bước đầu khảo sát nguồn gốc chó phú quốc dựa trên vùng nhiễm sắc thể y

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM TP HỒ CHÍ MINH Hà Thị Cầm BƯỚC ĐẦU KHẢO SÁT NGUỒN GỐC CHÓ PHÚ QUỐC DỰA TRÊN VÙNG NHIỄM SẮC THỂ Y LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh – 2015 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM TP HỒ CHÍ MINH Hà Thị Cầm BƯỚC ĐẦU KHẢO SÁT NGUỒN GỐC CHÓ PHÚ QUỐC DỰA TRÊN VÙNG NHIỄM SẮC THỂ Y Chuyên ngành : Sinh học thực nghiệm Mã số : 60 42 01 14 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC TS TRẦN HOÀNG DŨNG TS CHUNG ANH DŨNG Thành phố Hồ Chí Minh - 2015 LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan luận văn công trình nghiên cứu riêng Kết trình bày luận văn trung thực chưa tác giả công bố công trình Các trích dẫn bảng biểu, kết nghiên cứu tác giả khác, tài liệu tham khảo luận văn có nguồn gốc rõ ràng theo quy định TP Hồ Chí Minh, ngày 20 tháng 04 năm 2015 TÁC GIẢ LUẬN VĂN Hà Thị Cầm LỜI CẢM ƠN Đầu tiên, xin gởi đến ba mẹ anh chị lời cảm ơn lòng biết ơn Ba mẹ anh chị ủng hộ con, cho niềm tin, nghị lực sống, chăm lo, động viên hỗ trợ mặt vật chất lẫn tinh thần Tôi muốn bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến TS Trần Hoàng Dũng – người thầy tận tụy, hết lòng quan tâm, hướng dẫn hỗ trợ, giúp đỡ lúc khó khăn Trong suốt trình làm đề tài thầy nhắc nhở, sửa chữa sai sót không ngừng động viên, tạo điều kiện cho hoàn thành luận văn Tôi xin trân trọng gửi lời cảm ơn sâu sắc đến TS Chung Anh Dũng thuộc Phòng Công nghệ Sinh học - Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Miền Nam tận tình bảo, hướng dẫn, giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho hoàn thành luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn Ban lãnh đạo Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Miền Nam Viện Kỹ thuật Công nghệ cao NTT – Trường Đại học Nguyễn Tất Thành giúp đỡ suốt thời gian học tập nghiên cứu Viện Tôi xin trân trọng biết ơn tới quý thầy, cô thuộc Khoa Sinh học Phòng Đào tạo sau Đại học - Trường Đại học Sư phạm Tp HCM tạo điều kiện để hoàn thành việc báo cáo luận văn Cuối cùng, xin cảm ơn tất anh, chị, em, bạn bè Phòng Genome & Bioinformatic - Viện Kỹ thuật Công nghệ cao NTT – Trường Đại học Nguyễn Tất Thành Phòng Công nghệ Sinh học - Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Miền Nam tận tình bảo, giúp đỡ trình làm đề tài Viện TP Hồ Chí Minh, tháng 04 năm 2015 TÁC GIẢ LUẬN VĂN Hà Thị Cầm MỤC LỤC Lời cam đoan Lời cảm ơn Mục lục Danh mục chữ viết tắt Danh mục hình Danh mục bảng MỞ ĐẦU Chương TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan chó Phú Quốc 1.1.1 Phân loại giống chó Phú Quốc Việt Nam 1.1.2 Đặc điểm giống chó Phú Quốc Việt Nam 1.1.3 Nguồn gốc chó Phú Quốc Việt Nam 1.1.4 Các nghiên cứu chó Phú Quốc Việt Nam 1.2 Các nghiên cứu ứng dụng trình tự gene để truy tìm nguồn gốc chó 1.2.1 Genome ty thể việc sử dụng trình tự genome ty thể truy tìm nguồn gốc chó 1.2.2 NST Y việc sử dụng trình tự NST Y truy tìm nguồn gốc chó 12 1.2.3 Các nghiên cứu ứng dụng trình tự gen để truy tìm nguồn gốc chó Phú Quốc Việt Nam 15 Chương VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 17 2.1 Vật liệu – hóa chất 17 2.1.1 Vật liệu nghiên cứu 17 2.1.2 Hóa chất 17 2.1.3 Hóa chất tách chiết DNA 17 2.2 Phương pháp nghiên cứu, kỹ thuật sử dụng 20 2.2.1 Phương pháp thu mẫu – tách DNA tổng số 20 2.2.2 Phương pháp điện di agarose 23 2.2.3 Phương pháp PCR khuếch đại trình tự vùng D-loop 23 2.2.4 Phương pháp khuếch đại vùng NST Y kỹ thuật PCR 25 2.2.5 Phương pháp giải trình tự 27 2.2.6 Phương pháp hiệu chỉnh trình tự 28 2.2.7 So sánh với sở liệu GenBank 29 2.2.8 Phương pháp xây dựng liệu DNA 29 2.2.9 Phương pháp xây dựng đa dạng di truyền dựa phát sinh loài 29 Chương KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 30 3.1 Kết tách chiết thu nhận DNA tổng số 30 3.2 Ðịnh loại haplotype mẫu chó Phú Quốc trình tự vùng kiểm soát 31 3.2.1 Thiết lập phản ứng PCR khuếch đại vùng kiểm soát 31 3.2.2 Kết giải phân tích trình tự DNA vùng D-loop 32 3.2.3 Lắp ráp trình tự 32 3.2.4 So sánh trình tự truy vấn mẫu nghiên cứu với sở liệu GenBank 33 3.2.5 Định loại haplotype cho chó Phú Quốc 34 3.3 Xây dựng quy trình PCR khuếch đại vùng hệ gen NST Y mẫu chó PQ31 PQ32 36 3.3.1 Xây dựng quy trình khuếch đại vùng DNA NST Y kỹ thuật PCR 36 3.3.2 Kết giải trình tự mảnh genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 49 3.3.3 Lắp ráp trình tự 49 3.3.4 So sánh trình tự truy vấn mảnh DNA NST Y nghiên cứu với sở liệu GenBank 50 3.3.5 Tổng kết kết giải trình tự 51 3.3.6 Phân tích tính đa hình trình tự NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 52 3.3.7 Suy luận haplotype cá thể PQ31 PQ32 từ SNP nhận diện 54 3.3.8 Bàn luận nguồn gốc chó Phú Quốc 54 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 57 TÀI LIỆU THAM KHẢO 58 PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT BLAST Basic Local Alignment Search Tool bp Base pair – Cặp base DNA Deoxyribonucleic acid DNAse Deoxyribonuclease dNTP Deoxyribounucleotide triphosphate EDTA Ethylenediamine tetraacetate EtBr Ethidium bromide IUPAC International Union of Pure and Applied Chemistry kb Kilo base mtDNA Mitochondrial DNA – DNA ty thể NCBI National Center for Biotechnology Information PCR Polymerase Chain Reaction R Reverse rDNA Ribosomal DNA RNA Ribonucleic acid RNAse Ribounuclease SDS Sodium dodecyl sulfate Tm Melting Temperature TBE Tris/Borate/EDTA TE Tris – EDTA Taq Thermus aquaticus U Unit UV Ultraviolet VKA Vietnam Kennel Association F Forward DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Chó Vện – hai chó Phú Quốc Việt Nam tham dự thi Chó đẹp giới Paris vào tháng 7/2011 Hình Các dạng xoáy lưng chó Phú Quốc Hình Vị trí bắt cặp mồi 15412F 42R vùng D-loop 23 Hình Kết điện di ba mẫu DNA tổng số chó Phú Quốc 30 Hình Kết điện di sản phẩm PCR vùng D-loop mẫu chó Phú Quốc 32 Hình 3 Ðại diện đoạn trình tự đồng vùng kiểm soát mẫu PQ19 33 Hình Ðại diện đoạn trình tự đồng vùng kiểm soát ba mẫu chó khảo sát 33 Hình Kết BLAST đại diện mẫu PQ19 NCBI 34 Hình Phả hệ đồ (phylogeny tree) mô tả chi tiết vị trí phân bố chó lưng có xoáy Phú Quốc 35 Hình Kết PCR mảnh 03 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 39 Hình Kết Quả PCR mảnh 11 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 (lần 1) 39 Hình Kết PCR mảnh 11 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 (lần 2) 40 Hình 10 Kết PCR mảnh 12 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 41 Hình 11 Kết PCR mảnh 16 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 41 Hình 12 Kết PCR mảnh 20 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 42 Hình 13 Kết PCR mảnh 21 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 42 Hình 14 Kết PCR mảnh 24 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 43 Hình 15 Kết PCR mảnh 27 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 43 Hình 16 Kết PCR mảnh 28 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 44 Hình 17 Kết PCR mảnh 29 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 44 Hình 18 Kết PCR mảnh 30 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 45 Hình 19 Kết PCR mảnh 31 genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 46 Hình 20 Kết PCR mảnh B genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 46 Hình 21 Kết PCR mảnh R genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 47 Hình 22 Kết PCR mảnh N genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 47 Hình 23 Kết PCR mảnh K genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 48 Hình 24 Biểu đồ huỳnh quang đại diện phần kết giải trình tự sản phẩm PCR cặp primer 03HAf1 03r2 cá thể PQ31 PQ31 49 Hình 25 Ðại diện đoạn trình tự đồng mảnh 03 genome NST Y mẫu PQ31 50 Hình 26 Kết BLAST đại diện mảnh 03 cá thể PQ31 NCBI 50 DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Hóa chất tách chiết DNA 17 Bảng 2.2 Hóa chất chạy PCR 18 Bảng 2.3 Hóa chất chạy điện di 18 Bảng 2.4 Dụng cụ thiết bị sử dụng nghiên cứu 18 Bảng 2.5 Danh sách ba mẫu chó sử dụng nghiên cứu 21 Bảng 2.6 Cặp mồi đặc hiệu sử dụng phản ứng khuếch đại vùng gen D-loop 24 Bảng 2.7 Các thành phần có phản ứng khuếch đại vùng D-loop 24 Bảng 2.8 Chu trình nhiệt khuếch đại vùng D-loop 24 Bảng 2.9 Tên trình tự 36 primer sử dụng đề tài 25 Bảng 2.10 Thành phần phản ứng PCR khuếch đại vùng hệ gen NST Y chó Phú Quốc sử dụng Taq DNA 2X PreMix - Hãng GeneOn (BC0612) 27 Bảng 2.11 Chương trình PCR khuếch đại vùng hệ gen NST Y chó Phú Quốc 27 Bảng 3.1 Nồng độ độ tinh DNA ba mẫu nghiên cứu 31 Bảng 3.2 Các cặp mồi khuếch đại vùng DNA NST Y 36 Bảng 3.3 Bảng tóm tắt kết giải trình tự sau hiệu chỉnh thống chiều trình tự 51 Bảng 3.4 Phân tích biến đổi đơn nucleotide (SNP) cá thể PQ31 PQ32 dựa trình tự vùng DNA NST Y 52 Trình tự mảnh B LOCUS 657 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 DEFINITION Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ31) chromosome Y, fragment B ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE Canis lupus familiaris (dog) ORGANISM Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 657) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 657) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 657 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 174 a 174 c 123 g 186 t ORIGIN tctggaagca gctcaaaagc ctctcgttca gcctccgtga tgccctgggg gtgttcaacc 61 cacatatact gtaaagatta ggagcagggt tgtgaacacc ccacctcagc caacactgag 121 ccctgctgtt ggcttaacct tgtaagggta gctgtagaga aatcggaaga aaaaaatata 181 aacacataca gtttctgtct ttccacttca aaatgtatga gtcagagatg aggcacagaa 241 tgactactca atttttatct gtctcccttc cacacatctg ttattttttt ttttttcaca 301 catctgtttt gaatccctaa tttgtactgc ccaccaccca ccttctccaa aagagctttt 361 cgtaaacgtc gctcctcttg caccataatg aacatctcct tgtgcacagc cacagccaaa 421 tttaggtcca acttctctgg aaatgcagcc atcttgcaga tgagctcttc atgggaaaaa 481 acacagtagc gccggagccg gcggtagtgt tcaatgcact ggcgtccagc aggtagctgt 541 aagtagttca agactgtgta tggccatctg cagcccacag tttttagctt gtccaaaatg 601 accatattct gtccacattc tttatccctt tctatctata agcctaccac actccag Trình tự mảnh R LOCUS 916 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 DEFINITION Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ31) chromosome Y, fragment R ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE Canis lupus familiaris (dog) ORGANISM Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 916) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 916) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 916 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 312 a 167 c 150 g 287 t ORIGIN gaggatatga tgagaaataa gagatgcttt ctctttagtt aagaaaatat atgtgattac 61 tgcaagaata tatactaaat ttgatttcta acaaagaata tgtgcttctt taaagaacct 121 tgaaatgaat tactcagact tacatgaaat ttgcacatct agctgtggta aggatccact 181 gttcattcag tatagagcca gcacagaaat gggagaaaga gagttgcaca gaaaccatcc 241 agggaaattc acccacttct gcttcccaac agtttggaca gtggggagca aggccaggtc 301 gtaatccaca ctctgtagaa ggaatccatg tttccaatag gttgaagtta gtattactac 361 ctcctttact tgatcatttt gatttcctat ttttagattt tacaaaagtg cttgtttatt 421 ttcaacttta ggaaaatgct tggggaaaaa aaggaaaatg cttggaacta tataatttta 481 accctataga gttggctatg ggaacagaaa ttgtctgcat acactctgaa aatactatat 541 tcattactca aataggaaaa ataagcagtt tctaagtact acacatattt ttataacatg 601 ctctgaaaga aactatattt ataaaacaaa ctgtttctag caaaaattaa tcttctctca 661 ataagtacac accttaatat cttgttattt ttgttccccc ttccctgatc taaatgtttt 721 gaatattatc ctgcccaagt atgagtaaaa gacttctgac ttaatcaaaa actcttgttt 781 taggctctaa caaagacctt gctcccaagg ataactcaaa tagatgacta cactgaactc 841 acctgtggtt tcatgagaaa taacagctgt cttgaagagc cagaaatcct ggatagtctc 901 tttccagatc acaccc 10 Trình tự mảnh K LOCUS 10 825 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 DEFINITION Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ31) chromosome Y, fragment K ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE Canis lupus familiaris (dog) ORGANISM Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 825) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 825) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 825 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 305 a 136 c 124 g 260 t ORIGIN agatgtgcta tgtgccaaaa tatttgtttt tgatattcac ttattaattt gaatactctc 61 tcatactaac aagattttcc caaggagaca caatattcca gtatttagtg aattattttc 121 taatagaata atatcaatta aaaataatcc tttaaaatgt aaaatctgtt aatgggttat 181 taaaatacct gtaagtggac caacattcca agcaatattg ttgcaccagc caacagcctg 241 aacccaatgc acagtgcctg catttatcca gaccaaatct ccaggtcttt gaataaatct 301 atatacgggg acatttgctt cataaagatc ttcaaggttg ggccaccaag aactcatcag 361 gaaattcaaa ttatttctgg ggggaagggg ggtaaagggg gggaaggagt aaataacata 421 atgaattaag ttttttaaaa tgtcccataa aagatgagac aatttccaaa tgttaaaaga 481 tactttcatt atgcatttca ttaaaacgta atagtactgt aatactgtac tataacaaga 541 actgcatctt tcaaaagtgt aaatattaag gggtaattct gaaaacaaca ttaatagcaa 601 ctgattatgt agactaattc aaagatctac tctgtatgtt tattattttc agagttatgt 661 tccaaactac acttaaaaat agactaattt tttaattttc cttaaaaaaa cataatggtt 721 tacactcctc cttcccgtag aacctcttaa tgtcaaggaa tctctaaaaa ggaaattgag 781 aatagagatt taagaaccca cttaacttct taaccagaag cacta 11 Trình tự mảnh N LOCUS 11 934 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 DEFINITION Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ31) chromosome Y, fragment N ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE Canis lupus familiaris (dog) ORGANISM Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 934) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 934) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 934 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 279 a 147 c 159 g 349 t ORIGIN gctgttgaac tttccgggga tttggtgttg ctgtctgact cactttgtcg gtattgatag 61 ccatgagcta agaatagcat taaggattaa tgtaccaaca attaatatac cttattttta 121 aattttaggc tccttcattg tcatcatcct cttgatatta tgccatgaat attaagtggc 181 accttttctg gtcttcagga aaggtcctgt agctgttcat aaaactgctg actaaaagct 241 atgtactatg caaccttcca agaatagagt gtcaactaac tggacatagg agaaagctgc 301 ctctactcca ggactcttca caaagttgat ccagctgtaa ctaataatag taataatcac 361 atgttttatg gtatctgaca gaatgtggca gtgtcacaga ctactgactt gaagatgatc 421 tttttctatg ttcctgtatt tctgaacagc taaattactt ttcttctata ttttaccttt 481 tcataatttt tctgaggaaa aaatactatt ttagctggcc atttgcttgg taataagata 541 gttaacaaat tcaaaccttt aatcatctgg gtttttttta atgtgaaaaa ttaaatgaga 601 aagttttttg gggttatgtt tggtttgatt tggtttctta ccattttata tttttctctg 661 tttgaggcca cagtgattac agttctggtt ccaaaataaa actttaagta aaaacttata 721 ccctaatagc caagacacaa agataatgga ttgcacatag agtaaggaat aaacttcaga 781 tttgtgattt ttgtttctaa tcctgataca gatttacact atttatgaat acatatttat 841 tgcttgaaga tatttgtgaa tggaatgttg ttattttatc tggggtttac ctgccattaa 901 atattaagga gttctgtaat tttaaacact actc Phụ lục C: Trình tự vùng DNA NST Y cá thể PQ32 Trình tự mảnh 03 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL 544 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 03 Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 544) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 544) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 544 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 185 a 101 c 92 g 166 t ORIGIN aacaaacaaa tgatcctcag tcacaaaatt ataaatgcag tttggggtga gaataagcag 61 gaggggagtt aatccaaact acagcaatta agtcttcaaa ccaacttgtg aataagattg 121 ttgattgttt ctttcttctt gtgactttga agctcccttg aattttcagg agaatcacca 181 gctggtaaaa tgtactgcaa ggtcttgaag ctataaaata cagtctggct aagttacatg 241 tggtttccat attaacttaa gggtggcttt gtcgcacagc agattcagtt gccccaccag 301 tcaaccccct gggagttgta atttcctcca tatccatcac tactgtagaa gcctccataa 361 ccacctatca aaaaatgttt gaaaacagaa attagtttag ccatttgcct cttctttctc 421 tgataaaaac ctaattaaaa aaattcatag tactggattt tgtattcttt ggaaataaaa 481 tttctccgat gaattatggt ttaagaaaaa agtaaaaagc actaaaatac aaaaggtatt 541 acct Trình tự mảnh 12 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 671 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 12 Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 671) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 671) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 671 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 209 a 96 c 132 g 234 t ORIGIN ggacaaatga tgagccagca cattattgta gcatttgtga ggtaactgtt ctcgccaaca 61 gttttttgtt gtgggatctc tagtttggcg atgccttcta aattacaaat ttaccagtac 121 ttttatataa tgcatttttg attggttatt acagcaatta gttttaattt ccatttgatg 181 gtgtaatatt taatttaatt cagaagtatt gtctacagaa gcattcatgt agtaccttct 241 tactagatga taattatctc agatactgaa ctagaaaaat ttaaaataag tatagagata 301 ccagataact ggatctgttt cagtataaat tcaggcatat cattcataat atcattcatt 361 aatacagttg ttggttttct cctctcgcca aggcttgcaa gaagtacaga aataaagagg 421 tagtatctcc tttggaggag cttccttcca ctaggagaag acagaatgta atggattctg 481 tccatgtaat ggttatggat gcacatgaac tatgacattt gaagcaatga ggaaaataat 541 ctaatactgg cttagagttt ataggctgtt tctagagttg agtcataaag tctgtaagag 601 gagatggttt gtagcttgca atgatcttga attaaagtta tggaatttca tcttaactct 661 gaggtcgctg a Trình tự mảnh 16 LOCUS 494 bp DEFINITION DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 16 ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 494) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 494) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES source Location/Qualifiers 494 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 150 a 70 c 77 g 197 t ORIGIN cgatgacaaa aggtaagtcc tccggttatg tatccatgaa gagcgtttag aatctcaaga 61 ttggaaattg ttttgtactt ttgcaaccct actcattctt tttgttgttt atgttgtcct 121 aaagtcttag ttatatatat aacattctga tacagcattc tgaaatgatt tttgctagtt 181 tttgcaatta gattttagtt actgaggaat ctcaaaaggt taaatttaca aaatagagaa 241 gttactttat ttctaaaatt ctgtttttag gattcaattt tcagtgatct taatttattt 301 tcaaactttt ttctctggaa gagctaacac tctacttcta accttagaag agtctattag 361 agatttaaat gtatttattc gaacatagta ttttcaaaga cctagtaagt tttcttcagt 421 atttgcaaca aggtgacact tttgatgtat tactttattt caggtggaaa ttgcagctac 481 atgagcttac taaa Trình tự mảnh 20 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 881 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 20 Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 881) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 881) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 881 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" 233 a 164 c 110 g 374 t BASE COUNT ORIGIN gagtggtaca taatcaagta tctgccagtt gactaataca gtgtataacc gaggtataac 61 tttgctagtt tgtcagtatt cattctactc tccttttaca cattttctct tccattagtt 121 atatttcatc ctagtagtat ttaatgtttt tcagcttctt taaaaatatt ctctgtagtt 181 tgtcctacaa agactatgtt taaagattaa tctgtcagtc acttaacatt cagccttgat 241 tcttcagtat cacttaaata atagtaacat ctgttgacct gttaagaacc aagaaaactg 301 cctaaaatta tttacctttt tatttaattg actattggta tttgtttcaa catctttatt 361 gagtggctgt tctcaaaagt cttaattgtc tagaatcatt tttattttct ttagatatat 421 tgattttact cagtgcagtg aaacacaatt taattaactg tttaccagtt ttcttgcttg 481 accagagaca gattttgatt tgtctcattt tttcctctcc ttctttccct cccttccttc 541 cttttcttcc tttcttttct tctattcctt cccttccctt ttcctttctc tttccctttg 601 cccgacatac tgcatttaca tttctaattt ttctgtccat tgttttacga taaaatagat 661 gtattttatg agcactttgc taatttcagt gtacaataat tgcttagcac agcaagaaca 721 tccttgtata ttaagtacaa tatttctgtg aaattgagaa aataatttac actactactt 781 aaagttcatt tttcttgctt tcacacaatg gatatccact ggtctttttt taaatgaaat 841 gttgaagtat ggtgatatgt agatcagttg aaatgctgtt g Trình tự mảnh 29 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 876 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 29 Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 876) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 876) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 876 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 282 a 133 c 123 g 338 t ORIGIN gatgtcatac tttataattt cttctatagt caaagtgtaa ccaaaaaaag aaaacacagt 61 gtagttttat ttatttttta tttttttcac aatgtagttt taaaatgtac agttcattga 121 tttttagtat attcccagat atgtgctact atcaccacag tcaattttcc agccatttta 181 gcacttcaaa aagaaatcta atatcaggtt tttaatgtag tggttttatt ctgtttatac 241 taaaccataa aatccaatcc tacattaaat aataaactat ctttttcctt tcttgcattt 301 acttataaat gtccttatta gacactacat aagggatgcc tgggtggcac agtggttagg 361 ctcagggtgc ttttggctca gggtgtgatc ttgggatcat caggcttcct gtgaggattt 421 tgcttctccc tctgcctctc tctctctctc tctctctctc tctctctgtg tctctcataa 481 ataaataaat aaatactttt taaaaagacc ctaaataaaa cctggataaa gtaaatgctt 541 gagtaaatat atgaaatata ctgtaatatt tttattatat aacatttgaa atttgaacac 601 taatatgttg aattttaaaa agatattcct aatttgagtt tgaaataaaa tagaaaataa 661 atgtctgtta agtacttttg aactaccttg actattttat tttagtataa gttatggata 721 tccaggtgga aaataatcat gcttaaagat tgtaaatcta ttcatgtaac tagtagttaa 781 atattctgta ttagctgtat cttaaccttg cttagacagg agtcacttag attattttat 841 taggattatg agtcaatcat taaatagtgt cactga Trình tự mảnh 30 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 851 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 30 Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 851) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 851) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 851 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" 316 a 166 c 152 g 217 t BASE COUNT ORIGIN ttccttctac ccctcgccaa tgttatttca cctctgaaat aatacctgaa actctgcaaa 61 tttttatttg catatgtaaa aatgattata aactcagcag tgctgccagg taggaaaata 121 aaatgttaac aagaggtagc attcataaaa cacggaatta aagaagttac acaaggttag 181 gccacttaaa tctagtgaca ctgaagtcca gtgccaagag cctttatcat ccatctcttt 241 tcacaatgag ggaaaaactg ggctcagaaa ggcaaatttt acctatgttc tcctgcaatc 301 acaggtacag aattacttgc ccagatagtg gaatcgtaaa aactgacact gctattaata 361 ttatctcaca taatggataa ccaaataatc aatgaaatgg tcattccatg tcatgttttc 421 tccattaccc tgaaatttta gtcctttcca ttttcagaaa gctaaggaac aaaagaataa 481 aggacaatgt aaaggtataa ggacttacag gtaaaaaagt cagtaagaat ctaattttta 541 aaaaaagatt ttatttattt attcatgaga gacagagaga gagaggcaga gacataggca 601 gagggagaag gaggttccgt gcagggagcc cgacatggaa ctcgatcatg ggtctccagg 661 atcacacacc ctgagccgaa agcggcacta aaccgctgag ccacccgggc caccccaaga 721 atctaatttt aaaagcaaca aacataaata gaaaataaag atacttagga aaagcatctt 781 aaggaaaaaa taacgttcaa gacttaacaa actatgcctt acctctctct agatcttaat 841 taatctgaag a Trình tự mảnh 31 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS 600 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 31 SOURCE Canis lupus familiaris (dog) ORGANISM Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 600) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 600) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES source Location/Qualifiers 600 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 182 a 100 c 85 g 233 t ORIGIN agtggtatac acattccagt cagagtgtca gcaactaaaa gcataattaa gatagaggtt 61 tgaaactcaa aagatctgaa agaagctgga ataaaagaca gtgctgactc ccaatgccta 121 ttttgtcaaa tggattaact attaatggga ttcttatcta gtccacttct tatatcttta 181 aactgtagac acatttatga tttttttaag tagttcataa gattcttaaa tatatatttg 241 tcatatctcc acataaagat aatactatat aatatttcat ttggagggac cacagttgct 301 tccaaattat ggcagttatg aatgaggcta tgtaattcct ttggcctttc ataaatgccc 361 ttctttatca gtttgagata atttccctgt attcctaatt cttttatcgt ttttatcatg 421 aaacgatact gaattctatg aaatggtttt gaattttgtc agaagatgtt gaattcttac 481 attttttttt ttcctgcatc aatagaactg accatatatt ccgttttagt tcattccttt 541 accctagtct cttggaacct tcattttacc ctatatatct ttgaactttt gtattctaaa Trình tự mảnh B LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE 656 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment B Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 656) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 656) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES source Location/Qualifiers 656 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 178 a 174 c 121 g 183 t ORIGIN gatgccctgg gggtgttcaa cccacatata ctgtaaagat taggagcagg gttgtgaaca 61 ccccacctca gccaacactg agccctgctg ttggcttaac cttgtaaggg tagctgtaga 121 gaaatcggaa gaaaaaaata taaacacata cagtttctgt ctttccactt caaaatgtat 181 gagtcagaga tgaggcacag aatgactact caatttttat ctgtctccct tccacacatc 241 tgttattttt ttttttttca cacatctgtt ttgaatccct aatttgtact gcccaccacc 301 caccttctcc aaaagagctt ttcgtaaacg tcgctcctct tgcaccataa tgaacatctc 361 cttgtgcaca gccacagcca aatttaggtc caacttctct ggaaatgcag ccatcttgca 421 gatgagctct tcatgggaaa aaacacagta gcgccggagc cggcggtagt gttcaatgca 481 ctggcgtcca gcaggtagct gtaagtagtt caagactgtg tatggccatc tgcagcccac 541 agtttttagc ttctccaaaa tgaccatatt ctgtccacat tctttatccc tttctatcta 601 taagcctacc acactccaga ctcacccagt cagcagtgca aaagttgaca gcctca Trình tự mảnh R LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 923 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment R Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 923) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 923) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 923 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" 314 a 167 c 153 g 289 t BASE COUNT ORIGIN tgaggatatg atgagaaata agagatgctt tctctttagt taagaaaata tatgtgatta 61 ctgcaagaat atatactaaa tttgatttct aacaaagaat atgtgcttct ttaaagaacc 121 ttgaaatgaa ttactcagac ttacatgaaa tttgcacatc tagctgtggt aaggatccac 181 tgttcattca gtatagagcc agcacagaaa tgggagaaag agagttgcac agaaaccatc 241 cagggaaatt cacccacttc tgcttcccaa cagtttggac agtggggagc aaggccaggt 301 cgtaatccac actctgtaga aggaatccat gtttccaata ggttgaagtt agtattacta 361 cctcctttac ttgatcattt tgatttccta tttttagatt ttacaaaagt gcttgtttat 421 tttcaacttt aggaaaatgc ttggggaaaa aaaggaaaat gcttggaact atataatttt 481 aaccctatag agttggctat gggaacagaa attgtctgca tacactctga aaatactata 541 ttcattactc aaataggaaa aataagcagt ttctaagtac tacacatatt tttataacat 601 gctctgaaag aaactatatt tataaaacaa actgtttcta gcaaaaatta atcttctctc 661 aataagtaca caccttaata tcttgttatt tttgttcccc cttccctgat ctaaatgttt 721 tgaatattat cctgcccaag tatgagtaaa agacttctga cttaatcaaa aactcttgtt 781 ttaggctcta acaaagacct tgctcccaag gataactcaa atagatgact acactgaact 841 cacctgtggt ttcatgagaa ataacagctg tcttgaagag ccagaaatcc tggatagtct 901 ctttccagat cacacccagg tga 10 Trình tự mảnh K LOCUS 10 DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 824 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment K Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 824) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 824) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 824 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 304 a 136 c 124 g 260 t ORIGIN agatgtgcta tgtgccaaaa tatttgtttt tgatattcac ttattaattt gaatactctc 61 tcatactaac aagattttcc caaggagaca caatattcca gtatttagtg aattattttc 121 taatagaata atatcaatta aaaataatcc tttaaaatgt aaaatctgtt aatgggttat 181 taaaatacct gtaagtggac caacattcca agcaatattg ttgcaccagc caacagcctg 241 aacccaatgc acagtgcctg catttatcca gaccaaatct ccaggtcttt gaataaatct 301 atatacgggg acatttgctt cataaagatc ttcaaggttg ggccaccaag aactcatcag 361 gaaattcaaa ttatttctgg ggggaagggg ggtaaagggg gggaaggagt aaataacata 421 atgaattaag ttttttaaaa tgtcccataa aagatgagac aatttccaaa tgttaaaaga 481 tactttcatt atgcatttca ttaaaacgta atagtactgt aatactgtac tataacaaga 541 actgcatctt tcaaaagtgt aaatattaag gggtaattct gaaaacaaca ttaatagcaa 601 ctgattatgt agactaattc aaagatctac tctgtatgtt tattattttc agagttatgt 661 tccaaactac acttaaaaat agactaattt tttaattttc cttaaaaaaa cataatggtt 721 tacactcctc cttcccgtag aacctcttaa tgtcaaggaa tctctaaaaa ggaaattgag 781 aatagagatt taagaaccca cttaacttct taaccagaag cact 11 Trình tự mảnh N LOCUS 11 DEFINITION N ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 935 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 935) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 935) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 935 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" 279 a 148 c 159 g 349 t BASE COUNT ORIGIN ggctgttgaa ctttccgggg atttggtgtt gctgtctgac tcactttgtc ggtattgata 61 gccatgagct aagaatagca ttaaggatta atgtaccaac aattaatata ccttattttt 121 aaattttagg ctccttcatt gtcatcatcc tcttgatatt atgccatgaa tattaagtgg 181 caccttttct ggtcttcagg aaaggtcctg tagctgttca taaaactgct gactaaaagc 241 tatgtactat gcaaccttcc aagaatagag tgtcaactaa ctggacatag gagaaagctg 301 cctctactcc aggactcttc acaaagttga tccagctgta actaataata gtaataatca 361 catgttttat ggtatctgac agaatgtggc agtgtcacag actactgact tgaagatgat 421 ctttttctat gttcctgtat ttctgaacag ctaaattact tttcttctat attttacctt 481 ttcataattt ttctgaggaa aaaatactat tttagctggc catttgcttg gtaataagat 541 agttaacaaa ttcaaacctt taatcatctg ggtttttttt aatgtgaaaa attaaatgag 601 aaagtttttt gcggttatgt ttggtttgat ttggtttctt accattttat atttttctct 661 gtttgaggcc acagtgatta cagttctggt tccaaaataa aactttaagt aaaaacttat 721 accctaatag ccaagacaca aagataatgg attgcacata gagtaaggaa taaacttcag 781 atttgtgatt tttgtttcta atcctgatac agatttacac tatttatgaa tacatattta 841 ttgcttgaag atatttgtga atggaatgtt gttattttat ctggggttta cctgccatta 901 aatattaagg agttctgtaa ttttaaacac tactc [...]... dòng cha trên chó Phú Quốc để bổ sung các kết quả nghiên cứu trên mtDNA theo dòng mẹ Từ đó, xác định nguồn gốc của giống chó Phú Quốc, đó là lý do chúng tôi quyết định chọn đề tài Bước đầu khảo sát nguồn gốc chó Phú Quốc dựa trên vùng nhiễm sắc thề Y 2 Mục tiêu nghiên cứu - Bước đầu x y dựng quy trình khuếch đại trình tự từng vùng DNA trên NST Y - Xác định haplotype của chó Phú Quốc dựa trên trình... chó Phú Quốc dựa trên các SNP thu được 4 - Phân tích truy tìm nguồn gốc chó Phú Quốc và quan hệ với chó lưng xo y Thái Lan 5 Phạm vi nghiên cứu - Các cá thể chó Phú Quốc mang kiểu gene đơn bội thuộc dòng E - Phân tích từng vùng DNA của nhiễm sắc thể Y dài 14.437 bp trên hệ gene chó Phú Quốc 6 Ý nghĩa khoa học của luận văn Đề ra được quy trình khuếch đại trình tự từng vùng DNA của NST Y trên cá thể chó. .. chó Ngao T y Tạng có một liên kết di truyền giữa những con chó của nhà Thanh - cao nguyên T y Tạng và Nhật Bản (A29, A11, A19) Dựa trên các haplotype có nguồn gốc quý hiếm từ ba haplotype lớn ở T y Tạng, có thể kết luận có mối liên kết di truyền giữa chó T y Tạng và Nhật Bản [23] 1.2.2 NST Y và việc sử dụng trình tự NST Y trong truy tìm nguồn gốc chó Nhiễm sắc thể Y (NST Y) Nhiễm sắc thể Y không tái... của chó Phú Quốc là đẻ hang chiếm trên 52% trong tổng số chó được khảo sát Các bệnh thường gặp ở chó Phú Quốc là bệnh đường ruột và ký sinh trùng Ngoài ra bệnh dại cũng được tìm th y khá phổ biến ở chó Phú Quốc [1] 1.1.3 Nguồn gốc của chó Phú Quốc Việt Nam Chó Phú Quốc là một loài chó riêng của đảo Phú Quốc, do có vị trí địa lý biệt lập với đất liền nên giống chó n y không bị lai tạp với các giống chó. .. nhẹn, hình dáng đẹp… chó Phú Quốc hiện đang trở thành một giống chó quý của nước ta Tuy nhiên, nguồn gốc chó Phú Quốc hiện nay vẫn còn nhiều tranh luận Ngoài chó Phú Quốc Việt Nam, trên thế giới còn có hai giống chó khác cũng có dải lông xo y trên lưng là chó xo y Thái Lan và chó xo y Rhodesian Nam Phi Hai giống chó n y đã được Liên đoàn Các hiệp hội Nuôi chó giống Quốc tế (Federation Cynologique Internationale... trình tự vùng CR và bộ gen ty thể nghiên cứu trên 16 cá thể chó Phú Quốc đã cho nhiều phát hiện thú vị Kết quả phân tích các SNP cho th y chó Phú Quốc có độ đa dạng di truyền khá cao Trong đó haplotype E chỉ được tìm th y ở những dòng chó hiếm trên thế giới và phân bố hạn hẹp ở Nhật Bản, Hàn Quốc và Trung Quốc Ngoài ra, kết quả phân tích nguồn gốc tiến hóa dựa trên toàn bộ mtDNA cho th y chó Phú Quốc. .. haplotype và bước đầu x y dựng hệ thống DNA barcode cho chó Phú Quốc bằng trình tự vùng D-loop trong ty thể trên 17 cá thể chó l y mẫu tại Thành phố Hồ Chí Minh trong đó có 8 cá thể chó Phú Quốc và 9 cá thể chó thường, phân tích trình tự 582 nucleotid vùng D-loop từ vị trí 15458 đến vị trí 16039 trên mtDNA đã xác định được 14 vị trí đa hình SNP trên đoạn 582 của vùng D-loop và xác định được 2 cá thể chó. .. khác Chó Phú Quốc là loài bán hoang dã và có tập tính săn bắt độc lập hoặc theo b y đàn [1] Hiện nay, giống chó Phú Quốc vẫn chưa xác định được nguồn gốc Theo Đào Văn Tiến, 1977 cho rằng chó Phú Quốc (Canis dingo) có nguồn gốc của chó Dingo ở châu Úc, nhưng hiện nay có lẽ đã tuyệt chủng [1] Tuy nhiên, nghiên cứu gần đ y của Oskarsson năm 2012 [26] cho th y chó hoang Dingo Úc và chó Polynesia có nguồn gốc. .. Thái có đến đảo Phú Quốc không th y ghi chép trong quyển sách n y Ngoài ra, khi so sánh về đặc điểm hình thái cho th y có sự khác biệt giữa chó xo y Thái Lan và chó Phú Quốc Chó xo y Thái Lan có khối lượng trung bình khoảng 23 kg, cao 55 cm, trong khi chó Phú Quốc có khối lượng lớn nhất chỉ 18 kg và cao 48 cm Nếu suy luận theo giả thuyết nguồn 8 gốc của chó Phú Quốc là từ những con chó xo y Thái Lan do... lặp lại chỉ có ba nhiễm sắc thể Y đã được sắp xếp: Con người, tinh tinh và con khỉ rhesus [14] Nhiễm sắc thể Y của người gồm có 78 gen mã hóa protein khác nhau Y- chromosome chủ y u không tái tổ hợp ngoại trừ ở hai đầu của nhiễm sắc thể, nơi x y ra tái tổ hợp với nhiễm sắc thể X Tuy nhiên, các nghiên cứu cũng chỉ ra rằng sự tái tổ hợp không đối ứng cũng x y ra bên trong nhiễm sắc thể Y [14] Theo Xue và ... định nguồn gốc giống chó Phú Quốc, lý định chọn đề tài Bước đầu khảo sát nguồn gốc chó Phú Quốc dựa vùng nhiễm sắc thề Y Mục tiêu nghiên cứu - Bước đầu x y dựng quy trình khuếch đại trình tự vùng. .. vùng DNA NST Y - Xác định haplotype chó Phú Quốc dựa trình tự vùng DNA NST Y 3 - Phân tích bước đầu truy tìm nguồn gốc chó lưng xo y Phú Quốc Đối tượng nghiên cứu - Mẫu máu chó Phú Quốc thu nhận... NST Y truy tìm nguồn gốc chó Nhiễm sắc thể Y (NST Y) Nhiễm sắc thể Y không tái tổ hợp di truyền nguyên vẹn từ cha sang trai mà xáo trộn hệ, công cụ có giá trị nghiên cứu dân số [14] Nhiễm sắc thể