thị RAPD bao gồm hai loại: ñơn hình và... tự khác Ramage et al (2004) khảo sát tương quan di truyền giữa 37 dòng măng cụt và giữa 11 dòng của 8 loài khác thuộc chi Garcinia bằng dấu phân tử RAF (Randomly Amplified DNA Fingerprinting) Kết quả cho thấy ña dạng di truyền giữa măng cụt và các loại khác thuộc chi Garcinia, 26 (70%) dòng không phát hiện dấu phân tử khác biệt ở hơn 530 loci, 8 (22%) dòng cho khác biệt rất thấp 12 Chuyên ngành Công... phương pháp nhanh và ñáng tin cậy ñể ñánh giá tương quan di truyền bộ gene của các sinh vật (Thormann et al 1994) Kỹ thuật RAPD (Random amplified poly-morphic DNA) (Williams et al 1990) ñã ñược sử dụng cho phân tích ña dạng di truyền (Hasizume et al 1993), vẽ bản ñồ gene (Ohmori et al 1995) và phân tích QTL (Gran-dillo and Tanskley 1996) ở rất nhiều giống cây trồng Khả năng phân tích của kỹ thuật RAPD ... Polymorphic DNA (RAPD) ñược sử dụng hiệu ñể ñánh giá tương quan di truyền giống ðề tài Sử dụng phương pháp RAPD nghiên cứu tính ñồng dạng di truyền dòng măng cụt Bến Tre sử dụng kỹ thuật RAPD nhằm... phân tích RAPD sử dụng phần mềm Biodiversity professional phân tích tương quan di truyền vẽ giản ñồ phân nhóm dòng măng cụt tỉnh Bến Tre Qua phân tích di truyền cho thấy dòng măng cụt Bến Tre có... tương quan di truyền dòng măng cụt Bến Tre (xem tiếp phần phụ lục) Dựa phân tích tương quan di truyền sử dụng phần mềm BioDiversity Professional vẽ giản ñồ phân nhóm 28 dòng măng cụt Bến Tre (hình